1OKJA

Crystal structure of the essential e. coli yeaz protein by mad method using the gadolinium complex "dotma"
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
GLRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
publication title A Complement to the Modern Crystallographer'S Toolbox: Caged Gadolinium Complexes with Versatile Binding Modes.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.-.-:
pdb deposition date 2003-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA02
4H5TA 4BRAA 1NGCA 3TPQA 4BROA 3VF6A 3VEZA 2Q0RA 3KHYA 2E1YA 4C23A 2Q0UA 3AAQA 5AQWA 4BGBA 1EQYA 2CGJA 2YI1A 2P9UB 5AQUA 4RCHA 4EIAA 1X9JA 1YUWA 2P9IB 1DKGD 3WT0A 4CZIA 4AM6A 3QICA 1KAYA 4XH1A 3MK6A 1LCUA 1H1VA 2QWMA 3L6QA 3CHWA 2QWRA 3CI5A 3A0IX 2YHXA 3O1BA 4PL8A 3UKUB 4CZHA 2D0OA 4BG8A 4CI6A 2A40A 2Q36A 3IUCA 2A5XA 4B1YB 1GLDG 2IIRA 3VOVA 2QWOA 4IWVA 2P9KA 3D2FB 4CBUA 2ZGYA 5AQPA 2ASPA 3MN7A 5AZIB 5AQOA 2A6AA 2AA4A 5ELZA 2P9SA 3H1VX 4CZMA 1ZXOA 3O8MA 2NLXA 3R8EA 3S41A 4A2BA 3BF1A 3C0BA 2ZWHA 4BQLA 1TYQA 4IO8A 4BRIA 3VF4A 1U6ZA 3M1FA 4CD1A 4JAXA 4M7XA 3R9PA 2YHWA 5F1XA 1ZC6A 3I8BA 1NLVA 4PKHA 5EXWA 4H0TB 2P9SB 2E2PA 5LY3A 3SMSA 4WQ4C 4FO0A 4WYBA 4K25A 3VERA 5FPNA 3H3NO 1XC3A 3GOIA 3H1QA 4KBOA 5KPZA 4MLHA 4H03B 3C7NA 3MN5A 5KQDA 3O80A 3WXIA 3FFKB 2HF4A 4Y0WA 3EO3A 2QWNA 3DXMB 5KQ8A 5LJWA 5BN8A 3UE5A 1XQSC 2E2OA 1NMDA 4BRKA 1RFQA 3LDOA 2P9LB 1BA1A 4M63C 2V51B 4FWQA 3VGLA 1IG8A 3FZMA 4BR9A 3GL1A 4ISGA 3A5LC 5EOYA 4BG9A 3H3OB 5BRFA 2W40A 4ISEA 4QS8A 5KPRA 1LOTB 3EKUA 3VETA 3HTVA 2W41A 4A61A 2HMPA 1GLAG 1HJOA 4FWKA 4FL9A 2PBDA 2P9UA 4H5RA 4BRDA 3IMXA 2UYTA 4FPAA 1NGBA 2GTDA 1JCEA 2V52B 3I33A 2DPNA 1QQNA 3KZBA 1CZAN 2QWLA 1K8KA 3HSCA 4CZJA 4YDUA 4HWIA 4JNEA 3ZX2A 4PL7A 4B1WB 1SZ2A 3UKUA 4RTFD 3OHRA 5AZJB 5FPMA 2V7YA 3U4LA 1QZ6A 4BC4A 2YJFA 4JD2B 4B1XB 4HTLA 3D2FA 3D2EB 5AQJA 5AQNA 3LDPA 2Q2RA 4A62A 4BRQA 4BRFA 5AZIA 2I7PA 4L3QA 1TUYA 3ENOA 3MN6A 1HKBA 1ATSA 4CD3A 4BRHA 1K8KB 1ESVA 3BUZB 3FGUA 4CBWA 4H0OA 1KAZA 4F9OA 2E2NA 4K42A 2NZTA 2FSJA 3LDLA 5AQKA 2BUPA 5BPLA 3RSEB 4BRGA 5I9EB 1NGAA 1ATRA 1NGGA 3HBTA 4LC9B 1V4SA 2A3ZA 5JICA 4FSVA 3QFPA 1HKGA 4QS9A 4BC2A 5AR0A 5F2RA 3O08A 2ASMA 3W0LA 3G25A 4NO7A 4FWSA 2ZGZA 3CJAA 5AQQA 5BR9A 3WXKA 3U9DA 1NGIA 4B1UB 5B8HA 3VESA 1ATNA 4GNIA 5ADXH 3DXKB 2Q1NA 1NGDA 2GEMA 3P4IA 3MDQA 4A2AA 1MWMA 3FLCO 1NGFA 2VYPA 4BC5A 3FZLA 4BRCA 2ASOA 1X3NA 2D0PA 3DXMA 1TUUA 3O6WA 1KAXA 5AQXA 2Q31A 3MCPA 1Y64A 4IJAA 3BEXA 3FZHA 1BWFO 3F9MA 4FWMA 5JLHA 3FZFA 2P9LA 4WQ5A 3HI0A 2A41A 3TU5A 1S22A 1OKJA 5AQVA 1HLUA 3JS6A 3H45C 3VPZA 5EY4A 1T6DA 2E1ZA 3EL2A 4H5WA 4MO4A 2CH6A 5BRHA 5AQIA 3ZX0A 2H3GX 1BUPA 1X3MA 2E8AA 4J8FA 4CJ7A 4BQZA 3IDHA 4BR7A 2P9PB 1GLJO 3WXJA 4BRLA 4FWOA 3FE1A 4I6MB 1GLLO 4K41A 1E4GT 1HUXA 4E1JA 5FPDA 1S3XA 3KVGA 2IVNA 2FSNA 4BR0A 5BPMA 4O8KA 2BTFA 3WUHA 3CQXA 5AQSA 3A5OC 1BG3A 3SLCA 1HPMA 1RDWX 4FOEA 4EHTA 4GY2B 2D4WA 3GE1A 3A8YA 3FZKA 3LM9A 5AZJA 3LDNA 3W3DA 2P9NB 4CZGA 3ZEUB 3J8AA 3D7EO 4JD2A 3H6EA 3VEXA 3VENA 1QQMA 3EZWA 1QZ5A 3D2EA 3DJCA 3GBTA 4B9QA 2HOEA 4RWTA 1ZBSA 1MWKA 1SQKA 2E88A 3BF3A 4H5VA 3L0QA 5AQLA 5AQTA 4JN4A 1GLBG 4IJNA 1BO5O 3H46O 3LDQA 4O5FA 3WEEB 5AQGA 2QWPA 3CETA 4DB3A 3B8AX 3ULEB 2VWBA 3QBXA 1IJJA 4BR2A 4Z94A 3R6MA 3RSEA 3QDKA 2J4RA 2QW9A 4BC3A 4BRMA 5E84A 4CZEA 1NGHA 3CERA 4IXCA 3CJ9A 2F9WA 4FWRA 2GELA 3CJCA 3ATVA 1C0GA 5FPEA 3JXUA 1DEJA 5KPTA 2Q97A 4FWPA 2QM1A 4CBXA 2FF6A 3VGMA 3EKSA 3A5MC 4JHDB 3UKRB 1YXQA 3CJ1A 4CZKA 1NM1A 4CZLA 4BREA 1U2VA 4FOIA 1NGEA 1XUPO 2V7ZA 3A5NC 1GLEG 2CGLA 2GWJA 3QB0A 3DXKA 4DQ8A 3ATUA 5LJVA 4BGAA 2A42A 3O4WA 1P8ZA 2I7NA 2HF3A 2ZF5O 4CZFA 1MDUB 4YDUC 5ADXA 4M7YA 4BR4A 2FLOA 5AQYA 4WQ4A 5BREA 1G99A 5EX5A 4BVOA 3M6GA 1KXPA 1U2VB 3LL3A 4XH4A 4FWLA 1V4TA 2YJEA 3MN9A 2OANA 1T44A 1BDGA 5AQHA 3CJBA 1HKCA 2FXUA 4K43A 1WOQA 2F9TA 5AQZA 3SK3A 4EFHA 5BPNA 4FWNA 4FPBA 4B1ZA 4ISFA 2VCPA 2E20A 2P9PA 1HX1A 1GLFO 3GG4A 2IVPA 4EAHD 3VGKA 5JMVA 2IVOA 4I6MA 2P9KB 1NGJA 1E4FT 1BU6O 1JCGA 1R59O 2D1KA 3QMLA 3M3ZA 4H0PA 3WQTA 3QFUA 1J6ZA 3CJ7A 4H0YB 1BA0A 3WXLA 3CQYA 5BN9A 3VEYA 3AAPA 4QS7A 3DWLA 1RGIA 4H0VB 4AM7A 4MO5A 1Z05A 3L4IA 2FF3B 1C0FA 1DGKN 3CIPA 5AQRA 4BRNA 3VEOA 2P9NA 3ZEUA 3FR0A 5TKYA 4NB4A 5E26A 1TYQB 3IFRA 5F0XA 3QBWA 5AQFA 2GWKA 3UB5A 1QQOA 3DAWA 5JLFA 3HM8A 3HZ6A 3LM2A 2YHYA 1WUAA 2QWQA 2WUSA 3ID8A 4XEIA 1SAZA 3O1WA 4BR5A 4H5NA 3VEWA 3ZETA 2PAVA 5AFUA 3WEEA 4PKIA 3O5BA 3EN9A 2AP1A 2EWSA 3ULEA 2YCHA 4IZ9A 4MLEA 4PKGA 1JCFA 4WQ5C 1BOTO 1NWKA 3SJHA 4DCHA 5BRDA 3AY9A 2ITMA 4H0XB 3C7NB 5CE3A 5AFUH 2KHOA 3VF2A 1Z6RA 4EHUA 3AARA 3ZX3A 4BVPA 2CH5A 4BRPA 3U9ZA 1YVNA 1YAGA 3ZETB 1D4XA 4JHDA 3UKRA 4XH5A 3SMPA 5EVZA 2GUPA 1T6CA 2NRHA 5AQMA 3VEVA 1NBWA 1MA9B 2FSKA 3WQUA 2E2QA 3GDQA 4DHYA 3BP8A 1Q18A 4B1VA 3ENHA 1QHAA 2P9IA 1GLCG 3U8XA 3MMVA 2CGKA 2QXLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSUA 1NGCA 3SQ1A 4JRPA 4BROA 1X1PA 3VF6A 4ZHRA 4DTJA 3KHYA 4FJJA 2E1YA 2Q0UA 2JWLA 4OJRA 5AQWA 2O4GA 4OVLA 4CEFA 1TAUA 3L2WA 1O1WA 1FXXA 2P9IB 3CC7N 1XMQK 3QICA 4XH1A 4B3MK 1J5OA 3OYMA 4KHUA 3A0IX 4PL8A 2Q3SA 4KHNA 2A1SA 3VOVA 3NGIA 3LWLA 3SPYA 4IBNA 2ASPA 3MN7A 4DSEA 2A6AA 3L2UA 2AJQA 2AA4A 2HBMA 3H1VX 4E0DA 2OPPA 5C24A 3C65A 4M45A 4WCEL 1YITN 1Q81O 3C0BA 3L4QA 4BQLA 1HNIA 4IO8A 4CIGA 3E66A 4M7XA 5GADP 4Y1DA 3U6FA 3I8BA 1NLVA 3IRXA 3VQEA 4DR2K 2E2PA 1XNRK 4N41A 3SMSA 4OGCA 4WYBA 4K25A 2UU9K 3H1QA 1NNEA 2XY5A 5KPZA 1XHZA 3ZYYX 2WOMA 4CFBA 1QE1A 3DMJA 1EX4A 5CZ1A 2HBKA 2HF4A 1D5AA 3PSFA 1U47A 4I7FA 2O8EB 4DS5A 4CJUA 2QEXN 4JKAA 3DXMB 5KQ8A 3OYBA 3TWHA 3UE5A 2E2OA 3P38A 1RFQA 1QSYA 3ZT2A 3AO2A 4FVMA 4JKEA 3VGLA 1IG8A 5GAEP 4BR9A 5J2MA 3AA2A 4AH9A 4BG9A 3OS1A 3AVNA 3HTVA 4A61A 1WAFA 3RR8A 1OVYA 1WSIA 4M3YA 3SAGA 1EP4A 4I9LA 4C8NA 3PX0A 3BY5A 3IMXA 3OVNA 4JI2K 2QKKA 1NGBA 4MDAA 2GTDA 3ZLJA 2EX3A 2G8KA 4OO1J 1EKEA 3I33A 2ZJQL 1S6PA 4HVJA 1DTQA 3HSCA 1RT3A 4HWIA 4JNEA 3ZX2A 1NK8A 4KHSA 3VQBA 4B1WB 4IOXA 1RDAA 2E5LK 5AZJB 2ZE2A 3F5TA 4E3SA 3U4LA 1KD1O 1QZ6A 5FDLA 2YJFA 4QAGA 3QESA 1HNZK 4CJLA 2BH1A 4CJWA 5AQNA 4A59A 3LDPA 1BQMA 2NRRA 2Q2RA 3DOKA 4BRQA 2I7PA 3ENOA 3MN6A 4J2DA 1HKBA 2QI2A 1P90A 2XY6A 5IT9O 1ESVA 3BUZB 4IO9L 4B08A 4PQUA 2E2NA 3LDLA 4C1NI 5AQKA 1NGAA 1T7PA 4KREA 1NGGA 1C0TA 4LY7A 1V4SA 5JICA 4FSVA 3THVA 4QS9A 4BC2A 5AR0A 4E89A 4DFJA 3W0LA 3OYJA 3CJAA 3IG1A 5BR9A 5M1QA 4IFVA 1MU2A 5FRMA 3DM2A 2Q1NA 2HHVA 5KI6A 4A2AA 1MWMA 1NGFA 4DF4A 4QOZB 3U3GA 2VG6A 3FZLA 4JI3K 4FJ7A 1WBDA 3AVAA 3O6WA 4IJAA 3C6UA 3FZHA 4CJ5A 4NYFA 3FZFA 3OYDA 2DFFA 1S9GA 2O8BA 4DG1A 1OKJA 1SS6A 4F8RA 1I3AA 3JS6A 3NFAA 5HL7L 1VSIA 4DSLA 3P31A 5EY4A 1T6DA 3SV4A 4O8UA 4MO4A 3V1OA 4YOXA 4CJRA 4OPJA 2D0CA 2H3GX 2E8AA 3MXIA 4IDHA 3SZ2A 4ID1A 3T3FA 3M8RA 3IDHA 4BR7A 3AVKA 4DTNA 4BRLA 1SKWA 1HUXA 5FPDA 1S3XA 4BR0A 3THYB 4AHSA 1HRHA 2BTFA 3LZJA 1JL1A 3SLCA 3A5OC 3AVMA 3K58A 3V4IA 3A8YA 3FZKA 3LM9A 3LDNA 3PY8A 4LH5A 4FM1A 4JD2A 3VEXA 3VENA 4E7KA 1EWRA 1QQMA 2HHQA 3GBTA 3AVBA 4UY8O 3MAQA 1NJIO 4FK0A 2HHSA 1ZBSA 1MWKA 1SQKA 1NK5A 4FZZA 1KQSM 4DTXA 3B8AX 3ULEB 2VWBA 3QBXA 4Z94A 3RSEA 1RNHA 1NGHA 1Q86O 4CGHA 3TSPA 4O5BA 1RDBA 3MEGA 2BDPA 3ATVA 3JXUA 3RMCA 3S3MA 4O4GA 3G10A 3TAMA 2B4JA 5HP1A 4CBXA 2FF6A 3EKSA 1EETA 4JHDB 3UKRB 1RT2A 2X74A 5C10A 4O0JA 4CJTA 5C42A 4WE1A 4OLBA 5LJVA 3KK1A 4BE1A 4GVMA 1GOBA 4LF4K 2RF2A 4JKGB 4JI6K 4C8OA 1RCHA 1MDUB 4WFNL 2KFZA 4R5PA 5ADXA 4M7YA 4CHNA 2Z1JA 1D9FA 1FK9A 1G99A 5EX5A 4CFCA 1RT1A 1KXPA 4DFPA 4AHVA 3AO1A 4W5TA 4CFAA 2OANA 2G8HA 4OLAA 3C94A 5DMRA 4KO0A 2DFEA 4KI6A 3M8QA 1SL1A 1UAXA 2P1JA 2PYLA 3RRGA 1WOQA 2IDOA 3SK3A 4EFHA 2UXCK 4FWNA 4DSKA 3BGRA 4F4KA 2I5JA 4KH4A 2P9PA 4HHTA 3D45A 3VGKA 1ZBLA 3NF8A 5JMVA 3C95A 1UA0A 1BU6O 4H0PA 3THXA 3CJ7A 3KLEA 3PSIA 4HTUA 3THWA 5BN9A 5J2QA 3T1HK 3AAPA 2YV0X 4MO5A 3L4IA 3OS2A 2F8TA 3KK7A 3MCAB 1RDDA 3FR0A 3QEVA 4FJMA 5F0XA 5A2QO 4DR3K 5J1EA 2WFBA 3F73A 3UB5A 4ID5A 3DAWA 3HM8A 4C8MA 1KVAA 2HHTA 3ID8A 4XEIA 4BR5A 4OGEA 3EN9A 3LP1A 5TKWA 2YCHA 3QIPA 4MLEA 2O8CA 1QSSA 2UUAK 5BRDA 2BGGA 2ITMA 4H4OA 4CFDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4BAC A;  3CQY A;  2D0A A;  4QS7 A;  3DWL A;  1RBS A;  2NRV A;  4FM2 A;  1JLQ A;  3LPT A;  3NF9 A;  4JRQ A;  1W2B M;  1DGK N;  3NVK A;  3CIP A;  5AQR A;  4CVN E;  3VEO A;  1KFD A;  2P9N A;  3ID6 A;  2P5O A;  5E26 A;  5JS2 A;  5KTQ A;  1JJ2 M;  4N56 A;  4ICL A;  3WXM B;  1IKV A;  3SQ4 A;  4X64 K;  1JKH A;  1QQO A;  2BE2 A;  5D3G A;  4JS4 A;  3HZ6 A;  3ZT4 A;  1HR0 K;  4YOW A;  3QEI A;  2WUS A;  4DMN A;  2O8F A;  3J7Y P;  4ILJ A;  4H5N A;  3MEC A;  4E1M A;  3CFO A;  3VEW A;  2FBT A;  2PAV A;  3ZET A;  5AFU A;  3WEE A;  4IFY A;  3I0R A;  3F9K A;  2EWS A;  4IZ9 A;  3OTO K;  1BOT O;  2QA4 N;  3SJH A;  3KK2 A;  3ISN C;  3J7Z O;  4AIL C;  1BQN A;  3C7N B;  4FJL A;  5AFU H;  2DY4 A;  3HT3 A;  4AHC A;  3O4Q A;  3ZET B;  1DT9 A;  3QEP A;  5LMN K;  4B9N A;  3LAK A;  5AQM A;  1MA9 B;  1BIZ A;  4DHY A;  1VSK A;  4F2R A;  2P9I A;  3MMV A;  3DOL A;  2CGK A;  2QXL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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