2G8KA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 42
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8kA00
3OYIA 1VSKA 3TAGA 2D0CA 3VQBA 3LWMA 2HHXA 4DS5A 3AO2A 5J2NA 3DMJA 1QSLA 4DTMA 2G8VA 4QOZB 4CEBA 1RDBA 2FBTA 4AHVA 4KKOA 1B9DA 1RTDA 4ICLA 1LW0A 1S1WA 4Y1CA 1TKDA 1RBRA 1CLQA 3QEWA 1NK9A 1YVUA 1L3VA 4B9MA 3VQPA 4RW8A 4OPJA 1CXUA 1SUQA 4EZ9A 1JXBA 3OJUA 2HHTA 4AHTA 2DFFA 3SJJA 3HO1A 2IAJA 3PUFA 3KK2A 3TAEA 3NF6A 4FLTA 3VQQA 3IAYA 4CJQA 3LZIA 3UIQA 4FK2A 2DY4A 3KD5E 4BACA 5SWMA 3S3NA 1QS4A 2F8SA 4CGDA 2NUBA 3QEVA 3DLBA 3AVHA 3ZT4A 5D3GA 1Q8IA 1WLJA 3NAEA 2JGUA 2ZQBA 2XY8A 5KRTA 2ITGA 1EP4A 1N6QA 1RT4A 1KVBA 2D0BA 1VSEA 4GVMA 3QIOA 4CJEA 3ISNC 3PX4A 1SL0A 1J53A 2HNYA 2P51A 1NK6A 3OYBA 1U45A 4KAZA 3KKRA 3AVMA 3K5OA 3PO5A 4F3OA 3AA3A 3VQ8A 4M3WA 3OYJA 4LH5A 1EETA 1JLGA 4NYNA 1DTTA 3I8DA 2ZE2A 1RTJA 3T19A 3TR8A 2EX3A 3KLFA 2ZD1A 4DTRA 4CJRA 4N56A 1U49A 1KLNA 1QHTA 4CFCA 3HPHA 3K59A 3AA2A 4FJHA 4PA1A 3KIOA 4CGHA 4BE0A 3TABA 1SL2A 3RRHA 1L3SA 4B8AB 3EY1A 1TK5A 1RT7A 3VQ4A 4KI4A 3C94A 4CHYA 1N5YA 2DFEA 1BQMA 5CZ1A 5DK5A 3NF9A 2YHAA 4YNQA 3AVCA 3SQ1A 4QAGA 1SKRA 3KD1E 4KFBA 2E6MA 4RW9A 1NK8A 3K2PA 5HRPA 4HVJA 3KLIA 1WSIA 3LPTA 4DSKA 4OGCA 1Q9XA 4CEFA 3NH1A 4CJSA 1UA1A 4DTUA 3AVKA 1NKEA 2KFZA 1LWEA 2OPPA 2YV0X 1VSLA 4KV8A 5C24A 3TAQA 1C1BA 2HVIA 4Z4CA 3WNEA 3L2RA 3NF8A 4DTXA 1VSFA 3ZSOA 2OPSA 2G8IA 2HHUA 4M3UA 3K57A 3P5JA 4DTNA 3I0RA 1RT5A 1XC9A 1EXQA 3OS0A 3QINA 1VSDA 4NCGA 3S9HA 3HXMA 4Z4FA 1SV5A 5JS2A 4DQQA 3NF7A 4M3RA 4PQUA 4I2QA 4DU3A 3V9WA 5J1EA 2ETJA 5JS1A 1MU2A 1TL1A 2ATQA 2F8TA 1LAVA 1F21A 3MXJA 4B3OA 1TL3A 4CEZA 4M3TA 1FKOA 3LP2A 5FROA 4EP4A 3HM9A 1TAQA 2WONA 2F96A 4CJPA 1WAJA 4OJRA 3NE6A 1BISA 3SQ2A 1QE1A 1RBSA 1NJYA 1IKYA 1S1TA 1BGXT 4FM0A 2RF2A 1RT2A 1FK9A 3QEIA 2HHSA 1TKZA 4RW4A 2RN2A 4Q0BA 1KTQA 3DRPA 4HUGA 3SV3A 1XWLA 3NGYA 3KLHA 4Z0UA 4AILC 1LV5A 1RDAA 4BWJA 3OYAA 4CGIA 2X78A 1U47A 3NGZA 4E7KA 3ZT0A 3AO1A 1DTQA 2YNFA 3VQDA 3AVBA 3L2QA 3S3OA 1C0TA 3RMAA 4FZYA 1R0AA 4KI6A 3NH2A 4FLZA 4HCCA 4DU4A 2HB5A 1L3UA 4HHTA 4KPYA 4FZZA 1W9HA 4C8NA 3L2VA 2VG7A 3LPUA 4FVMA 4CEEA 4AHRA 2B6AA 3OS1A 4DTPA 3V9SA 3PX0A 1T7PA 1S9EA 1ZBUA 1IKXA 3C6TA 3CM6A 4CJVA 4DG1A 4DMNA 2HHWA 2IOCA 1S5JA 3L2UA 1JLBA 4DLGA 4DTOA 4CHPA 1D9FA 1ZBIA 1VSMA 3HT3A 5C42A 1NK4A 4JRPA 4M41A 4LH4A 1HQUA 4KO0A 3DRSA 3WNGA 4IKFA 5KI6A 3HSTB 4ELTA 1HNIA 5FRNA 1TKXA 3DLGA 2YNGA 3AA5X 3QIPA 4F8RA 1RILA 3AO4A 3SV4A 1YTUA 1CXQA 3QNNA 4DF8A 2RKIA 3AO5A 3C6UA 3MEDA 1NK5A 4B9UA 4DWIA 1UOCA 4M45A 3OYNA 4DTJA 3M8QA 3H08A 3KK1A 1ASVA 4FJ9A 4DU1A 1WSHA 4ZTFA 4I7FA 1U04A 2XHBA 4AHSA 1NKBA 2HNDA 2BE2A 4FLWA 1S1VA 3IS9A 3D0PA 1S1XA 3AO3A 2KFNA 3SPYA 2JLEA 4E1MA 1TGOA 2HHVA 3MECA 1ZBFA 4B8CA 1L5UA 1U48A 4E7JA 4AHUA 4CJTA 2XY7A 4C8OA 4DSLA 2P1JA 1CZ9A 2VG5A 4O4GA 2FBYA 3V6DA 1D5AA 3V9ZA 4B9VA 3E01A 4CIGA 4I9QA 4FJMA 4M42A 5CYQA 3DLEA 1NOYA 3SCXA 3MXIA 1W0HA 4CJWA 3B6PA 4FK4A 4KHYA 1I39A 2EHGA 4CIFA 3K5LA 1Z26A 4L8RB 4OVLA 3O3GA 1ZBHA 2D0AA 1UAXA 4FLYA 4CJLA 1BI4A 1HYZA 4FJLA 4C8LA 2XRIA 4IBNA 1KVCA 3OYDA 3RTVA 5SZTA 1X1PA 1NJWA 2KTQA 4ELUA 1JKHA 1Y97A 1ZYQA 3V81A 3LAKA 1KSPA 1EX4A 1GOAA 4DSIA 1HYSA 4FJNA 3SYZA 3LWLA 3LZJA 3AVAA 3QO9A 3HJFA 3KLGA 1KFSA 3DRRA 3KK3A 3OYMA 1BQNA 1S1UA 4Y1DA 1RT3A 1RTIA 3EYZA 4BDPA 3SZ2A 3K5MA 2O4IA 2KW4A 1J54A 1LAWA 1S6QA 4FLXA 2KZZA 4IFYA 4FK0A 3L2WA 1NK7A 2YNIA 4EP5A 2HVHA 1X9MA 4B9LA 2P5OA 1C6VA 3LAMA 2PYJA 4DQIA 1REVA 3HP6A 3CYMA 1L3TA 1VSHA 3DLRA 3EZ5A 1HQEA 3QEPA 4KHNA 2QK9A 5C25A 4DQRA 3OYHA 4NYFA 4GW6A 4C8MA 4CECA 3G10A 3NCIA 1JLQA 3F9KA 2GV9A 3QESA 4HCBA 4N47A 3C95A 4KTQA 5I3UA 4LSLA 1RNHA 3TARA 4I2PA 2Z1JA 5HP1A 4ELVA 3VN5A 3QNOA 3VQ9A 1IH7A 4CGJA 5DMRA 1J9AA 3VQCA 2VG6A 4W5RA 4FW1A 4LD0A 3KJVA 3MXMA 4JS5A 4DQSA 3QETA 3VQAA 4BWMA 4FM2A 2PZSA 3ULDA 3DM2A 3NHGA 3VQEA 1IG9A 4IG0A 4CHOA 1BI4B 2XY5A 4KHQA 3T3FA 3TAPA 4CIEA 4AH9A 4J2AA 1C1AA 4FJGA 1WSJA 3B6OA 4OGEA 3VQ5A 3O3FA 3V1QA 1A5WA 4FM1A 4J2BA 2G8WA 1TK0A 5KGXA 3LANA 1A5VA 4WE1A 1LWFA 3F73A 4MQ3A 1FKPA 1WSEA 3RR8A 4HUFA 3L8BA 4PUOA 1BL3A 3SPZA 3ZSVA 4E1NA 3RRGA 3PY8A 4FJIA 3RWUA 1FXXA 3ZT1A 4O44A 3KLEA 1T05A 3ITHA 2OYQA 4K8ZA 4FXDA 4DF4A 5CZ2A 5KTQA 4JLHA 3OYKA 1QSYA 3DI6A 3OYCA 4CFAA 4B9TA 4DSJA 4H4MA 4FZXC 4CERA 1CZBA 1LW2A 4BE1A 1IO2A 3HL8A 2FC0A 4O5BA 4E7LA 4DFKA 1BCOA 3SUNA 1T8EA 4KHSA 3O3HA 2FBXA 1QQCA 4KHUA 2X74A 5HRRA 1XHZA 5CYMA 3FFIA 4TSXA 4IFVA 2OPRA 3SUPA 4DSFA 1WNSA 1S6PA 2GBZA 1GOCA 4W5TA 1C0UA 1HJRA 3JSMA 1RT6A 1HYVA 3D45A 1BIZA 3O4QA 2B4JA 2GUIA 1UA0A 4CJ4A 3SQ0A 4R5PA 4E89A 4AHCA 3RMDA 3P1GA 1VK0A 1RT1A 3KKSA 4BE2A 1SKSA 3ASMA 3OS2A 4PWDA 4XIUA 4HTUA 4M3ZA 4N5SA 5HBMA 2WOMA 4F2SA 2PY5A 2VWJA 4N76A 4Z4GA 1JLAA 3V1RA 4CESA 1YT3A 1BHLA 5J2QA 1KRPA 4J2EA 1KVAA 3AV9A 1LWCA 2BGGA 3I0SA 3V9UA 1Z25A 2AJQA 2YNHA 1RDCA 2QKKA 4B08A 2HMIA 3HP9A 3WNHA 4CEAA 4K8XA 5EU7A 4IDKA 4GMJB 1NJXA 3CM5A 2Z1GA 3CG7A 3PV8A 3SUOA 4ZTJA 2HNZA 4FJ8A 2YKNA 3AVNA 2I5JA 3PO4A 3OVNA 1IKWA 2YKMA 3ALYA 4ID1A 4KTWA 4KTZA 3ZCMA 4FW2A 4NCBA 1B92A 5J2PA 3NBPA 1YTAA 2BDPA 4H4OA 2XO7A 4OPKA 4QCLA 3U3GA 1C1CA 3NH0A 2IS3A 2DTUA 4OLBA 5HRSA 3OY9A 1JLCA 3AVFA 4OKEA 4CF2A 1NOZA 1HNVA 4RW7A 1Q9YA 4KHWA 4E3SA 3O4NA 4FJ7A 3TWHA 3AVLA 4BDZA 4DTSA 2HW3A 1WSGA 3ZSWA 1K6YA 2DFHA 1J5OA 4CK2A 4E19A 5T7BA 4JS4A 1TVRA 4LY7A 2G8HA 1S9GA 2OZSA 3KTQA 3CQ8A 3VQ6A 3MEEA 4CJ3A 1XHXA 3QLHA 5HRNA 4YFUA 3OYEA 3RMCA 3LALA 5KGWA 4CCHA 4FJ5A 4CF1A 1TV6A 2Z1HA 4RG8A 4DLEA 1QSSA 3HPGA 2IDOA 3WNFA 2W42A 3SUQA 4F4KA 3OYFA 3BGRA 3ZSXA 1VSJA 4LSNA 3QEXA 1X9SA 4W5QA 5FDLA 5FRMA 1ASUA 3A2FA 1A5XA 1O1WA 1C0MA 2KZMA 4W5NA 1IKVA 3ZT3A 2G8KA 4FCYA 3S3MA 1HRHA 1RDDA 3AVGA 1T03A 4KB0A 1JLFA 3M8PA 3K5NA 4FLVA 4DSEA 3L3UA 3VA3A 4E0DA 4CK1A 4Q5VA 3L3VA 1JL1A 4OKJA 3PX6A 4F2RA 4PY5A 3IRXA 4DS4A 4KB1A 1RBUA 2QXFA 3ZSQA 3NDKA 3AA4A 3IG1A 4J2DA 4O0JA 2QKBA 1UWBA 3V1OA 3LDSA 4B9SA 2O4GA 4MFBA 3M8RA 3T1AA 3THVA 4KRFA 4CEQA 4JRQA 1SKWA 3SI6A 2IC3A 3HYFA 4OLAA 4CGFA 2R7YA 3SNNA 2E6LA 1BCMA 1VRTA 4M3YA 3U3YA 3HVTA 4Z4IA 2OZMA 2E4LA 4Z4HA 1HMVA 3DLKA 1B9FA 5I42A 1KCFA 3AVIA 4HUEA 1WN7A 3ZSYA 3P83D 4OKKA 4CFDA 1ASWA 1I3AA 4CJUA 3AVJA 3TAMA 3HVRA 4UQGA 4C8KA 4IG3A 3MEGA 4H8KA 3U6FA 3TANA 4BDYA 3G0ZA 2Y1JA 3TI0A 3LP0A 4B9NA 2BANA 3SQ4A 5HROA 2A1SA 4CF9A 1RCHA 4O0IA 1ITGA 2G8UA 3RR7A 4EZ6A 1U4BA 3ZT2A 2RPIA 2Y1IA 4CJKA 3ZSRA 4DQPA 5K14A 2OPQA 4CEOA 1TKTA 1KFDA 3NFAA 1XI1A 4CF0A 4ZHRA 4DFJA 3HK2A 2PYLA 3VA0A 4E7IA 1BIUA 4CGGA 2X6NA 3K58A 4CFBA 5KRSA 4CK3A 4DFPA 1RBTA 2OA8A 4FJXA 2FBVA 1TK8A 1JLEA 4FYDA 1D8YA 2Z1IA 4W5OA 3MAQA 4M3XA 2IGIA 4O55A 1G15A 4CEDA 3CFPA 1EKEA 4G1QA 5CY4A 1RTHA 3JYTA 1JXEA 3OYLA 1WAFA 3HPOA 2B5JA 3NGIA 1DLOA 4E7HA 4DFMA 3DOLA 5J2MA 2YHBA 3CFRA 3OJSA 3V9XA 3V4IA 1NKCA 2Q3SA 4CE9A 2G8FA 3LP1A 4FLUA 5E41A 1X9WA 2LSNA 4N41A 1TAUA 4Z4EA 4CJ5A 1VRUA 4CF8A 1D9DA 4CJFA 2P5GA 2D5RA 1WSFA 3CFOA 1QTMA 1HPZA 4CHNA 4CHQA 5HLFA 3ZSZA 3LP3A 2X6SA 3DYAA 3OYGA 4FJJA 4FJKA 3M8SA 1VSIA 1NK0A 4F3TA 2VWKA 2XY6A 4ID5A 3VQ7A 1RBVA 4RW6A 2KQ2A 3DLHA 1GOBA 3BDPA 1KLMA 1ZBLA 4CHZA 1SL1A 3QERA 1JL2A 3DOKA 2A1RA 4I9LA 3TAFA 3RMBA 2HHQA 4KREA 1NJZA 4NCAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYIA 1YITN 2D0CA 3CJ1A 3LWMA 4DS5A 1NJIO 4DQ8A 2NZTA 5J2NA 4JI4K 3ZX2A 4CEBA 1RDBA 2FBTA 4AHVA 1S1WA 3ULEA 3VESA 1TKDA 1CLQA 1L3VA 3VQPA 3D2EB 4NXMK 4DR7K 4BRFA 4BRNA 2YJEA 3IUCA 3U9ZA 5LJVA 3SJJA 3HO1A 3PSIA 3TAEA 3IAYA 4CZHA 3P39A 4BACA 3ZEUA 2NUBA 3EE9A 2JGUA 3QB0A 1RT4A 3Q7CA 2A6AA 2D0BA 2YX6A 3CPEA 3SLCA 4AQYK 4CJEA 3ISNC 3WEEA 4LFCK 1ATRA 5DM7L 3PO5A 4F3OA 5JMVA 3GOIA 4X64K 2YHYA 4NYNA 2ZE2A 5GIPA 2EX3A 4CJRA 4N56A 1KLNA 4IO8A 3HPHA 3VEVA 3CCJN 3LM9A 3TABA 4B8AB 3T69A 3CF5L 4KI4A 2WUSA 4YNQA 3UE5A 2I7NA 1SKRA 4RW9A 4ILHA 5HRPA 3VEWA 1UA1A 4DTUA 3AVKA 1VSLA 1J5EK 4KV8A 5AQWA 5AQIA 5AQHA 4JKHA 4X62K 3R1XA 2F4VK 3SAGA 2E2NA 2HHUA 5AFUH 2Q2RA 3I0RA 2HMPA 3S9HA 2QWPA 1U6ZA 3CERA 5JS2A 3NF7A 2ETJA 3E9PA 4EHTA 3O4WA 4M3TA 3H6EA 4DV7K 3HM9A 1QQNA 1WAJA 4CZIA 4M7XA 4ISFA 3CJBA 3VGMA 1RBSA 1BGXT 4GV6A 2RF2A 3DXMB 3FZKA 1TKZA 2RN2A 4BR2A 5FLXO 2GX9A 4HUGA 2A40A 1LV5A 4Z0UA 4AILC 1RDAA 4BWJA 1XMOK 3OYAA 4CGIA 4BRDA 3NGZA 3VQDA 2YNFA 3AVBA 3S3OA 1R0AA 5C10A 4KPYA 4HHTA 5AQKA 1W9HA 3ENHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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