The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RRNA
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| publication title |
Mechanism for expanding the decoding capacity of transfer RNAs by modification of uridines.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3R K; 2ZM6 K; 2E5L K; 1HNX K; 4DV7 K; 1N36 K; 4DV2 K; 5IWA K; 4JI4 K; 3OTO K; 1HNZ K; 1IBK K; 4JI7 K; 1FJG K; 3J7A P; 4JI1 K; 3J80 O; 4DV4 K; 4LF4 K; 4LFC K; 5LL6 Z; 4DR5 K; 4LFA K; 2HHH K; 1XNR K; 5LMN K; 4JI8 K; 4X62 K; 2F4V K; 1IBM K; 3T1Y K; 4CVN E; 2UXC K; 4DUZ K; 4DV0 K; 4JV5 K; 4CW7 B; 4JI2 K; 2VQE K; 4X65 K; 4LF6 K; 3J7Y P; 4X64 K; 2UUA K; 4X66 K; 1HNW K; 4LFB K; 4NXN K; 4DR7 K; 1XMQ K; 4LF7 K; 4K0K K; 1N32 K; 4AQY K; 4JI0 K; 4DR2 K; 2VQF K; 1IBL K; 4JI3 K; 1J5E K; 4DR6 K; 4LF5 K; 5BR8 K; 1XNQ K; 4DV3 K; 1XMO K; 2UXD K; 4DR1 K; 2UUC K; 4DUY K; 4DR3 K; 4JYA K; 5AJ3 K; 4YHH K; 4YY3 K; 4LF8 K; 5IT9 O; 5FLX O; 4JI6 K; 5LMU K; 4B3T K; 1HR0 K; 4JI5 K; 4DV6 K; 2UXB K; 5A2Q O; 3T1H K; 4DR4 K; 4GKK K; 4V19 S; 1N34 K; 3JAM O; 4OX9 K; 4DV1 K; 4GKJ K; 3J81 O; 4B3M K; 4NXM K; 4B3S K; 4DV5 K; 1N33 K; 4KHP K; 2UU9 K; 1I94 K; 2UUB K; 4LF9 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RBU A; 3CCU N; 2WON A; 3EZ5 A; 3RR7 A; 5BRE A; 2WC9 A; 2NRX A; 1HQE A; 2X6N A; 5AQO A; 4CGH A; 2VG5 A; 3WQU A; 3CQX A; 2YNH A; 1ZYQ A; 1SZ2 A; 2ZJP L; 3BF1 A; 3FFK B; 3L2V A; 3NH0 A; 3WQT A; 2FBY A; 1Z05 A; 3VMF B; 4U7B A; 2O8D A; 3MEE A; 1JCF A; 4O5B A; 4Y1D A; 4CIG A; 3FGU A; 3PIP L; 3VA0 A; 1KCF A; 3VES A; 4CW7 B; 1C1A A; 3V6D A; 1TGO A; 3C95 A; 5HL7 L; 2I7P A; 1VSH A; 2P9U A; 4FW1 A; 4EHT A; 4PQU A; 1Z6R A; 4FLY A; 3HPO A; 5BPN A; 4KRF A; 3L2U A; 2I5J A; 1KVB A; 2FXU A; 1VQO N; 4DR7 K; 3A5M C; 4BG9 A; 2XY5 A; 1XMQ K; 4LF7 K; 4FJM A; 3KTQ A; 4I7F A; 1QZ6 A; 4DQR A; 4AHV A; 4WFN L; 3TAM A; 3HZ6 A; 4FWL A; 1YJN N; 4E0D A; 4GNI A; 4BC2 A; 4CHO A; 2RE2 A; 3CJC A; 4CZJ A; 4DQS A; 2HHQ A; 4IO9 L; 1VQ8 N; 5BR8 K; 3SQ1 A; 1HRH A; 4B9T A; 4RG8 A; 3VGK A; 4JS4 A; 3OS2 A; 3T69 A; 3K9K A; 3KWG A; 3MXM A; 1CZB A; 4FWK A; 4E1N A; 3K2P A; 3O1W A; 2KW4 A; 4JI6 K; 5HRS A; 3OJU A; 4YOW A; 3OYM A; 3NF8 A; 1RBV A; 2BE2 A; 1TUY A; 3IKM A; 3CCS N; 3O9T A; 4V19 S; 2NRV A; 3FZL A; 1ZXO A; 4GKJ K; 1BL3 A; 3IFR A; 3V9W A; 2DY4 A; 4KRE A; 4CZM A; 2P9P B; 4H0X B; 1N33 K; 2KLA A; 1G99 A; 2BAN A; 5FDL A; 4FSV A; 4FL9 A; 3LWL A; 4B8A B; 3SQ4 A; 1N36 K; 5JIC A; 3I8D A; 1HJR A; 4KHU A; 1JXE A; 2V7Y A; 3BEX A; 4H5N A; 3VQ8 A; 4FWP A; 3VEZ A; 1CLQ A; 3TAF A; 3K0S A; 3L4I A; 3OYK A; 4CD3 A; 4C8O A; 1TV6 A; 4YOX A; 4LF4 K; 4O4G A; 4FJL A; 2A42 A; 3WEE B; 4U67 L; 3AA2 A; 1RCH A; 1RT7 A; 4C8L A; 3O5B A; 1L5U A; 2O8C B; 1TK0 A; 5AZI B; 4BGA A; 1NGI A; 4BRQ A; 1KFS A; 3F5T A; 5I9E B; 5JS1 A; 3BZK A; 3KLH A; 3T3F A; 4FWR A; 4NO7 A; 1GLL O; 4AHS A; 1XC3 A; 4M3X A; 2GEL A; 3VQ6 A; 4A5B A; 4CJK A; 2RKI A; 2ZQB A; 2JWL A; 3O3H A; 3DOK A; 3KVG A; 2HB5 A; 1NGA A; 1GLF O; 3VF4 A; 3ENO A; 3HXM A; 3K59 A; 4FJH A; 1HJO A; 3LDQ A; 4JI0 K; 2ASO A; 4DS4 A; 3HT3 A; 5B8H A; 3KK2 A; 4XH4 A; 3NH2 A; 5BRD A; 3TAG A; 3M6G A; 4CGI A; 3K5N A; 3IG1 A; 1S9G A; 1SV5 A; 1BO5 O; 4KHN A; 5KGX A; 4NYN A; 4IOC L; 2E8A A; 3MN6 A; 3CM5 A; 3P4I A; 3DOL A; 4CBX A; 5EX5 A; 1X9W A; 4CCH A; 3VTI A; 3F9K A; 3VQB A; 3P39 A; 4DTN A; 4ISG A; 4DQ8 A; 3DJC A; 4CGD A; 1HUX A; 4FWM A; 4XEI A; 3QNO A; 3TAN A; 3BF3 A; 1NWK A; 1RFQ A; 2PFU A; 4DSK A; 1X3N A; 3HPG A; 3OA9 A; 4DS5 A; 5T7B A; 3OYG A; 2IS3 A; 1OKJ A; 4LD0 A; 4CJ7 A; 4H4O A; 3CM6 A; 4YDU A; 4NXM K; 4NYF A; 1VSL A; 1BU6 O; 4CJE A; 1QQC A; 2R7Y A; 4G1Q A; 4CHZ A; 1RT2 A; 3SUQ A; 5IWA K; 4MDA A; 1B9F A; 1EX4 A; 1NGC A; 1WAF A; 1NOZ A; 1DKG D; 4DSJ A; 4C1N I; 4O0I A; 4CJT A; 4IZ9 A; 3ULE B; 1S1T A; 2OPP A; 3ID6 A; 4WQ4 C; 1NU0 A; 1TL3 A; 4M3R A; 1VAZ A; 2HST A; 1RDW X; 3M8Q A; 1IBM K; 1IJJ A; 1JLG A; 4BRI A; 5SZT A; 3IRX A; 2AJQ A; 2FF6 A; 4KB1 A; 2Q1N A; 4DG1 A; 5BRH A; 2W6K A; 4Z94 A; 3O9R A; 2QWL A; 2VYP A; 4H0T B; 2A3Z A; 3OYI A; 3ZT4 A; 3U4L A; 1N32 K; 2G8F A; 4I9L A; 2QKK A; 2AA4 A; 4KHY A; 3WNE A; 3LP2 A; 1S22 A; 4EAH D; 2Q36 A; 4H0V B; 1NMN A; 3DLB A; 2D0C A; 1RTI A; 1XMO K; 2GUI A; 2YHA A; 4BAC A; 3EE8 A; 3LDS A; 3ZLJ A; 4YY3 K; 3JS6 A; 2O8F B; 3FFI A; 1NK4 A; 3MK6 A; 3UIQ A; 1V4S A; 2YJE A; 3KLI A; 4A61 A; 3RR8 A; 2J4R A; 5A2Q O; 2X78 A; 3UKR A; 5AQU A; 3OYH A; 3NGY A; 5E26 A; 1ASU A; 4KBO A; 4KHS A; 2P9L B; 4RTF D; 1JKH A; 1SUQ A; 3THX B; 3EY1 A; 1YXQ A; 4FM1 A; 2XY7 A; 5C25 A; 1JCG A; 3LAN A; 4CHP A; 4BRF A; 2HBK A; 3CD6 N; 3TWH A; 1ATS A; 3BGR A; 4YFU A; 1Q9X A; 1QS4 A; 1D9F A; 4AF1 A; 1W2B M; 1WB9 A; 5BRF A; 1HNZ K; 3EN9 A; 2WUS A; 1J53 A; 5EVZ A; 4RW4 A; 4CED A; 1U45 A; 1OVY A; 2O8E B; 4M45 A; 4CF8 A; 2HND A; 4M41 A; 3THW A; 2HHH K; 4IOA L; 3DRR A; 3D0P A; 4NCG A; 3AVH A; 1IKX A; 2GBZ A; 3RMD A; 4L8R B; 1WSJ A; 4JNE A; 3EZW A; 3O4W A; 3O4N A; 4HCB A; 4IG0 A; 2RN2 A; 3WXI A; 2D0P A; 3L2Q A; 3U9D A; 3G0Z A; 4PY5 A; 4MFB A; 4BQZ A; 3KJV A; 4OKJ A; 2ZD1 A; 1NGJ A; 4C23 A; 2G8H A; 4JKE A; 2P9P A; 5CYM A; 2KZM A; 2XY8 A; 1OH5 A; 2ZF5 O; 3DMJ A; 4K8X A; 4JI3 K; 2Y1I A; 4W5N A; 1RDU A; 5C10 A; 1RTJ A; 1EKE A; 2E1Y A; 3O9U A; 3QIP A; 4XH5 A; 2UUC K; 3QEV A; 4DTS A; 1D8Y A; 3SYZ A; 4OLB A; 4H03 B; 3JSM A; 1IG8 A; 1RBR A; 1NGB A; 4IJN A; 4CZE A; 3SCX A; 3WEE A; 3L4Q A; 2HMP A; 4BDY A; 4DKW A; 4WQ5 C; 3AO1 A; 1HYV A; 2KKZ A; 2O8C A; 4FW2 A; 5AZI A; 2XY6 A; 3D2F B; 3SJJ A; 1RDC A; 3AGR A; 2YNG A; 1N8R O; 4CFD A; 3CJB A; 3VQC A; 1RDA A; 4FJJ A; 1FK9 A; 4YDU C; 1S1U A; 4ID5 A; 3NHG A; 1HPM A; 2E2P A; 1VQ9 N; 3SV3 A; 4BRG A; 4UQG A; 3R3L A; 1A5W A; 1NJX A; 4O8K A; 3Q7C A; 2HW3 A; 3DAW A; 4FYD A; 4DV2 K; 1BIU A; 1LAV A; 4CJQ A; 5AR0 A; 3G4S N; 1VSF A; 4FJ7 A; 3OS1 A; 3M8S A; 2OPS A; 1IBK K; 2EWS A; 4G9Z A; 5M1Q A; 4MLE A; 1RT5 A; 4MLH A; 3J80 O; 4ILG B; 3DI6 A; 4KH6 A; 4A2A A; 4B9L A; 4DR5 K; 1K9M O; 3O4Q A; 2HBJ A; 4BRN A; 1ZBU A; 4DSI A; 4BDZ A; 4CZK A; 3BZC A; 3R1X A; 3E1Y A; 1HYS A; 4ISE A; 5F1X A; 3HM9 A; 3CQY A; 5ADX A; 2UUA K; 3WNH A; 4I2P A; 3HYF A; 2RPI A; 4OKK A; 1KSP A; 5MLC Q; 2HOE A; 3SAG A; 3IDH A; 3V1O A; 4QCL A; 3NMU A; 1TL1 A; 4AQY K; 2ITM A; 3DLL L; 1Q86 O; 4L3Q A; 3VEV A; 1MDU B; 1WBB A; 4AHR A; 4CE9 A; 4B9S A; 3EEQ A; 4AM6 A; 4ELT A; 4LH5 A; 4C1N K; 4BR9 A; 4CJR A; 3FZM A; 4BDP A; 1TAU A; 4DU3 A; 3CFO A; 1EXQ A; 2FC0 A; 4F2R A; 3LAK A; 1T05 A; 3ULE A; 3B6O A; 2OZM A; 1TKX A; 1NGE A; 2G8U A; 4CJP A; 4DTJ A; 1T03 A; 3U9Z A; 1HLU A; 1WUA A; 2FF3 B; 5HBM A; 3DLG A; 1TYQ B; 4Y0W A; 2P5G A; 4IFV A; 1N34 K; 1NKB A; 1QHA A; 2GEM A; 3J81 O; 3TTC A; 1KC8 O; 1BQM A; 1BOT O; 3N4Q A; 4EFH A; 2HNZ A; 1YF5 L; 4GVM A; 1BUP A; 1EP4 A; 5JLH A; 2E5L K; 3ZEU B; 3ZT2 A; 5JMV A; 2D0A A; 1TK5 A; 1WSF A; 4JHD B; 2W41 A; 4BE2 A; 4BQL A; 1DLO A; 1RDB A; 2P9K B; 1NGG A; 4DTO A; 5BR9 A; 2P1J A; 4BRP A; 1NK8 A; 1HQU A; 5KQ8 A; 5EU7 A; 5TKY A; 3TPQ A; 4H0O A; 5HRR A; 2D0B A; 3HP6 A; 4TSX A; 5KQD A; 4JKC A; 4IFY A; 1LW0 A; 2O8F A; 3THY B; 2BGG A; 3T1Y K; 2UXC K; 4JV5 K; 3GG4 A; 4PWD A; 4B3O A; 4KPY A; 4XIU A; 4DQI A; 1Q82 O; 3NVK A; 4X66 K; 4WFA L; 4HTU A; 1NOY A; 1HNW K; 4QS7 A; 4HHT A; 3AVJ A; 4FK2 A; 3W0L A; 2P9L A; 4LSN A; 2YHB A; 4ZTF A; 3ZET B; 4WQ4 A; 4DFJ A; 3THX A; 1T7P A; 3EE9 A; 2YX6 A; 1NGD A; 3THV A; 1UA1 A; 1L3V A; 2NLX A; 1KLM A; 3UKR B; 3LZI A; 1VQP N; 2Y1J A; 1NLV A; 3H3N O; 3WUH A; 1J6Z A; 2E88 A; 1WAJ A; 1HMV A; 1MU2 A; 5C15 A; 2HHX A; 2KFZ A; 4B9N A; 2CGK A; 3HOS A; 4OPA A; 3R8E A; 5AJ3 K; 3HSC A; 4YHH K; 1SKS A; 1SAZ A; 3CXC M; 2O8E A; 5BN9 A; 5ADX H; 5AQL A; 1XQS C; 1IV0 A; 1LWF A; 4CF1 A; 3RMA A; 4PKG A; 2JWK A; 4BRM A; 4BR7 A; 2YJF A; 3AVI A; 5J2N A; 1HKC A; 1YTU A; 3QB0 A; 4FLZ A; 3A0I X; 2UYT A; 3OYF A; 4E1J A; 1ATR A; 1XWL A; 1K8A O; 2GV9 A; 5CY4 A; 4DMN A; 4FWO A; 4CJS A; 3THW B; 2BH1 A; 1Q9Y A; 2FBX A; 2VGM A; 2OZS A; 2V52 B; 4FJI A; 4LF9 K; 2OPQ A; 1CZ9 A; 1GLD G; 4MDB A; 4OKE A; 4GVE A; 4IO8 A; 3VF6 A; 4J2E A; 1WSH A; 2QKB A; 3LP0 A; 4IJA A; 4JI4 K; 4FLV A; 1YJ9 N; 1SL0 A; 1GOB A; 3T1A A; 3DYA A; 4CEB A; 2YKM A; 2YV0 X; 4H5V A; 4DV4 K; 4JK7 A; 1ASW A; 3ZT0 A; 4CJF A; 4Z4E A; 3LDP A; 3O6W A; 2GWK A; 4B08 A; 3SBT A; 1BA1 A; 4DTU A; 3S3N A; 3ZX3 A; 3L0Q A; 3MXJ A; 3KWI A; 1SL1 A; 1D5A A; 4EIA A; 2RF2 A; 1YVU A; 3CC7 N; 2IVN A; 1XC9 A; 3NCI A; 3SAH A; 3J7Y P; 1VQ4 N; 2E1Z A; 3HP9 A; 4FXD A; 3D2F A; 2W40 A; 2VCP A; 2ZJQ L; 5E41 A; 4K42 A; 2HHV A; 1ZBH A; 4M63 C; 3VEW A; 2O4I A; 4QOZ B; 2Q31 A; 3SPZ A; 1JLB A; 4CZG A; 3L8B A; 4CJW A; 3O9S A; 2B4J A; 2HHS A; 3VQA A; 2WOM A; 2DTU A; 3CC2 N; 3QML A; 4OLA A; 3H1V X; 2FBV A; 3SAF A; 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1QSL A; 4DSL A; 2OAN A; 2VWB A; 3L2W A; 4OVL A; 4IWV A; 1RT1 A; 3V9X A; 3GBT A; 1KLN A; 5FRM A; 2VQF K; 3OBY A; 4E1M A; 4H8K A; 4HTL A; 3A8Y A; 4LF5 K; 3KLF A; 3B6P A; 3ZEU A; 1VQ5 N; 2YCH A; 2E6L A; 4JHD A; 3H45 C; 4CIE A; 4DU1 A; 4BVO A; 1XNQ K; 3EKU A; 1BDG A; 3WT0 A; 2DFE A; 3O80 A; 2HVH A; 2P9K A; 1VQL N; 4CEC A; 1BI4 B; 1OH7 A; 3DRS A; 4JK8 A; 3DXM B; 4YOT A; 1C0F A; 4KH4 A; 4AM7 A; 3ZT3 A; 3P83 D; 3PY8 A; 2DFF A; 4CBU A; 2D4W A; 4NCB A; 4DQP A; 3RTV A; 1RDD A; 2F9T A; 2A6A A; 3THY A; 5I42 A; 3ZSQ A; 4ELV A; 1VSD A; 1BIZ A; 4BRH A; 4CFA A; 5I3U A; 5KGW A; 3E9P A; 4F3T A; 3WNG A; 3MXI A; 2QW9 A; 1KRP A; 4QS8 A; 4DV1 K; 1HKB A; 4CEA A; 3CFP A; 4Z4I A; 2YHX A; 3VGL A; 2H3G X; 3RSE B; 2G8I A; 4GY2 B; 1TKZ A; 2WTU A; 1VSJ A; 1Y97 A; 2E2Q A; 3ZET A; 2ZJR L; 4FLW A; 4XH1 A; 2ATQ A; 3AGK A; 3C0B A; 4JRQ A; 4AIL C; 1NGF A; 4H0Y B; 3S3M A; 2Q97 A; 1GLE G; 3O8M A; 2P9I B; 1KFD A; 2Q0R A; 3TAB A; 2HHU A; 1C6V A; 3H46 O; 4OJR A; 3QBX A; 4B1X B; 5M1O A; 4FJ8 A; 1YTA A; 1TUU A; 4Q0B A; 3D7E O; 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