3K2PA

Hiv-1 reverse transcriptase isolated rnaseh domain with the inhibitor beta-thujaplicinol bound at the active site
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Reverse Transcriptase
publication title Structure of HIV-1 reverse transcriptase with the inhibitor beta-Thujaplicinol bound at the RNase H active site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3k2pA00
1SL2A 3LWLA 4FK4A 3RMAA 4ID1A 1VSMA 4KTWA 3RR7A 2A1SA 4M3XA 1K6YA 3HPOA 4M3UA 3DYAA 4GVMA 1KLMA 4AHSA 2OPSA 2HVIA 4KTQA 3I0SA 1ZBIA 3NDKA 1TL3A 3AA3A 1BCMA 4BACA 2KZZA 2PYJA 3SUPA 4CJKA 3NGIA 3AVFA 4AHRA 4E1NA 2DY4A 1JL1A 4ELTA 4K8ZA 4CK1A 1BQNA 3IS9A 1REVA 2Z1HA 3AVLA 4KKOA 1Z26A 5FROA 3O3HA 3I8DA 4DTUA 4Z4HA 3F9KA 1S6QA 3KLIA 1RNHA 4FZZA 4JS5A 4DQQA 2D0CA 2EX3A 4KB0A 3LWMA 4KAZA 1GOCA 1F21A 3CM6A 4OGEA 3VQ8A 1TKXA 3OYAA 3HXMA 4FVMA 4WE1A 2DTUA 1U45A 5CZ1A 3U3YA 4M3WA 4Z4IA 1A5WA 4FJKA 4CHYA 2BGGA 4OGCA 1X9SA 4CGJA 4OKKA 4TSXA 4CJ3A 5HROA 1T03A 1C1CA 5CYQA 5HBMA 3WNHA 3ULDA 3QNOA 3PX6A 4MQ3A 4CFBA 1ZBUA 3HPGA 1NOZA 1TKTA 3TABA 1WSIA 4CJQA 1VK0A 3L2UA 3KK3A 2D5RA 1XHZA 4ID5A 4C8LA 2Z1JA 3HJFA 3ZSYA 3OYHA 3NFAA 4IFVA 3HP9A 3LANA 3M8PA 4CF9A 1VRTA 4FJ5A 4DMNA 2G8FA 4KO0A 1TGOA 1LAWA 3IAYA 4F8RA 4LD0A 3T3FA 4JLHA 2WOMA 1EETA 4M3TA 1VSIA 1HRHA 3PY8A 2PZSA 1JLCA 1U49A 4DSLA 1RBVA 2G8VA 3OYEA 3CFPA 4B9UA 4O4GA 2FBYA 3NH1A 4JRQA 2KW4A 4MFBA 1RTIA 5J2NA 3NBPA 3AA5X 3HL8A 1RDDA 3HSTB 4DS4A 1RDAA 1ZYQA 1KVCA 4DQPA 2YNGA 4IFYA 3LPUA 4OVLA 1WSFA 4LH5A 4CFDA 2VWKA 3LZJA 4DU1A 4DTMA 1TK8A 4FZXC 1W0HA 3ALYA 4KHQA 1N6QA 3D0PA 4CJWA 3V1RA 4CEZA 4FM2A 3OYMA 1HMVA 1JKHA 3KKSA 1Z25A 5KI6A 1LWEA 1YTUA 4DU4A 4AHUA 1L3VA 2HW3A 4BDYA 1X9WA 4DLGA 4NCBA 2YV0X 3SUQA 1X9MA 4PWDA 3DI6A 1C0MA 2PYLA 2BDPA 2P5GA 1LWFA 3L2QA 3V6DA 4HCBA 2E4LA 3KLFA 2RF2A 4CGDA 3B6OA 1LW0A 3L2RA 2RN2A 1KFSA 2Z1GA 3NAEA 1L3UA 1BL3A 2HHVA 3KK1A 4O0IA 2X74A 4C8NA 5EU7A 3KLHA 5KGXA 1NK6A 1Q9YA 1QSYA 3DLEA 2BANA 4E19A 4G1QA 2F8TA 3TR8A 1U47A 4IG3A 4F2SA 4N41A 4CF0A 2YNIA 1TKDA 3QEPA 3G10A 3SUOA 2HB5A 4CHOA 3SI6A 4I2PA 3AV9A 4YNQA 1KVBA 4IG0A 1QHTA 2DFEA 4DSKA 1D5AA 1WLJA 2FBVA 3DOKA 3ZSQA 3NHGA 1HYSA 3P1GA 3L2WA 3RMBA 4E1MA 4DSJA 2Y1JA 2F8SA 2GBZA 3G0ZA 1SKRA 1L5UA 1NOYA 2ITGA 1GOBA 4I9LA 3C6TA 3L3UA 1TAUA 5HLFA 2YKNA 4NYNA 3HVTA 3K58A 4B9VA 4ELVA 4KHUA 4O55A 3MAQA 3VN5A 1KCFA 1YTAA 3ITHA 3U6FA 3ZSVA 3QESA 4CESA 2W42A 3KK2A 1UA1A 4FK0A 1DLOA 1NKCA 3TAEA 5KRTA 1NJXA 3CM5A 1C0TA 4IBNA 4Q0BA 3V1OA 1WN7A 4CIEA 3OYLA 1RT6A 1VSLA 4CJUA 3M8RA 4FLVA 1LV5A 3KD1E 1LWCA 4KHNA 1S1XA 4HUEA 1RDBA 2GV9A 3AVIA 3QIPA 5FDLA 4W5RA 3PUFA 4NYFA 1I39A 1WSGA 1B9FA 1KVAA 1VSHA 2OPQA 3C94A 3NH2A 1RBRA 1NK7A 4LH4A 3AO1A 1NJYA 1NKBA 4N5SA 2KZMA 4E89A 2KFZA 3AO3A 1IKVA 4K8XA 4AH9A 2YHBA 3V9WA 1A5VA 4DWIA 1KTQA 2HNZA 1UWBA 3DRSA 4B9SA 4CEBA 1YT3A 4Y1DA 3AVBA 5FRMA 4FJMA 1YVUA 4HUFA 1W9HA 1WAFA 2OPPA 1T7PA 2P5OA 4F2RA 4FJNA 3AVKA 1Q8IA 1BIUA 3M8QA 2X6SA 4DFPA 4CK3A 3T1AA 1C0UA 1S1WA 1KLNA 2NUBA 2XY6A 2X6NA 1X1PA 3VQ6A 2IC3A 3K5LA 3SZ2A 3O3GA 1FXXA 3AO5A 4E7HA 4QCLA 5I42A 1WSHA 2XY8A 3SUNA 3QNNA 1BCOA 2IGIA 4Z4FA 1HJRA 3OYNA 4FJJA 1D9DA 2XO7A 2VG6A 5CZ2A 3QIOA 4DSEA 1EP4A 1VSJA 2EHGA 2IAJA 4F4KA 4N56A 4FXDA 4CF2A 2ZQBA 4CEDA 5SZTA 4HVJA 1SKWA 4CF8A 4DTSA 4DSIA 3D45A 4FJ9A 4CGFA 3SQ4A 4DFKA 4CIGA 3TARA 1CXUA 1RBSA 3VQ9A 5KTQA 4Z4CA 1BIZA 4OLBA 3SPZA 4ZTFA 1XC9A 1Y97A 4CGHA 2F96A 3MXJA 4E0DA 1A5XA 4RW7A 1ASUA 3NF7A 3NF6A 4AHCA 4AILC 3ZSXA 3OYIA 3ZSRA 4KRFA 3NGYA 4CHNA 2YHAA 3O4QA 1HNVA 1KFDA 1VSKA 3DM2A 3RMDA 4KB1A 2LSNA 3ISNC 1DTQA 1MU2A 3QINA 3TAMA 5I3UA 3VQ7A 1D8YA 1T8EA 3AVHA 4DQSA 3PO4A 3DLKA 3AVMA 3KD5E 5J1EA 4ZHRA 3LP1A 4RW9A 4CEFA 2BE2A 3CG7A 3TANA 4DTXA 3LAMA 4OJRA 1TK0A 4ICLA 4HHTA 3PO5A 4I7FA 2DFFA 3NCIA 4DTJA 4NCAA 3P5JA 4PA1A 3RRHA 3E01A 4M45A 3SQ2A 4CFCA 3NGZA 1ASVA 3BDPA 4F3OA 3RMCA 2XY5A 3HP6A 1UOCA 3EZ5A 4OKEA 3QEIA 2HHUA 1WSEA 3OJUA 3I0RA 2B6AA 2FC0A 1SL1A 4W5TA 2D0BA 2VG7A 3ZSZA 4CEAA 1J9AA 1RT4A 3KIOA 4C8MA 3CYMA 1UAXA 3V9SA 4H8KA 4E7LA 5J2MA 1LW2A 2HHSA 2ATQA 3HPHA 1JLEA 1IKWA 4CFAA 3K5OA 4FK2A 1HQEA 1TVRA 2OPRA 3OYGA 3QETA 3MXMA 4L8RB 4OLAA 1ZBFA 4CK2A 4DG1A 4FJXA 4FJ8A 1HYVA 3SNNA 1QSSA 3VQBA 5DK5A 5E41A 4CCHA 4QOZB 3K5NA 3HK2A 2YNFA 4CJRA 3AVCA 5T7BA 3MEDA 4E3SA 1QQCA 1RT5A 2G8KA 3VQEA 4OPKA 1G15A 1BI4B 4CJSA 2ETJA 3AO4A 3V9ZA 1BI4A 3S3NA 4DS5A 2QKKA 3RR8A 2A1RA 1IO2A 3S9HA 3VQDA 4OKJA 4UQGA 1FK9A 4EP5A 1C1BA 4DQRA 5JS2A 3ZT0A 5HRSA 1N5YA 2XHBA 2E6LA 3IRXA 3ZT3A 1Q9XA 2YNHA 4CHQA 1RTHA 2XY7A 4KI6A 1SV5A 2RPIA 2ZD1A 1U4BA 2VG5A 3S3OA 3CFOA 5CY4A 3MXIA 4FJLA 4CGGA 4B9NA 3TAFA 1NK9A 3KKRA 3DLGA 1HNIA 2ZE2A 1EX4A 4M3RA 1C6VA 4EP4A 3KLEA 3K5MA 4ZTJA 4PUOA 2KFNA 5C42A 1L3TA 4Z0UA 5HP1A 4PQUA 4QAGA 4RW8A 4DU3A 2QK9A 4H4MA 3DLBA 1NK0A 1WNSA 1QTMA 3H08A 4E7IA 4RW6A 4DTPA 3IG1A 1RTJA 3TAQA 1QS4A 3SQ0A 1VRUA 3ASMA 1TAQA 3VQQA 3OYKA 3K57A 2OYQA 4DQIA 2O4GA 4BWMA 4CJPA 4O0JA 1UA0A 1JLAA 1B92A 3P83D 4GMJB 4RW4A 4DF4A 4CF1A 2Z1IA 3ZSOA 3OYBA 1J5OA 4BWJA 2PY5A 4PY5A 3HT3A 1RTDA 1R0AA 2HHQA 2B5JA 3K59A 2KTQA 4B8AB 4CGIA 1RT7A 1RBTA 3LPTA 4LSNA 3WNGA 3OYFA 3OYJA 3SQ1A 1RT2A 1TK5A 4W5NA 3LP2A 1S1UA 4Y1CA 1C1AA 5C25A 5FRNA 3TAPA 5J2PA 3UIQA 2FBXA 4BE2A 3AVAA 4HTUA 3SYZA 3WNEA 1LAVA 1TL1A 1NKEA 1L3SA 4DTRA 1HQUA 2G8UA 4KHWA 3OY9A 4FLUA 3LZIA 3C95A 2JLEA 3VQ4A 3SPYA 3L3VA 4CEQA 4E7JA 4DTNA 3TWHA 4BDZA 1VSEA 3V9XA 4JRPA 5C24A 4FJ7A 1JLQA 4CERA 4CHPA 3DRPA 1ZBHA 3TI0A 3HVRA 3ZT4A 1XI1A 4HCCA 3A2FA 4FW2A 2JGUA 4KPYA 3PX0A 4GW6A 4DF8A 3LALA 3HO1A 2RKIA 1J53A 5D3GA 1RCHA 3QERA 3ZCMA 3NE6A 3OS0A 2O4IA 3ZT2A 3AVGA 4CE9A 1JLFA 1DTTA 4B9LA 1FKPA 3AA4A 5JS1A 3QEXA 3U3GA 2R7YA 2GUIA 3V4IA 2VWJA 1SUQA 1IKYA 1HYZA 2HNDA 1BQMA 4DFJA 4CJLA 1U04A 3CQ8A 1RDCA 1NJWA 3AVNA 4J2EA 4NCGA 1QE1A 3F73A 4B9MA 4W5OA 3VQPA 4CJ5A 3SV4A 4FM1A 3V81A 1S9EA 3TAGA 1RBUA 4LSLA 4KHYA 4OPJA 3V1QA 5KRSA 4FM0A 3QEVA 2P1JA 1GOAA 3QLHA 1WSJA 3QO9A 4AHVA 3FFIA 4B08A 3MEGA 4HUGA 4FLWA 1BISA 4CJTA 3DOLA 4BDPA 1CLQA 5KGWA 3QEWA 3L2VA 3EY1A 4Q5VA 4R5PA 1RILA 4RG8A 3OS2A 3DLRA 2QKBA 1NK5A 1VSDA 1BGXT 1I3AA 4FJIA 4FYDA 1IKXA 1TKZA 2Q3SA 3HYFA 1ITGA 3O3FA 4CEEA 2IDOA 4KTZA 3SCXA 5K14A 2KQ2A 1SKSA 1ZBLA 4B8CA 3LP3A 3DLHA 4EZ9A 3PV8A 4FJHA 3AO2A 2HVHA 2HHWA 2AJQA 3O4NA 2B4JA 4FCYA 3K2PA 1WAJA 3VQAA 4XIUA 3OJSA 4M3YA 4FW1A 3CFRA 3VQ5A 4ELUA 2G8WA 3AVJA 1S6PA 3ZSWA 1CZBA 3KJVA 2YKMA 4M41A 4CJEA 5HRPA 4C8OA 2OZSA 4M42A 1EXQA 4CECA 3M8SA 1U48A 3VA0A 2HNYA 4LY7A 4Z4GA 2G8IA 3NH0A 5CYMA 4DLEA 3S3MA 3DRRA 3OVNA 1IH7A 4W5QA 3L8BA 3V9UA 1NJZA 4Z4EA 4J2BA 3T19A 3OYCA 2HHXA 2IS3A 1NK4A 3VQCA 4YFUA 5HRRA 3SV3A 3THVA 3RRGA 4AHTA 4H4OA 5DMRA 1IG9A 4O5BA 4C8KA 3EYZA 4CHZA 1JL2A 4IDKA 4I2QA 1RT1A 1QSLA 1S1VA 2D0AA 3NF9A 4FLXA 1HPZA 2XRIA 4DFMA 3MEEA 5J2QA 1S1TA 3WNFA 3SJJA 5HRNA 3C6UA 4FJGA 2DFHA 1S9GA 3HM9A 1RT3A 1XWLA 4BE1A 4FLYA 4J2AA 1BHLA 1TV6A 1SL0A 1KSPA 1CZ9A 4F3TA 1J54A 2P51A 4KREA 1NK8A 2WONA 3JYTA 3RTVA 4I9QA 4IKFA 2E6MA 3BGRA 3MECA 4O44A 4KFBA 5SWMA 2I5JA 4DTOA 1XHXA 3KTQA 3ZT1A 3AA2A 4J2DA 3KLGA 2FBTA 4CJ4A 1S5JA 1VSFA 4CEOA 3LP0A 4CIFA 2G8HA 4KI4A 2OZMA 2HHTA 4FZYA 4KV8A 4E7KA 1CXQA 3LDSA 4EZ6A 3RWUA 3VA3A 3LAKA 1KRPA 4CJFA 3B6PA 4JS4A 1FKOA 4KHSA 4B3OA 4N76A 3NF8A 3OS1A 2QXFA 4N47A 1EKEA 3JSMA 3DMJA 3PX4A 4CJVA 1T05A 4M3ZA 1JLGA 2X78A 2HMIA 2Y1IA 4BE0A 1JLBA 1JXBA 1B9DA 1JXEA 2OA8A 1D9FA 1O1WA 4B9TA 4FLTA 1ASWA 3OYDA 4FLZA 4DSFA 2IOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JD2A 3LWLA 4ID1A 5AJ3K 3H3NO 2A1SA 3E66A 2ASOA 4GVMA 1ZBIA 4IJAA 1TYQB 2KZZA 4XH1A 4F9OA 4YOTA 3WEEA 2DY4A 2UUBK 1ZBSA 2Z1HA 3L4QA 4KKOA 1Z26A 5FROA 4BRHA 4DQQA 2D0CA 4KB0A 3VESA 3VQ8A 2AP1A 2E1ZA 1E4GT 1J5EK 2DTUA 1U45A 3U3YA 4J8FA 3IUCA 5AZIB 3CJ7A 4OGCA 2BGGA 1X9SA 5I9EB 2ZJPL 4CGJA 4CJ3A 1C1CA 2P9LA 3WNHA 3PX6A 1HNZK 4CFBA 1ZBUA 4CJQA 4K25A 4ID5A 4DHYA 3NFAA 3HP9A 4CF9A 4KO0A 1TGOA 4LD0A 3CJBA 4LF5K 1NGAA 4M3TA 3PY8A 1U49A 3BZCA 3RSEB 4JAXA 4B9UA 3NH1A 3WT0A 4MFBA 1RTIA 4DV0K 5J2NA 1T6DA 4A5AA 3NBPA 1ZYQA 1RDAA 3LPUA 3WUHA 1TK8A 4DU1A 4DTMA 3ULEB 1W0HA 3ALYA 1N6QA 1VQLN 4BR9A 4CEZA 1JKHA 2FSJA 4ILJA 5AQQA 3I55N 2UUCK 3DI6A 2BDPA 3L2QA 4CZEA 3V6DA 3U8XA 2E4LA 1KXPA 1LW0A 3SBGA 3CETA 4O0IA 3KLHA 5KGXA 2YHYA 2P9KB 2A40A 2YJFA 2PFUA 4CF0A 1TKDA 2VCPA 3QEPA 3SUOA 3SI6A 4I2PA 3AV9A 4IG0A 4DSKA 4JV5K 3WQUA 5LMUK 2F8SA 2HBLA 1NOYA 2ITGA 1C0GA 5KQDA 3C6TA 4X64K 3L3UA 4A62A 5HLFA 2YKNA 4B9VA 1T44A 2NRHA 4LF4K 3P4IA 1YTAA 1KQSM 1UA1A 1DLOA 3DAWA 3HTVA 3GE1A 4IBNA 4Q0BA 5BREA 3EKUA 4CIEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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