The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQE K; 5FLX O; 3T1H K; 4V19 S; 3OTO K; 4LF4 K; 5BR8 K; 4B3M K; 5LL6 Z; 4NXN K; 4DV0 K; 4JI8 K; 3J7A P; 1N33 K; 1HNZ K; 2E5L K; 4DUZ K; 3J81 O; 2UXD K; 4GKK K; 4JV5 K; 4DR2 K; 4JI2 K; 4DR7 K; 1FJG K; 4DV7 K; 1IBM K; 4NXM K; 1J5E K; 1HR0 K; 4CVN E; 4CW7 B; 4LF5 K; 5IWA K; 4DR1 K; 4B3R K; 1XMQ K; 4JI3 K; 4DV4 K; 4DR6 K; 4JYA K; 1XNR K; 4YY3 K; 4DV6 K; 4JI4 K; 4YHH K; 1N34 K; 2UUC K; 4JI1 K; 4LFB K; 4AQY K; 1IBK K; 1HNW K; 1N36 K; 1IBL K; 2UUA K; 4OX9 K; 4LF7 K; 5LMN K; 2UUB K; 2VQF K; 1HNX K; 4X65 K; 4X64 K; 4DV3 K; 4LF6 K; 2F4V K; 4LF8 K; 4K0K K; 4KHP K; 5AJ3 K; 5A2Q O; 4JI5 K; 2UU9 K; 4X62 K; 5IT9 O; 1I94 K; 4DR5 K; 4B3S K; 2UXB K; 4LFA K; 3JAM O; 4JI0 K; 2UXC K; 4JI7 K; 1N32 K; 2HHH K; 4DV5 K; 4B3T K; 5LMU K; 4DR4 K; 1XNQ K; 4GKJ K; 4DR3 K; 1XMO K; 4X66 K; 3J7Y P; 3T1Y K; 4JI6 K; 4DV2 K; 4LFC K; 4DV1 K; 4DUY K; 3J80 O; 2ZM6 K; 4LF9 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3T19 A; 1RBT A; 2QW9 A; 5KI6 A; 3OTO K; 4M7X A; 5LL6 Z; 4CIF A; 4NXN K; 1U2V B; 4B1V A; 4BVO A; 2RKI A; 4E7J A; 2HMI A; 1U2V A; 1S22 A; 5F2R A; 3L3U A; 4I9Q A; 3WXM B; 3P31 A; 4Z4I A; 1WB9 A; 4DWI A; 5GAH P; 4QAG A; 1R0A A; 4YDU A; 3CQ8 A; 3ZCM A; 3SNN A; 4NLC A; 3ULE A; 4F4K A; 1TV6 A; 1NJX A; 3AVC A; 4FWP A; 3ZT2 A; 1HQU A; 1WNS A; 4LF5 K; 3CMA N; 2KZZ A; 2QWQ A; 3D6R A; 4M3R A; 4XH1 A; 4KHW A; 2KTQ A; 3MEG A; 3O80 A; 2HHS A; 3HZ6 A; 3OYK A; 2G8H A; 4K8Z A; 2DTU A; 4YHH K; 3O9S A; 5JS1 A; 3VQ8 A; 1U45 A; 1SKS A; 3H08 A; 2LSN A; 3AO4 A; 4ISF A; 3QER A; 2ASO A; 4E3S A; 5BN9 A; 3E1Y A; 4CK1 A; 3VPZ A; 2V7Z A; 3NVM A; 4NCB A; 2GX9 A; 4Y1C A; 4BC5 A; 4C8N A; 2PZS A; 5CYQ A; 4OO1 J; 4K0K K; 1G99 A; 4AHC A; 5E41 A; 3FFI A; 3VET A; 4F2S A; 2FF3 B; 3TI0 A; 2A5X A; 3NE6 A; 5FPN A; 2YX6 A; 3CD6 N; 1E3M A; 3L6Q A; 2HHW A; 4JEP A; 5KGW A; 4R79 A; 5C2D A; 1A5X A; 1HJO A; 5GAD P; 4N76 A; 1N6Q A; 5AQX A; 1SUQ A; 5AQU A; 4NO7 A; 4A2B A; 4HCC A; 4DLE A; 4K41 A; 4FJG A; 4W5T A; 1BG3 A; 4C8L A; 3CFP A; 1A5V A; 3CHW A; 3DAW A; 3V9X A; 2ZM6 K; 4KB0 A; 1Y97 A; 3V9Z A; 1RT6 A; 2OCE A; 4PWD A; 2JGU A; 4DTS A; 2DFH A; 1T7P A; 4BR9 A; 1TKD A; 1YF5 L; 2IDO A; 1SZ2 A; 3PSF A; 1T8E A; 4HVJ A; 5HP1 A; 3KLG A; 4FL9 A; 1T44 A; 4CZF A; 4JKG B; 3UB5 A; 1Q81 O; 3OYJ A; 5J1E A; 2Q1N A; 4JKG A; 4FPB A; 4BWJ A; 4CBX A; 3A5N C; 4H5V A; 1NLV A; 1BQN A; 3ID6 A; 3AO5 A; 2OAN A; 4DV7 K; 1C0G A; 2FSJ A; 1YT3 A; 2P51 A; 3CCL N; 3SPY A; 4FW2 A; 1J5E K; 3OYG A; 4KHN A; 1BI4 B; 1GLB G; 3LP1 A; 1BIS A; 3NGZ A; 1BI4 A; 2NRH A; 3S41 A; 2NNW A; 1T6D A; 4JKF A; 1VSH A; 4BR4 A; 1L3U A; 1RT4 A; 2YKM A; 3MDQ A; 4BDZ A; 1TUU A; 4CK3 A; 4H4O A; 3I8D A; 1SQK A; 4DFK A; 4CJT A; 1BOT O; 3CI5 A; 3HT3 A; 4EP4 A; 3VQD A; 4MO4 A; 1HKC A; 3ZLJ A; 2VCP A; 3G25 A; 3FFK B; 3WXJ A; 2UUA K; 1JLG A; 1KVB A; 1KRP A; 4J8F A; 2YNG A; 3TR8 A; 3ZSY A; 5LY3 A; 5BRE A; 3MN6 A; 1YI2 N; 5AQG A; 4DU3 A; 5A2Q O; 4FJI A; 3F5T A; 2P9L B; 4DTP A; 2X6N A; 3TTC A; 1ATR A; 4FJ8 A; 3U9D A; 2P9L A; 3M8S A; 3VQB A; 1NK4 A; 3OS0 A; 1SV5 A; 3DOL A; 3RR7 A; 4H0P A; 1ATN A; 4JKE A; 1HPM A; 4O5F A; 2KFZ A; 3QIO A; 4B3T K; 1WBD A; 5LMU K; 1VQP N; 5C15 A; 4DR3 K; 1XMO K; 4X66 K; 2A1R A; 3QLH A; 2NRW A; 3LAM A; 3V6D A; 2VGN A; 4B9N A; 1RT5 A; 2W6K A; 5BPM A; 1VQ4 N; 3O3H A; 1QSS A; 5I42 A; 2ZE2 A; 2Z1J A; 3K9J A; 1NGD A; 4NYF A; 2ZJP L; 4CJ5 A; 4BQL A; 1HLU A; 3CC7 N; 1TGO A; 5I3U A; 4WE1 A; 3E9L A; 1VQO N; 4RW6 A; 1X9S A; 2RF2 A; 2I7P A; 4I6M B; 4H4M A; 1TK5 A; 1N33 K; 4U67 L; 4DUZ K; 1WSI A; 3ZT0 A; 1T05 A; 4GKK K; 1S9G A; 4O44 A; 1KFS A; 4M3T A; 3CQY A; 3V1R A; 1QS4 A; 4GNI A; 4AHR A; 2HHQ A; 1ATS A; 2Z1H A; 2NLX A; 3ENH A; 1VSF A; 1QE1 A; 1TYQ B; 1HRH A; 4CGH A; 2V7Y A; 4CZM A; 3TAB A; 1TYQ A; 2RHK A; 1GOA A; 1RNH A; 3HOS A; 1ZBH A; 2GUP A; 3BF3 A; 4YOT A; 4MO5 A; 3CJC A; 3ID8 A; 3EL2 A; 2XY6 A; 2CH5 A; 1ASV A; 3KLI A; 3LP3 A; 4H5W A; 3OW2 M; 3MMV A; 4AQY K; 2A41 A; 1LAV A; 2P9U B; 4CBU A; 5J2Q A; 3MWT A; 3HSC A; 3F9K A; 5AQW A; 3VES A; 2P5G A; 2P9U A; 2UUB K; 3PV8 A; 3QIN A; 1CZ9 A; 2VG6 A; 4DV3 K; 1W0H A; 4LF6 K; 4Q0B A; 3AVB A; 1W9H A; 2YJF A; 1BHL A; 1OH5 A; 1U4B A; 1HJR A; 3P83 D; 1NNE A; 4DSK A; 3Q7B A; 3JSM A; 4W5Q A; 3D0P A; 3H3O B; 2PBD A; 2O8B B; 4HTU A; 4F9O A; 2YJE A; 4JI7 K; 4B9U A; 2O8B A; 4FK0 A; 4CGG A; 3VEX A; 4Q5V A; 3AGK A; 3ATV A; 1Q8I A; 3CJB A; 3ZSQ A; 3G4S N; 4LD0 A; 3TPQ A; 4JLH A; 4A59 A; 3KKS A; 1C0U A; 5BPN A; 3A5L C; 2YNF A; 3THY B; 4F8R A; 4IDH A; 5AQY A; 3THY A; 1ZYQ A; 5HBM A; 3WNH A; 3FZK A; 2ZJR L; 5FPD A; 4CF9 A; 4CER A; 4BAC A; 3M8R A; 3WNE A; 3MED A; 4CEB A; 3L3V A; 1ESV A; 4PL8 A; 4FZZ A; 4PA1 A; 3ZSZ A; 4WFB L; 4DF4 A; 4DQP A; 1D8Y A; 4BVP A; 3L2W A; 5JS2 A; 1MU2 A; 1NK8 A; 3H1V X; 4CIE A; 1LWE A; 3HOT A; 1ZBI A; 2O8E B; 1NU0 A; 3O1B A; 3EY1 A; 3SQ2 A; 1LV5 A; 2O8E A; 2G8K A; 4BRO A; 3OYE A; 2QXF A; 4ISG A; 4DV4 K; 4DR6 K; 4WQ4 A; 1TL3 A; 3D2F B; 2P9S A; 3FZL A; 4F3O A; 3D2F A; 4PL7 A; 1P8Z A; 2BTF A; 5C24 A; 2QWM A; 1HNW K; 4ID1 A; 4E7I A; 3VF2 A; 4EZ6 A; 3LDQ A; 3MEC A; 1S9E A; 4E89 A; 4CF1 A; 3HL8 A; 3IS9 A; 5LMN K; 2UYT A; 4O4G A; 4GVE A; 4X65 K; 4G9Z A; 3S9H A; 5JVH L; 4DF8 A; 3AA4 A; 4YOW A; 4OKK A; 3SAG A; 3JYT A; 5F1X A; 4JS4 A; 1WSF A; 4Y1D A; 1GLJ O; 4JK9 A; 4CGJ A; 3R3L A; 3SBT A; 2AP1 A; 2EHG A; 3EN9 A; 1C1B A; 1U48 A; 2G8V A; 4FW1 A; 3BDP A; 4EHT A; 1D4X A; 3KHY A; 4DTN A; 4IFY A; 1KQS M; 2CGK A; 3TAN A; 4CGF A; 3AY9 A; 1YTA A; 3S3M A; 2NUB A; 5TKW A; 3QO9 A; 1I39 A; 4H0O A; 4JRP A; 4DU1 A; 4Z4E A; 2NRV A; 1VRT A; 3K9K A; 3HPG A; 4CJV A; 4BRC A; 4B3O A; 3EYZ A; 2VQE K; 1QVF M; 3CCU N; 3C0B A; 2E6M A; 5LJV A; 1KTQ A; 1Q9Y A; 3HP6 A; 2HVI A; 2A40 A; 2GWK A; 4QS8 A; 4B3M K; 2A6A A; 3KK7 A; 2O8C B; 4BRF A; 3P4I A; 1HNI A; 2D0O A; 3SBG A; 4CZG A; 2P9K B; 1O1W A; 1KSP A; 3BF1 A; 3CJ7 A; 4GW6 A; 3VTH A; 2P9K A; 2WC9 A; 3TAQ A; 3QFU A; 3KLE A; 1WSE A; 3TSQ A; 3DMJ A; 3P38 A; 1RBS A; 5KPR A; 3KK1 A; 1T03 A; 5AQL A; 4KHY A; 4A62 A; 4CFD A; 2P5O A; 3P5J A; 2CH6 A; 4BRP A; 3HXM A; 4JKB A; 4JI3 K; 3CM5 A; 5AZI B; 1TKZ A; 4BRD A; 5AZI A; 1MWK A; 2IVO A; 4ICL A; 4IEE A; 3EZ5 A; 5FRO A; 2GUI A; 3CJ1 A; 1TL1 A; 1L3V A; 3NVK A; 1MWM A; 1WAJ A; 2HNY A; 1FKP A; 4JKA A; 3FZF A; 4W5N A; 3J8A A; 1X3M A; 4CEO A; 1ZBS A; 3O8M A; 5K14 A; 2BDP A; 3EE8 A; 1SL1 A; 1SL0 A; 4FVM A; 3LAN A; 4KTW A; 5BRH A; 3AVH A; 3HO1 A; 4DSF A; 1JL1 A; 1G15 A; 2QWP A; 2QWN A; 3G10 A; 1NWK A; 1RFQ A; 1VAZ A; 4CEA A; 5GIP A; 4BRQ A; 4M3U A; 2HHH K; 4W5R A; 3SJJ A; 4CHO A; 4GV3 A; 3OJS A; 3VQ6 A; 2KLA A; 4WQ5 A; 4FVU A; 5C42 A; 1NM1 A; 4FJM A; 1RBV A; 4ZHR A; 3AVF A; 3HK2 A; 4QS9 A; 3BUZ B; 3NAE A; 1JLF A; 3DLG A; 4O8K A; 5HOO A; 4CEE A; 3DLH A; 4EP5 A; 3KWG A; 2HHU A; 2GWJ A; 3WEE A; 1DTQ A; 3NGI A; 3AAR A; 3QNN A; 4DFJ A; 4IJA A; 4A61 A; 3A5M C; 4FOI A; 4J2B A; 4BR2 A; 4ILH A; 3HPO A; 5E84 A; 1Q7Y O; 1Y64 A; 3B6P A; 1HNZ K; 4CJ4 A; 3JS6 A; 4KAZ A; 2UXD K; 4FJH A; 1RIL A; 1LCU A; 5KRT A; 3LM2 A; 5M1K A; 2Y1J A; 1IKY A; 1T3V A; 2IC3 A; 4B08 A; 1XHX A; 2O4G A; 3I55 N; 1K73 O; 1IBM K; 5FRM A; 3O1W A; 3THV A; 5EVZ A; 3NF7 A; 3MXI A; 4Z4G A; 5GAG P; 1DKG D; 1KD1 O; 1VQ8 N; 1EET A; 2HHT A; 1YVN A; 1GLD G; 4M3Z A; 1XMQ K; 3O9Q A; 1XNR K; 3GBT A; 1E4F T; 1QQC A; 4FCY A; 3TAF A; 3RMA A; 1FW6 A; 4FWM A; 1N34 K; 3CF5 L; 3VEV A; 1Z05 A; 4TSX A; 3OS1 A; 3TTF A; 3VQC A; 5KPZ A; 3ULE B; 4J2A A; 5AQM A; 4FLT A; 1Q82 O; 4DKW A; 5BN8 A; 3VMF B; 1N36 K; 3GOI A; 3VGM A; 3AVG A; 1RDW X; 2FF6 A; 4CFC A; 1CXU A; 4HUG A; 1TUY A; 3RRH A; 1JJ2 M; 4LF8 K; 4KHS A; 3VTI A; 4GMJ B; 4WCE L; 3LM9 A; 3O4W A; 1T6C A; 2QTD A; 4KHU A; 2GBZ A; 3OYB A; 3F9M A; 2XY8 A; 3LDL A; 4DTR A; 2E2P A; 2JLE A; 1BUP A; 3V9W A; 4JN4 A; 4YOU A; 3DRR A; 5CHI A; 2YNH A; 3NF8 A; 1H1V A; 3OYD A; 4BG8 A; 4EFH A; 3L2Q A; 4BDY A; 1Z6R A; 3TU5 A; 3SAH A; 3LDN A; 3TSU A; 2BE2 A; 1RTI A; 2FBV A; 3U4L A; 4Z0U A; 4YOX A; 1CXQ A; 3VQQ A; 1XHZ A; 2B4J A; 3HI0 A; 5J2P A; 2AJQ A; 1GLC G; 3C6T A; 3CCV N; 3F2K A; 3J80 O; 4XH5 A; 2QEX N; 3HM8 A; 3SJH A; 4I2P A; 5AQS A; 4BRG A; 4H5N A; 2HB5 A; 3T1A A; 2VGM A; 3ZYY X; 4MQ3 A; 3WXK A; 3ZSO A; 4CED A; 4AHT A; 4DTO A; 1NK6 A; 3HRG A; 2OTJ N; 4GV9 A; 2HHX A; 4JS5 A; 1BA1 A; 4CZJ A; 3C94 A; 1J5O A; 3CCM N; 1NGJ A; 2RE2 A; 5AQN A; 1NGF A; 1HMV A; 2I5J A; 5AQT A; 2ZGY A; 1WOQ A; 4LSL A; 1IG9 A; 3VF6 A; 4O5B A; 3RRG A; 2D1K A; 1YUW A; 3PO5 A; 4FJ9 A; 2PFU A; 3PY8 A; 2YHY A; 1LAW A; 1WSJ A; 3DLR A; 2OPP A; 2ZD1 A; 1VK0 A; 2Q97 A; 4JI4 K; 2E6L A; 4B9V A; 1O13 A; 1RDU A; 5DM7 L; 4IBN A; 2AA4 A; 3C6H A; 1NOZ A; 3O08 A; 3NHG A; 5J2M A; 3M1F A; 3SAF A; 1IO2 A; 4FZX C; 2GV9 A; 5M1N A; 5CE3 A; 1S1V A; 2PAV A; 4CZL A; 1HNX K; 3T69 A; 3VGK A; 3K59 A; 4E1N A; 5H1S Q; 1FXX A; 4K8X A; 3HP9 A; 5FPM A; 1VSM A; 2VWJ A; 4EAH D; 4PQU A; 4EIA A; 1NGH A; 2QK9 A; 4XH4 A; 4FWN A; 3CCQ N; 1BU6 O; 5IT9 O; 2VYP A; 5ADX A; 4RW8 A; 4F3T A; 4B3S K; 5C12 A; 2KFN A; 3V1O A; 3SPZ A; 3KD1 E; 1UWB A; 2NRR A; 3SK3 A; 4BY9 C; 4O0J A; 1VSJ A; 3T3F A; 3VQP A; 2X74 A; 5FDL A; 3ZEU A; 4HUE A; 2GTD A; 4C23 A; 3M6G A; 4BRK A; 2D0A A; 2E2O A; 4K42 A; 4Z4C A; 4YOY A; 4YOV A; 3ZX0 A; 3VQ7 A; 4RW7 A; 3MN9 A; 2YV0 X; 2OZM A; 1HX1 A; 3Q7C A; 2VWB A; 5AQJ A; 4ISE A; 1QZ6 A; 2QXL A; 1NJY A; 2WUS A; 4BC2 A; 4RG8 A; 3S3O A; 3CFR A; 2WFB A; 2KKZ A; 5AQI A; 5SWM A; 4EHU A; 4KH6 A; 1YIJ N; 3OYL A; 3WXL A; 5JLF A; 4DV0 K; 5D3G A; 1KAZ A; 1OVY A; 3LP0 A; 3CME N; 1L3T A; 4OLB A; 2CGL A; 4KRF A; 3MAQ A; 1QZ5 A; 3E01 A; 1JCG A; 1V4S A; 1XQS C; 3AA3 A; 2A3Z A; 1GLF O; 1C1C A; 3U8X A; 3WQT A; 3E9P A; 4HHT A; 4CEQ A; 2I7N A; 3IAY A; 3ZSW A; 4AIL C; 2EWS A; 4M41 A; 4KI6 A; 1BL3 A; 4I7F A; 4ID5 A; 2KQ2 A; 3SV4 A; 3CJ9 A; 1X1P A; 2FBX A; 3K5O A; 1RT3 A; 3QEV A; 1TK8 A; 2OPS A; 1VQ5 N; 3VEW A; 4MFB A; 4DSE A; 4CJF A; 4FJK A; 2CGJ A; 1GOC A; 2F7T A; 3BZK A; 4BC4 A; 5AQR A; 2VQF K; 1EXQ A; 1KAX A; 4KHP K; 3IFR A; 4NLB A; 4DLG A; 3U3G A; 2HNZ A; 2Q36 A; 4BRL A; 1JLQ A; 4X62 K; 4CIG A; 5JIC A; 1JLA A; 1ZC6 A; 2R7Y A; 3N4Q A; 1TVR A; 1NKC A; 1MDU B; 4JKD A; 1NGE A; 3CCS N; 3VEN A; 4B9T A; 4L3Q A; 3DRS A; 3QNO A; 2OPR A; 1LW0 A; 4CEF A; 4A2A A; 3K5L A; 3VA3 A; 1R59 O; 4CJW A; 3CC2 N; 3OY9 A; 4JI6 K; 3DYA A; 1YXQ A; 2FXU A; 5KQ8 A; 4NCG A; 5CZ1 A; 2Z1G A; 3UE5 A; 1ZBL A; 3HPH A; 4BR0 A; 5AR0 A; 1GLA G; 3WT0 A; 4H5R A; 2OYQ A; 1VSE A; 2IS3 A; 2HOE A; 3ZSX A; 1JKH A; 5KRS A; 2QA4 N; 3OYC A; 1QSL A; 3KZB A; 1WSH A; 4CK2 A; 1JLB A; 2HBK A; 4ZTJ A; 3OYM A; 2D5R A; 2RPI A; 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