3VQ7A

Hiv-1 in core domain in complex with 4-(1h-pyrrol-1-yl)aniline
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
145
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 145
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq7A00
1ZYQA 1S9EA 3TABA 4Q5VA 3RMCA 1J5OA 2YHBA 1ZBIA 3NGYA 3SQ2A 4FJJA 3OYIA 5FROA 3EZ5A 1VSMA 1NK7A 4W5RA 3SUOA 3IAYA 4E7IA 3RMBA 4FM2A 4Y1DA 3ZT4A 4FLTA 3P83D 4CJPA 4OGEA 3IRXA 3ZT3A 2HHVA 1JKHA 1QHTA 3DLKA 1RDCA 4W5TA 4DLEA 1HQEA 4KI6A 3QNOA 4DG1A 3PY8A 4PUOA 2FBTA 3HSTB 4DQRA 1HYSA 2LSNA 1HQUA 4O44A 1T03A 3M8QA 3VQ9A 3A2FA 2P51A 4RW7A 5J2QA 4LH5A 4O4GA 2KZMA 1WSGA 4B08A 3PO5A 4PWDA 1RDAA 3BDPA 2OZMA 4FCYA 3M8SA 3HVTA 2DY4A 3F73A 3EYZA 1NK4A 3OS0A 2JGUA 3NF9A 4RW4A 3AVCA 5T7BA 1RBSA 1CZ9A 4DS5A 3AVMA 4H8KA 3VQBA 5I3UA 3SJJA 3HT3A 4CEZA 2HHTA 2BANA 4ZTFA 1TK0A 1T05A 3CM6A 1FXXA 3LP1A 3L3VA 1IKVA 4QAGA 4CIEA 4F3TA 4B9UA 3V9UA 4BWJA 4DTUA 4CFCA 4FJXA 3H08A 3LPTA 3ZSYA 4CEOA 4KB1A 1U49A 1EP4A 5KGXA 4O55A 4FLWA 3AA5X 3NE6A 1HJRA 4DFKA 3CG7A 1JLGA 3OYLA 3MEEA 1WAFA 3FFIA 4DU3A 2KZZA 3DRPA 5HBMA 2P5GA 3PUFA 4DU1A 4FK0A 1BHLA 3MEDA 1QSSA 2HNYA 4CEEA 4DTPA 3CYMA 3DLBA 2F96A 3O3GA 1RCHA 4WE1A 3SUQA 2PY5A 4ELTA 1TVRA 3ISNC 3SV4A 3V1QA 1BIZA 1G15A 1DTTA 3MXMA 1RDDA 2YNFA 1ITGA 1LAWA 5CZ2A 5EU7A 3V9XA 4RG8A 4UQGA 3OYGA 3SI6A 4AHVA 3C94A 5C24A 1S1WA 3I0SA 1HYVA 4KTZA 2QXFA 1S5JA 3IS9A 3MEGA 1EX4A 4OGCA 3PV8A 3PO4A 4LY7A 2VG5A 3AVIA 3VQPA 4F4KA 3K5MA 1TKDA 3HO1A 3ZSZA 1SKSA 1NK6A 2PZSA 1S1VA 4DTRA 1LWEA 4G1QA 4N5SA 1U47A 3SCXA 2OPSA 4HUEA 3OS1A 3CFPA 3AVGA 5K14A 1NK8A 4KREA 3KK2A 4AHSA 5KRSA 2R7YA 2E6LA 1QSLA 4FK4A 3QIPA 4JS4A 4LH4A 4C8LA 4GW6A 4BE0A 4LD0A 4DQQA 3L2RA 4J2DA 4KHUA 3M8RA 3L2WA 1A5WA 5HRPA 4DU4A 5DK5A 1J54A 1T7PA 3TAFA 2KW4A 4ZTJA 2KFNA 4AHTA 1IG9A 4DTXA 4FJ8A 3U6FA 3NDKA 3AV9A 3QEWA 4DFJA 1UA1A 4BDZA 4CK3A 1X9MA 3NH0A 4GVMA 4F2RA 4I2PA 3OYFA 1FKOA 2Z1IA 4DF4A 3NGIA 4BDYA 2QK9A 4MQ3A 1VSEA 4R5PA 3VQ8A 1X1PA 2WOMA 2Z1HA 3VQ4A 2O4IA 5J2PA 3SUNA 2E4LA 3ZSVA 3TARA 1NK9A 4E1NA 4Z4HA 2Z1JA 3KD1E 4FJ5A 1L5UA 1RBTA 1HYZA 3AA4A 4CJUA 3LANA 1SV5A 4CHOA 4Z4CA 3F9KA 3ZT1A 1TGOA 4O5BA 4CFDA 4FLVA 1KVBA 4CEBA 4OLAA 2GV9A 1KVAA 2BDPA 3WNEA 1JL1A 1NJXA 3AVHA 3OJSA 3OJUA 3I8DA 4CEFA 1ASWA 2PYLA 4DS4A 3SPZA 1ZBHA 3DLRA 2FBXA 4TSXA 1VSKA 3M8PA 4ID5A 4E19A 3K58A 3LZJA 2HNZA 4FJKA 4DWIA 1NOZA 1UWBA 1VSFA 3LAKA 4CGDA 4CJTA 3AA2A 1L3UA 1WSJA 4CIGA 2WONA 5HRNA 2YKMA 4FZYA 2HVHA 4OVLA 4CJ5A 2G8FA 3JSMA 3V81A 4CHQA 2XO7A 1D9FA 1W9HA 4IKFA 4Q0BA 1FK9A 4IBNA 3AO3A 5J2NA 1A5XA 4CF0A 4NYNA 1C1BA 3HPGA 1J9AA 3ALYA 4YFUA 4CESA 2DFFA 1BCMA 3B6PA 1NKCA 3OYJA 3D0PA 1KLMA 1RT5A 2X6NA 4DTMA 4W5NA 1SL2A 1Y97A 4KTWA 1RNHA 3PX6A 3L2VA 1SUQA 4RW9A 4KHWA 4E0DA 4OLBA 3DMJA 4B9LA 3OYCA 3AVKA 3QEPA 3LP2A 3HP9A 2HW3A 3AVAA 3IG1A 4NCAA 3ULDA 3CQ8A 3BGRA 3HM9A 3QNNA 4CGFA 4M42A 1QTMA 3VA3A 1UA0A 4OJRA 4DSLA 4M41A 3LZIA 5CY4A 3KLEA 3OYKA 4PA1A 4CHZA 3TWHA 3HL8A 4DQPA 1CLQA 3RMDA 3OYNA 1HNVA 2RKIA 4CF1A 4OKKA 1WN7A 3AO1A 3CM5A 1J53A 3KLGA 3QEXA 4FJMA 4FJNA 4B3OA 1VRTA 1WNSA 2OZSA 3DLGA 2XY8A 4CJ3A 4E7JA 2EX3A 4K8ZA 1I39A 3C6UA 4EP4A 3OS2A 3SQ0A 4Z4IA 4CJRA 4CIFA 4KV8A 4ELUA 1ZBUA 2YNHA 1B9FA 4M3WA 3ZSWA 4FJGA 1KRPA 4H4OA 1CXQA 4CERA 3QESA 1NJWA 1Z25A 4KHNA 2PYJA 1YTUA 4AHUA 3TANA 3SNNA 4NYFA 3RRHA 1DTQA 2D0BA 3QERA 4FW1A 3AVJA 3TAPA 5KGWA 4FJIA 4KFBA 3AVFA 1QE1A 4Z4FA 3TAEA 2GBZA 3PX0A 2D5RA 3DRRA 2G8IA 1RT1A 3VQQA 4CF8A 3HP6A 3SPYA 3MXIA 2HNDA 3NF8A 3ZSXA 4FJHA 4I9LA 1JL2A 1LWFA 1VSIA 4CJFA 4PQUA 1F21A 1EETA 4KKOA 4CK2A 4JS5A 2O4GA 3V1OA 2ETJA 4CJSA 4CEQA 4L8RB 4E7LA 3DLEA 4I2QA 3VQDA 3L8BA 4JRPA 4DFPA 4JLHA 1MU2A 2XY5A 3QLHA 1LW2A 5KI6A 2W42A 2OPRA 4J2BA 4CHNA 2ITGA 3P1GA 2XHBA 4IFYA 1RT4A 4DLGA 4ID1A 1RTJA 1VK0A 4ICLA 4C8KA 4B9VA 4M3XA 4KO0A 1BQNA 3LAMA 4CECA 3LWLA 4DTSA 1UAXA 1KVCA 4RW8A 3OYDA 2Q3SA 1KSPA 1JLBA 4HVJA 1TK5A 4QOZB 1QS4A 5HRRA 1HRHA 3VQ7A 3G0ZA 4CGHA 1TKZA 3DOLA 2Y1JA 4BWMA 2OA8A 5HP1A 3NF7A 3I0RA 5DMRA 4KHSA 2VWJA 1ZBFA 1JLCA 3LWMA 3RRGA 1BIUA 4BACA 4QCLA 3KLHA 4FLUA 5FRNA 2XY6A 2NUBA 3QEIA 3L3UA 3VN5A 1RBRA 5HRSA 2DFEA 3TR8A 4N41A 1GOBA 4FJ7A 4H4MA 4HUGA 1XHZA 2HHUA 1O1WA 4DTOA 2IOCA 2HHQA 3NCIA 1ASUA 4AHRA 3KJVA 3QO9A 4DF8A 1NK0A 3DYAA 4B9MA 1JLAA 3VQAA 4C8MA 1Q9XA 1WLJA 2A1SA 3V1RA 3WNHA 3EY1A 1S6PA 5JS2A 1QQCA 3KKRA 4NCBA 1C6VA 2BGGA 4IG0A 1TK8A 3KTQA 3AVLA 5CYQA 2OPQA 1RT3A 3OVNA 4Z0UA 3ZSQA 2EHGA 1RTDA 3QINA 4E7HA 1TAUA 2D0AA 1IO2A 2FBVA 3S3NA 4W5QA 1N6QA 1C1AA 3AO5A 4MFBA 4CJQA 1LV5A 3AVNA 3HPOA 3OYAA 2I5JA 3SUPA 3G10A 3V9ZA 2YNIA 4E3SA 1VSLA 2XY7A 4EZ9A 1BGXT 1YVUA 4NCGA 4M45A 3MXJA 3LALA 1TAQA 2D0CA 4DTJA 3S3OA 1W0HA 3O4NA 3TAGA 4CE9A 1EKEA 3VQ6A 3VQEA 1ZBLA 1IKWA 3OYBA 4OPKA 4DFMA 4FYDA 2ZD1A 2VG6A 1CXUA 4GMJB 4HUFA 3T1AA 4EZ6A 2IGIA 4CGGA 1RILA 1XWLA 1B92A 3DLHA 4OKJA 3O4QA 2JLEA 1KTQA 1SKWA 2P5OA 4DMNA 3HXMA 4AHCA 2Y1IA 1QSYA 2DTUA 3TI0A 1X9SA 3SQ4A 1LW0A 4N76A 1Q9YA 2HMIA 2B6AA 4CEDA 3K57A 4CEAA 5I42A 1WSEA 2HVIA 2AJQA 2G8UA 3HYFA 4N47A 1VSJA 1BCOA 3C95A 4CFAA 1D8YA 3HVRA 3L2QA 4CGJA 4JRQA 4F2SA 3LPUA 2B5JA 1IH7A 4FJLA 1TKXA 5SWMA 4FJ9A 2DFHA 3D45A 3ZSRA 4ZHRA 3CFOA 3ZCMA 3AO4A 4KHQA 3NGZA 1JLFA 1TL3A 5CYMA 4BDPA 3HPHA 3NBPA 2OYQA 3O3HA 2FBYA 4CF9A 4OPJA 1NK5A 1L3TA 3HJFA 1REVA 3RWUA 4FXDA 3K5NA 2KQ2A 3B6OA 4LSLA 3ZT2A 3V6DA 4DSJA 3O3FA 2X74A 5JS1A 4CJWA 2ZQBA 4CHPA 2VG7A 1X9WA 1LWCA 4KI4A 1WAJA 4AILC 4DQSA 2IS3A 4FLZA 1RT6A 3T3FA 1XI1A 4CJLA 1S1UA 1EXQA 4M3YA 4M3ZA 1C0TA 1L3VA 1NOYA 4YNQA 4LSNA 4HCCA 1YT3A 4KPYA 4HHTA 1VRUA 4DSKA 4HCBA 3S9HA 3K2PA 3SQ1A 1VSDA 4C8NA 1K6YA 3THVA 4KAZA 2QKBA 4DTNA 3SZ2A 1YTAA 4FW2A 4B9SA 1S6QA 3LDSA 3LP0A 1NJZA 3AO2A 4E1MA 3RR8A 4Z4EA 1RTHA 4PY5A 3U3GA 5SZTA 1IKXA 3MAQA 4CJEA 3HK2A 1TV6A 2RN2A 5KRTA 5CZ1A 3NH2A 4CK1A 3OY9A 3S3MA 5FRMA 1WSFA 3KLIA 3MECA 5KTQA 1NKEA 5J1EA 1BI4B 1JXBA 1JLQA 3C6TA 3QIOA 4CJKA 1SL1A 1RBVA 5D3GA 4FM1A 3QEVA 5HLFA 1B9DA 3AA3A 1WSHA 4J2AA 1I3AA 4DSEA 3KIOA 4B9TA 1KFDA 4KTQA 3ASMA 1UOCA 3DM2A 4M3TA 4C8OA 4M3UA 1BI4A 2YHAA 3KK1A 1TKTA 1BL3A 1Q8IA 4B8AB 3TAQA 2B4JA 2YNGA 4Y1CA 1SL0A 1KFSA 4B8CA 4CF2A 1C1CA 3KKSA 2GUIA 1KCFA 3V4IA 1U45A 1U4BA 1GOCA 2FC0A 4F8RA 4CFBA 3V9WA 2G8KA 4DQIA 3ZT0A 3DOKA 4N56A 2KTQA 1R0AA 5C25A 5E41A 4FM0A 1S1XA 1NJYA 1S9GA 1HNIA 2IDOA 2F8TA 2BE2A 3NF6A 2P1JA 3OYMA 3OYHA 3SYZA 3NAEA 4IG3A 3T19A 4CJ4A 3K59A 1C0MA 2RF2A 4M3RA 4IDKA 2G8WA 4FLYA 1FKPA 4Z4GA 3VA0A 1IKYA 1BQMA 1GOAA 5C42A 4CHYA 2XRIA 4K8XA 1DLOA 3L2UA 3NH1A 3RTVA 3NHGA 2HHWA 4HTUA 4FZXC 4XIUA 1U48A 3OYEA 2QKKA 4F3OA 1RDBA 1HMVA 4BE1A 2HB5A 2G8HA 4KB0A 1C0UA 3JYTA 3V9SA 4CJVA 2F8SA 2HHSA 1A5VA 3E01A 3AVBA 4O0IA 2IAJA 3KD5E 4BE2A 3DRSA 4CCHA 5HROA 3TAMA 2OPPA 4FZZA 1RT2A 1JLEA 2A1RA 3QETA 4FVMA 3VQ5A 1VSHA 3VQCA 3WNGA 3ZSOA 4OKEA 4E89A 1TL1A 2RPIA 4E7KA 4CGIA 1D9DA 1HPZA 2ATQA 1XC9A 1RBUA 5J2MA 2E6MA 2YKNA 4O0JA 5FDLA 1RT7A 3ITHA 3LP3A 1CZBA 3PX4A 1T8EA 1NKBA 4DSIA 3K5LA 1BISA 3RMAA 3UIQA 1N5YA 2KFZA 2HHXA 4I7FA 1JXEA 1S1TA 1XHXA 2IC3A 1L3SA 1RTIA 3RR7A 4FK2A 1U04A 4ELVA 2X78A 3WNFA 4KRFA 1D5AA 3KLFA 4J2EA 4B9NA 3SV3A 3P5JA 4RW6A 4FLXA 1Z26A 4EP5A 3KK3A 3U3YA 1SKRA 1WSIA 2X6SA 3CFRA 2YV0X 2Z1GA 4W5OA 1KLNA 4AH9A 1LAVA 3K5OA 4DSFA 3NFAA 2G8VA 4I9QA 1ASVA 2ZE2A 4KHYA 2VWKA 4IFVA 3DI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TABA 3RMCA 3EZ5A 3SUOA 3RMBA 4PKGA 3ZT4A 3ZT3A 1FJGK 1QHTA 3DLKA 1KAZA 4W5TA 4JI3K 4PUOA 2FBTA 1D4XA 4O44A 4UY8O 1T44A 3FGUA 5F2RA 1NGJA 4LH5A 3PO5A 1HKGA 2V52B 3BDPA 2OZMA 4U67L 4FCYA 5DM6L 2DY4A 1FW6A 4BR5A 3IUCA 2P9UB 3KHYA 2ASMA 5T7BA 3R9PA 2HHTA 2BANA 4B9QA 3DJCA 5AQHA 2I7NA 4BWJA 4DTUA 5AQSA 3CMAN 4FJXA 4KB1A 5AQMA 5AQQA 4FWSA 4NO7A 1NWKA 1JLGA 1Q86O 4J8FA 4DU1A 4QS9A 4ELTA 4WE1A 3ISNC 3VF2A 4CJ7A 4BVOA 3V1QA 1BIZA 1NLVA 1HNWK 1LAWA 3V9XA 3HTVA 1QQOA 3OYGA 4AHVA 3C94A 3OA9A 1TYQB 4KH5A 3I0SA 4O8UA 4CD3A 3PO4A 3AVIA 1KC8O 1TKDA 4MLHA 1NK6A 2YJEA 5M1FA 1SAZA 2PZSA 1S1VA 3MN7A 3O8MA 4HUEA 3CFPA 3AVGA 5K14A 4KREA 2QEXN 4A5AA 2PBDA 1QSLA 4QS7A 3KK7A 4ISEA 4PKHA 4BE0A 4DQQA 3M8RA 2GELA 5EVZA 1JJ2M 4CVNE 3TU5A 4OO1J 2W6KA 3AV9A 5AQJA 5HOOA 4JK7A 3NH0A 4I2PA 1FKOA 4E1JA 4MQ3A 4R5PA 1X1PA 3VQ4A 3SUNA 2E4LA 5LMNK 4Z4HA 3KD1E 1T6DA 3ZYYX 1L5UA 1RBTA 1HYZA 3AA4A 4CJUA 1SV5A 4CHOA 4Z4CA 3ZT1A 1KVBA 4CEBA 3MWPA 1KVAA 3WNEA 3EO3A 3OJUA 3I8DA 1I94K 1ASWA 4TSXA 4C1NK 3ULEA 4DWIA 1WSJA 5HRNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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