The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
206
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structure length |
198
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Chain Sequence |
GTLIRATTLSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSEGRGQDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKGFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGKDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
Terminase large subunit
|
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| total genus |
66
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| structure length |
198
|
| sequence length |
206
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C2F A; 5M1K A; 5M1Q A; 3C6A A; 4IEI A; 5C12 A; 5M1P A; 5C2D A; 3CPE A; 5M1F A; 5M1O A; 5C10 A; 5M1N A; 4IFE A; 4IDH A; 3C6H A; 5C15 A; 4IEE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NUB A; 3CFP A; 3GOI A; 3DRS A; 4DQ8 A; 3FR0 A; 4M45 A; 1T05 A; 3RSE B; 3ZSW A; 4ID5 A; 4Y1D A; 3EY1 A; 3M8Q A; 5EU7 A; 2QK9 A; 1UA1 A; 4DFJ A; 1OH6 A; 2EWS A; 2B4J A; 3MEG A; 3AY9 A; 3P1G A; 4BQL A; 3H6E A; 1JLQ A; 5HRP A; 5EVZ A; 4CK1 A; 5KGW A; 4C23 A; 4CJS A; 3CIP A; 4YY3 K; 4AHR A; 3WUH A; 1YT3 A; 1XHX A; 2DFH A; 1OH7 A; 1LW2 A; 1HUX A; 4IO9 L; 1RDB A; 2O8B B; 3UKR B; 3OYD A; 4KHN A; 1ZXO A; 1KVA A; 4DSJ A; 1IV0 A; 4YOX A; 2W41 A; 5HRN A; 4KI6 A; 4N76 A; 5TKY A; 2O8E B; 4LSN A; 5BRH A; 3VET A; 4E7L A; 4DSK A; 4BRI A; 1S3X A; 3KK7 A; 5AQJ A; 4M7Y A; 1VQN N; 4FOE A; 1SKR A; 2CGJ A; 1QQN A; 2I5J A; 4I6M B; 1NBW A; 3IUC A; 4IBN A; 3LAN A; 4I2P A; 1BQN A; 3WEE A; 2GX9 A; 2YX6 A; 3L4Q A; 4A59 A; 4C8K A; 1ZBH A; 3ZLJ A; 4IFV A; 3ZSZ A; 3PSI A; 1HQU A; 1EQY A; 2NRX A; 3QEV A; 2FSK A; 1IKV A; 2E20 A; 1BIS A; 1R59 O; 3KKS A; 4FLX A; 5KI6 A; 3C7N B; 3DLH A; 1O1W A; 1F21 A; 3VEN A; 3N4Q A; 3CCU N; 2BH1 A; 2WBN A; 3CJ7 A; 2D4W A; 2OYQ A; 1S5J A; 4BRD A; 2QA4 N; 1VSF A; 1E4G T; 3HBT A; 1NJZ A; 1NJX A; 1RDD A; 3TWH A; 3MX5 A; 2UYT A; 2NLX A; 4CW7 B; 4BRC A; 1TGO A; 4F3T A; 3SV4 A; 4JLH A; 4E89 A; 1S1W A; 3CQX A; 1NK0 A; 4IOC L; 4CF2 A; 4EFH A; 3GE1 A; 4BG9 A; 5J2M A; 3QFP A; 5KQD A; 3DLG A; 5IWA K; 3ZEU B; 4PWD A; 3OYL A; 3ZET A; 4ISF A; 1DEJ A; 3D0P A; 1TAQ A; 3K58 A; 1EWQ A; 2ETJ A; 5HRR A; 1TVR A; 2QXL A; 1RDU A; 4Z0U A; 1O13 A; 3KHY A; 4RW7 A; 4MO5 A; 3RSE A; 2ATQ A; 4DV3 K; 4CEF A; 1I3A A; 2Z1H A; 3O3G A; 4CIE A; 2FSJ A; 4KB0 A; 1QS4 A; 4FLV A; 2HND A; 3SJH A; 3AVG A; 4FZY A; 4RW8 A; 1XWL A; 3QET A; 2IIR A; 3V6D A; 4FJM A; 5M1F A; 4RW9 A; 1T7P A; 1IBK K; 2X74 A; 2D0C A; 1IBL K; 3NCI A; 3TSP A; 5JMV A; 4HUF A; 5LMN K; 3B6O A; 4B8A B; 3D6R A; 4L3Q A; 2F9W A; 5CY4 A; 3TI0 A; 1TYQ A; 4UQG A; 4GV6 A; 3T69 A; 4UY8 O; 1RBS A; 4MDA A; 4JAX A; 1D9F A; 1XHZ A; 3SNN A; 2YHB A; 2BTF A; 5FPE A; 3EO3 A; 4TSX A; 4KTQ A; 3H3N O; 2NNW A; 1RBV A; 2DTU A; 4NO7 A; 1VSH A; 3HSC A; 3NBP A; 4FVM A; 1K9M O; 4K42 A; 2HVH A; 4KHY A; 3FZM A; 1ZBL A; 3MXJ A; 2PYJ A; 2UUB K; 3C6T A; 3TAN A; 4LFC K; 1Q9Y A; 4BDZ A; 3LZI A; 3DXK A; 4JHD B; 1RDW X; 2G8H A; 3VMF B; 4FLU A; 2HHT A; 3NVM A; 4JK9 A; 1S1U A; 3OA9 A; 2P9N A; 3HVT A; 5HRO A; 3OYA A; 5BPL A; 1B92 A; 5M1O A; 2DFF A; 1HMV A; 4OPA A; 3D7E O; 3LAK A; 1T6C A; 3SK3 A; 3LP2 A; 5AQO A; 3KIO A; 1YF5 L; 4JKF A; 4CJU A; 2B6A A; 3NF8 A; 3OS0 A; 4CFA A; 4AQY K; 3IKM A; 4FW1 A; 1NG9 A; 3NAE A; 4DLE A; 3EN9 A; 5GAG P; 1QVG M; 1KFS A; 3D2F A; 3HZ6 A; 4DLG A; 3S3O A; 2EHG A; 3JS6 A; 4CJK A; 2CGK A; 1VAZ A; 3L6Q A; 1GOB A; 2RHK A; 3KLF A; 3SV3 A; 4H0Y B; 4B3S K; 1JLF A; 5GAE P; 4DF4 A; 4OX9 K; 2A42 A; 2VWB A; 4IEE A; 1M1K O; 4DHY A; 1T3V A; 4OKK A; 4ZTJ A; 4B9M A; 4CJF A; 2D1K A; 2RPI A; 4E1J A; 3CCQ N; 1NM1 A; 4M3Y A; 5ADX A; 4FM0 A; 1J9A A; 3SLC A; 4CCH A; 4DCH A; 1S1X A; 2QWL A; 4FWL A; 3DRP A; 3I0S A; 4FJ9 A; 3CI5 A; 4PKI A; 1RT2 A; 3RMC A; 5F2R A; 2P9L B; 4A62 A; 4WQ4 C; 4M3R A; 4CIG A; 4BAC A; 4HVJ A; 4LF6 K; 2HNZ A; 2FBY A; 4W5R A; 5FRM A; 1GLD G; 5BRD A; 3L2V A; 4JEP A; 4FWO A; 1S9G A; 1HNX K; 4FJH A; 4DR1 K; 2Q2R A; 2IGI A; 1C0U A; 3MEC A; 3CF5 L; 1QZ5 A; 4FK2 A; 4RWT A; 5FPM A; 5CYQ A; 4YHH K; 2ZM6 K; 3LL3 A; 3RTV A; 1WLJ A; 3CG7 A; 2QXF A; 3ZCM A; 3VQC A; 1MU2 A; 2AJQ A; 1Q9X A; 4MQ3 A; 3MN6 A; 3VER A; 4FWK A; 1D9D A; 4JD2 B; 2HHU A; 4JHD A; 5AQP A; 2NZT A; 3LWL A; 3T3F A; 3SQ1 A; 1CZB A; 5T7B A; 3HTV A; 2W6K A; 1ATN A; 3I0R A; 2O8F B; 1VSJ A; 1VSE A; 3CCS N; 1JL1 A; 1BOT O; 2OZM A; 3D2E B; 3IRX A; 3I8B A; 4IDK A; 5AQS A; 4KH5 A; 3VGK A; 3V9S A; 1WSE A; 4CGJ A; 4ZTF A; 3CXC M; 1TK5 A; 2YI1 A; 4BRM A; 4ELU A; 3THW A; 4PY5 A; 5C15 A; 4DWI A; 1TKZ A; 3MEE A; 2WC9 A; 2WOM A; 4FJJ A; 2E2Q A; 1N8R O; 3K5L A; 4BRA A; 1JXE A; 4KHU A; 1NGG A; 1YI2 N; 4O8K A; 5AQT A; 5IT9 O; 3VQ7 A; 3MCP A; 4H8K A; 2P9I B; 4V19 S; 1J6Z A; 1RTH A; 1ZC6 A; 4BG8 A; 3P83 D; 3FE1 A; 1YAG A; 4M7X A; 5SWM A; 3H1Q A; 4LY7 A; 3QEX A; 1BUP A; 1NGE A; 3THY B; 2V51 B; 1BA0 A; 1YTA A; 3DLL L; 5M1Q A; 4CBW A; 4FVU A; 1RBU A; 3U3G A; 2E1Y A; 3S3M A; 4RTF D; 1B9D A; 3VQ6 A; 1QSL A; 3WQU A; 3NFA A; 4LH4 A; 2BUP A; 4NXN K; 2Z1J A; 3BGR A; 5LL6 Z; 4DB3 A; 1VQO N; 4O5B A; 2Y1J A; 4HUE A; 2QWM A; 3QFU A; 2XY7 A; 4Z4G A; 4B3O A; 3CCM N; 4CJ4 A; 5GAD P; 3ZT2 A; 3SBG A; 2UUA K; 3CER A; 1U48 A; 5C10 A; 2E1Z A; 1V4T A; 3CFR A; 4J8F A; 5KPZ A; 4DSI A; 2HHV A; 4KHP K; 3AO5 A; 4CJQ A; 3NF7 A; 4NCB A; 1SL2 A; 4BY9 C; 3NE6 A; 1NK4 A; 2DFE A; 2HBL A; 1JLA A; 4CEC A; 3VA0 A; 3DXM B; 2ASP A; 2JGU A; 1GLE G; 3VQP A; 3QLH A; 2ITM A; 1A5V A; 4NCA A; 4PQU A; 4CHO A; 2GBZ A; 1EX4 A; 4FCY A; 3NH1 A; 1DLO A; 4B9U A; 3AVM A; 1REV A; 3DOL A; 4M42 A; 3VES A; 5HBM A; 1WN7 A; 5GAH P; 4OVL A; 5AQZ A; 4E1N A; 1T03 A; 2CH5 A; 3R3L A; 4KHQ A; 4H4M A; 4F8R A; 4CED A; 4A5A A; 3IAY A; 3U9Z A; 5B8H A; 3SBT A; 1LWF A; 2E6M A; 1L3T A; 1JLG A; 3JXU A; 1GOC A; 3CC4 N; 4BGB A; 4GY2 B; 5AQN A; 5DM6 L; 4YOU A; 4JI6 K; 3G0Z A; 2JWK A; 3WNG A; 4NYF A; 2G8W A; 3SMS A; 5GIN A; 3SPY A; 3BEX A; 3S9H A; 2YHA A; 3ZT1 A; 3VQB A; 4ISG A; 4CZK A; 4DG1 A; 1NJY A; 4JK8 A; 3KLE A; 3QNO A; 3WXL A; 1N34 K; 3CHW A; 3WEE B; 4PA1 A; 1I94 K; 4JKC A; 2G8U A; 3QO9 A; 4NYN A; 3TAM A; 4X62 K; 1VRT A; 4CE9 A; 3O4Q A; 5EY4 A; 1UA0 A; 1VQK N; 3O1B A; 4BGA A; 4DV5 K; 3K5M A; 2XY8 A; 4G1Q A; 4ILJ A; 5CZ1 A; 3ZSR A; 2KW4 A; 3QEW A; 5HRS A; 2R7Y A; 2P9S A; 4CEO A; 1VSK A; 1XUP O; 1TK0 A; 4EZ6 A; 3F2K A; 4ISE A; 4JI4 K; 5K14 A; 4BRQ A; 4FJK A; 1X9W A; 4CEA A; 4DTO A; 2Q31 A; 1L5U A; 4LD0 A; 3CCL N; 3PLA A; 1TUY A; 1U47 A; 5CYM A; 3PX4 A; 3KWG A; 2BE2 A; 3FLC O; 4JI7 K; 4PKH A; 3OBW A; 5AQK A; 3AVN A; 3U9D A; 3QEP A; 1DGK N; 3QML A; 1GOA A; 3UKU A; 1NOY A; 4Z4F A; 3ZET B; 4QOZ B; 1W97 L; 1ASW A; 3CQY A; 2RKI A; 4BR2 A; 3DXM A; 4K43 A; 3VQ9 A; 4BRH A; 1QQC A; 2UUC K; 3J80 O; 2E8A A; 1T8E A; 4B3T K; 4HTU A; 3OY9 A; 1Q82 O; 5J2Q A; 4QAG A; 1NK5 A; 1RGI A; 4F4K A; 1XNR K; 4YOR A; 3VEW A; 3ZSO A; 1ASV A; 1VSM A; 3AGK A; 5GIP A; 2HHH K; 4CHQ A; 1VQ7 N; 4LF5 K; 4EP4 A; 4FJ8 A; 1NK8 A; 4DFM A; 1XC3 A; 3EEQ A; 3AVB A; 3THX A; 4CF1 A; 3BZC A; 3K5N A; 2QKB A; 4CJE A; 2KKZ A; 3KWI A; 4E7I A; 1C0F A; 4IFE A; 4H4O A; 3J7Z O; 4CJR A; 2YNG A; 2O8C A; 3AO3 A; 4B9L A; 5ELZ A; 3KD5 E; 3BZK A; 4CFB A; 1RTI A; 3VF4 A; 5AQY A; 3K2P A; 1TYQ B; 3R1X A; 3AVF A; 2GV9 A; 4BRP A; 4CJT A; 3HRG A; 4FWQ A; 2KHO A; 4PKG A; 3QER A; 4W5Q A; 5KPR A; 3IS9 A; 2J4R A; 3ULE A; 3RR8 A; 4C8O A; 1GLA G; 1BCO A; 3PSF A; 4WF9 L; 3L2R A; 3VF6 A; 5BPN A; 4Z4C A; 4O0I A; 1KVC A; 3ENB A; 4JK7 A; 3TAQ A; 5AQG A; 3TR8 A; 1NKE A; 3QIN A; 3CQ8 A; 1TK8 A; 4FLY A; 4AIL C; 1JKH A; 1U6Z A; 4DV4 K; 2P9K A; 4HWI A; 3HJF A; 1UOC A; 2E2N A; 3QIO A; 2YCH A; 1HQE A; 4BRN A; 3DXK B; 4JS4 A; 4OPH A; 1W9H A; 5E84 A; 1VHX A; 1N32 K; 3FZL A; 2P9N B; 4CGG A; 3P38 A; 1J53 A; 3G10 A; 1WBB A; 3QIC A; 4B9T A; 3LM2 A; 3E9P A; 4JNE A; 3RMB A; 4CFD A; 4CHN A; 2ZE2 A; 3GBT A; 1KVB A; 2A3Z A; 2HHS A; 1VQ8 N; 4CGI A; 4FM2 A; 5HP1 A; 4JI1 K; 4WFA L; 3HL8 A; 2VQE K; 3AAQ A; 4LC9 B; 3KLI A; 3O1W A; 3D2F B; 3EZ5 A; 5DM7 L; 3QIP A; 1JJ2 M; 3LDQ A; 4WQ5 C; 4AM7 A; 1S9E A; 1YVU A; 2W42 A; 4YOT A; 3O3H A; 4FK4 A; 4QS9 A; 4A57 A; 1H1V A; 1WSH A; 3SJJ A; 3I55 N; 5J2N A; 4DV1 K; 2XHB A; 3EE8 A; 2HOE A; 3LDS A; 4M3T A; 1NGA A; 4IOX A; 1LWC A; 5E26 A; 1QZ6 A; 2IAJ A; 3P31 A; 3M1F A; 2ZF5 O; 1DTT A; 1V4S A; 3V1O A; 1YIJ N; 5AZJ A; 3T1H K; 2X78 A; 4HCB A; 4HTL A; 1NGJ A; 3OS2 A; 3NDK A; 4BRG A; 3VGM A; 4DQR A; 3CYM A; 5D3G A; 1IKW A; 3B8A X; 1Q81 O; 4XH1 A; 4IZ9 A; 2E6L A; 3DAW A; 2Q97 A; 3K57 A; 3EE9 A; 4BC3 A; 4YNQ A; 2FSN A; 4O8U A; 1SV5 A; 2IDO A; 3WNF A; 2HHQ A; 3CPW M; 2HBM A; 1WNS A; 3OYK A; 1DT9 A; 2OPS A; 1QSY A; 3BP8 A; 1NKC A; 4OPJ A; 3KJV A; 4DV7 K; 1SKS A; 4FWP A; 5KTQ A; 5AFU A; 4JKE A; 1C6V A; 3AO1 A; 2VG7 A; 4HCC A; 1K8K A; 3RRH A; 5AQW A; 2GEM A; 2JLE A; 4JRQ A; 2IVO A; 1JLB A; 1SAZ A; 4C1N K; 4CZM A; 2CGL A; 4NLC A; 4DKW A; 3I56 N; 2YNH A; 1OH8 A; 2KTQ A; 2QM1 A; 1QQO A; 2JWL A; 2QKK A; 4OGE A; 4BRL A; 4LF7 K; 1JLC A; 5JS1 A; 3DLK A; 4EHT A; 1NMN A; 4MLE A; 4KBO A; 2PZS A; 4DR4 K; 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3C6H A; 4QS7 A; 3ULD A; 1QHT A; 1XC9 A; 5AQR A; 1W2B M; 4CK3 A; 4U67 L; 4WYB A; 1FXX A; 4NCG A; 3L2Q A; 1WB9 A; 5C25 A; 3ENO A; 3ID8 A; 4WFB L; 4FJI A; 2NRR A; 2V7Y A; 3OYC A; 4IO8 A; 2G8V A; 4JI5 K; 1YUW A; 1RT6 A; 3ZSQ A; 3DLE A; 1HNW K; 1HNV A; 3MK6 A; 3CFO A; 2D0B A; 1NWK A; 4FZX C; 1NGH A; 3ID6 A; 2IOC A; 3U4L A; 2KFN A; 2VCP A; 3VQE A; 1QHA A; 3FGU A; 2UU9 K; 4BC4 A; 2A5X A; 5AQL A; 1J54 A; 4GV3 A; 3IG1 A; 1GLF O; 2CH6 A; 1B9F A; 2IC3 A; 3WT0 A; 2VYP A; 3V9U A; 1KCF A; 3NVK A; 4DR7 K; 1X3M A; 1JXB A; 3LP3 A; 1DTQ A; 3Q7B A; 1C1A A; 4WE1 A; 1IG8 A; 1RFQ A; 1L3S A; 1Q18 A; 4CJV A; 5LJV A; 3E66 A; 4X64 K; 3BDP A; 3AA5 X; 3VQD A; 4H5V A; 4DSL A; 4XH4 A; 2KZM A; 2V7Z A; 2YKM A; 1C0T A; 1CXU A; 1KAZ A; 2DPN A; 1XNQ K; 4FJG A; 4CZH A; 4LFA K; 4BR4 A; 4FJX A; 3O5B A; 1GLC G; 4MFB A; 1ILY A; 4OO1 J; 3O9Q A; 1JCF A; 5EOY A; 4JKB A; 3ZSY A; 4Z4I A; 3SUQ A; 2GWJ A; 1NLV A; 4GVM A; 3OS1 A; 5TKW A; 2HF3 A; 3SUN A; 3P5J A; 2VGN A; 4CZL A; 2QEX N; 1TL3 A; 3K0S A; 2P1J A; 4AHV A; 4I9Q A; 4KTW A; 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