4EP4A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEQFFYRQNELAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLADALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 54
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep4A00
2B5JA 3PV8A 2KQ2A 3DLRA 3CFRA 4KPYA 3KK1A 3LDSA 3DLHA 4KB1A 3KLIA 2XRIA 3O3HA 4ZTFA 4J2DA 1NOZA 4JS5A 1RTHA 1NJZA 4CK3A 1ASWA 1ITGA 4CGIA 2IS3A 3OS0A 4OPJA 4DSLA 2HVIA 1XHZA 4FLZA 1U49A 4CERA 2DTUA 1J54A 4O55A 1UA0A 1C0MA 4CJRA 3U6FA 3F9KA 2QK9A 4XIUA 1G15A 3O3FA 2P5GA 4NYNA 2G8FA 3RRGA 1HYVA 1X9WA 4M45A 1BGXT 2FBXA 1EXQA 1YTAA 4DSIA 1RT5A 2QKKA 4E7IA 4FJ7A 4PQUA 3EYZA 3M8RA 1U45A 3EZ5A 1Q9XA 2QXFA 1BISA 3OS1A 3SQ2A 2B4JA 4ID5A 3MEDA 2XHBA 1MU2A 4LH4A 1TL1A 4ZTJA 4C8LA 3IRXA 4DTNA 5FRMA 4CEDA 3QERA 4M3RA 3V1QA 2DFFA 4ELVA 2X78A 3NF7A 3NBPA 4IBNA 1RNHA 4FCYA 3ZSOA 2VG5A 3DM2A 3V9ZA 2IGIA 2VG6A 5EU7A 1FK9A 3SV3A 4CJPA 3RR8A 4Z4HA 4EZ6A 1Z26A 3DLKA 3VQCA 1ZBUA 3SYZA 4M3UA 3KLEA 3HPGA 5JS2A 1IKYA 1C0TA 4OKEA 4O0IA 2OPPA 3JSMA 3ZSVA 3HVRA 4CHNA 3QEVA 3NH1A 1VSKA 4FW2A 3KKSA 1LWEA 3QETA 2WONA 3NGYA 4CCHA 1KLMA 4DTMA 2O4GA 4OKKA 4AHCA 2KFNA 4B8AB 1SKWA 3DOKA 3AVAA 2D0CA 1LV5A 1RT3A 1KRPA 2YKNA 1R0AA 3ZSXA 1SL0A 2OPSA 1RT2A 3UIQA 4KHYA 2F8SA 4FZZA 2HHQA 4DSEA 4F2SA 3AV9A 2X74A 3EY1A 1JL2A 3NF9A 1IG9A 1EP4A 2EX3A 4B9MA 5E41A 3IS9A 3A2FA 2D5RA 3M8SA 1BI4A 4FLUA 4DG1A 4DTPA 1Q9YA 3I8DA 2ETJA 2GUIA 1YTUA 3RTVA 3H08A 1D5AA 3S9HA 1SKRA 1T03A 4E1MA 4F2RA 2HVHA 2YKMA 4BE2A 4HHTA 3OY9A 4B8CA 3SQ0A 1WSFA 1TKTA 4F4KA 4OGEA 1HPZA 5HBMA 4CJKA 1NK6A 4FM1A 1X9SA 2E6LA 4OJRA 1C1AA 1VSLA 2I5JA 4CFDA 3VQ6A 4N56A 3ZT2A 4HTUA 1QSLA 3HT3A 4M3ZA 4DU3A 2PYLA 3O3GA 4BWJA 4ELUA 4M3YA 1IKWA 4DS4A 3VQPA 5HLFA 2W42A 1EETA 1VSJA 3KJVA 3QEPA 1VSDA 2DY4A 4OLAA 1D8YA 3RMBA 4FM0A 2G8WA 1BHLA 4CESA 1GOBA 3K5NA 4FLXA 1N5YA 3HPHA 4RW4A 4LH5A 3L8BA 5DMRA 2JLEA 3NHGA 1LAVA 4CIGA 4DQRA 2P5OA 4N41A 4JLHA 2GBZA 1NK0A 3AVJA 5J2MA 4CFBA 3AVKA 3CQ8A 3SUQA 1NK4A 3QNOA 3KD5E 2PZSA 3HP6A 3TWHA 3TARA 4DSKA 4Y1DA 3TABA 2YNFA 3RWUA 4CHQA 1T05A 3L3UA 2RF2A 3PO5A 3ISNC 3AO1A 1RDCA 3AA4A 2G8HA 1S6PA 3SV4A 3AO5A 3RMAA 3KIOA 4F3OA 4CFAA 2RPIA 3DYAA 1TV6A 4O4GA 3RR7A 2OYQA 1RBSA 2KZZA 3V1OA 1EX4A 3DLBA 3VQBA 1S1VA 2G8UA 4CEZA 4KHSA 4CHOA 1ZBLA 4FJXA 2YHAA 3LWLA 2G8IA 4FJ9A 5SWMA 4FLTA 3DLGA 3NH0A 4CJLA 3NGZA 5HRPA 3SNNA 4HCCA 1IKXA 1L5UA 4FK2A 4CGGA 1UAXA 1GOCA 2E6MA 1JLQA 3I0SA 3VQ4A 3MAQA 2Y1IA 4KI4A 1W9HA 2D0BA 1JL1A 3V1RA 2XO7A 3NE6A 3AA5X 4G1QA 2WOMA 2G8KA 2RKIA 4N76A 2A1SA 4ICLA 4B9SA 4CF9A 5HRSA 3HJFA 1WAFA 3WNGA 4CJWA 3SZ2A 4FZYA 5J1EA 4CGFA 4JRQA 3T1AA 4BDZA 2PYJA 4B9TA 1RT1A 1FXXA 3AVNA 3PO4A 3K59A 4E0DA 4B9UA 3VQAA 4FJ5A 3NCIA 5C25A 3V6DA 2BDPA 4NCBA 4L8RB 1NKCA 1N6QA 4CGJA 3PX0A 4FK4A 3NF6A 4CGDA 2GV9A 1QTMA 4KHQA 4B08A 1S1TA 3QLHA 1S5JA 1U47A 1SKSA 3G10A 3CG7A 3WNEA 1BL3A 3AO3A 1HMVA 1FKPA 4CJQA 2ATQA 1C0UA 1WN7A 1NOYA 4KREA 3DRRA 3VQQA 1WLJA 3IG1A 5C24A 5C42A 3V4IA 2IDOA 4DFKA 4FLVA 3TAPA 3L2VA 3K58A 2OPQA 4DFMA 3LP2A 2HMIA 4B9VA 1KVBA 4FJHA 3ZT4A 3LWMA 4FJGA 3AO2A 3KLHA 1U04A 2Z1HA 5CY4A 1BCOA 3B6OA 4DTSA 2YV0X 3C6TA 4LY7A 1KTQA 2BE2A 5T7BA 4KB0A 4NCAA 1J9AA 1S6QA 4C8OA 4DFJA 4CE9A 1C1BA 1RBUA 4I2PA 4HUGA 4CHZA 5KI6A 4KI6A 3SQ4A 3ULDA 2FBVA 3DMJA 2OZMA 2KFZA 4IDKA 4BDYA 4KFBA 4OGCA 4MQ3A 3SPYA 1WSIA 4OPKA 4FK0A 3MECA 3V9XA 2X6SA 4EZ9A 3D0PA 4AILC 1XI1A 1NJXA 1Y97A 4CGHA 3NAEA 1KSPA 4FJJA 3TR8A 3L2QA 3SUPA 1VSFA 1YVUA 3DLEA 1TVRA 3NF8A 3QIPA 4CJ4A 4HVJA 4Z4CA 4Q5VA 3QEXA 4AHUA 2R7YA 4I9QA 3NDKA 2VWJA 1RDBA 1HNVA 1ZYQA 3CM5A 1WSEA 3V9SA 4KO0A 2HW3A 3LPUA 1RTJA 4CFCA 4M3TA 3SJJA 2IAJA 1VSIA 3E01A 3OYGA 3AVMA 2Z1IA 1TK5A 4PUOA 5SZTA 1NKEA 4DF4A 3VA0A 3ZT3A 3TAGA 3QESA 1IKVA 4E7LA 5FROA 1A5XA 1S9EA 4O5BA 4W5RA 4DTOA 4KHUA 1FKOA 4CEFA 4Z4IA 4CF2A 3K5OA 3QIOA 1L3SA 1CZ9A 3K5MA 3O4QA 1XHXA 1KFSA 1RILA 3LP1A 4W5QA 3NH2A 1TGOA 3LPTA 4BACA 2HHXA 1X1PA 4M3XA 4GVMA 1RT4A 4EP5A 4CJFA 1QE1A 1Q8IA 3KKRA 2YNIA 3P5JA 4PWDA 1D9FA 4LSLA 4PY5A 4TSXA 3V9WA 1NKBA 4ELTA 4NYFA 1TAUA 1LW2A 3FFIA 3JYTA 3SUOA 4DS5A 4M41A 3T3FA 4AHSA 1RT7A 3WNHA 4QCLA 1TKXA 3WNFA 3SPZA 1HJRA 1VRTA 5CYMA 3VQ9A 2F96A 4CJSA 1DTTA 3LAKA 3OYLA 3ZT1A 2ZE2A 4DQIA 4FJIA 2DFHA 4FYDA 4KTZA 4CJTA 3OYJA 3HVTA 1VRUA 3OYDA 2KW4A 4RG8A 1BIZA 2YNGA 3ITHA 4PA1A 5KGXA 3QNNA 3TAQA 4Z4GA 3OYHA 1QSYA 4FJKA 4HCBA 1JLFA 4CJ5A 3OVNA 4N5SA 2P1JA 4UQGA 3KK3A 1K6YA 3HYFA 4K8ZA 4CEEA 3S3OA 3L2WA 4C8KA 4FLWA 3DRSA 1C6VA 1WSGA 3SUNA 1VK0A 4CJ3A 2XY5A 1U48A 4BWMA 4E7HA 4DQSA 3RMDA 1RT6A 1I3AA 1S1UA 4AHRA 2B6AA 4W5OA 1CXUA 1EKEA 3AA2A 4OLBA 2IOCA 3HSTB 3O4NA 1RTIA 3OYKA 4DTXA 1JKHA 3VQ7A 4HUFA 4DTRA 2LSNA 5J2QA 5D3GA 2HNZA 3S3MA 1GOAA 1CLQA 1JLCA 3BGRA 1J53A 3LP0A 3G0ZA 1NK5A 4CJEA 1T8EA 1SL2A 1WSHA 3AVBA 1B9DA 3AVLA 4E7JA 3TAFA 4DWIA 4Z4EA 2DFEA 3C6UA 3M8PA 5KRTA 2PY5A 4IFVA 1QS4A 3LALA 5KGWA 3QEWA 4ZHRA 1Z25A 3T19A 3V9UA 5I3UA 1T7PA 1LWFA 4W5TA 4H4OA 4H8KA 1TK0A 3OYCA 3OYNA 4Q0BA 2XY7A 4DQQA 3C94A 4O44A 4I7FA 1IO2A 1KCFA 2AJQA 5KTQA 4DLGA 1VSMA 5CZ1A 1RDDA 2HHWA 3NFAA 2HNYA 1KVAA 4O0JA 4KHWA 3DI6A 3TAMA 4CECA 4EP4A 4RW9A 1HQUA 3P1GA 1HYSA 2VG7A 3ALYA 3TAEA 1ASUA 4M3WA 4CHPA 2ITGA 4E19A 4BDPA 5K14A 3ZSWA 4DQPA 3DOLA 3HL8A 1ASVA 3PY8A 3C95A 5J2PA 4FJ8A 2VWKA 3LZIA 1TKZA 2JGUA 4DLEA 2O4IA 2X6NA 1SUQA 4CEOA 2KTQA 1UWBA 4AHTA 4IKFA 5FDLA 4AH9A 3BDPA 1ZBFA 3F73A 5CYQA 4RW7A 4JS4A 3OJSA 3NGIA 1XWLA 3HK2A 1B92A 1CZBA 2F8TA 2FBYA 3VA3A 1U4BA 1BCMA 1DLOA 1YT3A 1WSJA 1TK8A 2Q3SA 2EHGA 4J2BA 5HP1A 3LZJA 4DFPA 3AVFA 3D45A 3HXMA 3LP3A 4FJNA 3M8QA 3K57A 3CFOA 3MEEA 1S1WA 4CIEA 4CJVA 4DTUA 1QQCA 3L3VA 2OPRA 3AVCA 4CK1A 1REVA 4WE1A 4CK2A 3QEIA 1SL1A 1RBVA 4F8RA 4CF0A 5I42A 1TKDA 1XC9A 5J2NA 4DF8A 1TL3A 1J5OA 3AVHA 5HRNA 3VQ8A 1BQMA 4LD0A 2Z1JA 3OJUA 3L2UA 4GW6A 3S3NA 1JLAA 3QINA 1RBTA 3AA3A 4KTWA 3V81A 4FZXC 4W5NA 2KZMA 3ZT0A 1D9DA 4BE0A 1RTDA 2OA8A 1LWCA 2HNDA 4E89A 1NK9A 4DU1A 3TI0A 1HNIA 1NJYA 3VQEA 4DSJA 3HM9A 2G8VA 1I39A 1CXQA 3HPOA 3AVGA 4B9NA 4DTJA 3RMCA 3KD1E 4B3OA 1DTQA 3VQ5A 1F21A 2IC3A 3MXJA 4YNQA 2QKBA 5JS1A 4CF8A 4CEQA 4R5PA 3OS2A 1VSEA 1NJWA 2P51A 1NK8A 3ZSQA 4FLYA 3LAMA 1RDAA 2YHBA 3PUFA 4KHNA 3ZCMA 1IH7A 1HYZA 2RN2A 1LW0A 4E7KA 2HHTA 4E1NA 5CZ2A 4B9LA 1JLEA 4RW8A 1LAWA 3CFPA 2Z1GA 3KLGA 4N47A 3KK2A 4CF1A 3U3YA 4DSFA 2D0AA 4M42A 4GMJB 4IFYA 1JXEA 1S9GA 4CHYA 3PX6A 2HHSA 3SQ1A 4I2QA 4OKJA 4RW6A 1QHTA 4ID1A 3U3GA 4KAZA 4KRFA 2FC0A 5FRNA 1VSHA 5HROA 3HP9A 1KLNA 4IG3A 1HQEA 5DK5A 3I0RA 1KVCA 4QAGA 2YNHA 3CM6A 4MFBA 1WNSA 4C8NA 4FM2A 1S1XA 4J2EA 3ZSYA 4E3SA 3SCXA 3K2PA 3OYFA 2XY6A 1KFDA 4CJUA 3VN5A 3DRPA 3ASMA 4NCGA 2E4LA 1A5WA 1BIUA 1B9FA 1X9MA 1C1CA 3THVA 3OYBA 4CIFA 3RRHA 4K8XA 1QSSA 4OVLA 3AO4A 4JRPA 1BI4B 5KRSA 2HB5A 2BANA 3P83D 1JXBA 4AHVA 1ZBHA 4YFUA 3AVIA 4FW1A 4C8MA 3CYMA 1L3TA 2HHVA 3K5LA 2FBTA 2HHUA 4KV8A 3PX4A 1TAQA 4Y1CA 4DMNA 2A1RA 4KTQA 4FXDA 3ZSZA 4HUEA 3MEGA 3OYAA 4DU4A 4FJLA 4Z4FA 2ZD1A 4H4MA 3OYEA 3ZSRA 1RBRA 4KKOA 4CEAA 3OYMA 1A5VA 3MXIA 3MXMA 2OZSA 3KTQA 4CEBA 4QOZB 1JLBA 1ZBIA 1JLGA 1O1WA 3TANA 3IAYA 1SV5A 5HRRA 3B6PA 4J2AA 1WAJA 4LSNA 3HO1A 2NUBA 4Z0UA 3QO9A 1W0HA 1RCHA 3LANA 2ZQBA 4FJMA 4I9LA 1BQNA 3OYIA 3SI6A 4FVMA 3VQDA 4IG0A 2XY8A 1UA1A 1L3VA 1HRHA 3L2RA 4F3TA 1UOCA 4BE1A 3KLFA 2BGGA 2Y1JA 1L3UA 1NK7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PV8A 1SAZA 5BRHA 1GLEG 2NRRA 1NOZA 3SMSA 2IS3A 5EY4A 4OPJA 3OS0A 4JHDB 2HVIA 4MO4A 4U7BA 4FLZA 4CERA 1QVFM 3OBYA 3C0BA 3U6FA 4JN4A 4BC2A 2Q31A 2G8FA 1HYVA 4FJ7A 1BGXT 4FWKA 3EZ5A 1BISA 3OS1A 4LF5K 3MEDA 1TL1A 3THWA 5FRMA 4LF8K 2ASOA 4CEDA 3QERA 4YOYA 3GL1A 4IBNA 1RNHA 3DM2A 5JLHA 2VG6A 2E8AA 1FK9A 4CJPA 2HMPA 3ZEUB 3VF4A 1YJ9N 3KLEA 1QQNA 5JS2A 3HVRA 3QEVA 1XUPO 1V4TA 3PSIA 1LWEA 2YI1A 1NGAA 4FW2A 3NGYA 3QETA 1I94K 1KLMA 4DTMA 2P9SA 2PAVA 2KFNA 4BC5A 3DOKA 1KRPA 4H0YB 1YUWA 1RT2A 2Q0RA 2F8SA 4FZZA 2UXBK 1IG9A 1EP4A 2YX6A 3A2FA 4BQLA 3CPEA 1NU0A 3UKUB 2YHWA 4CZLA 1EWQA 1Q86O 1K9MO 3RTVA 3ATVA 3S9HA 2QI2A 2YKMA 4MO5A 4EFHA 4QS9A 2UUCK 3OTOK 1WSFA 1TKTA 4F4KA 4FWLA 5HBMA 4CFDA 4LF7K 3VQ6A 4N56A 4BRIA 3O3GA 1CZAN 4ELUA 1IKWA 3O5BA 4DV1K 3QEPA 4FM0A 2G8WA 3OHRA 3CF5L 4CESA 3HPHA 4RW4A 5AZJB 3L8BA 5DMRA 2JLEA 1LAVA 5AQOA 4N41A 5J2MA 2UXCK 3AVKA 5E26A 4DSKA 3CCQN 3RWUA 4CZFA 5AQLA 1Q18A 1RDCA 4NLBA 1S6PA 3SV4A 1C0FA 4F3OA 4U67L 2P9KA 2RPIA 4O4GA 3WEEB 5M1PA 5F1XA 1ZBLA 1BWFO 2YHAA 3LWLA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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