4CEZA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cezA00
1VRUA 1HYSA 3OVNA 3QEPA 3NHGA 3LAMA 4GVMA 3DLBA 4KREA 1HNVA 4DTMA 4IG3A 4Y1DA 3C6TA 3OYIA 1QSYA 3LWLA 3OS1A 3L2RA 4FJ7A 3G0ZA 4J2BA 1TL3A 2VG6A 4NCAA 4CHNA 1VSEA 2XY6A 2XY7A 2G8FA 3LPTA 1NJXA 2YV0X 3HVTA 1CLQA 3SYZA 1BCOA 1ASWA 4H8KA 1L3TA 1TV6A 4TSXA 2A1SA 1S1WA 2HHTA 5K14A 1IH7A 1HRHA 1U04A 1CXUA 3RRGA 1MU2A 4M3YA 4FLYA 1J54A 3CFPA 4AILC 4CF8A 3AA2A 1NKEA 3ZSZA 1YTUA 2Z1GA 3OYEA 5FRMA 4KB0A 1KTQA 4CEDA 3LP0A 4CEBA 3P1GA 3NH2A 3O3HA 4HUEA 3RWUA 4K8XA 5JS1A 3ISNC 4PWDA 1UAXA 4RW9A 3AVNA 1FXXA 1HYVA 1Q8IA 2X78A 1U48A 3MAQA 4FXDA 4E7IA 3L2UA 1LWCA 3RMAA 4FLXA 3V9ZA 1XHZA 1WSIA 4I9LA 4CF9A 3V6DA 3ZSXA 3OYLA 4DTJA 1ZYQA 2DTUA 2KZMA 1BI4A 1GOCA 2BE2A 3AO3A 3LANA 4CJUA 1HYZA 1L5UA 3S9HA 4FJ9A 1FKPA 2B5JA 3SUPA 4Z4HA 3OYNA 3EYZA 4IDKA 2QKKA 5FDLA 1SL1A 1N5YA 4FJLA 5HRNA 3L2WA 4ELUA 1YTAA 4CIGA 1Y97A 4FZZA 3HP9A 4O0JA 2ATQA 4HUFA 5J2QA 1LWFA 3OS0A 1TAUA 2O4GA 3S3OA 1FK9A 4IFVA 4CF2A 4UQGA 1TK0A 4KTQA 2W42A 3O3FA 2VWJA 1NK4A 3NE6A 3LP2A 3HM9A 4DSFA 4CJWA 3HP6A 3V9WA 1NOZA 4ZHRA 1IKYA 2Z1JA 3TAMA 4OKEA 3EZ5A 3OYBA 3VA0A 1RDCA 3AO2A 3M8SA 3SQ2A 3KLIA 4CERA 5I42A 3S3MA 1X9SA 3ZSWA 3M8QA 1D8YA 4FZYA 2YNFA 1L3SA 3WNHA 2G8WA 2EX3A 4CK2A 4FVMA 4CJTA 4FJ8A 3ZT4A 4KHWA 1T03A 3HPOA 3VQQA 4B8AB 1U49A 3AVLA 1TKXA 1VSDA 4CESA 4E1NA 3VA3A 2OPPA 1RBUA 1W9HA 4G1QA 1REVA 4KAZA 2YHAA 1YVUA 2IOCA 2ZD1A 4KFBA 3QIOA 3IRXA 3V1RA 3ZT3A 4KI4A 1Z25A 4IFYA 3L3VA 4DU3A 2HHWA 3AVIA 4FJMA 4BDPA 1X1PA 3P5JA 2X6NA 3C95A 3WNFA 1VSMA 4ZTJA 1RT7A 3O3GA 2OPQA 4OVLA 1RT2A 2PY5A 4FK2A 1B9DA 4FM0A 4DFMA 3M8PA 3LWMA 4B9UA 2QK9A 2HB5A 4B9SA 1VSHA 4FM2A 2P51A 4NYNA 3DRPA 4FCYA 4DG1A 1XHXA 4F3OA 4CJEA 1RDAA 4CJSA 4J2EA 3U6FA 4CJPA 1KFSA 1C1CA 1O1WA 1DTTA 3SUQA 1HMVA 4FW2A 2HMIA 4HCCA 4NCBA 2G8KA 3DYAA 3VQ9A 3VN5A 4CEEA 4Q5VA 5D3GA 1KSPA 3OY9A 5SWMA 3HO1A 1IKXA 1CZBA 1Q9YA 4CK3A 4N47A 4BWJA 1NOYA 1RT3A 1A5WA 1RDDA 4AH9A 3K5NA 1GOBA 4JRPA 3AVBA 3V9XA 4CHPA 2YNIA 3DI6A 3NF7A 3RMCA 1QE1A 4CGHA 1WSEA 5J1EA 3AVCA 4M41A 2E6MA 1RBTA 2OYQA 4OJRA 4CHOA 1U4BA 4AHRA 1UWBA 2Z1IA 1ZBLA 4C8NA 3QINA 4B8CA 1IG9A 4DQRA 1NK6A 4OPJA 3F73A 3SCXA 4PY5A 4CGFA 3ZSOA 3V9UA 1JLGA 2VG5A 1BCMA 4IG0A 5J2MA 2JLEA 2OPRA 1SL2A 3MXIA 3A2FA 4Z4EA 3VQDA 4FK0A 3S3NA 2F8TA 1KFDA 4CCHA 2G8HA 1UOCA 3ZSQA 4W5QA 2VG7A 1TKDA 3AVFA 1BHLA 2EHGA 4GMJB 1A5XA 4KTWA 3OYKA 4DU1A 2FC0A 3O4QA 5J2PA 4M3UA 4KPYA 4FW1A 4CEOA 4IKFA 3LZJA 4EP5A 3TI0A 5CYMA 4FJHA 1A5VA 1WSJA 2XY5A 4B9MA 4DSKA 2ZE2A 2G8IA 2F96A 4B9NA 4CGJA 1X9MA 1C6VA 2D0AA 1RNHA 4KKOA 2D5RA 1TAQA 2BDPA 2PYLA 4CJRA 3LDSA 1I3AA 3HVRA 4AHCA 3CM5A 3TANA 2DY4A 4Z4CA 2OPSA 4H4OA 1S5JA 3DLHA 1BQMA 4LD0A 4BE0A 1DLOA 4OKJA 4R5PA 2G8UA 3K58A 5CYQA 1BI4B 4F8RA 4B9TA 4KB1A 4N41A 1ITGA 1WLJA 3OYJA 3NCIA 3KLGA 2Y1IA 1L3UA 1VRTA 2Y1JA 4LH4A 4EZ6A 4GW6A 3QEWA 3NF6A 4CJLA 3KLEA 1IO2A 1VK0A 1HQEA 3MEEA 5JS2A 1NK7A 5C42A 1G15A 3NH1A 3DLGA 4F3TA 1S1UA 1WSGA 2RPIA 1WN7A 4HHTA 1TVRA 1JL1A 3OYMA 4DU4A 4CGIA 3H08A 1SKRA 3VQCA 4CGDA 3AA5X 1KLMA 3B6OA 4E1MA 3SV4A 3U3YA 2YNGA 1RT5A 4RG8A 4FLUA 1X9WA 1T8EA 1TK5A 4DQQA 1BIZA 1Z26A 1SL0A 3B6PA 3KK2A 3AA3A 3V9SA 4KO0A 3AVJA 3VQ5A 1QSLA 4I9QA 3L2VA 3PO5A 2ITGA 4DLGA 5I3UA 3QLHA 3HJFA 3DOLA 3SPYA 4J2AA 4N76A 1HNIA 2FBYA 3D45A 3JSMA 3SUOA 2OZSA 2IS3A 1N6QA 2KTQA 1B9FA 4CF0A 3AA4A 3SZ2A 4DWIA 1WAFA 3DLRA 3ITHA 1TKZA 3MEGA 4CJ4A 3OYGA 4DLEA 5CZ2A 4RW4A 1D9DA 2R7YA 3KK3A 2G8VA 3TARA 1WSHA 3NGZA 4H4MA 4C8KA 4DSIA 2A1RA 3C6UA 1UA1A 1F21A 4FJKA 5KI6A 2FBTA 2Q3SA 3PV8A 4FYDA 4PUOA 4BACA 4O0IA 3OYHA 3KKRA 3K5OA 5DMRA 2IGIA 1I39A 4MFBA 4N5SA 4ELTA 3AVKA 4DQPA 4HCBA 2JGUA 2X74A 2GV9A 1B92A 2FBXA 3NF9A 4FLVA 2I5JA 4DFPA 4YNQA 2QKBA 5C25A 3NF8A 4B9LA 1RTHA 4B9VA 4OGEA 3K5MA 2OZMA 4DTRA 4KHNA 4CK1A 4C8MA 3L3UA 5KGWA 4DMNA 1RILA 1K6YA 1ASUA 5FROA 1RTIA 2HVHA 4CFCA 1XWLA 3ALYA 2YHBA 4OGCA 4CFAA 3SNNA 2KQ2A 5EU7A 1RBVA 3QEXA 2XO7A 3PX4A 3RR8A 3KKSA 4KTZA 1JLCA 4DTXA 1UA0A 4RW7A 2HHSA 3SQ4A 5HRSA 4CEZA 5KGXA 3CQ8A 3DOKA 3HPGA 1BQNA 1JLAA 3NGYA 3SQ1A 2PYJA 4DQSA 1LW2A 4DF4A 5CY4A 3LP3A 2YKNA 5HRPA 3KTQA 3AVGA 4AHUA 2YKMA 4FJJA 1TKTA 4DTNA 4DSLA 1C0MA 3QNNA 4JLHA 3NDKA 3SQ0A 1KLNA 3KK1A 3V81A 4LSLA 1HPZA 4RW8A 3LP1A 4K8ZA 3PX6A 3SPZA 3DRSA 4QCLA 3LPUA 1WSFA 1WAJA 3DRRA 4ELVA 1EP4A 2O4IA 1DTQA 3TAGA 4O4GA 3NGIA 1KRPA 4FJXA 2B6AA 3O4NA 1LW0A 2ZQBA 1CXQA 3SJJA 2XY8A 3P83D 1U47A 4Z4IA 1C0TA 1JXEA 4CECA 4E7LA 1RT4A 4W5NA 1BGXT 4WE1A 4M3ZA 1RT1A 1RBRA 3VQ8A 2GUIA 1J5OA 2XRIA 1S6PA 3ZT1A 3VQPA 1RTDA 4CHYA 3HT3A 2P1JA 3F9KA 2NUBA 5HRRA 4M42A 3HK2A 3RR7A 3U3GA 1RTJA 5HBMA 3EY1A 3K59A 4KHQA 1LWEA 1C0UA 3SI6A 1NK8A 1EXQA 4CJFA 1JKHA 3PX0A 1LAVA 3M8RA 2XHBA 4I2PA 1TL1A 2RN2A 1S1XA 3ZT2A 2AJQA 3CFRA 2HNYA 4JS5A 2HNDA 5HROA 3OJSA 3VQ4A 4DTUA 3RRHA 3L2QA 4FJIA 4DS5A 1J53A 1KVCA 1C1AA 2HW3A 4ICLA 4BDYA 1QTMA 1EKEA 3V1QA 3MEDA 2YNHA 3NFAA 1XI1A 1W0HA 3QO9A 3RMBA 4BWMA 3ZSVA 4F4KA 3I0SA 2KZZA 5KTQA 3AO5A 4DTOA 3AVMA 4RW6A 4CJQA 4CF1A 4FJNA 4PQUA 4KV8A 4FLWA 4DFKA 3DLKA 3VQAA 4DF8A 4KHSA 4HTUA 4E89A 3AV9A 4W5TA 1Q9XA 1D9FA 4CHQA 4MQ3A 3QERA 4I7FA 3VQEA 3ULDA 1EETA 3KLFA 1VSFA 3HYFA 3MECA 2HHUA 4DSJA 2KW4A 4CEQA 4CJ3A 3OYAA 3RMDA 1S9GA 2DFHA 2LSNA 3KIOA 4B3OA 4N56A 4C8OA 2D0CA 2KFZA 1BL3A 1QSSA 4B08A 5HLFA 4Z4FA 4OLAA 4O55A 4E7HA 3V4IA 4CHZA 3WNEA 4E7KA 4ID1A 3T19A 1HQUA 4LH5A 4OKKA 2BANA 3D0PA 3LZIA 4Z0UA 2OA8A 3NH0A 1NK0A 1ASVA 2VWKA 4JRQA 1IKVA 2Z1HA 4FJGA 1EX4A 3DMJA 4EP4A 4KHUA 4CJ5A 1IKWA 3E01A 2P5OA 3I0RA 2P5GA 4PA1A 4E0DA 3OYFA 1JLEA 2ETJA 1NK5A 3T1AA 4M45A 4DS4A 4DTSA 3OJUA 1VSJA 4BDZA 1NK9A 3BDPA 1LV5A 1HJRA 3TAEA 3SUNA 1R0AA 1D5AA 3IG1A 4AHVA 3AO1A 3BGRA 2D0BA 5SZTA 5KRSA 1ZBFA 3JYTA 3G10A 4CGGA 4CIEA 1JLBA 4HVJA 4KI6A 1TK8A 2WONA 4CJKA 1QQCA 1VSLA 2HNZA 4NCGA 3ZSYA 3TAQA 4M3RA 2RF2A 2PZSA 3IS9A 3WNGA 3CYMA 4CFDA 3CG7A 1NJZA 3TWHA 4E7JA 3QEVA 5HP1A 2BGGA 2HHQA 5DK5A 3T3FA 4M3XA 3VQBA 1S1VA 3UIQA 3NAEA 1NJYA 3QESA 3HSTB 4Z4GA 3K2PA 3LALA 2E4LA 4M3WA 2IDOA 1C1BA 1BISA 3QIPA 4FLZA 4E19A 3PY8A 4Y1CA 3AVAA 5KRTA 2E6LA 1KCFA 4NYFA 4AHSA 4FZXC 2F8SA 3OYDA 2DFFA 3KJVA 3K5LA 1QHTA 4J2DA 1JLFA 1S1TA 4EZ9A 4M3TA 4CEAA 3V1OA 2HVIA 3I8DA 2QXFA 1ZBIA 1NKBA 1J9AA 3CFOA 5FRNA 3SV3A 3OYCA 5J2NA 4CFBA 4DQIA 4QAGA 1ZBUA 3RTVA 1GOAA 5E41A 4JS4A 3TR8A 1L3VA 1RDBA 4F2SA 4O44A 2FBVA 1LAWA 1VSIA 3AO4A 4FM1A 3LAKA 4YFUA 3ASMA 4O5BA 3ZSRA 1SUQA 5C24A 1CZ9A 1SV5A 4BE2A 4AHTA 3C94A 3NBPA 2X6SA 1QS4A 4W5OA 4DTPA 3QNOA 3MXMA 4CJVA 2B4JA 4QOZB 3FFIA 4OPKA 1SKWA 1NJWA 1WNSA 3ZCMA 2DFEA 4C8LA 3KD5E 3THVA 1RBSA 1KVAA 1U45A 1RT6A 3K57A 1T7PA 2GBZA 3TAFA 3HPHA 4KHYA 4DFJA 3QEIA 3AVHA 3HL8A 4F2RA 5T7BA 1KVBA 4OLBA 4FK4A 1TGOA 4ZTFA 4Q0BA 3ZT0A 3KD1E 1JL2A 1JXBA 5CZ1A 1NKCA 3DLEA 4HUGA 3CM6A 4DSEA 4XIUA 1FKOA 1XC9A 4E3SA 1SKSA 3PO4A 2IAJA 4CIFA 3VQ7A 4FLTA 3TABA 2KFNA 1S9EA 1T05A 4LSNA 3MXJA 3DM2A 3L8BA 2HHVA 4L8RB 1RCHA 4I2QA 4ID5A 3OS2A 1BIUA 4W5RA 1VSKA 4KRFA 4IBNA 1YT3A 4BE1A 3TAPA 1S6QA 3QETA 4LY7A 2HHXA 3KLHA 2RKIA 2IC3A 2WOMA 3HXMA 4FJ5A 1ZBHA 4CE9A 4CEFA 3IAYA 3VQ6A 1JLQA 3PUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HYSA 5LMUK 3CCVN 1HNVA 3HRGA 4PL8A 4NO7A 1IBKK 3KK7A 3L2RA 4FJ7A 2VG6A 1VSEA 2G8FA 3LPTA 1NJXA 1ASWA 3MN5A 4H8KA 1TV6A 1YI2N 5AQWA 3QFPA 2HHTA 1HRHA 1K8KA 1MU2A 4CZJA 3VF6A 1WB9A 3HM8A 4ISGA 3ZSZA 3P4IA 1KD1O 4CEBA 4HUEA 3P1GA 5KPZA 1U48A 2X78A 3L2UA 5DM7L 2QA4N 3V9ZA 1XHZA 2VGMA 4I9LA 4CF9A 3V6DA 4JKHA 1MWKA 4DTJA 1GLCG 4YOUA 4NB4A 3G6EN 1XC3A 4FWRA 4CZFA 3CJ7A 2B5JA 3TTDA 3FGUA 2E1YA 4ELUA 1NGFA 4H03B 4HTLA 1YTAA 4CIGA 2FSKA 3HP9A 2V7ZA 3HI0A 1LWFA 2P9SA 2RE2A 3OS0A 1TAUA 3S3OA 4IFVA 1TK0A 3WT0A 3O3FA 4PKGA 4IWVA 4BR4A 4IJNA 1IKYA 3TAMA 3VA0A 1RDCA 1ATSA 4BRLA 5I42A 2ZF5O 1D8YA 3WNHA 2G8WA 2EX3A 3CCEN 2OCEA 3ZT4A 5KPTA 3AVLA 3AARA 1G99A 1GLLO 3UKRB 2OPPA 1RBUA 3DWLA 4YORA 1XNRK 5AQIA 1IG8A 3IRXA 3L3VA 2HHWA 4FJMA 4BC4A 4YY3K 5M1FA 4DR2K 3WNFA 1RT7A 3FLCO 3IFRA 4X66K 1HX1A 2O8CA 3CJBA 1XHXA 4IDHA 4F3OA 1QZ5A 1RDAA 4J2EA 1KFSA 3MX5A 1NWKA 2HMIA 4HCCA 1JCFA 1M1KO 1KSPA 4FWPA 3OY9A 1S72N 5IT9O 4CK3A 5KPRA 3THXA 1NOYA 1RT3A 1VQ7N 1NGCA 3K5NA 3AVBA 4GY2B 4CGHA 5TKWA 3O9SA 2RHKA 3AVCA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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