1JL1A

D10a e. coli ribonuclease hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
KQVEIFTAGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHAEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RIBONUCLEASE HI
publication title Native-state energetics of a thermostabilized variant of ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 49
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl1A00
4LD0A 4DTUA 4FLUA 3NFAA 3O3HA 3V6DA 3SQ4A 1LWFA 4KHNA 4FYDA 1IKWA 2F8TA 1F21A 1BI4A 1VSMA 2YNIA 1S1UA 4CJLA 2O4GA 3TAGA 1NJXA 4J2EA 1QE1A 3IG1A 4KTZA 4RW6A 4QAGA 2G8FA 3KD1E 1U45A 1RT7A 1NJYA 4AH9A 2XHBA 4FLZA 4FJIA 1UA1A 3LPUA 4CF8A 4ICLA 3IAYA 3QNNA 3TR8A 3ZT3A 1RDCA 1KRPA 3MECA 2OZSA 2O4IA 1WN7A 4J2AA 3NF6A 1NK4A 1HJRA 1A5XA 1XC9A 2HNYA 1T03A 3AO1A 3KIOA 4FK2A 1IKYA 2BANA 4LSLA 3OJUA 1SL0A 3LWLA 4Q0BA 1BCMA 3NGZA 4FLYA 2IAJA 4BDPA 3DLGA 3RTVA 3LANA 2W42A 3TARA 1KLNA 1SUQA 3AO3A 1RT4A 5J2NA 3PV8A 3HYFA 1T8EA 2G8HA 3QO9A 4M41A 3CFRA 1RTIA 3LP2A 3LAMA 1BCOA 3KLEA 4DQQA 4KTQA 4FXDA 3DLBA 2Q3SA 1EX4A 3KKSA 1RBSA 3HPGA 3LP1A 4OGEA 3FFIA 3QESA 1JLQA 4DU4A 4RW8A 3T19A 1WAJA 1HYZA 2Z1GA 4CGHA 2I5JA 2D5RA 3C95A 4ZHRA 5CY4A 3ZSOA 1A5WA 4W5TA 3SV3A 4ID1A 3M8RA 5CZ2A 1IKXA 3A2FA 1ZYQA 4I7FA 4DFPA 5HRRA 4M3TA 3AVKA 2Y1JA 2A1SA 3HVRA 2HHWA 4KHWA 3P1GA 3CFPA 4DFJA 4RW7A 2ITGA 1JLFA 4CEBA 4DMNA 3L2UA 3K5MA 1S9EA 4LH5A 4HCBA 3LPTA 4I9LA 2XY7A 1XHZA 1S1WA 4DF8A 2IDOA 5JS2A 1LWEA 1WLJA 2VG7A 4B9LA 1IH7A 3M8PA 2YNHA 3DLKA 1WSJA 3E01A 5CYQA 1ASVA 1J53A 1S6PA 1KFDA 4FW2A 4IG0A 2X6SA 3PUFA 4CEQA 3OYMA 3SPYA 1VSLA 3OJSA 3WNHA 2X78A 3CFOA 3TAFA 4BDYA 1NK7A 4Z4FA 1DTTA 3QETA 1FXXA 3NHGA 2RN2A 1BHLA 3RWUA 3TABA 5K14A 1KTQA 4F3TA 4E19A 2Z1IA 4TSXA 3NE6A 1YTAA 2E4LA 2FBXA 3CG7A 3DLRA 4OPKA 4FLVA 3S3NA 3HSTB 4CEEA 2B5JA 2OPSA 3SYZA 3K5OA 4E1NA 1X9SA 2FBYA 3D45A 3V81A 2OPPA 1WNSA 4AHVA 5J2PA 2XO7A 3NGIA 1ZBHA 3VQDA 4E1MA 2D0BA 3QIOA 4OGCA 3V1OA 3LWMA 3PX4A 3AA2A 1SL2A 1S1VA 3SNNA 5KRSA 5J2QA 3ALYA 4O0IA 4E3SA 4Z4EA 2D0CA 1Q9YA 1HPZA 2HVHA 4Y1DA 4K8ZA 4FM1A 4DTJA 3PO4A 4CK1A 4N56A 1HYVA 3MEEA 4IBNA 4LH4A 4FJ7A 4FZZA 2YV0X 3ZSVA 4BE1A 1U49A 4NCGA 1D5AA 3I0RA 1VSHA 4CHPA 3LZIA 4MQ3A 4CHYA 4DSJA 5SZTA 3U6FA 1TK0A 1UWBA 1NKCA 5D3GA 2XY8A 1C0UA 5FRMA 3HP6A 1BQNA 3AO2A 4FJ9A 3NGYA 4EP4A 4OLAA 4FJKA 2ZQBA 1CLQA 1YT3A 2F96A 4YFUA 1S9GA 4FJHA 3S3MA 3AVNA 1RBUA 1S6QA 1KVCA 2VG5A 4B9NA 3VQ8A 1U4BA 2HHUA 1VSDA 3PY8A 3MXJA 4PY5A 3VQ7A 1RILA 2YNFA 1EETA 4O4GA 3TAPA 3BGRA 5SWMA 1KFSA 1O1WA 1WSHA 4CEOA 1HNVA 2Y1IA 3ITHA 4FK4A 3K57A 4HTUA 1C0TA 1LV5A 1C1AA 4DQPA 1FK9A 1KVBA 5FDLA 1TAQA 4BWMA 3MXIA 1N6QA 4EP5A 4F4KA 1NJZA 1GOAA 4C8NA 3KK3A 4J2BA 3QIPA 3OS0A 4H4MA 3VQEA 4DF4A 3L8BA 4N47A 3ZSWA 3NAEA 3AO4A 3C6UA 5FRNA 4ELUA 1HQEA 4CE9A 3ISNC 3OYKA 3V1RA 3M8SA 4FCYA 1QQCA 3HXMA 2QKKA 1L3UA 3SQ0A 1A5VA 4AHUA 1I3AA 3TI0A 1U48A 1LWCA 5HRSA 4OKEA 3DI6A 5CZ1A 5DMRA 4CJKA 5C25A 4W5RA 4DWIA 3QNOA 2RKIA 4IFYA 1SL1A 4KHSA 3ZSZA 2E6MA 4IKFA 4KO0A 3HO1A 3OYHA 3DYAA 4OVLA 4E89A 3AVIA 4AHCA 4CIGA 3V9XA 4CJSA 4N5SA 1VRTA 3VQCA 3ZT2A 4CJVA 3KJVA 3EY1A 2OYQA 3V4IA 1XWLA 4M3RA 2BDPA 4CHOA 1Q8IA 4CJEA 4BDZA 1UAXA 4RW4A 2P1JA 4M45A 4B9SA 4ZTJA 4FJ5A 4M3ZA 1SKRA 3K59A 2ETJA 3WNGA 4DSFA 2VG6A 2OZMA 2BGGA 1Y97A 4CIFA 1C6VA 3ULDA 1ZBFA 4JRQA 1RTJA 1TKTA 3QEXA 3C6TA 4CGFA 2GUIA 3OS1A 4FLWA 2A1RA 4E7IA 3CM6A 3OS2A 1WSEA 3RMBA 3VQAA 3SQ2A 1EXQA 1HQUA 4CFAA 1ITGA 5DK5A 4KFBA 1FKOA 4FJXA 1B9DA 2VWKA 4DS5A 2OPQA 3VA0A 4CJQA 4OJRA 3OY9A 4F8RA 3LZJA 4DSEA 4DU3A 3RMAA 4CCHA 3HT3A 4GMJB 4OLBA 3KLHA 4C8OA 4L8RB 4PA1A 4FJ8A 3SQ1A 2G8IA 1BIZA 4QCLA 1NK9A 1K6YA 5EU7A 3QEPA 4CGGA 3SUOA 2PY5A 3DLHA 3VQBA 3OYFA 2PZSA 4UQGA 4M3YA 5CYMA 3AA5X 1VSEA 3AA3A 1RBTA 4CJFA 1SKSA 1L5UA 3EZ5A 3I8DA 4DTPA 4KRFA 1BL3A 1TGOA 3RR8A 1KCFA 4RG8A 3OYEA 4BE2A 3S3OA 3RMCA 2KZMA 1FKPA 5KRTA 2BE2A 4B9MA 1GOBA 1D8YA 2DFHA 3ZSXA 4H4OA 4FM0A 4E7HA 2YKMA 1ASUA 3AVHA 3LALA 3VN5A 1TKDA 1HMVA 1CZBA 1TKXA 1J9AA 4ID5A 5KGXA 1CZ9A 3QERA 2IOCA 3DRSA 4LY7A 3LDSA 5HP1A 1D9FA 4QOZB 2B6AA 3KK2A 4KI6A 1DLOA 3V9ZA 3MXMA 4CHNA 2ZD1A 4IG3A 1IG9A 1I39A 1ZBUA 3P83D 1JXBA 3ASMA 3VQ6A 1SKWA 3PX0A 3U3YA 1TL3A 4FJLA 2X74A 1RT3A 4CGJA 1LW2A 4AHSA 2OA8A 1RNHA 2FC0A 3G10A 5KTQA 1KVAA 3NH0A 1QTMA 4B08A 4CHZA 1G15A 3K2PA 3NH1A 3KK1A 1WSIA 4FZYA 4DLEA 4DTRA 3NBPA 1VSJA 4KHQA 3V1QA 4HUGA 1XHXA 2HB5A 4DFKA 5HROA 2EX3A 1TL1A 3HVTA 3VQQA 3OYIA 1N5YA 3RR7A 4C8LA 1BIUA 1LAVA 4PUOA 1TVRA 4M3UA 5JS1A 3AVMA 4KREA 1J5OA 4O0JA 4RW9A 4CK3A 5E41A 3NCIA 1ASWA 4JLHA 2YHBA 4DQSA 1NOZA 5KGWA 3ZSQA 4KHYA 1U04A 4KAZA 2P51A 2Z1JA 3SCXA 2E6LA 4NCBA 1JLBA 4NYNA 3VA3A 1XI1A 4PQUA 2P5OA 1X9MA 1RT5A 4N76A 1QSYA 4FJJA 4E7KA 4CF9A 1S1TA 3DM2A 3QEIA 4DTSA 2FBTA 4FLTA 5HLFA 3AVLA 4MFBA 2X6NA 3ZCMA 4Z4HA 3EYZA 4C8KA 2HHSA 1TAUA 1LAWA 4OKKA 3CQ8A 3HJFA 3G0ZA 4Z4CA 2WOMA 1X9WA 1RBRA 3T1AA 1VSIA 4H8KA 3V9SA 3WNFA 4B9TA 2QK9A 3L2RA 4AILC 2EHGA 3AVGA 1D9DA 2P5GA 2HHVA 3AVBA 3DRPA 4DU1A 4N41A 3OYLA 2DTUA 3IS9A 1L3SA 3PX6A 1C0MA 1B92A 3U3GA 4CEAA 4XIUA 3S9HA 2JLEA 3ZT0A 3L2QA 4BWJA 3F73A 1IO2A 4GW6A 4O5BA 2R7YA 4ELTA 1YTUA 4CF0A 4BACA 1HYSA 4I2PA 1RTHA 4KHUA 3DLEA 1QS4A 4CJ5A 4CEZA 3KD5E 4JS4A 5HRPA 1RDBA 3AVJA 3DRRA 5T7BA 2PYLA 4E0DA 3OYJA 4Y1CA 1EP4A 4W5NA 1B9FA 2HNZA 2KTQA 2ATQA 2ZE2A 4Q5VA 1TK8A 4FZXC 3OYNA 4DQRA 4O44A 3JYTA 4M3WA 4CEDA 4DSKA 4IDKA 4OPJA 2DY4A 4W5QA 3AO5A 4CFCA 2HHQA 3C94A 5C42A 1J54A 3ZT1A 3CM5A 3WNEA 2G8VA 4FW1A 3IRXA 4ZTFA 4FM2A 4DG1A 4KB0A 4R5PA 3O3FA 3K5NA 3KLIA 1JLCA 3SV4A 3RRHA 4B3OA 2IGIA 3VQ9A 4Z4IA 4EZ6A 3MAQA 4KI4A 3QLHA 1QSSA 1JL2A 1LW0A 3O4QA 2RPIA 4CF1A 2LSNA 4AHTA 3JSMA 1S1XA 1RT2A 4DTOA 3M8QA 1MU2A 3LP3A 1RDDA 2Z1HA 2XRIA 3UIQA 4G1QA 4DTMA 4FLXA 4FJNA 3AVFA 3HPHA 1Q9XA 4CJWA 1HRHA 1BQMA 3KKRA 2IC3A 4DFMA 5I42A 1REVA 2B4JA 2XY5A 1L3TA 1L3VA 3L3VA 4CIEA 1JLEA 4FVMA 3DMJA 3OYBA 1Z26A 1JXEA 4GVMA 3O3GA 3HPOA 2YNGA 4HVJA 1RCHA 1NK6A 1NKEA 4C8MA 4CHQA 4YNQA 4DSLA 1NOYA 3B6PA 3TWHA 3MEDA 3NF8A 1RDAA 3KTQA 1W0HA 1SV5A 4E7JA 4ELVA 2HHTA 4NYFA 2HNDA 2KFZA 1NK5A 3OYAA 5HRNA 2DFFA 1ZBLA 1WAFA 2AJQA 3QEWA 2WONA 3B6OA 3LAKA 3VQ4A 4CFBA 2KW4A 2FBVA 1BI4B 4E7LA 3HK2A 4DQIA 4B8CA 3L3UA 3AA4A 4B9VA 4J2DA 3SI6A 1JL1A 3KLFA 3DOLA 4CGIA 1Z25A 4WE1A 3SZ2A 3I0SA 3AVAA 2G8UA 1RBVA 4F2SA 4CJ4A 1RT1A 3H08A 1T7PA 2KQ2A 4F2RA 4CJ3A 4CJRA 3NH2A 1UOCA 4CJPA 3SUNA 4M3XA 3K58A 4CESA 3ZSYA 1QHTA 2G8KA 2HHXA 1CXUA 3ZSRA 1BGXT 1U47A 4KKOA 3TAEA 1RTDA 4FJMA 5FROA 2XY6A 3HM9A 2PYJA 5KI6A 1TK5A 4KB1A 2YKNA 2JGUA 4CFDA 3O4NA 3DOKA 3RMDA 4FJGA 4DTXA 2GV9A 1NK0A 4HHTA 2DFEA 3CYMA 1R0AA 2D0AA 3L2VA 3V9UA 3F9KA 3SPZA 4FK0A 3BDPA 5C24A 4M42A 4CERA 1QSLA 3AV9A 1ZBIA 4DLGA 1GOCA 1VSFA 4Z0UA 2HMIA 1NJWA 2NUBA 2YHAA 4CGDA 3ZT4A 1NK8A 4HCCA 1KLMA 1VK0A 3MEGA 3OYGA 3HP9A 1C1CA 3KLGA 3RRGA 4EZ9A 2KFNA 4W5OA 1C1BA 3NDKA 4DS4A 1TV6A 1YVUA 2VWJA 3T3FA 2QKBA 2F8SA 2HW3A 1IKVA 3SUPA 1W9HA 2QXFA 1DTQA 3SJJA 5I3UA 3VQPA 4AHRA 4LSNA 3SUQA 3D0PA 3QINA 4CF2A 4HUEA 1KSPA 1VRUA 3TAMA 4NCAA 3TAQA 4BE0A 4Z4GA 1JLGA 3OYCA 1WSGA 3TANA 4I9QA 3K5LA 4KPYA 1NKBA 3OVNA 4CECA 3LP0A 3L2WA 3HL8A 4I2QA 4KV8A 1HNIA 5HBMA 5J1EA 1X1PA 2RF2A 4JRPA 3NF9A 4CEFA 1T05A 1JKHA 4KTWA 1BISA 1JLAA 3VQ5A 4O55A 4B8AB 4PWDA 1VSKA 4K8XA 3NF7A 1EKEA 4CK2A 3AVCA 4OKJA 1TKZA 4JS5A 4HUFA 2HVIA 1CXQA 2GBZA 1RT6A 5J2MA 3V9WA 3P5JA 1UA0A 4CJUA 4CJTA 1WSFA 4DSIA 3QEVA 4IFVA 1S5JA 4B9UA 2G8WA 4F3OA 3PO5A 2IS3A 3THVA 2KZZA 2OPRA 3OYDA 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OW2M 4DTUA 3V6DA 3NFAA 2ZJRL 2WUSA 1IKWA 2F7TA 5BREA 3B8AX 1S1UA 5ADXH 1NJXA 1HJOA 4KTZA 5JLFA 3KD1E 3UKUB 5B8HA 4JHDA 2P9PA 4AH9A 4BRFA 3QNNA 5GAEP 1A5XA 5AQXA 5GIPA 2ZM6K 4FVUA 1HKCA 5AQYA 1IKYA 4FK2A 1BCMA 4IOAL 4DR6K 2NRZA 3RTVA 2W42A 3TARA 3R8EA 5J2NA 4BRLA 1T8EA 2G8HA 3QO9A 4JKGA 1OH6A 3LP2A 1BCOA 2Q3SA 3D7EO 4K42A 3HPGA 1JLQA 4RW8A 1WAJA 1HYZA 2V7YA 2I5JA 3C95A 5CY4A 3ZSOA 4ID1A 3A2FA 4H03B 2P9UB 4M3TA 1IV0A 3AVKA 2Y1JA 2HHWA 5AQSA 3EEQA 4HCBA 1K8KB 4Z94A 4I9LA 3WXJA 2WBNA 1S1WA 1E3MA 1WLJA 2VG7A 1IH7A 3M8PA 3L4IA 4QS7A 5CYQA 1ASVA 4FW2A 2X6SA 3PUFA 3TAFA 4BDYA 1DTTA 1FXXA 5FPMA 3TABA 1KTQA 4F3TA 4E19A 3LM9A 1GLFO 3NE6A 2A6AA 1J5EK 1YTAA 2FBXA 4JI1K 1T6DA 1VQ6N 3VEZA 3K5OA 5AZJA 1YF5L 2RE2A 1ZBHA 4B3TK 3GDQA 4E1MA 1OH8A 3LWMA 3ZX0A 4DR3K 3AA2A 2P9NA 5KRSA 3VEWA 5AQQA 1Q9YA 2VQEK 3MN5A 3PO4A 3HZ6A 4JI0K 2D1KA 4FJ7A 1QZ6A 2A40A 5LJWA 1WBBA 5FLXO 1U49A 4NCGA 1D5AA 1WUAA 4MQ3A 1Q82O 1TK0A 1RGIA 1C0UA 5FRMA 3CCQN 1BQNA 4FJ9A 3NGYA 3LDQA 4OLAA 2ZQBA 1QVFM 1KVCA 4JKCA 3HI0A 1IBKK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SZ2 A;  2YKN A;  2D0O A;  3DOK A;  3S41 A;  3BEX A;  1ATS A;  3VEY A;  2DFE A;  3O9S A;  3LDN A;  3BDP A;  1S22 A;  4YOV A;  3AV9 A;  1ZBI A;  4KH6 A;  1VSF A;  2VQF K;  4MLE A;  2QWM A;  4WFN L;  4IOX A;  2YHA A;  3ZT4 A;  3KLG A;  2HF4 A;  2FLO A;  3RRG A;  4EZ9 A;  1VQN N;  1OKJ A;  3HTV A;  4W5O A;  3NDK A;  1YVU A;  3LDP A;  2QKB A;  1OH7 A;  3MDQ A;  1DTQ A;  1BA1 A;  4AHR A;  3SUQ A;  3ENO A;  4LSN A;  4HUE A;  3QIN A;  1KSP A;  4Z4G A;  4BE0 A;  2HBK A;  3K5L A;  4NLB A;  4MDB A;  4WCE L;  1NKB A;  4CEC A;  3LP0 A;  4FWM A;  4KV8 A;  1X1P A;  2KLA A;  2RF2 A;  1BA0 A;  3C6H A;  1Z05 A;  3VQ5 A;  4DR4 K;  4B8A B;  4PWD A;  4GKJ K;  3LL3 A;  3PSI A;  3AVC A;  4OKJ A;  4JS5 A;  4OX9 K;  2HVI A;  3T1Y K;  1ATN A;  4LF4 K;  1WSF A;  4BR9 A;  4DSI A;  1TUU A;  4IFV A;  4B9U A;  3W0L A;  4YOY A;  4F3O A;  1MA9 B;  4CGH A;  3THV A;  3P38 A;  3OYD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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