4ID1A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Allosteric integrase inhibitor potency is determined through the inhibition of HIV-1 particle maturation.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4id1A00
3HVRA 3LDSA 4J2BA 4AHCA 1HQEA 3CM6A 4CEQA 2BANA 1W0HA 3SYZA 3T19A 5E41A 1L3TA 4CJKA 4CJ3A 4JRPA 3ZT3A 4DU3A 1ZBIA 3SJJA 2RPIA 1CXUA 3O3FA 2BDPA 2YKNA 4E3SA 3KLEA 1QSLA 1X9SA 1O1WA 1S1XA 3KD5E 1WSHA 2DFEA 3IRXA 1VSDA 1HNIA 3EYZA 4DSIA 2XY5A 3KTQA 4ELUA 3NE6A 3KLFA 1KVBA 3VQPA 4FJ5A 4PA1A 3HPOA 3SV4A 3F73A 5CYMA 3PY8A 1VSIA 1XWLA 3QERA 3QEXA 3T3FA 1L3UA 4CK3A 4E7HA 3NF8A 3TAQA 3RR8A 1X1PA 1WSIA 1HNVA 1X9MA 1S9EA 3QNNA 1VSJA 3ZSRA 4FM0A 4DQPA 4K8XA 2X6SA 1D9DA 3AVCA 1BCOA 4CGDA 2YNGA 4AHVA 3OY9A 1B9FA 3AVMA 1WAFA 1VSLA 3DLGA 4TSXA 4CHOA 2P5GA 4M3WA 1RDCA 4KKOA 4G1QA 4PY5A 3SQ2A 4FJJA 1KVAA 2OZSA 5C24A 4CJVA 3M8RA 2VG6A 1NJYA 1HJRA 2YKMA 3V9UA 4W5QA 3AA5X 1BGXT 4FZYA 1IH7A 3WNEA 3HVTA 1EXQA 3DM2A 4KHUA 1BL3A 2Z1IA 1U45A 3LWLA 3RWUA 1NK0A 4CJLA 1VSMA 1GOCA 1RDDA 1VSHA 4I2QA 3VQ4A 4N5SA 3KLGA 4HUFA 2XY6A 3E01A 4ZHRA 4CEFA 3JYTA 3S3MA 2FC0A 4B08A 5FDLA 3NBPA 4CFBA 4OLBA 3OJUA 2BGGA 5CZ2A 3KK1A 2B4JA 1RTDA 3DLEA 4E1NA 4W5NA 3PV8A 5EU7A 1WSGA 5CZ1A 3DLBA 3AO1A 4M3UA 2WOMA 3VA0A 4AHTA 4FLYA 4FK2A 2E4LA 2IGIA 2X74A 3DMJA 3LPTA 4BWMA 4CHPA 1SKWA 4C8OA 1JL2A 3FFIA 5C25A 3LP1A 4BE1A 4NYFA 3G0ZA 2G8FA 3RRGA 4KB0A 4FZXC 4OVLA 4DTJA 3NF9A 3LAKA 3VQAA 4CE9A 2HHQA 1NK5A 4DLGA 5J1EA 4O44A 1WAJA 5JS1A 1TK8A 3OYEA 1JLFA 1X9WA 5HRNA 3QEIA 3L8BA 3U6FA 4I7FA 4DSEA 4Z4CA 1SL0A 2XHBA 1N5YA 1TL1A 4RW6A 4YFUA 1QTMA 4B9NA 1F21A 3HYFA 4E0DA 4M45A 5HP1A 3P83D 1B9DA 1ZBUA 2DFHA 5J2MA 1QS4A 1JKHA 4BACA 1C1AA 4E1MA 3MEGA 1ZYQA 4ID1A 4H8KA 4IKFA 4K8ZA 2R7YA 5KRSA 3ITHA 2DTUA 5FRNA 5DMRA 1DTQA 3DLRA 1Z26A 3ZSYA 3TAEA 3AV9A 3TANA 1NKBA 3HK2A 3HSTB 1U49A 2HHVA 3B6OA 4DTRA 4HVJA 1JL1A 2YHBA 3IG1A 1RCHA 3L2UA 3ZT2A 1J53A 1U04A 3CFPA 4F2RA 1HQUA 2OZMA 3O4QA 4FJKA 4FJ9A 1RTHA 3AVBA 3QEPA 1S1UA 2HB5A 4CJPA 1ITGA 1RBRA 1RILA 2BE2A 2JLEA 3S3NA 3NAEA 3PO4A 3AVLA 3HPHA 4FLXA 3RTVA 3EZ5A 1RNHA 3K5MA 1TKZA 3ZSOA 4Q0BA 4BDPA 1S6PA 2XY7A 4EP5A 1HPZA 1WNSA 4HUGA 3OS1A 4J2AA 1U47A 3PUFA 4NCAA 4DQQA 4B8CA 4CF0A 4DU1A 1LW2A 1KCFA 2A1SA 1TK0A 3L2VA 3TAMA 4AILC 3NHGA 2AJQA 1I39A 2Q3SA 1C0UA 2VWJA 1VSEA 4B9LA 3AVAA 1T7PA 5D3GA 2F8TA 1J54A 4W5OA 1CXQA 3CFRA 1RT2A 2QKKA 4EZ9A 1CZBA 3ALYA 1K6YA 1EKEA 4N47A 3ZSZA 2Z1HA 3HT3A 4E7LA 3TABA 4CHYA 1LAVA 4DSFA 2G8VA 4FJGA 3C6TA 1B92A 1S9GA 2YHAA 4IFVA 1D8YA 1JXEA 2YNHA 4CF1A 1KVCA 3NCIA 3SCXA 4DQRA 2RF2A 4CEEA 2DY4A 2HNYA 3ZT4A 1TK5A 5SWMA 3DI6A 1YTUA 3V1RA 3OYMA 2HMIA 2KW4A 4CGIA 3G10A 4DQSA 4FLTA 1ZBLA 3OYJA 1ASVA 2I5JA 3AVJA 4CFDA 1S6QA 4F3TA 4KAZA 1ZBHA 4CCHA 1DTTA 4M3YA 3QEVA 2G8IA 3AO3A 5HBMA 1FXXA 2Z1JA 4AHRA 3T1AA 1S1WA 3F9KA 3TAPA 1LWEA 4FJ7A 3OYGA 1QSSA 4CFCA 2KTQA 2ATQA 4W5RA 1LAWA 1ASUA 2OA8A 4H4MA 4M41A 1SL2A 2VG7A 4DSKA 4DWIA 1BHLA 5CY4A 1Q9YA 4J2EA 1RBVA 4KI4A 3AO2A 2Y1JA 3M8SA 4N41A 4CGGA 3DOKA 3PX4A 4CF2A 3AO4A 4KTQA 3AVGA 3O3HA 5HROA 4M3TA 4RW7A 2E6LA 4CK2A 4CK1A 4E19A 5C42A 4BWJA 1J5OA 4Z4HA 2D0CA 5K14A 2RN2A 2ZQBA 1QHTA 1SV5A 4RW9A 1BIUA 1IKVA 3HXMA 4BE2A 1KSPA 4OGEA 3KIOA 3QIOA 3PO5A 1A5VA 4YNQA 3ZSVA 3L2RA 3I8DA 4IDKA 3VQ6A 1NJWA 2FBTA 2HNDA 2ZD1A 2FBYA 3VQ7A 1NKCA 3WNHA 4FLUA 3NGYA 4IG3A 4FM1A 3QNOA 3ISNC 3K5LA 2JGUA 3HL8A 4FM2A 1TAUA 3AVHA 3THVA 1RT6A 4KHNA 1NOZA 1R0AA 3VQDA 3K5NA 4Z4FA 4H4OA 1EETA 2D0BA 4LH5A 4RG8A 3K5OA 1TKDA 2QK9A 3ZCMA 4Y1CA 3HPGA 2PY5A 3MEEA 3DLKA 1KFSA 1WSEA 2QXFA 3C94A 3DRRA 2XRIA 5KI6A 2WONA 1NK7A 5KRTA 3LZIA 1HMVA 2HHTA 1JLAA 1W9HA 3NF6A 2XO7A 4FCYA 2ITGA 4NCBA 1NK4A 3MECA 2F96A 1FKPA 1UA0A 1SKSA 2HW3A 3AVIA 3TR8A 5J2QA 4F3OA 4KHSA 4B9SA 1EX4A 3LWMA 3JSMA 1NK6A 4KB1A 4M42A 3SPYA 4M3XA 4BE0A 1RTJA 2D5RA 3RMBA 1T8EA 3MEDA 4CJRA 1YVUA 4CJEA 4OKJA 4CFAA 4CJ5A 2OPQA 3V9WA 1G15A 3K57A 1C0TA 5CYQA 3C95A 4KHYA 3DRPA 4F8RA 3U3GA 1RBUA 3MXIA 1VK0A 3OYFA 1BCMA 4C8LA 1C6VA 2HNZA 1JLGA 4FJHA 4R5PA 4DTUA 2HVIA 1SKRA 2HHXA 4FW2A 1N6QA 3RMDA 4FK4A 4J2DA 3C6UA 3D0PA 4E89A 3LP3A 3P5JA 4MFBA 4PWDA 1XHZA 2Z1GA 3ASMA 3AO5A 5HRSA 1KRPA 1BQMA 4KHWA 3I0RA 4DTNA 1TKXA 1I3AA 1YT3A 1T03A 4JS5A 4CJTA 3IAYA 3B6PA 4LSNA 4LH4A 3OS2A 1RT1A 1YTAA 3SUQA 4GVMA 1C1BA 1BIZA 4CGJA 3VA3A 4O4GA 1RDBA 3HP9A 4OPKA 4DQIA 1VSFA 5KGWA 1IO2A 3KKSA 3LP0A 4QCLA 3OVNA 4DMNA 3RMCA 4CJFA 2IDOA 3V9XA 1RBTA 1IKXA 4E7JA 3ZT0A 3U3YA 3V6DA 3PX6A 3OYCA 4B9MA 2HHSA 3OYBA 1Q8IA 3V9SA 1IKWA 4HCBA 4QOZB 2KFZA 2PZSA 4HCCA 2IC3A 2YNIA 3DRSA 3HO1A 3EY1A 4Z4EA 2O4GA 1IG9A 4B9TA 3AA2A 3V9ZA 1WSFA 4FW1A 4JLHA 3OYLA 3KKRA 1RT5A 3ZSWA 1S5JA 2VG5A 1A5XA 3NGZA 4KRFA 4IG0A 1C0MA 3H08A 4CHZA 3ZSQA 1KLMA 4DFMA 3V81A 4O5BA 3OS0A 2A1RA 1VRTA 1Z25A 1QSYA 4AHUA 4OPJA 4KFBA 4ICLA 3HM9A 1L5UA 4PQUA 3AVFA 1NJXA 4FJNA 3SUNA 2G8WA 4ELVA 4CHQA 5JS2A 3QIPA 4DFPA 4IFYA 4DG1A 4FLZA 3KD1E 2LSNA 4DTOA 3UIQA 4FLWA 4FVMA 4DU4A 1S1TA 2OYQA 4CEDA 3M8QA 3TWHA 1NOYA 2ETJA 4DTSA 3NF7A 1UAXA 3MAQA 3QESA 5SZTA 1XC9A 3DOLA 3VQ9A 2FBVA 2Y1IA 3L3UA 2P5OA 4DSJA 4I9QA 4Q5VA 4ID5A 3OYAA 4FJ8A 1RT4A 4FYDA 4CESA 4C8NA 2D0AA 4RW8A 4CECA 3NH1A 4KO0A 4ZTFA 4FJMA 4DF8A 1TL3A 1RBSA 3LANA 3CM5A 4CF8A 4Z4GA 1TV6A 3DYAA 3KLIA 4CIEA 3D45A 3OYDA 1RT7A 4I9LA 4CEOA 3QEWA 4B3OA 3OYKA 1QQCA 5J2PA 2OPPA 4C8KA 1HYZA 3IS9A 4MQ3A 4LSLA 1U48A 1EP4A 2GBZA 4CERA 3KK3A 3HJFA 4OJRA 1TVRA 4CHNA 4JS4A 1HYSA 1TAQA 4CIGA 2KZZA 1ZBFA 5I42A 2EHGA 2DFFA 4M3RA 3OJSA 4E7KA 2IS3A 4AH9A 3LPUA 3CQ8A 4QAGA 1RT3A 3I0SA 3SNNA 4UQGA 3AVKA 4C8MA 4WE1A 3RMAA 1CLQA 4JRQA 4KTWA 4FLVA 4DS4A 1D9FA 3RR7A 3K2PA 2KQ2A 3K59A 4HHTA 3AA4A 4RW4A 4EP4A 3O3GA 4L8RB 1UA1A 1L3VA 5FRMA 1LW0A 4HTUA 1WLJA 4KREA 3TAFA 2P51A 4O0JA 3KJVA 3ZSXA 3SZ2A 3MXMA 2IAJA 4NCGA 1JLEA 4I2PA 5HLFA 4KHQA 3CYMA 4CGFA 2G8UA 2O4IA 1WSJA 4GMJB 3L2QA 1UWBA 3QETA 4ELTA 2B6AA 5HRRA 3OYNA 4CGHA 1LWFA 1UOCA 1TGOA 2X6NA 4DSLA 4DS5A 5FROA 3LAMA 1NKEA 2X78A 2ZE2A 3TI0A 3SUPA 3LZJA 1KFDA 4CF9A 4CIFA 1CZ9A 2YNFA 4GW6A 3PX0A 1JLBA 3NFAA 1HRHA 5T7BA 4CEAA 4LD0A 3NH0A 1BQNA 5KGXA 4BDYA 2PYJA 1RTIA 4IBNA 3AA3A 3V1OA 2W42A 4AHSA 2XY8A 4DLEA 4FZZA 3QLHA 5J2NA 2GUIA 3LP2A 2IOCA 4CJSA 4N56A 4O0IA 4W5TA 4ZTJA 3SQ4A 5HRPA 4F4KA 4OKEA 1L3SA 3SPZA 3S9HA 1A5WA 3LALA 4KPYA 3VN5A 1LWCA 1ASWA 1S1VA 3VQQA 4CJWA 4B9VA 4B8AB 4CJ4A 3OYHA 3SQ1A 1BI4B 2P1JA 2HVHA 1T05A 1SL1A 1NJZA 3BGRA 3V1QA 1RDAA 4CEBA 4CJQA 3OYIA 1BI4A 1BISA 3VQCA 3V4IA 1QE1A 4FJXA 1C1CA 4PUOA 1Y97A 3AVNA 4DF4A 3S3OA 2HHUA 4Z0UA 1JLQA 4B9UA 4LY7A 4CJUA 3TARA 1KTQA 1SUQA 2G8KA 4E7IA 3WNGA 1GOBA 1JXBA 3MXJA 3NGIA 1MU2A 3VQ5A 1NK9A 2HHWA 1KLNA 5KTQA 2E6MA 4DTXA 3SQ0A 4FJLA 4Y1DA 3DLHA 3P1GA 2GV9A 1HYVA 4NYNA 5DK5A 4DTPA 3KK2A 3NDKA 1NK8A 1Q9XA 3VQ8A 4OGCA 3VQBA 4F2SA 1TKTA 2F8SA 4FXDA 1U4BA 2KFNA 3TAGA 1XI1A 1DLOA 2OPSA 1LV5A 4KTZA 3O4NA 4HUEA 1FK9A 3SI6A 4DFJA 3WNFA 4EZ6A 3NH2A 3L2WA 4DFKA 4KV8A 4OLAA 4KI6A 2RKIA 3CG7A 1VRUA 4CEZA 3HP6A 4DTMA 2NUBA 1JLCA 2FBXA 2VWKA 3L3VA 1IKYA 4BDZA 3SV3A 1WN7A 2QKBA 2G8HA 3A2FA 3QO9A 3KLHA 3RRHA 1GOAA 4Z4IA 1REVA 3K58A 5I3UA 3ZT1A 3SUOA 3BDPA 2B5JA 1FKOA 1D5AA 4XIUA 2PYLA 2OPRA 4N76A 1XHXA 3VQEA 3ULDA 4M3ZA 2KZMA 2YV0X 4FJIA 3M8PA 1J9AA 4OKKA 1VSKA 3QINA 2EX3A 4FK0A 3CFOA 4O55A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2BA 4AHCA 3ID8A 3CM6A 3WXLA 4CEQA 5ADXH 2BANA 4FWSA 1ZBIA 4HWIA 1VQ9N 3O3FA 1CXUA 2BDPA 1NGBA 4E3SA 1S1XA 3THXB 2DFEA 3EYZA 1VSDA 1N34K 3TPQA 2GUPA 3C0BA 4Z94A 2XY5A 5AFUA 3SMSA 1KVBA 4FL9A 4U7BA 4IXCA 1VQNN 2E1ZA 3PY8A 3QEXA 3H45C 3TAQA 2ZWHA 5BRFA 3F5TA 2X6SA 1IBKK 3R8EA 4K42A 1B9FA 2P5GA 4TSXA 5GIOA 1RDCA 4X65K 2YHWA 1XMQK 2OZSA 2E2QA 1YHQN 5BN8A 3AA5X 3KK7A 4IOXA 4EAHD 3L4IA 3VESA 2ITMA 3OBYA 3MDQA 4LFCK 5M1NA 4JK7A 3HZ6A 4I2QA 1RDDA 4CEFA 1Q86O 3FGUA 3ENOA 5FDLA 3NBPA 1K9MO 3DJCA 4BRDA 4AM6A 5EU7A 5CZ1A 4M3UA 3AO1A 4HTLA 2IGIA 2PBDA 4B9QA 4C8OA 3FFIA 4NYFA 4ISFA 4M7XA 5BREA 3SMPA 2O8CA 1GLLO 4QS7A 1YAGA 1JLFA 5HRNA 3QEIA 1SL0A 1N5YA 4OPAA 4YFUA 5DM7L 2F7TA 3ZX2A 1NJIO 2DFHA 3CPEA 4BACA 1C1AA 4E1MA 3LDNA 4B3RK 2JWLA 2R7YA 1KC8O 5FRNA 1C0FA 3ZSYA 1NWKA 5M1QA 3TANA 1NGGA 2GTDA 4A61A 1U49A 3HK2A 2HHVA 3QBWA 4A59A 3FZMA 3O80A 3IG1A 3QB0A 4F2RA 2HOEA 5AQRA 2OZMA 3QEPA 1MWMA 1S1UA 4BC3A 1ITGA 3ZEUB 1RILA 3A8YA 4CJPA 3PO4A 3AVLA 3RTVA 4O8UA 1W97L 3AARA 1RNHA 3K5MA 1J5EK 1MA9B 1CZAN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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