3AVFA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avfA00
4Q5VA 1C6VA 3RMBA 3NH1A 3SQ2A 3K5LA 4KB0A 1UWBA 4NYFA 1XC9A 3C95A 3NF7A 1EKEA 1DTTA 5HRRA 4FJ7A 2X74A 3V9WA 3L2RA 1IKWA 3AVGA 4JRPA 4KRFA 4CEDA 1TKDA 4QOZB 3DMJA 4DSKA 4I2PA 1S6PA 2DFHA 4E7KA 2Y1JA 3EYZA 1LWEA 1RBVA 4KV8A 5KGWA 3WNFA 1U04A 3NE6A 3LP3A 3QINA 3PUFA 1LWFA 4CFAA 3AA4A 5KRSA 3QERA 2G8WA 2QKKA 3CM6A 4BDZA 2Z1IA 2B6AA 3AO4A 1HRHA 3DRPA 1VSMA 4E7LA 1IG9A 4HCCA 3KKRA 4CJWA 1LAWA 4OGCA 1IKXA 1KTQA 5JS2A 4KTQA 4PA1A 3AVAA 4M41A 4DSIA 3JYTA 4E7JA 4EZ6A 4C8KA 4BE0A 1LW2A 3CFRA 3FFIA 3KKSA 4M3RA 4E1NA 2XY6A 2IDOA 3TAMA 3K5MA 1GOAA 2LSNA 4FM1A 4CEEA 4AHVA 1S1TA 1R0AA 1RTDA 1N6QA 2IGIA 3K2PA 4KPYA 4OPJA 4OVLA 3G0ZA 1RBUA 4WE1A 3DLEA 1U48A 1NK7A 3VQ9A 1RT3A 3AVJA 3O3FA 3AV9A 4AHUA 2E6MA 3OS2A 2P51A 2ATQA 2YV0X 3NH2A 4JRQA 3AVFA 4CJ4A 3SPZA 5FDLA 3QEWA 1WN7A 2HMIA 1IH7A 5J2MA 1QSLA 1LAVA 1WSHA 3TAGA 1O1WA 4ICLA 3ZT1A 4CGFA 3OYKA 3OYIA 3HVRA 4PQUA 2KFNA 2Z1GA 1BGXT 4I7FA 4FJ8A 3TR8A 2HNYA 3RR8A 1YT3A 3V9XA 3NHGA 2P5OA 2NUBA 4KTWA 3PX0A 2GV9A 5DMRA 4OPKA 3O3GA 1VSKA 4N47A 3LWMA 1DTQA 3KLEA 1NKCA 4DG1A 1X9MA 1EP4A 4FK4A 2HB5A 3DLBA 2ZD1A 4KI6A 1NJYA 2HHTA 2HVIA 1SUQA 1BQMA 1YVUA 3HP6A 4B08A 3TI0A 1VSIA 2EX3A 1UA0A 1ZBFA 4BDPA 3ZSWA 3MECA 1RILA 3MXIA 3ZSOA 3NH0A 3P1GA 2QK9A 3OS1A 4FZXC 1RDDA 1C1BA 5CY4A 1NOZA 2FBXA 2XY5A 4CJSA 3PY8A 3U3YA 4FK2A 4NYNA 4HUGA 1MU2A 4Y1CA 5C42A 1JLFA 3TANA 3IAYA 4F3TA 1C0TA 2VWJA 3IG1A 2KZZA 4O44A 4B9TA 3HK2A 3VQ5A 3NAEA 1JL1A 3QNOA 2P5GA 4B8AB 3MEEA 1RNHA 1TKZA 3DI6A 3DLRA 4DQIA 1RDCA 4CHOA 4DSFA 4CFBA 2RN2A 3AO3A 2Z1JA 1RT2A 4DQSA 4FJNA 1NK5A 1S9GA 4I2QA 4N56A 2QKBA 3S3OA 1ZBIA 3D45A 1TL1A 3AO1A 3K59A 4C8NA 1NKBA 1RT1A 4Z4EA 3OVNA 1BISA 3SI6A 1NOYA 2OPSA 4IG3A 4BDYA 3PV8A 3C6UA 1XWLA 5C25A 1KCFA 2PYLA 1BI4B 1DLOA 1TKXA 4XIUA 3OYFA 4JLHA 1WLJA 4CEBA 4DS5A 3DOLA 4FJKA 4Z4IA 1BCMA 4DSLA 1W0HA 1S1XA 1RTJA 5JS1A 2Q3SA 1RBRA 2VG7A 3ASMA 1ZBHA 4O55A 2JGUA 3SUPA 2A1SA 4M3XA 4ELTA 4DS4A 5SWMA 1ASUA 3LPTA 1T05A 1TGOA 3OYGA 2D0BA 3OYEA 1CLQA 1S5JA 3NDKA 1J53A 3HYFA 5C24A 3AVNA 3KLGA 1U45A 2VG5A 3SV3A 1CXQA 4CF1A 4DU4A 4K8ZA 2XO7A 4LSNA 3SQ4A 2KFZA 2FC0A 3HP9A 3OYHA 4M3WA 3PX6A 4ID1A 3ZSXA 1KVCA 4KHYA 1LWCA 1BHLA 1GOCA 3NBPA 3ZT3A 1ZYQA 2BGGA 3MXMA 4CGDA 3OY9A 2B4JA 5KI6A 3ULDA 3SQ0A 3V9UA 1RBTA 4DTMA 1HNVA 4YNQA 3K5OA 5FROA 5KRTA 3IS9A 2PYJA 4J2AA 4M3ZA 3H08A 1S1UA 4LH4A 2G8UA 1FXXA 3V1RA 3AA5X 3HSTB 3ZCMA 1FK9A 1BIUA 2D0AA 3HL8A 3DLKA 5CZ1A 3ZSQA 4DTJA 4Y1DA 1NK4A 2HHWA 4B9MA 4FLYA 4OJRA 4FM2A 3MEDA 3SCXA 4F2SA 3MEGA 2RKIA 4FLXA 4F3OA 4CJEA 3AVIA 4O4GA 3VQBA 1A5XA 3VA0A 3QEIA 2A1RA 3LPUA 1VSEA 5DK5A 3TWHA 1XHZA 3RRHA 2HHUA 4FK0A 1B9DA 2XY8A 1Z26A 3NF9A 4JS4A 3G10A 1Y97A 1KFDA 4QCLA 4DTNA 3QLHA 1G15A 4BWMA 1D9FA 4DU1A 3PO5A 4FW1A 4H4MA 3AO2A 1S1VA 3HPHA 1HNIA 1LV5A 3QEXA 1TL3A 5HRPA 2IC3A 3L2QA 3L2UA 2DTUA 3M8PA 3UIQA 3C94A 2I5JA 4DU3A 3SNNA 4CCHA 2VWKA 2HVHA 2IOCA 2HHXA 4J2EA 1QTMA 3VQQA 1K6YA 4GMJB 4CHNA 1EETA 3LZIA 4DTUA 4IFYA 4PY5A 2OPPA 4B8CA 1L3SA 3KTQA 2AJQA 2XHBA 2FBTA 3MXJA 4DMNA 1VSLA 5J1EA 3SUNA 4KHNA 4E1MA 4C8MA 4FJGA 3IRXA 1KLMA 4LD0A 1U49A 3DLGA 3NFAA 1RT7A 4H4OA 4FJJA 1FKOA 5KTQA 4CK3A 3T3FA 2HNDA 3VQ6A 4B9NA 2HW3A 2RF2A 3RR7A 1RCHA 1XHXA 3LAMA 4Z4HA 3KK3A 2ITGA 1LW0A 4CF0A 3L8BA 4GW6A 4KKOA 2Y1IA 1JXBA 3SJJA 1CXUA 3AVHA 3VQ7A 4CHZA 1HYVA 1NK8A 1T8EA 3HPOA 4DTXA 4DFJA 1NKEA 1IKYA 3LAKA 1TK5A 3I0SA 1X1PA 4FJLA 3O4QA 4PUOA 1YTAA 4RW6A 1ASWA 1UOCA 3KIOA 2XY7A 3U6FA 1CZ9A 3V81A 1J54A 3CG7A 1HYSA 5K14A 1JKHA 2YKNA 3PO4A 3VQPA 3HXMA 2D5RA 1EX4A 3QESA 1RT4A 3M8QA 4B9SA 4CF9A 4O0IA 3F73A 1JLAA 5SZTA 1WAJA 2JLEA 3V9SA 1SKRA 1JLEA 4M42A 2G8IA 3LP0A 1HQUA 2E4LA 3KLHA 3KLFA 2OZMA 3ISNC 2OPRA 4W5TA 3CQ8A 5J2NA 3CFOA 4N5SA 4FJXA 5EU7A 2PY5A 4J2BA 2OA8A 3OYCA 1TK0A 4OLBA 1QQCA 4CJVA 4CJFA 1NJWA 1T03A 4W5OA 4B9LA 3HO1A 4UQGA 1UA1A 1RTHA 2O4GA 1QS4A 1IKVA 1REVA 4R5PA 3OYDA 3OYJA 3D0PA 1VK0A 4J2DA 1HMVA 1ZBUA 3M8SA 2FBVA 4HHTA 4DLGA 2YNFA 4ELVA 3QIPA 4ID5A 3RMDA 3PX4A 4O0JA 4CEAA 1GOBA 1WAFA 4RG8A 1L5UA 2ZE2A 1VSJA 4W5QA 1KFSA 4CJ3A 3V9ZA 3LZJA 4RW8A 3F9KA 3KD5E 3HVTA 3LWLA 1Q8IA 5J2PA 3SZ2A 3NF6A 4GVMA 2QXFA 1ASVA 4BE2A 1KRPA 3OYMA 4IG0A 2ETJA 3OYBA 4KFBA 4FJ9A 3VN5A 4NCBA 4DF4A 4M3TA 2GBZA 3KK1A 4OKKA 4Z0UA 3AVBA 3VQ4A 4L8RB 2DFFA 2IS3A 1TAUA 4FLTA 4CF8A 4E19A 4CIFA 4O5BA 3P5JA 2XRIA 1C0UA 3A2FA 4CJTA 4DTPA 4LH5A 4FM0A 3S3MA 2PZSA 3JSMA 4FJMA 1I39A 2G8FA 2O4IA 4QAGA 1VRUA 4FVMA 1NK0A 1S9EA 4FYDA 1WSIA 3T19A 3L3UA 1L3UA 3OYAA 3ZT4A 4E7HA 3LALA 1KLNA 4FJ5A 3RWUA 2F8SA 4CHYA 4TSXA 1HYZA 3VQCA 4B9VA 1NK6A 1JLBA 3ZSRA 4BACA 4DQQA 4KO0A 4OKEA 3L2WA 3HPGA 1U4BA 4KREA 1N5YA 4LSLA 3K5NA 4RW7A 1Z25A 1F21A 1ITGA 1UAXA 4CEQA 3S3NA 4DQPA 2F8TA 3AA3A 3TAEA 4OGEA 3SUOA 4OKJA 4DFMA 3SPYA 4CJUA 2YNHA 1L3TA 1B9FA 4CF2A 5CZ2A 4CIGA 5I42A 1JLCA 1D8YA 3SYZA 3RMCA 1NJZA 3HM9A 4HTUA 4I9LA 3NF8A 2D0CA 2VG6A 3VA3A 4AH9A 4C8LA 3ZT0A 1W9HA 1BCOA 1C1AA 4KHSA 4HUFA 2X6NA 1YTUA 3HJFA 4PWDA 3E01A 2Z1HA 4E7IA 1JXEA 4DSEA 4CJPA 4M3YA 2OYQA 4Z4CA 3AVMA 4MQ3A 1VRTA 3KK2A 4DWIA 3DYAA 4CECA 4BE1A 3TAPA 4BWJA 1BL3A 3K58A 4N41A 3SV4A 3VQEA 4CESA 5CYMA 3CYMA 1J5OA 1A5VA 3RTVA 4OLAA 3DOKA 3QIOA 3I0RA 1C1CA 4M3UA 3V1OA 4B3OA 3P83D 4FXDA 1VSFA 4KB1A 4FCYA 3B6OA 4AHTA 3KLIA 4DTRA 4DFKA 1U47A 3TAFA 4B9UA 4FLZA 1RT5A 4HCBA 1HJRA 4CK2A 4DFPA 1WSEA 2YNIA 2YHBA 1HPZA 4CFCA 2KTQA 1TV6A 4G1QA 2HHQA 3QEVA 1NJXA 2E6LA 5FRMA 3KJVA 4HUEA 4FLWA 3LP2A 4N76A 4EP4A 1SKWA 3ZSVA 3QETA 1TK8A 5HBMA 4CGJA 3RMAA 3BGRA 4CJKA 1VSHA 4FLVA 4NCAA 4Z4GA 3WNGA 5FRNA 5HRSA 3I8DA 3OJUA 1S1WA 1JLGA 3LANA 1X9SA 2BDPA 2X78A 4CK1A 2HNZA 3CFPA 3VQAA 3V1QA 4ZHRA 4W5RA 4E0DA 4AHRA 1JL2A 3T1AA 4CGGA 4ZTFA 1KSPA 1RTIA 4E89A 3DLHA 5CYQA 4ZTJA 2P1JA 4IBNA 3B6PA 4KAZA 1RBSA 4Z4FA 1J9AA 2G8KA 5D3GA 3TARA 2IAJA 4FLUA 1XI1A 1BQNA 1BI4A 2EHGA 4CJ5A 1Q9XA 3BDPA 2X6SA 3NGIA 4CEFA 4FZYA 2HHSA 1RT6A 3VQ8A 3VQDA 1CZBA 4YFUA 1QE1A 5HLFA 1SL0A 4EZ9A 3THVA 2G8HA 4DQRA 2RPIA 4CERA 2OZSA 4F2RA 1I3AA 4CHPA 3EZ5A 4C8OA 3AVLA 1WSGA 4CGIA 1SL2A 1IO2A 4KTZA 3KD1E 3CM5A 2GUIA 4F4KA 3U3GA 5I3UA 3OYLA 4AILC 5HP1A 3L2VA 1C0MA 4CJLA 4DSJA 2W42A 4E3SA 4KHUA 4FJIA 1QSYA 1T7PA 1SL1A 3NGZA 3O3HA 3L3VA 5KGXA 1NK9A 1Q9YA 2B5JA 4CHQA 3ITHA 2BANA 4AHSA 4IFVA 2OPQA 3DRRA 3M8RA 3V6DA 3AVCA 4KHQA 1SKSA 1D5AA 3TAQA 1D9DA 4DF8A 2YKMA 5T7BA 2G8VA 4FW2A 3C6TA 4CEZA 4I9QA 4CGHA 5J2QA 3EY1A 3K57A 4Q0BA 3OJSA 1VSDA 3QEPA 3S9HA 4ELUA 1SV5A 4CE9A 2HHVA 3NCIA 1KVBA 1WSFA 2FBYA 5E41A 4JS5A 1X9WA 1QSSA 2YHAA 4CJRA 3QNNA 4M45A 3LP1A 3AVKA 3V4IA 1WSJA 3NGYA 3QO9A 4LY7A 4FJHA 1S6QA 1L3VA 4K8XA 3OS0A 2DY4A 4KHWA 1EXQA 2F96A 3DM2A 2WOMA 3ZT2A 2KQ2A 2ZQBA 3AO5A 1QHTA 2DFEA 4CIEA 5HROA 3RRGA 4NCGA 3WNEA 4F8RA 4CEOA 3OYNA 1RDAA 4H8KA 4IDKA 4CJQA 4IKFA 1BIZA 4CFDA 3SQ1A 1JLQA 4KI4A 5HRNA 2BE2A 2KZMA 3HT3A 4FZZA 3ZSZA 3ZSYA 3WNHA 2WONA 4DTOA 4HVJA 3O4NA 4W5NA 3LDSA 3MAQA 4EP5A 1B92A 1HQEA 1FKPA 3DRSA 4MFBA 1TAQA 3SUQA 2KW4A 3AA2A 4RW4A 2R7YA 4DTSA 1ZBLA 1A5WA 1KVAA 3TABA 2YNGA 3ALYA 4RW9A 1RDBA 1TVRA 1TKTA 4DLEA 1WNSA 4AHCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SQ2A 4X62K 3K5LA 4NYFA 1XC9A 3C95A 3J7YP 1IKWA 3DMJA 1NWKA 4E7KA 2NRXA 4B1XB 1KAXA 3NE6A 3LP3A 1ILYA 2A3ZA 3PUFA 3QINA 1LWFA 3FZKA 2QM1A 4H0TB 3DRPA 1IG9A 4HCCA 1KTQA 3SBTA 4E7JA 1LW2A 3KKSA 4M3RA 4E1NA 2IDOA 3TAMA 4FM1A 4JI0K 4AHVA 5LY3A 2IGIA 4L3QA 3ZETA 4KPYA 4WE1A 3I8BA 2EWSA 3DLEA 1U48A 1XNQK 2O8EB 2P9SB 1BU6O 3AVJA 1N32K 4AHUA 2P51A 3AARA 2UXBK 4CJ4A 2HMIA 1E4FT 3TAGA 4BRLA 1W97L 3NMUA 2ZGYA 4GV3A 2Z1GA 1BGXT 1MDUB 3TR8A 2UXDK 2KHOA 5BR9A 3OW2M 4KTWA 1NJXA 3LWMA 1VSKA 3CJAA 5AZIB 5HOOA 1EP4A 4CZIA 2ZD1A 2HVIA 3HP6A 1Q86O 3OA9A 1ZBFA 4BVOA 3ZSWA 3MECA 1K8AO 1RDDA 1C1BA 4BRHA 2FBXA 2XY5A 3TANA 1MU2A 3H1VX 4IFEA 3NAEA 3UKUB 3U8XA 4WCEL 4DR2K 4U67L 4BC3A 3MEEA 5JVHL 3GOIA 3DI6A 3DLRA 3P38A 4CHOA 4CFBA 3ENOA 3AO3A 1RT2A 1HR0K 5C15A 2QKBA 5HL7L 4WQ4A 1TL1A 2FXUA 3N4QA 1J5EK 1RT1A 4Z4EA 1BISA 3SI6A 1NOYA 3PV8A 3DWLA 2UUAK 1TKXA 4DCHA 3OYFA 4CEBA 4FJKA 2O8CB 2W40A 2A1SA 1U2VB 4M3XA 4ELTA 4LF8K 4JHDA 1ASUA 1T05A 1TGOA 3OYGA 2D0BA 3NDKA 3CC7N 4K8ZA 4LSNA 5M1QA 2KFZA 3OYHA 3PX6A 2HBMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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