4BRDA

Legionella pneumophila ntpdase1 q193e crystal form ii, closed, mg amppnp complex
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVEIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 119
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brdA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brdA02
4CZHA 4I6MB 1XC3A 5I9EB 3SMSA 3TU5A 2CH5A 5EY4A 4PKGA 2Q0UA 1V4TA 2YHYA 4CI6A 4FOEA 3CI5A 3CJAA 4JNEA 1KAZA 3RSEB 4MLEA 5EXWA 2A5XA 3CQYA 2YHXA 4BC2A 4YDUC 2P9KA 4FWSA 3DXKA 5AZIB 2QW9A 3MK6A 2P9LA 3TPQA 4FWOA 4BRLA 2E20A 4QS8A 1NGAA 5LY3A 5AFUH 4BVPA 2E1YA 3ENOA 3O80A 2CGJA 1GLDG 1T44A 2VYPA 5AZJB 2QWNA 3ID8A 3KVGA 1Q18A 2BTFA 5BPNA 1T6DA 1GLEG 2CGLA 3WXIA 1WUAA 2PBDA 3MMVA 3W0LA 4H5WA 4BREA 3O1BA 4H0XB 3VGLA 5AQJA 3LDQA 3WQUA 1V4SA 4FWKA 2J4RA 3GDQA 3QDKA 3D2EB 5AQRA 4BC3A 4BRAA 3MDQA 1HPMA 3BF1A 2ASPA 2D1KA 4K41A 4EHTA 2NRHA 4GY2B 3VGKA 5E84A 3QFUA 3UKRB 4BR2A 3FZHA 5ELZA 4BRMA 2ASMA 2E2NA 1XQSC 3VESA 4BR5A 3DAWA 4J8FA 4RTFD 3UE5A 2Q97A 3QMLA 5JICA 2V7YA 1TUYA 1KAYA 4ISGA 4BRFA 2Q0RA 4PKIA 3UKUB 1X9JA 3FZKA 2A42A 2HMPA 2QWPA 2P9UB 1QQNA 4RWTA 3ZETB 2IVPA 3FZFA 1KXPA 2FXUA 1DGKN 1E4GT 3ZX3A 2V51B 4FO0A 3S41A 2KHOA 4M63C 4HTLA 2A41A 2VWBA 4FWPA 3VEXA 1YUWA 5AQVA 4CD3A 5LJWA 3R9PA 5FPEA 4M7YA 4FWMA 3CJ1A 5AQNA 2GELA 2NLXA 1ZXOA 3D7EO 4AM7A 3ATUA 4H0YB 3WEEA 2QWMA 4BR0A 3MN7A 5AQZA 3M3ZA 1GLBG 5AQPA 3CJBA 3O4WA 4NB4A 3WUHA 2D4WA 3EKUA 1GLCG 2P9KB 4K43A 4QS7A 3SLCA 5AQGA 2ITMA 2P9LB 3FR0A 2E2QA 4FWLA 4ISFA 2BUPA 3JXUA 1GLAG 2Q1NA 1R59O 4AM6A 4BVOA 2QWQA 2P9NA 4BRIA 5BRDA 3C7NA 1MDUB 3IMXA 4WYBA 3WXJA 3FE1A 4H5TA 3FFKB 2I7PA 3CETA 3MCPA 4WQ4A 3HBTA 5BN9A 1HLUA 5F2RA 2W41A 3FLCO 3HZ6A 4WQ5A 5BR9A 3GG4A 4FWQA 2V7ZA 1ESVA 2P9PB 3VPZA 4XH5A 1NBWA 2E1ZA 3EL2A 2E2OA 2AA4A 1IJJA 4BR7A 3O6WA 1RDWX 3LDOA 4H03B 4PKHA 2OANA 3U9DA 4CZKA 1C0GA 2QWRA 3AAQA 4LC9B 3O8MA 4QS9A 3HTVA 4MO4A 3LDPA 4WQ5C 3ZX0A 1BO5O 4B1VA 4B1XB 3DJCA 1K8KA 2PAVA 4BC4A 4K42A 3AY9A 4H0VB 5AQQA 4EIAA 1NGEA 1T6CA 1NMDA 4E1JA 1X3NA 1MA9B 3M1FA 1NGDA 3ULEA 3B8AX 3GBTA 1GLFO 2Q36A 5ADXH 2E88A 4H0OA 1QQOA 1JCEA 1SQKA 3VGMA 1BA1A 3LDNA 4CBXA 4BRPA 4BRHA 2WUSA 5JLHA 5AFUA 4DQ8A 2GEMA 4BRDA 1BWFO 4B1YB 3GOIA 1NGJA 3A5MC 4FPBA 1SAZA 2YHWA 3A5NC 3CIPA 3D2FA 1HKBA 4B1WB 3WEEB 1HX1A 3IUCA 1NLVA 4JHDA 3VEVA 1ATRA 1LOTB 1QZ6A 4CZEA 4FL9A 4A2BA 2A40A 3H1VX 3H45C 5BPLA 1BA0A 1YVNA 4FWNA 1HUXA 1RGIA 3F9MA 3HI0A 1DKGD 3RSEA 1TYQA 1NGIA 2P9NB 4H5RA 4A61A 3C7NB 5KPZA 1EQYA 1QQMA 3BUZB 2D0OA 1ATSA 2Q31A 4L3QA 5KPRA 2P9SA 2FF6A 4HWIA 4PL8A 5JMVA 4BC5A 1BU6O 3GL1A 4H5VA 3W3DA 2E8AA 3R6MA 3VETA 5FPNA 2ZF5O 1S3XA 2CGKA 3H3NO 1BG3A 3QB0A 2GUPA 3U8XA 3UB5A 4BROA 4H0TB 3H46O 3AARA 1YAGA 4B9QA 3CHWA 4NO7A 5AQIA 2F9TA 2A6AA 1HJOA 2VCPA 3DXKB 3VF4A 1K8KB 4IZ9A 5AR0A 1ZBSA 3VENA 3FGUA 3A0IX 3WXLA 3IDHA 3OHRA 5KPTA 1SZ2A 5AQYA 5EVZA 4MO5A 2YCHA 4BRCA 2W40A 5F1XA 1J6ZA 4O5FA 3UKRA 4RCHA 4CJ7A 2GWKA 4H5NA 4CD1A 3VEZA 1CZAN 1DEJA 2CH6A 3CJCA 1KAXA 4IJNA 1NGHA 3VEOA 2QWOA 4DB3A 5AQLA 3ZX2A 5CE3A 3VOVA 5KQ8A 3H3OB 2HF3A 1X3MA 2IVOA 1G99A 4A2AA 4Z94A 3CERA 1NWKA 1LCUA 3C0BA 5KQDA 4BR9A 4FOIA 3ZEUA 4CZIA 4WQ4C 4IO8A 1U2VA 3O08A 4YDUA 1GLLO 3SK3A 1S22A 2YJEA 5FPDA 5AQUA 3FZLA 4B1UB 4ISEA 4BRKA 1JCGA 4XH1A 3WQTA 1C0FA 2QXLA 4JN4A 3QBWA 4EAHD 1TYQB 3G25A 3WT0A 1MWKA 1NGCA 3AAPA 5BRHA 2QWLA 1NGBA 3CJ9A 3VF2A 4JD2A 1ATNA 3ATVA 1P8ZA 2IVNA 5BN8A 2P9SB 3A5OC 4BGAA 4GNIA 5BRFA 4DHYA 4XH4A 3L0QA 3HSCA 3M6GA 3EKSA 1XUPO 2P9IA 3EO3A 4FSVA 5AQOA 3WXKA 4CBWA 4CZMA 4Y0WA 5BPMA 2ASOA 3IFRA 1Z6RA 2GWJA 3P4IA 3MN9A 3CQXA 4A62A 1Z05A 2ZWHA 3BF3A 3DXMA 3O1WA 3VF6A 2HF4A 4BGBA 5AQSA 4CBUA 5ADXA 4PL7A 4XEIA 3H1QA 4I6MA 5AQWA 3FZMA 1HKCA 2D0PA 3EN9A 5EX5A 4CZFA 1BDGA 3H6EA 2P9PA 4BRNA 5TKYA 1NM1A 2H3GX 3MN5A 5AQTA 4BR4A 1D4XA 2YJFA 3QFPA 4H0PA 5AQHA 3VEYA 4IWVA 5F0XA 4CZJA 1WOQA 2FSNA 2FLOA 1H1VA 3VERA 3LM2A 2V52B 5AZIA 2F9WA 1U6ZA 3BP8A 2ZGZA 1OKJA 3LL3A 4BQZA 5BREA 3I8BA 4KBOA 3KZBA 4K25A 4EFHA 4EHUA 4IJAA 5AQMA 5AQXA 4IXCA 4JAXA 5AQKA 3HM8A 5AZJA 2EWSA 2NZTA 1NGFA 1HKGA 3DWLA 2QM1A 4BRGA 1QHAA 3I33A 3U4LA 4B1ZA 3U9ZA 3ZEUB 1MWMA 4CZLA 3EZWA 2Q2RA 2YI1A 4M7XA 3L6QA 1U2VB 1JCFA 3R8EA 3J8AA 3A8YA 1E4FT 5JLFA 4CZGA 4FWRA 4FPAA 2UYTA 2I7NA 3QICA 2FSKA 2GTDA 3LDLA 3D2EA 2HOEA 1TUUA 3ULEB 4BG8A 1Y64A 5FPMA 4DCHA 3L4IA 2IIRA 4JD2B 2FF3B 3GE1A 1BUPA 3CJ7A 3ENHA 5B8HA 4BRQA 4BQLA 3VEWA 3UKUA 5LJVA 2FSJA 3SJHA 1YXQA 1BOTO 2P9IB 4O8KA 3O5BA 1IG8A 5EOYA 2P9UA 3LM9A 3SMPA 4F9OA 3BEXA 2A3ZA 3A5LC 4MLHA 1GLJO 2DPNA 1ZC6A 2E2PA 3MN6A 5E26A 3D2FB 3ZETA 3QBXA 4C23A 4JHDB 4BG9A 2ZGYA 3DXMB 2AP1A 3JS6A 1QZ5A 5AQFA 3KHYA 1NGGA 1RFQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I6MB 1XC3A 5I9EB 4CJRA 3N4PA 2B5JA 1K73O 3K2PA 3RSEB 3P39A 5HRRA 5EXWA 2A5XA 3EY1A 4DV1K 4ICLA 4YDUC 1NOYA 1E3MA 1WAFA 2P5GA 3OTOK 4IBNA 3MK6A 3DLLL 4FWOA 3TTFA 4AHCA 3SI6A 5JVGL 5LMNK 3TR8A 4DV2K 4NCGA 4DR2K 3TAEA 4FJXA 5AZJB 2QWNA 1KC8O 3KVGA 2YNIA 3OYNA 2QKBA 3KK2A 1GLEG 4DV7K 4AQYK 4JRQA 2HHVA 4H0XB 3KKRA 2O8DB 3K0SA 1YITN 1V4SA 2BDPA 2VQFK 1S6PA 4DSLA 4CJVA 2P5OA 3VQ6A 2J4RA 3J81O 1S72N 3QDKA 5AQRA 1TAQA 2ASPA 3FZHA 2QA4N 4BR5A 1BQMA 4DUYK 1IV0A 1YHQN 4CGGA 4IO9L 3FZKA 2A42A 2P9UB 4KHUA 1TK0A 2HVIA 1UA0A 2QXFA 5E41A 1NK7A 1VSIA 4YY3K 2D5RA 4HVJA 1EX4A 1IKVA 4WFNL 1DTQA 5AQVA 4K0KK 4YFUA 3ZSOA 5AQNA 2GELA 3R1XA 1W7AA 4AM7A 1HRHA 2QWMA 3T69A 3NF8A 3VQBA 1Q82O 1HYZA 3L4QA 3O4WA 4C1NK 1GLCG 4JLHA 2A1RA 1VHXA 3HM9A 1IBLK 1VQLN 4CFDA 2E2QA 3NF9A 2BUPA 3JXUA 1GLAG 1J54A 1R59O 4PHTX 4AM6A 4AILC 4JI8K 2P9NA 4CIFA 4Q0BA 3MXJA 4B08A 4JKCA 3FE1A 2WTUA 2G8FA 4MFBA 4YOTA 4FWQA 4ILGB 4G1QA 2DFHA 4CHYA 3HJFA 1ESVA 2P9PB 3VPZA 3H08A 3LP2A 1NBWA 3C6TA 3CC4N 2HVHA 4OPKA 5DMRA 5CYQA 2G8KA 3LPUA 3KLHA 4KB1A 1BGXT 4PKHA 3U9DA 4CHPA 3S3NA 1C0GA 1WLJA 3DLKA 3WNGA 3SPYA 3M8SA 3K5MA 1W97L 2RPIA 2YHAA 2DFEA 3JSMA 4OJRA 3QEWA 2NRVA 4Z4IA 1T6CA 4E1JA 1RTHA 4LF7K 3M5RA 3VA3A 5KRSA 2VGMA 1MA9B 2XHBA 5D3GA 5EU7A 3OVNA 1IBKK 2Q36A 3SAGA 3QO9A 1BQNA 2FBVA 3O9TA 1WB9A 4X62K 4JI4K 3OYKA 3VGMA 1BA1A 3KD1E 5M1OA 4BRPA 1LWCA 1LW0A 1KD1O 1C0MA 1RTIA 3IRXA 4DS5A 3TSPA 1FKOA 4FPBA 4JKDA 3THVA 1WSEA 1OH8A 3D2FA 4GKJK 1VSKA 3VQPA 4Z4EA 4JHDA 1FK9A 3VEVA 4JYAK 1N32K 4N5SA 4O55A 2IS3A 3LANA 3AVMA 1X1PA 1X9MA 2A40A 3H1VX 3I56N 3AGKA 1RDCA 1HUXA 3E9LA 3ITHA 4GV3A 4CF2A 4LH4A 2P9NB 2X6NA 5KPZA 3NCIA 3SUOA 2D0OA 1ATSA 2HBJA 4L3QA 5KPRA 2P9SA 1Z25A 3P38A 4H5VA 3R6MA 4J2EA 3S9HA 3RR8A 1EWQA 3H3NO 1BG3A 4I9QA 3AVAA 2OTJN 3U8XA 1SKRA 3V9WA 3UB5A 3EYZA 5HP1A 3KTQA 4CJFA 2HSTA 3VQCA 3CHWA 5AQIA 1HQUA 1KSPA 3DLRA 2D0BA 1TL3A 1HJOA 4JS5A 2VG7A 4F2RA 1LWFA 4IZ9A 1WAJA 3CPWM 3PSIA 3QEXA 3VENA 3HVRA 2G8UA 3IDHA 3AGRA 4BRCA 4GV9A 2VG6A 1JLBA 2Y1JA 3KIOA 4OLBA 2IDOA 4RCHA 3I55N 5CY4A 4Z0UA 1SL0A 5AQLA 5CE3A 4DWIA 3H3OB 2HF3A 3PIOL 3IKMA 1NWKA 1BIUA 1LCUA 1NKBA 1L3UA 5GIPA 4FJ7A 3NBPA 1QSYA 4FW2A 4FJHA 4W5TA 3O08A 3JYTA 5HRSA 4EP4A 1ZBHA 5AQUA 3FZLA 4B1UB 4ISEA 4KI4A 1C0FA 5I3UA 3QBWA 1S5JA 1RT1A 3AAPA 3AVJA 4CHOA 2QWLA 3VQ5A 4CE9A 2YX6A 2HB5A 5T7BA 5BN8A 2P9SB 5HROA 4RW6A 4BGAA 4GNIA 5BRFA 1RBVA 5J2MA 3TTCA 4FLVA 3HSCA 3EKSA 1TK8A 3VQ4A 4CZMA 1QQCA 4Y0WA 3IFRA 2BE2A 1Z6RA 2GWJA 1EXQA 4LFAK 3MN9A 4DTPA 2O8CB 3L8BA 2ZE2A 3BF3A 4QOZB 1VAZA 4O44A 2HF4A 5DK5A 3KJVA 4M3XA 1ZBFA 3FZMA 1HKCA 2D0PA 4CZFA 3WNFA 4KB0A 4KTQA 2RN2A 5AQTA 2H3GX 1K8AO 1SKSA 1D4XA 4MDAA 1Q9YA 5AQHA 3SYZA 4CK1A 3HVTA 4IWVA 3VQAA 4CZJA 2NRRA 4B9UA 5TKWA 5GADP 3VERA 3OYGA 4B9MA 2F9WA 3LL3A 3U3YA 4EFHA 3KZBA 4IJAA 4LF6K 2F8SA 4N47A 3VTIA 3WXMB 4BDZA 4JAXA 3HT3A 2O8FA 2VWJA 3HM8A 1N5YA 2EWSA 1U47A 1VQ6N 2NZTA 2OZMA 1HKGA 2E6LA 2GX9A 2QM1A 5MLCQ 3HOTA 2G8IA 3I33A 3U4LA 3KWGA 3S3MA 1X9SA 1JJ2M 4B1ZA 2Q2RA 3ULDA 3KLEA 2HHHK 1NU0A 3MXMA 3L6QA 3MAQA 3HO1A 4DMNA 1U04A 4NYFA 1Q81O 1WSHA 3I0RA 4FPAA 3V1OA 2GTDA 2G8WA 4FLUA 2X6SA 3GE1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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