4QAGA

Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the rnase h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
LWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
publication title Structure of a Dihydroxycoumarin Active-Site Inhibitor in Complex with the RNase H Domain of HIV-1 Reverse Transcriptase and Structure-Activity Analysis of Inhibitor Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4qagA00
1TL1A 5HROA 1Q8IA 1ASWA 1C1BA 2RF2A 3NGYA 3AVGA 4PA1A 3KJVA 4O44A 3LDSA 4C8LA 4ELVA 4DFKA 3QEPA 1RDDA 3FFIA 2VG7A 3AO2A 1YVUA 3P1GA 3SV3A 2O4IA 1A5VA 3ISNC 3KK3A 3SI6A 1IO2A 3QLHA 1T03A 1I3AA 3CFOA 4FJNA 1C0UA 2FBYA 5EU7A 3ALYA 3SJJA 1BQMA 1TV6A 3C6TA 1BL3A 3V4IA 1O1WA 1RT7A 1TKDA 4ID1A 2HHQA 4CECA 1NJXA 1SKWA 1X1PA 1VSHA 1W9HA 3QO9A 4DQPA 3SQ1A 3CYMA 3HP9A 1NK6A 4DSLA 1LAVA 5KGWA 4RW6A 3AVIA 4EZ6A 5J1EA 4Z4GA 2QKBA 3KD1E 2DTUA 3ZT1A 1TAUA 1L3VA 1ASUA 4GVMA 3T19A 4CEQA 2WOMA 3KK1A 1ZBHA 2BGGA 4DTXA 1RBRA 3V1RA 5KTQA 3VQ4A 3VQPA 3SUPA 4KHYA 3U3GA 4ELTA 1S6PA 1J9AA 3A2FA 3L2QA 4FK2A 4FK4A 2RPIA 4MQ3A 4E1MA 4Z4FA 3ZSZA 3DLRA 4B8AB 3QNNA 4KTZA 1DTTA 4IG0A 2Y1JA 4KB0A 1VSIA 2OPSA 3HPGA 4M41A 3TWHA 3WNGA 3F9KA 3V81A 3DOKA 4FJ5A 4F3TA 3RMBA 4KHUA 2YV0X 4Z4IA 3IRXA 4RW8A 4PY5A 5KRTA 1NKCA 4LSNA 1YTUA 4HCCA 3QEVA 4FJGA 3OYAA 1QS4A 5J2MA 2I5JA 1U49A 4QOZB 2WONA 4C8MA 4CERA 1ZBIA 5K14A 1RILA 4K8ZA 3ZSOA 4M3WA 3DLHA 2RKIA 4FJXA 5CY4A 3LZJA 3AVNA 4MFBA 4W5RA 3KTQA 3AA3A 3IS9A 3VQAA 3CM5A 3PX0A 3AA2A 4G1QA 4LD0A 3RR8A 2VWJA 4ZTJA 2HHVA 2R7YA 3VQ9A 5J2QA 4E7IA 3JYTA 4KREA 2KTQA 1XHXA 3EY1A 3SQ0A 5C25A 4EP4A 3EYZA 2AJQA 4CIGA 3PUFA 1NK7A 1JXEA 3MXJA 3LWLA 1YT3A 1EETA 2D0AA 2BE2A 3ZSYA 3KLHA 3O4NA 3AA5X 1JLGA 1S1VA 4KHNA 3KIOA 4FM2A 5HP1A 1Z25A 2JLEA 3NDKA 4OKEA 4FXDA 2B6AA 4DU1A 1WSEA 4LH4A 1NK4A 1TK8A 4OKJA 1JLFA 3M8SA 1KFDA 3K5LA 1S5JA 4KRFA 4Q0BA 3LALA 3NAEA 1EP4A 1D9DA 1C0TA 1DTQA 1NJYA 3NGZA 1TK5A 1KLMA 3AVHA 4FLZA 4CHZA 5J2NA 2PYLA 3L2UA 3K58A 1VSDA 1VRTA 3K5OA 4Z4EA 2F8SA 3NH1A 4JS5A 4GW6A 4CHQA 1HQEA 1QSSA 2EHGA 1VSKA 3AVJA 4OVLA 3IG1A 4RW9A 4DTJA 1NJWA 4PUOA 4KHSA 4L8RB 3C6UA 1J53A 4FJ8A 1D9FA 1GOBA 3K57A 1QQCA 1S1XA 4BE1A 4CF1A 1NJZA 3OS2A 4CK1A 3L8BA 3QEIA 4NCBA 3KLGA 4CEZA 2DY4A 1A5XA 4RG8A 4O0JA 4AHUA 2X6SA 2QKKA 1LW0A 1LAWA 4CHOA 2KFZA 3V9ZA 1BI4B 2PY5A 2HMIA 4J2EA 3LPTA 4H8KA 4CEFA 3DMJA 3ZCMA 1HNVA 4DS5A 1BGXT 1DLOA 3RTVA 3MXIA 4FJKA 4B9SA 3ASMA 1FK9A 1LWCA 4BACA 1HYSA 1RNHA 2Z1IA 3DLGA 3VQ5A 4OKKA 4C8KA 4EZ9A 4IKFA 1KFSA 1ASVA 4FLXA 2VG5A 1RBUA 4E1NA 4M45A 1IG9A 2HHXA 1SUQA 2HHTA 2W42A 3AV9A 4N76A 3S3MA 3S3NA 4FJHA 2HNYA 1BI4A 1WSFA 3DOLA 3HK2A 3HM9A 2B4JA 4OLAA 5HBMA 4Z0UA 2QXFA 4FZYA 1U04A 4KI6A 4KAZA 3U6FA 1JKHA 2A1SA 2HNDA 3M8QA 3QEXA 5HRRA 1ZBLA 4J2DA 4NCAA 3HO1A 2HHUA 2G8VA 3M8PA 5J2PA 4DSJA 1W0HA 3I0RA 4O5BA 4DLGA 2XY5A 3SPZA 1L3TA 1F21A 4ID5A 3T1AA 1ZYQA 4AHCA 1SL1A 4N47A 4DMNA 3SZ2A 4Y1CA 3LP2A 3T3FA 2HHWA 4DWIA 4I2QA 3OYEA 1WSIA 1QE1A 2X78A 3C95A 1B9FA 2Z1JA 1GOAA 3AVFA 3L3UA 4CGGA 4Z4HA 3F73A 1T8EA 1S1TA 3G10A 4FCYA 4CEEA 2QK9A 5HRPA 4O55A 4DF8A 4DG1A 4KTQA 4TSXA 3AVCA 2KFNA 3C94A 3CFPA 2D0BA 3KKRA 3O3HA 4B08A 2ZD1A 4O4GA 5I42A 4N41A 1C1CA 4DQIA 2HW3A 1RT3A 3MECA 3ULDA 3TAEA 1L3SA 4B9NA 3AVMA 5D3GA 1BIZA 1WSGA 4FM1A 1WNSA 4E7KA 4CJFA 3ZSWA 4DSEA 1UOCA 3SPYA 4E7LA 3SV4A 4M3YA 3V1QA 4M42A 1TKXA 3G0ZA 3JSMA 4CFCA 3ZT3A 3O3FA 4FLYA 4CJ5A 3OYJA 1HYVA 1RT6A 1RDAA 4JLHA 1JLBA 3LWMA 3HPHA 1KSPA 4UQGA 4H4OA 4CJ4A 3OJSA 2G8FA 4K8XA 3NCIA 3MXMA 3VQ7A 1HMVA 3MEDA 4BWJA 4KI4A 4CJVA 2X6NA 3NGIA 3VQBA 1KVCA 4FW1A 3OS0A 3HL8A 3V1OA 3ZSXA 3EZ5A 1RT1A 4BE0A 3LP0A 4IFYA 2GUIA 4FLWA 4FJJA 1B9DA 2HNZA 1XWLA 4CIFA 3SYZA 3MEGA 3PV8A 2E6MA 4W5OA 3NHGA 1RTJA 4DU3A 3P5JA 1UA1A 1SL2A 3O4QA 1KVAA 2OYQA 4AHTA 4CJLA 5C24A 1C0MA 1RBSA 1TAQA 1IKXA 1HRHA 2HB5A 5CYMA 4CFDA 1IKYA 3AVKA 3HVRA 3S3OA 1HJRA 3QEWA 4M3ZA 3ITHA 3QIPA 1U48A 4OLBA 3U3YA 4FW2A 1A5WA 2X74A 3OYMA 4ZTFA 1UWBA 3QERA 4FJ9A 1HQUA 2VG6A 2EX3A 1LW2A 2G8UA 1CXUA 2YHAA 4FZXC 2BANA 2KZZA 2IC3A 4CJ3A 1WSJA 5T7BA 1ZBUA 4R5PA 3D0PA 3TAMA 3TAPA 3PY8A 3RWUA 4FZZA 3NF6A 3THVA 5HRNA 4J2BA 4AHVA 4FYDA 1BCMA 1RT2A 5DMRA 3OYIA 4QAGA 1LWEA 3V6DA 1S9GA 2KW4A 2P5GA 4CGHA 1RTDA 5SZTA 1JL2A 1Y97A 5I3UA 4ELUA 3NE6A 3LP1A 2LSNA 2G8KA 3SQ4A 5JS1A 4FLVA 1Q9YA 2A1RA 3TR8A 2HVIA 1HYZA 4E7HA 1L5UA 2F8TA 4DQQA 1R0AA 2HVHA 4CJSA 3ZSRA 3TAFA 2ZE2A 4W5QA 1ZBFA 1REVA 3D45A 3KKSA 4KPYA 2PYJA 4CF8A 3VQ6A 1HNIA 3LZIA 4W5TA 4CGIA 4DSKA 1RBVA 1VSFA 1JXBA 3VQ8A 3K5MA 4ZHRA 1FXXA 3PX6A 3SNNA 2G8HA 1BCOA 4CGDA 2Z1HA 3BGRA 4E0DA 3TAQA 1VSLA 4CEDA 4AILC 1KTQA 2XY8A 3OJUA 1WLJA 4DQSA 2IAJA 3CFRA 2DFEA 3HVTA 4CK3A 1X9SA 4E3SA 2D0CA 2OA8A 2OZSA 4HUGA 4CGJA 3K5NA 3RMDA 1C6VA 3QIOA 2Y1IA 3NFAA 3OYKA 2OPRA 1WN7A 2VWKA 2B5JA 4Q5VA 4CE9A 1WSHA 3VA3A 4DQRA 1G15A 1X9MA 2OZMA 4FM0A 4W5NA 5E41A 1BIUA 1D8YA 4CESA 4AHRA 4B9MA 3LPUA 2G8WA 3OYLA 3ZSQA 3AO1A 3O3GA 1IKVA 5SWMA 4J2AA 4I7FA 4FJIA 3ZT4A 3DM2A 4E89A 1ITGA 4JRPA 3TABA 3TANA 1WAJA 2F96A 2FC0A 4HTUA 1TGOA 2FBXA 4KV8A 3KK2A 3DRPA 4IBNA 4PWDA 1B92A 1VRUA 4CJTA 2KQ2A 4CK2A 5DK5A 1VSMA 4CIEA 4F8RA 2ZQBA 4EP5A 4DTUA 3HSTB 2ATQA 4YFUA 1NKBA 1NK9A 3P83D 4B9VA 4BDZA 1MU2A 3QESA 4OJRA 3OYGA 5CZ1A 4FK0A 1LWFA 2Z1GA 4H4MA 3HXMA 4CF2A 3PO5A 3NF9A 3ZT2A 1Q9XA 2P51A 4E7JA 1TK0A 4CCHA 3RRHA 3LP3A 3VQDA 2GBZA 4CGFA 1VSJA 3AA4A 3QNOA 2GV9A 4OPJA 5KI6A 1SKSA 1JLEA 4FVMA 3OVNA 4DSFA 1S6QA 1CZ9A 1JLAA 1XI1A 1TKTA 3VQCA 1XHZA 3KD5E 2FBTA 2YHBA 4O0IA 4DTNA 2XY7A 3RMAA 2YKMA 3WNHA 1SL0A 4F3OA 4LY7A 4OGCA 1JLQA 3CM6A 4CEAA 4CJUA 1U4BA 1QSLA 1S1WA 5KGXA 4CEOA 3HPOA 3LAKA 2P5OA 4DLEA 4CFBA 1KCFA 3I8DA 1RTHA 1CXQA 4B9UA 4FJMA 4DTOA 1XC9A 2XO7A 4NCGA 1RT4A 4GMJB 3K59A 3AO4A 4DFJA 1NKEA 4B9LA 3SUNA 1RTIA 1Z26A 4HUEA 3OS1A 3HJFA 1RT5A 3LAMA 3PO4A 1KVBA 4LSLA 1TKZA 4KO0A 4CHPA 1VSEA 4DTMA 3MEEA 1EKEA 3H08A 3S9HA 1FKOA 4CF9A 1SV5A 4BWMA 4N56A 3VQEA 3RMCA 3KLIA 1UA0A 5FRNA 1S9EA 5KRSA 3LANA 3L2VA 3VA0A 1X9WA 3AO3A 1T7PA 3DI6A 3VN5A 4YNQA 1KLNA 5JS2A 2XHBA 1LV5A 5FDLA 4KKOA 2OPPA 3TAGA 4M3RA 2ITGA 3B6OA 3L3VA 3RRGA 3AVAA 1GOCA 3MAQA 4B9TA 3ZSVA 4HCBA 1RDBA 5FRMA 3DLBA 1QTMA 1N5YA 4WE1A 3OYDA 1RDCA 3BDPA 5HRSA 4XIUA 2D5RA 1N6QA 3TI0A 4BDPA 3SUQA 3RR7A 3NF7A 3WNEA 1IH7A 3UIQA 4CJRA 4B3OA 3M8RA 4I9LA 4NYNA 4CF0A 3IAYA 3ZT0A 2NUBA 1TVRA 3I0SA 3DLKA 4CHNA 1YTAA 3DRRA 3OY9A 4DF4A 4DTPA 2XRIA 1TL3A 3V9UA 2RN2A 4AH9A 4N5SA 4IFVA 4DS4A 4DFMA 4DFPA 4IG3A 4JS4A 1S1UA 2IOCA 2IDOA 2YNFA 3SQ2A 4RW4A 1RCHA 2IGIA 3L2RA 4HHTA 4E19A 3SUOA 1CLQA 1QHTA 2YNGA 2OPQA 3HT3A 2HHSA 5C42A 5CZ2A 2PZSA 4FLTA 1U45A 4BE2A 3QINA 4C8NA 3L2WA 1NK8A 2BDPA 1J54A 4FJ7A 3E01A 3OYHA 1NOZA 3DYAA 1RBTA 3AO5A 1FKPA 3SCXA 3QETA 1D5AA 1WAFA 2ETJA 2YNHA 4Z4CA 4NYFA 4HUFA 3OYNA 3V9WA 2P1JA 3PX4A 3KLEA 2O4GA 3CQ8A 2DFFA 1NK5A 4CJPA 4F4KA 1IKWA 4I2PA 5HLFA 2Q3SA 2E4LA 4DU4A 4BDYA 1BHLA 4F2SA 3V9XA 4KFBA 3TARA 3HP6A 4KTWA 1HPZA 4FLUA 1NOYA 4IDKA 4Y1DA 4OPKA 4QCLA 3AVLA 4M3UA 3NF8A 3NH0A 1C1AA 4ICLA 3OYFA 1K6YA 3WNFA 3KLFA 5FROA 1NK0A 4CHYA 1KRPA 1VK0A 1JL1A 4M3XA 1CZBA 1JLCA 4HVJA 1QSYA 1U47A 2FBVA 1EX4A 4CJQA 4AHSA 2JGUA 1BQNA 4CJEA 1I39A 1J5OA 4I9QA 1BISA 4JRQA 2YNIA 4KB1A 3DRSA 2XY6A 3VQQA 4M3TA 3DLEA 2YKNA 4KHWA 1SKRA 2KZMA 1UAXA 4RW7A 4CFAA 4FJLA 4LH5A 4KHQA 3NH2A 4DTSA 2E6LA 4DTRA 3B6PA 2DFHA 3AVBA 3CG7A 4OGEA 1T05A 3HYFA 2IS3A 4CJWA 4PQUA 4DSIA 1L3UA 3NBPA 3V9SA 4CEBA 3OYCA 4C8OA 4B8CA 4CJKA 3OYBA 1EXQA 2G8IA 4F2RA 3K2PA 5CYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5NC 3NGYA 4C8LA 2O8DB 3ISNC 1I3AA 1C0UA 2FBYA 3SJJA 3CJ1A 1BL3A 3V4IA 1FW6A 1IBMK 3G25A 3THYA 1SKWA 1S72N 1W9HA 4DQPA 3SQ1A 3CYMA 4A5BA 5AQNA 2DTUA 2O8DA 1TAUA 3OBWA 3MX2A 3EN9A 4CEQA 2WOMA 3KK1A 2A6AA 3H6EA 3SUPA 4A2BA 3A2FA 4MQ3A 4E1MA 4JV5K 1HKGA 3DLRA 1RDUA 4IG0A 2Y1JA 4KB0A 4M41A 3TWHA 4EIAA 1GLCG 3RMBA 4U67L 4RW8A 5BPMA 5J2MA 4QOZB 2WONA 3THXB 5AZIB 4M3WA 4CBUA 3DLHA 4WQ5A 3C7NB 2VQFK 3AVNA 3KTQA 4B1ZA 5GIPA 2Q31A 3ID6A 3J8AA 4A61A 2V7YA 4ZTJA 5J2QA 4E7IA 3JYTA 3SQ0A 3EYZA 4CIGA 3AGRA 1KAXA 1EETA 3GG4A 2BE2A 5AZIA 3THXA 2O8CB 4JAXA 3C7NA 1VQON 3KIOA 4FM2A 4H0VB 3VGKA 1NK4A 1QQNA 3CHWA 1KFDA 3D6RA 1EP4A 1DTQA 4CHZA 4Z4EA 4JI3K 2O8CA 4B1WB 1LCUA 1VSKA 3AVJA 4DTJA 1J53A 1QQCA 1DEJA 2P9IB 3OS2A 3L8BA 1KQSM 2YCHA 1NGJA 3CCMN 4CEZA 4O0JA 4JD2B 4H8KA 3DMJA 1HNVA 4FJKA 4B9SA 2E2OA 1XUPO 4BACA 2WTUA 4EZ9A 2P9IA 3BZKA 1KFSA 4HTLA 3GL1A 2VG5A 4BRGA 4M45A 3WXMB 2HHTA 1SUQA 4BR2A 4DKWA 3O9RA 4FWOA 3BUZB 1WSFA 3TTDA 3CJ7A 4JD2A 2B4JA 4OLAA 1U04A 4NCAA 2QWRA 5BRHA 1X9JA 2D4WA 1OH5A 4YORA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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