The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRSS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
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| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
33
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RHK A; 3M5R A; 3O9S A; 3L4Q A; 3P39 A; 3RVC A; 3P31 A; 3O9Q A; 3D6R A; 4OPH A; 3O9T A; 4OPA A; 3KWG A; 3P38 A; 3O9R A; 2GX9 A; 3F5T A; 3KWI A; 3EE9 A; 3O9U A; 3EE8 A; 3OA9 A; 2KKZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E20 A; 4LSN A; 3MEE A; 2RKI A; 4RTF D; 1SS6 A; 3SJJ A; 2ASM A; 3WUH A; 3QER A; 4QS7 A; 1NNE A; 1QZ6 A; 2BDP A; 2FSK A; 5JVH L; 3LAN A; 3MK6 A; 5C2D A; 1BI4 B; 3BZK A; 2WON A; 1HRH A; 1VSI A; 5GIP A; 1TL3 A; 4DS5 A; 3T1Y K; 2Z1H A; 1SL0 A; 4GW6 A; 2ZWH A; 2W40 A; 3TAP A; 4KB1 A; 1FKP A; 1RBV A; 5C15 A; 1RFQ A; 4B8C A; 4F8R A; 4Z4I A; 4QCL A; 1I39 A; 3LDN A; 4E3S A; 3HO1 A; 1RT1 A; 5ADX H; 3QDK A; 4OKK A; 4DSE A; 4RG8 A; 3I55 N; 2ETJ A; 1V4T A; 3TTC A; 3JYT A; 3ENO A; 1NJW A; 5E41 A; 2WBN A; 3CFR A; 2E2N A; 5AQU A; 2HB5 A; 4C8L A; 4DF8 A; 4JKA A; 1YI2 N; 1QVG M; 3C7N B; 1S9G A; 1OH6 A; 4EHT A; 2OZS A; 1WSE A; 4GY2 B; 3WXL A; 3E9O A; 4CJP A; 4NCG A; 4F9O A; 2NLX A; 4LF5 K; 4ISG A; 1HNI A; 2D5R A; 3AVL A; 3VEX A; 2R7Y A; 3QEX A; 1N33 K; 3G10 A; 1E4G T; 1R59 O; 3L3V A; 4M42 A; 4H0T B; 1U49 A; 4M3X A; 1BA1 A; 3MEG A; 4CZE A; 4A2A A; 4F3O A; 4BRC A; 2CGK A; 3AVG A; 4CZJ A; 3TSP A; 3T19 A; 1D4X A; 1VQN N; 3EO3 A; 4MO4 A; 3AY9 A; 1L3U A; 3D45 A; 4ZTF A; 2RN2 A; 3R1X A; 1GLC G; 1HMV A; 4CZH A; 3WNF A; 4KHN A; 4DR4 K; 2QWO A; 3AO5 A; 1ZBF A; 1HPZ A; 1Z6R A; 1W7A A; 3NH1 A; 2IVN A; 3DLH A; 2QWM A; 3NGZ A; 3SQ1 A; 3SUO A; 2VG7 A; 5B8H A; 4NLC A; 2ZGZ A; 5C25 A; 5JIC A; 2JLE A; 4DSF A; 4AQY K; 4C8M A; 5GIN A; 4MDB A; 2P9I A; 3O4Q A; 5FDL A; 5AR0 A; 3PO4 A; 1IJJ A; 2XO7 A; 3D2F A; 3CCR N; 3MXM A; 4KH5 A; 3VQE A; 3DLR A; 4N47 A; 1RTH A; 4WCE L; 2Q97 A; 1VQ7 N; 3TR8 A; 3V1O A; 3CPW M; 4XH4 A; 3PY8 A; 4CJQ A; 4FJI A; 2HMP A; 3D7E O; 3VQ7 A; 1QE1 A; 3NHG A; 3CFO A; 4XEI A; 1Q7Y O; 4ELU A; 3CCS N; 1I94 K; 1GOA A; 4B3O A; 4KHW A; 4JAX A; 2B6A A; 2V51 B; 4AM6 A; 3RMA A; 4B9N A; 4CFC A; 4YDU C; 3HK2 A; 4FOI A; 1WBD A; 2KFZ A; 1NGI A; 4FZY A; 3HST B; 4JHD A; 4UQG A; 4DCH A; 3O9Q A; 3PX4 A; 2P9N B; 3NF8 A; 2GV9 A; 2NNW A; 4DR2 K; 3QBW A; 1BU6 O; 2FSJ A; 1C6V A; 4YOX A; 3WXI A; 3AAP A; 5J2N A; 3E01 A; 3OBW A; 2Y1I A; 4LF9 K; 2NZT A; 4CE9 A; 4YY3 K; 1MDU B; 3U9D A; 4CJR A; 1E3M A; 2HST A; 2FBX A; 3ZYY X; 3U6F A; 4H5T A; 1VQL N; 5CR4 A; 4H0V B; 4CD3 A; 2YNI A; 2HHV A; 3AA4 A; 4GNI A; 3ZSV A; 3J7Z O; 1IBL K; 1RTJ A; 1U6Z A; 4KI4 A; 4AHV A; 4A61 A; 2F96 A; 3VPZ A; 4LSL A; 2VCP A; 3I0R A; 2F9W A; 2QWR A; 2CH6 A; 3EKS A; 3LP2 A; 5EOY A; 1NK8 A; 2GWK A; 3LP3 A; 2G8V A; 3ZT0 A; 3L6Q A; 4DMN A; 4B1X B; 4JI8 K; 4JK8 A; 1MA9 B; 2RHK A; 4B9V A; 4FO0 A; 2DTU A; 2BE2 A; 3CME N; 4FK0 A; 3MWP A; 2PYL A; 2F7T A; 3KWG A; 3TPQ A; 4EP5 A; 4O8U A; 5LJW A; 5J2M A; 3VET A; 3VF2 A; 4JI5 K; 4FZZ A; 1HNX K; 3A5N C; 4AHS A; 3KD1 E; 4FK4 A; 2O8B A; 1YTA A; 2FBT A; 3THV A; 3BP8 A; 3MEC A; 2QWP A; 3KLG A; 1QQM A; 5JVG L; 4FZX C; 2HW3 A; 1X9J A; 4FWM A; 4UY8 O; 3CCL N; 4CGG A; 4KV8 A; 2ZE2 A; 3OY9 A; 2VG5 A; 1B9D A; 5BRD A; 4N41 A; 4E1M A; 3VEW A; 3TWH A; 2YHB A; 1MU2 A; 3P4I A; 4CI6 A; 2KHO A; 1U4B A; 3OYB A; 3D2E A; 3BDP A; 3WXM B; 5SZT A; 2QXL A; 4YNQ A; 3S3O A; 3BZC A; 3AVF A; 2GUI A; 4WYB A; 2FC0 A; 5IT9 O; 1EWR A; 1JCF A; 3AGR A; 3IRX A; 4C8K A; 4C1N K; 3CC2 N; 1XMO K; 4H5W A; 1ZC6 A; 1N34 K; 5GAD P; 5F0X A; 3NF6 A; 4Y1C A; 3HI0 A; 4XH5 A; 3OYJ A; 3CHW A; 3HPO A; 5AQY A; 3QET A; 2E2P A; 2FLO A; 4DG1 A; 3O8M A; 3OHR A; 3UE5 A; 4I6M B; 4CER A; 2P9I B; 2XY5 A; 4E7L A; 1VQK N; 3D2F B; 5KQD A; 2HOE A; 1EX4 A; 3P31 A; 5EVZ A; 4CZG A; 2ZJR L; 2BGG A; 4OPA A; 5AQG A; 4CJK A; 3THY A; 3H46 O; 4BC3 A; 3QIC A; 2YNF A; 3U3Y A; 3O3G A; 3ZSZ A; 3FZH A; 5ELZ A; 3LP1 A; 3M6G A; 4NCB A; 4H5R A; 3ZSR A; 2XHB A; 3LL3 A; 3VQQ A; 3KLH A; 3JAM O; 2OAN A; 1J5O A; 4JRQ A; 5FPM A; 1BWF O; 3VA0 A; 3KK7 A; 3EKU A; 5AQH A; 1SKW A; 2HF3 A; 3J7Y P; 1KLM A; 1JJ2 M; 2EWS A; 3VQ8 A; 1RBT A; 4JHD B; 1UA1 A; 4YDU A; 2IOC A; 5A2Q O; 4BRK A; 4FJH A; 3SBT A; 3NE6 A; 5AQT A; 1Z25 A; 3VF6 A; 3A5M C; 1HNV A; 4DR3 K; 3FZK A; 4HCB A; 1S1X A; 3MX2 A; 4KHQ A; 5EY4 A; 4KRE A; 3IKM A; 3NH2 A; 1WSG A; 3OYE A; 1J53 A; 5AQS A; 3DRS A; 4IFV A; 4DV6 K; 3VQ9 A; 3GE1 A; 1T8E A; 3CC7 N; 4ELT A; 2YHX A; 5AZJ A; 1TK5 A; 5DM7 L; 2BTF A; 2P9S A; 2RF2 A; 1MWM A; 5BRE A; 4YOU A; 4HTU A; 3KK3 A; 3BF1 A; 3RWU A; 3AVC A; 1WSJ A; 3ENB A; 4BR2 A; 3LDS A; 2P9L A; 1HYV A; 2DFE A; 4CGJ A; 1ESV A; 3VMF B; 3L2R A; 1HYS A; 1S72 N; 3SQ4 A; 4KRF A; 3OYH A; 2QWQ A; 1ZBI A; 1S22 A; 4K42 A; 1VQ8 N; 4FPA A; 5AJ3 K; 2FF3 B; 4MFB A; 3C95 A; 3KJV A; 3THW A; 2OZM A; 2KFN A; 1YIT N; 5AQI A; 3U3G A; 1HJO A; 1D8Y A; 1XC3 A; 3Q7B A; 1BHL A; 1SAZ A; 1ZBU A; 2Q3S A; 2P5G A; 3NCI A; 5C2F A; 4OPK A; 1E4F T; 1YJN N; 1N5Y A; 2IIR A; 4CCH A; 3CI5 A; 3HTV A; 4WFN L; 4DQI A; 1IV0 A; 3HRG A; 4FW1 A; 3BF3 A; 3EE8 A; 4BE0 A; 5HLF A; 1NJZ A; 2O8F A; 3FLC O; 5J2P A; 3KTQ A; 3WEE A; 4RW6 A; 3SUQ A; 3CXC M; 2YJF A; 5BPM A; 4A2B A; 4WQ5 C; 2O8B B; 1YIJ N; 4ID1 A; 4EFH A; 1LAW A; 2A6A A; 3VQC A; 2HBK A; 3NBP A; 2IC3 A; 4DB3 A; 3ZET A; 3TSQ A; 3EY1 A; 4JKF A; 1ZBH A; 1Z26 A; 2QKB A; 2OTL N; 4BC5 A; 1RGI A; 4BRQ A; 1VK0 A; 2G8K A; 3DI6 A; 2E1Z A; 4BAC A; 2D0B A; 2ZD1 A; 5FRO A; 3D2E B; 2IVP A; 3P39 A; 1T03 A; 5FRM A; 3CJA A; 4KAZ A; 5MLC Q; 1IG9 A; 1GLD G; 4CJT A; 4WQ4 C; 3OJS A; 4EAH D; 2E6L A; 2E5L K; 3VGM A; 3KKS A; 3ZSX A; 2X74 A; 3VQB A; 2GEM A; 1TYQ A; 2F9T A; 2G8W A; 4B9M A; 1HKG A; 1U45 A; 3QIN A; 4LF8 K; 1NOZ A; 4BRO A; 3CJC A; 4YOY A; 2IGI A; 3ZLJ A; 4FWP A; 3THY B; 1VSD A; 4CEO A; 4GMJ B; 1J54 A; 3SQ0 A; 4LFC K; 5J1E A; 3MN6 A; 4DSK A; 2I7N A; 2A3Z A; 3O1B A; 3FFK B; 2PYJ A; 4FLX A; 5EU7 A; 5AQM A; 5M1O A; 3B8A X; 2CGJ A; 5EX5 A; 3AVN A; 1CXU A; 4DV3 K; 4J8F A; 4CGH A; 1KAX A; 1ATR A; 4DQQ A; 5CHI A; 1W9H A; 4BR5 A; 3ULE A; 1XWL A; 1XC9 A; 1IH7 A; 4FWR A; 1EXQ A; 5HRO A; 1YAG A; 3CJ9 A; 5M1Q A; 1KXP A; 2YCH A; 5C24 A; 1NGH A; 1EO1 A; 4RW7 A; 1KAY A; 5KRT A; 3G6E N; 3OYC A; 3CQY A; 3VN5 A; 3OVN A; 3J81 O; 5AZJ B; 1U2V A; 1S3X A; 4DS4 A; 2Y1J A; 4PUO A; 2P9S B; 3HBT A; 5BR9 A; 5D3G A; 1SL1 A; 1RTI A; 4M3W A; 3SBG A; 3B6O A; 2E1Y A; 1ASW A; 2P9L B; 1K8K A; 3KLI A; 1DTT A; 4DFP A; 3O9S A; 4AF1 A; 1L3S A; 3ZX3 A; 5C42 A; 3VEV A; 2JWK A; 2IVO A; 2D0P A; 1KC8 O; 2YHA A; 2HHW A; 4Z4G A; 3K57 A; 1JLB A; 4OX9 K; 4PWD A; 3VEO A; 1SZ2 A; 1KVB A; 1IG8 A; 4LF7 K; 3SYZ A; 2NUB A; 1W0H A; 3CCM N; 3NF7 A; 3V9S A; 3M1F A; 3ALY A; 2ASP A; 5J2Q A; 1JLA A; 2E88 A; 3R3L A; 4IXC A; 5GAE P; 3DOL A; 3SAF A; 3GL1 A; 4K8Z A; 2W41 A; 1KCF A; 1A5V A; 3WEE B; 4DQP A; 3MXI A; 2XRI A; 4K25 A; 4MQ3 A; 1BGX T; 4IOC L; 2BUP A; 4WFA L; 1WAF A; 1Q86 O; 2D0C A; 2FBY A; 4FWQ A; 4ELV A; 3A5L C; 4WQ5 A; 4E7H A; 1KVA A; 3RMC A; 4V19 S; 3LDO A; 4RW9 A; 3H1Q A; 3QNO A; 1XNQ K; 2B4J A; 1K9M O; 4CEZ A; 5LY3 A; 4PKG A; 4FJM A; 3SJH A; 3L3U A; 1GLA G; 1C1A A; 3JXU A; 4CIE A; 2RE2 A; 3AO2 A; 3AA2 A; 2BAN A; 3VGL A; 4A57 A; 1KQS M; 1NGE A; 5AQL A; 3CQX A; 4PKH A; 4BC2 A; 3IDH A; 1X3N A; 2OPS A; 1BG3 A; 3K5O A; 2VWJ A; 3CF5 L; 1GLL O; 4FM2 A; 3I8B A; 2O8D A; 3SK3 A; 4CK3 A; 3V1Q A; 4CW7 B; 4DV4 K; 2FXU A; 4E1J A; 3FE1 A; 4R5P A; 4O0I A; 3EN9 A; 1S1V A; 1NJI O; 4IFE A; 4JI1 K; 5K14 A; 5DM6 L; 3L2V A; 4WQ4 A; 1GOB A; 4NXN K; 4B9T A; 4NO7 A; 2XY7 A; 3NGY A; 1BOT O; 4OLA A; 3AAQ A; 1TGO A; 1TYQ B; 2CGL A; 1GLF O; 2Q31 A; 3VEN A; 2NRH A; 3EE9 A; 4IDK A; 3LM9 A; 4JK7 A; 1NWK A; 2QW9 A; 3MN9 A; 4B9Q A; 4CBX A; 1X9M A; 3ZT4 A; 3HZ6 A; 3UIQ A; 4GKK K; 4JKB A; 3KKR A; 3QML A; 3OS2 A; 2I7P A; 3E66 A; 3O4W A; 3QEI A; 1KSP A; 4K8X A; 4ISE A; 5HRR A; 3F73 A; 3K9J A; 3AO1 A; 2WTU A; 3SZ2 A; 3PX6 A; 2W42 A; 4AHT A; 1XI1 A; 4FXD A; 1X3M A; 5KPT A; 1TAQ A; 4EZ9 A; 4GV6 A; 1VSL A; 3RMB A; 1J6Z A; 4QOZ B; 2GUP A; 5HL7 L; 4WE1 A; 3SCX A; 4G9Z A; 3L4I A; 3K0S A; 5JLF A; 3VQ5 A; 3S9H A; 4W5R A; 1HPM A; 4B1Y B; 3WXJ A; 4FJ7 A; 3ZCM A; 4BRA A; 2DPN A; 3ULE B; 5F1X A; 1NBW A; 3MAQ A; 4DFM A; 4JKG A; 4DTO A; 5CE3 A; 3L2W A; 2VGN A; 3C6H A; 4H4O A; 4CGF A; 4F2S A; 4YOR A; 1P8Z A; 5I9E B; 1N32 K; 4J2D A; 4NCA A; 3EL2 A; 1XQS C; 1NK0 A; 1LCU A; 4BDY A; 4B9U A; 1U2V B; 2P9P A; 4JRP A; 4BWJ A; 4B8A B; 2G8H A; 3J8A A; 4DSI A; 1VSH A; 3ZSQ A; 3WNH A; 4MO5 A; 1K8K B; 3ID6 A; 4LH5 A; 1RDB A; 5AFU A; 4MLE A; 3N4P A; 4BRE A; 1NM1 A; 1SQK A; 3MWT A; 2A1R A; 3I0S A; 3P38 A; 4YOT A; 4HWI A; 5HBM A; 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4IOA L; 1WBB A; 5ADX A; 3HYF A; 1TAU A; 2QEX N; 3CM5 A; 4CIG A; 1X9S A; 3SPZ A; 3TAQ A; 2VQF K; 3W3D A; 4DWI A; 3E1Y A; 3F5T A; 1S6P A; 2GWJ A; 4IOX A; 2HVI A; 4CZF A; 1U47 A; 3CD6 N; 4KHY A; 2PAV A; 4ILG B; 4JD2 A; 1ASU A; 3CCV N; 2NRR A; 1JCE A; 3SMS A; 4JEP A; 3UKU A; 2VYP A; 2NRZ A; 2AJQ A; 5JS2 A; 4CJ4 A; 4Y0W A; 2GBZ A; 5BRH A; 1T6D A; 3W0L A; 4W5N A; 1SV5 A; 3FZL A; 3O9R A; 4JKH A; 4KTW A; 1O13 A; 4Q5V A; 1KD1 O; 4JKG B; 3CG7 A; 4OGC A; 4FJ9 A; 4H5V A; 1LW2 A; 4JI0 K; 4B1Z A; 1BCO A; 3U9Z A; 3HL8 A; 5HP1 A; 3DXM A; 4JKE A; 5IWA K; 4X64 K; 4DSL A; 1T6C A; 3NAE A; 4M3U A; 4A62 A; 4ICL A; 2OYQ A; 3VTI A; 3VA3 A; 4O55 A; 2HBL A; 4JS5 A; 4IEI A; 3AV9 A; 1NGA A; 1L3V A; 4BRN A; 3HP6 A; 1J5E K; 4FJX A; 3E9P A; 1DGK N; 4CJE A; 3HVR A; 1NGC A; 1LWF A; 3RRH A; 1K8A O; 1C0T A; 1EP4 A; 2QXF A; 3RVC A; 3H45 C; 4FLV A; 5LMU K; 2HHU A; 1VHX A; 2X6S A; 1O1W A; 5C12 A; 1NU0 A; 4BRL A; 4KH4 A; 4B1W B; 1T05 A; 4DV1 K; 1BO5 O; 1YJW N; 2E8A A; 4IG0 A; 4OVL A; 2H3G X; 4DR1 K; 4FJ8 A; 4DR7 K; 2D4W A; 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