4BR2A

Rat ntpdase2 in complex with ca umppnp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
420
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 420
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br2A02
3QBXA 5JLHA 3IUCA 3BF3A 4BR5A 2Q0UA 2E2QA 2H3GX 3R8EA 3CHWA 4J8FA 3VENA 1E4GT 3I33A 3UE5A 2NRHA 3A5NC 4BRKA 4YDUA 1JCGA 1HKGA 4FOEA 4WYBA 1H1VA 4EHUA 4BRNA 3O4WA 3QDKA 4F9OA 4L3QA 5LJVA 2Q97A 5AQXA 2HMPA 1U2VB 4EFHA 3WXKA 4B1YB 4YDUC 1Z6RA 1MA9B 4B1ZA 2QW9A 1YUWA 5FPNA 5TKYA 5BPNA 5KQDA 3GL1A 5AQQA 3VESA 4IZ9A 4CZLA 2Q2RA 5AQOA 3W3DA 4K41A 5JICA 3LDNA 3FZHA 4PKGA 2W41A 3CQYA 2P9IA 1GLJO 3VEOA 4WQ5A 1XUPO 5I9EB 4XH1A 2ZWHA 2V52B 3CIPA 4FL9A 3ZETA 3ZEUB 5AFUH 4BRAA 2P9NA 2GEMA 4BRLA 2ITMA 1ZC6A 3M3ZA 1MDUB 1QZ5A 3U9ZA 5B8HA 3B8AX 2FSKA 3VEYA 3QB0A 4MLHA 4FPBA 5EY4A 3GG4A 2BUPA 2FSJA 3OHRA 3EN9A 4BROA 1YAGA 5AZJB 3HM8A 3ATUA 4EAHD 3EKUA 1R59O 3BF1A 5AQGA 2E2NA 5AQRA 3WXIA 2E8AA 4CBWA 3M6GA 2QWOA 4A2AA 4BGBA 4PL7A 4PL8A 1U2VA 1HLUA 1NM1A 2Q1NA 3W0LA 3JXUA 1ATSA 4BR7A 2F9WA 3LL3A 4BC2A 4CZGA 2P9LA 4M7XA 1V4SA 3U9DA 2QWQA 4BRPA 4CI6A 1NGDA 2YHWA 3AARA 3MDQA 3SLCA 1QZ6A 3A0IX 3VETA 3QFUA 3ZX0A 4BR4A 2A41A 2QXLA 3FZLA 1KAYA 4A2BA 1T6CA 2AA4A 4FWKA 2GTDA 3J8AA 3SJHA 5BREA 3KVGA 2Q0RA 1BOTO 5BN9A 2GUPA 5ELZA 2ZGZA 3O1WA 3SMPA 3DAWA 1C0FA 3AY9A 3HZ6A 3P4IA 4BR9A 1NGFA 5EOYA 2HF3A 5F0XA 1WOQA 4CZHA 2D0PA 3LM2A 2BTFA 3FZFA 2VCPA 5AQHA 2A3ZA 4CBXA 2OANA 3CERA 1SAZA 2P9IB 5AQPA 5AQVA 4AM6A 4IO8A 3ZETB 3S41A 1GLCG 4BRCA 2P9NB 3MMVA 4GY2B 1HPMA 1GLDG 4H5TA 3O6WA 4B1WB 5BRHA 1SQKA 5F1XA 4H5VA 2GELA 3ZX3A 1GLLO 4B1XB 3IDHA 1HKCA 4BG8A 5AQJA 2W40A 5AQKA 4IWVA 4ISEA 3UB5A 3VEZA 3DWLA 4A61A 4BRDA 5CE3A 3D7EO 3HBTA 2YI1A 4NO7A 4KBOA 3CJBA 3A8YA 2Q31A 4H0XB 4IJNA 4WQ4A 4CZKA 5BPMA 4H0VB 3I8BA 4FWQA 3M1FA 3VGMA 2ZF5O 3UKUB 3JS6A 4JHDA 4DCHA 2P9LB 2P9KB 3VEWA 4C23A 2NLXA 3MCPA 4CZJA 1NBWA 2A42A 3L4IA 4WQ4C 3DXMB 5AQWA 5E26A 3WUHA 4I6MA 5LY3A 4FWPA 1RDWX 1K8KB 3GE1A 4BC4A 4B9QA 3EL2A 4FWLA 2E1YA 1NGBA 3CJAA 3LDLA 2DPNA 4FWOA 4H5WA 4E1JA 3L6QA 5KQ8A 4H03B 2I7NA 4IXCA 3D2FB 2P9PA 2WUSA 3FLCO 4CBUA 1LOTB 4FWNA 4WQ5C 3CQXA 4XH5A 2YHYA 1BUPA 1NGIA 4FWSA 3KHYA 3ENHA 4FWMA 3WQUA 1X3NA 5FPMA 2E20A 2Q36A 3C0BA 1NMDA 4DHYA 1G99A 4BRMA 4JD2B 5BPLA 3IFRA 3SMSA 5AQSA 1Z05A 5AQUA 3HSCA 4BRIA 3EKSA 3R6MA 4FOIA 5EXWA 4K42A 1QQMA 3O80A 1BA1A 4H0YB 4AM7A 3FZKA 2P9SB 3WXJA 1DGKN 2A6AA 2GWKA 3UKRA 5ADXA 3UKUA 5JMVA 5EVZA 2IIRA 1YVNA 3D2EA 4B1VA 3VPZA 2P9KA 2P9UB 3VF4A 1NGCA 5BR9A 4B1UB 5AQZA 2EWSA 4IJAA 1MWKA 1RGIA 2A40A 3FE1A 3O5BA 3TPQA 4BRGA 1BA0A 3LDQA 3DXMA 2V51B 2V7YA 2VYPA 1NGAA 3DXKA 4BQZA 4FO0A 2KHOA 1JCFA 1K8KA 1GLFO 4CZIA 3O8MA 3U4LA 4RWTA 3DJCA 3LM9A 2CGJA 2E1ZA 2FF6A 3BP8A 3SK3A 4H0OA 1RFQA 4BRHA 2GWJA 1X3MA 4JHDB 3D2FA 3ZX2A 2I7PA 1DKGD 4EHTA 5E84A 2IVPA 4RTFD 4FSVA 3AAQA 3EZWA 2CGLA 1LCUA 2FF3B 2YCHA 4I6MB 1HJOA 4JD2A 4PKHA 4Y0WA 2F9TA 3LDOA 1ATNA 2D1KA 1BWFO 3FR0A 3WT0A 5AQMA 3VEVA 5KPTA 2P9PB 2P9SA 1GLEG 5F2RA 3TU5A 4XH4A 4H5NA 3ULEA 2J4RA 3G25A 5AZIA 4BVPA 3QICA 2P9UA 5AQYA 4BG9A 5BRDA 4BQLA 4XEIA 5JLFA 4BC3A 2QWMA 4FPAA 4HWIA 1YXQA 3RSEB 4BC5A 2E2PA 2FXUA 4H0TB 4K43A 3VGLA 2HOEA 3ID8A 4M7YA 4JAXA 3MN7A 4CJ7A 4H5RA 1NGEA 1BDGA 5AR0A 2E2OA 1GLBG 4MO4A 3UKRB 1KXPA 3D2EB 2ASOA 4MO5A 3GBTA 3QFPA 3KZBA 3U8XA 4BRFA 3AAPA 1S3XA 3WEEB 1NGHA 3H45C 3FFKB 3VEXA 1C0GA 1T44A 3IMXA 4K25A 4QS9A 4CZFA 4BREA 3C7NB 1BG3A 3DXKB 3H3NO 3MN6A 4QS7A 3VF6A 3VGKA 3L0QA 1JCEA 1DEJA 3H1VX 3LDPA 5AQFA 4ISGA 3WQTA 3HTVA 4BRQA 1BO5O 4CD3A 4NB4A 4BR0A 1TUUA 3A5OC 3H46O 5AQNA 1TYQA 1WUAA 1NGGA 4QS8A 1NLVA 1P8ZA 3MN5A 5LJWA 1EQYA 2QWPA 4ISFA 3CI5A 3F9MA 4DB3A 1V4TA 1S22A 1BU6O 2VWBA 3BEXA 1SZ2A 3CJ7A 4MLEA 3RSEA 1HKBA 2CGKA 4CZMA 1HX1A 1QHAA 1T6DA 1CZAN 2FSNA 5FPEA 3H1QA 5AQIA 4BVOA 1OKJA 1XC3A 2QWRA 2YJFA 3GDQA 1XQSC 3O08A 1ESVA 1IG8A 5BRFA 2IVNA 4O8KA 3ULEB 5KPRA 1ZBSA 5AZIB 5KPZA 1D4XA 2E88A 1Y64A 3WEEA 4HTLA 3GOIA 3ATVA 1IJJA 2YHXA 3VF2A 1Q18A 2PAVA 2ASMA 3CJCA 1J6ZA 4RCHA 3C7NA 1NGJA 1E4FT 3VOVA 2QWLA 2ASPA 3MK6A 1NWKA 2QWNA 4JN4A 2CH6A 2UYTA 5AQLA 5FPDA 4EIAA 1ATRA 3QMLA 4FWRA 5AQTA 3A5MC 1QQOA 2IVOA 1ZXOA 3CJ9A 1KAZA 5BN8A 4M63C 2D4WA 3FZMA 3VERA 1TUYA 3ZEUA 4BGAA 2AP1A 3MN9A 4GNIA 4LC9B 3FGUA 4PKIA 3WXLA 4CZEA 1X9JA 4DQ8A 1GLAG 1QQNA 1HUXA 2V7ZA 1KAXA 2A5XA 2HF4A 4JNEA 2CH5A 4O5FA 3BUZB 5EX5A 3CETA 1TYQB 2ZGYA 3EO3A 2PBDA 5AZJA 2NZTA 5AFUA 2D0OA 3A5LC 5ADXH 4A62A 2QM1A 3H3OB 3R9PA 2FLOA 4BR2A 1U6ZA 1MWMA 3ENOA 3H6EA 2YJEA 4H0PA 3HI0A 4CD1A 3QBWA 4Z94A 3CJ1A 3O1BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QBXA 1ASWA 4JV5K 5T7BA 3SBTA 4OKEA 2XRIA 3IRXA 3CC2N 3BY5A 2KW4A 2A1RA 2WBNA 3L2VA 3UE5A 4DLEA 3A5NC 1MU2A 3LZIA 2E6MA 4FOEA 4BRNA 4DV7K 3QINA 2X74A 1DTTA 4YDUC 1Z6RA 4B1ZA 1YUWA 5TKYA 3ZLJA 1S1TA 3GL1A 1JL2A 2OCEA 3VESA 3KLGA 4E7IA 2Q2RA 5AQOA 5JICA 2B6AA 3LDNA 3V9ZA 3M8QA 4DLGA 2P9IA 4LF6K 1GLJO 1S1UA 3VQ6A 3AO2A 3OYGA 3VA3A 4FJ8A 3CIPA 4FL9A 3VQPA 4EZ9A 1NJIO 1VHXA 4BRLA 3TSPA 1ZC6A 1MDUB 3EEQA 2Y1IA 4J2BA 2AJQA 1YVUA 3EZ5A 3T3FA 3NGZA 4FM0A 2DY4A 1S9EA 3EN9A 3NHGA 1YAGA 5J2MA 3HM8A 4JLHA 1L3SA 1TVRA 3ATUA 3EKUA 1UA0A 1R59O 1HNZK 4O0IA 4JRPA 2XY6A 3QESA 5AQRA 4C8NA 1J53A 3M6GA 4M45A 3K58A 4IFEA 4AH9A 4BY9C 3KTQA 4RW8A 5MLCQ 4PL8A 1QSSA 4M3YA 1U2VA 1YJWN 3N4QA 1NM1A 4FJLA 3IAYA 4BR7A 4CGFA 1N8RO 1WSIA 4B3OA 1V4SA 4BRPA 1LAWA 4JKBA 3MDQA 1Q9XA 4A59A 1U04A 1KAYA 3O9SA 3NE6A 1IKXA 4MDAA 4A2BA 3SPZA 4FJ5A 1TK8A 2GTDA 4Q5VA 4DU4A 4GV9A 2VQEK 1T03A 2GUPA 4OLAA 1WSHA 1IV0A 3MWPA 4CJEA 2YHAA 3DAWA 1C0FA 2NRVA 4CK1A 3HZ6A 4A5BA 3P4IA 4BR9A 1NGFA 1LW0A 3FZFA 3CCRN 2VCPA 1I3AA 3PO5A 5JS1A 3N4PA 1HYZA 4OPHA 5AQVA 3CCQN 4FLXA 4HCCA 2P9NB 4E7JA 1CZ9A 2R7YA 4H5TA 5DK5A 1NK4A 2VWKA 4RW6A 1RTHA 4CEEA 4CJWA 4X64K 4N76A 2GELA 4FW2A 3TTDA 3ZX3A 4E0DA 3IDHA 5AQJA 2W40A 1R0AA 1Z25A 3LPTA 1U47A 3G0ZA 1OH7A 5CE3A 3HBTA 4JI8K 4IEEA 1P90A 2Q31A 3LAKA 3KWIA 5CZ2A 3VGMA 4ZTJA 1VQNN 1NK0A 4PWDA 3AVGA 3VEWA 3K0SA 1IO2A 3MCPA 4FLZA 1YJ9N 2HMIA 2NUBA 2O8EB 3K57A 3VQEA 1S5JA 4KHSA 4WQ4C 5E26A 1K8AO 4Z4HA 4JKGB 4RW4A 3MECA 4DSKA 4BC4A 4B9QA 4CGIA 4FWLA 1NG9A 4KTZA 3SUPA 3CCVN 3T69A 5KRSA 4E1JA 1U45A 5CYMA 3SV3A 1LAVA 5KQ8A 3L2UA 4DTSA 4CHPA 5KI6A 2G8KA 3D2FB 4DFJA 4CBUA 3SQ2A 1D8YA 4FWNA 3AVBA 4WQ5C 3TAFA 2YHYA 4JKDA 4JKFA 4CESA 5FPMA 4DHYA 1KQSM 4BRMA 3QIPA 1Q7YO 3K2PA 1Z05A 3EKSA 4FOIA 4O8UA 3OYIA 4KHNA 3ZT2A 3QERA 4WCEL 4AF1A 4K42A 1C0MA 3PLAA 2ZD1A 4H0YB 3FZKA 3LWMA 4M3ZA 3WXJA 4W5NA 3UKUA 3I55N 5I42A 3U3GA 3G4SN 1YVNA 3D2EA 4PHTX 2P9KA 3Q7BA 3HO1A 4B1UB 2EWSA 1RGIA 3DRRA 1YHQN 3TPQA 2PZSA 4BRGA 2UXCK 3LP0A 4F8RA 3DXMA 1JLBA 3THXB 3ZCMA 1VSKA 2VYPA 4ICLA 3ZT4A 2XO7A 1GLFO 1NU0A 4CZIA 4ZHRA 1HNVA 3BP8A 3SK3A 4H0OA 4LSLA 4BRHA 1XNQK 3THYB 4CJLA 3ZX2A 1DKGD 4ELUA 2B5JA 3O9UA 4X66K 4O5BA 3AAQA 5C0YA 4DV1K 3I0SA 1LCUA 4CJFA 4I6MB 2YNFA 3DOKA 1HJOA 2UUCK 5IT9O 4CEFA 4CF1A 2QA4N 1VQON 4FM2A 1ATNA 3V1OA 1TKZA 3OYAA 3FR0A 4M3UA 4AILC 3HP6A 3AVJA 3NDKA 4KTWA 1RILA 3TAQA 1QE1A 2P9PB 1GLEG 2HNDA 3TU5A 3SI6A 4XH4A 2F8SA 1QTMA 4DR7K 4B9UA 3C6TA 5AQYA 4IFYA 4BG9A 4CHOA 4XEIA 2O8FA 4DV2K 1XI1A 2QWMA 4HWIA 1Q9YA 4KB0A 1JJ2M 2OTLN 2HSTA 4YOYA 4A5AA 4JRQA 4HTUA 4H0TB 4CGJA 5C2DA 4K0KK 3VGLA 3G6EN 1C1BA 1NGEA 2E2OA 3CM5A 3WNEA 4MO5A 3OBWA 4LSNA 3GBTA 3QFPA 4ILJA 3OW2M 4FJKA 1S3XA 2EHGA 1NGHA 3VEXA 1SV5A 1T44A 4K25A 1VSIA 4CZFA 1RTJA 4BREA 3DXKB 1BG3A 5FRMA 3MN6A 4QS7A 4B3SK 4CGHA 5IWAK 1JCEA 2HHWA 2OA8A 3LDPA 5AQFA 4ISGA 4FVUA 1ASUA 1HJRA 3HTVA 4FLWA 2O8BA 4IO9L 4DQRA 4LF4K 4NB4A 4BR0A 1FXXA 4NXNK 1TYQA 1NGGA 3SQ1A 4CHYA 3OYJA 1SKRA 4O55A 4B8CA 3WNFA 5JVGL 4KAZA 4C8KA 4RW9A 3F73A 4IOXA 3AO3A 2BDPA 2FSNA 3OYKA 4KI6A 1N33K 3HPGA 1OKJA 3K59A 2W6KA 2QWRA 4ELVA 2YJFA 3GDQA 1XQSC 1KTQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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