4BRLA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with transition state mimic guanosine 5'-phosphovanadate
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 120
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brlA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brlA02
1QZ6A 4FWPA 4FPBA 5KPZA 3FZLA 2QXLA 2ZWHA 4BRGA 4CZIA 5AQJA 5AQYA 1BA1A 4CZLA 5AQGA 3H1QA 3M6GA 1BUPA 2IIRA 2ZGZA 1C0GA 1NGEA 4A2AA 1XQSC 5KPRA 3QBXA 4JN4A 4NB4A 4BC4A 4HTLA 2E1ZA 3WQUA 5LJWA 1KAXA 5F2RA 3MCPA 2GUPA 3BUZB 4BREA 1ZXOA 1T6CA 5AQFA 3QFPA 4JD2A 1KXPA 5AQLA 4JAXA 1X3NA 5F1XA 3GOIA 5FPMA 1HKGA 5B8HA 5LY3A 1GLDG 4QS8A 5AQNA 1CZAN 1IG8A 1ZBSA 2V52B 3ATVA 3BEXA 5AQZA 4BRFA 3ZETA 1QZ5A 4RWTA 3CIPA 4O8KA 2P9SB 5EOYA 5AQOA 3A5OC 5AZJA 4PL7A 2Q0UA 3GL1A 3DXKA 3WUHA 2P9NA 2P9LB 2E8AA 3QFUA 3W0LA 2QWNA 3SMPA 4AM6A 1SZ2A 5BRHA 4BRHA 3C7NA 3WT0A 3QMLA 2H3GX 1ESVA 1YUWA 3AAQA 3MN6A 1DKGD 1E4FT 5AQUA 2ITMA 3VGKA 2FXUA 5AQMA 1GLFO 1T6DA 1R59O 3C0BA 3L0QA 5AZIA 2ASOA 2I7NA 4FSVA 4BQZA 4BR4A 3H3OB 1GLEG 1K8KB 1SAZA 3GG4A 3DJCA 4BRLA 1QQMA 4IJNA 1TYQB 4BG9A 4EHUA 1JCGA 3GE1A 1NGBA 1HX1A 2IVNA 5AQIA 3CHWA 2YCHA 4A2BA 1NLVA 5EX5A 4JNEA 1U2VB 3R8EA 3VEVA 2YI1A 1P8ZA 2FSJA 1QQNA 2FSNA 4CZHA 2FSKA 3CI5A 3ENOA 4XH4A 3UKRA 3MK6A 1GLAG 4CI6A 5AQRA 3HTVA 3CQXA 2P9PA 2W40A 4MO4A 3AY9A 4PKIA 2P9KA 5AZJB 3ENHA 4BROA 3LDPA 1Y64A 4FWQA 3L4IA 4IWVA 3CJ1A 5FPEA 4B1UB 3U4LA 3H46O 3B8AX 5BREA 2P9UA 3O6WA 3U9DA 2A41A 4YDUC 5EXWA 3O8MA 5AQTA 1WUAA 5AQHA 3LDOA 1DEJA 4WQ5C 3RSEA 3DAWA 3IMXA 4H0PA 4FOIA 4BG8A 5AZIB 1V4TA 3A5MC 3CETA 2BTFA 4ISFA 1MWKA 4B1YB 3WQTA 1JCEA 3ID8A 4F9OA 1TUUA 5AQWA 5LJVA 4FOEA 3H6EA 4FL9A 5I9EB 3VEWA 3VETA 4M63C 2ZGYA 4CZFA 2F9WA 2A5XA 4M7YA 2A3ZA 1RDWX 3VEZA 2YHYA 4BGBA 2GEMA 3D2EB 1G99A 4DHYA 4CBXA 3EZWA 4H5TA 3M1FA 4YDUA 3EN9A 2P9IB 3R6MA 2QWMA 2D1KA 3MDQA 4CZKA 3WXKA 4BRIA 3O1WA 4WQ5A 3S41A 1ATNA 3LDLA 4BC2A 5AFUA 2A6AA 3ZEUA 4BVOA 5BRFA 3VESA 4PKGA 5JLFA 1JCFA 3HSCA 3O08A 4E1JA 3WXLA 5AQQA 3A5NC 2A42A 4EHTA 3L6QA 3EO3A 4BR5A 3FZMA 2CGLA 3MN9A 3WXJA 2HMPA 1NGJA 4FPAA 5BN9A 3A8YA 2DPNA 4IO8A 4BRQA 4FWMA 2E20A 2WUSA 3VF4A 3A5LC 1NGCA 1WOQA 3ZX3A 4BR2A 1HPMA 4BRMA 1J6ZA 3ZX0A 5AR0A 3QBWA 5EVZA 1GLLO 3O80A 2GWJA 3IDHA 2NZTA 3FZKA 5JMVA 4XH1A 2UYTA 3P4IA 4IJAA 1Z6RA 2I7PA 5AFUH 2HF3A 2YHWA 2PBDA 1MDUB 1X9JA 3D2FA 3FZFA 3ULEA 3M3ZA 5E26A 2D4WA 4MLHA 2Q0RA 2IVOA 1T44A 3KHYA 2CH6A 3VGLA 2OANA 1V4SA 5TKYA 4H0VB 1OKJA 4FWSA 4CBWA 2VYPA 3FLCO 3VPZA 4I6MA 2CGKA 3VEYA 1U6ZA 2Q36A 4O5FA 2QM1A 4JD2B 1LCUA 1NM1A 2QWPA 3LDQA 3CJ9A 2GTDA 3CQYA 3UKUA 5BPLA 1MA9B 3VOVA 1EQYA 4A61A 3ZETB 4CZMA 1ATSA 3VGMA 2FLOA 2Q31A 2QW9A 4ISEA 5KQ8A 3LL3A 2E2OA 1KAZA 5BPNA 3DXKB 3VF6A 1TUYA 3LM2A 4H5RA 1NGIA 2P9NB 1BO5O 1LOTB 4Z94A 1YVNA 3IFRA 2J4RA 3WEEA 3C7NB 3J8AA 2V7YA 4PL8A 4BRNA 4B9QA 4PKHA 5KQDA 1BG3A 3D2FB 3FE1A 3JS6A 4FO0A 3ULEB 2HOEA 3KZBA 4FWOA 3UB5A 5AQSA 4BRDA 3MN5A 3CJ7A 4WYBA 5ADXA 4BC3A 2E2PA 4EAHD 2E1YA 3I33A 2FF3B 3MMVA 4BRCA 3CJAA 3JXUA 3ATUA 3BF1A 5EY4A 1YXQA 4B1XB 2ASPA 1NGDA 1DGKN 3HI0A 3U8XA 1NGHA 4LC9B 3UKRB 2Q97A 1Z05A 3F9MA 1NGFA 3MN7A 3R9PA 3VEOA 2QWOA 2P9PB 4EIAA 2P9KB 4JHDA 2FF6A 2QWQA 1GLCG 2NLXA 4DQ8A 1ATRA 4H5NA 5AQVA 3D7EO 3DWLA 4EFHA 5F0XA 3SMSA 1HJOA 3DXMA 4H0TB 2P9UB 4DB3A 2P9SA 4XEIA 4BC5A 4J8FA 2VWBA 5ADXH 3FGUA 2P9LA 1NMDA 3EKSA 2CGJA 3RSEB 3QICA 1SQKA 1XC3A 3A0IX 3FZHA 2YJEA 1HKBA 5FPDA 2KHOA 2AA4A 4FWNA 5E84A 3VERA 1XUPO 4H0YB 4WQ4C 4BR7A 4RTFD 3VENA 4HWIA 1BA0A 4RCHA 2AP1A 5JLHA 4ISGA 3GBTA 3VF2A 4CJ7A 2IVPA 3EL2A 4IXCA 4BRKA 1HKCA 2BUPA 1GLBG 1C0FA 1E4GT 1K8KA 4BQLA 4CZGA 4BR0A 1TYQA 4JHDB 5AQPA 1MWMA 4K43A 4KBOA 1NBWA 4CZEA 3O4WA 2D0OA 3TPQA 1YAGA 1U2VA 3BF3A 3TU5A 4Y0WA 5CE3A 3O5BA 4H5WA 3OHRA 3DXMB 3ZEUB 1BU6O 3HZ6A 4FWRA 3KVGA 5AQXA 3HBTA 1BOTO 3EKUA 4WQ4A 4GY2B 1IJJA 3SLCA 3CJCA 1NWKA 4K41A 3QB0A 2GWKA 3H1VX 4NO7A 3AAPA 2CH5A 4QS9A 4H0XB 4B1WB 2E2NA 4B1VA 2VCPA 1NGAA 3UE5A 2V7ZA 4FWLA 5BPMA 4IZ9A 3LM9A 4XH5A 4CZJA 1X3MA 5BRDA 1RFQA 1ZC6A 4K42A 1KAYA 3SK3A 3H45C 2E2QA 4BRPA 2EWSA 5BN8A 3ZX2A 4FWKA 2QWRA 4MO5A 3CERA 3BP8A 2PAVA 4H0OA 1GLJO 3WXIA 4AM7A 5FPNA 5BR9A 3IUCA 2W41A 3LDNA 2HF4A 4QS7A 4CD3A 3CJBA 3FFKB 3AARA 5ELZA 1Q18A 3D2EA 3SJHA 3HM8A 3G25A 2YJFA 2P9IA 4I6MB 2ZF5O 3W3DA 5AQKA 4CBUA 1BDGA 2A40A 4BR9A 1S3XA 4C23A 2D0PA 2Q1NA 3I8BA 2E88A 4BGAA 3UKUB 4CD1A 2Q2RA 4DCHA 1HUXA 3O1BA 4M7XA 1BWFO 2F9TA 3GDQA 4L3QA 2YHXA 1NGGA 4BRAA 3U9ZA 3VEXA 3H3NO 1D4XA 1S22A 4BVPA 5KPTA 4GNIA 2NRHA 2ASMA 2V51B 5JICA 3QDKA 2GELA 3FR0A 4H03B 2QWLA 1RGIA 1HLUA 1H1VA 4H5VA 4B1ZA 4A62A 3WEEB 4MLEA 4K25A 1QQOA 1QHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QZ6A 1OH6A 1UWBA 2EX3A 4FWPA 4FPBA 1JLCA 3FZLA 4E89A 4BRGA 4CFCA 5AQYA 1BA1A 3SAFA 3BZCA 4DQSA 2HHVA 1XC9A 4Z4IA 3V1RA 1VQ7N 3LZJA 4JK8A 2BGGA 3VTHA 5KGXA 3QBXA 3V6DA 4JN4A 3KLFA 4HTLA 4WCEL 5LJWA 4A5BA 4ILHA 2O8BB 3V9SA 3J7YP 4O4GA 5AQFA 4JD2A 1KXPA 5AQLA 3GOIA 4KTWA 1HKGA 4CFBA 5LY3A 3AVGA 4QS8A 4W5QA 3MECA 3ATVA 3WNFA 4BRFA 2Q3SA 3OYGA 3ZETA 3AA2A 4RWTA 3CIPA 4U7BA 1U47A 4O8KA 4YOVA 4IG0A 3DI6A 2GV9A 1RNHA 4DSIA 1N34K 4PL7A 3KK2A 2Q0UA 4FVMA 2E8AA 3P39A 3KLIA 1N32K 4CF9A 2QWNA 3CYMA 1VQKN 1S6PA 4BRHA 5C25A 4DQQA 2HSTA 4DSLA 3QMLA 2HW3A 3DYAA 4FXDA 4DSJA 3AVKA 1YUWA 3AAQA 5C0YA 1ILYA 4JKAA 3LPTA 2FXUA 5AZIA 4JV5K 4X64K 5H1SQ 1GLEG 4KH4A 3GG4A 3QIPA 2P5OA 4IJNA 4BG9A 1JCGA 3GE1A 1ASUA 2IVNA 3CC7N 3EY1A 2UXDK 3RR7A 3KKRA 3M8QA 4CEOA 4JNEA 3R8EA 2WC9A 1KFSA 2W6KA 2FSNA 3ENOA 3ZT3A 4CI6A 3TI0A 4FLUA 3HTVA 3TR8A 1S1XA 4EZ9A 3C65A 3ENHA 1I39A 1W2BM 1RBTA 4BROA 3CD6N 2IAJA 3SQ1A 2A1RA 1YJ9N 5KGWA 3CJ1A 4E7IA 1U48A 1BISA 4BACA 1YT3A 3KLEA 2VG6A 1O1WA 5BREA 4JKHA 2P9UA 4JRQA 1G15A 1NKCA 4CJFA 4YDUC 3T1HK 5AQHA 1OH5A 4GV9A 2G8KA 3IMXA 1VK0A 2HVHA 4DR6K 4R5PA 1IG9A 3ZLJA 3A5MC 2BTFA 4CW7B 4G9ZA 4CGGA 4CK3A 1RCHA 2Z1JA 4HVJA 1TAQA 5EU7A 1XHZA 4JI5K 4FCYA 4FW2A 2PY5A 4ID5A 4CZFA 3NHGA 3OBWA 3ISNC 3OYHA 4GV3A 1HQEA 1BIZA 2Z1IA 4DU3A 3S9HA 4AHUA 4H5TA 4N41A 2FBVA 2QWMA 1J53A 4CERA 4IFEA 3O1WA 1SV5A 1ATNA 1NK8A 3RRGA 4BVOA 3DLKA 3L4QA 1KSPA 3QERA 5AQQA 1IKXA 3VQQA 4BR5A 4M3ZA 3FZMA 1LWFA 3THVA 4LH5A 3WXJA 3V1QA 4M3WA 5GIPA 3Q7BA 3OJUA 3K5NA 2YHAA 3EEQA 3LWMA 2WUSA 1C0TA 3DMJA 1U4BA 2HHSA 3HO1A 3G71N 4BRMA 2YX6A 5AR0A 3CC2N 3QBWA 1GLLO 1A5VA 1BCMA 1JXBA 4LSNA 3VA3A 3E66A 3FZKA 2XHBA 4KTZA 4XH1A 4CEFA 1ITGA 4E7HA 3PX6A 1YJWN 4IJAA 4CJ5A 4YOWA 1TGOA 2HF3A 1MDUB 4M42A 4IEIA 3M3ZA 4NCAA 1U04A 1RDBA 4B9MA 3C94A 3KD1E 4DV6K 2OANA 5TKYA 5HBMA 2VYPA 1RTJA 2O8DA 1L3VA 3VEYA 4FM0A 4KV8A 2X6SA 1NM1A 4KHPK 3LDQA 4ELTA 5FRMA 3LWLA 3CQYA 5BPLA 1K9MO 1M1KO 4OPAA 3AVMA 4A61A 4OVLA 1RDDA 5KQ8A 3QEXA 1RBUA 1SL2A 1U45A 4FJ7A 3VF6A 4H5RA 3LM2A 2HBKA 1NGIA 5K14A 5A2QO 1XNRK 1JJ2M 1LOTB 1RBRA 4GMJB 1BCOA 4DG1A 1I94K 3WEEA 4QOZB 4AHCA 3S3MA 2V7YA 3RR8A 4B9QA 3SBTA 1U49A 3F2KA 4FJ9A 3K58A 3D2FB 3JS6A 2NRZA 3SYZA 2ZE2A 4FJXA 3KZBA 2DFFA 3AO3A 4BE1A 2FBYA 3AVFA 3NGZA 3NMUA 1IBMK 4FLVA 5M1KA 4U67L 2E2PA 3JAMO 4UQGA 3MMVA 3SI6A 3I8DA 3BF1A 4JKGB 1TL1A 2WFBA 4CGJA 1VQNN 1E3MA 5GAGP 1NGDA 4OJRA 1S72N 3HXMA 1KD1O 4CE9A 2O8BA 4NYFA 1YHQN 2P9KB 1KRPA 3HRGA 2VWJA 5J2QA 1RBVA 1ATRA 4JI8K 4CGDA 5AQVA 5SWMA 4B9NA 2F8TA 4DV1K 3SMSA 4DR2K 3V4IA 3DXMA 4DB3A 4BC5A 3WNEA 4E7KA 3E9PA 2BH1A 1RTIA 4OKKA 4DQPA 1NMDA 3NBPA 2YJEA 2UUAK 1HKBA 5FPDA 2F8SA 4FJJA 5E84A 1HNZK 2NRTA 2E6LA 4DTUA 1ZBIA 4CEEA 5DM7L 3VF2A 3MXMA 2GUIA 3EL2A 3O9RA 1TK8A 1CXQA 3VQBA 3NF6A 4IOCL 4IDKA 3ZT2A 1KVBA 1A5WA 3OYLA 3TTDA 3DLLL 2ZJRL 2IOCA 4CHYA 3PUFA 4OO1J 2O4IA 1JLQA 3HJFA 4Y0WA 4MFBA 2QXFA 3O5BA 4H5WA 3IG1A 3KVGA 5AQXA 1IBLK 4WQ4A 1JLAA 3NF8A 4GY2B 1IJJA 4CHQA 4CCHA 4J2EA 1BL3A 4QS9A 4HHTA 4DR5K 4B1VA 1FXXA 1LWEA 4CEZA 1IKWA 1VSEA 2OPQA 3UE5A 1Q7YO 4W5RA 4FWLA 3NDKA 3TAFA 4XH5A 4DTNA 4CIFA 2P5GA 3RMBA 1X9SA 3RMAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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