The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
TPASRYITDMTIEELSRDWFMLMPKQKVEGPLCIRIDQAIMDKNIMLKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSFPGHTIEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVSKTLQRFAWGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Non-structural protein 1
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| publication title |
Structure of NS1A effector domain from the influenza A/Udorn/72 virus.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Influenza a virus (a/udorn/307/1972(h3n2))
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| total genus |
33
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GX9 A; 3OA9 A; 3RVC A; 3F5T A; 3EE9 A; 3L4Q A; 3O9Q A; 4OPA A; 3D6R A; 2RHK A; 3O9S A; 3P31 A; 3O9R A; 3M5R A; 3P39 A; 3O9T A; 4OPH A; 3O9U A; 3KWG A; 3KWI A; 2KKZ A; 3P38 A; 3EE8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AO5 A; 4KB1 A; 3AA3 A; 4F4K A; 4CHQ A; 4BRL A; 2FF6 A; 2ZGY A; 1L5U A; 4NLC A; 1YJ9 N; 4M3X A; 4AHS A; 4EP5 A; 4BRG A; 4JKG A; 5KTQ A; 4IO8 A; 5JS2 A; 4IEI A; 3MN6 A; 3VEW A; 3CFP A; 3CMA N; 1QE1 A; 3WXI A; 5AZJ B; 4CZG A; 3MWP A; 1ASU A; 3WXK A; 1N33 K; 3SLC A; 1RFQ A; 2NRW A; 3UIQ A; 3DI6 A; 1D5A A; 3SUO A; 1WBB A; 1WNS A; 2QM1 A; 5FRO A; 4NXN K; 5HRN A; 4CJE A; 3HPO A; 1NBW A; 3KK2 A; 4FJH A; 3CJB A; 5JVG L; 4BGB A; 4HVJ A; 3CC2 N; 1J5E K; 3F9M A; 2VWB A; 3VMF B; 1S1X A; 2GUI A; 1YTA A; 4DFM A; 3Q7B A; 4OGC A; 2WFB A; 4BRM A; 4CI6 A; 4KTQ A; 3KD1 E; 3EO3 A; 4R5P A; 4E1J A; 2O8F B; 5BRH A; 1W2B M; 3OA9 A; 1VSJ A; 4OJR A; 3H3O B; 2NRZ A; 1TGO A; 1LWF A; 4JI1 K; 4FW2 A; 4FJM A; 3CIP A; 3HOT A; 2E88 A; 4B1V A; 2YKM A; 2ETJ A; 5LMN K; 2ZJR L; 1DLO A; 4CJK A; 1V4S A; 4A2B A; 2P5G A; 4FWK A; 5E41 A; 5I42 A; 1MU2 A; 4M3Z A; 3FZM A; 4DLG A; 1KLN A; 3O5B A; 4OPH A; 2YI1 A; 4DLE A; 4E7H A; 3KK7 A; 2V7Y A; 5KPR A; 3CCE N; 4FLY A; 4JV5 K; 1X1P A; 2QTD A; 1SV5 A; 4IOA L; 4CF0 A; 1T05 A; 1NGI A; 1Q7Y O; 2NZT A; 3SUQ A; 1ATR A; 3CFO A; 3D45 A; 3CM5 A; 4KV8 A; 2G8K A; 1YXQ A; 4KTZ A; 3M1F A; 3O4N A; 2A42 A; 3AO4 A; 4GMJ B; 3CCJ N; 1J53 A; 2Z1G A; 1FKP A; 3EE9 A; 2A5X A; 2VG6 A; 5AQK A; 1LAW A; 3LL3 A; 4RWT A; 1HYS A; 3THX A; 1Z05 A; 3VQP A; 1QHT A; 3FFI A; 3BF1 A; 4OKE A; 2OAN A; 5GAG P; 4B9Q A; 1CXQ A; 3ZEU A; 2D0P A; 4W5N A; 4E7J A; 4LY7 A; 1NGG A; 4BRC A; 3D2F B; 3LP0 A; 4Z4H A; 4B9U A; 3MEE A; 3M8Q A; 4FJX A; 3MK6 A; 5DK5 A; 1TKT A; 4IWV A; 1HR0 K; 4M41 A; 4CEA A; 4PUO A; 3OYL A; 5AQQ A; 3AAR A; 4E7I A; 1SZ2 A; 3VQC A; 1UWB A; 3RMB A; 2HW3 A; 3LDS A; 5HRP A; 3NH0 A; 1S9G A; 1Y64 A; 3MMV A; 4H4M A; 3FR0 A; 2F7T A; 3FZH A; 3ZET A; 5KRS A; 1RTD A; 1HNV A; 3F5T A; 3WNF A; 3L2Q A; 2QW9 A; 4FZX C; 4FZY A; 3TTF A; 4JKC A; 2H3G X; 4JK7 A; 3PX0 A; 3QIC A; 4H5N A; 3AVH A; 3MCA B; 4HCC A; 3OYD A; 2F4V K; 4CGI A; 3DYA A; 1XI1 A; 2OA8 A; 2PZS A; 2G8I A; 2WC9 A; 3GOI A; 1QZ6 A; 5HRR A; 1RBR A; 3I55 N; 3A5O C; 3AVA A; 1ATN A; 1N8R O; 4OLB A; 2X6N A; 3EYZ A; 3DLE A; 4JD2 A; 4HTU A; 4NYN A; 3PX4 A; 5TKY A; 1HYZ A; 4FJK A; 5FLX O; 3KK1 A; 3K9J A; 4FXD A; 4DSI A; 3V9S A; 1HPZ A; 4AM7 A; 1B9D A; 1IV0 A; 4CF2 A; 1KXP A; 2E1Z A; 2NRT A; 3L2R A; 3TAF A; 4IFE A; 2Y1I A; 4CZH A; 4H0X B; 3THX B; 2O8C B; 4N76 A; 2HST A; 2QI2 A; 4BR5 A; 4DR1 K; 3K2P A; 3HP6 A; 1IO2 A; 1VSM A; 3S3N A; 1U45 A; 4U67 L; 4JKB A; 4FLX A; 1TK8 A; 4XIU A; 3MAQ A; 3OYK A; 3EKS A; 1VSK A; 3KWI A; 4BRI A; 3PIP L; 2FBT A; 1BU6 O; 2O4G A; 3TTC A; 4EP4 A; 4BQZ A; 1NJI O; 5MLC Q; 1EWQ A; 4DV7 K; 3GE1 A; 3ATU A; 4JHD A; 5DM7 L; 3HL8 A; 4E1N A; 1IKY A; 4M3R A; 3ZSR A; 2Q1N A; 3ZX2 A; 4FOE A; 1C0T A; 4CHN A; 3QFP A; 1XUP O; 3O3F A; 1BG3 A; 4KHS A; 4M7X A; 2A3Z A; 3J7Y P; 4M3W A; 3EN9 A; 3CG7 A; 1VSE A; 1J6Z A; 1RTI A; 4B3S K; 4LF8 K; 1W97 L; 1O1W A; 5JLF A; 3OYJ A; 2RPI A; 3O4W A; 4BDZ A; 4WF9 L; 4OPJ A; 5AQU A; 4KHN A; 5AQY A; 4WQ4 C; 4BWM A; 3E9O A; 4YOT A; 3CCU N; 3T19 A; 1SQK A; 1JCF A; 1Z25 A; 2KQ2 A; 3TAQ A; 4IEE A; 1WUA A; 4DFK A; 3T7Z A; 1K8K A; 3K5O A; 3NBP A; 4JD2 B; 1NJZ A; 2F9T A; 3NVK A; 1IJJ A; 3OYE A; 4F8R A; 3HP9 A; 5DM6 L; 4YOX A; 1I94 K; 1RDU A; 2Q2R A; 5AQM A; 1QQM A; 5AQI A; 2Q0R A; 4LH4 A; 3ZSZ A; 3MXM A; 3ZX3 A; 4CJQ A; 3NAE A; 3FFK B; 2B6A A; 1TAQ A; 4H5R A; 3WQT A; 1TVR A; 4CZM A; 4HUF A; 4CJ4 A; 4I2Q A; 3DMJ A; 2ZQB A; 2HHX A; 4BE0 A; 3ZSV A; 4ELV A; 3SQ1 A; 3N4P A; 1Y97 A; 1U4B A; 1NK4 A; 3NH2 A; 2AA4 A; 2W40 A; 2P9L A; 3T3F A; 4IFY A; 3O8M A; 4FJI A; 2UXC K; 2YHY A; 5C0Y A; 4XH5 A; 5AQS A; 4CJP A; 2E8A A; 1HPM A; 3CI5 A; 1CLQ A; 1NGJ A; 4K43 A; 3WNG A; 3LZI A; 1YHQ N; 3MN9 A; 4DR2 K; 4KHW A; 4DR4 K; 3KKS A; 3DOL A; 1ZXO A; 3HPG A; 3SAG A; 1S1V A; 1CZ9 A; 2P9S A; 4O5B A; 1JL2 A; 4GW6 A; 1N32 K; 2IAJ A; 4JHD B; 1C1B A; 2VGN A; 3TAN A; 4O8K A; 3F2K A; 3M3Z A; 4BE1 A; 2RE2 A; 3OYC A; 1VSH A; 3DXK A; 4MDB A; 3CME N; 3V1R A; 1HYV A; 1VSI A; 1RDA A; 5BN9 A; 1L3V A; 4CZE A; 3P39 A; 3BGR A; 4CK3 A; 4FJ8 A; 2B4J A; 3B6O A; 4B9V A; 5C2F A; 3THV A; 4YDU A; 2I7N A; 3MXI A; 3VF2 A; 1TKD A; 1TKZ A; 4H0P A; 3ISN C; 1WLJ A; 4DQS A; 4JRP A; 2D1K A; 5AZI A; 4KI4 A; 3QES A; 1RNH A; 2FSK A; 4I6M A; 3H1V X; 5SZT A; 3OJS A; 3HVT A; 2QA4 N; 4BRN A; 1HJO A; 3VGM A; 3AVJ A; 4RTF D; 1K8K B; 1QSY A; 4DQP A; 4GV6 A; 4JI8 K; 5SWM A; 3O3G A; 3CC7 N; 2HBL A; 3KLI A; 5AR0 A; 3ZSQ A; 5JLH A; 1Q81 O; 4N5S A; 1RBV A; 2KHO A; 1GOC A; 5F1X A; 1VQ7 N; 2F9W A; 1XNR K; 3ZT2 A; 4JI5 K; 3IUC A; 2Z1J A; 4FYD A; 5EXW A; 5GAE P; 3AVI A; 2E2N A; 3VA3 A; 3U3G A; 3E66 A; 2XY6 A; 5FPM A; 2QK9 A; 3HPH A; 4KTW A; 5J2Q A; 3LDO A; 4C23 A; 4DKW A; 1NLV A; 2FBV A; 1RTJ A; 2VCP A; 4O44 A; 2P9L B; 1CXU A; 1VK0 A; 3ENO A; 5GIO A; 3DM2 A; 4IG3 A; 3Q7C A; 1SKS A; 1KCF A; 1RT3 A; 5AQN A; 3JYT A; 5C10 A; 3EZW A; 3I56 N; 1C1A A; 3V1Q A; 4DS5 A; 3PSI A; 2E6L A; 4B3M K; 3TSQ A; 4DR7 K; 3S9H A; 1OKJ A; 4BC4 A; 4FVM A; 3TAP A; 1IBK K; 5EVZ A; 3E9L A; 3CCV N; 3SMP A; 5DMR A; 4QS7 A; 4AM6 A; 3DXM B; 2HHW A; 3J81 O; 3VQB A; 3SPZ A; 1TAU A; 1IH7 A; 3AVM A; 1ZBI A; 4KHQ A; 3P31 A; 4CEF A; 2O8D B; 2JGU A; 2P9N A; 4NXM K; 3AGK A; 2UUC K; 1VAZ A; 2QWP A; 3G0Z A; 2I5J A; 5M1P A; 4DR5 K; 4WQ4 A; 2YHB A; 1YJW N; 1KVC A; 4CHO A; 2WUS A; 4LFA K; 4JK9 A; 4Y0W A; 5M1O A; 4DTM A; 4DF8 A; 1KVB A; 4DV1 K; 4IJN A; 1QVG M; 4ID5 A; 4JI6 K; 2RHK A; 3E1Y A; 4J2B A; 1CZA N; 2P9I A; 3M6G A; 5AQR A; 3H08 A; 4C1N I; 3H3N O; 5AFU H; 4JI4 K; 4C8M A; 4IDK A; 4RW7 A; 5BR8 K; 1NGD A; 4GKJ K; 1GLL O; 1RIL A; 5JS1 A; 1ZBH A; 4CGF A; 4Y1C A; 1W7A A; 3M8S A; 1S1U A; 4DV6 K; 4E19 A; 3ID8 A; 1W0H A; 4GVM A; 3BP8 A; 1NGE A; 5ADX A; 1VRU A; 3SUN A; 1JKH A; 2PAV A; 3C65 A; 4HTL A; 5C12 A; 2G8W A; 2O4I A; 1KFS A; 4CJV A; 1NWK A; 1ZBL A; 2G8F A; 1QS4 A; 1HKB A; 1QZ5 A; 4CJU A; 3K5L A; 4M63 C; 5M1K A; 1VQ6 N; 5HOO A; 3ZT1 A; 4CVN E; 1XNQ K; 4L3Q A; 3AVG A; 3DRR A; 3BZC A; 1JLA A; 1BDG A; 1KFD A; 5AQV A; 5BRD A; 3CC4 N; 4IDH A; 1N6Q A; 4EHT A; 1JLF A; 3CCR N; 2A6A A; 1HLU A; 3ZLJ A; 2HNY A; 1G99 A; 1LWE A; 2E2P A; 3LAN A; 1HRH A; 2UUB K; 1QTM A; 3WNH A; 3C6A A; 3BUZ B; 3VEX A; 1TUY A; 2F8T A; 1DEJ A; 1X3M A; 1NU0 A; 4W5Q A; 3JXU A; 3PO5 A; 3S3O A; 4I9Q A; 2VWJ A; 1CZB A; 2ZM6 K; 3WXJ A; 4H5V A; 4OGE A; 2Q3S A; 3KD5 E; 1VHX A; 4B9M A; 3NF8 A; 2VG5 A; 4OKJ A; 2NRX A; 4J2D A; 3HBT A; 3DLG A; 3RSE A; 3NGY A; 3O9U A; 2D0C A; 2UXB K; 3G4S N; 3OHR A; 3C7N A; 2P9P A; 1QVF M; 1TUU A; 3QBX A; 2P9I B; 4DU3 A; 4FCY A; 5FPD A; 3MXJ A; 3QIO A; 3EY1 A; 4CK1 A; 3GL1 A; 2IC3 A; 1H1V A; 4B9N A; 2E20 A; 3V9W A; 1DT9 A; 1JLG A; 3MX5 A; 3OYF A; 3HRG A; 5FDL A; 4UY8 O; 1BQN A; 4AHV A; 4BGA A; 4A61 A; 1NKC A; 3AO3 A; 4DV5 K; 5KGX A; 4C8O A; 3VGK A; 4IZ9 A; 4BY9 C; 3TI0 A; 4JS5 A; 5BRF A; 4OPK A; 4BRD A; 5J2M A; 1RT1 A; 1WSI A; 4I2P A; 1LWC A; 4B3O A; 1BCO A; 3WUH A; 3PY8 A; 2RN2 A; 3J8A A; 3WEE B; 4JKF A; 1ATS A; 2HND A; 4FK0 A; 3KZB A; 4H0Y B; 1WAJ A; 4JI3 K; 3VQ4 A; 2GEM A; 5AQJ A; 4DUY K; 4DTS A; 1N5Y A; 1L3T A; 3R3L A; 4CIG A; 5AJ3 K; 2E4L A; 4W5T A; 4FK4 A; 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3VQ7 A; 4E1M A; 3DOK A; 3TR8 A; 2D0A A; 2GX9 A; 4JKA A; 4IOX A; 4IXC A; 1R59 O; 3CET A; 3QIN A; 2XY8 A; 5FPN A; 4H0O A; 3MCP A; 1KTQ A; 4DSK A; 4BRH A; 4KRE A; 3OJU A; 3SAH A; 1SS6 A; 3MEG A; 5HRO A; 2RF2 A; 1HKC A; 2E1Y A; 3W3D A; 1T3V A; 1BCM A; 5EY4 A; 1U04 A; 2DFF A; 4EZ6 A; 1ILY A; 2EX3 A; 4B3T K; 2QEX N; 2ASO A; 4OVL A; 4BWJ A; 1VRT A; 1S1T A; 4AHR A; 1C0F A; 3U9Z A; 3QEX A; 1HQU A; 3I8D A; 4CCH A; 3ASM A; 1NG9 A; 4YNQ A; 3ZEU B; 1U47 A; 4DMN A; 4YHH K; 3VER A; 5GIP A; 3WT0 A; 4LF6 K; 1JL1 A; 3SYZ A; 4CZL A; 3BY5 A; 3VQ5 A; 2IS3 A; 4F9O A; 2KTQ A; 3B8A X; 5C15 A; 3TWH A; 1L3U A; 3FE1 A; 5CE3 A; 1XMQ K; 3ZYY X; 1VQ8 N; 3WXL A; 4BG9 A; 1BWF O; 1S22 A; 1G15 A; 1NK0 A; 4Z94 A; 4DB3 A; 4BC2 A; 3PLA A; 3LZJ A; 2E2O A; 1DTT A; 2W6K A; 1T7P A; 5GAH P; 4CZJ A; 2OPR A; 2KW4 A; 3ZET B; 2D5R A; 3RTV A; 1JCE A; 1LCU A; 3AVC A; 3PSF A; 1F21 A; 3CJA A; 3GDQ A; 5T7B A; 1RGI A; 5AQX A; 1NMN A; 3DLR A; 5LL6 Z; 4F2S A; 3CQ8 A; 4BRA A; 1BIU A; 1J5O A; 1XMO K; 3CCM N; 1IG8 A; 1Z6R A; 4N56 A; 3A2F A; 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