The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
126
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structure length |
126
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Chain Sequence |
HMTIASVPTSRYLSDMTLEEMSRDWFMLMPRQKIIGPLCVRLDQAIMEKNIVLKANFSVIFNRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTYEDVKNAVGVLIGGLEWNGNTVRVSENIQRFAW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| publication title |
Crystal Structure of Swine Flu Virus NS1 Effector Domain from H1N1 Influenza A/California/07/2009
rcsb |
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
38
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| structure length |
126
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| sequence length |
126
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| chains with identical sequence |
B, D, E, F, G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KKZ A; 3O9Q A; 3RVC A; 3KWI A; 3P31 A; 3M5R A; 3O9S A; 3D6R A; 2GX9 A; 3L4Q A; 3O9R A; 4OPA A; 2RHK A; 3KWG A; 3OA9 A; 3F5T A; 3O9T A; 4OPH A; 3P39 A; 3O9U A; 3EE9 A; 3P38 A; 3EE8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HXM A; 3SUN A; 3U8X A; 4CGJ A; 3NGI A; 1A5V A; 3EL2 A; 3M8R A; 1XMQ K; 4DV7 K; 2E1Y A; 4M3X A; 3LDO A; 4MLE A; 1K8K A; 1ZBH A; 3IUC A; 3AA3 A; 5AZJ A; 3Q7B A; 3ZCM A; 4B3O A; 3SBG A; 4IEI A; 4C8K A; 3JAM O; 1VQP N; 2UU9 K; 4E7K A; 3VQQ A; 4BDY A; 2Q1N A; 4JKF A; 3CCS N; 3HPG A; 3ZYY X; 4NLB A; 4FJM A; 1CZA N; 1GOA A; 1JL1 A; 3BP8 A; 4FPB A; 4DU3 A; 3SNN A; 3VET A; 1LOT B; 4FWS A; 2ZJR L; 4CK3 A; 3MAQ A; 3WEE A; 2QA4 N; 3VEV A; 2FSJ A; 5BRF A; 1U45 A; 3K9J A; 1EET A; 4AHV A; 4FK4 A; 4NYF A; 5KTQ A; 4WF9 L; 1WAJ A; 3BY5 A; 3T1A A; 2NRX A; 5J1E A; 3I56 N; 3O1B A; 4N47 A; 3THX B; 5J2Q A; 1EQY A; 4J8F A; 3QEW A; 5JMV A; 4FWP A; 2HHH K; 3CCE N; 4DV5 K; 5HL7 L; 2DFH A; 3ZEU B; 3D2E B; 3G71 N; 3VEY A; 5GIO A; 1BUP A; 1W2B M; 1TKD A; 4GMJ B; 3JXU A; 1P90 A; 4FVU A; 4JI0 K; 2A40 A; 4PL8 A; 1OH5 A; 4L3Q A; 5EXW A; 2D0O A; 1BIZ A; 3TAM A; 4BRH A; 1X1P A; 4FCY A; 3VEN A; 3SUO A; 4CJW A; 3H3N O; 3J8A A; 3CQY A; 3J7Z O; 1KVC A; 3HPH A; 1D9F A; 4F9O A; 1X9M A; 4CIG A; 3J7Y P; 2QW9 A; 5C15 A; 4J2D A; 4FO0 A; 1QVG M; 3VF4 A; 2YHX A; 1HPM A; 4DTM A; 2QKK A; 1T6D A; 1HLU A; 4CJ3 A; 2D4W A; 5AQO A; 4FLT A; 3E9P A; 3SLC A; 4AHC A; 4BRM A; 1IBL K; 1B9F A; 3H6E A; 3LWM A; 4FWN A; 3NH2 A; 1RT6 A; 4DV1 K; 4H0X B; 2RF2 A; 4DTS A; 5AQT A; 1ATR A; 4CJF A; 3G10 A; 4B9Q A; 5BR8 K; 3HO1 A; 4OLB A; 2P9K A; 4CED A; 1JCE A; 3VGM A; 5IWA K; 1W0H A; 4FPA A; 4X64 K; 1NKC A; 2QTD A; 3RMB A; 4IEE A; 1QVF M; 2A42 A; 4FLZ A; 1GLA G; 3KKR A; 3DRP A; 2I5J A; 3ENO A; 5AQH A; 1ASW A; 4JV5 K; 4LFB K; 3TSU A; 2HHT A; 3ULE B; 2VG7 A; 2OCE A; 1UOC A; 4E0D A; 3HM9 A; 2I7N A; 1NGC A; 3HPO A; 4FLV A; 4LFC K; 4FM0 A; 3CER A; 1L3V A; 2IAJ A; 5ELZ A; 3KK7 A; 5JLF A; 4YOU A; 2Y1J A; 4JN4 A; 2E2N A; 4NO7 A; 1FK9 A; 3MN5 A; 4M3Y A; 1FKO A; 4FJ9 A; 2D0A A; 4BE0 A; 3VF6 A; 1IJJ A; 4BRG A; 4CZM A; 5DM6 L; 4FYD A; 4FWR A; 2CH5 A; 2F9W A; 2IC3 A; 3AV9 A; 2WUS A; 3HRG A; 3O08 A; 4W5N A; 3VTI A; 3G0Z A; 1NK6 A; 4UQG A; 2YNG A; 1GLB G; 3ISN C; 3LP2 A; 1NJX A; 1D8Y A; 5ADX H; 1U2V A; 4MDA A; 4JI4 K; 2G8W A; 4KBO A; 5F0X A; 2NLX A; 1WSF A; 2KW4 A; 4DR2 K; 4B9S A; 1IKW A; 1KFS A; 1S1X A; 2D1K A; 1RT4 A; 3I55 N; 3VEO A; 4HUG A; 2RKI A; 2IVP A; 1YTU A; 3OYG A; 1GLE G; 3WXM B; 2F96 A; 4CEA A; 3CM5 A; 1MDU B; 4N41 A; 3PX6 A; 5HRP A; 3AVK A; 3TAE A; 3UKR B; 3ZSW A; 3NF8 A; 3AA4 A; 1VHX A; 3HSC A; 3OYB A; 1IKX A; 3OYF A; 5GIN A; 3V1R A; 3ZSZ A; 3TAQ A; 1WB9 A; 3EO3 A; 1HNX K; 4M7X A; 4DTR A; 4FZZ A; 2HHV A; 1LV5 A; 4BGA A; 3A5O C; 1M90 O; 4B1Y B; 4BR2 A; 3OBW A; 3SPZ A; 5KPR A; 2D0P A; 3DI6 A; 3N4P A; 2QWM A; 3H45 C; 5LY3 A; 2KLA A; 3VQC A; 4DU1 A; 5AQG A; 1KQS M; 3CD6 N; 2E2P A; 1RBT A; 2WFB A; 1NM1 A; 4ELV A; 3ZT2 A; 1Z05 A; 1TK8 A; 1VQK N; 1KRP A; 4WQ4 C; 5ADX A; 1HUX A; 1VAZ A; 4IO8 A; 1BWF O; 4AH9 A; 4W5T A; 4BQZ A; 4DS5 A; 5I42 A; 1DTQ A; 4FJL A; 4GV6 A; 3PV8 A; 4CFC A; 3VOV A; 3H3O B; 3TTF A; 5SWM A; 5KQD A; 4JKB A; 4NXN K; 5GIP A; 5KRS A; 1CXQ A; 3QO9 A; 3KLI A; 3M6G A; 4DTP A; 5BPM A; 1ZXO A; 2E8A A; 1WAF A; 3TAP A; 4E7I A; 1JLA A; 4BDZ A; 4JD2 B; 2HND A; 2P1J A; 2Q0R A; 1RGI A; 4H0P A; 3C6U A; 4AHU A; 2HBM A; 3ASM A; 1WUA A; 3S3M A; 2YI1 A; 3C7N A; 3SJH A; 1JJ2 M; 2O8B B; 4F3T A; 1ZBL A; 1RDC A; 3QIP A; 3QDK A; 4OO1 J; 3MMV A; 1T3V A; 2YCH A; 1C0F A; 1NJW A; 5AQS A; 1XMO K; 3LDQ A; 3MXI A; 1Z25 A; 3VF2 A; 4E7J A; 2DFF A; 1YJN N; 3AVC A; 3HK2 A; 4M3Z A; 2YHY A; 3VES A; 4DQP A; 3HP6 A; 2BH1 A; 5GAH P; 2P51 A; 3NF6 A; 4K0K K; 4IXC A; 4AF1 A; 3EZW A; 3SMP A; 4DKW A; 4CF2 A; 4AHR A; 2UXD K; 3U3Y A; 4OPA A; 5CYQ A; 4CBW A; 1QTM A; 1ASV A; 2OA8 A; 5AQK A; 3CF5 L; 4O44 A; 5C0Y A; 3AVN A; 5CY4 A; 1XI1 A; 1UAX A; 4IDK A; 3L6Q A; 5EX5 A; 4FJX A; 3OY9 A; 3VQ8 A; 3SI6 A; 4DQI A; 2FBT A; 4KHN A; 1LAV A; 3AA2 A; 5AQZ A; 1NMN A; 4CF9 A; 4M3W A; 3DOK A; 3MCA B; 1SUQ A; 3O3G A; 1HNZ K; 3HYF A; 1ZBF A; 1CZ9 A; 4RW9 A; 4K42 A; 1RDD A; 3OYE A; 1SL0 A; 3AVM A; 4DV4 K; 3HL8 A; 3QB0 A; 1HNW K; 1QSS A; 3WXI A; 2E2Q A; 4LF7 K; 4CZI A; 3O3H A; 3CYM A; 4RW7 A; 3VMF B; 4UY8 O; 5AZJ B; 1DKG D; 4E1N A; 1BU6 O; 5GAG P; 4DF8 A; 2O8F B; 1RNH A; 1OH8 A; 1HRH A; 1RTJ A; 4KRE A; 1S5J A; 1CXU A; 4O8K A; 4E19 A; 1GOB A; 4OGC A; 1SS6 A; 3KIO A; 4DTX A; 1WLJ A; 3H1Q A; 4GKJ K; 4EP4 A; 1JLF A; 3G4S N; 3K59 A; 4M7Y A; 3JYT A; 3EE8 A; 1E3M A; 3ALY A; 3AVA A; 1VQL N; 1VK0 A; 4CK1 A; 2NRW A; 2F8S A; 1X3M A; 3NFA A; 5CZ2 A; 4FSV A; 5C12 A; 3E01 A; 2XY5 A; 4J2B A; 3IRX A; 1KXP A; 1BO5 O; 1OKJ A; 1R0A A; 3HI0 A; 1ZBI A; 3OS1 A; 2X6S A; 1J5E K; 2HVH A; 4BVP A; 3A0I X; 1VQ4 N; 4C8L A; 1NJZ A; 2O4I A; 4JK9 A; 1S72 N; 1IV0 A; 1VSH A; 3CC7 N; 1GLC G; 3M5R A; 1W9H A; 1RT1 A; 4RW8 A; 3O9S A; 3PSI A; 1S1W A; 4BRI A; 3CME N; 3THY B; 2NRV A; 4PL7 A; 3UKR A; 1BL3 A; 3FZF A; 4DV6 K; 3LPT A; 2F7T A; 4H5W A; 3OYD A; 4DFP A; 4QS9 A; 5C10 A; 1KAY A; 2P9I B; 4BRA A; 3PO4 A; 1TAQ A; 4C8M A; 2CH6 A; 2E1Z A; 4F4K A; 3FLC O; 2Z1G A; 3CCR N; 3EKU A; 4KHU A; 4HWI A; 3NH0 A; 3HJF A; 3TSP A; 5E26 A; 1KD1 O; 4LF9 K; 4PKI A; 4K41 A; 1WBD A; 4BG9 A; 4LSL A; 1N8R O; 3SYZ A; 1M1K O; 1KSP A; 5GAD P; 5BN8 A; 4CBX A; 2ZQB A; 2ZGZ A; 3LDP A; 5LMN K; 5AQN A; 2CGK A; 3HOT A; 4FM2 A; 2HVI A; 2ZJP L; 2HHS A; 3KK1 A; 2HF3 A; 3O6W A; 4BR4 A; 3D0P A; 4BE2 A; 1VSJ A; 4GVE A; 2E6M A; 2A6A A; 1XC3 A; 1BA0 A; 3K9K A; 1OH6 A; 1TGO A; 4JRP A; 4QS8 A; 4AHS A; 4ILH A; 4CJ4 A; 3DJC A; 3R9P A; 1VSI A; 3LAK A; 3QBW A; 4NCA A; 3S3N A; 3OYK A; 3TAG A; 4CD1 A; 4JEP A; 3VEZ A; 1HYS A; 2HHX A; 1Z6R A; 3LAM A; 2ITM A; 3VGL A; 2FF3 B; 3SZ2 A; 4JD2 A; 3J80 O; 1LW2 A; 5IT9 O; 4CJS A; 2HF4 A; 3V9U A; 4JAX A; 1Q9X A; 4CEO A; 5LJV A; 2ZJQ L; 2X6N A; 1ATS A; 1ASU A; 3HOS A; 1NK7 A; 1SQK A; 3DLG A; 2OPS A; 1VQ9 N; 1MWM A; 4Z4H A; 2V51 B; 4H5R A; 4DLG A; 1RIL A; 3VA3 A; 3CQX A; 3DLB A; 3W0L A; 2J4R A; 3I33 A; 4OGE A; 1TYQ B; 4DQS A; 2PYL A; 3OYN A; 3PIP L; 3QES A; 3P38 A; 2IIR A; 1YAG A; 3VPZ A; 4LF8 K; 1S3X A; 1YVU A; 4OKK A; 1DTT A; 2IGI A; 1NJY A; 3SUQ A; 4BRL A; 3VEW A; 4B1W B; 1Q7Y O; 3O9R A; 4AM6 A; 1XNQ K; 2FC0 A; 1NG9 A; 3J7A P; 3QNO A; 4FJ5 A; 4PHT X; 3THV A; 3V9S A; 4FK0 A; 2PY5 A; 1TVR A; 1NGB A; 1LWF A; 3BUZ B; 2JGU A; 2QWQ A; 2QWP A; 4DQ8 A; 4MLH A; 3RMA A; 3IFR A; 4BRP A; 4B3R K; 4CGI A; 4FJH A; 2NNW A; 3O4W A; 1ZC6 A; 3NVM A; 3KLE A; 3NDK A; 1TKT A; 4B9N A; 1B92 A; 1VQM N; 1KLM A; 3A5L C; 2FBV A; 4YOX A; 4ZHR A; 2HB5 A; 1VRT A; 1SV5 A; 3L8B A; 3CC2 N; 2IVO A; 4XH4 A; 3LL3 A; 3SAG A; 1EWR A; 1KLN A; 4BRD A; 5HBM A; 4XH1 A; 2UUA K; 1EX4 A; 1JXE A; 1MA9 B; 1NWK A; 4EZ6 A; 2O8F A; 4B3M K; 2ETJ A; 4HCC A; 5EOY A; 4FZX C; 3QEI A; 3P1G A; 2XY8 A; 4MO5 A; 2YHA A; 5AQX A; 3ID8 A; 4CK2 A; 3O4N A; 2IS3 A; 4DMN A; 4DTN A; 4OKJ A; 4CJL A; 1Y64 A; 2V7Y A; 4F8R A; 5C25 A; 4WQ5 A; 2JWK A; 2HMI A; 4OLA A; 3QIC A; 4B8A B; 1C0G A; 4BC3 A; 3OYH A; 1S22 A; 3SQ2 A; 5CZ1 A; 4JI3 K; 4N56 A; 3O8M A; 3FE1 A; 5AQI A; 4H0T B; 1GLF O; 3SUP A; 4CZL A; 1DLO A; 4KTZ A; 3TTD A; 4KRF A; 3L4I A; 3G25 A; 4K43 A; 4FXD A; 3C7N B; 3U3G A; 5AFU A; 4O55 A; 2LSN A; 3RRH A; 4CJK A; 1HPZ A; 1QSL A; 1GLL O; 1T7P A; 4BR0 A; 1ZYQ A; 5BR9 A; 4IG0 A; 1XHX A; 1J9A A; 2Z1I A; 5K14 A; 2PZS A; 1D9D A; 3SV4 A; 3THY A; 4HTU A; 2VGM A; 4DHY A; 4LH4 A; 4N5S A; 3TSQ A; 4FLU A; 3VQA A; 2F8T A; 1JLE A; 1SKS A; 3V9X A; 3LM9 A; 4JKC A; 5CR4 A; 4ID5 A; 3T3F A; 5C42 A; 2P9I A; 3DRR A; 4DV3 K; 4GKK K; 3SQ4 A; 1NGF A; 4CF8 A; 3MWT A; 1K6Y A; 4B1U B; 4YOV A; 1IKV A; 5AQF A; 3KLG A; 1RBS A; 3RTV A; 4LF5 K; 3CCU N; 1YJ9 N; 2EWS A; 4FL9 A; 4CHN A; 2QEX N; 3BEX A; 4BY9 C; 2GWK A; 5M1O A; 1BQN A; 1SZ2 A; 1RT7 A; 4EHT A; 1RCH A; 4I7F A; 4BE1 A; 4BQL A; 1B9D A; 4I2Q A; 2UUB K; 3BZC A; 5MLC Q; 5DK5 A; 1NOY A; 1X3N A; 4BG8 A; 3PIO L; 5AQQ A; 4B1Z A; 4H8K A; 1QZ6 A; 2E2O A; 4DV0 K; 2XHB A; 3L3V A; 2QXF A; 1IBM K; 4BC2 A; 1U6Z A; 4M3T A; 4LF4 K; 3KWG A; 2F4V K; 4KH4 A; 2OZS A; 5A2Q O; 3F9M A; 4JI1 K; 1VSE A; 4H0Y B; 4BRC A; 1JL2 A; 1QS4 A; 3HTV A; 4R79 A; 2EX3 A; 4JKG A; 5LMU K; 3LWL A; 2NZT A; 3BGR A; 1YTA A; 2AP1 A; 5C2F A; 4F2S A; 4ZTF A; 3AO1 A; 4KH5 A; 3HVT A; 5TKY A; 3CJ9 A; 2ASM A; 5DMR A; 2PFU A; 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5I3U A; 1NGE A; 4BC5 A; 1Q81 O; 1XQS C; 2VWB A; 3O9U A; 3L2Q A; 3FZK A; 1FJG K; 3O9Q A; 3KWI A; 5E41 A; 4O4G A; 3CMA N; 2NUB A; 3GE1 A; 1NKB A; 4K8Z A; 1HMV A; 4JS4 A; 1ITG A; 4CHP A; 4OPJ A; 3LPU A; 2V7Z A; 2IDO A; 1NOZ A; 3WXL A; 4BGB A; 4CGF A; 1G15 A; 3UE5 A; 3S3O A; 1NU0 A; 3LP0 A; 4FWK A; 1ESV A; 2HNZ A; 2YNI A; 4CJQ A; 3OYI A; 3D45 A; 3K5M A; 1N33 K; 3TR8 A; 2D5R A; 3LDN A; 3EZ5 A; 5AQU A; 3V1Q A; 4Q0B A; 3CPW M; 1QQN A; 4GNI A; 4WQ5 C; 1MU2 A; 2A3Z A; 3R3L A; 2BUP A; 3D6R A; 5M1N A; 2O8D B; 4JI6 K; 1XHZ A; 4DSJ A; 4KHY A; 1S6Q A; 2HBL A; 2YX6 A; 2UXC K; 3ITH A; 2DFE A; 1QQO A; 2R7Y A; 1VSK A; 3CCJ N; 2QKB A; 4K8X A; 4KI6 A; 3AVL A; 4CZG A; 4FJ8 A; 3J81 O; 2KTQ A; 5CE3 A; 3D7E O; 3I8B A; 2HST A; 2GEL A; 4Z4F A; 5BN9 A; 1QQM A; 4DQQ A; 4F2R A; 4FJJ A; 1Q18 A; 2YNH A; 4A5A A; 3D2F A; 4CJR A; 3ZX0 A; 4CZF A; 3L0Q A; 2VCP A; 2E4L A; 3MWP A; 2G8U A; 4RW4 A; 1G99 A; 2HMP A; 3RVC A; 3NH1 A; 3PO5 A; 3P31 A; 1QE1 A; 5EU7 A; 3SCX A; 4KH6 A; 4RG8 A; 1HKC A; 1T03 A; 1KTQ A; 5JIC A; 4I6M B; 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