4FWPA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gdp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA02
3EKUA 3AARA 5BR9A 4PKHA 1MDUB 2QWQA 1J6ZA 5KQ8A 1NBWA 2GTDA 2QWRA 4CI6A 1KXPA 2ASMA 3BUZB 5KPTA 3FZMA 3LDPA 1ZXOA 4F9OA 2BTFA 3FZFA 4CZLA 3D7EO 4WYBA 3S41A 1NGJA 2PAVA 3RSEA 5AZJA 5FPNA 3FZKA 4CZEA 3H46O 5AQJA 2HF4A 3ZX3A 4K25A 3LM2A 1MWMA 3AY9A 4EHUA 2GELA 5AQSA 4B1UB 4FWPA 3QFPA 4BREA 2FF6A 1YXQA 1GLDG 4WQ4C 3A5LC 4M63C 2Q31A 4JHDB 3G25A 4MLHA 5AQQA 5FPEA 3VEVA 5BN8A 1HKCA 2V51B 3O8MA 2QWOA 5LJWA 1BUPA 3FGUA 3MN5A 1GLCG 4CZHA 4IWVA 5F1XA 3IFRA 4AM7A 4BRIA 2P9SA 1DGKN 5LJVA 4CD1A 2P9UB 1QZ5A 5I9EB 4I6MA 3UKRA 4Y0WA 2Q97A 4H0PA 3DXKA 5AQTA 3IUCA 2FF3B 2E88A 1XC3A 3IMXA 5EY4A 2E8AA 3FZLA 5EX5A 3DJCA 2V7ZA 4M7YA 2NRHA 1IJJA 3GDQA 4IZ9A 1ZC6A 3FR0A 5B8HA 4BC3A 1SQKA 5AZJB 3RSEB 4L3QA 4FSVA 1NGIA 2A42A 2Q1NA 1T6DA 2AA4A 4B9QA 3ENHA 3LM9A 5JMVA 3H45C 3WEEA 5KPZA 1R59O 3VPZA 4PKIA 1XQSC 2D0PA 4CBXA 4H5TA 2ITMA 2Q0RA 2E2OA 4KBOA 1NGGA 4QS8A 5BREA 3GL1A 4RWTA 5JICA 3ZEUB 2KHOA 3R8EA 5E84A 5KPRA 4DQ8A 5EVZA 3FZHA 4CZFA 1Q18A 3QMLA 4M7XA 3UE5A 1QHAA 2P9SB 4FWLA 2IVNA 4RCHA 2QWNA 4FWQA 4PL8A 4I6MB 2IIRA 1E4GT 3UKRB 4JAXA 1HX1A 4C23A 2QWPA 4FPAA 1WUAA 4CBWA 4BRLA 1HPMA 5AQKA 3W0LA 2D4WA 3DAWA 2P9IA 3O1BA 3SLCA 4YDUA 2W40A 4PL7A 1KAYA 4MLEA 1ZBSA 4CZGA 1HKGA 4BR5A 1ATSA 2OANA 4MO5A 3U9ZA 1HUXA 3U4LA 3HI0A 3L6QA 4H03B 4QS7A 3MMVA 1TUUA 3CJ9A 2Q2RA 5AQHA 3W3DA 5BRFA 3L0QA 2FSJA 3UKUB 2QWLA 1U2VA 3WEEB 1TYQB 3CQXA 3D2FA 3H3OB 5AQXA 4HTLA 5AQZA 3DXMA 4MO4A 3GE1A 5AQNA 4J8FA 3M3ZA 3H1VX 3H6EA 1NGHA 4EHTA 4WQ5A 3VENA 2HMPA 4NB4A 2P9KB 2A5XA 2EWSA 2GWKA 3VGKA 5E26A 1NGCA 4BRKA 4H5RA 5AQOA 1E4FT 2ASPA 2CH6A 2YJFA 1YVNA 1C0FA 1QQNA 1ATNA 1GLJO 1KAZA 3DWLA 3C7NA 3R9PA 4BRMA 5AQRA 4FWMA 4ISEA 2QWMA 4JD2A 2GUPA 1WOQA 3EZWA 1HLUA 1X3NA 3ZEUA 3VEXA 2P9IB 4DCHA 1EQYA 3H3NO 3FLCO 5F2RA 1RGIA 3F9MA 1BO5O 4BG8A 4BG9A 1NGAA 4K42A 3SK3A 2ZGZA 4YDUC 4Z94A 3QB0A 3B8AX 3FE1A 2CH5A 4A2AA 3KHYA 3ATUA 4BVOA 3LL3A 4EFHA 1DEJA 5AQGA 2E2QA 1ESVA 3KVGA 3FFKB 3HBTA 1U2VB 3D2FB 4CZIA 2Q36A 4H0TB 1Z6RA 2HF3A 3DXMB 1NWKA 5BPMA 3SMSA 3ZETA 3WXIA 4BR7A 3BEXA 5TKYA 1JCGA 4FOIA 4BRDA 2D1KA 3MN6A 4FOEA 1BA0A 4BGAA 3UKUA 3GOIA 3HZ6A 3P4IA 4FWNA 1TYQA 4BC4A 3M6GA 4BR2A 1DKGD 2P9NB 3O6WA 3CERA 3C7NB 3C0BA 4BC5A 4BR0A 3U9DA 5BPNA 2VCPA 4E1JA 1GLBG 4BROA 5FPDA 3TPQA 4BRPA 4JD2B 3VETA 2V52B 4NO7A 3VEZA 3CJ7A 2P9KA 4FWRA 3VEOA 1S22A 3WQUA 3BP8A 4B1XB 4FPBA 1Z05A 1NM1A 5LY3A 1BU6O 3LDOA 3WXKA 2P9PB 3HM8A 2E2NA 4H0OA 3SMPA 4BRQA 5AQPA 3O08A 4XEIA 2DPNA 1NMDA 1NGFA 2VYPA 4K41A 3QFUA 4B1ZA 3GG4A 4BQZA 4CZKA 1LOTB 1HKBA 2AP1A 2ASOA 1QQMA 1JCFA 4CZMA 5JLHA 5F0XA 3ID8A 4O5FA 3ZETB 3J8AA 4ISGA 4BRGA 3UB5A 2A40A 3EKSA 2Q0UA 4BRCA 4AM6A 1MWKA 2VWBA 3QBWA 3ATVA 3ZX0A 2YHWA 4H5NA 5AQLA 2H3GX 4BQLA 3CHWA 4LC9B 1NGBA 3CJBA 2QM1A 3EL2A 1XUPO 1P8ZA 4EIAA 3GBTA 1T6CA 1U6ZA 3CETA 4CZJA 2I7NA 3CJ1A 3ENOA 3WUHA 1OKJA 4BGBA 2CGJA 4QS9A 1S3XA 5FPMA 3MK6A 1D4XA 3EO3A 3KZBA 4H0YB 1NLVA 1YUWA 2E1ZA 1RFQA 2P9LA 3JXUA 1NGDA 1G99A 3CQYA 2J4RA 1YAGA 4PKGA 2P9NA 2E2PA 1BWFO 2HOEA 2ZWHA 1IG8A 2A41A 3OHRA 3WT0A 3A0IX 2CGLA 4XH4A 4EAHD 3LDQA 1GLFO 4FWKA 3VEYA 3HTVA 5AQVA 1BOTO 3M1FA 2WUSA 3ZX2A 2YCHA 5BN9A 2P9PA 3LDLA 3CIPA 3VF6A 2E20A 5AQMA 5ADXA 2YHXA 1K8KA 4BRHA 4BVPA 1V4SA 4RTFD 5AQFA 3MN9A 2YI1A 3LDNA 4IJAA 3L4IA 1QZ6A 3O4WA 5ADXH 3VF4A 4FWSA 2FXUA 3QBXA 1X9JA 3VESA 4CBUA 3ULEB 2YJEA 3AAPA 4FL9A 3IDHA 4B1VA 2ZF5O 2GEMA 5AQUA 4BRFA 4H5WA 1CZAN 3VGLA 5JLFA 5CE3A 5AQYA 4FO0A 1HJOA 1JCEA 4GY2B 4XH5A 1RDWX 2PBDA 2IVOA 4DB3A 4B1WB 2A6AA 2FSKA 4DHYA 1X3MA 2P9LB 2GWJA 3D2EA 3O80A 3WXLA 4WQ5C 3A5OC 1MA9B 2QXLA 4BRAA 4BR9A 2BUPA 5ELZA 5AQIA 2CGKA 2IVPA 4CJ7A 2W41A 1SAZA 3BF3A 4XH1A 5AQWA 4CD3A 3QDKA 2A3ZA 3O1WA 3HSCA 5AZIA 5BRDA 1GLLO 3O5BA 5BPLA 3VOVA 3MDQA 4A62A 4H0VB 3A5MC 4FWOA 5EOYA 4B1YB 1ATRA 2E1YA 2F9TA 3JS6A 3R6MA 1T44A 3A5NC 3H1QA 3WXJA 4IXCA 1K8KB 1NGEA 4BC2A 2V7YA 4K43A 2QW9A 4GNIA 2NLXA 3CJCA 4HWIA 4JN4A 4JNEA 1GLAG 1SZ2A 4WQ4A 3VERA 4H0XB 5AR0A 3A8YA 1LCUA 2ZGYA 3I8BA 4A2BA 1KAXA 4ISFA 3BF1A 3CJAA 3TU5A 1Y64A 1H1VA 5AFUA 1C0GA 4IJNA 2UYTA 3SJHA 3EN9A 2NZTA 4BR4A 3VEWA 4JHDA 2D0OA 5BRHA 2F9WA 3DXKB 2YHYA 3VF2A 5EXWA 3D2EB 5AFUH 1V4TA 3ULEA 3MN7A 1GLEG 2FLOA 1QQOA 4H5VA 4O8KA 3VGMA 3CI5A 4BRNA 4A61A 5KQDA 1TUYA 3WQTA 2I7PA 3MCPA 3QICA 2P9UA 4IO8A 3U8XA 1BG3A 3AAQA 1BA1A 2FSNA 3I33A 5AZIB 1BDGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJJA 2F8SA 5BR9A 3S3OA 2QWRA 2YX6A 2D5RA 2B4JA 1ZXOA 4DU4A 4CZLA 1IKVA 3D7EO 4M42A 1KCFA 5FROA 4LSNA 4CIGA 1EX4A 4K25A 1MWMA 1VQ9N 5DM6L 2W42A 3J80O 1SL2A 2QKBA 1VQON 1GLDG 2G8HA 4DR5K 4BWMA 3HO1A 3CG7A 4DR3K 2KZMA 1NKCA 3G25A 1D9DA 1NKBA 2OTJN 5FPEA 5JS2A 1SV5A 4H4MA 3FGUA 5IWAK 4OX9K 1GLCG 3IFRA 1TKDA 2P9UB 5I9EB 1YTUA 3IG1A 1Z25A 1Q9YA 1XMQK 4Y0WA 2Q97A 4NXMK 1YVUA 3DXKA 3OYCA 2E88A 3QERA 5JVHL 3RRGA 4ID1A 3ID6A 1TVRA 4OJRA 1L3TA 2V7ZA 4ILHA 4JEPA 1IJJA 3HM9A 1TK8A 4KHQA 2BE2A 1CXUA 3OYIA 1NGIA 1NK5A 3ZT1A 4FCYA 4FJGA 3NH2A 2Q1NA 1NU0A 4BDZA 4E19A 2AA4A 3PSIA 3WEEA 5KPZA 3VPZA 4PKIA 1FK9A 3P1GA 4CEZA 4CJUA 4X66K 1HNXK 3SYZA 4CBXA 2B6AA 4FJMA 1KQSM 4DQPA 1NGGA 5BREA 2W6LA 4AQYK 5JICA 5KPRA 4B3MK 4DQRA 3PSFA 1Q18A 1IO2A 3UE5A 4KH4A 1LWFA 4CEQA 3V9XA 1E3MA 1QQCA 1GOAA 3SJJA 3AVGA 3O4QA 2IIRA 1WBBA 5M1FA 4DV0K 2VGNA 3O9TA 2DFFA 3CXCM 3CCLN 1HPMA 5KGWA 1CZ9A 1NK4A 3KK2A 4NCAA 1C1CA 1KAYA 4MLEA 3G4SN 1ILYA 2XHBA 1ZBSA 4CZGA 4JKGA 4BDPA 2RF2A 4H03B 4CF8A 3VA3A 1YHQN 2BDPA 4B9UA 4FYDA 3OYGA 1FJGK 4CJFA 1UA1A 3WEEB 1TYQB 5LMUK 3KWIA 4HTLA 2BANA 1GOCA 4R5PA 5AQZA 4CK3A 1TKXA 4B3RK 5CYQA 2HHVA 1HYSA 5C15A 4DF8A 3J7ZO 1D8YA 4CCHA 5KTQA 3OYEA 3AVHA 3VA0A 1E4FT 1HYVA 1A5XA 2CH6A 4YOWA 1YVNA 3CCQN 3R9PA 3QIOA 4FK0A 2HVIA 4ISEA 3QEPA 3K2PA 2IGIA 4BE2A 1Y97A 4FLVA 1RBUA 3VEXA 3OYBA 4DCHA 2G8UA 3FLCO 3F73A 4ZTFA 2QI2A 4JKGB 3SK3A 4YDUC 2R7YA 1DTTA 3RRHA 3QB0A 1KRPA 4E7JA 3KHYA 4FVMA 1UA0A 3LL3A 4N76A 3NE6A 5AQGA 4GKJK 1SL1A 3DLHA 3ULDA 5I42A 1C0TA 2Q36A 4IFYA 3V1OA 4OGCA 3NFAA 5BPMA 4JI7K 3ZETA 1N5YA 3CCRN 2OTLN 1VQ6N 4DLGA 1BA0A 3B6OA 1BCOA 3PIPL 3HZ6A 3M6GA 2YV0X 3QLHA 3CERA 3SBTA 5BPNA 3U9DA 5CR4A 3SBGA 4BRPA 3VETA 3VTHA 3QO9A 4DWIA 4FWRA 5C10A 1S22A 4LFAK 1K9MO 3R1XA 3NF6A 1VQMN 3IKMA 3THWA 3LDOA 3DRRA 2P9PB 3WNFA 4UQGA 4DQQA 3B6PA 4DTXA 3OS2A 5KRSA 4J2AA 2HNZA 4B8AB 3PLAA 4KPYA 2DPNA 3TAEA 4B9LA 2VYPA 4K41A 5CHIA 4FZXC 4O55A 4BQZA 3M8PA 2ASOA 4DSFA 4E7HA 4YORA 3SAFA 5GADP 3V9SA 3K9JA 3SPZA 3ZETB 3J8AA 1B92A 4CIEA 1KLMA 2A40A 2FBTA 3EKSA 1L5UA 2Q0UA 1DT9A 1BIZA 1VQLN 4BRCA 2HSTA 4CGJA 1QTMA 3ATVA 2NRXA 3CHWA 2ZJRL 1NGBA 3EL2A 4EIAA 4M3TA 4JRQA 3CJ1A 4CJVA 3ENOA 5M1OA 3VQ4A 1W97L 3WUHA 1K8AO 2CGJA 4QS9A 3K5OA 3VQAA 3PO5A 4YHHK 3EO3A 4WF9L 1NLVA 1NJZA 3OYDA 2RKIA 4N47A 3ZSWA 1RFQA 3HSTB 3LP1A 1NGDA 3THWB 3HL8A 2VGMA 4LF4K 5FRNA 5C12A 4CHZA 1OH8A 1RT4A 1LWCA 3SQ1A 1RDAA 3ZYYX 3LDQA 4CVNE 3HTVA 3QEXA 5HBMA 1ZBUA 3M1FA 3AO4A 4CFAA 3ZX2A 2YCHA 1A5VA 2LSNA 3AO1A 3KK3A 2YHXA 4BRHA 4GV6A 2BH1A 1V4SA 3CCMN 1VRUA 4MFBA 5AQFA 3BGRA 5KI6A 2D0AA 4JLHA 3O4WA 4DUZK 4FWSA 2JWLA 4JKAA 3ULEB 5D3GA 2F8TA 3KWGA 1O1WA 4KHWA 1Q8IA 5AQUA 3C6AA 3VGLA 4PY5A 5GINA 3EE8A 1QSYA 2PBDA 3AVAA 4B08A 2A6AA 1C0MA 3OYAA 4RW4A 2E5LK 3DRPA 1IG9A 3I0RA 4DR1K 1XC9A 2I5JA 3O80A 3BZKA 3WXLA 1OH5A 4DLEA 2UUAK 4CK1A 2KLAA 1MA9B 4BR9A 1JLCA 3CCVN 2BUPA 5ELZA 2CGKA 1BQNA 1MU2A 2IVPA 3T1AA 3LPUA 4CJWA 3NGIA 4LF6K 5M1QA 2PZSA 3R3LA 4LSLA 5AQWA 2A3ZA 1EO1A 4FK4A 1VQ5N 1R0AA 3MDQA 3BDPA 1ATRA 2E1YA 2F9TA 3CMEN 1JL2A 1YTAA 3R6MA 1I39A 3A5NC 4CGGA 3LZJA 1NGEA 3KIOA 4E7LA 3CJCA 4HWIA 1YITN 1KLNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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