3V9SA

Crystal structure of rnase t in complex with a product ssdna (aac) with one mg in the active site
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 63
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9sA00
4DU4A 2O4IA 3SPZA 4E7KA 4OGEA 4E7JA 2XY8A 4N47A 3L3VA 3LP1A 4I2PA 1EX4A 1FKOA 4HVJA 1B9DA 1EKEA 3VQ6A 2HNZA 1KVBA 3SYZA 3PX0A 1VK0A 3SUOA 1RT6A 4FLVA 2KZZA 4CGIA 3NHGA 3DMJA 3EY1A 4FJKA 4CFBA 4IDKA 1NK0A 1KFDA 3LAKA 4OVLA 4CGDA 1NOZA 3DOKA 3UIQA 1S5JA 3HVRA 4CF0A 3PX6A 2JGUA 4BDZA 4RG8A 4IBNA 4FK2A 2YHBA 3L2RA 4FLYA 1TL1A 1F21A 3OS2A 2YNIA 1NKBA 1NOYA 3OS1A 4M3WA 2BGGA 3U6FA 4KHQA 2YNHA 4B08A 2HNDA 2O4GA 4DS4A 3V9SA 1TK5A 3AV9A 2ZQBA 4KFBA 4BWMA 2W42A 1BI4A 2PYJA 2D5RA 2IGIA 1HQUA 4I2QA 1J54A 4AHTA 4CECA 4CIGA 3TAEA 4K8ZA 1TK8A 1J9AA 2QXFA 3I0RA 1W0HA 4E19A 3LWLA 4M42A 3OYKA 4EP4A 3SZ2A 4PQUA 1RDDA 4DLEA 5CZ2A 3VQ7A 3IS9A 4ICLA 2F8TA 4FZYA 3K57A 1X9SA 4C8KA 4N41A 3HVTA 1WSEA 3LAMA 1RT5A 1RCHA 2YKNA 4YFUA 1BIZA 3K5MA 2OPSA 3NFAA 4FJGA 2KQ2A 5DMRA 4Z4EA 4AILC 2BANA 4HCCA 4HCBA 4KI6A 1X9WA 2G8HA 4N5SA 5J2MA 3C6UA 4FCYA 4ID5A 3QEIA 3NF6A 3HL8A 3V9ZA 1YT3A 4BACA 3TANA 1RTDA 3RRGA 3MXJA 4FLUA 4FJJA 3ZSZA 1C0TA 3OYAA 1X1PA 3MXIA 3HXMA 4IKFA 1ITGA 3VQ8A 3M8RA 2HW3A 3P5JA 2ETJA 3QIOA 4NYFA 3KLGA 1IKWA 4CK1A 4FVMA 3SCXA 4KI4A 1EXQA 1FXXA 3ZT0A 1SL2A 3TAQA 2XY6A 1ASWA 1SV5A 3OJUA 1L3TA 2X6NA 4DTOA 1T03A 4C8OA 4M45A 3AO1A 4NCAA 2I5JA 3QEVA 2F96A 2OPRA 2P51A 2FBXA 4KHNA 4HHTA 3S3MA 1ASUA 4DMNA 1HYZA 2ITGA 2G8VA 3LPTA 4M41A 2X74A 4DTNA 4B9NA 4KAZA 5HRNA 2QKKA 3AVNA 2A1RA 3QLHA 1LV5A 4LH4A 5J1EA 4CGHA 1S6QA 4QOZB 3AA5X 1WSJA 1XHXA 3IG1A 5HBMA 4CJRA 3DLGA 1BIUA 3AA2A 2Q3SA 1GOCA 1C1CA 4KHYA 4E89A 4CEFA 2OPQA 2P1JA 1IKVA 1JLQA 1Y97A 3D45A 4I9LA 1JLFA 3KLHA 1A5VA 3KD5E 1VRTA 4F8RA 3F9KA 3LPUA 3QERA 5HLFA 1DTTA 3IAYA 2D0AA 1X9MA 1SKSA 3ULDA 3ISNC 4BE1A 4C8MA 4BE2A 4CJTA 4GMJB 1G15A 4I7FA 3S3OA 1NJZA 4MFBA 5HROA 3TAGA 1NK6A 4PA1A 4Z4GA 4JLHA 1C0UA 1HNIA 1SKRA 4KB1A 3AVFA 4E7HA 4GVMA 3TAPA 3ZCMA 4AHUA 3TAMA 1KVAA 2X78A 3LWMA 4DF4A 3I8DA 3OYJA 4CJPA 1TK0A 3AVIA 2A1SA 1CXQA 2HHTA 1HRHA 3VQDA 3HP6A 3DLEA 3NH2A 2FBVA 3AVMA 1RBVA 3NF9A 3HPOA 5CY4A 1BGXT 5FRMA 1QS4A 4DU1A 4O55A 3QETA 1RTJA 2YNFA 3S9HA 2Y1IA 1ZBFA 1RDBA 1JKHA 4O5BA 4CFAA 1Q9YA 1JLAA 4BE0A 4AHRA 3QNNA 3AVLA 3OYFA 3CG7A 1Q9XA 4OKKA 2BDPA 4DQPA 2HHQA 3KLFA 3B6PA 1Z25A 1SUQA 3DRRA 1ASVA 4G1QA 1RDAA 4IFVA 4FM2A 1XC9A 2HHSA 3TARA 1LWEA 4QAGA 4OKEA 1BL3A 3MEGA 2AJQA 2EX3A 4Q0BA 4CJUA 3BDPA 1XI1A 1TAUA 1C0MA 3SUQA 4HUEA 1KFSA 4FJ7A 1U04A 1UAXA 2GBZA 3QINA 3ZSWA 4DQRA 4F3OA 1S9EA 3VQ5A 2DTUA 1ZBUA 4Z4CA 4CJFA 3M8QA 3TWHA 4CIFA 3CYMA 4B9VA 4DQIA 4KHUA 1VSHA 4FLWA 5D3GA 1UA0A 5CYQA 1S1WA 2B5JA 2NUBA 3NGYA 5C42A 3QESA 2RPIA 2JLEA 3AVHA 3O3FA 3OJSA 1IKYA 4CCHA 5HRPA 3WNGA 3KK2A 3DM2A 4M3YA 4NYNA 3OYEA 1C6VA 1RTHA 3D0PA 3K5LA 1KLNA 3L2QA 1FKPA 3MECA 4OPKA 3V6DA 1WLJA 4CIEA 2XY7A 3QO9A 4F2RA 5KI6A 4CERA 3KK1A 3OYIA 4CJWA 1QTMA 4FLTA 4J2EA 1UA1A 4GW6A 3QEPA 4CEEA 1T7PA 4K8XA 1SL0A 3VQCA 3AO3A 3NGZA 3AVCA 3OYGA 3RRHA 3QNOA 4DFMA 2OA8A 1RBSA 4M3UA 3DI6A 3LP0A 1VSEA 4RW6A 4DTPA 4O0JA 1C1AA 4DS5A 1IKXA 3DLKA 5SWMA 3PUFA 3VQEA 1C1BA 1D8YA 3NH0A 1J53A 4DG1A 5FRNA 4E3SA 3L2VA 2G8IA 2YV0X 1K6YA 4KTWA 1JLGA 4CJVA 2HNYA 3HM9A 4FJ5A 4J2DA 1TV6A 3OYDA 2Y1JA 3RR7A 4F3TA 1IH7A 4BWJA 4LH5A 3CFPA 4MQ3A 3ASMA 2DFEA 2F8SA 4CEDA 4HUFA 2HHXA 1VSJA 1WSIA 4B9LA 1RT4A 1NK8A 2IAJA 3AVJA 5J2QA 4OKJA 1W9HA 4CEQA 4YNQA 1RBRA 4W5QA 3KLEA 1VRUA 2E4LA 3F73A 3VA3A 1NK7A 2RKIA 2RN2A 4E1MA 3LANA 3LP2A 1L5UA 3OYNA 4FJ8A 4LD0A 4DFKA 2XRIA 2EHGA 1BI4B 4M3XA 1TGOA 3KKRA 2PYLA 1KRPA 2VWJA 2OYQA 1R0AA 4FW2A 1GOBA 4CGFA 4W5TA 3SV4A 4J2AA 1J5OA 4DWIA 3TAFA 1NK5A 5JS1A 3WNHA 4ID1A 3SQ2A 2DY4A 3K58A 4O4GA 4DTSA 3DRPA 4FLXA 3SI6A 3SJJA 1S9GA 3OY9A 3VQPA 1LWCA 1JLCA 3NCIA 1GOAA 3AVKA 5KTQA 3LALA 4IG0A 4ZTJA 4EP5A 3V81A 2VG7A 2P5OA 4AHVA 4KPYA 4Z4IA 4M3ZA 2Z1JA 2FC0A 4DSLA 1Q8IA 4CHOA 5I42A 3C95A 3RWUA 4I9QA 2G8KA 2GV9A 3V9XA 3MEDA 1LW0A 3LP3A 1JXBA 3NAEA 4DQSA 2HVHA 4CEOA 1VSDA 1YTAA 2IDOA 4RW8A 4CHPA 2DFHA 4CF1A 3AO4A 4DSEA 3H08A 4NCBA 3P83D 4IG3A 3LDSA 5HP1A 2HHVA 2KTQA 1JL2A 3O3HA 1HMVA 3FFIA 1T8EA 3OVNA 1WSGA 3AVBA 2P5GA 4FJNA 2HHUA 1L3SA 1CZBA 1LWFA 1D9FA 1L3UA 4BDYA 3OYMA 1ZYQA 1I3AA 4PWDA 3KJVA 3LZIA 3V1QA 1Z26A 5C24A 5KRSA 1RT7A 1S1UA 5KGXA 4OLAA 1JLEA 4CJEA 3CFOA 3DLHA 1BCOA 1WAJA 4CHZA 1N5YA 3RMAA 3DLBA 4FXDA 4TSXA 3SV3A 4FW1A 3SQ0A 1NK4A 1UWBA 4DSJA 1CLQA 3KTQA 1I39A 1DTQA 2VG6A 2YNGA 1ZBLA 2KFNA 1YTUA 2E6MA 4DTJA 3ITHA 2G8FA 4FZZA 1A5XA 3MAQA 4E0DA 2D0CA 1DLOA 4CJSA 4N76A 4Z4FA 2B4JA 3A2FA 4B9SA 4KHSA 4FK0A 1KSPA 1REVA 5I3UA 4FYDA 2HHWA 2KZMA 3ZT4A 3OYBA 4JRPA 3QEXA 3RMBA 3NF8A 3MXMA 2IOCA 3ZSOA 4CJKA 4O44A 3JSMA 4JS4A 4B8AB 4XIUA 1RDCA 3L3UA 1IG9A 4LSLA 3K59A 3SNNA 4FJMA 4KREA 5KRTA 2VG5A 2RF2A 2VWKA 4DSIA 2B6AA 1SL1A 3HO1A 1RILA 4DFJA 3SQ1A 4FM0A 3PO5A 3SQ4A 3KIOA 5FROA 4CEZA 1KCFA 1HJRA 1VSIA 3I0SA 4QCLA 2BE2A 1D5AA 2LSNA 2XHBA 4RW9A 2Z1IA 1KVCA 3T3FA 5KGWA 5SZTA 1O1WA 1LAWA 4H4OA 1U48A 1CXUA 4KO0A 4Z4HA 1RTIA 1HQEA 3ALYA 3RR8A 5DK5A 1LW2A 5T7BA 2Z1GA 3G0ZA 3HPGA 4ZHRA 3QIPA 5HRSA 3TR8A 4DFPA 1U49A 4ZTFA 1NJXA 2G8UA 1A5WA 4IFYA 3K2PA 4CHYA 4CGGA 1WSHA 2HVIA 2OZMA 4CJ3A 1S1TA 3AA3A 4DSFA 5J2NA 4Q5VA 3L2UA 2KFZA 2X6SA 4W5NA 1RBTA 3WNEA 1D9DA 1QSYA 3DOLA 4H4MA 2G8WA 2ZE2A 4CJ5A 3ZSYA 1NJWA 2WOMA 3PX4A 1S6PA 4DQQA 4DU3A 4CJ4A 4Y1DA 1BQMA 4M3RA 4AH9A 3AO5A 1WNSA 4CESA 5HRRA 4BDPA 4EZ6A 4J2BA 4E7LA 5C25A 1NKCA 3P1GA 3HT3A 2ATQA 2R7YA 1L3VA 1JXEA 1N6QA 3NH1A 4DTMA 1RT2A 2D0BA 1QHTA 3V4IA 5CYMA 4KRFA 2Z1HA 3KKSA 1TAQA 4W5RA 4O0IA 1EP4A 1RNHA 3S3NA 4CF2A 2ZD1A 1NKEA 2WONA 3V9UA 3M8SA 3DYAA 2FBTA 2IC3A 3G10A 1HYSA 1WAFA 1RT1A 1KTQA 3K5OA 1U47A 3QEWA 3VQ4A 3AA4A 4AHSA 4DF8A 3C94A 1FK9A 1XWLA 3ZT1A 3BGRA 3OS0A 3B6OA 4ELTA 2E6LA 1S1XA 1HPZA 2KW4A 1BHLA 3O4NA 1TKTA 4RW4A 1VSLA 3CM6A 2XY5A 1SKWA 4Z0UA 4CEBA 2YKMA 1ZBHA 4CJQA 1B92A 4CK3A 3V9WA 1UOCA 4F4KA 4Y1CA 4KKOA 5JS2A 3M8PA 4C8NA 4DTUA 1CZ9A 4B9TA 3T19A 4FJXA 4AHCA 1QQCA 1TL3A 1RBUA 1LAVA 3PV8A 1VSFA 4JRQA 2DFFA 3AO2A 4N56A 3THVA 1ZBIA 1QE1A 4FZXC 3VQQA 3T1AA 3C6TA 3IRXA 3ZSVA 4JS5A 1HNVA 4CEAA 1XHZA 1IO2A 1NK9A 1S1VA 3K5NA 4C8LA 1MU2A 1TKZA 3TABA 4ELUA 4DSKA 4EZ9A 4M3TA 5E41A 5CZ1A 4ELVA 3CM5A 5K14A 3HP9A 2HB5A 3VQAA 3WNFA 4L8RB 4OPJA 4DTXA 3ZT3A 3MEEA 3EYZA 3DRSA 1BQNA 4KV8A 2QKBA 4CHQA 1HYVA 4CJLA 1QSSA 4F2SA 4OLBA 3KD1E 3VQ9A 3V1OA 2XO7A 4OJRA 3U3YA 1QSLA 2HMIA 3NF7A 3VQBA 1YVUA 3OYLA 3KK3A 3SPYA 1U4BA 2PY5A 4FK4A 3V1RA 1EETA 3ZSQA 3TI0A 3PO4A 4KTZA 3E01A 4FJHA 4KTQA 3LZJA 1VSMA 2IS3A 4PUOA 1BCMA 3HJFA 1U45A 4R5PA 4RW7A 1TVRA 3AVGA 2OPPA 4FLZA 4FJ9A 4W5OA 3HK2A 3HPHA 1JL1A 3L2WA 3NDKA 4NCGA 3SUPA 4KB0A 4H8KA 1RT3A 4FM1A 2GUIA 3O3GA 4OGCA 4E7IA 3PY8A 5FDLA 4CFCA 4B9UA 4CGJA 4DTRA 3ZT2A 3RMCA 3O4QA 3L8BA 4PY5A 3SUNA 5EU7A 5J2PA 4B9MA 4LSNA 3NBPA 3RMDA 1BISA 2QK9A 1WSFA 2FBYA 4E1NA 4B8CA 3ZSRA 4CK2A 3CQ8A 4CF8A 3AVAA 4CFDA 3NE6A 3DLRA 3HYFA 4HTUA 2PZSA 2OZSA 1NJYA 3OYHA 1KLMA 3NGIA 4UQGA 4FJLA 3HSTB 4FJIA 4B3OA 1TKXA 3KLIA 2YHAA 4CF9A 4DLGA 1JLBA 1WN7A 3EZ5A 4KHWA 4HUGA 3ZSXA 4CHNA 1B9FA 4LY7A 4WE1A 4CE9A 3CFRA 1TKDA 3VA0A 3OYCA 1T05A 3JYTA 1VSKA 3VN5A 3RTVA 3U3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SPZA 4OGEA 4B3SK 2XY8A 2NRWA 4DR3K 3L3VA 4I2PA 2HNZA 1VK0A 4O8UA 3DMJA 3WQTA 4CFBA 3LAKA 2P9LB 2QWRA 3DOKA 2JWLA 4BDZA 4RG8A 4BQZA 3OS1A 1QVFM 3DWLA 5JLFA 3GG4A 2YNHA 3V9SA 1TK5A 4BWMA 2W42A 4FO0A 4AHTA 4IXCA 1J5EK 2QXFA 4E19A 3LM9A 4EP4A 5CZ2A 3VQ7A 4BRNA 3CC7N 4UY8O 4X62K 4YDUC 1HJOA 3N4PA 2YKNA 3K5MA 1BIZA 2OPSA 1WBBA 2KQ2A 4XH1A 4ISGA 4HCBA 2G8HA 3NF6A 1RTDA 3BF1A 1HNZK 3RRGA 3ZSZA 3QFPA 1C0TA 4FWOA 2Q0UA 3VQ8A 4CK1A 1EXQA 5AQTA 3TAQA 3OJUA 4C8OA 5AZJA 1XMOK 4NCAA 3P38A 3H3OB 2E2PA 4H0TB 2ITGA 4JKHA 4PL7A 2X74A 5KPZA 3AGRA 1NMDA 2QKKA 4A57A 4LH4A 4QOZB 4IDHA 2YJEA 1XHXA 3IG1A 4PHTX 1BIUA 1H1VA 3TTCA 4GV6A 1C1CA 4OO1J 4U7BA 3H45C 4E89A 2OPQA 2P1JA 1IKVA 1JLQA 1Y97A 4I9LA 3KLHA 5C15A 5AQUA 1A5VA 3F9KA 3LPUA 5KPRA 3THYB 3TSUA 3ULDA 3MN9A 3EE8A 3VEVA 1OH8A 3S3OA 5HROA 4PA1A 5M1PA 4JLHA 3SAHA 3TAPA 3ZCMA 4FL9A 2ZGYA 4H0OA 2X78A 4DF4A 4RWTA 2NRRA 2HHTA 3IFRA 3U9DA 4LF8K 3NH2A 2FBVA 3AVMA 1EWRA 1QS4A 3HRGA 4O55A 1RDUA 2YNFA 2VCPA 1JKHA 2QWNA 4O5BA 3QNNA 3CG7A 1Q9XA 4DQPA 5AQQA 3KLFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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