1RDBA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMQLMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdbA00
4CFAA 3K5LA 1T05A 2AJQA 1RBVA 3PO5A 1IO2A 1EP4A 1NJXA 1U48A 1CXUA 5KGWA 3T3FA 4FYDA 4DF4A 1VSEA 1RTIA 4CGFA 4ICLA 3OYMA 5CYQA 1U45A 4FW2A 4EP4A 3SV4A 4GW6A 4B8AB 4FCYA 1N5YA 1FKPA 1KFDA 2RF2A 3DLKA 1WSJA 3C6UA 4I2QA 4DTJA 4B9VA 4ELVA 3V1RA 1J5OA 1HQUA 1JL1A 4QCLA 1GOAA 4CGJA 3HP6A 3CFOA 2HW3A 4OKEA 4JS4A 1W9HA 2G8KA 3PX0A 4W5TA 3KIOA 5HP1A 3HVRA 1QE1A 3SQ0A 4E89A 3SUQA 1S9GA 4DQSA 4DFKA 2ATQA 4C8MA 3HT3A 1TKTA 3QIPA 3KKRA 4W5QA 4BE2A 4E3SA 3V9XA 4DF8A 3KKSA 1UOCA 3PV8A 1KLMA 4BE1A 4ZTJA 3DLHA 1X1PA 5T7BA 3OJSA 3S9HA 2OPSA 1RCHA 4I9QA 2WOMA 3K5MA 3AO3A 4CEEA 4OGCA 1UA1A 4FJGA 3RMBA 2FBVA 5HLFA 1D9FA 3NDKA 4CESA 1W0HA 2IC3A 4N56A 4W5OA 3DOLA 5J2NA 4KHUA 3DYAA 4RW6A 1T8EA 2HHVA 2VG6A 1JXEA 4BACA 1WSIA 4C8LA 4N47A 3KLGA 5CY4A 3L2VA 4N41A 4DU3A 4M3XA 3P83D 4M45A 3PY8A 3SZ2A 2YNHA 3EZ5A 1HRHA 1DTTA 1HMVA 2DFEA 3TI0A 3I0RA 5JS1A 2YV0X 4FJLA 4I2PA 1JLBA 1CLQA 4CJUA 3M8SA 1D8YA 3VQQA 3O3FA 4C8OA 1KVCA 1C0MA 4UQGA 5FRNA 1KLNA 1LW0A 4HUFA 4Z0UA 4M3ZA 3ZSRA 3SUPA 3G10A 4B9MA 3RR8A 1RTHA 3K2PA 4CJ3A 3ASMA 2HNYA 4O55A 3DRPA 2YNGA 4CF0A 3OYAA 2XO7A 1LAWA 1NJWA 1JLEA 1D9DA 3L2RA 1WLJA 1C6VA 3NH2A 2RKIA 4CJPA 3B6OA 1XHZA 2R7YA 4IG3A 3BDPA 4DTRA 3EY1A 5CZ1A 4E7HA 2A1RA 1RTJA 1RBUA 4CF2A 1GOCA 3K59A 1BGXT 3NF6A 1T03A 2IDOA 1U4BA 3IS9A 4KHQA 1Z26A 2KTQA 1TL3A 1YT3A 2QXFA 3U3GA 4BDPA 4DLEA 3SYZA 1IKYA 3K5OA 2PYLA 3HPOA 1SUQA 1TKZA 1Y97A 3AVLA 4FLUA 4TSXA 4ZTFA 4KPYA 2VWKA 3TAFA 3O3HA 4DS5A 4KHNA 4CEOA 4B9SA 1CXQA 4FJ5A 3AVIA 1RILA 1I3AA 4CJWA 3TAGA 3LAKA 2BDPA 3HYFA 4CIFA 2E6LA 4OGEA 4KRFA 3ZT1A 3ZT2A 4IG0A 2P1JA 3DLBA 5C25A 1YTAA 5HRNA 3RTVA 1KRPA 4ID1A 3EYZA 4E7KA 3B6PA 4W5NA 1WSFA 3DMJA 3V1QA 3L2UA 3MXJA 2Z1HA 3OS1A 2QK9A 3MXIA 4FM2A 4AHCA 1L5UA 4FJNA 4CHQA 2GBZA 3THVA 3SNNA 4Z4IA 1NK7A 4GMJB 3AO1A 3AVAA 3AA2A 3ITHA 1DLOA 2XHBA 4E7JA 3TWHA 2BGGA 1HYSA 1ZBHA 1Q8IA 1O1WA 3OVNA 3LZJA 1RT2A 4M3UA 3HM9A 1F21A 3QEXA 3LWMA 3HP9A 4E1NA 3NF7A 2IAJA 4J2EA 3KLFA 3MEEA 3VQCA 3QETA 1MU2A 1RDBA 1RDDA 1JKHA 4CGHA 1NK6A 1LWFA 4B9NA 2RPIA 3QIOA 3KLEA 2KQ2A 3RMDA 1WSGA 1NOZA 4HTUA 4CJFA 4B08A 5HRSA 4M3RA 4GVMA 3VQPA 3AVNA 3ZSOA 4O44A 3TAQA 4AILC 1K6YA 1S1TA 3OYFA 1VSDA 5KTQA 3KD1E 4CF8A 4PY5A 1X9WA 3KLHA 4MFBA 3AVCA 3S3MA 4FJ8A 2F96A 3CFPA 3ZSZA 4LH5A 4BWMA 1L3VA 1TL1A 1NKBA 1ASVA 1IKWA 4M3WA 3V4IA 4OLBA 1EETA 1VSHA 2O4GA 4RW4A 3OYCA 3HVTA 3MECA 4IKFA 1VSLA 3JYTA 3RRGA 2KZZA 4KB1A 4H4OA 3VN5A 1ZBFA 1KSPA 1WSEA 3RRHA 3PUFA 2XRIA 3NF8A 4H8KA 4FM0A 2OPRA 1LAVA 4FLTA 4OVLA 3MEDA 4CK1A 3AVHA 5D3GA 3OY9A 4QAGA 4RW7A 1QSSA 1BHLA 4DMNA 4DQPA 1HNIA 3OYIA 4O5BA 3M8PA 4FZZA 4KI6A 1SV5A 1UWBA 4W5RA 2OZMA 2OPQA 3AVBA 1WSHA 2WONA 1NK8A 4KI4A 5FRMA 4LY7A 4CEAA 3OYJA 2QKKA 4DTUA 4AHTA 3U6FA 2OZSA 3HPGA 1BCMA 4CJRA 4HVJA 1VRTA 3SPZA 1NJZA 4DSLA 4DQQA 1S1UA 2ZD1A 5SZTA 1S1VA 3T19A 3TR8A 4DTXA 1NK5A 3OYBA 1D5AA 4FJXA 1VSFA 4F2SA 1BQMA 3AVFA 3K58A 3TABA 2YKNA 2F8SA 3AO5A 5J1EA 3CFRA 4DLGA 3DRRA 4FK0A 1HPZA 4FXDA 3AA3A 4R5PA 5E41A 3VQ4A 4CJ5A 3WNEA 5FDLA 1TKDA 1HNVA 3AA5X 1EXQA 4HCBA 4NYNA 2VG7A 1NKCA 4OKKA 3VQEA 3ZT3A 3NGZA 4CJ4A 2ETJA 2YHBA 2XY7A 1X9MA 2PY5A 1UAXA 3MXMA 2Z1GA 3QEPA 1L3TA 3DOKA 2QKBA 3QEWA 3L8BA 1RDAA 3M8RA 4HHTA 5J2PA 4Z4HA 4DG1A 1S1WA 2D0BA 1S9EA 4Y1CA 2X74A 2OA8A 3ALYA 4RG8A 4B9LA 4F3OA 3IAYA 4KO0A 1G15A 1TGOA 4DTOA 1BCOA 1NK9A 4M3TA 3KK1A 3HXMA 4DSFA 1Q9XA 4KTWA 1LWCA 3H08A 3QERA 3KD5E 4FJHA 3AO4A 1JL2A 2GUIA 4FLVA 2G8HA 3ZSWA 3O4QA 2FC0A 1KVAA 1FXXA 1HYVA 1UA0A 4CJSA 1GOBA 2KFZA 1CZBA 4J2AA 1FK9A 2KFNA 1HQEA 3CG7A 2EX3A 3V1OA 3NF9A 4CERA 3SI6A 4G1QA 4DTPA 2P5GA 4CJTA 2DY4A 1XHXA 1BQNA 4ELUA 3C94A 3DI6A 4FLXA 3LWLA 2KZMA 4BE0A 2P5OA 1NJYA 1ZBIA 1VSMA 4IDKA 1QQCA 2NUBA 3TAEA 1L3UA 3ZSQA 3AV9A 5FROA 1JLGA 4FM1A 1IG9A 3V81A 3OJUA 2G8UA 2HMIA 3KTQA 4J2DA 1TAUA 3PX4A 3PX6A 3SQ1A 4DWIA 3HO1A 3A2FA 4OLAA 3SQ4A 3LZIA 2E4LA 3KLIA 4Z4FA 4L8RB 3ULDA 3QEVA 5J2MA 4FW1A 5HBMA 4DU1A 1TK0A 4DFMA 4JS5A 1IKXA 1U04A 2BE2A 3HPHA 4O0IA 3HJFA 2ITGA 4F4KA 3DLRA 1ASWA 4IFYA 2KW4A 4Q5VA 3SUNA 4KHSA 3VQ6A 5KI6A 2HHTA 2W42A 1T7PA 4FVMA 1JLAA 3PO4A 3WNGA 4FJMA 3VQ8A 3L3VA 4HCCA 4RW9A 1C0TA 4LD0A 3NGIA 2Z1JA 1RT7A 2Z1IA 3RMCA 1J53A 1VK0A 3VQ9A 4O0JA 4KAZA 4K8XA 3P5JA 4QOZB 4EZ9A 4B8CA 2Q3SA 4NCAA 3SV3A 4CECA 3VQ7A 3NHGA 4DSJA 1ZBUA 4IBNA 4JRQA 5SWMA 4FZXC 4CHZA 3SJJA 2JGUA 1SL2A 4KHYA 3TAPA 3AVKA 5DK5A 3OYLA 1RDCA 2HHWA 1S6PA 3FFIA 4CHYA 3WNHA 4CE9A 1JLCA 5K14A 3NAEA 3K57A 1KTQA 1NK0A 1KCFA 1RT3A 4KB0A 3LAMA 1RBSA 4H4MA 4LH4A 3HSTB 4O4GA 2IOCA 2LSNA 3NE6A 3MEGA 4MQ3A 3LP3A 1VRUA 1RT6A 4OKJA 4BDYA 4FK2A 4Z4CA 3LPTA 5DMRA 2G8WA 1SL1A 1JLFA 4AHSA 3ZSXA 3OYGA 4CJQA 1QSYA 5EU7A 3L2WA 1RBTA 1BIUA 4PWDA 3I8DA 4DTMA 3LALA 4ID5A 3SPYA 3U3YA 2VWJA 4F3TA 5JS2A 4CIGA 3QLHA 3V9UA 4EP5A 3CM5A 2Y1IA 1TV6A 2BANA 2FBYA 2YHAA 3O4NA 1HYZA 4I7FA 3OYHA 1BL3A 3OS0A 3DRSA 1LV5A 4CJLA 1SKWA 2X78A 4BDZA 4FZYA 1B92A 1WAJA 4KTZA 3KJVA 2PZSA 1IKVA 2HVHA 1SL0A 1S1XA 1VSKA 1U47A 3M8QA 3ZSYA 4Q0BA 3E01A 4E0DA 1WNSA 5I3UA 5HRPA 1B9FA 4Z4EA 4FK4A 1RBRA 3OYNA 4F8RA 1LWEA 4DFJA 4Z4GA 2G8FA 1KVBA 2DFHA 3DLGA 5HRRA 4CJEA 3CQ8A 3DM2A 1SKSA 3KK3A 1XC9A 4HUEA 4KV8A 3OYEA 4FJ7A 3LP2A 4KTQA 4CEDA 4XIUA 4CEQA 1QSLA 4F2RA 5KGXA 3NFAA 4FLWA 4FJJA 2D5RA 3HL8A 4CFDA 1BISA 4KHWA 4CJVA 4E7LA 1C1AA 4M41A 2IGIA 1S6QA 3IRXA 3T1AA 4HUGA 4B9TA 3P1GA 4DSIA 2HHXA 1Z25A 1HJRA 2ZQBA 3SCXA 4K8ZA 2HHQA 2PYJA 3HK2A 3NCIA 3ZT0A 1VSJA 1VSIA 1C0UA 1TK8A 3L2QA 3VA0A 2DFFA 2A1SA 3AA4A 3V9SA 4DSKA 3RWUA 5HROA 1RNHA 3RR7A 1ASUA 4Y1DA 4YNQA 3QINA 1WN7A 3VQ5A 3LP1A 1U49A 4CHOA 4YFUA 3F73A 1XWLA 1SKRA 3SUOA 4FLYA 2FBTA 4CGDA 4DSEA 1EX4A 4NCGA 4AHRA 3D0PA 3QESA 4N76A 2YNIA 4JLHA 3K5NA 1IH7A 1REVA 2X6NA 1S5JA 3AVJA 3QEIA 1Q9YA 4LSNA 3LPUA 2FBXA 1XI1A 4DQIA 2HB5A 4CEBA 4AHUA 3C95A 4NCBA 1A5XA 1C1BA 1NK4A 2G8IA 4PQUA 3F9KA 4CFBA 4B3OA 5C42A 3SQ2A 3AO2A 3VA3A 3S3NA 1KFSA 3MAQA 1CZ9A 4WE1A 4CEFA 4ZHRA 2VG5A 3L3UA 1L3SA 5CZ2A 4M3YA 3DLEA 4RW8A 4JRPA 3S3OA 1BIZA 4CFCA 3TANA 4IFVA 2E6MA 2X6SA 3NH1A 4E19A 3NBPA 1X9SA 4CK3A 1J54A 1TVRA 3ZT4A 2HHUA 3VQBA 2XY8A 3TAMA 1C1CA 4OPKA 3UIQA 1DTQA 1QTMA 1R0AA 1N6QA 4DQRA 4CGIA 2HVIA 2YKMA 1TK5A 4C8NA 2RN2A 3ZCMA 5KRSA 3NH0A 2B6AA 4DU4A 4I9LA 2Y1JA 1TKXA 1A5VA 2B5JA 1WAFA 3AVGA 4NYFA 3OYDA 1JXBA 2OYQA 1BI4B 2G8VA 2HNDA 3AVMA 4KFBA 4B9UA 4OJRA 4FLZA 3NGYA 3VQDA 3JSMA 2YNFA 4CCHA 5I42A 4J2BA 3IG1A 4AH9A 3QNOA 4BWJA 4CEZA 5C24A 5J2QA 3V6DA 1NKEA 3RMAA 4CK2A 4N5SA 4E7IA 2F8TA 1YVUA 4DTSA 3OS2A 4CF1A 3O3GA 4DFPA 4KREA 1A5WA 1QS4A 1J9AA 1ZBLA 1RT4A 2ZE2A 4EZ6A 3OYKA 4C8KA 1JLQA 2DTUA 1EKEA 3KK2A 4CIEA 2P51A 4OPJA 1I39A 2EHGA 2OPPA 3BGRA 4CGGA 2D0CA 3V9ZA 4E1MA 4DTNA 3V9WA 3G0ZA 1YTUA 4FJ9A 4PUOA 3WNFA 2B4JA 4AHVA 2GV9A 1B9DA 3CM6A 3LDSA 3TARA 1NOYA 1FKOA 2I5JA 2HHSA 4CJKA 2XY6A 4LSLA 3ISNC 3CYMA 1RT5A 2O4IA 5KRTA 4FJIA 4CF9A 3QO9A 2HNZA 4KKOA 4PA1A 3C6TA 3I0SA 5CYMA 4DS4A 4CHPA 1RTDA 4M42A 4FJKA 1RT1A 4ELTA 3LANA 1BI4A 3D45A 1LW2A 2IS3A 3LP0A 2D0AA 3QNNA 2JLEA 1ZYQA 4CHNA 1ITGA 2XY5A 3ZSVA 3VQAA 1TAQA 1QHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ELZA 1U48A 1CXUA 2V51B 4FYDA 2UUCK 1RTIA 4ICLA 2YJFA 1VQ4N 3OYMA 4FW2A 1FKPA 3DLKA 3SK3A 1JL1A 4EIAA 5JMVA 3HP6A 3CFOA 4H5TA 2HW3A 4RCHA 4LF4K 2O8BA 3KIOA 3THYA 2FF3B 4ISEA 3SUQA 3WXMB 3MDQA 4DQSA 1YHQN 2OTLN 3KKRA 4JKDA 3MX2A 4BE1A 4MO5A 2PBDA 2Q2RA 3VGMA 4KHPK 1RCHA 3K5MA 4JI6K 3AO3A 4CEEA 1UA1A 3I8BA 1E3MA 2IC3A 2A40A 1JXEA 4BACA 4C1NI 3G25A 3L2VA 3AGKA 3SAFA 3R8EA 1Q86O 3PY8A 2YNHA 2DFEA 5AQUA 2YV0X 3J7ZO 1CLQA 3VQQA 1KVCA 3E9OA 3RSEB 4HUFA 4BRLA 4B9MA 3RR8A 3OYAA 1NJWA 4DV5K 4QS7A 4BY9C 3NH2A 4NLCA 4CJPA 2R7YA 2A1RA 4O8UA 1RBUA 5FPNA 1GOCA 4CF2A 3VEZA 2IDOA 3IS9A 1Z26A 1YT3A 3SYZA 3CC7N 4BGAA 1TKZA 1Y97A 4ZTFA 2VWKA 4I6MB 3O3HA 4KHNA 4CEOA 4B9SA 4JKGB 1CXQA 3A5OC 1I3AA 4FWMA 4A2AA 1U2VB 2P1JA 4JKEA 2ASMA 1DEJA 5JICA 5H1SQ 3OS1A 3MXIA 1NK7A 3AO1A 3C6HA 5AFUH 2BGGA 3P31A 3VF6A 1F21A 4FWPA 2IAJA 3N4QA 3MEEA 1RDBA 4YDUA 4B9NA 3DLLL 3OA9A 2RPIA 2QW9A 5AQKA 2KQ2A 1WSGA 1NOZA 4A61A 4GVMA 3VQPA 3ZSOA 4O44A 3IDHA 4Z94A 4PY5A 4AM6A 3S3MA 2F96A 3CFPA 4A2BA 5M1FA 2BH1A 5IWAK 3E9LA 1NKBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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