4OKEA

Structure of rnase as, a polyadenylate-specific exoribonuclease affecting mycobacterial virulence in vivo
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
publication title Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 52
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4okeA00
1HJRA 4DSEA 4B3OA 3WNEA 2E4LA 1C0MA 4DWIA 4M3UA 3LAMA 2HNZA 3AO1A 3K5OA 3NH2A 1C1CA 4KHNA 1UOCA 5K14A 1Y97A 3LZJA 2W42A 3D45A 1JXBA 3ZT1A 2G8HA 1BCOA 1IO2A 1VSJA 3OY9A 1TKZA 1TL1A 3ASMA 4IG3A 3LALA 1UAXA 3IS9A 4HVJA 1C1BA 2D0CA 2OPRA 2G8KA 4B8AB 1JLFA 1S9EA 1WAJA 4CGIA 2YV0X 3TAGA 1SV5A 4Z4GA 1KVBA 3AA3A 2FBVA 5DMRA 3QEXA 2OA8A 3AA2A 1LW0A 1WLJA 1IKWA 3M8SA 4ZTFA 1F21A 3QIOA 3MAQA 3M8PA 5EU7A 1N6QA 3A2FA 3NCIA 3K57A 1WSHA 4DF8A 2FC0A 4I7FA 4CGJA 4DFPA 4C8LA 4E7KA 4C8KA 3HO1A 1UA1A 4CF8A 3L2WA 4CHZA 1A5WA 4FJGA 4DTSA 3F73A 4N41A 1NJWA 3VQEA 1I39A 3G10A 3LDSA 1S1XA 2VWJA 4DTNA 4CK1A 4JS4A 2HHVA 4FJXA 2XY7A 3KKSA 4HUGA 4CJUA 4GVMA 1FXXA 3EYZA 3V81A 5HROA 4Z4EA 2HVIA 3PX6A 1CLQA 3VQ6A 3NFAA 1LWFA 1JLCA 2D5RA 2I5JA 4Q5VA 1QQCA 3OYFA 3ULDA 3RMDA 5HRNA 4DSKA 1JL1A 1KVAA 2XRIA 3LZIA 4W5TA 1XWLA 4H4MA 3VA0A 3LPTA 3P5JA 4M45A 3OS0A 3S9HA 4FYDA 4CEAA 1Q8IA 4JS5A 4RW9A 4AH9A 4Z4FA 3SZ2A 3QEWA 3MEDA 2VWKA 3AV9A 5FROA 5J2MA 1X9SA 3K5MA 1SL0A 3VQ5A 4CK3A 4FJ7A 4I2PA 3TWHA 4J2BA 3SV4A 2KFNA 3KLHA 4HCBA 1BIZA 2P5GA 4IFVA 4CGGA 2JGUA 3AVJA 3CFOA 5SWMA 3AO2A 1N5YA 4NCBA 3OJUA 2KZZA 2Z1IA 4DU3A 1BI4A 3PO5A 4JLHA 3VQQA 2XY6A 2G8WA 3F9KA 1NK9A 4CESA 4RW7A 4B9NA 3HSTB 4OGEA 2Y1JA 2HHSA 3NGIA 1JXEA 1RTIA 2RKIA 1HYZA 3L2UA 4GW6A 1SUQA 1NJZA 3CG7A 3ALYA 2BDPA 4HCCA 4PY5A 3ZSZA 4KHYA 5HRRA 3LAKA 3D0PA 3NBPA 3DMJA 4ZHRA 4DTJA 4CJEA 1LW2A 4CIEA 4DFKA 1RT7A 4CF2A 3O3GA 5FRNA 4FM2A 4GMJB 3P83D 4Z4CA 3AVGA 3ZSQA 2RF2A 3EZ5A 1EETA 5HBMA 3U3GA 4JRPA 2GBZA 5HLFA 3BGRA 2YHBA 3MEEA 4FK0A 4OKEA 3OYAA 4MQ3A 1CZBA 4AHCA 5KRSA 5FRMA 4AHTA 1MU2A 3DLEA 1HYSA 3VQ8A 2YKNA 4K8XA 3V6DA 4CF0A 4DMNA 1BGXT 1RCHA 3SUOA 2DFHA 4AHUA 4IBNA 3KLGA 1VSEA 4FW2A 3NAEA 2R7YA 4O0JA 3SQ2A 1WSGA 4KO0A 4LSLA 5I42A 3OYMA 1TKXA 1SL1A 4DTPA 4LSNA 2YNIA 3OYDA 1SL2A 1HMVA 3CM5A 4WE1A 1XC9A 4PUOA 3SCXA 1FKPA 4PA1A 1L3TA 1VSDA 4DTOA 3M8RA 1B92A 3ZSRA 4CJPA 3LWMA 2KFZA 1RT5A 1A5VA 4E7LA 4FLYA 3IRXA 3AVHA 4KB1A 5KGXA 2FBTA 4DTRA 4C8OA 1R0AA 1C0TA 4CJRA 4DS5A 1T05A 3AVLA 1KCFA 3FFIA 4CEZA 4B9UA 1RDBA 4ZTJA 4J2DA 2Q3SA 3KK1A 4EZ9A 4M3WA 3DRSA 1TK0A 5SZTA 4CIGA 3S3OA 2XHBA 2PY5A 3RTVA 4ICLA 4E89A 4IG0A 4FZXC 4EP4A 3I0RA 4Y1CA 1B9FA 4CHQA 2F8SA 1TKDA 4OJRA 3HYFA 4KREA 2AJQA 1IG9A 2IC3A 3OS1A 3AA4A 1JLGA 4KI4A 4R5PA 3QEVA 3U3YA 4W5NA 3DLBA 5CYQA 4M3XA 1JL2A 1S5JA 3VQ7A 2QKKA 3ZT4A 1B9DA 1D5AA 2XY8A 1KTQA 3C95A 1LWEA 3ZSWA 1G15A 5I3UA 1NOYA 3L2RA 3V9WA 3V9SA 3CM6A 3G0ZA 4AILC 1JLAA 4DFMA 4N47A 2XY5A 4EZ6A 2HHXA 1VK0A 1XI1A 4BDYA 3RMAA 2VG5A 1I3AA 3L8BA 1TKTA 4KB0A 3NGZA 4IKFA 1ZBLA 1HNVA 2X74A 4CK2A 3SV3A 2GV9A 4DQPA 1VSFA 1RBRA 5KRTA 4FJ8A 1VRTA 1UWBA 4YFUA 2OPPA 1HQUA 2DFFA 1BHLA 1ASVA 3QNOA 4Q0BA 4CJKA 4FCYA 1NK4A 1KFSA 3PUFA 1YTAA 5KGWA 3HT3A 2B4JA 3LP3A 3L2QA 2F8TA 3ZSYA 4CEDA 3PX4A 3DLHA 3LP1A 3VQBA 2E6LA 4FJKA 1A5XA 3JYTA 4FJMA 2EHGA 3S3NA 5KTQA 3AVKA 3QEIA 1QE1A 4B9VA 4OLAA 3WNHA 2HB5A 3OYIA 1TAUA 1TV6A 4CFBA 3DM2A 1WNSA 5J1EA 3AO4A 3DOLA 3DLKA 2IOCA 4CF1A 1QSSA 3KD1E 2HHQA 3KIOA 1ZBUA 1S6QA 4FLZA 3HVTA 4I9LA 3VA3A 1TK5A 4KHUA 1RBVA 4O55A 3K59A 4JRQA 2IDOA 3QETA 1D8YA 5HP1A 4O44A 2Z1JA 1GOAA 4W5QA 3KTQA 4ELVA 4DQSA 4F3OA 3AVAA 3KLIA 4TSXA 3V1QA 3SUPA 2OPQA 1J9AA 4FLTA 1IKYA 2ETJA 1S1UA 4FVMA 3I8DA 1L3VA 4F8RA 2ZQBA 4EP5A 2FBXA 1CXUA 3UIQA 4IFYA 2YHAA 3LANA 4CEOA 4CGDA 4E19A 3T3FA 3MXMA 1NJXA 1T7PA 3IG1A 1BQMA 2P5OA 4OVLA 2Y1IA 4W5RA 4KPYA 3KJVA 1W9HA 4MFBA 5J2NA 3IAYA 1NK8A 3RWUA 1BQNA 1HNIA 3V9XA 3VQAA 4QOZB 5FDLA 2NUBA 2X78A 2PYLA 1S9GA 2KW4A 1W0HA 4F2RA 3TR8A 2D0AA 4RG8A 4KTQA 1TK8A 1DTTA 3DOKA 5C25A 4DSIA 1JLEA 3TAFA 1X9WA 2HHTA 1T8EA 1NKEA 3O3HA 3H08A 4DFJA 3SPZA 3OYHA 4RW8A 3RRHA 1GOBA 4BWJA 1RDDA 4CJ5A 2HNDA 4K8ZA 2YKMA 1KLNA 2HMIA 4C8NA 3B6PA 3VQ4A 2DFEA 1JLQA 1REVA 1SKWA 4KI6A 3TAQA 1C6VA 4AHVA 1NK0A 4O4GA 2HNYA 4O5BA 4BDPA 1RTDA 4CFDA 1WN7A 4CHYA 3TI0A 1EX4A 1D9FA 1X9MA 1K6YA 1RBTA 2YNFA 3VQCA 1U48A 3ZT2A 1RTHA 3QO9A 1RT3A 3ZSXA 4BE1A 4PQUA 1YTUA 1NK5A 1QS4A 4FJHA 2OYQA 1WSIA 4F3TA 2B6AA 2IS3A 5J2QA 1JKHA 4OPJA 2ATQA 3BDPA 3KD5E 1KVCA 5D3GA 3CYMA 4M3ZA 3O4QA 2KQ2A 4OKJA 3RMBA 3AVFA 1TVRA 2Z1HA 4LD0A 3OS2A 2ZD1A 4DSFA 3TARA 1L5UA 4N76A 1T03A 1LV5A 2RPIA 1VSLA 3QEPA 3PX0A 1L3SA 1VSIA 4M42A 4CJSA 4FM0A 3L2VA 4QAGA 4BE0A 4FLWA 4KTWA 3DRPA 2X6NA 3ISNC 4OGCA 4CHPA 1IKVA 4NCGA 3KLFA 2QXFA 3CQ8A 2E6MA 3NH1A 1S1WA 4LY7A 4FK2A 4CJ3A 3M8QA 3MXIA 3OYGA 4DQIA 3LWLA 3KKRA 2KTQA 4FJIA 1ITGA 1DTQA 3MXJA 1NOZA 3SNNA 1KFDA 2OPSA 4KRFA 1WSEA 1U4BA 3SUQA 3VQDA 2VG6A 3OYLA 4CEFA 4DQRA 4LH5A 4BWMA 3QNNA 3HPHA 2O4GA 4CJQA 5CZ2A 4CJLA 3HPGA 3QINA 4CFAA 5HRPA 3TAPA 4AHRA 4CECA 1RDAA 4IDKA 4CEEA 4FLVA 3SQ4A 4PWDA 4DTMA 4CERA 1SKRA 2G8VA 5CZ1A 4OPKA 2XO7A 1Q9YA 1IKXA 4LH4A 4KFBA 4Z0UA 3HL8A 4HTUA 5E41A 4I9QA 2HW3A 1O1WA 2Z1GA 2BGGA 5C24A 4CCHA 1TGOA 1KLMA 1VSMA 1YT3A 1Z25A 2YNGA 3WNGA 4N56A 3V9UA 2A1RA 1RILA 4HUFA 1Q9XA 1QTMA 2FBYA 4NCAA 3SQ0A 3RR7A 4FJLA 1HQEA 3OYCA 1IH7A 2IAJA 1J53A 4DSLA 3T19A 3OYBA 2WOMA 1C0UA 1U45A 3V9ZA 3AO3A 1QSLA 3QIPA 3AO5A 1JLBA 3VQ9A 3ZSOA 3LP0A 4B8CA 3AVIA 4RW6A 4BDZA 1BCMA 2OZMA 3L3UA 4KHQA 3T1AA 3AVMA 4UQGA 4DLGA 1ZYQA 1RT6A 3MECA 1FK9A 4M41A 3TANA 2O4IA 1BISA 4BE2A 3K58A 2WONA 4E7HA 4CJWA 1D9DA 1XHZA 4RW4A 1L3UA 3U6FA 3SJJA 5J2PA 4KV8A 1LAWA 1EKEA 4NYFA 3LPUA 3HPOA 3WNFA 2X6SA 4B9TA 1RNHA 1RT1A 3ZT3A 1ASWA 4ELTA 1HPZA 2VG7A 3PO4A 1EXQA 3QLHA 3K5LA 1QSYA 2HHWA 3SUNA 5CY4A 4CEQA 3TABA 4J2AA 2GUIA 4CIFA 2IGIA 4E1MA 3DYAA 4BACA 4YNQA 1U49A 3C6UA 3SI6A 1NK6A 1LAVA 5JS2A 1RTJA 2QKBA 3AVCA 4CE9A 1U47A 2P1JA 1J5OA 2DY4A 2A1SA 3C6TA 4DG1A 3TAMA 1TL3A 4OKKA 3NDKA 4HHTA 3K5NA 3TAEA 2ZE2A 4Y1DA 3B6OA 3PY8A 4DU1A 4FJNA 3S3MA 3NH0A 4FM1A 2ITGA 3SYZA 3QESA 4Z4HA 3NGYA 3OYJA 4KTZA 3CFPA 1NJYA 4OLBA 3NF7A 4CFCA 3P1GA 3OYNA 4N5SA 4B9LA 3O3FA 4KHSA 3HM9A 2RN2A 3L3VA 3ZCMA 4C8MA 3VQPA 2LSNA 1RDCA 3AVNA 1WSFA 1U04A 1S1VA 1RBSA 5CYMA 3HXMA 3PV8A 4KAZA 4ELUA 4FJ9A 4CGFA 4NYNA 4E7IA 1X1PA 2D0BA 4QCLA 2G8UA 1VRUA 2P51A 3SQ1A 1NKBA 1Z26A 4AHSA 1BL3A 4FXDA 3NF6A 2YNHA 4CF9A 2G8IA 2BANA 1BIUA 2BE2A 1WSJA 3AA5X 4KKOA 3DRRA 4CGHA 1RBUA 3QERA 4DTUA 2PZSA 2EX3A 4B9MA 4J2EA 4CHOA 2DTUA 4M3TA 3ITHA 3NF8A 5JS1A 4FK4A 2HHUA 3OYEA 3MEGA 3V1RA 4DSJA 1J54A 1KSPA 4H8KA 1NK7A 4FZZA 1ZBIA 4DS4A 4ID1A 1TAQA 2JLEA 3V1OA 3NHGA 1NKCA 5T7BA 2F96A 1GOCA 4FW1A 4HUEA 3HJFA 3KK2A 4FLUA 3KLEA 3NE6A 1C1AA 4CJTA 1UA0A 1ZBFA 1RT2A 1BI4B 3DI6A 3NF9A 1WAFA 2B5JA 3DLRA 5HRSA 4W5OA 4F2SA 1DLOA 1S6PA 3HP9A 3HVRA 3V4IA 3THVA 1ZBHA 1QHTA 4CEBA 4G1QA 4B9SA 3HP6A 1YVUA 3C94A 3DLGA 3OVNA 3O4NA 4DLEA 4DTXA 4E3SA 2G8FA 1LWCA 5C42A 3KK3A 3LP2A 3EY1A 2HVHA 4H4OA 1SKSA 1FKOA 1XHXA 3AVBA 1HYVA 3JSMA 4DQQA 1ASUA 4CHNA 4FZYA 4CJVA 2KZMA 3OJSA 3RRGA 4DU4A 3K2PA 5DK5A 1KRPA 4KHWA 3HK2A 1CZ9A 4M3YA 1EP4A 4FJJA 4F4KA 3RMCA 4L8RB 3OYKA 4M3RA 5KI6A 4CJFA 4O0IA 4B08A 3CFRA 3VN5A 4DF4A 1CXQA 1VSHA 4E7JA 4FJ5A 2QK9A 4CJ4A 3I0SA 1VSKA 3SPYA 3E01A 4ID5A 3ZSVA 4Z4IA 4XIUA 1RT4A 1HRHA 4E1NA 4FLXA 2PYJA 2OZSA 4E0DA 3RR8A 4I2QA 1S1TA 3ZT0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HJRA 3LDPA 3WNEA 4BRLA 2HNZA 5LMNK 3AO1A 3K5OA 4DUYK 1C1CA 3LZJA 1NU0A 2G8HA 1IO2A 1TKZA 3C7NA 3IS9A 3OA9A 3J81O 2O8CB 4C1NI 2OPRA 4B8AB 1JLFA 3CCJN 2YV0X 5DMRA 3QEXA 1LW0A 3AA2A 3QIOA 3MAQA 1EQYA 3ENHA 2E2OA 2FC0A 4E7KA 4C8KA 3HO1A 1FJGK 3VTIA 3IUCA 3Q7CA 1NJWA 3G10A 2VWJA 2P9IB 3K9JA 1LWFA 1QQOA 3ULDA 2NRTA 5HRNA 1JL1A 4BC4A 4W5TA 2Q0UA 3P5JA 5AQXA 3R9PA 4AH9A 4MO5A 3AV9A 4B1YB 1NBWA 4JEPA 4CK3A 4FJ7A 3TWHA 4IFVA 3P4IA 4A2BA 3AO2A 4BGAA 1BI4A 4JHDA 4JLHA 2XY6A 3KVGA 4BR9A 4LFAK 4IO9L 5EOYA 2BTFA 2RKIA 3HOSA 3VESA 3ZETA 1HYZA 1K8KB 2KKZA 4HCCA 4PY5A 3ZSZA 4KHYA 1LW2A 3O3GA 4FM2A 1C0GA 3P83D 1KQSM 4Z4CA 4I6MA 3ZSQA 3L4IA 1EETA 3C6AA 3MEEA 5AQYA 4AM6A 5GAHP 4FK0A 3D2FA 4JYAK 1YVNA 2I7NA 5KRSA 3U9DA 1MU2A 3DLEA 5EVZA 2CGLA 2O8DA 4LC9B 1BGXT 3VERA 4IBNA 2R7YA 1VSEA 1YI2N 4O0JA 4YOUA 4LSLA 4LSNA 3OYDA 1XC9A 3M5RA 3SCXA 3H45C 4JK9A 1DGKN 4DTOA 3NVKA 3ZSRA 1RT5A 3DXMB 4FLYA 3IRXA 4K43A 5KGXA 4IXCA 1YHQN 2NZTA 4DS5A 3FFIA 5C2FA 1TK0A 2IVPA 4ICLA 3J80O 4IG0A 4FZXC 1XUPO 1B9FA 4RCHA 1XNQK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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