1Y64A

Bni1p formin homology 2 domain complexed with atp-actin
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
369
structure length
356
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural basis of actin filament nucleation and processive capping by a formin homology 2 domain
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 76
structure length 356
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1y64A03
3QICA 3HZ6A 4BC3A 1V4TA 3CJ7A 4JN4A 1BWFO 4CI6A 3VERA 5EVZA 5E26A 2E2PA 3KVGA 4DB3A 4XEIA 5AQUA 1WOQA 3D2EA 3GDQA 4CZIA 1JCEA 4H0YB 1G99A 1NGEA 5AQSA 2P9KA 1C0FA 3I8BA 1BU6O 3O1WA 4JD2B 4CBXA 2E20A 2VYPA 4WQ5A 3WXJA 4K41A 4AM6A 2ITMA 1SAZA 4FPAA 2H3GX 3VETA 1NGIA 3H3NO 4B1UB 1WUAA 2BUPA 3CQXA 2DPNA 4H5NA 5AZJA 5F0XA 3CIPA 2CH6A 3HSCA 4H0VB 3TU5A 4XH4A 4BREA 2V51B 1SQKA 3FZHA 1P8ZA 5BPLA 3QMLA 1K8KA 1NGCA 3W0LA 5BRDA 3I33A 3C0BA 4DQ8A 5KQ8A 3WQUA 1TYQB 1R59O 2PBDA 1MWKA 1NGAA 5AZIB 4IXCA 4FL9A 2V7ZA 2HOEA 4FWRA 3KZBA 4EAHD 5KPTA 3CI5A 3C7NA 1HKBA 4CZKA 3R6MA 4IJAA 3IMXA 4B1ZA 4ISGA 4BQZA 1GLCG 4CZHA 4E1JA 4K43A 1DEJA 4RWTA 2HF4A 4QS9A 5FPDA 3GBTA 3VESA 2ZGZA 1QHAA 2P9NA 2E88A 5AQJA 4BRNA 5B8HA 4BRKA 1D4XA 5I9EB 1NGJA 2NLXA 1KAZA 2EWSA 2ASPA 4WQ4A 1KAYA 2Q97A 3WUHA 3VEWA 3LDLA 2FF3B 4CJ7A 3ENHA 4QS8A 3IUCA 3D2FA 3DXMA 3O6WA 4RTFD 3GOIA 4BRDA 3ZX0A 5ELZA 4H0TB 3ZETA 3RSEA 1RGIA 2A40A 3QFUA 3VF6A 5AQMA 4GNIA 3MN5A 3VEXA 3MDQA 3ZEUB 3FE1A 4EHUA 3ATVA 3WEEA 2F9WA 4BGAA 3LDOA 1ATSA 2QW9A 3VENA 4BRLA 3JS6A 4IJNA 3ENOA 3SMSA 3UKUB 3GG4A 2YCHA 1U6ZA 2E2OA 1H1VA 3IDHA 5AQZA 3FGUA 3FZMA 4CD3A 3MCPA 3R9PA 4O5FA 3J8AA 4FWLA 4CBWA 4I6MB 4CZJA 4O8KA 2ASOA 1E4FT 5LJVA 1NMDA 4BRMA 4Y0WA 4BRGA 2QWNA 4CD1A 3UKRA 3WQTA 1OKJA 3D2EB 4H0PA 3HM8A 3ATUA 3S41A 1GLDG 4FWOA 2Q1NA 1BG3A 4B9QA 1HKGA 4BR2A 5BN9A 4NB4A 2HMPA 2P9KB 4K25A 1Q18A 2FSNA 2QWLA 3JXUA 3CJ9A 5AQVA 2E8AA 2P9LA 1KXPA 3AARA 3SLCA 2J4RA 5BPMA 2V7YA 3WXIA 2Q36A 4XH1A 3A5NC 5AZJB 3EKSA 1BOTO 5AQGA 5LY3A 2V52B 2NRHA 1T44A 4JNEA 3U8XA 2E2NA 4H5TA 1GLJO 1QQOA 3UE5A 3EL2A 3AAQA 3LDQA 5BRFA 2GEMA 4BVOA 4LC9B 2YHYA 1HX1A 1LOTB 3UB5A 5BRHA 3LDNA 3IFRA 1BA1A 4BRPA 1X3NA 3ID8A 3VEOA 2QWOA 1ZBSA 3HI0A 2CH5A 1IG8A 3C7NB 3HTVA 1U2VB 5BR9A 2CGKA 4WQ5C 3CJCA 5AQPA 1RFQA 3U9DA 5ADXA 2YHWA 3CJBA 3M3ZA 5AFUH 2A42A 2FF6A 1T6DA 3O4WA 3O1BA 2IVNA 4MO5A 5FPEA 2P9SA 2ZGYA 2FLOA 1LCUA 3SK3A 1GLBG 1MDUB 2W41A 4HWIA 4K42A 4H03B 5ADXH 5KPRA 2YHXA 3VGMA 3CQYA 2F9TA 3DWLA 3VF4A 3BP8A 3QB0A 3D2FB 2YJFA 3O80A 2QXLA 2VCPA 3H3OB 3MK6A 3RSEB 4A61A 4BRAA 4KBOA 2P9PA 4FOIA 4JD2A 5AQNA 3FZFA 4B1YB 3QBXA 3O08A 1XUPO 4FO0A 5E84A 3VEZA 2YJEA 3H46O 4FWNA 1HLUA 4JHDA 2W40A 1JCFA 3H45C 2Q2RA 5BPNA 2AA4A 4BRFA 2P9UA 2CGJA 4M63C 4WQ4C 1Z05A 4YDUA 2P9IB 3AY9A 5KPZA 5AQKA 1XC3A 3KHYA 4WYBA 3ULEA 1HKCA 4L3QA 1HJOA 2Q0RA 5AZIA 1NGBA 4A2AA 1S3XA 4IWVA 5AQRA 4ISFA 1EQYA 1J6ZA 1KAXA 2CGLA 1ATNA 4BROA 2P9LB 1HPMA 5AQIA 3A8YA 3H1QA 4PKGA 4GY2B 4M7YA 3B8AX 5CE3A 3BEXA 3M6GA 1ESVA 4BR0A 4CZMA 2I7PA 4BR4A 2NZTA 5JICA 3MN7A 5FPMA 1YVNA 3P4IA 5FPNA 1NBWA 3MN9A 3EZWA 4H5WA 2YI1A 2WUSA 5AQQA 3O8MA 4FWKA 1QQMA 1X9JA 4NO7A 2GTDA 2QM1A 2OANA 2IVPA 1DGKN 1ZC6A 1DKGD 3LDPA 5AQTA 3LL3A 4M7XA 1QZ5A 1C0GA 4MLHA 3EN9A 2A41A 4PKHA 5F2RA 1MWMA 1IJJA 2QWPA 2QWQA 1MA9B 3GL1A 5EY4A 4CZFA 3FFKB 1ATRA 1K8KB 4MLEA 3A5MC 2P9SB 2D1KA 3H1VX 1JCGA 5F1XA 4PL7A 1BUPA 3DXKA 5AQYA 1TUYA 3WT0A 3SMPA 5BREA 4PKIA 5AFUA 4I6MA 5AR0A 4F9OA 1YUWA 4BRCA 4BG8A 2BTFA 1CZAN 3CERA 3L4IA 4BC4A 3QDKA 4B1WB 5JLHA 1YXQA 2QWRA 3EKUA 3CETA 4B1XB 1GLLO 1GLFO 1NGFA 4QS7A 3TPQA 3A5OC 2P9NB 4FPBA 4MO4A 2IIRA 4BRQA 4EFHA 3FZKA 3FR0A 3WXKA 2P9PB 3VEVA 2FSJA 2UYTA 2I7NA 4B1VA 2IVOA 3VGKA 4A2BA 2E1ZA 3A5LC 3R8EA 4CBUA 4BG9A 4JHDB 5TKYA 3WXLA 4IZ9A 2VWBA 2A3ZA 2GELA 3H6EA 4FWQA 2P9UB 5EXWA 3VF2A 3DXMB 1XQSC 1BA0A 3M1FA 4FWMA 4H0OA 5AQXA 1HUXA 1Y64A 3ZETB 4DCHA 1GLEG 4CZEA 4DHYA 1NGHA 3ULEB 4A62A 2QWMA 3BF1A 5AQLA 1T6CA 4RCHA 5AQFA 3WEEB 3VGLA 2FSKA 3L0QA 1NM1A 1YAGA 4BVPA 3CJAA 3LM2A 1U2VA 3O5BA 4BQLA 4BC5A 3A0IX 4CZLA 3CHWA 1E4GT 2PAVA 2FXUA 3MN6A 3OHRA 1SZ2A 4BRIA 1X3MA 4H0XB 1ZXOA 1Z6RA 2E1YA 4IO8A 1RDWX 2ZWHA 4BC2A 1BO5O 4BR9A 3LM9A 4ISEA 3VPZA 5AQHA 1TYQA 3GE1A 3UKRB 2GUPA 1QZ6A 4YDUC 5LJWA 5KQDA 3DJCA 4H5VA 1TUUA 1BDGA 2GWJA 5BN8A 2AP1A 1V4SA 3D7EO 1S22A 4Z94A 4EIAA 2GWKA 2ZF5O 4CZGA 3QBWA 2KHOA 3ZX3A 3CJ1A 2Q0UA 2HF3A 4AM7A 3FZLA 3MMVA 4PL8A 4FSVA 4FWSA 4FWPA 3U4LA 4BR7A 2Q31A 2E2QA 5EX5A 4EHTA 3BUZB 2D0OA 4BGBA 1NLVA 3DXKB 3G25A 1NGGA 2A5XA 3AAPA 3FLCO 3L6QA 3HBTA 5EOYA 1NWKA 5AQWA 2D0PA 4HTLA 2P9IA 4J8FA 3U9ZA 1NGDA 1QQNA 4BRHA 2D4WA 2A6AA 3BF3A 5JMVA 3DAWA 3ZEUA 4C23A 4BR5A 3VOVA 5JLFA 3QFPA 3W3DA 3EO3A 4XH5A 3VEYA 3F9MA 4H5RA 3UKUA 3ZX2A 3SJHA 2ASMA 4JAXA 5AQOA 1GLAG 4FOEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP1A 4BC3A 1RBUA 5JENA 4OLAA 3VERA 3OYIA 3CFOA 3KVGA 3AA2A 3TWHA 3LALA 4AHUA 1ZYQA 3L2RA 1HJRA 3K58A 4M42A 2RE2A 4F2RA 4IFVA 3CG7A 3OJSA 2X6NA 1S9EA 1YJWN 4X62K 3E9PA 4JI6K 1BU6O 4JD2B 2IGIA 1O13A 4CJUA 4CFCA 4K41A 2ITMA 4F8RA 1SAZA 1Q82O 3L4QA 2H3GX 4QOZB 3H3NO 5BR8K 2DPNA 5CR4A 3VQCA 1KVCA 4CFBA 3HSCA 3FZHA 1SQKA 4CHZA 3QMLA 5BPLA 3G71N 1N36K 2YKNA 5BRDA 1RBRA 1TK5A 4DQ8A 3RRGA 3SBTA 2UUAK 2UUCK 3NDKA 1TKXA 4IXCA 4NXNK 3KZBA 3OA9A 4J2EA 3AGRA 5J2PA 2X78A 3PX0A 1L3TA 2LSNA 3CCMN 4BQZA 4CZHA 3CFPA 1I94K 1DEJA 4RWTA 3SI6A 3SYZA 4CEEA 1QVFM 1YIJN 4Q0BA 2HVIA 3BZKA 4BWJA 4JK8A 4M3RA 5M1KA 4YOWA 3TAQA 1KAZA 3ZSZA 4WQ4A 4CEFA 3MCAB 4C8MA 4DR6K 4IDHA 3J7YP 2HHUA 3ZLJA 3LDLA 3NCIA 3PO5A 2IDOA 1NMNA 3PSIA 3N4QA 3ZSXA 4ZTFA 3ZETA 3RSEA 1RGIA 2A40A 3AA5X 3QFUA 5AQMA 3D0PA 4GNIA 2A1RA 3FE1A 4EHUA 3TABA 3ATVA 3WEEA 4BGAA 3LDOA 5GIOA 2KTQA 4GV3A 4FK2A 4IJNA 4OPAA 3ENBA 1U04A 1U6ZA 3IDHA 3SAFA 1NJZA 3FZMA 1RTIA 4RW4A 3R9PA 1Q9XA 3KIOA 3J8AA 3AVLA 4CBWA 4CHNA 2ASOA 3KTQA 1TAUA 5LJVA 4Y0WA 4BRGA 1OH7A 4BDPA 3HM8A 3ATUA 4B9QA 1TL3A 5FROA 4BR2A 2HMPA 1JLGA 1W0HA 2VG6A 3KKSA 4HCBA 4CF0A 4DFKA 1OH5A 3BDPA 3NF7A 2Q36A 4XH1A 3A5NC 4RW8A 1B92A 4KAZA 3EKSA 3HK2A 3E66A 4CJ4A 2V52B 4ILJA 2NRHA 1T44A 1BL3A 3F73A 1TKZA 4AILC 1K8AO 4KHQA 4KH4A 4YOXA 1GLJO 1HQUA 4DR3K 3ALYA 4ELTA 1HNVA 4W5NA 2YHYA 1M1KO 1HX1A 5BRHA 3DM2A 4GV6A 2HHIA 5HRRA 1ZBSA 2UXBK 4CCHA 3C7NB 3HTVA 1S9GA 4FW2A 1U2VB 1IKVA 2BANA 2VQFK 1N32K 5C25A 3CJCA 4JI1K 4FJNA 2HVHA 3J7ZO 4WFAL 1Q7YO 2HHSA 2HHHK 3O4WA 3O1BA 1LWCA 4DQQA 1LCUA 3QIPA 3PIOL 1GLBG 3O3HA 1KLNA 2Z1JA 2W41A 4CIEA 4WF9L 4N41A 5CYMA 3VGMA 1VQMN 1JLBA 3VF4A 3BP8A 1ITGA 1IH7A 2OZMA 5FLXO 3D2FB 4IEIA 1K9MO 2VCPA 3S5TA 3V81A 5J2MA 4GKJK 1TV6A 3AO1A 4DR5K 3OS0A 4I9QA 1VSMA 4FOIA 3FZFA 1VQKN 3QBXA 4DV0K 1QQCA 1RCHA 3H46O 1W7AA 3SUPA 3TAFA 3OYCA 4JHDA 4OGEA 2W40A 2Q2RA 3AO3A 4BRFA 2CGJA 5C2FA 5AQKA 1RTHA 3JSMA 3ULEA 4Z4IA 4BE0A 2ETJA 4CEDA 4A2AA 4CJKA 2KZMA 4LY7A 4FJHA 3KK1A 1EQYA 1SL2A 4DTMA 1KAXA 2CGLA 2YNIA 3CMEN 2P9LB 2OTJN 4DV7K 3A8YA 3AA4A 4M7YA 1ZBFA 4DR1K 4FK4A 4JI0K 2HNZA 4BR0A 4BR4A 2O8DA 1RT3A 4OVLA 4WE1A 5FPMA 1YVNA 4DR2K 1NBWA 1EWQA 2QK9A 3MN9A 1VRTA 1KFDA 5AQQA 3AVFA 3T3FA 1XMQK 3OJUA 4X64K 1BQMA 5CY4A 4YY3K 3MXMA 3HXMA 1LWFA 1EKEA 1VSFA 3NE6A 1ZC6A 4YORA 3LDPA 4AHCA 3S9HA 4J2DA 3SAGA 3LL3A 3KLIA 1QZ5A 1C0GA 5MLCQ 3NMUA 3D45A 4DSKA 3TSPA 1NK0A 3O3GA 2VQEK 1QE1A 1ILYA 4IDKA 1SV5A 2UUBK 2Z1HA 3U6FA 5I42A 4FLUA 4DTUA 5AQYA 3WNHA 1NK4A 1L5UA 1YUWA 1VQ7N 3KD5E 1CZAN 3AVBA 1VSDA 4BC4A 4B1WB 2QWRA 3EKUA 1UWBA 4HUGA 3LP3A 2PZSA 3QNNA 2IIRA 3FZKA 3FR0A 2P9PB 5IT9O 4CEBA 5LMNK 2XY8A 2FSJA 2BH1A 3SAHA 4AQYK 4B3MK 2I7NA 4JRPA 4O55A 1REVA 3TR8A 1X9MA 4CBUA 1NJWA 3NH0A 3T7ZA 4DFPA 2X6SA 1YITN 4E7HA 4HHTA 3THXA 3VF2A 5J2QA 4DLGA 4E7LA 3M1FA 2HHVA 3P31A 4H0OA 3E9OA 3ZETB 1GLEG 3C94A 4Z4CA 2B6AA 3BF1A 3EE9A 1QS4A 4E1MA 3O4NA 4CVNE 3WEEB 2QA4N 3AVJA 1YAGA 1IKXA 3JYTA 3CJAA 3LM2A 4CJVA 2VG7A 4HUEA 2FXUA 1X9SA 2ZD1A 4BRIA 1X3MA 4LFAK 1NK7A 4KO0A 4IO8A 4F2SA 1BO5O 2C1GA 2W42A 4BR9A 3K5NA 3C6TA 4ISEA 4M45A 3GE1A 5C24A 1S1TA 1W9HA 4CFAA 4YDUC 4YNQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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