3NF9A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf9A00
4JS4A 4CJ3A 4ZHRA 3DYAA 3PX6A 3H08A 1IH7A 4DTOA 1KSPA 1ZBIA 2Z1IA 1J5OA 3OYNA 4Z4CA 3VQPA 3RRGA 2HNZA 2YNFA 1CLQA 2KZMA 4DQSA 1QQCA 3KLFA 3D0PA 3LANA 1HYSA 2IAJA 3OS0A 4LD0A 5KRTA 3AO3A 3I0RA 4WE1A 4AHSA 3OJUA 4DSKA 5KGXA 5EU7A 1TAUA 4OKJA 3F73A 3TAQA 1B9FA 4CEAA 3OYMA 4BDPA 5K14A 5CZ1A 1SL2A 3S3NA 1A5WA 1NKCA 3ZSVA 3K59A 4KRFA 3AVIA 4M41A 1B92A 1GOBA 1VSIA 4N47A 1VSHA 4F3OA 3ZCMA 2DTUA 3VN5A 1D8YA 4KB1A 5C24A 1SKWA 4NYNA 1S9EA 4BDYA 3QEXA 4O44A 3AO5A 1BQNA 4HTUA 3O3FA 1QSYA 4FZZA 4NYFA 3L2RA 3NHGA 3QNNA 3LP1A 3KKRA 4DS5A 3LP0A 3VQ5A 3O3HA 3FFIA 1LAVA 3OYDA 4BE1A 1ZBLA 1RTIA 1D9DA 1TV6A 4F2SA 4KHQA 2X6SA 3BGRA 4AHRA 3TANA 4FLXA 1RBVA 1IKYA 1NK7A 4FLUA 3RTVA 3IAYA 3G0ZA 4CJRA 4Z4EA 4QCLA 2GUIA 4BDZA 5CY4A 1U47A 1SL1A 3KLIA 4FJXA 2HHXA 4KKOA 4I9LA 4LY7A 1RT3A 4IFVA 1HYZA 2P1JA 4CJQA 3LDSA 1K6YA 4W5QA 4HUGA 2HNYA 1NK8A 1WN7A 3ZSWA 3AVGA 3NH0A 4CFCA 3QEWA 1Q9XA 4F2RA 4CGDA 2G8KA 1BGXT 1J54A 1VSEA 3DLRA 2VG5A 3VQBA 4AHCA 5KGWA 1HYVA 1JXEA 1SV5A 1RDDA 1ZBUA 4DTJA 1X9SA 4B9UA 2P5OA 4CF0A 1LW0A 2B4JA 2VG6A 3QLHA 4YNQA 1TAQA 3OY9A 4I9QA 2HHUA 2ETJA 3VQ6A 1R0AA 2JGUA 1TGOA 2IC3A 3LWLA 3K5OA 4EP4A 5HRPA 1WSIA 1LV5A 5HRNA 3AVNA 1LWCA 4E7KA 1RDCA 4ID1A 4DSLA 1RBRA 3NGIA 4CFBA 3HT3A 3AVCA 2OYQA 3TI0A 2ZE2A 3CYMA 3LPUA 3C6TA 3AA3A 3ZSYA 1S1XA 3P83D 3C6UA 3SI6A 4DTPA 5I3UA 4CEOA 2VWJA 3RMDA 4DF4A 4CESA 4CF1A 2P51A 3QESA 1FK9A 1LW2A 1QE1A 3VQCA 4DSFA 1IO2A 3TAFA 3NF7A 4C8KA 4TSXA 3QEIA 1YTUA 1RBUA 4DTRA 4O5BA 3NE6A 2G8UA 2QXFA 4FM0A 4FXDA 4DMNA 3RMCA 2KZZA 5J2MA 5KRSA 3VQ7A 2G8IA 4KV8A 2Z1JA 1EX4A 3U6FA 4F3TA 2YKMA 1RT5A 1NJWA 4B8AB 1T8EA 1T03A 4DU3A 3O3GA 3ITHA 4IG3A 2HHTA 4H4OA 3OYHA 4E1MA 4CEFA 3I8DA 2BDPA 3OYFA 3HK2A 3DLGA 3K5NA 1BQMA 3OYGA 5CZ2A 4CEEA 3NH2A 1WLJA 3M8SA 1TKXA 4OKKA 1BIUA 1KTQA 4O0JA 1Q9YA 1Z25A 4FLYA 1NJXA 1REVA 1L3UA 2F8TA 3V9XA 3V81A 1RT4A 1XHXA 1QTMA 5FRMA 3VQAA 4CK3A 4KREA 4FJ7A 3A2FA 4B3OA 4RW8A 2R7YA 1ITGA 2PYJA 3P5JA 4KPYA 1U49A 1C1BA 4GW6A 4FYDA 4R5PA 2FBTA 5HBMA 4B9MA 1KLMA 4E7LA 4CGIA 4KTWA 2JLEA 3OYKA 3HM9A 3SPZA 4CJFA 1KLNA 3P1GA 2G8FA 4C8OA 3I0SA 1JLGA 2HHSA 3C94A 3DRRA 2B6AA 4DQIA 1IKXA 3NF6A 4QAGA 4CGFA 4LSNA 3SUPA 1VSMA 3NH1A 4DFMA 1XI1A 1U4BA 4DQPA 3AVFA 4AILC 2A1RA 1FKPA 4NCBA 2DY4A 1J53A 3AVBA 5C42A 1S1TA 4DQQA 3U3YA 4ID5A 2KTQA 4CGHA 4DQRA 3MXIA 4KHWA 1NK9A 3HYFA 2X78A 3HVRA 3QINA 4DTXA 2XY5A 1JLBA 4CJLA 3V9SA 3PX0A 3ZT3A 1RDBA 4NCAA 1RT6A 2WONA 4CEDA 2KFZA 1KCFA 3HSTB 3V9WA 1S1UA 3V1RA 4W5TA 3L2UA 3L2WA 3TAGA 4DSJA 4LH4A 3DMJA 1BCOA 5J2QA 3NGZA 1UWBA 3SQ1A 3AVJA 3S3MA 2X6NA 1IKWA 1IG9A 1UA0A 3HO1A 2BGGA 1RBSA 3K5LA 1WNSA 1N5YA 4PY5A 1VSDA 1C1CA 3HPOA 1JLCA 1JLEA 4OJRA 3LZIA 4FJNA 3NF8A 2HB5A 4CIEA 4E0DA 1BI4A 4E7JA 5SWMA 1RNHA 4NCGA 1W9HA 2Y1JA 1CXUA 3TWHA 1ASUA 3VQEA 4EP5A 3LAMA 1KRPA 2HHWA 3DLKA 3OJSA 2F8SA 3TAEA 4AHTA 1Z26A 4RW6A 3PO5A 4J2DA 4E7IA 1L3TA 2EX3A 4FJ5A 3KK3A 1C0UA 5DK5A 4CHYA 3TAMA 4M3YA 1RTDA 4DWIA 4FZYA 4HUEA 5HROA 1SKRA 3L3VA 1RBTA 4HVJA 5HP1A 2QK9A 5FRNA 4W5RA 4L8RB 2OZSA 4FJ9A 4M3UA 1ZBFA 2YV0X 3VQ9A 1QHTA 4RW7A 2HMIA 4B9VA 4Z4HA 2ITGA 3HPGA 3IG1A 1J9AA 3WNHA 4J2BA 3DLBA 2HNDA 4O55A 4CF2A 3V9UA 3SQ2A 4FZXC 4FJKA 1RTJA 4CJTA 4FK4A 3SYZA 2F96A 3VQDA 4CHNA 4UQGA 4FJLA 3E01A 3M8QA 3ASMA 4ICLA 1JL2A 3RR8A 4DFJA 4PWDA 4FCYA 5HLFA 3AO4A 1S9GA 3F9KA 4RW9A 1LAWA 4AHUA 3OYEA 3SQ0A 2PYLA 2IOCA 3C95A 4GVMA 1VSFA 4FVMA 3ZSRA 4LSLA 1S6QA 1VK0A 4FW1A 4KTQA 1UOCA 3AV9A 3D45A 3EY1A 4DU1A 3QNOA 4CHZA 3B6PA 3CFOA 1O1WA 1G15A 4H4MA 1C0MA 2E6LA 2G8HA 1WAFA 2YHBA 3WNFA 4CJSA 3S3OA 2B5JA 2G8WA 4KAZA 4N41A 4DG1A 3QETA 3KK1A 1MU2A 2FBXA 3ZT2A 2E4LA 4Q5VA 3KLHA 3MAQA 3UIQA 3SPYA 4KI6A 3T3FA 3QEPA 4O4GA 4MFBA 4BE0A 4HCCA 1HRHA 5SZTA 3LWMA 1T7PA 3DRSA 4CGGA 1TK5A 3KD5E 1HNVA 4J2AA 3QIOA 1NK4A 1WSHA 3QIPA 4JS5A 1YT3A 4CJWA 1WSEA 1HQEA 4FW2A 4FJHA 1TVRA 1CXQA 4RW4A 1NK0A 4M45A 1KFDA 4LH5A 4FLWA 1HPZA 3O4NA 3VQ8A 4FJGA 3DOKA 3NDKA 3MXMA 2YNHA 1C1AA 4CEBA 2YNGA 5D3GA 1BI4B 1S1VA 1BHLA 2VWKA 4ELTA 3OS1A 4DFKA 4FM2A 3ISNC 4I7FA 2OPQA 2OPSA 3AVKA 4CK1A 1KVBA 3QO9A 4KO0A 4PA1A 1BL3A 1S6PA 3ZSZA 4M3RA 4ZTJA 3AVAA 4DF8A 1GOAA 3EZ5A 4CK2A 3KLEA 3RRHA 1RT2A 1U48A 4M3ZA 2HW3A 2IS3A 2XY8A 4Z0UA 1T05A 4B9SA 4Q0BA 4B08A 4KI4A 1HJRA 1U45A 2RPIA 5J1EA 4DLGA 1BCMA 3MEGA 4CJ5A 1NOYA 4B9TA 4E89A 4ELUA 3HJFA 1NOZA 2KW4A 1JL1A 4N56A 1DLOA 5JS1A 2IDOA 2ATQA 3DRPA 1S5JA 3SCXA 4FLZA 2KFNA 1KVCA 5KTQA 1NK6A 3CQ8A 2RF2A 3BDPA 4KB0A 1TK8A 5HRSA 3AVMA 4OVLA 4B9LA 4I2QA 3JYTA 4DS4A 3TAPA 4XIUA 3IRXA 5FROA 4OLBA 1L3SA 1VSKA 3TARA 4K8XA 3AA5X 2HVHA 3AA4A 3ULDA 4Z4IA 1RILA 5C25A 3DLEA 1I3AA 2HVIA 1D5AA 3V1OA 2HHVA 4DTMA 5I42A 1SUQA 1A5XA 2EHGA 4DFPA 4H8KA 4DSEA 4CFAA 2XO7A 1QSSA 3K2PA 4BWMA 1DTTA 3PX4A 2DFFA 4ZTFA 3K57A 4CCHA 1TL1A 1VSLA 3KK2A 3VA3A 1L5UA 4MQ3A 4BE2A 3KKSA 3L8BA 4G1QA 4E19A 1ASWA 2XHBA 1TKDA 1YTAA 4C8NA 2FBVA 1A5VA 4HCBA 3TABA 4I2PA 1C6VA 1Y97A 3HVTA 4PQUA 5T7BA 4W5OA 1C0TA 3VQ4A 3KD1E 3CFRA 2I5JA 4FM1A 4CEZA 1NKBA 2O4IA 1HNIA 3MEDA 4DSIA 4CIFA 4JRQA 3LALA 3OYJA 1FKOA 1TKTA 1KFSA 1X9MA 3PY8A 1NJYA 2OA8A 3M8PA 3NBPA 4AHVA 4IG0A 1Q8IA 1RCHA 1RTHA 2Q3SA 3HP9A 4E1NA 3L2VA 1UA1A 2QKBA 4IKFA 4DTUA 3AA2A 4CERA 1LWFA 2HHQA 3KIOA 4CJPA 2Y1IA 4IBNA 3KLGA 2Z1HA 1SL0A 3QEVA 4FJIA 3T19A 3NAEA 4KFBA 1ZYQA 3AO2A 3ZT0A 3TR8A 3VQQA 3HXMA 2ZD1A 2AJQA 2BANA 2FC0A 4PUOA 3L3UA 4E7HA 3PV8A 3NF9A 3SUNA 3ZSXA 4FJJA 2GBZA 4F4KA 2Z1GA 2IGIA 2D0CA 4HUFA 3QERA 2X74A 4Z4GA 3O4QA 4OLAA 3LP3A 2YKNA 1GOCA 3CG7A 3SV4A 1XWLA 2E6MA 3HP6A 3V9ZA 1ZBHA 3OYIA 4EZ6A 4KHSA 3HPHA 1NJZA 4CJEA 4QOZB 4CIGA 4Z4FA 3OS2A 3OYCA 1WSGA 2KQ2A 4C8MA 3V1QA 1WSFA 4AH9A 2D0BA 3SUOA 3JSMA 1BIZA 4K8ZA 5J2NA 3WNEA 3MXJA 1DTQA 4CF9A 4EZ9A 2A1SA 1EXQA 2W42A 4JRPA 4KHNA 1JLAA 3CM6A 3NFAA 3OYLA 1HQUA 1WAJA 3SJJA 5CYQA 1VSJA 3SQ4A 1TK0A 2XRIA 4B8CA 3ZT4A 3OYBA 3AO1A 1JLQA 1W0HA 1UAXA 2NUBA 2VG7A 5DMRA 4CECA 4BACA 3V6DA 3RWUA 1D9FA 1WSJA 3AVLA 5KI6A 3OYAA 3VA0A 1N6QA 3PO4A 1JLFA 2XY7A 3SNNA 3LPTA 1X9WA 1FXXA 4OPJA 1I39A 3ZT1A 3CM5A 3LP2A 3K58A 4DTNA 4IDKA 5HRRA 4E3SA 4FLVA 3NCIA 1TL3A 5CYMA 3RMBA 4KHYA 5J2PA 3MEEA 2BE2A 4JLHA 4O0IA 2DFHA 1XC9A 3AVHA 4Y1CA 4CHQA 3ALYA 2OPPA 3K5MA 4YFUA 4CHPA 3HL8A 2GV9A 3ZSOA 1RT1A 2XY6A 3IS9A 4OGEA 1VRTA 1B9DA 4M3XA 1NKEA 4CHOA 3EYZA 4HHTA 3SV3A 4RG8A 3ZSQA 4CGJA 3RMAA 4B9NA 1RT7A 5E41A 4FJ8A 4KHUA 1JXBA 4CFDA 1CZBA 4BWJA 4FLTA 5JS2A 2PZSA 3DLHA 1F21A 1EP4A 4CJ4A 3NGYA 4N5SA 4ELVA 1HMVA 3OVNA 4CJKA 3WNGA 3KTQA 2LSNA 2O4GA 4CE9A 2QKKA 3DI6A 3LAKA 4FK0A 1SKSA 4C8LA 5FDLA 2DFEA 3SUQA 4DTSA 1EKEA 2WOMA 1QS4A 4DLEA 3M8RA 4Y1DA 1EETA 4OKEA 1X1PA 2OPRA 4OPKA 2ZQBA 4F8RA 3V4IA 2P5GA 4N76A 4W5NA 3DM2A 3B6OA 2D5RA 3T1AA 4DU4A 3S9HA 4CEQA 1LWEA 1TKZA 4OGCA 4CJVA 3PUFA 3CFPA 3THVA 4J2EA 2PY5A 4FK2A 4M3WA 4FJMA 2RN2A 1U04A 3MECA 1BISA 4M42A 1YVUA 1VRUA 4CJUA 1S1WA 2YHAA 4GMJB 2OZMA 2RKIA 1XHZA 1ASVA 3DOLA 2D0AA 4IFYA 2YNIA 4KTZA 3U3GA 3KJVA 3L2QA 1L3VA 1KVAA 3RR7A 2FBYA 4CF8A 2G8VA 4M3TA 1IKVA 3LZJA 3SZ2A 1NK5A 3G10A 1CZ9A 1JKHA 1QSLA 1RDAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8EB 3PX6A 3AARA 4DTOA 3OYNA 3VQPA 4PKGA 3VF6A 3KLFA 3J7ZO 5HL7L 3OS0A 1BDGA 3AO3A 4JKEA 4AHSA 5F2RA 1TAUA 3TAQA 3OYMA 5AQWA 1SS6A 4KRFA 3K59A 3AVIA 4N47A 1VSHA 4F3OA 4BDYA 3AO5A 3L2RA 3VENA 4DS5A 3O3HA 3VQ5A 2HMPA 1LAVA 2PBDA 4XEIA 1D9DA 4AHRA 3TANA 4FLXA 1RBVA 3E66A 4C1NI 4WFNL 4FLUA 3CC2N 3HRGA 4QCLA 2WFBA 5AQXA 4BDZA 4DR4K 1RGIA 4CZMA 4FJXA 3JAMO 4CJQA 1HYZA 2ZM6K 4HUGA 3CD6N 1WN7A 3ZSWA 3RSEB 4NXMK 3QEWA 4JKBA 4DV7K 1VSEA 3VQBA 4AHCA 1HKBA 1XUPO 3DXMB 4ISEA 1HYVA 3BUZB 4AQYK 2O8EA 2P5OA 1X9SA 4CF0A 1LW0A 2ETJA 5FLXO 3ULEB 3EO3A 3LWLA 3PSFA 5HRNA 4E7KA 1RDCA 1K8AO 3CYMA 3AA3A 1S1XA 2P9IB 3CJAA 2GX9A 3THYA 4DF4A 4CF1A 3LDPA 2NRVA 2P51A 2FSNA 4FWRA 4IXCA 4DV1K 3NF7A 3GL1A 1Q7YO 4YDUA 4A62A 1VQMN 4KV8A 1LOTB 2YKMA 3O3GA 3ITHA 5BREA 4JK8A 2HF3A 5GAEP 2YHXA 3G71N 1C0FA 4H0PA 2V7YA 1Q9YA 4PL7A 1NJXA 5AQNA 1L3UA 3DXMA 1G99A 3VQAA 2D1KA 4CK3A 5LJWA 2PYJA 4JKDA 2UYTA 3ULEA 4FYDA 2FBTA 4B9MA 4FZXC 4E7LA 4FOIA 3HM9A 2JLEA 3C94A 5DM6L 2ASOA 2P9IA 3NH1A 3ID6A 3AVFA 2A1RA 2FF6A 4ID5A 5AQZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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