3AO2A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao2A00
3PV8A 3AVKA 4LY7A 4DFMA 4YFUA 2P5GA 1VSIA 3P83D 1XWLA 3QO9A 3AA3A 1QQCA 3KIOA 3ZSQA 1FK9A 4W5TA 3HP6A 4DQIA 4F8RA 2VG6A 5FRMA 1IG9A 3A2FA 4GMJB 3AVLA 3ASMA 3QEWA 3HVRA 3AA4A 2QKKA 3NHGA 3DOLA 2KTQA 2PYLA 4KPYA 2X78A 1SKSA 4B9MA 3K59A 2XHBA 3V4IA 1RT6A 2YNGA 3KKRA 3QESA 1J54A 1ZBHA 4F3TA 3LZIA 1RBRA 3L8BA 4J2EA 2ETJA 4CJUA 4YNQA 3K2PA 1CLQA 4KHWA 1MU2A 2OPQA 1DTQA 4O55A 5HBMA 4DF4A 4LSLA 1U04A 3SUNA 3BDPA 4E7JA 4CCHA 4WE1A 4OKEA 4CECA 3AVGA 1BQNA 4FJNA 1VSFA 2Y1IA 2HNDA 4OVLA 5CY4A 1BI4B 3DRRA 2KZMA 3DM2A 3KLIA 4CGIA 2XY6A 3PX0A 1XI1A 3AVMA 4W5NA 2XY5A 1S1UA 5DK5A 1HNVA 4NYFA 4FLVA 1VSLA 4FXDA 4KFBA 3K57A 1T05A 1TK5A 2HHTA 5JS2A 3VQQA 3G10A 4BDYA 2D0BA 2ZQBA 4LD0A 3VQ5A 4JS5A 1J5OA 1RT2A 3ZSZA 3FFIA 5J2NA 4C8LA 1S6QA 3BGRA 4CJFA 3ZSWA 2EHGA 3V9SA 2YV0X 2RN2A 4IKFA 3V1QA 3AVFA 2HB5A 2OZMA 4DFPA 5HROA 1QTMA 4EP5A 1WSFA 4CJTA 1U4BA 4DQPA 3ZSRA 1VSKA 1QE1A 3CYMA 4CIFA 4DTXA 4B9VA 4FK4A 3AO1A 3AVAA 1ZBUA 3AVNA 4JLHA 1S9EA 2DTUA 4B9TA 4Z0UA 2WOMA 3VQ4A 4L8RB 3RR8A 2A1RA 4LH5A 4FK0A 1NKBA 2KQ2A 1ZBIA 1HNIA 3NFAA 4E89A 3SPZA 3ITHA 4FJGA 4FJKA 3QNNA 1TAQA 1JXEA 3DRPA 3PX4A 3NAEA 1IKYA 2QXFA 1VSMA 5HRSA 2E4LA 4OKKA 3SCXA 1NK8A 1QSSA 4FLTA 2HW3A 3SV3A 4DFKA 1TK8A 2A1SA 5JS1A 4FW2A 4ZTFA 3OYKA 4FCYA 1NK6A 4OLAA 2LSNA 4ELVA 3ZSVA 4HCBA 1VRTA 1ZYQA 4CESA 1KVCA 3OVNA 4AHCA 1FXXA 4IFVA 3V9ZA 4B3OA 1U45A 3C94A 1T7PA 1JL1A 2RPIA 1SKWA 4FYDA 4CF2A 1CXQA 1HQEA 3HJFA 1RTDA 1SKRA 1TGOA 3AO2A 3ZT4A 3VA0A 1QHTA 5HRRA 3AVHA 3DLRA 3S3MA 4DWIA 3CM5A 3ZT2A 1GOAA 1HMVA 3HPGA 1S5JA 3SQ4A 4CJQA 3SUQA 4DSKA 1TAUA 1EP4A 4H8KA 4DU1A 1KSPA 4FM0A 4FJ5A 2OA8A 1DTTA 4DS5A 1JXBA 2PY5A 1C1AA 1NK5A 3HSTB 2NUBA 3ALYA 1LAWA 4RG8A 1YVUA 4DMNA 1UOCA 4M41A 3SNNA 2HHWA 2Z1GA 1NK9A 4E0DA 3SPYA 5CZ1A 4BDPA 3ZSOA 4BACA 1VSHA 2D0AA 3SI6A 4Z4GA 1BHLA 3SQ0A 4H4MA 4FJJA 4DSIA 2E6MA 1R0AA 1QS4A 1EKEA 4OPKA 4N41A 1F21A 3AO3A 5D3GA 5FROA 4CEFA 4DTSA 4FJMA 2Q3SA 3SQ2A 3TAMA 4Z4EA 2HHXA 1RTJA 1YT3A 4Z4FA 3ZCMA 1BQMA 4OGEA 3TABA 3DLBA 3PO5A 4CEBA 4DTNA 4KB0A 2HHQA 1RBSA 4I2QA 3KD5E 1Q8IA 1WSEA 1RILA 2ITGA 2FBTA 3OYCA 3SQ1A 3IG1A 1S9GA 4DQRA 3TAGA 2G8HA 4KAZA 3OYEA 2Z1IA 3K5MA 3OYAA 4CJRA 3RR7A 3UIQA 4Y1CA 3LPUA 1IH7A 3THVA 2HNZA 4AHUA 1VSDA 1D8YA 3JYTA 1RDBA 3VQCA 3EY1A 3P5JA 4CEQA 1RDCA 3KLFA 4CEZA 3SZ2A 4E19A 2ZE2A 5EU7A 3QNOA 3KJVA 1KRPA 2VG7A 4I9LA 3KK1A 3TAFA 3L2QA 4LSNA 4AH9A 4RW8A 2EX3A 5I3UA 1NOZA 2HMIA 4BE0A 3TARA 4FJ9A 4KB1A 3ZSYA 2F96A 1D9FA 2DY4A 3PX6A 3KKSA 4Z4CA 3OYFA 2GUIA 3RRGA 3NBPA 4B9LA 4C8KA 4F2RA 3RWUA 4C8NA 4O5BA 3CQ8A 2KW4A 4CEDA 3HL8A 5CZ2A 3H08A 3P1GA 3V1OA 2GV9A 3NGIA 4IG3A 4CHNA 1BL3A 1JL2A 1Y97A 3KLHA 1LW2A 1EXQA 2X74A 1IKVA 1J53A 4PY5A 3QIOA 1SUQA 2X6NA 4AILC 3HYFA 1ZBLA 3OYMA 1BIZA 3LWLA 1CXUA 5KTQA 4N5SA 3HO1A 1TKZA 3EYZA 4K8ZA 3KTQA 3OYDA 2XY8A 1TL1A 3V9XA 1A5WA 1VK0A 1CZ9A 2I5JA 1JKHA 1SL1A 1L3VA 4CEAA 2HHUA 4AHRA 3O3HA 5HRNA 3JSMA 1IKXA 4BDZA 4CEEA 3WNGA 4FLZA 1RDAA 3ZT1A 4B9NA 3MXMA 1DLOA 3DLEA 1HYSA 1S1VA 1BGXT 1BISA 4KKOA 1HQUA 1JLQA 1C0TA 1RBUA 3NGYA 4LH4A 3CFOA 3QLHA 5CYQA 4M45A 4B8AB 3VQAA 3C95A 3LALA 5K14A 3WNEA 4QCLA 4GW6A 3HVTA 3VQDA 2OPSA 3MECA 4W5OA 4E7IA 2F8TA 3AO4A 4CHQA 3TAEA 3OS2A 1J9AA 3VQ7A 3HPOA 4CJ3A 1FKPA 2O4GA 3ULDA 4F3OA 2HHSA 3U3GA 2YKMA 4BE2A 4DTMA 5KI6A 4J2DA 3PO4A 2YNHA 1C1CA 1BCMA 4ID1A 1EX4A 1JLBA 2IC3A 5SZTA 3LZJA 1REVA 4DSFA 1WSIA 1QSLA 1KTQA 5I42A 4PQUA 3T3FA 1KCFA 2OPRA 2VWKA 3QINA 1NOYA 4EP4A 1T03A 2DFEA 5HRPA 2KFNA 3V1RA 4CJVA 3SV4A 3TAPA 1JLAA 4G1QA 3QEPA 4FZYA 2KFZA 4RW4A 1WSJA 3VQBA 4FLXA 2DFFA 1WN7A 3SJJA 3AVJA 3AVBA 1LWCA 4FW1A 3S9HA 4FJLA 4FJ8A 3DLGA 4BWMA 1W0HA 3HK2A 2E6LA 4PA1A 2R7YA 4CGGA 3NH1A 3O4NA 3QEVA 4OJRA 3I0SA 3LP3A 4Q5VA 4F2SA 1NK0A 3NF9A 1L3UA 2OYQA 1QSYA 4FJ7A 1RCHA 2IS3A 4GVMA 5KRTA 1U48A 1LW0A 2YHBA 3DYAA 5T7BA 1NJWA 1X9MA 3B6OA 3LAKA 1D5AA 3OYGA 4E3SA 2BDPA 4B9UA 4KREA 4ICLA 4CJSA 3RMDA 3PY8A 1C6VA 4RW7A 4UQGA 1LV5A 1RT5A 1S1XA 2VWJA 3RMBA 2HVHA 4I9QA 3HT3A 4DQSA 4CJPA 4M3ZA 2G8FA 4F4KA 1UWBA 1W9HA 5E41A 4KI4A 1RT3A 3AVIA 3DI6A 5DMRA 1YTUA 1S6PA 2OPPA 3T19A 1VSJA 3C6TA 4FZZA 4DS4A 1IKWA 3B6PA 3DOKA 4N47A 1Q9XA 2B4JA 2X6SA 4KTWA 3VQ9A 3C6UA 4KHYA 4M3WA 1BCOA 1JLCA 4BE1A 3PUFA 3K5OA 5J2MA 1Q9YA 2AJQA 4XIUA 3LP2A 3MEDA 4CERA 3TWHA 4FZXC 1WSHA 3NCIA 4FLWA 1ASUA 4AHSA 1B9DA 3S3NA 4DQQA 4KHSA 4M3XA 2YNFA 3DLHA 1KVBA 1HJRA 4CFDA 3D0PA 1HRHA 1NJZA 4Q0BA 4DFJA 1ASVA 4M3RA 2Y1JA 1NKEA 1NJXA 5C42A 1XC9A 2XRIA 2XY7A 4FJIA 1KFSA 3LP0A 1UA0A 4KV8A 3V9UA 2BANA 4DTUA 4CJEA 3OYJA 2YNIA 4OPJA 4HUGA 1U49A 4ID5A 3HPHA 3LAMA 4DLGA 3S3OA 2DFHA 4KHUA 4CIGA 3M8SA 4CIEA 4OGCA 4KI6A 5CYMA 1WLJA 4H4OA 1RT4A 1U47A 3DMJA 4CJ4A 4OKJA 4BWJA 3MXIA 4C8MA 4CFCA 3EZ5A 4KRFA 2D5RA 4M3UA 4B08A 4EZ6A 3G0ZA 4O44A 4CGFA 1A5VA 3O4QA 1C0UA 2B6AA 3WNHA 3VA3A 4FM2A 1RT7A 2OZSA 4DSJA 4N56A 4HUEA 3IRXA 4CFBA 2RKIA 3DRSA 3F73A 4DF8A 4PUOA 4FK2A 4N76A 2VG5A 1O1WA 1UAXA 2ZD1A 4B9SA 3OYIA 1JLEA 4IDKA 4CK3A 2PYJA 5FDLA 3L2WA 4J2AA 3VQEA 4HVJA 1ITGA 3K58A 1N6QA 4FJXA 4CJWA 1D9DA 1L3SA 4W5QA 3WNFA 2HVIA 1B9FA 1SV5A 3ISNC 4HTUA 1FKOA 3LDSA 3NE6A 2D0CA 4I7FA 1WSGA 3NF8A 4E7KA 2IDOA 3L3UA 2G8VA 3VQ8A 1RTIA 4RW9A 4AHVA 4O0JA 3HXMA 3CFRA 4IBNA 4DU3A 3TANA 1KLMA 1SL0A 3O3FA 3TI0A 2ATQA 1IO2A 3QETA 5HP1A 2KZZA 3RTVA 4DTOA 4ELTA 4ZHRA 4CEOA 4KHNA 2JGUA 4QAGA 1XHXA 2HNYA 1X1PA 3ZSXA 4CGDA 3I8DA 4CF8A 1HYVA 4ZTJA 4PWDA 1GOCA 4K8XA 1WNSA 1I3AA 1LWEA 4DLEA 4Y1DA 4E7LA 4TSXA 3T1AA 4QOZB 3ZT0A 1S1TA 2XO7A 3NF7A 1RDDA 3QIPA 5J2QA 1SL2A 1T8EA 3SUPA 3U3YA 3HP9A 1B92A 3LWMA 3M8PA 2QKBA 3NDKA 3IS9A 2YHAA 3CG7A 2IAJA 3LPTA 2O4IA 3RMCA 3AA2A 1G15A 1GOBA 3OJUA 2IOCA 1NKCA 4O0IA 3L2UA 1LAVA 2FBVA 1YTAA 5J2PA 3VQ6A 1KFDA 3RRHA 1NJYA 3L2RA 4CJLA 1VSEA 1KLNA 2WONA 4CF9A 3KLGA 4IFYA 1ZBFA 3MEGA 1RT1A 2P1JA 4CHOA 1HPZA 3KLEA 2HHVA 4CHPA 1C0MA 1Z25A 1TKTA 2Z1JA 4JRPA 1BI4A 4NCAA 1JLGA 1VRUA 1X9SA 1RTHA 3ZT3A 1K6YA 3VQPA 2YKNA 4DTRA 4C8OA 2P5OA 1RBTA 3E01A 4DSEA 1NK4A 4CHYA 4OLBA 1A5XA 4KO0A 3VN5A 1KVAA 5KGXA 5KRSA 1RNHA 2G8KA 2JLEA 3K5LA 1CZBA 4E1MA 4EZ9A 4CK1A 4MFBA 3RMAA 1TVRA 4NCBA 4O4GA 1X9WA 1I39A 4JRQA 3U6FA 4ELUA 1S1WA 4NCGA 4R5PA 3LP1A 3OJSA 1TV6A 3AV9A 3V9WA 2FC0A 4KTZA 5FRNA 5KGWA 3CM6A 1ASWA 4CF1A 5HLFA 4Z4IA 4IG0A 2GBZA 4DG1A 4HUFA 3SYZA 1WAFA 1L3TA 1BIUA 3KK2A 4DU4A 5J1EA 1N5YA 2BGGA 3AVCA 4CF0A 3F9KA 4CE9A 2Z1HA 4RW6A 2G8IA 1TK0A 3KD1E 2F8SA 1TKDA 2PZSA 4CJ5A 3NH0A 4CK2A 1RBVA 3IAYA 4CHZA 3NGZA 5C24A 3L3VA 3AA5X 3I0RA 1HYZA 3AO5A 4FVMA 4HCCA 4KHQA 3QERA 1TKXA 2FBYA 4AHTA 3L2VA 3K5NA 3V6DA 3LANA 3MEEA 3SUOA 4FLYA 4JS4A 1NK7A 4M3TA 5SWMA 3CFPA 2P51A 4FJHA 4Z4HA 4FLUA 4KTQA 3O3GA 1L5UA 2G8WA 5C25A 2QK9A 3OYNA 2W42A 2G8UA 4M3YA 4B8CA 4CFAA 3OYBA 4J2BA 3OY9A 3OS0A 1JLFA 4CGHA 3QEXA 3NF6A 3NH2A 3V81A 1EETA 3OYHA 4E7HA 3M8RA 1LWFA 2B5JA 4E1NA 3QEIA 1WAJA 1UA1A 3TR8A 4FM1A 2BE2A 1XHZA 4NYNA 1C1BA 3DLKA 4HHTA 1TL3A 3D45A 4I2PA 4DSLA 4W5RA 3KK3A 3OYLA 3OS1A 4DTJA 3MAQA 4CGJA 3HM9A 2RF2A 3TAQA 1Z26A 4M42A 2FBXA 4MQ3A 4CJKA 3MXJA 2IGIA 3M8QA 4DTPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y64A 3AVKA 4OPHA 3KIOA 4W5TA 3HP6A 2UXCK 3NMUA 5E84A 1Q82O 3GOIA 3NHGA 2A41A 3A5MC 3O9SA 3Q7CA 3K59A 4B9MA 3V4IA 2YNGA 1RBRA 3VF4A 2ETJA 4YNQA 2E1ZA 4O55A 3BDPA 4AQYK 4E7JA 4OKEA 4CECA 5JVHL 3O4WA 4JKGB 5I9EB 1TUUA 1T3VA 2XY6A 4CGIA 5TKYA 3LDQA 2OTLN 5M1NA 4H0OA 4KH5A 5DK5A 2A42A 1T05A 4JN4A 1TK5A 4H0PA 5AQYA 1EQYA 4JS5A 2ZQBA 1IG8A 5AQSA 3ZSZA 4C8LA 3ULEB 4BR0A 3V9SA 2FSNA 2QW9A 2RN2A 2OZMA 4DFPA 5HROA 2OCEA 3PIPL 3ZLJA 1U4BA 4DQPA 5BR9A 2QWQA 1IBMK 4DTXA 4B9VA 3AO1A 1JJ2M 4X62K 4H03B 2WOMA 1T44A 3RR8A 4LH5A 4YORA 2ZGZA 2A5XA 3SLCA 1VQPN 3C65A 3NFAA 4E89A 5AZJA 5C2DA 1TAQA 4CW7B 2QXFA 2E4LA 3SCXA 1YAGA 4FLTA 3VEXA 5JS1A 4ZTFA 4M7XA 4OLAA 2LSNA 5CHIA 4HCBA 1NM1A 1KVCA 3E9PA 3L4QA 4O8UA 4AHCA 3V9ZA 1U45A 3DXMA 3C94A 1GLAG 1SKRA 4JKFA 4NXNK 2V7YA 3AVHA 2GEMA 3DLRA 4DWIA 3CM5A 3ZT2A 3R6MA 3CCSN 3SUQA 4DSKA 3ZETB 3HTVA 3PIOL 3GE1A 2NNWA 2HSTA 2PY5A 1C1AA 3HSTB 2P9LA 4RG8A 3SNNA 4DMNA 2Z1GA 4JKCA 4BRCA 3ZSOA 2D0AA 4H5TA 1R0AA 1QS4A 1N32K 1F21A 4CEFA 4DTSA 3SQ2A 2HHXA 1QQNA 3DLBA 4A62A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1Y64 A;  3AVK A;  4OPH A;  3KIO A;  4W5T A;  3HP6 A;  2UXC K;  3NMU A;  5E84 A;  1Q82 O;  3GOI A;  3NHG A;  2A41 A;  3A5M C;  3O9S A;  3Q7C A;  3K59 A;  4B9M A;  3V4I A;  2YNG A;  1RBR A;  3VF4 A;  2ETJ A;  4YNQ A;  2E1Z A;  4O55 A;  3BDP A;  4AQY K;  4E7J A;  4OKE A;  4CEC A;  5JVH L;  3O4W A;  4JKG B;  5I9E B;  1TUU A;  1T3V A;  2XY6 A;  4CGI A;  5TKY A;  3LDQ A;  2OTL N;  5M1N A;  4H0O A;  4KH5 A;  5DK5 A;  2A42 A;  1T05 A;  4JN4 A;  1TK5 A;  4H0P A;  5AQY A;  1EQY A;  4JS5 A;  2ZQB A;  1IG8 A;  5AQS A;  3ZSZ A;  4C8L A;  3ULE B;  4BR0 A;  3V9S A;  2FSN A;  2QW9 A;  2RN2 A;  2OZM A;  4DFP A;  5HRO A;  2OCE A;  3PIP L;  3ZLJ A;  1U4B A;  4DQP A;  5BR9 A;  2QWQ A;  1IBM K;  4DTX A;  4B9V A;  3AO1 A;  1JJ2 M;  4X62 K;  4H03 B;  2WOM A;  1T44 A;  3RR8 A;  4LH5 A;  4YOR A;  2ZGZ A;  2A5X A;  3SLC A;  1VQP N;  3C65 A;  3NFA A;  4E89 A;  5AZJ A;  5C2D A;  1TAQ A;  4CW7 B;  2QXF A;  2E4L A;  3SCX A;  1YAG A;  4FLT A;  3VEX A;  5JS1 A;  4ZTF A;  4M7X A;  4OLA A;  2LSN A;  5CHI A;  4HCB A;  1NM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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