4FZZA

Exonuclease x in complex with 5' overhanging duplex dna
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*G
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 44
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzzA00
1KFSA 1B92A 3ZSWA 4CHOA 3P1GA 3IS9A 4DTJA 2A1RA 2YHBA 4FJKA 1RILA 3QINA 3SI6A 3AVJA 1NOYA 3SV3A 4FJXA 2YKMA 4DU4A 4O44A 4DTMA 4KHUA 1T8EA 2E4LA 2QXFA 1SKRA 5CYQA 1C0UA 3IG1A 1NK8A 1DTTA 2KQ2A 1XHZA 1L3UA 3LDSA 4B9UA 2KZMA 2EX3A 1HQUA 3TABA 3DLRA 1WLJA 2OZMA 1KVAA 3NDKA 4FJNA 4QAGA 4FLXA 3TI0A 4CECA 5KRSA 2O4IA 4Z4HA 4JRPA 3V9XA 3K59A 3VA3A 4E7HA 2OA8A 3SQ0A 4KAZA 2HW3A 3QLHA 3HYFA 4CEOA 3MEGA 4C8MA 3CM6A 2P1JA 3WNHA 2HVIA 3UIQA 4HUEA 3PO5A 3LP3A 4IDKA 1BQMA 2E6MA 1RBSA 3U3GA 3OYDA 3LZIA 3RMBA 3RMDA 3TAPA 3V81A 2E6LA 1ZBUA 3NFAA 2KW4A 1NJWA 1BIZA 4I2PA 1VSEA 4RW8A 3SUQA 4CEBA 1SKSA 3OJSA 4E1NA 4FLWA 4DMNA 4HUGA 4O4GA 3IRXA 4BE2A 1KTQA 1RDBA 3LAMA 3TANA 4CJ4A 5JS2A 3OS1A 1HMVA 2XY8A 4ZHRA 2A1SA 2HHQA 3NF7A 3SUPA 4CCHA 3U6FA 4N41A 4PA1A 4ELVA 4B9SA 1HRHA 1UA0A 1TAQA 4I2QA 3HK2A 1LWCA 3AVLA 3VQAA 1VRTA 4EP4A 3EZ5A 1REVA 4F2RA 4FM1A 4FVMA 5HLFA 5KI6A 4DF4A 1U45A 3ZT1A 3S3NA 3CFPA 5J1EA 4CESA 4DU3A 1JXEA 4KTWA 5FRMA 2Z1IA 4BDZA 5I3UA 1JL2A 4M3RA 1T7PA 1SUQA 3MECA 4CFCA 3PX6A 2HHWA 1Z25A 4C8KA 3I0RA 2G8HA 3O4NA 4OPJA 3TAEA 5KRTA 1BL3A 4FJ9A 3VQDA 1NK4A 4KHYA 2QKBA 4FLVA 3TWHA 4J2EA 2KFZA 3KLGA 3AV9A 3A2FA 1RT5A 4FW1A 3ZSXA 3OYBA 3K5MA 3TAMA 4DS5A 1C6VA 4BDPA 1KLNA 2GBZA 4DS4A 1LW0A 4BE0A 4FJHA 3O3GA 1NJYA 4CJSA 3U3YA 3SNNA 4IBNA 4O55A 3DRPA 4OGEA 4BE1A 1IG9A 1RTHA 4CFAA 4BACA 1J9AA 1RBTA 3AVGA 4CJLA 1U49A 3LANA 4B9TA 2PZSA 3NCIA 4NYFA 1RDAA 4Q5VA 3ULDA 3TAGA 2VG5A 3NGZA 4DSIA 4KFBA 1D5AA 4KREA 3M8RA 2YHAA 4FK4A 4W5QA 4AHRA 4KV8A 3O3FA 3MXIA 1TK8A 1WSGA 3L3UA 3VQ6A 4FK0A 5J2MA 1EX4A 3SV4A 4CHYA 3EY1A 2G8WA 1TV6A 3NGYA 3PUFA 4CJ5A 4FJ7A 4FYDA 2Z1HA 2VWKA 3JYTA 4FK2A 3QNOA 4K8XA 3ZSZA 4E19A 2YV0X 3DLBA 3HP6A 1RBUA 4KI4A 3ITHA 1NK0A 3KKSA 4Y1DA 4E7KA 4HHTA 3SPZA 4ZTFA 3OYNA 3RTVA 1D9DA 4CERA 1UOCA 4CEEA 1LWEA 4GVMA 3S3OA 3LPTA 3VQEA 4CEDA 4R5PA 1DTQA 2Y1IA 5HP1A 3QEIA 1CZ9A 2NUBA 3NF8A 2IS3A 2FBXA 4B08A 4CJEA 5J2PA 4B9LA 4IFVA 1IKXA 2XY5A 4Z4IA 1RT7A 4LSLA 3ZCMA 4O0IA 4OVLA 4H4MA 4BWMA 3VQ7A 2HHUA 3AVFA 1UAXA 3VQQA 1Z26A 3NH2A 3IAYA 2XY6A 1SL0A 1WSJA 4N76A 4DQSA 4CF2A 3KLEA 1W0HA 5K14A 4ZTJA 4RW6A 4N56A 4ID5A 4LH4A 1RT4A 1WSEA 4AILC 3DLGA 2GUIA 1YTUA 4J2AA 4DWIA 1IO2A 2OPPA 1RDDA 4CHPA 3NE6A 1VSDA 1WSHA 2HNYA 3FFIA 3HL8A 2G8VA 4NCAA 5CZ1A 1HNVA 3OYGA 5C24A 3M8PA 4CFDA 1VSMA 3G10A 2X6SA 3AVHA 4J2DA 3DOLA 2X74A 2FBTA 4CGIA 3KLFA 1RBVA 3V9WA 4DFPA 1S9EA 4PUOA 1IKYA 1K6YA 4IG0A 4AHVA 4FLTA 4FJGA 5KGXA 2XRIA 2HB5A 5T7BA 1RTIA 4OLAA 2JLEA 1CLQA 4RG8A 4KTQA 1RT6A 1J5OA 3VQ8A 3M8SA 1XC9A 1VSFA 3HJFA 4Z4FA 3OS2A 3LWMA 4Y1CA 4W5NA 1QE1A 3NF6A 3OYJA 4DFMA 1Q9YA 4FZXC 4W5TA 4CIGA 3AA4A 1ASVA 3MXJA 5CZ2A 1VSLA 1T05A 1NK5A 1NKBA 4EZ9A 4KB0A 1TVRA 4I9QA 4ICLA 3F9KA 5KGWA 4HTUA 5DK5A 2HMIA 2ATQA 2VG7A 4NCGA 3QEVA 1Q8IA 1RTDA 1C1BA 1JLAA 1VSKA 2D0CA 3DLHA 5FRNA 3VQBA 4XIUA 1LAVA 3P5JA 3QEPA 4M45A 3T1AA 4CIFA 1O1WA 3ZSYA 4Z0UA 4CHQA 4DFKA 4CJWA 4OJRA 1QHTA 2PY5A 3LP1A 1S5JA 4M41A 5HRSA 2ITGA 4C8OA 4YNQA 3L2WA 3V1QA 3SJJA 2I5JA 4DSKA 3HSTB 2VG6A 2HHSA 3L2QA 3C95A 1CZBA 2XY7A 3PO4A 3OYKA 3OVNA 4CIEA 2D0AA 3HP9A 1ITGA 3VQ5A 4J2BA 5JS1A 4DQRA 3V9SA 2DFFA 3ZT2A 2Z1JA 3RRHA 1SL1A 4RW4A 2Z1GA 3K5OA 1RCHA 4QOZB 4RW9A 2G8KA 3RR8A 3KIOA 1D9FA 1GOBA 3CM5A 3PY8A 1ASUA 3AVIA 2F8SA 1EP4A 3MEDA 5HRPA 4M3YA 4MFBA 1S1UA 1JLEA 3KK2A 3VQ4A 3MAQA 2BGGA 3QNNA 5FROA 1SKWA 3AVAA 3SUNA 2GV9A 4CJUA 3O4QA 3EYZA 2DY4A 4CF9A 1KCFA 4EP5A 5CYMA 4AHSA 3S9HA 2HHTA 3VN5A 3RRGA 3HVRA 3K5NA 4KKOA 2XHBA 4DSFA 1L3TA 4DF8A 3AO4A 4DTXA 1NJXA 4HCBA 3DOKA 1L3SA 1TGOA 4W5OA 1A5WA 4DSLA 2B6AA 1C0MA 4DQQA 1WSIA 3AVCA 3TAFA 2Q3SA 4AHTA 4KTZA 4OPKA 4FZZA 3AO2A 4CF1A 1RNHA 4AHCA 3SYZA 1LW2A 3HPOA 3RWUA 4KHQA 3CYMA 4M3WA 3DYAA 3JSMA 3SQ4A 4DTPA 1WN7A 4FJ8A 4CK3A 3K58A 2X78A 1J54A 1JLBA 3OYLA 3QEXA 1HYSA 2OPQA 1NJZA 2FBYA 2IAJA 3QERA 3AVMA 3NGIA 2OPSA 1R0AA 5J2QA 4B9NA 3T19A 1HQEA 1BI4B 1BCMA 2KTQA 3LALA 4YFUA 4E7LA 1I3AA 3OYEA 2HVHA 1VSJA 4CFBA 2B5JA 2ZE2A 1HYVA 3WNEA 5SWMA 1HYZA 1UWBA 4I7FA 2P51A 4DQIA 5DMRA 5HRRA 1QSLA 1IH7A 2BE2A 2AJQA 1GOCA 1TL3A 3ISNC 2P5OA 1WSFA 4B3OA 1TKTA 2O4GA 4G1QA 3AA2A 3C94A 3ZT4A 2JGUA 1HPZA 1BISA 4LH5A 5EU7A 3CFOA 1CXQA 3LP2A 3OS0A 3MXMA 4DTNA 4LSNA 2FC0A 3AVKA 3M8QA 4FLZA 2OZSA 4HUFA 3LWLA 3DLEA 3AVBA 3DRRA 1RTJA 1VK0A 4OKEA 4KRFA 1S1VA 2YKNA 4DLEA 1JLFA 4FW2A 1NK7A 3KLHA 4DTUA 4IFYA 3V9UA 3H08A 2DFEA 2ZD1A 4F8RA 2YNGA 4O5BA 4H4OA 3NAEA 3DRSA 4Z4EA 1RT1A 4CE9A 3D0PA 4CJTA 4FJMA 3BGRA 1HJRA 3B6PA 3AVNA 4DLGA 3C6TA 4FLYA 3QIPA 2VWJA 1B9DA 3HPHA 1EXQA 1RT2A 3DLKA 4OKKA 4DTSA 4B9VA 3KD1E 2HHVA 2HNZA 4DU1A 3CG7A 3DM2A 1C1CA 1IKWA 3QEWA 1L5UA 1A5XA 4JLHA 4W5RA 3NH1A 4EZ6A 4FJJA 3V4IA 1D8YA 1TAUA 1BHLA 1KVCA 2RPIA 4F4KA 4FZYA 2Y1JA 4M3TA 1JXBA 1KSPA 4I9LA 1TK5A 1U4BA 3K57A 4MQ3A 4E1MA 5C25A 5HBMA 2WOMA 1JLGA 4CEQA 1DLOA 3L8BA 1X9WA 1Q9XA 4KO0A 3P83D 3LAKA 3VQCA 4DTRA 4IKFA 3K2PA 4KI6A 3KJVA 1ZBFA 3TAQA 1U48A 1TK0A 1LWFA 4GW6A 4CHNA 3OYCA 3L2RA 3SQ1A 4BDYA 4LD0A 1LAWA 1ZBHA 1BI4A 1NOZA 4LY7A 4CGFA 1ZYQA 3HO1A 1X9SA 4HCCA 4KPYA 4RW7A 4M42A 1Y97A 3KK3A 1VRUA 1QSSA 4KHWA 1BIUA 3AA5X 1C0TA 3RMAA 4CJQA 4CHZA 1EKEA 1S1XA 3VQPA 3L2UA 1IKVA 3I0SA 4WE1A 4FXDA 5SZTA 4F2SA 4KHSA 3ZSVA 1WAFA 3DMJA 4FCYA 5E41A 2D0BA 4CGGA 3PV8A 1NKEA 1LV5A 4FJIA 2W42A 4OGCA 1ZBIA 1RT3A 2YNFA 1NKCA 1VSHA 3RR7A 3WNGA 1S9GA 3MEEA 3QIOA 1L3VA 2DTUA 4N47A 4B8AB 4DG1A 3OJUA 1YT3A 3OY9A 5FDLA 5C42A 4GMJB 4DFJA 2KFNA 3TR8A 3LZJA 4ID1A 4E0DA 3SUOA 4CJ3A 4AH9A 2WONA 1TKXA 3HVTA 4NYNA 3I8DA 2KZZA 4DTOA 4ELUA 4FJLA 2YNIA 4OLBA 3VA0A 5HRNA 4FM2A 4M3UA 4Q0BA 1BGXT 2YNHA 3B6OA 4CK2A 3OYAA 1KLMA 5CY4A 3D45A 2IGIA 4CK1A 1B9FA 1G15A 1GOAA 4PWDA 3SQ2A 1FK9A 4C8LA 4IG3A 3VQ9A 4CJFA 3SZ2A 4CF0A 3V6DA 1U04A 1SL2A 3ZT0A 5HROA 4Z4CA 4M3ZA 1FXXA 3HXMA 1C1AA 2OPRA 4OKJA 3WNFA 3K5LA 1EETA 1N6QA 4BWJA 1KFDA 4E3SA 2RKIA 4NCBA 2HHXA 1A5VA 1JKHA 1FKPA 3KLIA 1FKOA 2R7YA 3TARA 1ZBLA 4CGHA 1YVUA 4CEFA 3PX4A 3KTQA 1XWLA 3LP0A 2ZQBA 4CEAA 3NHGA 2PYLA 1SV5A 4CF8A 3OYFA 4Z4GA 4FLUA 1CXUA 1BQNA 3V1RA 3KD5E 1F21A 2EHGA 5KTQA 1RBRA 4UQGA 1QS4A 3QO9A 2DFHA 5J2NA 3NBPA 3OYMA 3L3VA 3QETA 3RMCA 3AO5A 3AO3A 1XI1A 3C6UA 1KRPA 2HNDA 1MU2A 3NF9A 4HVJA 2RF2A 4E7JA 1TKDA 1J53A 3T3FA 3LPUA 1S6PA 4DSEA 4E7IA 1HNIA 2ETJA 2D5RA 1NK9A 3HT3A 1I39A 2IC3A 1TL1A 3V1OA 1RDCA 4C8NA 3SCXA 4B9MA 1WNSA 3HPGA 4CJKA 3NH0A 2LSNA 2B4JA 2F96A 2IDOA 4CJRA 1YTAA 3ZT3A 2BANA 3E01A 2OYQA 4N5SA 1S1TA 1ASWA 1N5YA 2BDPA 4L8RB 3AO1A 4AHUA 3AA3A 1W9HA 1S6QA 1TKZA 4JS5A 1KVBA 4FM0A 1T03A 4F3OA 4FJ5A 3ZSQA 3V9ZA 1XHXA 1NK6A 3KKRA 4CGDA 2IOCA 1QQCA 2X6NA 2PYJA 2G8UA 3ASMA 3DI6A 4KHNA 3ZSOA 4B8CA 1S1WA 4O0JA 3L2VA 4CEZA 3BDPA 1JL1A 2P5GA 4E89A 4M3XA 1JLQA 1QTMA 4ELTA 5D3GA 4CGJA 3QESA 3CFRA 2F8TA 3KK1A 3PX0A 4F3TA 3ZSRA 4CJVA 3SPYA 1WAJA 2RN2A 4H8KA 4KB1A 4DQPA 3F73A 4JRQA 1X1PA 4QCLA 1UA1A 1U47A 1BCOA 5I42A 1QSYA 2FBVA 2QKKA 4TSXA 3OYIA 3OYHA 2XO7A 2G8IA 4K8ZA 3G0ZA 4CJPA 2QK9A 4PY5A 3O3HA 4PQUA 4JS4A 1X9MA 1VSIA 3S3MA 2G8FA 3CQ8A 3ALYA 4DSJA 3THVA 1JLCA 3HM9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KFSA 4DTJA 2A1RA 1TUYA 4MDAA 3VMFB 1RILA 1NOYA 2NZTA 4KHUA 2FSJA 2WC9A 5CYQA 1NGGA 3NVMA 1XHZA 1L3UA 1HQUA 3BF3A 2OZMA 4FLXA 2O4IA 5KRSA 4Z4HA 3V9XA 3K59A 1ZXOA 3SQ0A 3HYFA 2O8DB 5E26A 5GADP 4C8MA 3CM6A 2P1JA 5FLXO 3PO5A 4IDKA 1BQMA 4OO1J 1RBSA 2ZGYA 4RCHA 3SUQA 3OJSA 4E1NA 3FZFA 1QHAA 4O5FA 4HUGA 4O4GA 3TANA 1NU0A 1ILYA 3M3ZA 3SUPA 3U6FA 1UA0A 4NLBA 3U9ZA 3TTDA 4I2QA 2NLXA 1C0FA 5KI6A 4NXMK 5GIOA 4X66K 4CESA 1K8AO 4FWMA 1QQNA 4OX9K 3LDOA 4R79A 2GEMA 4M3RA 1SUQA 3PX6A 4B3RK 2Q1NA 2GUPA 3TAEA 4OPJA 1YJNN 1BL3A 2CH5A 1XQSC 1X9JA 3AV9A 4BRCA 3K5MA 1KLNA 4DS4A 1T3VA 4FJHA 4IO9L 1N34K 4IBNA 3VTIA 3DRPA 4OGEA 4K25A 4CFAA 3SK3A 4DV5K 4DHYA 4B9TA 2PZSA 1U6ZA 4Q5VA 2O8DA 3ULDA 2HMPA 3KK7A 2O8FB 1VHXA 4FK4A 3OBWA 4KV8A 4DUZK 3CJBA 1TV6A 4CJ5A 2OANA 1Q18A 2VWKA 4FK2A 2YV0X 3HP6A 1RBUA 4J8FA 1WUAA 3KWIA 3TTCA 1NK0A 3RTVA 5EOYA 3VQEA 1OVQA 1DTQA 1JCEA 4KH6A 1GLCG 4IFVA 5JLFA 4O0IA 1HR0K 2CH6A 4NLCA 3SAGA 4N76A 1WSJA 2UXCK 4CF2A 1E3MA 3LDQA 1W2BM 3CI5A 4ZTJA 1OH8A 3FE1A 4BRDA 4LH4A 1RT4A 4BQZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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