1VSMA

Asv integrase core domain in citrate buffer ph 5.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 52
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsmA00
2YV0X 4W5RA 1D5AA 3SZ2A 3V9WA 3RR7A 5KRSA 4CF2A 1TKZA 4OKEA 4RW4A 3AVIA 3VQQA 3E01A 4LD0A 4KO0A 2DFEA 3IRXA 1Y97A 3S3OA 2KFNA 4F3TA 4BWMA 2IS3A 2B5JA 3O4NA 1RT3A 1CZ9A 4NCGA 4CFBA 1RT7A 4DTSA 1WSEA 3CM5A 4ZTJA 4FJLA 3DLKA 4FLZA 4E7IA 2YNFA 4B9LA 3I8DA 1TAQA 3AO4A 4Q0BA 4O4GA 3JYTA 3AVNA 2G8HA 3PY8A 4C8NA 1FKPA 5J2PA 3SYZA 4ELTA 1TKDA 3OYCA 1S9GA 2GBZA 1T05A 4DSJA 4FJNA 3KLEA 1JXEA 2IGIA 4FLYA 2F96A 4QOZB 1HJRA 3S3MA 3PX0A 3LAKA 4CHNA 2YKNA 4CJWA 4H8KA 3NGZA 2BANA 3VA0A 4PWDA 3AV9A 4CHYA 1NKEA 2R7YA 3F9KA 2X6SA 4KB0A 1TKTA 3AO2A 3NF9A 4CFAA 3RMBA 3QEPA 3HM9A 4E7JA 3LP3A 3QINA 2KZZA 1HYSA 1BQMA 4L8RB 1JLQA 4LSNA 1NOYA 4CJKA 1S5JA 2ZD1A 3NF6A 3L2UA 1VSMA 4CJVA 3DYAA 3HVRA 3KKRA 4I7FA 4LY7A 3U6FA 4F2SA 4CJPA 4DTOA 4Z4EA 1HQEA 4GMJB 4Y1CA 1RCHA 2HHTA 3O4QA 3K58A 2A1RA 1K6YA 3O3GA 1RDCA 3MXJA 4OKKA 2HW3A 1I3AA 4M3RA 1WSFA 3KJVA 4KHNA 4M3TA 3RMCA 1RT2A 2QKBA 4FW1A 1VSFA 4B08A 3L2QA 1NKBA 3LPTA 1CXUA 2G8VA 4DQIA 3KLGA 1XHXA 4N76A 1A5WA 4TSXA 4DSLA 1XI1A 3HP9A 1WNSA 3SUQA 1RNHA 1RTJA 3AVLA 4OLBA 3QNNA 3NF7A 1UA0A 4FJHA 1VK0A 1Z26A 3AVBA 3NF8A 2HHUA 4FJJA 2EX3A 3MEDA 4N56A 4FM0A 4AHTA 2QXFA 2E4LA 2RKIA 1GOCA 3NAEA 3PV8A 4E7HA 2DY4A 3MEGA 2KW4A 4LSLA 1N6QA 4CESA 1KTQA 3CFRA 2RPIA 3L3UA 2E6MA 1IKYA 2JLEA 3BGRA 3NDKA 1Q9XA 2OZMA 4KB1A 1J53A 3P83D 1J5OA 1SV5A 1NK8A 3HPHA 2G8KA 1XHZA 2VG7A 4DS5A 3SUNA 4FK0A 4FK4A 5HBMA 4W5NA 1KFDA 3SI6A 1L3SA 4J2AA 2HHSA 3RTVA 4CF9A 2VWKA 2VG6A 3IG1A 3AA5X 3NGIA 5HRNA 4M42A 2HMIA 1EKEA 1S6PA 3M8PA 1EX4A 3L2WA 1WN7A 1LW2A 3ZSVA 4ELVA 3OYEA 1LWEA 3TANA 3ZSOA 3VQEA 1T7PA 4CHQA 3ZSRA 3OY9A 2G8FA 4BDYA 2B6AA 1JLEA 4FLUA 4KRFA 1GOAA 3KLFA 5EU7A 4CJUA 4F8RA 5JS2A 1KLNA 4CGJA 1Q9YA 1NKCA 1L3TA 1D9FA 1VSKA 3DI6A 4ICLA 3NHGA 4JRPA 3VQ8A 3U3YA 1X9MA 3QEIA 2DFFA 4C8MA 4DG1A 1X9WA 4H4MA 3MAQA 4DSEA 3L3VA 5I42A 3LALA 5KRTA 3KK1A 3AO1A 3V9SA 2G8UA 4FLWA 3DRPA 4FM2A 1RT5A 1DLOA 2YNGA 3DOLA 3G10A 5CYMA 4FCYA 1ASUA 4OGCA 4DLEA 2EHGA 3VQPA 1N5YA 3NH0A 4W5OA 4FJKA 3RRGA 1ZYQA 2OPQA 1VSIA 3LP2A 3PO5A 3V6DA 3ZSWA 2W42A 3QO9A 3AVFA 3CM6A 1LWFA 4DFPA 4ZTFA 4M41A 4B8AB 4O5BA 1BL3A 1A5VA 3QIPA 4CHZA 3C94A 4OPJA 1U48A 1KVCA 3VQCA 4DTRA 1KCFA 1RT6A 4O0JA 4CK2A 3SUPA 3MXMA 4FJMA 4KPYA 1BGXT 1YVUA 3C95A 5C25A 1LW0A 4N5SA 4DTMA 3KKSA 3MXIA 2OA8A 1ZBIA 2RF2A 4AHVA 1VSEA 3K5LA 2G8IA 3CQ8A 3TAQA 5CY4A 3CFPA 3PO4A 2FBVA 4BE1A 1CZBA 1IO2A 1IKVA 1TVRA 4CJ4A 3TR8A 1W9HA 3OYHA 1TAUA 2D0BA 3OYIA 5C24A 1RBSA 4I9QA 3LWLA 1J54A 4DTUA 1BI4B 1G15A 4CJ5A 2HHQA 4CF8A 4BDPA 2FBXA 2F8SA 2RN2A 1WSJA 1EETA 4M45A 2HNZA 1NJYA 2PYLA 1R0AA 3AVGA 3SUOA 3KD5E 4RW7A 5FRMA 1WLJA 4E0DA 4CEZA 1SKWA 4KTZA 3L2RA 1ASWA 2Z1HA 1JKHA 4CJLA 3NCIA 1RBVA 3SQ0A 4C8KA 1U04A 4EP5A 4HUEA 1U45A 4K8XA 3OYKA 4DSIA 4FYDA 1L5UA 4IBNA 2Y1IA 2BGGA 1JXBA 1QE1A 4B8CA 4CJRA 4DFKA 1S1VA 3O3HA 1B9DA 4KHSA 1C0TA 3AA4A 3KLIA 2YNHA 4HCBA 4IFYA 3OYFA 4NYNA 3HPGA 3QEWA 3AVJA 2YNIA 4KAZA 1IG9A 2DFHA 4K8ZA 3ZT1A 1C1CA 2DTUA 3FFIA 2QK9A 5KGWA 3WNFA 1QS4A 4CJQA 4DQRA 3I0RA 3TAMA 4O55A 3V1RA 5J2MA 1KVBA 4FZXC 2HHVA 4HHTA 4KI4A 3NBPA 3HO1A 3OYJA 3TAPA 1TK8A 3DM2A 5DK5A 4F3OA 1TK5A 4E89A 4CF1A 3QETA 1C0UA 4KHUA 4CIEA 4CGDA 3VQ9A 1TK0A 1JLGA 4DLGA 3WNHA 3SNNA 1GOBA 4I9LA 3OYLA 3L2VA 2KFZA 2HNYA 4QAGA 3OS0A 3ZSYA 3I0SA 3ZT4A 3EY1A 4FLTA 2OYQA 2WONA 3RRHA 4DF8A 2I5JA 4DQSA 1NJXA 3RWUA 2BDPA 4JS4A 4CJFA 4C8LA 1S1XA 2X74A 1RT1A 2IDOA 1RTDA 4ELUA 4PQUA 1WAJA 4DSKA 3V9UA 2XY7A 4C8OA 4B3OA 2VWJA 3SQ2A 1FKOA 3T1AA 4OGEA 4RW9A 1D9DA 1UA1A 3KD1E 1RTIA 4CE9A 5KGXA 3TWHA 1QTMA 4CEQA 3KK2A 4CF0A 4F4KA 3D45A 4PUOA 1RDDA 3UIQA 3DRSA 5KTQA 1VSLA 3WNEA 5J2NA 4Y1DA 2OPPA 3VA3A 4JS5A 5J2QA 1O1WA 4AILC 1SL2A 1KFSA 4B9UA 1ZBLA 3DLGA 3OYMA 1ZBHA 5CZ1A 3TAEA 4ZHRA 4YNQA 3TARA 3CYMA 1JLCA 4AHSA 4JLHA 5J1EA 4BE2A 1UWBA 4ID1A 4IDKA 4Q5VA 4DU4A 3QEXA 1NJWA 1IH7A 3LDSA 3LZJA 4H4OA 4DS4A 1SKRA 4KTQA 4LH5A 3V4IA 3VN5A 1ASVA 1LAVA 5SZTA 4KHYA 1IKXA 3LWMA 3M8RA 3AO5A 1QHTA 3EYZA 2HVIA 3QERA 4KHQA 3NH1A 4CEEA 3VQ7A 3HYFA 2ZE2A 3DLEA 4WE1A 1W0HA 3M8QA 3THVA 2XHBA 4IKFA 1WSIA 2LSNA 1C1BA 4BACA 1C1AA 4O0IA 4FJ9A 3IS9A 1BCMA 1YTAA 4R5PA 5KI6A 3OYBA 1Q8IA 1FXXA 1WSHA 3C6UA 4CIFA 4HUGA 4BDZA 3LAMA 5JS1A 2IC3A 4CEAA 3ZT0A 4LH4A 4F2RA 1BISA 4M3XA 3SV4A 1F21A 2PZSA 1A5XA 3RMAA 4NYFA 1VSJA 4DTNA 2ZQBA 1SL1A 4PY5A 4IG3A 1JL2A 1TL3A 3P1GA 4CEFA 2D0CA 3DLRA 4CIGA 5C42A 1HQUA 3D0PA 1BIUA 1C0MA 1NJZA 4DMNA 4CCHA 4KTWA 4DQPA 2YHBA 3AVAA 2KQ2A 4KV8A 1RDBA 2XY6A 1FK9A 4GVMA 4FJ8A 1ZBUA 4AH9A 3SV3A 5SWMA 2Z1IA 3OYDA 3K59A 3ULDA 1RBUA 1SUQA 3VQAA 1KRPA 1U4BA 3VQ6A 5HRPA 1RILA 3C6TA 4OPKA 3ITHA 4W5TA 4Z4HA 2OPSA 1RBTA 1NK0A 2IOCA 3VQ5A 1HYVA 1IKWA 2PYJA 3LP0A 3HK2A 3M8SA 3B6PA 3K5MA 4DWIA 1S1WA 4PA1A 3OJSA 1X1PA 3AVHA 3QLHA 4HCCA 4KREA 3WNGA 3P5JA 1I39A 3VQBA 1S6QA 3L8BA 3AVKA 3DLBA 4Z4GA 2O4GA 4IG0A 2WOMA 5E41A 2XRIA 4FJGA 2G8WA 4CHPA 5FROA 4ID5A 1NK5A 4EP4A 1CLQA 3PX4A 3SPZA 4DU3A 1B9FA 1S1TA 2FBYA 5CZ2A 4O44A 4CK3A 3KLHA 3RR8A 4J2EA 1TGOA 1B92A 4CEDA 4FLXA 3S9HA 3KK3A 3ZSQA 2NUBA 4M3YA 1YT3A 1NOZA 3HXMA 3T19A 3T3FA 5HLFA 3ZCMA 5FRNA 3TAFA 1RTHA 1BCOA 3AVMA 4BE0A 1TV6A 3AA3A 3QNOA 4CJTA 1U47A 5FDLA 4CEOA 2X6NA 3LPUA 4FM1A 1BI4A 1SL0A 3NGYA 2OPRA 5I3UA 3HVTA 4B9SA 1MU2A 3OYNA 3V9XA 5HRRA 4XIUA 2HHWA 4E19A 2GV9A 4M3UA 2D0AA 2P5GA 3PX6A 4FVMA 2FC0A 4BWJA 4I2QA 2D5RA 4NCAA 3NFAA 4AHRA 4GW6A 5CYQA 3K5NA 4KKOA 5T7BA 1L3VA 3ALYA 1WAFA 2P5OA 2Z1GA 3F73A 1S1UA 2Q3SA 3ZSZA 3LZIA 3JSMA 3S3NA 2IAJA 4RW8A 1RDAA 4YFUA 3SPYA 1SKSA 4RW6A 3KTQA 2KZMA 4AHCA 3CFOA 4RG8A 1L3UA 2E6LA 1HNIA 3K57A 3ISNC 4CGIA 1T03A 1DTQA 3VQDA 4CJSA 3ZT2A 3H08A 1C6VA 1EP4A 3DMJA 3K2PA 1HMVA 3DOKA 4CECA 4CK1A 1NK6A 4B9MA 4JRQA 4FJ7A 4FXDA 1JLBA 1KVAA 4FZZA 4M3ZA 3OS1A 3VQ4A 2A1SA 4DSFA 1VRTA 2AJQA 4N41A 3ASMA 1QSSA 2KTQA 1X9SA 2OZSA 2XY8A 1U49A 1QSLA 4FJXA 3MEEA 4HTUA 1WSGA 3K5OA 2ATQA 1S9EA 2VG5A 3DRRA 4OLAA 2YHAA 4G1QA 4Z4CA 4Z4FA 4KFBA 1D8YA 1JLFA 4Z4IA 3A2FA 3ZSXA 3G0ZA 4W5QA 3NE6A 3B6OA 3O3FA 1EXQA 2P51A 3V1OA 3OVNA 2PY5A 4KHWA 1VSHA 4CHOA 4CERA 3HP6A 5HROA 5K14A 3LANA 2HB5A 1RBRA 3AVCA 3DLHA 3NH2A 3HT3A 3SCXA 4EZ9A 4FK2A 4QCLA 1BIZA 4E1MA 5HP1A 2ITGA 1TKXA 1J9AA 2P1JA 3HPOA 1QSYA 2X78A 4AHUA 2XY5A 1NK9A 3HL8A 2HNDA 3OJUA 3V9ZA 4NCBA 4KI6A 5D3GA 4MQ3A 4DTJA 4DU1A 4DF4A 4M3WA 4I2PA 4E7LA 4FLVA 1BQNA 1REVA 1HYZA 1ZBFA 2O4IA 1UAXA 4CEBA 2Y1JA 1TL1A 2Z1JA 2GUIA 1DTTA 4HUFA 3IAYA 1YTUA 3HJFA 3QESA 1UOCA 2F8TA 3BDPA 1HPZA 1LWCA 1LAWA 4OVLA 3AO3A 3ZT3A 3PUFA 5HRSA 4DQQA 3V1QA 1LV5A 3HSTB 4DFJA 1RT4A 3LP1A 4CFCA 4FJ5A 4CGGA 3SQ4A 2ETJA 4CJ3A 1QQCA 3OYAA 1NK4A 4CGHA 1VSDA 2HHXA 4E3SA 4DFMA 3EZ5A 4J2BA 3SJJA 3CG7A 1ITGA 1XWLA 3QIOA 1KSPA 4OKJA 1BHLA 2FBTA 2QKKA 1JL1A 3TI0A 5DMRA 2HVHA 4E1NA 4N47A 4CGFA 3U3GA 4DTXA 1XC9A 2YKMA 3QEVA 4OJRA 2XO7A 4E7KA 1JLAA 3KIOA 4CFDA 3V81A 4B9VA 4MFBA 4DTPA 3MECA 2B4JA 1CXQA 1T8EA 3AA2A 4Z0UA 3TAGA 4B9TA 1HRHA 1HNVA 4CJEA 2BE2A 3RMDA 3SQ1A 4J2DA 4UQGA 4FW2A 4B9NA 4IFVA 3OS2A 4EZ6A 3OYGA 3TABA 1NK7A 1Z25A 1KLMA 4FJIA 1VRUA 2JGUA 4HVJA 4FZYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5RA 3SZ2A 3V9WA 3RR7A 5KRSA 4FSVA 2Q2RA 1TKZA 4CJ7A 4RW4A 1P8ZA 3TU5A 3VQQA 2DFEA 3S3OA 2KFNA 1V4SA 3ENBA 2O8FB 4CFBA 2B5JA 2VGNA 4FJLA 1WSEA 3DLKA 1QVGM 1XQSC 4Q0BA 3VF6A 4BRIA 2CGLA 4DUYK 5J2PA 3SYZA 5LMUK 1TKDA 4DSJA 2P9UB 4H8KA 2Q0RA 2BANA 4MLHA 3VETA 3AV9A 4CHYA 1NKEA 2R7YA 3F9KA 2X6SA 5EX5A 4KB0A 5AJ3K 5ADXH 5AQJA 3HM9A 1Y64A 4LSNA 1NOYA 4CJKA 1SS6A 4DV0K 4I7FA 4Z4EA 4K41A 4GMJB 4Y1CA 4RWTA 2A1RA 3O3GA 4H5RA 2UXDK 3VERA 4A62A 4B08A 1CXUA 4CVNE 1M90O 1X9JA 3AVLA 3U9DA 3QNNA 4FJHA 1QHAA 2HHUA 3RSEA 4N56A 3IUCA 3CC2N 3C0BA 2Q36A 3NAEA 2DY4A 2KW4A 1RDUA 4LSLA 2OZMA 2E6MA 4WFBL 1J5OA 2Q0UA 4CBWA 2G8KA 2VG7A 2WTUA 3SUNA 4FK0A 5BPNA 4OPHA 2HHSA 3RTVA 4CF9A 2VWKA 1IBMK 5H1SQ 2ZGYA 3NGIA 4LFCK 5GIOA 2NRZA 2VQFK 3L2WA 1NNEA 5BN9A 3TSPA 4ELVA 4MDBA 5FPEA 4CHQA 3ZSRA 3OY9A 2G8FA 2B6AA 1JLEA 4H5WA 5GADP 5LJVA 2QEXN 5EU7A 3GL1A 5JS2A 1KLNA 4OO1J 1NM1A 4XH5A 1VSKA 2OTJN 5AQKA 2DFFA 4H4MA 3LALA 3KK1A 2G8UA 4FLWA 1RT5A 1DLOA 3NMUA 3DOLA 5GAEP 1HPMA 3J7AP 4BROA 2W42A 3QO9A 1MWKA 3QBWA 3UKUB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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