3CQYA

Crystal structure of a functionally unknown protein (so_1313) from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
GMNKAYYIGLMSGTSMDGVDAVLVDFAGEQPQLIGTHTETIPTHLLKGLQRLCLPGTDEINRLGRLDRSVGKLFALAVNNLLAKTKIAKDEIIAIGSHGQTVRHMPNLEVGFTLQIGDPNTIATETGIDVIADFRRKDIALGGQGAPLVPAFHQQTFAQVGKKRVILNIGGIANITYLPGNSEEVLGFDTGPGNTLIDAWVQQVKNESYDKNGAWAASGKTDPQLLAQLLSHPYFSLAYPKSTGRELFNQAWLEQQLSAFNQLNEEDIQSTLLDLTCHSIAQDILKLAQEGELFVCGGGAFNAELMQRLAALLPGYRIDTTSALGVDPKWAEGIAFAWLAMRYQLGLPANLPAVTGASREAILGGRFSAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
publication title The structure of a functionally unknown protein (SO_1313) from Shewanella oneidensis MR-1.
rcsb
source organism Shewanella oneidensis
total genus 120
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.170: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase.
pdb deposition date 2008-04-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA01
4H0PA 1IG8A 5BRFA 3UKRA 2Q36A 4J8FA 4BRFA 2FSJA 4A62A 1HKGA 2QWPA 1HUXA 5AQPA 2PAVA 4BRDA 3BP8A 2QWLA 4CJ7A 3DXMB 3MCPA 5EVZA 1YUWA 4FWPA 1NGJA 4FPBA 4BROA 1MDUB 3LDLA 4B9QA 5AR0A 3WUHA 4KBOA 2FXUA 3DXMA 3FR0A 3VESA 3LDPA 3FZKA 4BRAA 1ZBSA 5AZJB 1BA0A 1U6ZA 5AQTA 3H3NO 2UYTA 3TPQA 1NBWA 3LL3A 3ID8A 2ZGYA 4WYBA 1T6DA 2V51B 5BN8A 1NGEA 1X3NA 2GTDA 5FPNA 3FLCO 2EWSA 2ZGZA 1Q18A 1YAGA 3O80A 5FPDA 3VEXA 4JNEA 2FF6A 4PKHA 4WQ5A 1XQSC 4XEIA 1JCEA 4BRMA 1QHAA 1H1VA 1MWMA 4FOEA 1BU6O 1JCGA 2A6AA 2IVNA 2DPNA 3AY9A 3O1WA 3VEYA 2PBDA 2YHXA 4H0TB 1BO5O 1WUAA 4AM7A 4H5NA 2VYPA 5KPRA 2E8AA 3U9ZA 5JLFA 3FZLA 1ZXOA 1RGIA 4FWRA 4M7XA 1OKJA 3EKUA 3EL2A 4CZFA 3R6MA 1E4FT 1T6CA 3FGUA 1NGGA 3QFUA 4JHDA 3VEOA 3O08A 1WOQA 2OANA 1T44A 5AQUA 1ESVA 4L3QA 1NGIA 1C0GA 3QB0A 1KAZA 4CBXA 2P9PB 3FZFA 4M63C 5JLHA 4NB4A 3JS6A 5BREA 3A5NC 5CE3A 1X3MA 4DQ8A 1YXQA 2VWBA 3TU5A 4QS9A 4CBWA 2P9PA 2HMPA 3UB5A 4WQ4C 3VF4A 2E1ZA 2GWKA 3SK3A 5KPTA 3HTVA 3G25A 2WUSA 5AQOA 3GOIA 4FO0A 3C0BA 2D0PA 3ZX3A 4I6MB 4A2BA 2P9KB 2P9LB 3LDQA 1HJOA 2D1KA 2YJEA 4BR4A 2AA4A 1G99A 3A5LC 3AAPA 2FSNA 3O6WA 3CJ9A 4I6MA 1BDGA 2P9KA 1V4TA 1HKBA 2P9LA 3H3OB 1NGAA 5LJWA 5ELZA 4O5FA 4YDUA 3BUZB 4BG8A 2BTFA 4H0YB 1P8ZA 3ATUA 5AQRA 1R59O 5JMVA 3GL1A 5LJVA 3LM2A 4HTLA 3VF2A 1MWKA 2Q31A 2HF3A 3ZX0A 4FL9A 5I9EB 4BR5A 3CJCA 1C0FA 4HWIA 1GLFO 4IO8A 2D4WA 3O5BA 3O1BA 3DJCA 2CGJA 3BEXA 4JAXA 1QQOA 2A5XA 5TKYA 2I7NA 3JXUA 1E4GT 2NZTA 2GEMA 3P4IA 4FWLA 2BUPA 3WXJA 3M6GA 4CZLA 4H5VA 4O8KA 3DWLA 3IFRA 3IUCA 3WEEB 3GBTA 4F9OA 2E2QA 3KZBA 1ATNA 4H0OA 5AZJA 4CZKA 2FF3B 1GLLO 5KPZA 2D0OA 2HF4A 4A61A 3GG4A 3WEEA 4YDUC 5BPNA 3D2FB 3O8MA 1JCFA 4BVOA 4DB3A 5AQIA 2VCPA 1BWFO 3DAWA 2AP1A 3MN5A 3ZX2A 1NGCA 2QXLA 3WXIA 1DKGD 3D2FA 3H1QA 3F9MA 4H5RA 4JN4A 3ENOA 5AQVA 3VGMA 1GLAG 1BA1A 2P9IB 3BF3A 1K8KB 2Q2RA 5AQHA 1BOTO 3EZWA 4BR0A 5BR9A 4FWQA 3R9PA 4BRGA 4FOIA 2ASOA 5AQYA 5F2RA 3MK6A 4B1YB 2P9IA 3AAQA 1RFQA 3CJ1A 4Y0WA 5BN9A 1K8KA 2NLXA 5AQMA 4FWOA 5ADXH 1J6ZA 4MLEA 1GLEG 2P9NB 4BREA 2CH5A 4BRPA 3MN9A 4B1UB 4K43A 4CD3A 4BC5A 4BC3A 4EFHA 1Y64A 1SZ2A 2P9UB 2QWOA 4CD1A 5AQGA 4BC2A 3VOVA 3CJAA 4RTFD 2YCHA 1ZC6A 4ISGA 4BGBA 1MA9B 4WQ5C 3SLCA 5KQDA 2V7YA 5ADXA 1GLJO 4H03B 3QBXA 4BG9A 3M3ZA 3A5MC 4ISFA 1EQYA 4BR9A 1XC3A 4BRQA 2F9TA 3D7EO 1Z6RA 3MDQA 3RSEB 3BF1A 5AQZA 1Z05A 2CH6A 3DXKB 3M1FA 2J4RA 1ATRA 3QBWA 4B1XB 1TYQB 1IJJA 3VF6A 3ENHA 4MO5A 3RSEA 4MO4A 1KAXA 2GWJA 3VPZA 5AQNA 3DXKA 3R8EA 2H3GX 1BUPA 4CZEA 2E2NA 1TYQA 2A40A 1NM1A 3L6QA 3U8XA 3LDOA 3W0LA 1X9JA 1HX1A 3AARA 1LOTB 4XH5A 2YHYA 4BR7A 3HZ6A 5AQXA 4BRCA 2CGKA 3O4WA 4XH4A 3WQUA 3U4LA 1QZ5A 5EXWA 3CERA 3ZEUB 4C23A 5AQQA 2QWQA 3QDKA 2NRHA 3EO3A 4IZ9A 3UE5A 4BRLA 4Z94A 4IXCA 4BRHA 3WXKA 1V4SA 5LY3A 4CZJA 1DEJA 2ASPA 3ZEUA 2Q0RA 4H5WA 1NLVA 2Q1NA 3CJ7A 3VERA 3MN7A 3WXLA 5EX5A 2GUPA 4PL7A 3QFPA 4BGAA 5BRHA 2KHOA 4H5TA 4CBUA 4BRIA 1KAYA 2QWNA 5E84A 4IWVA 3CIPA 3H6EA 4FWMA 3L0QA 3EKSA 4EHTA 1NMDA 4EAHD 3SJHA 3ULEB 4FWKA 4BR2A 3D2EB 4FWSA 5AQJA 2ASMA 4BC4A 2W41A 4FWNA 4AM6A 5BRDA 4EHUA 3ATVA 3IMXA 4H0XB 4DHYA 3HM8A 3ULEA 4BRKA 2A42A 2QWMA 2FLOA 1NWKA 1CZAN 3VEVA 3D2EA 1HLUA 3GE1A 3QICA 4IJNA 3J8AA 2E1YA 5AQLA 5BPMA 3A0IX 4B1WB 5AQFA 1QQMA 4FSVA 2IIRA 4ISEA 4NO7A 2A41A 3WQTA 4CZGA 4CZIA 1QQNA 4FPAA 5AZIB 5EY4A 2ITMA 2W40A 3LM9A 4BVPA 2CGLA 5JICA 3I33A 2E20A 5KQ8A 5E26A 3VEZA 2F9WA 4JD2B 4E1JA 2YI1A 2ZF5O 3C7NB 4IJAA 5AQKA 5AZIA 1NGHA 3S41A 3GDQA 2ZWHA 4B1VA 3FZMA 5F1XA 3H1VX 3L4IA 4GNIA 2YHWA 4JD2A 3C7NA 5B8HA 1D4XA 2QM1A 3VETA 4EIAA 3U9DA 3IDHA 2P9NA 4WQ4A 3LDNA 1BG3A 4B1ZA 1U2VB 2V7ZA 2V52B 2P9UA 3B8AX 3VGLA 2Q97A 5EOYA 4BQLA 4JHDB 2GELA 3HI0A 2IVOA 2E88A 3CQYA 5F0XA 3KVGA 4QS7A 3CHWA 3KHYA 5FPEA 1SAZA 1GLBG 1U2VA 4GY2B 3MMVA 3SMPA 3CQXA 3MN6A 1S22A 4DCHA 4XH1A 3W3DA 4H0VB 2QW9A 3ZETB 3CETA 4PL8A 1YVNA 1HKCA 1ATSA 3OHRA 4LC9B 1LCUA 4QS8A 1NGDA 5BPLA 4PKIA 3FFKB 4BQZA 5AQWA 5AQSA 1S3XA 1TUUA 3A5OC 3UKUB 3ZETA 2HOEA 4RCHA 1TUYA 2YJFA 3CJBA 1GLCG 3VGKA 4K42A 1HPMA 2E2OA 3EN9A 4K25A 3UKUA 3SMSA 1GLDG 2A3ZA 2FSKA 3FE1A 1NGFA 4MLHA 3VENA 4BRNA 4CZHA 1KXPA 4A2AA 5AFUH 1DGKN 3HSCA 5FPMA 1NGBA 2IVPA 3VEWA 4CZMA 3FZHA 3HBTA 2P9SB 3I8BA 4M7YA 1QZ6A 3H45C 1SQKA 2QWRA 3H46O 3QMLA 4PKGA 1XUPO 4K41A 3UKRB 5AFUA 4RWTA 3WT0A 2I7PA 2P9SA 3A8YA 4CI6A 2E2PA 2Q0UA 1RDWX 3CI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFBL 1IG8A 3CCMN 3TAEA 3THYA 1HKGA 1HPZA 4CF2A 1HUXA 2ZM6K 2PAVA 4B3TK 1OH8A 3OYEA 3N4QA 4CJ7A 3ZT1A 2VG5A 3DLKA 3VQQA 4FWPA 1NGJA 4DQSA 5J2MA 3VTHA 2A1SA 1MDUB 4B9QA 2YHAA 1SL1A 3DXMA 3FR0A 3AA4A 1BL3A 1ZBSA 5AZJB 3WNHA 5M1NA 1U6ZA 3H3NO 1CZ9A 1UAXA 1NBWA 3LL3A 3TPQA 2KZMA 2OPQA 2ZGYA 4DV7K 2BGGA 4WYBA 1NGEA 2GTDA 4OGEA 3FLCO 4HVJA 2HHUA 2ZGZA 1L3TA 3V1OA 1F21A 3WNEA 3O3GA 4OLBA 2FF6A 3TANA 1CXQA 3V1RA 1QHAA 2GX9A 4OO1J 1C0TA 1N33K 1BU6O 2Z1GA 3SAHA 5I3UA 4EZ6A 2A6AA 1VQNN 5SZTA 3NAEA 1TL3A 2DPNA 3AY9A 3O1WA 3MEDA 2WC9A 3CCUN 1HNIA 2BE2A 1NNEA 2I5JA 4E1MA 1QHTA 1Y97A 1BCOA 4B9TA 1NJYA 2KLAA 4KTWA 3M8RA 3FZLA 4FWRA 3TSUA 4M7XA 3DMJA 1RT3A 3B6OA 4X64K 2VGNA 3R6MA 2WTUA 1TKZA 3FGUA 4YOVA 1WSFA 3NH1A 4JV5K 1TAUA 3CQ8A 2ZD1A 3QEIA 5CR4A 2BANA 3O9TA 3J7AP 1RT6A 4FLUA 4WFAL 2OPPA 4ELTA 3J80O 4DR5K 1UA1A 2O8EB 4M63C 5JLHA 4NB4A 4M3YA 1VHXA 3NF9A 5BREA 1O13A 1X3MA 3AGRA 3NH0A 1YXQA 4KHWA 3ZSOA 3AVHA 4IDKA 1S5JA 1VSEA 4FJXA 4DSEA 2P9LB 3LDQA 4AHRA 4BDZA 1HJOA 2AA4A 1G99A 2FC0A 3AAPA 1KCFA 4CEBA 1HKBA 3B6PA 3ZCMA 1QSLA 4W5TA 5LJWA 5FLXO 3QIPA 2X78A 3ZSWA 2QKKA 2G8VA 4HTLA 4O5BA 2Q31A 4W5NA 4FL9A 4PA1A 4FM0A 1C0FA 1YTUA 2KFZA 1GLFO 3NF7A 2DY4A 4E3SA 2HBKA 4JAXA 4I9QA 2A5XA 2GUIA 3TARA 3SNNA 4FLTA 3JXUA 2NZTA 3CMEN 3SPYA 4FM1A 4YFUA 3WXJA 4IG3A 3WEEB 2E2QA 4H0OA 4CGIA 5AZJA 4CZKA 2FF3B 1GLLO 3AA5X 5KRTA 3PY8A 4YDUC 3VQ7A 3D2FB 3O8MA 1JCFA 2PYJA 4BVOA 4DB3A 3K5LA 4CJVA 5AQIA 1CLQA 1IH7A 3IG1A 4B9LA 4OPKA 3O4NA 3DAWA 2AP1A 2B5JA 1NGCA 3H1QA 1UOCA 1XMQK 2YNGA 3ENOA 4I2PA 3CCVN 2Q2RA 2NNWA 5BR9A 3PX4A 4CVNE 2ASOA 3KK3A 1BIZA 4OKEA 3BZKA 5GADP 1RFQA 1G15A 1XHZA 1ZBIA 2A1RA 3DOKA 4BREA 2P9NB 1HR0K 3MN9A 4B1UB 5A2QO 4BC3A 4FJLA 4GKJK 4JRPA 2P9UB 2QWOA 1JXEA 3VN5A 3PX6A 3OYLA 1ZC6A 1ZBLA 4BGBA 1MA9B 1RDCA 2V7YA 1RT7A 5ADXA 1GLJO 4A5AA 5GAGP 4XIUA 3RMDA 4CHZA 1U49A 2HMIA 2FBXA 3T1AA 5FRNA 2UUAK 1KD1O 4CIEA 4JKAA 4BR9A 1NK8A 1W9HA 3MDQA 5HL7L 5AQZA 1Z05A 1FKOA 2J4RA 3VF6A 4GKKK 4RW8A 2O8EA 4MO5A 3RSEA 4MO4A 1KAXA 4BDPA 3DXKA 4NYFA 1VRTA 3M8QA 1VQ6N 3L6QA 1NMNA 4UQGA 4FZXC 3AARA 3NF6A 1LOTB 3OYCA 1S6QA 3LZIA 4C8NA 1QTMA 3IAYA 1LW2A 1VSFA 3O4WA 4XH4A 3U4LA 1KVBA 5EXWA 4JKGB 2Q3SA 2WBNA 2BH1A 4DR7K 3ZEUB 4CIFA 4DF4A 2NRHA 3EO3A 4IXCA 4CZJA 4Z4EA 1J5EK 3L8BA 1J53A 1J54A 4H5WA 3CJ7A 2YNIA 3WXLA 2E6MA 2LSNA 3G4SN 5EX5A 1A5WA 2GUPA 3LALA 4KO0A 2DFFA 4CBUA 3OS1A 3TTFA 2OPSA 1KAYA 4DLEA 1W97L 4FLWA 3M5RA 3CIPA 4FWMA 4HUEA 3EE9A 1ZYQA 3A2FA 3AVJA 4OKJA 2UUCK 3R1XA 4BR2A 3JYTA 2ASMA 1KVCA 2JWLA 1DLOA 3MWTA 4F8RA 5KGWA 5HRSA 1NKEA 4CF0A 3HM8A 1SKWA 2QWMA 2OTLN 1Q8IA 2FLOA 1CZAN 3ZSZA 1HLUA 1SKRA 3J81O 1FJGK 1TGOA 4DTMA 3OYJA 4V19S 3CF5L 4BY9C 4A5BA 4DS4A 2EHGA 4BE1A 3KLEA 4NO7A 4HUGA 5E41A 2G8UA 3SQ2A 4CZGA 1KVAA 4FPAA 4M3UA 5EY4A 2ITMA 2OYQA 4BVPA 3AVLA 1D9FA 4ILJA 3VEZA 3PO5A 3KTQA 3ZSXA 5AQKA 2PFUA 2UXCK 1D5AA 1X9MA 2HHHK 3NMUA 4DFKA 2ZWHA 2FBVA 5J2QA 1L3SA 1XNQK 4GNIA 4JD2A 3VTIA 3TSPA 3C7NA 5B8HA 2QM1A 3U9DA 5C24A 2P9NA 4OVLA 3LDNA 1K6YA 1U2VB 2P9UA 3B8AX 4JHDB 1LWFA 2O8CA 3KVGA 1T03A 1SAZA 3SMPA 4E1NA 3NGZA 3MN6A 1YF5L 4CJTA 5M1FA 4DCHA 4BE0A 3W3DA 1YVNA 3V9ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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