3CERA

Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein q8g5j2. northeast structural genomics consortium target blr13
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
ESVTVAGIDCGTNSIRLKIARVDADGMHEVVPRILRVIRLGQDVDKTHRFADEALERAYVAAREFAGVIAEHPIDGLRFVATSATRDAENREEFEDEIERILGVRPEVIPGTEEADLSFLGATSVVNRDDLPAPYLVVDLGGGSTELVIGGDGVSAPTTQVQGAFSMNIGSVRMTERHLTNDPPTQTQIDEAVADVDEHIDEAFRTVDAGKARTIIGVSGTVTTMTALAMGLKEYDHTVVDGHRLSFEDAYAVDDKFLRMTRAERREYKTIHPGRIDVVGGGAVVWSRVLARVSEAAKADHGEAIDSFVASEHGLLDGIVLDYGRRLLAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords Possible exopolyphosphatase-like protein
publication title Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein Q8G5J2. Northeast Structural Genomics Consortium target BlR13.
rcsb
source organism Bifidobacterium longum ncc2705
total genus 112
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cerA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cerA02
4H03B 5EXWA 5AFUH 4BR7A 3CJ9A 4WQ4A 2A41A 4FO0A 2E1YA 5AZIB 3D2EB 4CBXA 4FWPA 1XC3A 3ID8A 5F1XA 5AQFA 2CH5A 4H5NA 4PKGA 3D2FA 3QFPA 3WEEB 1DEJA 2Q36A 3O4WA 4CD3A 3KVGA 2ZF5O 3GDQA 5AQVA 3U4LA 4BC2A 5KPZA 1SAZA 2NZTA 2YHXA 3HI0A 4B9QA 1NGCA 2GEMA 5KPRA 3OHRA 4EAHD 1BG3A 4EIAA 4BVOA 4FWRA 4MLEA 2GUPA 3SMSA 1R59O 2P9IA 4B1YB 1Z6RA 3D2FB 4BRNA 2HF4A 3HTVA 1NGBA 1BWFO 1HKBA 3AAQA 3AAPA 3UE5A 4FWOA 2UYTA 5AQYA 4CZIA 2E2NA 5F0XA 3VF4A 4IWVA 3CHWA 1BU6O 2P9IB 3A0IX 2YCHA 3JS6A 3CJAA 1HX1A 4CZKA 2D4WA 3A5LC 4H0VB 2DPNA 4A2BA 4DCHA 2FSKA 1X3NA 5LJVA 1QHAA 2HMPA 5AQLA 4BROA 3O5BA 4H0TB 5BR9A 1C0FA 3M1FA 3VESA 3EN9A 3FZHA 4WQ5C 1S3XA 3VEWA 5AZJA 1V4TA 4H0OA 3VGMA 3WQTA 2BUPA 2GWKA 4BREA 1HJOA 2QXLA 3HSCA 3CQYA 1YUWA 1T6CA 3WXKA 3BP8A 1KXPA 5AZJB 3H46O 3DXKA 4H5WA 3ZX3A 1U6ZA 3EKSA 4BGBA 2YHYA 3VEOA 3FGUA 2IVOA 4PL7A 4CZMA 4BVPA 5EY4A 3MCPA 4ISEA 3U9ZA 3WUHA 2GELA 1TUYA 3AARA 5AQNA 3VEXA 4A2AA 1ZBSA 3BEXA 4B1VA 3DXKB 2ASMA 4XH1A 1NGFA 5AR0A 4M63C 5I9EB 3ENOA 5ELZA 1NGIA 1U2VA 4IZ9A 5EOYA 3TPQA 2FLOA 3CJ7A 1Y64A 4HTLA 2ITMA 4DB3A 1S22A 2AP1A 2ZGZA 3W0LA 2YJFA 4FWNA 4H5VA 1NGJA 4WQ5A 1JCGA 1MDUB 5EX5A 1U2VB 2A40A 3WQUA 4QS9A 4AM7A 1C0GA 4H5RA 2ZWHA 3DJCA 2KHOA 3QICA 1GLCG 4BRDA 3QBWA 3A5NC 3C0BA 4FWQA 1RGIA 1ATSA 2D0PA 3ZETA 2V7ZA 3FLCO 4JHDA 5AQIA 2ASPA 4I6MA 3H45C 4DQ8A 5ADXH 3O6WA 5JLFA 1NGEA 2P9LA 2VWBA 3ULEA 1XQSC 3LL3A 3ZX2A 5JLHA 2QWNA 3ZETB 1GLBG 2QWQA 4BRCA 1IJJA 1YVNA 1HKCA 4JHDB 1SQKA 5BN8A 3FFKB 4I6MB 1GLLO 2ZGYA 5AQQA 1WUAA 1YXQA 1NBWA 3C7NA 2IIRA 3F9MA 4QS8A 2P9LB 1T44A 3LM9A 1TUUA 3ULEB 1P8ZA 3CJ1A 3QFUA 1LCUA 1NGDA 4CJ7A 1ESVA 3M6GA 3BUZB 3QDKA 4ISFA 5AQXA 3C7NB 3CERA 4CBWA 3CJCA 4F9OA 5LY3A 2FSJA 2QM1A 2EWSA 3D7EO 4BRKA 4HWIA 4NB4A 4BRGA 3UKRA 1OKJA 2QWLA 1DGKN 4JAXA 2CGJA 2W41A 3P4IA 1BUPA 1QZ5A 4B1XB 4FL9A 2E2OA 3CQXA 3S41A 4MLHA 4L3QA 3DAWA 5ADXA 4BRMA 4JD2A 5FPDA 3BF1A 4GNIA 3G25A 1NMDA 3UKRB 3EL2A 5AFUA 3H3NO 3O80A 4BRHA 2FF6A 2IVPA 1E4FT 4FWSA 3WXJA 3VGLA 4K25A 3ATUA 3VPZA 5E84A 5BREA 3GE1A 2QWRA 3ZEUA 4JD2B 1Z05A 5AQUA 4C23A 3RSEA 1T6DA 4IO8A 4B1WB 5E26A 3B8AX 4IXCA 1G99A 4FOIA 2D0OA 3FZKA 3UB5A 2W40A 4JN4A 4BR9A 1JCEA 2P9SA 4DHYA 3ZEUB 2CH6A 1YAGA 2E88A 4NO7A 1X3MA 3SLCA 3RSEB 5EVZA 2E8AA 2QW9A 3QB0A 3WXLA 4FWMA 4WYBA 4BGAA 1K8KA 3ZX0A 4ISGA 3MN5A 4FSVA 2P9SB 2Q31A 4EHTA 2YI1A 3LM2A 2ASOA 3EKUA 4BRPA 3A5MC 3O8MA 3GG4A 2PBDA 5AQGA 5B8HA 3QMLA 5AQPA 3FZMA 1K8KB 3R9PA 4B1UB 1BOTO 4PL8A 1BA0A 1HUXA 1ATRA 3IDHA 3WT0A 2P9NA 1NWKA 5AQTA 5KQ8A 2I7NA 4O5FA 1QZ6A 3HM8A 2F9WA 2AA4A 3L0QA 4FPBA 4CZGA 2HOEA 2GTDA 5BRHA 1GLDG 2E2PA 3GOIA 4PKIA 3MDQA 3VETA 4XH4A 5BPMA 2P9NB 3MMVA 2Q0RA 4K41A 3EZWA 5AQSA 2P9UA 4KBOA 2FSNA 1SZ2A 3SMPA 1MWKA 1E4GT 4BR2A 5AQHA 3VF6A 2FF3B 3O1WA 2NRHA 4RTFD 2P9PA 3H1VX 3VEVA 1CZAN 2BTFA 2NLXA 3WXIA 4MO4A 1QQNA 5BRDA 4Z94A 2P9UB 2A42A 2QWMA 4BR4A 4BR5A 3J8AA 1GLFO 3VF2A 2PAVA 3L4IA 3VGKA 2P9PB 1H1VA 4BG9A 5BN9A 4FWLA 1MWMA 2E2QA 4MO5A 4CI6A 4PKHA 4IJAA 3M3ZA 2V51B 2CGLA 4QS7A 4RWTA 3H3OB 1D4XA 2WUSA 3LDPA 4LC9B 1GLAG 4A62A 1RDWX 1NGGA 2CGKA 3BF3A 4BRIA 5JICA 3KHYA 5KPTA 3HBTA 3ATVA 3SK3A 2F9TA 4CZEA 2IVNA 4GY2B 2OANA 3SJHA 1BDGA 2P9KA 3LDOA 4BG8A 3QBXA 1JCFA 5AQWA 4BRLA 4J8FA 2A5XA 3FZLA 3A5OC 3VENA 2GWJA 2A3ZA 5FPNA 5AQKA 2J4RA 3EO3A 3VERA 4CZFA 4BR0A 3KZBA 2H3GX 3CJBA 2E20A 3LDQA 3U8XA 5FPEA 4IJNA 4FWKA 2P9KB 4M7XA 5F2RA 4CBUA 5JMVA 1KAXA 1RFQA 2E1ZA 1V4SA 2V7YA 3UKUA 3VOVA 4BRQA 4AM6A 3IMXA 4FOEA 1ATNA 3GBTA 4CZHA 4BRFA 3VEYA 3L6QA 1TYQA 1KAYA 1QQMA 3LDLA 5KQDA 3FZFA 3UKUB 1NGAA 4H0XB 5AQZA 4CZLA 3R6MA 1ZC6A 4A61A 3I33A 5TKYA 4E1JA 3VEZA 3CIPA 1HLUA 1GLJO 2VCPA 1TYQB 3CETA 5LJWA 5AQOA 3R8EA 1WOQA 3H6EA 2Q2RA 3FR0A 2Q1NA 5BPNA 2HF3A 4CZJA 4EHUA 4JNEA 2V52B 2YJEA 3HZ6A 5AQMA 4YDUC 3IUCA 4RCHA 2A6AA 2VYPA 3A8YA 3FE1A 3MK6A 4WQ4C 4XH5A 3AY9A 1DKGD 4XEIA 1NLVA 4BC5A 4K43A 1X9JA 1HKGA 3MN6A 1LOTB 5FPMA 1NM1A 4H5TA 3LDNA 5CE3A 4BC4A 4K42A 4EFHA 3TU5A 2I7PA 1XUPO 2FXUA 3MN7A 4M7YA 1NGHA 5AQRA 4Y0WA 1BA1A 3DXMA 5AQJA 2YHWA 5BRFA 1BO5O 4H0YB 1MA9B 4BQZA 4H0PA 2QWOA 4BRAA 3IFRA 3I8BA 1Q18A 3ENHA 3H1QA 2D1KA 3JXUA 2Q0UA 4BC3A 1J6ZA 4CD1A 1ZXOA 3DXMB 1EQYA 2QWPA 4BQLA 3O08A 3MN9A 3GL1A 5AZIA 3D2EA 4FPAA 5BPLA 3W3DA 4O8KA 2Q97A 1QQOA 4B1ZA 3CI5A 1KAZA 1GLEG 3WEEA 3O1BA 3U9DA 1IG8A 3DWLA 1HPMA 4YDUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AFUH 1KCFA 5C2DA 4W5TA 5AZIB 4CBXA 4DQRA 4H4OA 4RW7A 3NGYA 3D2FA 3QFPA 2FBVA 4FM2A 3GDQA 5AQVA 4BC2A 4CEZA 2NZTA 3MAQA 2GEMA 2Z1JA 1T03A 5JS2A 1BG3A 2YNIA 4KTQA 4FWRA 4MLEA 2ZJPL 4LF8K 1R59O 2P9IA 3E9OA 3OYNA 3D2FB 4BRNA 3SBGA 3HTVA 4JKBA 2YX6A 3DM2A 3UE5A 3O3HA 4FWOA 5F0XA 4I9LA 3VF4A 3VQCA 4IWVA 4B3SK 4GV9A 1BU6O 2P9IB 4ELUA 4CGFA 1BI4A 4DS5A 2YCHA 4X64K 3K2PA 3JS6A 4FLZA 3VA3A 4CJRA 2D4WA 4H0VB 4DCHA 1X3NA 3KD5E 2HMPA 5AQLA 2UUAK 3KWIA 2Z1GA 5GAGP 1HNZK 4EZ9A 1BI4B 4M3XA 4CJUA 5GIOA 4E0DA 1S3XA 4J2AA 3VN5A 1REVA 3VGMA 2OCEA 2BUPA 4BREA 3DLEA 1HQEA 1J54A 4JKGA 1T8EA 3BP8A 3T69A 2GV9A 3HPHA 3H46O 1QE1A 2G8VA 3DXKA 4H5WA 5C2FA 3V81A 3OYJA 3AVNA 4OJRA 2YHYA 4BGBA 1FW6A 1ITGA 4LY7A 4DTMA 5EY4A 4CEOA 3MCPA 4JKGB 1TUYA 4GMJB 3VEXA 3E9PA 2YHAA 3R3LA 1C1BA 1TGOA 3DXKB 4H8KA 1NGFA 2JGUA 4JKFA 2AJQA 3RRHA 3M8QA 1U2VA 4AHRA 3AA5X 4B08A 3CJ7A 2ITMA 3LZIA 2HNYA 4DTUA 1BGXT 3TAGA 2ZGZA 3CF5L 1C1CA 4H5VA 4JKDA 3S3OA 4JI5K 1S1VA 1JCGA 2D5RA 4AM7A 1U2VB 3O9UA 3T1YK 1C0GA 5HRPA 2ZWHA 4O0IA 1VQON 3HVTA 3RTVA 3QBWA 3A5NC 3C0BA 4CGHA 4WFAL 3P83D 1ASUA 2W6LA 4B9VA 3CPEA 4FJ7A 4OPAA 1KSPA 4JK8A 4KO0A 3H45C 4J2BA 2HBMA 3SNNA 3HJFA 4CF2A 2HHUA 1XQSC 3AGKA 1RDCA 1GLBG 3MEDA 4F4KA 3FFKB 1GLLO 2PY5A 4MDBA 3O3GA 2F8TA 2XRIA 4CVNE 3OYFA 2X74A 1T44A 1EETA 3CM6A 3LM9A 1C0TA 2D0CA 2XHBA 3QEXA 3RR7A 3CJ1A 4CJ7A 2PYJA 1LW2A 1WNSA 4DUYK 3NBPA 4JI7K 1J53A 4HWIA 4CECA 4YY3K 4O0JA 3KKRA 3ZSOA 1BUPA 2OPQA 1BL3A 4B1XB 3P38A 3HOTA 5IT9O 3LAKA 2X6NA 3OJUA 4JD2A 1C1AA 2YV0X 3BF1A 4GNIA 4LD0A 3G25A 4DSEA 2KZZA 3H3NO 4BRHA 1NOYA 3KKSA 4FWSA 3WXJA 1OVYA 1KLMA 3VQAA 1N32K 1ILYA 3K9JA 4DSKA 4JD2B 4FK0A 4AHUA 5A2QO 3WNFA 4C23A 3RSEA 1T6DA 3VMFB 4DV6K 3IG1A 1E3MA 4FOIA 4CGDA 3FZKA 4CIGA 1RT6A 2W40A 3RWUA 4CK3A 4BR9A 2P9SA 2BE2A 4F3TA 2KKZA 5DM7L 3RSEB 5EVZA 4DQPA 3AA4A 4I7FA 3QB0A 2QW9A 4DG1A 2G8IA 4CFDA 3V6DA 3EY1A 3KIOA 2P9SB 4LF6K 2EHGA 1WSFA 2ASOA 4GVMA 1NK9A 1VQ5N 2EX3A 3A5MC 3O8MA 3MXIA 1IH7A 2P1JA 2PBDA 2ZM6K 3QMLA 3T19A 4KRFA 3FZMA 1W9HA 3OYEA 2G8HA 3R9PA 3J7AP 1U47A 1ATRA 3WXMB 1DTQA 5I42A 4CF8A 3CFRA 4DU4A 2HNZA 2P9NA 1NWKA 5AQTA 4CJEA 1JLFA 3RVCA 3DOKA 1NNEA 1S9EA 1FK9A 2ATQA 1VQ7N 4YOTA 4IFEA 2F9WA 3L0QA 4W5OA 1C0UA 1VQ9N 1YT3A 4B3RK 2GTDA 4CIEA 1A5WA 1SKRA 4PKIA 4A5BA 4RW8A 4DSLA 2P9NB 2Q0RA 2FC0A 3PX4A 1D9DA 5E41A 3EZWA 2YHBA 3LP2A 2P9UA 2FSNA 3VQPA 2QI2A 4DR2K 3AA2A 1MWKA 5AQHA 4HVJA 3AV9A 3O1WA 2BTFA 2E5LK 1Z25A 2W42A 2NLXA 3WXIA 3KJVA 5CZ2A 3TARA 4Z94A 1VSFA 2P9UB 4JI6K 4MDAA 4F3OA 3VF2A 1BHLA 5C10A 3LANA 4U67L 2P5OA 4BG9A 3TSPA 3NGZA 3QLHA 3M3ZA 3QNOA 3DLHA 2IDOA 2WUSA 2IAJA 4CEEA 1VQLN 1GLAG 3F73A 2NRTA 2CGKA 3QEPA 3KHYA 2IC3A 5SWMA 1WB9A 1S6QA 4CZEA 3OTOK 1BDGA 1SKSA 4JYAK 2OPRA 3TAPA 4FJMA 1S1WA 1W97L 3VENA 3VERA 4CZFA 4BR0A 3KZBA 2H3GX 4CJLA 1L3UA 4IDKA 2O4IA 3I0RA 4IJNA 3ZCMA 3ZYYX 1NJYA 3RRGA 1S72N 4M7XA 1IBMK 2OYQA 4MFBA 1KAXA 2YKMA 4CEQA 1V4SA 4DR3K 2V7YA 5DM6L 3SZ2A 4CHYA 3UKUA 2DFHA 1ASVA 4CW7B 4BE1A 1RDBA 4OKKA 4FVUA 1O13A 5LL6Z 3NMUA 3ID6A 4BRFA 3L6QA 3ZT3A 1R0AA 5KQDA 4XIUA 4OVLA 2QXFA 2O8DA 3UKUB 4FJ8A 3LPTA 3M8PA 5MLCQ 1TK0A 4B9TA 4E1JA 2F4VK 4LF7K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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