The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
108
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structure length |
108
|
Chain Sequence |
KIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAEA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S rRNA
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| publication title |
Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
15
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| structure length |
108
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| sequence length |
108
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-09-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KD1 O; 1VQ8 N; 3I56 N; 3CCL N; 1Q7Y O; 5H1S Q; 5DM7 L; 3CXC M; 3G6E N; 1YJ9 N; 5MLC Q; 2ZJR L; 2OTJ N; 3I55 N; 3DLL L; 1K8A O; 3CME N; 4IOA L; 3CCV N; 3PIO L; 5JVG L; 4WFN L; 1S72 N; 1YIJ N; 1M90 O; 5GAG P; 3J7Z O; 4WCE L; 1NJI O; 1VQN N; 1QVG M; 3CD6 N; 4IOC L; 3CCJ N; 1ILY A; 3CC7 N; 2ZJP L; 2ZJQ L; 1Q82 O; 3G71 N; 1VQM N; 4WFA L; 5GAH P; 3CPW M; 3OW2 M; 3CMA N; 3PIP L; 5DM6 L; 4U67 L; 3CCQ N; 1VQ9 N; 3CC4 N; 3CF5 L; 4WFB L; 1K9M O; 1YIT N; 4WF9 L; 2QEX N; 3CCU N; 1Q86 O; 3G4S N; 1VQP N; 1YJN N; 1YHQ N; 1VQ7 N; 3CCR N; 1N8R O; 5GAE P; 1YJW N; 4IO9 L; 1VQK N; 1JJ2 M; 5HL7 L; 3CCS N; 1W2B M; 1YI2 N; 1VQO N; 1Q81 O; 5JVH L; 2OTL N; 1VQL N; 1K73 O; 1OVY A; 3CCE N; 1KQS M; 1VQ4 N; 3CCM N; 1QVF M; 1M1K O; 2QA4 N; 3CC2 N; 1VQ6 N; 1VQ5 N; 4UY8 O; 5GAD P; 1KC8 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XQS C; 1KLM A; 3VEW A; 2VGM A; 2ITG A; 4Y1C A; 3O08 A; 5AQO A; 3S3N A; 1ZBL A; 3AVJ A; 4KO0 A; 3BY5 A; 5J2N A; 4DR7 K; 5BN8 A; 3T1H K; 4K25 A; 3ENB A; 4HHT A; 4CF9 A; 2F8T A; 4A5B A; 1BOT O; 1M90 O; 3NH1 A; 3CJC A; 1LW2 A; 4FJH A; 1K6Y A; 3HVR A; 2BUP A; 4B9U A; 2WUS A; 4KH5 A; 5AQP A; 4YHH K; 1L3S A; 4B9V A; 3MXI A; 2HHQ A; 3V9W A; 1RDW X; 5CZ1 A; 1NK5 A; 1VRU A; 3NF9 A; 3KWG A; 4DV0 K; 1FK9 A; 4J8F A; 4DFJ A; 4XEI A; 2A1S A; 3JXU A; 5I3U A; 4E0D A; 2P9S A; 3MN7 A; 3SMP A; 3PIP L; 3N4Q A; 2CH5 A; 5C2F A; 1EXQ A; 4CGI A; 3LAM A; 4OX9 K; 4AH9 A; 1UWB A; 1U6Z A; 2F7T A; 4EZ9 A; 2GEL A; 3CPE A; 4BRO A; 3A8Y A; 3I0S A; 3E9P A; 4G1Q A; 1ZBU A; 3GBT A; 5HOO A; 4FWK A; 3HPO A; 3THX A; 4XH1 A; 4LSL A; 4JKH A; 1VQ7 N; 1NMN A; 3M3Z A; 3VEX A; 3TSQ A; 3DXK A; 2R7Y A; 1RDC A; 4LFA K; 3OYA A; 3TSP A; 4DTR A; 3TWH A; 2O8E A; 4LFC K; 3AA5 X; 4B1W B; 1RDA A; 3CCS N; 4IDK A; 3OTO K; 1HPM A; 2ASP A; 3O3G A; 4A59 A; 4E3S A; 1J5E K; 3PSI A; 4L3Q A; 4RTF D; 4NYN A; 4BRF A; 1S1U A; 4AHC A; 1SS6 A; 3MWP A; 4DTP A; 3MDQ A; 3O9Q A; 4DSL A; 5CY4 A; 5AZJ A; 4DCH A; 4KI6 A; 3G0Z A; 2BE2 A; 3H3O B; 5F0X A; 3ULE A; 4CGG A; 3CJ9 A; 4JRP A; 1NWK A; 4I2Q A; 3PX4 A; 1N34 K; 1RDB A; 4B1X B; 4AHT A; 4MO4 A; 1E3M A; 1WSJ A; 1U2V A; 5H1S Q; 3C65 A; 1TAQ A; 3ASM A; 4E1J A; 1N5Y A; 3OBY A; 2QW9 A; 3SI6 A; 3TAP A; 3A5O C; 3ZEU B; 1J53 A; 3OYB A; 2W42 A; 4LH4 A; 3M1F A; 3A5M C; 4JHD A; 4KKO A; 4CJE A; 2RE2 A; 2Q31 A; 2YI1 A; 5EOY A; 2HBK A; 3ZT0 A; 2UUA K; 2HMP A; 4M7X A; 3PO4 A; 5GAG P; 1P90 A; 1IBK K; 5CR4 A; 1NOY A; 1RDU A; 3VQD A; 4J2E A; 3RMD A; 1QQM A; 2X6S A; 3O4W A; 3SAG A; 1BCO A; 3QFU A; 2ZJP L; 5FPN A; 3L3V A; 3O9U A; 2P9U B; 1QHT A; 5M1N A; 1XWL A; 3P38 A; 4DQS A; 3HM8 A; 2J4R A; 3OA9 A; 3QET A; 4F8R A; 3PLA A; 4FK4 A; 3I8D A; 4CVN E; 4CZH A; 4DS4 A; 4QCL A; 1L3V A; 4WFB L; 4FCY A; 3QML A; 4FJ5 A; 3KK2 A; 3VQ5 A; 1IBM K; 3BZK A; 5GIN A; 5HRR A; 4DQP A; 3QEX A; 1VQP N; 3QIC A; 2HB5 A; 4Y1D A; 2P9S B; 4Z4G A; 4O5F A; 4QOZ B; 4JKB A; 5AQN A; 1XHZ A; 2RHK A; 2GV9 A; 3OS1 A; 2F96 A; 4CBU A; 3LDL A; 1L5U A; 4B3M K; 3THX B; 4FO0 A; 3SV3 A; 3L3U A; 1BA0 A; 4B8A B; 3SQ4 A; 3DXK B; 4DFP A; 1G99 A; 4E7L A; 3CI5 A; 1HNV A; 3VQE A; 1YTU A; 2O8E B; 1RTI A; 1RT2 A; 4N47 A; 5AFU A; 1XC9 A; 3HK2 A; 5AQT A; 2QA4 N; 1BI4 A; 3PSF A; 3KLH A; 4W5Q A; 2FF3 B; 4ELV A; 4Z4C A; 2YJE A; 3NHG A; 4B9L A; 4EP5 A; 3CM6 A; 1JLG A; 3D6R A; 2ASO A; 1S6P A; 3KLG A; 3CIP A; 3FFK B; 3RMA A; 3IFR A; 2Q0U A; 3ULE B; 2IAJ A; 1GLC G; 1B9D A; 2NRW A; 1CXQ A; 4YOR A; 3AO5 A; 5LY3 A; 3RRG A; 3THV A; 2ZWH A; 2RKI A; 4KTQ A; 3WXJ A; 1KVC A; 3HPH A; 3LM2 A; 4C8O A; 5FLX O; 2QWQ A; 3QIN A; 1YTA A; 4FWM A; 1LWE A; 4CJ4 A; 3TAQ A; 5AQV A; 4ID1 A; 1ZBI A; 1Q9X A; 3OJS A; 2E88 A; 3HYF A; 3H1Q A; 3K5L A; 3ZX2 A; 3NH0 A; 4DWI A; 4DQI A; 3DRP A; 1C1C A; 4CIF A; 4CJQ A; 3K59 A; 3FE1 A; 3K5N A; 3CC4 N; 4PKI A; 5ADX H; 3EYZ A; 3CF5 L; 1QZ6 A; 5FRO A; 1NGI A; 3O9R A; 1CZA N; 4JEP A; 3O3F A; 5BR8 K; 1VSK A; 4A2A A; 1B92 A; 2E6L A; 3NGI A; 4EHT A; 4FWQ A; 4Z4F A; 2KTQ A; 2OPS A; 5CZ2 A; 3FR0 A; 3MN9 A; 4JKC A; 4FVM A; 1YI2 N; 2PBD A; 4CJ7 A; 4KAZ A; 4KI4 A; 1RBV A; 1C0T A; 1FKO A; 4R79 A; 4B9T A; 3OYF A; 4OVL A; 1LV5 A; 3PUF A; 1C1B A; 4C8N A; 1ZXO A; 5JIC A; 1HNW K; 5CYQ A; 4EHU A; 4IFE A; 4F4K A; 1NKE A; 4H0X B; 3S41 A; 3A2F A; 3H1V X; 4KBO A; 1ZBS A; 4CHN A; 4WQ5 C; 4KHW A; 5EX5 A; 4U7B A; 2P9P A; 1G15 A; 3CJA A; 2CGL A; 2Q2R A; 2HF3 A; 4O8K A; 3B6O A; 1ASV A; 2GTD A; 2IGI A; 3ZSY A; 2Z1I A; 3CXC M; 2YCH A; 1XMO K; 2QXF A; 3QIP A; 1VSM A; 1BI4 B; 4CZL A; 2ZJR L; 3KK3 A; 2D0C A; 2O8B A; 3MED A; 3M8R A; 3HST B; 3MX2 A; 4BR4 A; 1ZYQ A; 3HPG A; 3AO1 A; 1RT5 A; 1S3X A; 3MK6 A; 3SLC A; 3VER A; 3MWT A; 1QQN A; 1R59 O; 3NVM A; 4BQL A; 3FZH A; 4KH6 A; 5DMR A; 4DTO A; 2WFB A; 4CHP A; 4JI8 K; 1R0A A; 3CD6 N; 5KPZ A; 3P1G A; 3QEP A; 4ISF A; 2HNY A; 4BRN A; 2P9K A; 3VQB A; 2UU9 K; 4MLE A; 1U47 A; 3T1A A; 2AA4 A; 2OA8 A; 3B6P A; 3F73 A; 4KHU A; 4JI3 K; 4H0O A; 5DM6 L; 3T19 A; 1U45 A; 5C10 A; 2HNZ A; 4F3O A; 3QIO A; 3OYJ A; 4OO1 J; 4H5W A; 3AO2 A; 1BA1 A; 3OBW A; 4YOW A; 3V9Z A; 3D2E A; 1HRH A; 3A0I X; 2HHX A; 1T44 A; 3M8S A; 4HWI A; 1MDU B; 4HVJ A; 2HMI A; 1W97 L; 3LWL A; 1SL2 A; 1YHQ N; 4LF4 K; 4CBX A; 3V1O A; 5HLF A; 3E9L A; 1NOZ A; 2QWO A; 5E41 A; 1RT7 A; 4ZTF A; 1VRT A; 2UXD K; 3CFO A; 5IT9 O; 1NKB A; 1FJG K; 3L4Q A; 1JJ2 M; 1ATR A; 2Z1G A; 1W2B M; 2I5J A; 5M1Q A; 4CF1 A; 4JI6 K; 4E7H A; 1HYV A; 4J2A A; 4PHT X; 1BIS A; 2NRZ A; 4TSX A; 4EAH D; 2OTL N; 2NRX A; 3ZSQ A; 2FBT A; 2BGG A; 2ZE2 A; 2OZS A; 2O4G A; 5J2P A; 4DV3 K; 4CHO A; 1CXU A; 1E4F T; 4HUE A; 4Z94 A; 1BWF O; 4M3X A; 2VG6 A; 3VF4 A; 3NGZ A; 2G8I A; 1KTQ A; 4FK0 A; 4CD1 A; 2YNI A; 3ZX0 A; 3L4I A; 3O9S A; 5K14 A; 3J80 O; 5KPR A; 4UY8 O; 3VES A; 2F9T A; 3I56 N; 3UKU A; 3ZT4 A; 3THW A; 1ASU A; 4PUO A; 4FJ9 A; 5M1P A; 3IS9 A; 3HO1 A; 1VK0 A; 2OTJ N; 1HNI A; 3AVI A; 3SUP A; 2QKK A; 1RCH A; 3KLE A; 5SZT A; 1WLJ A; 4J2B A; 5KTQ A; 3QBX A; 5C25 A; 4CCH A; 1WAJ A; 1NGD A; 3E01 A; 5F1X A; 5C12 A; 4X65 K; 1VQN N; 2IVO A; 3NGY A; 3L2V A; 3DOL A; 4DU3 A; 4PQU A; 3RR7 A; 5BRF A; 4WQ4 C; 4BC2 A; 3OY9 A; 4B08 A; 2NZT A; 3C6A A; 1KSP A; 4JS5 A; 1XI1 A; 4Z4H A; 3E9O A; 2P51 A; 4GKK K; 3O3H A; 4FLX A; 4CED A; 2OZM A; 1TUY A; 3ZET B; 1HNZ K; 4CW7 B; 4BWJ A; 2KFN A; 1D8Y A; 4LC9 B; 1NJX A; 3AVL A; 3J7A P; 4O5B A; 3H45 C; 1YIT N; 1I3A A; 2P9K B; 3BDP A; 1EQY A; 4K8Z A; 3HL8 A; 1MWM A; 3PO5 A; 1HUX A; 4LF9 K; 3JYT A; 4F3T A; 1BQN A; 3SAH A; 1SQK A; 3K5M A; 3KIO A; 1BUP A; 4C1N I; 3D2E B; 4BR7 A; 2LSN A; 3V9S A; 3L0Q A; 4H0V B; 4IWV A; 4CFB A; 5JVH L; 3SAF A; 4FOI A; 1VSI A; 4NLB A; 3NH2 A; 4KRF A; 4DTX A; 1L3U A; 2WBN A; 1I94 K; 1B9F A; 3L2W A; 2QTD A; 3HOT A; 3O1B A; 1GLB G; 4DR2 K; 3V9X A; 5J2Q A; 3SCX A; 2Q3S A; 1WN7 A; 2FXU A; 3LP3 A; 4E7K A; 2QWR A; 4MLH A; 2NRH A; 3AGK A; 1C0U A; 1SL1 A; 3IDH A; 4DFM A; 4FM0 A; 4KV8 A; 4DR6 K; 2A3Z A; 1IG8 A; 2HOE A; 3QBW A; 4R5P A; 4EP4 A; 5FPD A; 4FWO A; 3UKU B; 3MEE A; 1NGG A; 3THW B; 3OYE A; 1GLD G; 4JKG A; 1BQM A; 4HCB A; 2KKZ A; 3V4I A; 2G8F A; 3HVT A; 4CJ5 A; 3ISN C; 3W3D A; 4CF2 A; 5DK5 A; 2E1Z A; 1NK0 A; 2GUP A; 4OPA A; 5IWA K; 2YNH A; 1RBT A; 2UXB K; 1QTM A; 5EXW A; 4MDB A; 4AHU A; 3VF2 A; 4AM6 A; 2D0B A; 4AQY K; 4CF8 A; 3DAW A; 5HRP A; 3DXM B; 5JLF A; 2A5X A; 4ELT A; 2W6L A; 4CES A; 4DFK A; 4DTN A; 4LY7 A; 3AAQ A; 1N8R O; 4FZX C; 3CM5 A; 3U9Z A; 1Z25 A; 4X66 K; 5HL7 L; 4WE1 A; 3UKR A; 3HSC A; 2YHY A; 4FLZ A; 1VQO N; 1HJO A; 4HUF A; 5D3G A; 1MA9 B; 4IJA A; 3O6W A; 3KWI A; 4H0T B; 3ZYY X; 4JD2 B; 4M63 C; 3WNE A; 3O4Q A; 1S1V A; 2GUI A; 4YOX A; 3M5R A; 2HVI A; 3GE1 A; 2KZM A; 1W0H A; 4I9L A; 2E1Y A; 1IKW A; 2P5G A; 2V51 B; 4GNI A; 1GLA G; 2PZS A; 1VSF A; 1U48 A; 4CJK A; 3L2U A; 3OJU A; 3MAQ A; 1RT4 A; 1S9E A; 3AA3 A; 2HHT A; 5HBM A; 4BC5 A; 3MN6 A; 3T3F A; 4LF7 K; 4YOV A; 3G10 A; 1LOT B; 2YHX A; 4YY3 K; 3SQ2 A; 3RSE A; 1WOQ A; 1WUA A; 4A62 A; 3S3M A; 1C6V A; 4PL8 A; 3C6U A; 4FSV A; 1LAW A; 1RGI A; 2PAV A; 4BRG A; 4RW9 A; 1SZ2 A; 4CF0 A; 1DT9 A; 2HHH K; 4AHV A; 3EKS A; 4EFH A; 2F8S A; 2P5O A; 4YDU C; 3TAF A; 1V4T A; 3WUH A; 1Q9Y A; 3ZSR A; 3CC7 N; 1VHX A; 3ZCM A; 1GOC A; 1TYQ A; 4AF1 A; 3DLH A; 1EP4 A; 3VQQ A; 2A6A A; 3U8X A; 3ZX3 A; 2V7Z A; 5AQS A; 1NJY A; 4FLU A; 3BF1 A; 2OPR A; 3NCI A; 4JKG B; 4IG3 A; 1J54 A; 3R3L A; 3EL2 A; 1WBD A; 4BE2 A; 2NRR A; 3LP0 A; 3AVM A; 2JWK A; 3VA3 A; 4FL9 A; 1JKH A; 1Y97 A; 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1NK4 A; 1RT6 A; 3P4I A; 5B8H A; 4CZE A; 1NJW A; 4DSE A; 1S1T A; 4FYD A; 2HF4 A; 4M3W A; 1U2V B; 5LMU K; 5HRN A; 3HBT A; 3SPZ A; 1TYQ B; 3VQC A; 1D5A A; 3JS6 A; 5FRM A; 2ZF5 O; 3CCU N; 1YXQ A; 3KJV A; 3HP6 A; 3WXK A; 1TKX A; 4CJU A; 4OGE A; 1BL3 A; 5GIP A; 2P9L A; 3CG7 A; 4JHD B; 1SKR A; 1GLE G; 2VWK A; 4FWP A; 2IVN A; 1S6Q A; 3V1Q A; 4NLC A; 3DLB A; 4BRA A; 4CEC A; 4HTU A; 3QDK A; 3ALY A; 3C95 A; 3MCA B; 4CEQ A; 5FPM A; 3BZC A; 5FPE A; 3J7Y P; 3WNH A; 4DR5 K; 2HVH A; 5HRO A; 4CJS A; 4C8L A; 3FZM A; 4CJV A; 2D1K A; 5JS2 A; 4CEO A; 3DM2 A; 2FC0 A; 1BO5 O; 4QAG A; 4WQ4 A; 3SJJ A; 2GWJ A; 4V19 S; 3TAE A; 4H0P A; 3VQ4 A; 5GAD P; 4O0I A; 2W40 A; 2VG5 A; 2HBL A; 3HOS A; 5LMN K; 2ZGY A; 3GL1 A; 2VYP A; 4X64 K; 4BE0 A; 1ITG A; 3LZJ A; 4M7Y A; 3UB5 A; 4W5R A; 5AQU A; 1IJJ A; 3JSM A; 4CGH A; 2P9I B; 4DQR A; 3SYZ A; 4BC4 A; 4OPK A; 4WCE L; 2XHB A; 1NJI O; 1NU0 A; 1A5V A; 3GDQ A; 4YFU A; 1ILY A; 4H5N A; 3EO3 A; 1Q82 O; 3S3O A; 1GLF O; 4GW6 A; 1TKD A; 4CHZ A; 4DSK A; 3CMA N; 1C1A A; 4BR2 A; 4OKE A; 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