3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
2NNWA 3GQUA 5GINA 3GQXA 3SIVB 4BY9C 5GIOA 3PLAA 3NVIA 5GIPA 3ID6A 2OZBB 3SIUB 3NVKA 3NVMA 3T7ZA 1NT2B 3ICXA 3NMUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E6LA 1TK8A 4LF4K 3TAMA 3HSCA 4PKIA 3ZT0A 3AVFA 1HNWK 4K71A 4GNIA 1E7BA 2BX8A 5JLFA 4DV7K 3RMCA 2GEMA 2ZE2A 4YNQA 1ASVA 4JN4A 1L3UA 1RTHA 3AVMA 3HL8A 3O8MA 4GV3A 3IUCA 1IV0A 2IVNA 4IOAL 3CM6A 1N32K 3QBWA 1RT6A 3VQAA 3QNNA 3Q7CA 3EKSA 4I9OA 4JKGB 4NB4A 4CGJA 4KHNA 2HHTA 3ZSOA 3M8RA 3W3DA 3QMLA 4JHDA 1H1VA 1MUHA 4Z4GA 2W41A 2ZGZA 1GOBA 3EO3A 4B1ZA 2ASOA 4LF7K 4IBNA 1E3MA 1IBLK 3PY8A 1VQLN 4OX9K 4W4UB 3VETA 1KD1O 1RBSA 2IVOA 4CIEA 1VSIA 3O4QA 3WT0A 3DLGA 1OH5A 1HJOA 1O9XA 4OTUA 1NGJA 5HBMA 3U4LA 5KPZA 4ELVA 2BXLA 2FSJA 1IO2A 1RILA 4JKEA 3DXKA 3SK3A 4FJ8A 4LSLA 1VSKA 1O13A 1E7EA 1TAQA 4FWOA 4A62A 2PYLA 4M3TA 1ATSA 5BREA 1S9GA 5BPKA 2VQEK 1BCOA 3TDLA 1JLQA 4I9LA 2JUHA 2OCEA 1U49A 3NF8A 4FYDA 1TVRA 3E66A 3KIOA 2VYPA 4NCBA 4LY7A 1CZAN 3SAGA 3ULEA 3D6RA 4N47A 4EP4A 3M3ZA 5AQTA 3QETA 3NCIA 4ILHA 1T7PA 3NGZA 3TSQA 3TANA 1JLCA 2VWKA 3V9XA 5AZIB 3MHSB 3CCVN 4XH1A 3KK3A 3E01A 4RW4A 4ZBKA 3AVAA 4H03B 3LP1A 1C0MA 3NF7A 4JI8K 4BRLA 2Z1JA 1HK3A 1GLEG 1LWCA 3CIPA 4WYBA 5AQSA 5BN9A 3DOLA 1LCUA 2RKIA 3LDLA 1KW2A 3FWBC 4WQ4C 3AO3A 3D7EO 3DXMA 3WXIA 2NRTA 4OLBA 1NK4A 4KI4A 1IKXA 4CJPA 1KAYA 4BGBA 4KHSA 1XQSC 5CR4A 4YY3K 4DU1A 3D2EB 1KLNA 2XW0A 4FVUA 3CHWA 1OVQA 3DRSA 2QWMA 4EAHD 3GA9L 2W40A 3DMJA 2O8BB 3RR7A 4KB1A 3DM2A 2HHWA 2WTUA 2IIRA 5HP1A 3I56N 3KHYA 1I94K 3LP3A 3MN7A 1YI2N 3V1RA 1NK0A 1U2VB 3BDPA 4EIAA 2GUPA 4GKKK 1T03A 4PY5A 1IG8A 2A40A 3N4QA 4DF8A 3IFRA 4IXCA 4FPAA 4CZMA 1R59O 5FUOA 2HBMA 2IOCA 2QW9A 4DKWA 3ZT1A 1YTAA 5FPEA 4G04A 1VQ7N 1MA9A 4HTUA 4PO0A 1NK9A 3NFAA 3NH1A 1ITGA 1DTTA 2D0CA 2FSNA 3C7NA 1EKEA 3H3NO 5F2RA 2QMCA 2YCHA 3C6AA 4LFCK 1ASWA 3OW2M 4C8NA 3WUHA 3K57A 1EP4A 5J1EA 1XC3A 3HYFA 3OYAA 1MM8A 5C2FA 1MIYA 4H0XB 4CD1A 2Y1JA 3M8QA 3CERA 4OPKA 3CCLN 2QHBA 1LW2A 1MWMA 1X3MA 2XVVA 2XVWA 4MLHA 5LJWA 1JLEA 4CF0A 1VSDA 4W5NA 1QQCA 1BQMA 4WFAL 3RMBA 1HX1A 5AQUA 4HUEA 1TK5A 3I55N 1YVNA 2DBUA 3A5LC 1JLFA 4RG8A 4BRAA 2AGHB 4EHTA 3GOIA 4E99A 4M41A 1WSIA 4FJLA 3AA4A 2GWJA 3AGKA 3GE1A 2BXEA 1D5AA 1WOQA 5T7BA 3KK7A 1RBUA 3PUFA 3OYIA 3U3YA 4KHPK 1BI4B 3ZETB 5GIPA 3HK2A 2DBXA 3O9QA 2NRXA 2OANA 4CGGA 4WE1A 4CF9A 4LF8K 2E2NA 4BRHA 5LJVA 2IAJA 4CFDA 2HBLA 4Y1DA 1LWEA 1MDUB 3L2RA 2P9UA 2X6NA 3D2FA 3TSPA 4OO1J 5BPLA 2P9LB 3A0IX 4OJRA 4B1XB 3ZX2A 1QZ6A 3LALA 4CEDA 1IH7A 5C10A 3ASMA 3LDOA 2O8DA 2VG6A 3CC7N 4WQ5C 3CF5L 3MCPA 2A5XA 4HHTA 5IIUA 2RE2A 4KH5A 3AVGA 2PZSA 2IGIA 3VQ8A 3KLHA 3CQXA 5M1KA 5FPMA 2V7ZA 3H08A 1J9AA 5J2MA 3WQUA 1S3XA 2D0OA 4FWLA 4F5VA 1BDGA 2DPNA 2HB5A 2Q36A 2Q31A 4O8UA 3VEYA 1BIZA 4FW1A 4A2AA 4LA0A 3HVRA 1JLAA 1X9SA 4E89A 3H1QA 1VSEA 3VQCA 2HVIA 3G0ZA 1WNSA 1QSSA 4R79A 1WBDA 4BKEA 3IDHA 1SB0A 3S3NA 2I2ZA 2GELA 3KWIA 5E41A 4ZCGA 4BRMA 2A3ZA 2E0YA 1HQUA 2XVUA 3V1QA 4FJIA 3VGKA 4DR2K 1S72N 2ZGYA 3IRXA 3H6EA 4A5BA 5KTQA 4FWPA 3DI6A 3OBWA 5IIHA 3O3GA 2E8AA 3WQTA 2Z8KA 3U3GA 2WBNA 4FM2A 4IDHA 5AQPA 4DV3K 1JJ2M 4JD2A 4DR6K 4DQIA 3V03A 3JRYA 1JCFA 1FKOA 1KSPA 5LMNK 1D9DA 3VGMA 4M3UA 3BPJA 4F5TA 1WAFA 3SMPA 5MLCQ 5BPNA 3DLRA 2QEXN 4J2EA 2HHSA 3O5BA 2VWJA 2QWPA 2ITMA 1IBKK 2HF3A 4DFPA 3CD6N 3CPWM 4BG9A 3CFRA 3ZSZA 3KLFA 3KVGA 4BR9A 3MHHB 4DFMA 4KHWA 1Q86O 5C42A 3RSEA 1UA0A 3EZWA 5KPTA 1HLUA 5HROA 4JI4K 1IJJA 1GLBG 4IG0A 4AF1A 2GWKA 3VENA 2OYQA 3U6FA 3AGRA 3MXJA 2FF3B 4KHQA 4FWMA 3TAGA 3SIVB 3LU8A 1J54A 1BJ5A 3L4QA 4BC3A 4E7JA 3ATVA 5DK5A 5B5TA 1P90A 1U4BA 2HVHA 3AVHA 1VRTA 3AO2A 4B9TA 3HVTA 3WNEA 3THVA 4DHYA 3B9LA 2NRZA 1WUAA 3WNHA 4FLVA 1QVGM 3WEEB 2P9IA 3I0SA 3VTHA 5D7GA 1TYQB 1G99A 1NMNA 2P9SB 4DCHA 4CJ7A 4FLXA 1RDUA 4KB0A 4AHRA 4DTNA 4FJ9A 4DR7K 4AQYK 4F2RA 3VQ9A 3C6HA 4CHQA 5CHIA 5BN8A 4XH4A 2FSKA 1J78A 1N5YA 4NXNK 4FK4A 4BGAA 4DSLA 2YKMA 1QVFM 2KFNA 5I3UA 4CZHA 3RTVA 3RRHA 3VPZA 1TL1A 1WSEA 3OYKA 2QKBA 3SV4A 1HKBA 3I33A 2HHHK 2CGLA 2X6SA 4FWNA 1BHLA 1K8KA 3C94A 3G10A 2EWSA 3A5OC 4JKFA 1B92A 4JKDA 3V1OA 1W9HA 1BOTO 2BTFA 1Q9XA 3VA0A 4CJ3A 4RW7A 4NYFA 3DLHA 4MBEC 2CH5A 2OZMA 4KREA 5JS2A 4CGHA 3C0BA 5C2DA 3K58A 2VGNA 4I6MB 3KD1E 5D3GA 2F7TA 3CC4N 3VQ4A 2YNHA 3G9KD 1XMQK 4KV8A 4B8CA 3VEZA 3NGIA 3K5MA 3VF6A 1M90O 4G1QA 1S5JA 1K9MO 1S22A 4DTSA 4BR7A 3K9JA 2P9NB 1KXPD 4CF2A 2IS3A 2HBJA 2E5LK 5A2QO 1GOAA 3AO4A 4CJLA 4FPBA 2Q1NA 3WNFA 3HT3A 4O8KA 3T3FA 1VK0A 1N33K 3ZT3A 4C8MA 4GY2B 2F96A 1YJWN 4WFNL 2ITGA 5LMUK 1DTQA 4LUFA 2HMPA 1EWQA 1N36K 2E1YA 2NRWA 2G8WA 4UY8O 1CXUA 4GDXA 2D5RA 3CCQN 4DV1K 4FLZA 3OYLA 5C24A 2W6LA 2OTLN 3R9PA 1K8AO 3KD5E 4F5UA 1L5UA 2O8CB 3NVIA 1MWKA 3H1VX 2VGMA 3TABA 1HNXK 4PKGA 1VSHA 2UXBK 3SJHA 2UXCK 5FPNA 3MEGA 4K0KK 4CCHA 4CK1A 4L8RB 1NGHA 2XSIA 3FE1A 4U67L 5AFUH 3T1AA 3ZSWA 4IJNA 4NLBA 4O0IA 3UKUA 2XY5A 1C1AA 2E20A 2XO7A 4KI6A 4FOEA 3KJLA 5AQZA 1SKWA 3TTFA 3G25A 2V51B 1DKGD 2QWOA 1ATNA 1VSJA 1OH8A 2UYTA 2CH6A 4K2CA 5SWMA 4DR1K 3OYBA 4ISEA 3ZT2A 1IKWA 3THXB 3DOKA 4FK2A 1UAXA 1ESVA 3LAKA 1VSFA 3OVNA 4IO9L 3K5LA 4DSEA 4JI3K 2YHBA 2O8FB 1P8ZA 5ELZA 4KKOA 1JLGA 4O0JA 3P83D 4C31B 2P9KA 1DEJA 3LU7A 1NKCA 5GAGP 5FRMA 4KBOA 4CF1A 4MDBA 4RW9A 3A5NC 4DSFA 3AVBA 1EXQA 4ELUA 3GDQA 2IC3A 5JICA 3VF4A 1HNIA 3CETA 3O4WA 4PL7A 1VAZA 5BPMA 3K5OA 4EP5A 4IJAA 2EX3A 4X66K 1YTUA 2VWBA 2YHXA 1GLCG 2Q3SA 1W2BM 3ENBA 5GAEP 1EX4A 3CM5A 1TKZA 4H8KA 4GKJK 1BA1A 2NRHA 4JK8A 3VN5A 1NK5A 3L2WA 4H0VB 3UKRA 2Y1IA 1VSMA 2KZZA 1RTDA 3S9HA 3HXMA 3DLLL 3FNMA 1BG3A 4DV6K 4FZXC 3IKMA 4ILGB 4DV5K 3MECA 1X9WA 4M70B 3SBGA 5GADP 1NGBA 5FPDA 4H4OA 4MQ3A 3I8BA 4EHUA 1NU0A 2P1JA 1D9FA 2KQ2A 4FCYA 4IWVA 3LL3A 1VQ9N 3MN5A 1A5XA 2UUAK 3CPEA 2VUEA 4GDLB 3SV3A 4Y1CA 1T3VA 4HUGA 1LOTA 4EZ6A 2CKXA 2KW4A 2ZM6K 2BDPA 3OYCA 3A2FA 2PYJA 4GV6A 3ULEB 4KFBA 4BQZA 4DLGA 1FJGK 3QLHA 2KHOA 4DQQA 1QE1A 1RT1A 4CZEA 3ENOA 1JLBA 3P5JA 2D4WA 2NRRA 2OPRA 3SUOA 4FJGA 1HRHA 3F9MA 1ZBUA 4DMNA 2ZD1A 1RDCA 1JCGA 5K14A 1N6QA 4JKAA 4O55A 4FJMA 5ADXH 4I9QA 1FKPA 4JKGA 4BWMA 2YI1A 1EQYA 3ZEUB 4L9QA 3ALYA 4CECA 4BR5A 3WHSA 4JI5K 4IKFA 3SBTA 5FRNA 2A6AA 2WFBA 3PSIA 5TKWA 1B9FA 5M1OA 4BC4A 3PX0A 2B6AA 3TAQA 4Z4HA 4L3QA 3RR8A 2OZBB 1DGKN 3WXMB 3HP6A 3VQPA 4B9VA 4HGKA 4Z4IA 2OZSA 3ICXA 1C1CA 1YVUA 1FXXA 3CJ7A 3AA5X 4K25A 3VESA 4JV5K 1NG9A 1K6YA 4RW6A 1WLJA 4B9MA 2EFCA 3PIOL 3U8XA 1YJ9N 1FOUA 4CJEA 1BCMA 1T8EA 4RTFD 3O6WA 4LF9K 4N0FD 1I39A 5I42A 3LZJA 5SZTA 2O4IA 1YUWA 2WOMA 3THYB 4BRQA 4S1YA 4V19S 2I30A 3M1FA 2A1RA 2PBDA 4IEIA 3VERA 3ENHA 5AJ3K 4BRNA 1DLOA 3R8EA 3TTCA 4AHSA 4N56A 2BXFA 4OPHA 5TKYA 2OPQA 3BGRA 2XY8A 5AQLA 2D0BA 2O8EA 1GNJA 2BXQA 3P4IA 5CZ2A 4CZLA 3AAPA 4B3MK 1JXEA 3MDQA 5AZIA 1C0UA 4JYAK 3JS6A 1VQ4N 2F4VK 3NVMA 2VDBA 4CJTA 5HRRA 2NNWA 3KTQA 3SYZA 1O1WA 2X78A 3LP2A 3B6OA 3D0PA 4H0PA 3OYDA 2YDFA 3TARA 2Z1GA 2HHQA 4B8AB 3G6EN 3MAQA 3OYJA 3VGLA 4X64K 2XMOA 1VQNN 4D7XA 1N34K 2FC0A 3KWGA 4CEQA 3SCXA 3VQ7A 1IBMK 5DBYA 1VQ5N 3D2EA 3LWLA 2UUBK 5AZJB 4E7KA 1ZBSA 3HRGA 4PQUA 2O8BA 5AQIA 3EKUA 2FBVA 1H5WA 4G01A 1HKGA 2GTDA 3AVCA 5E26A 4FJKA 3UIVA 4M3RA 2J4RA 2HHVA 4N5SA 1E78A 2HSTA 1U2VA 4C1NK 5AQJA 1SL1A 3F5TA 2Z8JA 2EFDA 4GW6A 1RTIA 1Q7YO 5JMVA 3KIKA 3T19A 3MEEA 2NUBA 1U6ZA 1XNQK 2ZJQL 3P31A 4Z4EA 4CFCA 4J2VA 1QSYA 2DBWA 4FWQA 3OS0A 3LWMA 2PAVA 3OYHA 3H3AA 1SS6A 1J53A 4FWRA 3CJBA 5KI6A 1KC8O 1GLDG 4WQ4A 2BXBA 2NQOA 4BRFA 3B9MA 1IKVA 4CHPA 4X65K 4KTZA 3TPQA 2EFHA 3KJVA 4H5VA 4KTQA 3G71N 1YJNN 4KAZA 3C6TA 3O08A 5FROA 4DQRA 4CIFA 1E7HA 1RBVA 3SJJA 4C8LA 4FSVA 2LSNA 1C0FA 4LD0A 2YJEA 3HO1A 2YHYA 1EO1A 2YX6A 3V09A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NNW A;  3GQU A;  5GIN A;  3GQX A;  3SIV B;  4BY9 C;  5GIO A;  3PLA A;  3NVI A;  5GIP A;  3ID6 A;  2OZB B;  3SIU B;  3NVK A;  3NVM A;  3T7Z A;  1NT2 B;  3ICX A;  3NMU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E6L A;  1TK8 A;  4LF4 K;  3TAM A;  3HSC A;  4PKI A;  3ZT0 A;  3AVF A;  1HNW K;  4K71 A;  4GNI A;  1E7B A;  2BX8 A;  5JLF A;  4DV7 K;  3RMC A;  2GEM A;  2ZE2 A;  4YNQ A;  1ASV A;  4JN4 A;  1L3U A;  1RTH A;  3AVM A;  3HL8 A;  3O8M A;  4GV3 A;  3IUC A;  1IV0 A;  2IVN A;  4IOA L;  3CM6 A;  1N32 K;  3QBW A;  1RT6 A;  3VQA A;  3QNN A;  3Q7C A;  3EKS A;  4I9O A;  4JKG B;  4NB4 A;  4CGJ A;  4KHN A;  2HHT A;  3ZSO A;  3M8R A;  3W3D A;  3QML A;  4JHD A;  1H1V A;  1MUH A;  4Z4G A;  2W41 A;  2ZGZ A;  1GOB A;  3EO3 A;  4B1Z A;  2ASO A;  4LF7 K;  4IBN A;  1E3M A;  1IBL K;  3PY8 A;  1VQL N;  4OX9 K;  4W4U B;  3VET A;  1KD1 O;  1RBS A;  2IVO A;  4CIE A;  1VSI A;  3O4Q A;  3WT0 A;  3DLG A;  1OH5 A;  1HJO A;  1O9X A;  4OTU A;  1NGJ A;  5HBM A;  3U4L A;  5KPZ A;  4ELV A;  2BXL A;  2FSJ A;  1IO2 A;  1RIL A;  4JKE A;  3DXK A;  3SK3 A;  4FJ8 A;  4LSL A;  1VSK A;  1O13 A;  1E7E A;  1TAQ A;  4FWO A;  4A62 A;  2PYL A;  4M3T A;  1ATS A;  5BRE A;  1S9G A;  5BPK A;  2VQE K;  1BCO A;  3TDL A;  1JLQ A;  4I9L A;  2JUH A; 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