3AVNA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 52
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avnA00
5J2QA 3T3FA 2HHQA 2OZSA 4FJIA 4EZ6A 2YHBA 3LPTA 3NCIA 1U48A 4DTJA 4FXDA 1JKHA 4FK4A 4AILC 4CF2A 3ZCMA 3L2UA 4CIGA 3V9UA 5HRRA 1LW0A 5HRNA 2G8FA 1U04A 4DU1A 1TKXA 2DTUA 3SV4A 2DFHA 3HVTA 3OYHA 3TAFA 3UIQA 2B5JA 4Q0BA 2Y1JA 1TGOA 4FZZA 3F9KA 3QESA 1RBVA 1Q9XA 3OYAA 3H08A 1RTIA 2OYQA 2E4LA 3LWLA 4KHQA 5FRMA 2OPSA 1W0HA 3AO3A 2QKKA 3AVNA 3KK2A 3NGYA 4IBNA 4Y1DA 4FCYA 4WE1A 2X6SA 4DSFA 2OPRA 3MEEA 3TABA 4O0IA 1I39A 3KKRA 2VG6A 4BDYA 3QEXA 2VG7A 3CFRA 4HUEA 4JRQA 1QTMA 1U4BA 1JL1A 3KTQA 2ZQBA 1NKEA 1NOZA 1T8EA 3IRXA 4FM0A 3SPZA 4OKJA 2X74A 3HP6A 4FW1A 4HUGA 2RN2A 4LD0A 4KO0A 3NDKA 2WONA 1JLGA 3KLIA 2ZE2A 3LAKA 4RG8A 4CGGA 2D0AA 4Q5VA 4DFMA 4DF4A 3LP1A 1T05A 1J5OA 2HNZA 4I2PA 4CJVA 3JYTA 3K5NA 4C8KA 3VQAA 2P1JA 4OLBA 3CM6A 2XRIA 2ZD1A 1WSEA 3AA2A 4CJUA 2GBZA 4FLZA 4FLXA 2XY6A 2BGGA 3OYCA 3MECA 3AVMA 5K14A 4CGJA 4CJTA 5E41A 3KIOA 3EYZA 1UAXA 2HNYA 3DLGA 1N6QA 2KZMA 1XHXA 4PY5A 1HNIA 3WNHA 3IAYA 3PO5A 1VSLA 3VA0A 3DLRA 3TAMA 3HL8A 1X1PA 3T1AA 3LP3A 4DTOA 5SZTA 3CFPA 1WSGA 3NH1A 2A1RA 2ITGA 3O4NA 3L2RA 2OA8A 3KD5E 1RT7A 4BE0A 2QXFA 3VA3A 1S1UA 5KI6A 4KHUA 3LPUA 1S1WA 3G10A 3OYNA 1NJXA 3DLBA 1L5UA 3OS0A 1UA1A 3M8PA 4QAGA 1J53A 3IG1A 4E0DA 4KRFA 3ZSWA 2FBVA 1QS4A 5EU7A 1SL0A 5KGWA 1DTTA 4KHNA 4FJMA 1UWBA 1VSKA 3VN5A 1DTQA 1Q8IA 2DFFA 2IC3A 3DI6A 4RW4A 5J2NA 1RT3A 4F8RA 1MU2A 2HHTA 3WNFA 1NK0A 4W5OA 2Z1GA 3D0PA 3IS9A 4DSKA 1NK6A 2XO7A 4PA1A 1JLFA 3PX0A 4OVLA 2G8WA 4J2DA 1C0TA 3BGRA 3QEPA 1JLBA 4FZXC 4NYFA 3ZSQA 1I3AA 3JSMA 4LH4A 2WOMA 4CJWA 3NH0A 4KHSA 4Z4EA 3E01A 1SKRA 3TAGA 1CLQA 2Y1IA 4KTQA 2X6NA 3PX6A 3OYDA 1KTQA 3P1GA 4FJKA 3AVKA 1JLQA 1HJRA 4N5SA 3NE6A 1FXXA 4G1QA 1KVCA 4BDZA 4M3ZA 4LY7A 1KRPA 4IFVA 4DSIA 1RILA 3DOKA 3ITHA 3DRRA 4YNQA 2XY5A 2D0BA 3SQ4A 5C24A 1UA0A 4L8RB 2O4GA 2IS3A 1RNHA 4N47A 3WNGA 1R0AA 2E6MA 1U45A 3U3YA 4W5RA 1XWLA 4FLWA 4OGEA 3V9SA 4M3WA 1BGXT 3B6PA 3AO5A 1U47A 3TANA 1VSHA 3L3UA 4Y1CA 4CIFA 1NK8A 4HHTA 2YV0X 2HHXA 3K58A 1WAFA 1KCFA 1YTUA 3V9XA 1VSEA 4CEOA 4CJQA 1VSDA 4FLVA 5JS2A 4CEZA 3QLHA 3I8DA 4CHQA 3M8QA 2YHAA 1D8YA 4KAZA 4CJLA 3V1QA 1KFSA 2E6LA 1BL3A 3QERA 2Q3SA 1RTDA 1NK7A 4DQPA 3V9ZA 5DMRA 1BQMA 4KI4A 2RPIA 3KLEA 3K5OA 2AJQA 3QETA 2HHVA 3MEGA 2OPQA 4RW7A 3SQ0A 3P5JA 3HPGA 3NF7A 2HVIA 2Z1IA 1HMVA 2DY4A 1LW2A 1LV5A 4RW9A 1A5XA 1J9AA 1RDDA 4OPKA 3ZT1A 4CEDA 3SNNA 2P51A 4B9NA 1BISA 4CJPA 4CFDA 4DTSA 3AO2A 1BIUA 4CHPA 3AA4A 4M3RA 4BACA 3LZIA 5HLFA 4M3TA 1X9MA 1RBSA 2RF2A 3ZSYA 2OPPA 2JGUA 2XHBA 4MFBA 3AVHA 3DYAA 4DLEA 1KFDA 4DTXA 4N41A 4DTPA 3HP9A 3SUQA 5HRPA 1Y97A 1S1TA 2I5JA 2XY8A 1T7PA 4J2BA 1RTHA 4CEAA 1YT3A 4RW8A 3EZ5A 3V1OA 1TK8A 3L2QA 3O3GA 1IKYA 4FJ9A 1WSIA 4JS4A 4F3TA 4J2AA 4B9MA 4CHZA 4ZTFA 4DFKA 3U6FA 4KB0A 1NOYA 1HYVA 5HROA 4PUOA 3MXIA 3RRGA 3LP2A 4CFCA 3NF8A 1ZBUA 3HXMA 1TAUA 3MEDA 4CGFA 3VQ6A 3LALA 4CJSA 3RMBA 1HYZA 3S9HA 2HB5A 4OJRA 4CF8A 4CHOA 3QEWA 4IDKA 4OPJA 1RTJA 4BDPA 1C1CA 4O5BA 3QNOA 4F4KA 3OYGA 3O4QA 2HHSA 1VK0A 4CJKA 3MXMA 1WSJA 4I9QA 2PYJA 1RDBA 4FW2A 1J54A 1BCMA 1ASWA 4BWMA 4CE9A 3KK1A 4CCHA 2QKBA 2HHUA 4HVJA 3VQBA 3DLKA 2G8KA 1X9WA 3AA3A 3CQ8A 4FJ5A 4ID5A 1RBRA 1BIZA 1F21A 3C6TA 3T19A 3VQPA 4FM2A 1L3TA 3KLHA 1EXQA 4RW6A 5KTQA 3ZT0A 2KFNA 3AVCA 1D9DA 4B9SA 2JLEA 1GOCA 4KFBA 4DTUA 4AHUA 2LSNA 3ZSZA 4FJ7A 3ASMA 3OYJA 2VG5A 5T7BA 3OYEA 3LZJA 3EY1A 4NCGA 4M3YA 3AVBA 3VQDA 1RDAA 3L3VA 4W5NA 3NBPA 4ELVA 1RT1A 1JLAA 4AHSA 4CGDA 1HYSA 2Z1JA 4DTRA 3CG7A 2ETJA 1WNSA 2F8TA 4QOZB 3V9WA 1KVBA 3ZT3A 3SQ1A 4KHWA 4AHCA 4Z4IA 2GUIA 2VWKA 3VQQA 3VQCA 4AHRA 4DU4A 1SKSA 1KSPA 2P5OA 4FYDA 3ZSXA 3VQEA 3K57A 1NK9A 3RTVA 1JL2A 5FROA 1KLNA 3OS1A 5I3UA 3HPHA 1L3VA 2YNHA 5HP1A 3L8BA 3DMJA 1VRTA 4I2QA 5DK5A 3KK3A 4DS4A 4CHYA 2G8UA 2HMIA 4B9UA 2OZMA 4KHYA 3RMCA 3HM9A 5C42A 4DG1A 3K5MA 1GOBA 1IKVA 1ASVA 3QO9A 1W9HA 3WNEA 1SL1A 4E7KA 1D9FA 3SZ2A 1BCOA 4KV8A 1HPZA 2D5RA 4I9LA 4AHTA 4YFUA 4EZ9A 1WSFA 2D0CA 4CEEA 2FBTA 3HO1A 4FM1A 3A2FA 2XY7A 3C95A 4CECA 4CJFA 3DLHA 3QIPA 1FK9A 1LWFA 2GV9A 4DLGA 4CK2A 4JS5A 4GVMA 5CYQA 2ATQA 4FLYA 4NCAA 1ZBIA 4O0JA 4KREA 4CERA 4M3XA 3MXJA 1C0UA 3G0ZA 3LAMA 4UQGA 3OJSA 2RKIA 3QNNA 1FKOA 5SWMA 3NGZA 3KJVA 1A5VA 1SV5A 4DSJA 4FJGA 4O55A 3SQ2A 3NF9A 4HCCA 5J2MA 4FJHA 1BQNA 3ISNC 4GW6A 1HNVA 2B6AA 4K8XA 1WAJA 4B9LA 2X78A 2FBYA 4KTWA 1ZYQA 2FBXA 2B4JA 4DQRA 3VQ5A 3QIOA 1BHLA 1NKCA 1RT6A 1CXUA 2HW3A 4B8CA 3TR8A 1NJYA 1LAWA 3K2PA 2NUBA 2HVHA 1VSMA 1ZBHA 1RDCA 3VQ8A 2IGIA 5KRSA 4C8LA 4LH5A 4C8OA 3SYZA 3HPOA 4C8NA 1C1BA 4E1NA 2F96A 1FKPA 3OYBA 1CXQA 1JXBA 2R7YA 1L3SA 4FLUA 4FJXA 3HK2A 4DF8A 1S6QA 3DOLA 3I0SA 1WN7A 4IG3A 1NK5A 1QSYA 1RBUA 4CFAA 3KLFA 4B9TA 1VSFA 1NKBA 1SL2A 4HTUA 1A5WA 1K6YA 3ZT2A 1LAVA 1RT4A 3SUNA 3OYFA 3SPYA 3PV8A 1L3UA 3K59A 4CGHA 3U3GA 1HQEA 4IG0A 1IKWA 4CHNA 4DFPA 2G8HA 2YNIA 4DQIA 4J2EA 4DU3A 1GOAA 3PX4A 2PZSA 4F2SA 4FJNA 1ASUA 1TL3A 4FJLA 4KB1A 3AV9A 4EP5A 3L2WA 5KGXA 3C6UA 1EETA 1VSJA 4DTMA 5J1EA 1IO2A 1IG9A 4CJRA 3TI0A 1S1VA 3AVFA 4M45A 1IKXA 4LSLA 3OYMA 3OVNA 1NJWA 4KPYA 1B9DA 3CM5A 4E7IA 3HSTB 3SCXA 2PYLA 4F3OA 4O4GA 4M41A 5HBMA 3PY8A 5I42A 3AO4A 4Z0UA 4DFJA 4K8ZA 2KQ2A 1WSHA 2HHWA 1TAQA 3KD1E 5HRSA 3RMAA 1XHZA 4ID1A 3OJUA 3D45A 1KLMA 1NK4A 1DLOA 1X9SA 3V4IA 3HT3A 1TKDA 1UOCA 4CESA 1ITGA 2O4IA 3AVIA 3OYLA 1Z26A 3O3HA 1S9EA 3V1RA 4I7FA 4BWJA 4DWIA 4M3UA 2VWJA 4OGCA 2Z1HA 3QEIA 1NJZA 4E7LA 1JLCA 4ZTJA 4PWDA 3ZSRA 5KRTA 2BANA 3TWHA 4OKKA 4AHVA 1JXEA 1SUQA 1ZBLA 3NGIA 4DSEA 4FK0A 3DRSA 3PUFA 2QK9A 3ZSVA 4HUFA 1TVRA 2P5GA 3ALYA 1RT2A 4E19A 3LANA 2YKNA 1TL1A 4CFBA 1S6PA 3QINA 3I0RA 3DLEA 4FZYA 1EKEA 1VSIA 3RWUA 3RR7A 3VQ7A 3SUPA 4IKFA 4DMNA 3SUOA 3O3FA 4CJ5A 3NHGA 2IDOA 1HQUA 1YVUA 1S1XA 1G15A 2IOCA 4LSNA 4CF0A 4DSLA 1QQCA 3SI6A 2IAJA 3AVJA 5J2PA 3S3OA 1BI4B 1JLEA 4F2RA 4W5QA 3L2VA 3HVRA 1IH7A 3ZT4A 4CF1A 3DRPA 1Z25A 2YNGA 2DFEA 3TAEA 3THVA 3C94A 1B9FA 3KKSA 1QSSA 1QE1A 4TSXA 4PQUA 4FJJA 2EX3A 1EP4A 3LWMA 4CJ4A 1SKWA 3BDPA 3NFAA 1D5AA 3S3MA 3OYIA 2YKMA 1CZ9A 2YNFA 4OKEA 4NCBA 1ZBFA 4Z4FA 4CEQA 4ELTA 4CJEA 3NF6A 1B92A 3KLGA 3NH2A 4E89A 3ULDA 3AVLA 3OY9A 4XIUA 3AA5X 4CEBA 3SJJA 5D3GA 3LDSA 3AVGA 3F73A 3V81A 5JS1A 1EX4A 4ZHRA 3TAQA 1U49A 2A1SA 4MQ3A 3B6OA 1CZBA 4H4OA 3CYMA 4NYNA 4B8AB 3AVAA 4B9VA 3P83D 1WLJA 1S5JA 1RBTA 3HYFA 4KTZA 1O1WA 4CGIA 2W42A 3VQ9A 4BE2A 5CY4A 3OYKA 1TK0A 4CK1A 2FC0A 3LP0A 4BE1A 4OLAA 4B08A 3VQ4A 4B3OA 1T03A 3K5LA 2KTQA 4E7JA 2F8SA 3DM2A 2KW4A 3CFOA 1RT5A 4JLHA 5FDLA 4JRPA 3TAPA 4KI6A 4ICLA 4FLTA 4CIEA 5CYMA 4E3SA 4Z4CA 1Q9YA 3PO4A 4DTNA 4FVMA 4DQSA 4N76A 1C1AA 4GMJB 1REVA 4KKOA 4CJ3A 2KZZA 4E7HA 1QSLA 2G8VA 3OS2A 2PY5A 3V6DA 5CZ2A 1TK5A 3RR8A 4IFYA 1LWEA 4FJ8A 2G8IA 4N56A 3TARA 3SV3A 1S9GA 4HCBA 2HNDA 4R5PA 3RRHA 4C8MA 4CF9A 4QCLA 4E1MA 1TKTA 1RCHA 3FFIA 4Z4GA 4DS5A 1YTAA 1C0MA 2EHGA 1LWCA 4O44A 4AH9A 1TKZA 3AO1A 3M8RA 4DQQA 1XI1A 2KFZA 3MAQA 3ZSOA 3HJFA 2BDPA 3QEVA 5CZ1A 4H4MA 1N5YA 1BI4A 5FRNA 1C6VA 3M8SA 4FK2A 4W5TA 1VRUA 1XC9A 2BE2A 4H8KA 4CEFA 4CK3A 4ELUA 3RMDA 4M42A 1HRHA 5C25A 1QHTA 3S3NA 3NAEA 4EP4A 1KVAA 1TV6A 4Z4HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QA4N 3T3FA 2HHQA 1HR0K 1TYQB 4DHYA 2YJEA 1U48A 3L2UA 3V9UA 4BG8A 3FR0A 3VEVA 1TKXA 3UIQA 3HVTA 4Q0BA 2B5JA 1TGOA 3QESA 1RBVA 3OYAA 3H08A 2E4LA 3LWLA 5FRMA 2OPSA 3AVNA 3ID6A 1T3VA 4KH5A 4YOWA 3U8XA 2X6SA 3ENOA 3MWPA 4EFHA 3QEXA 3JXUA 4JRQA 4H5TA 3KTQA 2ZQBA 5FPMA 1T8EA 1E4FT 4FM0A 4YORA 3HP6A 4FW1A 4HUGA 3QFPA 4CD3A 1JLGA 4RG8A 4OPHA 4DFMA 4DF4A 4CJVA 4CZHA 3HRGA 2XY6A 3OYCA 5E41A 5LJWA 5HOOA 4BQLA 1HNIA 3VA0A 3TAMA 1Q82O 3J7ZO 3WT0A 3EO3A 3O4NA 3KD5E 4FWRA 5JLFA 1NJXA 1L5UA 1J53A 3DWLA 4GV6A 2P9UB 3DI6A 1MU2A 2HHTA 3O08A 5AFUH 4DSKA 2Z1GA 4PA1A 5LJVA 2G8WA 3T7ZA 5I9EB 3BGRA 3J7YP 4FZXC 3ZSQA 3M3ZA 3JSMA 4LH4A 4JI4K 3E01A 2YI1A 2RE2A 4U7BA 3L4QA 4FJKA 1X3NA 3AVKA 1KVCA 3WQUA 5IWAK 4M3ZA 4CBXA 2FF3B 3ITHA 3DRRA 2D0BA 4B1ZA 3SQ4A 4FWNA 1RNHA 4FLWA 4ISFA 4M3WA 1BGXT 4IEEA 1SS6A 3L3UA 1BA0A 3MX5A 4HHTA 2YV0X 3MMVA 5AQGA 1VSDA 3SAGA 3OA9A 4MDBA 5AQRA 5JS2A 4CEZA 2UUCK 2YHAA 1KFSA 3QERA 4PHTX 3V9ZA 1BQMA 1E3MA 1KAYA 1YHQN 1YVNA 1NU0A 4A2AA 3K5OA 3MEGA 3P31A 3SQ0A 3D2FB 2HVIA 1LW2A 1LV5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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