3LM9A

Crystal structure of fructokinase with adp and fructose bound in the active site
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
294
structure length
292
Chain Sequence
AMLGGIEAGGTKFVCAVGREDGTIIDRIEFPTKMPDETIEKVIQYFSQFSLQAIGIGSFGPVDNDKTSQTYGTITATPKAGWRHYPFLQTVKNEMKIPVGFSTDVNAAALGEFLFGEAKGLDSCLYITIGTGIGAGAIVEGRLLQGLSHPEMGHIYIRRHPDDVYQGKCPYHGDCFEGLASGPAIEARWGKKAADLSDIAQVWELEGYYIAQALAQYILILAPIILGGGVMQQKQVFSYIYQYVPKIMNSYLDFSELSDDISDYIVPPRLGSNAGIIGTLVLAHQALQAEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords fructokinase
publication title Structural studies of ROK fructokinase YdhR from Bacillus subtilis: insights into substrate binding and fructose specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis
total genus 83
structure length 292
sequence length 294
ec nomenclature ec 2.7.1.4: Fructokinase.
pdb deposition date 2010-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3lm9A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3lm9A01
1YUWA 2GWJA 2V51B 2ZWHA 3QDKA 2IVPA 1U2VB 4XH1A 4FWRA 1TUUA 3UKRA 2GUPA 1CZAN 1QQOA 4WQ4C 3HTVA 3CI5A 4QS7A 4FWKA 2WUSA 3GBTA 4AM7A 3QBXA 4E1JA 1HKBA 1ZXOA 3VGKA 4EIAA 1MA9B 3C7NB 3WUHA 3C0BA 1HUXA 3DXMA 1NGDA 1DGKN 2HF3A 4ISEA 4CD1A 2D0PA 1JCGA 3M6GA 3FR0A 2V7ZA 1KAZA 2ASMA 4K42A 5BN9A 3U9DA 1R59O 1NGJA 4FPAA 5AQWA 5EXWA 2J4RA 1TYQB 3F9MA 3LDOA 1WUAA 3O4WA 1QQMA 2KHOA 1HKCA 3M3ZA 3QFPA 5BRHA 4CJ7A 2FLOA 2FSKA 3VF6A 2P9NB 3MK6A 1NBWA 1T44A 1Y64A 1YAGA 3ZETA 1ZC6A 3GOIA 4H0YB 2YCHA 2QWPA 3BF1A 5F1XA 1RDWX 5AZJB 3B8AX 4BGBA 2E1YA 4FL9A 2Q31A 1X9JA 3WXJA 3H45C 3KVGA 4I6MA 3QFUA 2Q0UA 5BPLA 2H3GX 1NMDA 1C0FA 4FWQA 3LM2A 5AQUA 4GNIA 4ISGA 3KHYA 3HM8A 3BEXA 5LY3A 2P9KA 5F2RA 4BR7A 2W40A 4K41A 5CE3A 3W3DA 2HOEA 3LDNA 3R9PA 2E2QA 3BF3A 5AZIA 4B1UB 2W41A 1HPMA 1LOTB 4B1YB 3FE1A 2FF3B 2FXUA 5AQVA 4BRDA 3FGUA 1NLVA 4IXCA 4BC4A 3AARA 4MLHA 3VETA 3MN7A 3LM9A 3ID8A 3D2EA 4KBOA 3SLCA 4CZGA 3VF2A 4MO5A 4PKGA 3OHRA 1XQSC 2Q97A 3R6MA 5EY4A 3CJ7A 4BGAA 4DQ8A 4CD3A 2ZGZA 4CBXA 1DEJA 5AQYA 2YHYA 3O1WA 2HMPA 3LDQA 2Q0RA 3CERA 1JCEA 3GG4A 1IG8A 5LJVA 3VESA 1GLEG 2P9LB 2IVNA 3IMXA 3WXIA 1U2VA 1NGAA 2E2PA 4FOIA 2NZTA 2QWLA 5BR9A 3UE5A 5JLHA 4JD2B 3TPQA 1NGIA 4FOEA 4H0OA 4BRIA 4BR2A 4CZFA 1WOQA 2P9PA 2QWMA 4GY2B 4BG9A 4EFHA 3EKSA 5ADXH 4BR4A 1SAZA 3H1VX 1BWFO 2P9IB 2QM1A 4O5FA 5AQZA 3A5MC 3EO3A 3LDPA 3FZKA 3QICA 1X3NA 2V7YA 1GLDG 3VEXA 4MLEA 4WQ4A 1MWKA 1OKJA 5AQRA 4CZEA 1KAXA 5BRFA 4IO8A 3O8MA 5I9EB 3ZX0A 4CZJA 4RTFD 5FPMA 3C7NA 1E4GT 3LL3A 5ADXA 1GLLO 4A2AA 1LCUA 1GLCG 2PAVA 1QQNA 3ULEB 4RCHA 4CZMA 5B8HA 3H3OB 5AQLA 3HSCA 1S3XA 1KXPA 1TYQA 3WEEB 4BRQA 4BROA 4RWTA 2YI1A 2Q1NA 4BC3A 3ATVA 3W0LA 4EAHD 3AY9A 4H0XB 5AQQA 3UKUB 4PKIA 5FPEA 4BVOA 4H0PA 1TUYA 3A5NC 4QS8A 4BRLA 2QWQA 4B1WB 2A5XA 4YDUC 2P9NA 3H6EA 4XEIA 3DXKB 5LJWA 2AP1A 5AZJA 3VPZA 1K8KA 3WQTA 2GEMA 1XUPO 3BP8A 5EOYA 5AQTA 2ASPA 3DWLA 1DKGD 2E20A 3FLCO 3R8EA 4XH5A 5F0XA 2YHXA 5AQIA 5JMVA 4H0VB 4M7XA 5AFUH 3EZWA 4JNEA 5AQFA 3G25A 3SMSA 4BREA 5BREA 1Z6RA 3FFKB 4CBWA 4PKHA 2Q2RA 3U4LA 1RGIA 3VGMA 2QW9A 3JXUA 3VOVA 4CBUA 2YHWA 3ZEUB 5E26A 1S22A 4FWNA 4H0TB 3RSEB 3HI0A 3VEOA 2P9UB 4XH4A 3WXLA 4WYBA 3QBWA 2F9WA 4BQZA 2IIRA 5AQJA 1Z05A 4FO0A 3I33A 3CJCA 3S41A 1MWMA 3VENA 1XC3A 2P9SB 2E2NA 4FPBA 4BRFA 1SZ2A 4QS9A 4CZIA 2I7PA 1JCFA 5E84A 2D4WA 2YJFA 3D2FB 1ZBSA 2A40A 2P9LA 3SMPA 5JICA 3CHWA 4DHYA 2CGJA 4JD2A 5ELZA 2Q36A 4DB3A 1C0GA 2VCPA 4CZKA 2ZGYA 4CZLA 3A8YA 1GLBG 4FWPA 1HJOA 1ATNA 4BR9A 1BOTO 3O80A 4L3QA 2E88A 4BRHA 4H5WA 1BUPA 2QXLA 3JS6A 5JLFA 4BRCA 4JHDB 3WQUA 3QB0A 2QWNA 4J8FA 5KPRA 3MN6A 4JN4A 2NRHA 4EHTA 3M1FA 4FWSA 1BA0A 4A62A 3H1QA 2A41A 1HX1A 3SK3A 3IUCA 3MCPA 2NLXA 2PBDA 2VYPA 3I8BA 1NM1A 2E8AA 3MN5A 3VEZA 5BRDA 3UKUA 1T6CA 2D0OA 3FZFA 5AQHA 3QMLA 3HZ6A 1Q18A 4O8KA 4WQ5A 5AQKA 4BRNA 3CJAA 4Z94A 4LC9B 3U9ZA 4Y0WA 3MDQA 3H46O 2CH6A 3DXKA 4WQ5C 5EVZA 5TKYA 4BG8A 5KPZA 2D1KA 4NB4A 3VEVA 5AQPA 3VERA 4YDUA 4PL7A 1NWKA 2P9PB 3BUZB 4B9QA 3UB5A 3SJHA 3IDHA 5KQDA 4C23A 1E4FT 2V52B 4FWMA 3H3NO 5KQ8A 4A2BA 2BTFA 3GL1A 3WXKA 1P8ZA 4BR5A 3UKRB 4BRPA 4FWLA 5AQXA 4CI6A 4B1ZA 1GLFO 1NGBA 2ZF5O 3ATUA 3CIPA 5FPNA 3O08A 1X3MA 1BG3A 1QZ5A 3O1BA 3A0IX 1H1VA 1BO5O 1NGHA 2AA4A 4BRAA 3CQYA 4DCHA 3J8AA 1ATSA 3HBTA 3WT0A 4B1XB 3AAPA 2GELA 1J6ZA 5KPTA 3ZEUA 3RSEA 3KZBA 4M63C 2BUPA 2P9UA 1HLUA 4H5RA 4BRKA 4IJAA 3DXMB 3CJBA 4H03B 1KAYA 1V4SA 1NGEA 4F9OA 5AFUA 3L0QA 4AM6A 3GE1A 2DPNA 4M7YA 5FPDA 1BU6O 2EWSA 4IJNA 2A42A 3ENOA 2ASOA 2P9SA 3L4IA 3A5LC 1NGFA 1QZ6A 3CETA 3O5BA 4FSVA 1K8KB 1D4XA 5AQOA 3FZLA 1IJJA 4HWIA 1NGGA 2CGLA 5AQMA 1ATRA 2F9TA 3EKUA 3GDQA 4IZ9A 3VEWA 3A5OC 3D2FA 4BRMA 3FZHA 3CQXA 3L6QA 3ZETB 3P4IA 4H5VA 3VGLA 2OANA 2UYTA 2IVOA 3IFRA 2I7NA 3D7EO 2E2OA 2A3ZA 1GLAG 2YJEA 2GWKA 2CH5A 1BDGA 5AR0A 1YVNA 4I6MB 3MN9A 5AQGA 4BR0A 4K43A 5BPNA 1ESVA 2FF6A 3ENHA 3LDLA 3EN9A 2QWRA 3O6WA 2VWBA 2CGKA 4H5NA 4JHDA 2P9KB 4BRGA 3ZX2A 4HTLA 4ISFA 3CJ1A 1QHAA 3VF4A 4BVPA 2P9IA 5BPMA 4IWVA 4CZHA 1HKGA 1YXQA 5AQNA 3DAWA 4BC2A 4JAXA 3TU5A 1U6ZA 5AZIB 1BA1A 4NO7A 1EQYA 4BC5A 5BN8A 2FSNA 4MO4A 1T6DA 5EX5A 5AQSA 3AAQA 3U8XA 1SQKA 4FWOA 3D2EB 3ULEA 4EHUA 4H5TA 4K25A 4B1VA 1G99A 1GLJO 4PL8A 1V4TA 3WEEA 3ZX3A 4A61A 2QWOA 1RFQA 3CJ9A 2A6AA 2HF4A 3MMVA 2ITMA 1MDUB 3EL2A 1NGCA 3FZMA 3VEYA 4BQLA 2FSJA 3DJCA 2E1ZA 2GTDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D3GA 1JLFA 1KLMA 3LP3A 3AO4A 4JKGB 3QDKA 2IVPA 1U2VB 4F8RA 4FXDA 3FFIA 1QVGM 2GUPA 2HB5A 2QA4N 4W5TA 2GUIA 4FWKA 3ZSYA 5HRNA 3NF8A 4X62K 2WUSA 4M3ZA 4C1NI 4AM7A 3CYMA 3NAEA 1XNRK 3CF5L 1FKOA 1ZXOA 4KKOA 5AJ3K 3DXMA 1NGDA 3VQQA 5CYQA 4H4MA 4CD1A 1WAFA 1JCGA 4DR5K 3L2QA 2W42A 4C8OA 5HOOA 2J4RA 4M3RA 4B3SK 1YJ9N 3O4WA 3DYAA 3O3FA 3D0PA 2UUCK 1CXQA 1QE1A 4KHQA 4JI6K 1ZBFA 1NBWA 2Z1JA 3ZETA 1OVQA 1D9DA 1Y97A 1ZC6A 3GOIA 4X64K 3OYIA 2QWPA 1KVCA 3D45A 4AHRA 1RDWX 3OYHA 4BGBA 2Q31A 3TTCA 3JYTA 3T7ZA 3WXJA 4DR2K 4I6MA 2ZJRL 1L3TA 3I8DA 2H3GX 3SNNA 3LM2A 4JKCA 4ISGA 3KHYA 3L8BA 3BEXA 5LY3A 3LWMA 3TANA 1XWLA 4BR7A 3OYCA 4K41A 3CG7A 3PO5A 3VTHA 4DSKA 2E2QA 3BF3A 4FJ9A 1G15A 5AZIA 4B1UB 1L5UA 2O8CB 4G9ZA 4DSFA 4C8MA 3C6TA 4EZ9A 4BRDA 3FGUA 4IXCA 3SPZA 3R3LA 3AARA 3TAFA 1VK0A 4KBOA 1TVRA 3D2EA 4CZGA 4DTSA 2OTJN 2QKBA 2WC9A 1U49A 1OH5A 3OS2A 3OHRA 5FRNA 4CD3A 2F4VK 4I7FA 3V9ZA 3K58A 5C25A 1YITN 4DQPA 1YTUA 4FK0A 2YHYA 3O1WA 3DMJA 4K0KK 3CERA 1IBKK 1JCEA 3GG4A 1ASWA 1IG8A 4JKGA 1C1BA 5DM7L 1U2VA 1NGAA 1BIUA 1WLJA 1NU0A 3UE5A 3AVIA 3CCRN 4AHTA 2QWMA 3RWUA 3EKSA 1GOCA 1S6PA 3OYMA 3RRHA 4B9SA 2DTUA 1N6QA 4O55A 3QICA 4EP5A 3FZKA 3F9KA 1X3NA 1I3AA 4FLVA 4MLEA 4WQ4A 1SKRA 1KAXA 1HYZA 4B8CA 5BRFA 1D8YA 4JKDA 5I9EB 2Z1IA 4IDKA 5HLFA 5CY4A 1EP4A 1XNQK 3PLAA 3RRGA 1VSDA 3AO3A 4J2AA 2PAVA 3H3OB 1KXPA 2YI1A 2XY5A 1HNXK 3AA2A 1UWBA 3W0LA 1EETA 2YNIA 5AQQA 3CC7N 3RTVA 4FYDA 2RN2A 2FBTA 3E66A 4N56A 4W5QA 3AGRA 3LZIA 3SV3A 4XEIA 4ELUA 4E7KA 3K5LA 5EOYA 5AQTA 4JS5A 3DWLA 1DKGD 1RT3A 3CC4N 2ZJPL 5AQIA 4CFDA 5JMVA 3L3VA 3OS1A 3HM9A 3EZWA 5AQFA 2OTLN 1VQ6N 3NGYA 4LFAK 3SMSA 2BE2A 4CGFA 5BREA 4QCLA 3C6HA 3OYJA 4IBNA 3HJFA 2Q2RA 3WXMB 1RGIA 1S9GA 4ELTA 3KLIA 2O8CA 4HUFA 1JJ2M 2YHWA 4GW6A 3ZEUB 5E26A 3VEOA 3HK2A 1HNVA 3OBWA 3QBWA 2F9WA 3DLLL 3WNEA 4BQZA 1IG9A 4CF1A 1VQNN 1OH8A 3K9KA 1VAZA 3CJCA 1HNIA 1MWMA 3HVRA 5I42A 4CJSA 1SZ2A 1QHTA 4CIFA 3AO1A 4E7HA 1NOYA 4IKFA 3O9TA 3SBGA 1JCFA 4DQIA 3ITHA 2D4WA 3VQPA 3NCIA 2YV0X 4AHSA 1RT7A 1RTHA 4CF8A 4YORA 2XRIA 1GLBG 4AQYK 3M8RA 1C0TA 3IS9A 1IBMK 4BRHA 4ID1A 3AVBA 4E1NA 1RTDA 1C6VA 1BQMA 1BUPA 3QLHA 3JS6A 5JLFA 3VQEA 3KK3A 3S3OA 2DY4A 4J8FA 1BGXT 4JN4A 4E1MA 1BA0A 5K14A 3H1QA 4YOYA 3J7YP 4CIEA 1OVYA 2AJQA 4X66K 4JK8A 2YKNA 3MCPA 2NLXA 2KTQA 3L2RA 3THYB 3I8BA 4M3YA 3IKMA 4GV6A 5BRDA 3DOLA 3VQ7A 1T6CA 3FZFA 1UOCA 3KK2A 4O8KA 3RVCA 4BRNA 3H46O 1OH7A 1QTMA 2HHUA 5TKYA 1DLOA 4DFMA 4BG8A 4ILJA 1F21A 2P5GA 1CZ9A 2OPPA 4Z4EA 1NWKA 3CQ8A 4B9QA 3OW2M 4C23A 1E4FT 2FC0A 2V52B 4CECA 1XMOK 4KFBA 1OH6A 3OA9A 5KQ8A 4CJ5A 3WNHA 4I9QA 3UKRB 1ASVA 2ZD1A 1DT9A 1NK7A 4OLAA 2HBKA 1YI2N 3O08A 1X3MA 4RW4A 4A5BA 1D9FA 2HHQA 1QZ5A 2P5OA 3PIPL 1H1VA 4FJJA 4LF6K 3VQ9A 2WTUA 3ENBA 3ISNC 3T69A 3VQDA 4DCHA 5CYMA 4KH4A 3MECA 1A5VA 3ZEUA 3NH2A 2G8HA 2KZMA 4M63C 1S1WA 1HLUA 3VMFB 1VQ5N 4IJAA 1NJYA 3CCLN 4JI7K 1VSJA 4RG8A 1T8EA 3HPHA 1RTIA 3MEDA 1KAYA 3F2KA 4AM6A 1L3UA 2DPNA 4KV8A 1YTAA 3SCXA 3ENOA 2ASOA 2VWKA 1NGFA 3LP0A 4FSVA 1D4XA 5AQOA 1NGGA 2DFHA 3K5OA 2VWJA 4C8KA 3A5OC 2DFFA 4CEEA 4BRMA 3E9OA 2G8VA 2FBXA 4CESA 3P4IA 1IKXA 3VGLA 4B9UA 2B5JA 3KKSA 1KFSA 4DTPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HMI A;  1Q9Y A;  3O5B A;  4DTM A;  4PHT X;  1QQC A;  4EZ6 A;  3EKU A;  3GDQ A;  3ZT2 A;  3NH0 A;  3CQX A;  4DFK A;  3ZET B;  3DLE A;  3B6O A;  3SJJ A;  1JLB A;  2UYT A;  5JVH L;  3IFR A;  2I7N A;  3AA3 A;  1ZBH A;  4HUG A;  3K0S A;  5J2Q A;  1NKB A;  1J9A A;  3OBY A;  2CH5 A;  3VQA A;  4I6M B;  4DV0 K;  4CJV A;  4N41 A;  3DRS A;  3ENH A;  3EEQ A;  2QWR A;  2VWB A;  2CGK A;  4H5N A;  2ITG A;  4DTX A;  5C2F A;  4Z0U A;  3CCQ N;  3CJ1 A;  1QHA A;  4IWV A;  1C0M A;  3DAW A;  4BC2 A;  3PY8 A;  1U6Z A;  5AZI B;  1T3V A;  1BA1 A;  4BC5 A;  5BN8 A;  1IBL K;  4FM1 A;  4MO4 A;  4YOU A;  3QES A;  3BDP A;  3KJV A;  5EX5 A;  3HXM A;  4IG0 A;  4NLB A;  1BCM A;  2YHA A;  4FWO A;  1RDC A;  3D2E B;  1N33 K;  3QER A;  2B4J A;  3LP2 A;  1W97 L;  4PL8 A;  4CW7 B;  3ZX3 A;  4CHP A;  4AH9 A;  1NJW A;  2X6S A;  3CJ9 A;  1TAU A;  2HF4 A;  3FZM A;  1NGC A;  4BQL A;  4OGE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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