2YHXA

Sequencing a protein by x-ray crystallography. ii. refinement of yeast hexokinase b co-ordinates and sequence at 2.1 angstroms resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
457
structure length
457
Chain Sequence
AAAXDXSLVEVHXXVFIVPPXILQAVVSILTTRXDDXDSSAASIPMVPGWVLKQVSGAQAGSFLAIVMGGGDLEVILISLAGRQESSIXASRSLAAAMSTTAIPSDLWGNXAXSNAAFSSXEFSSXAGSVPLGFTFXEAGAKEXVIKGQITXQAXAFSLAXLXKLISAMXNAXFPAGDXXXSVADIXDSHGILXXVNYTDAXIKMGIIFGSGVNAAYWCDSTXIGDAADGGXXGGAGXMXICCDQSSFRKAFPSLPQIXYLXTLNXXSPXAXKTFXKNSXAKNXGQSLRDVLMXFKXXGQXHXXXAXSFXAANVENTSYPAKIQKLPHFDLRXXXDLFXGDQGIAXKTXMKXVVRRXLFLIAAYAFRLVVCXIXAICQKKGYSSGHIAAXGSXRSYSGFSXNSATXNXNIYGWPQSAXXSKPIXITPAIDGXGAASXVIXSIASAXXSXAXXSAXXA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase(phosphoryl,alcohol acceptor)
molecule keywords HEXOKINASE B
publication title Sequencing a protein by x-ray crystallography. II. Refinement of yeast hexokinase B co-ordinates and sequence at 2.1 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 123
structure length 457
sequence length 457
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 1978-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2yhxA02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 2yhxA03
2A42A 3D2FA 4Y0WA 2GELA 3DXKB 4H5RA 4IXCA 4A62A 3H1VX 5AZIA 4BRQA 3ENOA 3VF6A 2ITMA 3FR0A 2FF6A 4M7XA 4FOIA 5AQKA 5FPDA 3KZBA 3O4WA 1K8KB 2Q31A 3QFPA 4FSVA 4CBXA 1MWKA 3GDQA 1U2VA 4CZIA 2CH6A 2Q0RA 1HJOA 2Q1NA 1YUWA 2Q36A 1Z6RA 5JLFA 4IJAA 3QFUA 4MO5A 1ATSA 2YJFA 2ZF5O 3DXMB 1JCGA 1BU6O 2QWNA 5BN8A 3OHRA 1NGDA 1TUYA 1HKBA 3KVGA 4BR9A 4CZFA 2I7PA 1ZBSA 3MMVA 3EKSA 1CZAN 2A40A 5E84A 4H5TA 1BA1A 3O1WA 5ADXH 3GOIA 3H46O 3U4LA 3LM9A 2UYTA 4B1YB 4DQ8A 3O6WA 1MWMA 5FPNA 4H0YB 3ZETB 2YHXA 4BR7A 1J6ZA 4BR5A 5AQUA 5FPMA 1HUXA 1NBWA 4BRPA 4BQLA 3MN6A 5AQXA 4B1VA 1NGIA 2GTDA 5KPZA 5AQMA 3CJAA 1BOTO 3GG4A 3VPZA 1NGEA 2VYPA 1MDUB 2V51B 3SMPA 1HKGA 3AY9A 2ASOA 5EY4A 3VF4A 5AQPA 3M1FA 1WUAA 3J8AA 4FWKA 2QWMA 2OANA 3GE1A 2GEMA 3ATUA 1DGKN 1V4SA 3CJBA 4XEIA 4GY2B 4BRIA 4BRFA 4EIAA 3U8XA 3M6GA 3ATVA 2CGKA 1E4FT 3VEZA 4Z94A 5AZJA 4M7YA 2P9LB 4K25A 4DB3A 4CBUA 1LCUA 1SAZA 2P9SB 5KPRA 4K43A 3EN9A 1GLCG 2FSKA 2NZTA 3SJHA 4AM7A 4M63C 2F9WA 1RDWX 2AA4A 1RFQA 3R9PA 2QWOA 3VESA 5AQRA 2Q2RA 3O5BA 3ZX2A 2P9PB 2H3GX 2V7ZA 2V52B 4BRKA 3CIPA 5CE3A 4JHDA 1E4GT 2FXUA 3RSEA 2HMPA 4BRGA 2QXLA 1NM1A 2YHYA 3MCPA 3FZFA 4FWOA 4H5VA 1XUPO 3UE5A 1X9JA 2PBDA 4NB4A 4CZHA 3MDQA 5AQGA 2QWPA 1GLFO 1NLVA 2W41A 4BC3A 4C23A 3VENA 4H0OA 3UKRB 4I6MB 4ISGA 1T6DA 3AARA 3CJCA 4YDUA 3L4IA 4A2AA 5LY3A 3QBXA 2A41A 3D7EO 2D1KA 5F2RA 2AP1A 3QICA 4H0TB 3AAQA 4B1XB 3HZ6A 1X3NA 2P9KA 2J4RA 1GLDG 1NGGA 2E88A 4FWMA 5BPLA 2E2NA 1BDGA 4JN4A 1NGCA 1TUUA 3EZWA 4XH4A 3JXUA 2I7NA 1H1VA 2FLOA 4QS9A 2A3ZA 3HI0A 3GL1A 4E1JA 3C7NB 3I8BA 2P9IB 3CERA 4FWSA 5BRDA 4WQ4C 1JCEA 3VERA 5KQDA 4AM6A 4B9QA 3IUCA 5F0XA 3W3DA 4FWNA 3WXKA 4K42A 4BRDA 1S3XA 2P9UB 5BREA 3A8YA 1DEJA 2W40A 3EKUA 4CD1A 1GLLO 3U9DA 1NGAA 4PKGA 3ID8A 3A5OC 4FPBA 4EAHD 3LDNA 4FWLA 4RTFD 4F9OA 4B1ZA 4QS7A 4BR4A 3H6EA 3I33A 4HTLA 3CQXA 2QM1A 2ASPA 4BQZA 4CZKA 3WXJA 3IDHA 4JD2B 1HKCA 4FPAA 3ZEUB 3WXLA 4CZLA 1GLEG 3DJCA 4EHUA 2YCHA 5E26A 3ZX0A 3HSCA 4O8KA 4XH5A 3WEEA 4GNIA 2QWLA 2CGJA 5BN9A 1U6ZA 3L0QA 3VGMA 3H45C 1LOTB 2E2PA 4ISEA 3R8EA 1GLBG 4BGAA 2WUSA 3WUHA 1QZ6A 3A5LC 2P9NA 4CZGA 2CGLA 4FO0A 3H3OB 2E1ZA 4J8FA 3LM2A 1Z05A 2D0OA 3D2FB 1SZ2A 1C0GA 5AZIB 3UKUA 4BC4A 3CHWA 3FGUA 4H5NA 1HPMA 2HF4A 3A0IX 4CI6A 4EFHA 4LC9B 1KAZA 3D2EA 4PL7A 1TYQA 4H0VB 1NGBA 2E2QA 4B1UB 1T44A 5JLHA 1U2VB 2IIRA 1QHAA 1QZ5A 5AQJA 3MK6A 3JS6A 3MN7A 3P4IA 1NGJA 1NGFA 5AQYA 1IG8A 5AQZA 4BVPA 4H0XB 5BPMA 4PL8A 3CJ9A 3DXKA 1JCFA 1SQKA 1D4XA 4RCHA 4CZMA 1QQMA 4HWIA 4NO7A 5FPEA 1C0FA 3BF1A 3MN5A 3LDPA 1K8KA 2YI1A 3TU5A 4FWPA 3IFRA 1BO5O 5AFUH 5EOYA 3QB0A 3A5MC 2IVPA 3VEVA 4A2BA 1Q18A 3FZMA 5BPNA 3HM8A 2VWBA 3DXMA 5TKYA 4BRNA 5BRFA 4H03B 2NLXA 3AAPA 3TPQA 1OKJA 3VGLA 2YHWA 4WQ5C 1ATRA 5EXWA 4BG8A 2CH5A 2A6AA 1BG3A 4IJNA 2GWKA 5AZJB 1KXPA 5EX5A 3L6QA 2HF3A 2ZGZA 3ZETA 4K41A 4FOEA 2ASMA 1MA9B 2YJEA 1NGHA 3H3NO 3VGKA 3S41A 1YXQA 3FLCO 4PKHA 4BR2A 4EHTA 1V4TA 3CJ1A 4WQ4A 3KHYA 3SMSA 3F9MA 4B1WB 4JHDB 5AQNA 3RSEB 3W0LA 1HX1A 1ESVA 3VEWA 3LDLA 4MO4A 4BC5A 2D0PA 3IMXA 1GLJO 3FE1A 4KBOA 2ZWHA 5JMVA 2P9LA 1NWKA 2IVOA 2P9SA 1Y64A 3EO3A 2PAVA 4MLEA 5AQIA 3WXIA 4BROA 1ZC6A 5AQHA 4ISFA 1S22A 4CBWA 4BR0A 5AQSA 2QW9A 4QS8A 1ZXOA 2P9PA 3QBWA 3VEOA 3CJ7A 2FSJA 4IWVA 3BF3A 2P9KB 3BUZB 1RGIA 1YVNA 5F1XA 1HLUA 1QQOA 2QWRA 4CZJA 2E20A 3O08A 3VEYA 4DHYA 3BP8A 1KAXA 3VOVA 3HBTA 5AFUA 3B8AX 3R6MA 2DPNA 3ENHA 3O1BA 3UKRA 4PKIA 4I6MA 3H1QA 1X3MA 3VF2A 1BA0A 4H0PA 4JNEA 1GLAG 1T6CA 3GBTA 2A5XA 1G99A 2VCPA 2BTFA 3QDKA 5AQFA 2IVNA 3CQYA 3UB5A 4BVOA 1QQNA 1YAGA 3VEXA 2Q0UA 5EVZA 4L3QA 3DAWA 2E8AA 2QWQA 3FZHA 4BRMA 2V7YA 3QMLA 3SK3A 5AQVA 2FF3B 3EL2A 3ULEA 3MN9A 2F9TA 1BWFO 2BUPA 1XQSC 4JAXA 2FSNA 5AQTA 4A61A 4WYBA 4BGBA 4H5WA 3BEXA 3DWLA 3C7NA 3FFKB 3M3ZA 3U9ZA 3ZX3A 3VETA 4XH1A 5I9EB 2P9IA 4IO8A 1XC3A 1DKGD 5AQLA 4MLHA 3LL3A 3WT0A 1EQYA 2D4WA 2E1YA 4BRHA 3G25A 2EWSA 2P9UA 2GWJA 2GUPA 3CI5A 4BRLA 3WEEB 5LJVA 5JICA 5KQ8A 5ELZA 3SLCA 4DCHA 4CD3A 5AQQA 4FWRA 1NMDA 4BREA 4FWQA 2P9NB 3O80A 3A5NC 3WQUA 3CETA 4CJ7A 4YDUC 1BUPA 4RWTA 4WQ5A 5B8HA 5AR0A 3UKUB 2E2OA 4CZEA 2HOEA 1ATNA 4JD2A 3WQTA 1R59O 3ZEUA 5LJWA 5ADXA 3D2EB 4BG9A 1TYQB 2NRHA 5AQWA 4BRAA 4FL9A 3C0BA 1IJJA 5BR9A 3FZKA 3O8MA 3FZLA 5AQOA 3ULEB 3LDOA 2KHOA 4IZ9A 5BRHA 5KPTA 2Q97A 1P8ZA 4BRCA 4O5FA 1WOQA 3LDQA 3HTVA 1KAYA 4BC2A 2ZGYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A42A 2WONA 4Y0WA 4H5RA 2HB5A 5IWAK 1X9MA 2RN2A 1FK9A 4WE1A 4JLHA 4ELVA 4FOIA 2BE2A 4NXNK 3ITHA 2Q31A 3QFPA 1T7PA 2HHHK 1HJOA 2Q1NA 4DSIA 5HRPA 4I9LA 3DLKA 1XC9A 4DQRA 1ATSA 2YJFA 4KHPK 4GMJB 1BU6O 4B9LA 2DY4A 4NLBA 1S1UA 3KVGA 4BR9A 4CZFA 4AHVA 1ZBSA 1VQKN 3EKSA 4JI4K 1T8EA 5ADXH 3O1WA 4DV7K 1S72N 1WAFA 1YTAA 3M8SA 1L3UA 1FKOA 2P5GA 3VN5A 4DQ8A 1EX4A 5MLCQ 4FLTA 2YHXA 4BR7A 4HTUA 1FKPA 2O8BA 4BACA 3MN6A 4CGJA 4LSLA 3KLEA 1KLNA 3OYCA 4FJ8A 1NGEA 2RE2A 1MDUB 2O8CB 1HKGA 3AY9A 5EY4A 3VF4A 4B9UA 3M1FA 1OH8A 1CLQA 3PO4A 2QWMA 3GE1A 2GEMA 3ATUA 3MX2A 1DGKN 1V4SA 1LWFA 3KKRA 4GY2B 3Q7CA 2IS3A 1RDUA 3VEZA 4Z94A 1UOCA 4M7YA 1VSLA 2W42A 4IG3A 2VWJA 4AM7A 3EN9A 1GLCG 2NZTA 3AVJA 3QNNA 4JI0K 4M63C 1XI1A 3VESA 4DV4K 5I3UA 2V52B 3PIOL 4BRKA 3CIPA 5FLXO 2B4JA 3RVCA 4DTJA 3F2KA 4BRGA 1NM1A 3PO5A 3FZFA 3RMBA 2YNFA 1XUPO 1LV5A 1WSFA 4B3OA 1NK8A 2HMIA 1W9HA 2W41A 3NE6A 2BDPA 4I6MB 1DTTA 3KWGA 1K8AO 3CJCA 4YDUA 5LY3A 3T1HK 3G6EN 1QSLA 4YHHK 2A41A 2D1KA 2AP1A 3QICA 4H0TB 2VGMA 5KRSA 3KKSA 3AAQA 2XY5A 3HZ6A 3OYGA 3K59A 2PFUA 1RTHA 3OW2M 5M1OA 1Q82O 1TUUA 3EZWA 1HYSA 2D0BA 1H1VA 1W2BM 2A3ZA 4FJIA 2WC9A 1IBMK 1B92A 4CJRA 3VQQA 2P9IB 4WQ4C 4JKBA 3ISNC 3J7AP 3DLRA 1ASWA 3VERA 1SL2A 3IUCA 3QETA 3HT3A 4M3XA 4FWNA 1KLMA 3OY9A 4CJSA 3KLIA 3AVGA 2W40A 3LZJA 3LDSA 4FJHA 4FJMA 4PY5A 1GLLO 3QESA 3AVAA 3ID8A 1X1PA 1QS4A 3AVLA 4IOXA 4EAHD 4DV5K 4B1ZA 4QS7A 4HCCA 4CECA 3AVKA 4NCGA 1LW2A 4Y1DA 1TK0A 4DTPA 4LF9K 3KTQA 5TKWA 4KO0A 4CZKA 1TAUA 1HKCA 1EETA 3K5MA 3VQ8A 1GLEG 5E26A 1RILA 4FLWA 4F8RA 4GNIA 2GV9A 1LOTB 3CCRN 1L3VA 3R8EA 4MDAA 3M8PA 1I94K 5J1EA 4OKEA 1C0TA 2P9NA 4CZGA 2CGLA 3K9JA 4C8OA 4IKFA 1ZBIA 4J8FA 2D0OA 4Z4CA 1C0GA 4X64K 4BC4A 3AVBA 4IFVA 2YX6A 1T3VA 2PZSA 4CI6A 3A0IX 4LC9B 4PL7A 3TAFA 3MCAB 3CFPA 4BWMA 1VSDA 2XHBA 1S6PA 4ILJA 1NOYA 1QZ5A 4NLCA 1EWQA 3MK6A 3JS6A 3MN7A 3O9SA 4CJEA 1NGFA 4EZ9A 1IG8A 1SUQA 5AQZA 1I39A 1RBRA 4H0XB 1IG9A 1RDAA 4PL8A 3EE9A 1D4XA 2XO7A 3SV4A 3I8DA 3RMCA 1EP4A 2LSNA 3L4QA 1QHTA 3MN5A 2ZM6K 1RT6A 3NFAA 1BO5O 3AA4A 5BPNA 1CZBA 4DLGA 3NH1A 3THVA 4B08A 3J80O 4E0DA 3NGIA 3K57A 3DOLA 4FZZA 4JS4A 2XY6A 1RT3A 3AAPA 1OKJA 3VGLA 2KTQA 5JVHL 5HP1A 5EXWA 3L2RA 4JEPA 4IJNA 1WSIA 5EX5A 4N47A 2HF3A 3ZETA 4CGDA 3G10A 4FOEA 2UUBK 4J2EA 1TV6A 2G8VA 3VGKA 3S41A 1IKWA 1TVRA 3FLCO 4PKHA 4M3RA 4IDHA 4YOWA 4KHQA 4MFBA 4H4OA 3CJ1A 4KI6A 3KHYA 4X66K 4C1NI 1NOZA 5AQNA 4JI5K 2FBXA 3W0LA 3VQ6A 4MO4A 4BC5A 5M1NA 2NUBA 4OJRA 2FC0A 2ZWHA 4BDYA 2X6NA 3J7YP 2IVOA 1Y64A 3HRGA 1LW0A 2PAVA 2RHKA 3WXIA 1BIUA 4BROA 3Q7BA 5AQHA 3KLFA 2JWKA 3DOKA 1HNIA 2E6LA 1SV5A 2F96A 1S9GA 4O0JA 4BR0A 3AO1A 5SZTA 2P9PA 3QBWA 3SQ4A 3VEOA 1FJGK 1WSJA 3S3MA 3TAEA 3BF3A 1VRUA 4DS4A 1QQOA 5K14A 1J54A 3WXMB 3O08A 3VEYA 3BP8A 3LPTA 3HBTA 5AFUA 3B8AX 3ENHA 2HBMA 3UKRA 3AA3A 2X78A 3CXCM 1G99A 4KB0A 4EP5A 2IVNA 4BVOA 1YI2N 3VEXA 2Q0UA 5I42A 1S1WA 4DV0K 5EVZA 2E8AA 3H08A 5FDLA 2V7YA 4FK4A 3V81A 4DV6K 3MN9A 3RMAA 3M5RA 3PV8A 1BWFO 4AHRA 4FM2A 3N4PA 3NHGA 3BZCA 3PSIA 2I5JA 2FSNA 4BWJA 4H5WA 3DWLA 3CD6N 3ZX3A 1YJ9N 3O9UA 4DTNA 4XH1A 1HYZA 3NAEA 3AVMA 5AQLA 1RBSA 3WT0A 3DYAA 1EQYA 4CVNE 2E1YA 3G25A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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