2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
2ZWHA 2DPNA 2IVNA 3FZMA 1XQSC 1U2VB 1GLBG 3KHYA 3A8YA 4IJAA 1JCEA 2WUSA 4EAHD 4WQ5A 3SLCA 2PBDA 3VF6A 4FPBA 4MLHA 3VPZA 3OHRA 1NGDA 3KVGA 3CJ7A 2FLOA 3EKUA 3SMPA 3WXKA 3FLCO 1LOTB 1QQMA 1U6ZA 2E1ZA 1GLLO 1SAZA 3UKRA 3DXKB 1V4SA 3AAPA 1JCFA 4QS8A 1X3MA 1DEJA 1GLDG 3MN5A 5AZIB 1YUWA 4BR9A 5ADXH 1HLUA 1IJJA 1BOTO 4WQ5C 3L6QA 4BR2A 2CH5A 5AQKA 5LJVA 3D2EA 1QQNA 3IMXA 3WQTA 4CZGA 1TYQA 3ZEUA 1HKBA 1NBWA 5BRHA 2E20A 3G25A 2CH6A 3HZ6A 4BQZA 3A5MC 3HTVA 4H0XB 2Q36A 3ID8A 3P4IA 4BR5A 4XH5A 4FWMA 4MO5A 1NGJA 3HSCA 2Q0RA 1KAXA 5JMVA 3VF2A 4GY2B 4BRMA 2ASPA 2A41A 1K8KA 2A42A 3H1VX 4CD1A 4Y0WA 4BGAA 3DWLA 2QWQA 4AM7A 4C23A 4B1WB 4H0TB 3ZX0A 2ZF5O 5JLHA 4BVPA 5BPLA 1QHAA 4I6MA 5BRDA 2V52B 3H1QA 3BUZB 1XUPO 4BRFA 4M7YA 4BRDA 3JXUA 5F0XA 4H0YB 1RGIA 2YCHA 3UKRB 4HTLA 4PKGA 2E2OA 5BPMA 2UYTA 3MDQA 2ASOA 5EXWA 4BROA 5FPMA 3L4IA 3O4WA 2E88A 5ELZA 3D2EB 2NZTA 2YI1A 2P9KA 3H6EA 2E2NA 3O80A 1X3NA 1NGFA 2W40A 1TYQB 3ZEUB 1D4XA 3EZWA 4BC4A 1HPMA 1Z05A 3VETA 4PKIA 3QDKA 5BN9A 3WT0A 3AY9A 5AQSA 2E2PA 4FWKA 3CHWA 5AQHA 4EHTA 4H0OA 5BPNA 3FZFA 4JN4A 3H3OB 4H5VA 2GWJA 3GE1A 3U9DA 4CD3A 2FF6A 3I8BA 4H5TA 1K8KB 4QS9A 3GOIA 3VENA 4BRPA 2AA4A 3DXMA 4IWVA 3EKSA 4B1YB 2E2QA 4BRLA 4IZ9A 3A0IX 4IO8A 4CZEA 4M63C 4CBXA 2NRHA 2FSKA 4BQLA 2IIRA 4I6MB 3LDLA 4K42A 3O1WA 3CJCA 3WXJA 4FL9A 3VEXA 4H0VB 1E4GT 5KPRA 4ISGA 4WQ4A 4IXCA 2KHOA 2GUPA 4JHDA 3R8EA 2VCPA 5BRFA 1NGEA 3RSEB 1ESVA 3U9ZA 4BR0A 3SMSA 3A5OC 3BF3A 4BRAA 1RDWX 3W3DA 1MWMA 2D0PA 4RCHA 4FWPA 5I9EB 2OANA 4BC3A 3TU5A 2P9KB 3VEWA 3SK3A 4BG9A 5FPDA 3CQYA 1NGCA 2CGJA 1BO5O 5FPNA 4EFHA 5AQTA 3L0QA 1C0FA 2E8AA 3O5BA 2V51B 3QFUA 2Q1NA 4FWSA 1HJOA 3GG4A 1WUAA 3VGKA 4DCHA 3HI0A 4PL7A 2D0OA 3QBWA 4FWRA 5AQJA 1NMDA 3WUHA 1YXQA 5E84A 5AQVA 3ULEB 2HMPA 2IVOA 4JD2A 1GLAG 1BU6O 3FZHA 4CI6A 4BREA 2D4WA 1BA0A 4FWNA 2P9UA 3LDQA 5KQ8A 3VEZA 5F1XA 3LDPA 3MN6A 3C7NB 1ZBSA 2ITMA 5FPEA 2QWOA 5AFUA 4B1UB 5AQRA 3IDHA 1GLJO 4BC5A 5KQDA 3VEOA 4CZKA 4CZIA 4BR4A 2V7ZA 4EIAA 2QW9A 4FWLA 4XEIA 4F9OA 3A5NC 1R59O 4BG8A 2A3ZA 4O5FA 3O8MA 3C0BA 1ATSA 3R9PA 4H0PA 4FWQA 3WQUA 1OKJA 2P9SA 3WXIA 1H1VA 2QM1A 1DKGD 1T44A 4K43A 1NGHA 4RTFD 5AQMA 4A62A 1SQKA 2GWKA 4J8FA 4LC9B 2VWBA 4BRCA 5AQLA 4QS7A 3LM9A 3VGMA 2VYPA 2AP1A 3QICA 4A2BA 4H5RA 3HM8A 2I7NA 1MWKA 4CJ7A 3CJBA 2W41A 3ATUA 4JD2B 4MLEA 1GLFO 1RFQA 2I7PA 1X9JA 3VERA 3A5LC 2P9UB 3EL2A 1MA9B 1KXPA 1NM1A 1S3XA 3EO3A 3VEVA 1NGAA 3QFPA 2YHWA 2E1YA 3H3NO 5AQFA 3S41A 2QWPA 4MO4A 3BF1A 3CERA 3ENOA 2P9PA 1BA1A 2D1KA 4CZJA 4CZMA 2Q2RA 2GEMA 4BGBA 4BRNA 4DHYA 3FZLA 1ATRA 4XH4A 4FWOA 5AQZA 1J6ZA 4B1XB 3LDNA 4YDUA 4DB3A 1MDUB 3M6GA 3DXKA 3LDOA 2P9IA 3H46O 4BR7A 4DQ8A 3EN9A 4L3QA 4A2AA 3VOVA 3R6MA 3ZETA 2A40A 2YJEA 5B8HA 2QWLA 4FPAA 1HKCA 1ATNA 3MMVA 3H45C 4WYBA 3I33A 5EOYA 4KBOA 1Z6RA 2CGKA 2GTDA 4GNIA 1NGIA 1NWKA 1SZ2A 3UKUA 4B1ZA 3WEEA 4NO7A 5AQIA 5AR0A 5AZJA 1BDGA 4HWIA 2BUPA 5AFUH 1P8ZA 5CE3A 1NGBA 3GBTA 5BREA 3CJ1A 5AQOA 2F9TA 2QWMA 4JNEA 2ZGZA 4JAXA 2QWNA 2BTFA 2H3GX 4WQ4C 1HKGA 5BR9A 3FR0A 4FOIA 1IG8A 2YJFA 3ATVA 5EX5A 2P9PB 4BRHA 5LJWA 2NLXA 3DXMB 1Y64A 3VEYA 3O6WA 4NB4A 3IUCA 4B9QA 4BC2A 1HUXA 3HBTA 1GLEG 1T6DA 3DAWA 3MN7A 1NGGA 4H03B 3D2FA 5AQPA 4BRIA 3QB0A 2P9IB 4RWTA 1TUUA 3MK6A 3UB5A 3ZETB 2Q31A 2A5XA 4JHDB 2A6AA 4H5WA 4ISEA 2HF3A 1HX1A 3FE1A 5AQQA 4FOEA 3FGUA 1YAGA 3VF4A 1JCGA 3CJAA 5E26A 2J4RA 3UKUB 1BUPA 3WEEB 1E4FT 5EY4A 5AZJB 3GL1A 2FF3B 3F9MA 4PL8A 4XH1A 1S22A 3BEXA 1NLVA 5AQWA 3D7EO 1Q18A 3M3ZA 5F2RA 3AARA 4CBUA 1BG3A 2P9LA 3QMLA 4FO0A 2EWSA 3KZBA 1V4TA 3O1BA 3VGLA 3LL3A 4CBWA 1KAYA 5AQGA 1EQYA 1QZ5A 3TPQA 3MN9A 2FXUA 2V7YA 4A61A 2P9NA 5JICA 5EVZA 5AQXA 1C0GA 5ADXA 1ZC6A 3ZX2A 3CQXA 3MCPA 3FFKB 1TUYA 3CIPA 3DJCA 3U8XA 3D2FB 5BN8A 4BVOA 1T6CA 1U2VA 4EHUA 4M7XA 5AQYA 3RSEA 1YVNA 2F9WA 1DGKN 1KAZA 5KPZA 4Z94A 2ASMA 4E1JA 5TKYA 3IFRA 1BWFO 1QQOA 5JLFA 1CZAN 2CGLA 4AM6A 3WXLA 1XC3A 3CI5A 4CZHA 2YHXA 2PAVA 2QXLA 4O8KA 4K25A 3GDQA 2Q97A 3ENHA 3CETA 3FZKA 4PKHA 2HOEA 4CZLA 5AQNA 1G99A 4ISFA 1LCUA 2HF4A 2P9SB 3VESA 4CZFA 2FSNA 5AZIA 2P9LB 2GELA 3SJHA 2YHYA 3ZX3A 3BP8A 5KPTA 3J8AA 3W0LA 2QWRA 5LY3A 3B8AX 3ULEA 3JS6A 4K41A 1GLCG 1QZ6A 3CJ9A 3M1FA 1WOQA 3LM2A 3UE5A 5AQUA 4FSVA 2FSJA 4BRKA 2P9NB 3QBXA 3U4LA 4B1VA 3O08A 4BRGA 2IVPA 1ZXOA 3AAQA 2ZGYA 4BRQA 4YDUC 2Q0UA 3C7NA 4H5NA 4IJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HW3A 3LP0A 3FZMA 1XQSC 3NE6A 3KHYA 4DTOA 4EZ6A 2QKKA 4J2AA 3VQ8A 4IJAA 1JCEA 1ASVA 4NLCA 3OYKA 4EAHD 3THXB 1IKWA 3OY9A 3V9XA 3KK2A 3HK2A 4JI7K 1KLMA 4L8RB 3EKUA 3SMPA 3FLCO 1Q82O 1NK4A 3G6EN 5K14A 1SAZA 1HNXK 3UKRA 3CCJN 3AAPA 2HHHK 5KGXA 3ZT1A 1S5JA 5ADXH 4FJMA 1IJJA 3EY1A 4CJSA 3KD1E 3VQPA 3O9QA 4JI1K 5AQKA 5LJVA 4NXNK 1FW6A 1T3VA 4DR5K 3WQTA 1RBVA 5HROA 1HKBA 3G25A 1IH7A 2W42A 3ID8A 4E7KA 3AVGA 4DSJA 1KLNA 2Q0RA 1KAXA 1HNWK 1U4BA 4AHUA 5GINA 2O8FB 1SL1A 2O8CA 1K8KA 5FDLA 3H1VX 1NJZA 3DWLA 4AM7A 4C23A 5LMUK 2P5OA 2HSTA 2ZQBA 2V52B 4FM0A 4CIFA 3L2UA 4JKBA 4N76A 3BUZB 1XUPO 2HB5A 3MXJA 1WBBA 3C6AA 3JXUA 2HNYA 1RGIA 2YCHA 3J7ZO 3KLEA 3CPWM 1NK7A 3M8SA 4PKGA 3AVNA 5BPMA 4YOVA 4JK7A 1O1WA 3SQ4A 3MDQA 4YORA 4IG0A 2ZJPL 4E1NA 1TKDA 3PO5A 5FPMA 2UU9K 4FJLA 3AVFA 2E88A 1KQSM 2HHSA 2OCEA 3AO3A 4JI0K 2P9KA 2E2NA 3O80A 4CJ4A 2W40A 1D4XA 3VETA 3L3UA 3QDKA 1NK5A 5BN9A 1IO2A 3NH0A 1DT9A 4FWKA 5DM7L 3SQ1A 4FJKA 4H0OA 4PHTX 1TK5A 1BQNA 3V9WA 1OH7A 3U9DA 2DY4A 4JRQA 2HHWA 3I8BA 3VENA 4BRPA 3ULDA 2X6NA 4WFBL 4IWVA 3EKSA 4BRLA 4CEEA 3DRSA 2KTQA 1TVRA 3NGYA 1S6PA 4B9SA 3F2KA 2OPPA 4DTJA 4FL9A 5KI6A 2KLAA 1LWFA 4M3ZA 3O9RA 4V19S 4JHDA 2GUPA 3R8EA 4CIGA 5BRFA 1L3TA 4MQ3A 4W5QA 4BR0A 4I2QA 3SQ0A 5CY4A 4OKEA 2KFZA 4OLAA 3D6RA 4I9LA 5KGWA 3VEWA 4CJPA 3TABA 1BO5O 1C0FA 1KVAA 3KLHA 1Z26A 2Q1NA 4DLEA 4FWSA 1WUAA 4PL7A 2Z1JA 4FLUA 4FWRA 4B9VA 1BCOA 3E9OA 1YIJN 2D5RA 1KC8O 3HSTB 3FZHA 2D4WA 3I0SA 4LF6K 1BA0A 2Z1IA 2P9UA 3VQQA 3C7NB 4AHSA 1S9GA 1ZBSA 4A57A 3IRXA 5FPEA 5TKWA 4B1UB 1WNSA 5AQRA 3IDHA 5KQDA 4HCBA 3ALYA 3NF9A 4F9OA 4KO0A 3A5NC 4BG8A 2BDPA 2OZSA 5J2MA 1VRUA 4FW1A 1ATSA 1XNQK 3AV9A 1R0AA 3WQUA 3TR8A 3PV8A 1RT6A 4FLWA 3V4IA 3WXIA 4AQYK 3E66A 1JLBA 1ZBFA 2Q3SA 3THWA 4KFBA 1SQKA 3QEVA 4LC9B 5J2PA 1KTQA 3OBYA 1UAXA 4DSIA 1L3SA 4A2BA 2IC3A 4B9NA 2G8FA 1KRPA 4J2EA 1D9FA 4CJ7A 3SBTA 4JD2B 3AA4A 1GLFO 3PLAA 3VERA 3EL2A 1NM1A 4BE1A 1S3XA 4B3TK 3QFPA 1C1BA 3H3NO 1VQNN 2OZMA 4MO4A 3BF1A 4DTNA 1GOBA 3CERA 2HHXA 3ENOA 1U47A 1N8RO 3ZT4A 2D1KA 3VQ9A 4CZJA 4OX9K 3TAGA 4J2DA 4JLHA 4FLVA 1L3VA 1ATRA 1RT5A 4FWOA 4B1XB 4E19A 4YDUA 4U7BA 2UXDK 3TAQA 2P9IA 3K57A 3EN9A 4FLZA 3AGRA 4L3QA 4CFAA 3VOVA 1W0HA 3HVTA 3ZETA 3B6PA 4CJFA 5B8HA 3OW2M 4DFMA 2QWLA 1EWRA 1TKTA 1HKCA 2XY8A 1W7AA 3DLRA 3KK7A 3O9TA 2W6KA 4KBOA 2KZMA 2CGKA 1NGIA 1NWKA 3QETA 4NO7A 1B92A 1IV0A 4KI4A 2BUPA 3SUNA 1NMNA 5CZ2A 3AO2A 1N36K 1N33K 4FK2A 5CE3A 1NGBA 5KTQA 5AQOA 4ELUA 4JNEA 4M3XA 2OTJN 2H3GX 4QAGA 1I39A 3AVAA 3PX4A 5EX5A 2P9PB 5LJWA 2IS3A 3K5LA 3AVIA 3QIOA 4M42A 3CCEN 4DR7K 2F7TA 4FJGA 4X62K 1KCFA 2OPQA 4W5OA 3LANA 3QEXA 4KPYA 4IFVA 4BRIA 3QB0A 4RWTA 2E6MA 4IFEA 3O4NA 1TKXA 2A5XA 3QEPA 4CEOA 1HX1A 1VHXA 3FE1A 4FOEA 5HOOA 3HPHA 1QSSA 3CQ8A 3UKUB 3WEEB 4XIUA 5AZJB 2FBTA 3K0SA 2XRIA 3J80O 2FF3B 4FJJA 3DOKA 1S22A 3D7EO 5M1KA 3KKSA 4BDYA 3P83D 3M3ZA 3UIQA 3AARA 4O5BA 4CBUA 4JS4A 2P9LA 4DR3K 3T1AA 2G8IA 4C8NA 3CF5L 1SUQA 4CBWA 2F96A 3R1XA 1HYSA 1C1AA 5I3UA 4O0IA 4Y1DA 2NRXA 2YKMA 5AQXA 2EHGA 1C0GA 3E1YA 4QCLA 2P5GA 1ZC6A 5BR8K 3ZX2A 1Q81O 3CQXA 1OH8A 3OYLA 1RBSA 4BVOA 4F4KA 1T6CA 5SWMA 1IBKK 2PYJA 4EHUA 4OPKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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