The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosome aminoacyl-tRNA site
pubmed doi rcsb |
| total genus |
23
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI8 K; 4DV2 K; 4LF8 K; 4DV7 K; 4B3S K; 4B3R K; 1FJG K; 4B3T K; 2UXB K; 5A2Q O; 2UUC K; 2F4V K; 5LMU K; 4JI2 K; 3JAM O; 4DR2 K; 4LF6 K; 3J80 O; 4NXM K; 4GKK K; 1IBL K; 1I94 K; 5FLX O; 3T1H K; 1HNX K; 4X62 K; 4CW7 B; 1N33 K; 1HR0 K; 4DR4 K; 4DV3 K; 4NXN K; 4JI4 K; 4K0K K; 5LMN K; 3OTO K; 4LFA K; 5IWA K; 4JV5 K; 4DR3 K; 1XMQ K; 4KHP K; 4DV5 K; 1XNR K; 4CVN E; 4JYA K; 4X65 K; 2UUA K; 5LL6 Z; 5BR8 K; 4X64 K; 4DR5 K; 4LFB K; 4JI5 K; 3J7Y P; 4AQY K; 1HNZ K; 2UUB K; 3T1Y K; 3J81 O; 4DUY K; 2VQF K; 1N34 K; 4YY3 K; 4DV6 K; 4DV1 K; 4JI1 K; 4DR7 K; 4LF5 K; 2HHH K; 1HNW K; 4LF4 K; 4JI7 K; 1XMO K; 4LF9 K; 4X66 K; 4LF7 K; 4DUZ K; 1IBK K; 3J7A P; 4B3M K; 4DV4 K; 4JI0 K; 2E5L K; 4YHH K; 4JI3 K; 1J5E K; 5AJ3 K; 4DR6 K; 2UU9 K; 4GKJ K; 4DR1 K; 4LFC K; 2ZM6 K; 1N36 K; 2UXC K; 2UXD K; 4DV0 K; 4JI6 K; 4OX9 K; 2VQE K; 4V19 S; 1N32 K; 1IBM K; 1XNQ K; 5IT9 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Y97 A; 4WYB A; 1QSY A; 4K42 A; 4CHO A; 5KQD A; 5JLH A; 4ICL A; 1T7P A; 4JEP A; 3C7N A; 2VGM A; 4DFK A; 3OYK A; 4EAH D; 1S1W A; 2CGL A; 2YHA A; 5HRO A; 1NNE A; 3VPZ A; 2QXL A; 4DU4 A; 2IVP A; 2F4V K; 1NMD A; 4OGE A; 4CF8 A; 1RBU A; 3PY8 A; 2P9I B; 4HCC A; 4CCH A; 3F9K A; 1Z6R A; 3AO4 A; 4DTO A; 1HNX K; 2G8V A; 1OH6 A; 1HJO A; 3O1W A; 3U4L A; 1ATN A; 1P90 A; 3PO5 A; 1BA1 A; 2D0A A; 3HOS A; 4PHT X; 3N4Q A; 3KD5 E; 3LDP A; 3AVB A; 4QCL A; 1I3A A; 3MEC A; 4LD0 A; 1JJ2 M; 1JXB A; 3UIQ A; 5LMN K; 3VF4 A; 1VQM N; 5HLF A; 4CBW A; 4YOW A; 3ZT3 A; 4KFB A; 5KQ8 A; 4BQL A; 3L3V A; 3ZYY X; 3ALY A; 3A5N C; 2B6A A; 3V9X A; 1JCE A; 4ID1 A; 4HHT A; 4JKH A; 3EO3 A; 3DOL A; 3IUC A; 4FW1 A; 1QQC A; 3QET A; 1NKB A; 4CZK A; 3EYZ A; 3H45 C; 2G8U A; 3HST B; 3G4S N; 3RRH A; 4Z4F A; 1ITG A; 1YVN A; 2DFH A; 3V4I A; 3HM8 A; 3AA5 X; 2HHS A; 1VSE A; 3P38 A; 3RTV A; 1RIL A; 2HVI A; 4F4K A; 4HUF A; 3DXK A; 2KHO A; 4Z4H A; 3S3O A; 3SMS A; 4J2E A; 3QBW A; 3AY9 A; 2HHT A; 2F9T A; 1HYZ A; 3TTD A; 3DLB A; 3PLA A; 2HOE A; 1RTD A; 3F9M A; 4OKJ A; 2PFU A; 3CFR A; 4WFB L; 3AVL A; 1X3M A; 4LSN A; 2HND A; 4FSV A; 4GKJ K; 1S1U A; 5M1K A; 2P9K B; 1W0H A; 5F0X A; 3EKS A; 1MDU B; 5AQS A; 4PKI A; 2B5J A; 2O8B A; 4IFE A; 3D45 A; 4DSL A; 1NOZ A; 4Y0W A; 1X9S A; 2XY6 A; 3NGZ A; 1GLL O; 3GG4 A; 3R9P A; 4C8M A; 4DTU A; 4O8U A; 2VG5 A; 3OYG A; 3CCQ N; 3ZET A; 3SUO A; 4DCH A; 1Q8I A; 2QWM A; 2GUI A; 3L6Q A; 3SQ0 A; 4N76 A; 2XO7 A; 5AZJ B; 4FWO A; 2QWO A; 2QM1 A; 4N41 A; 3A2F A; 3SBG A; 3KTQ A; 3TTC A; 1L3V A; 4FM1 A; 4CW7 B; 3L4I A; 1IKV A; 3KVG A; 3FGU A; 2E88 A; 1DLO A; 3BUZ B; 3K9K A; 1RFQ A; 4O55 A; 2VWB A; 2O8C A; 4ELU A; 4WQ4 C; 3WEE B; 2A40 A; 3LDL A; 1NJZ A; 3NF8 A; 4JLH A; 1NKC A; 1M1K O; 4OJR A; 4YDU C; 4CZL A; 4L3Q A; 2BTF A; 3LDN A; 4H0T B; 3SBT A; 4BC4 A; 2FLO A; 4BRD A; 4GV3 A; 1XUP O; 2F7T A; 1QQM A; 1NK0 A; 4YOU A; 1T6C A; 4IKF A; 3ITH A; 3VQ9 A; 1I39 A; 3HI0 A; 4A62 A; 4DUY K; 2W42 A; 1NWK A; 1OKJ A; 4Z4E A; 1CLQ A; 4KH6 A; 5HRP A; 3ZT4 A; 1VQK N; 5AFU H; 1ZXO A; 2O8D B; 1BI4 A; 4M3R A; 3KLI A; 5SZT A; 1HNW K; 4IWV A; 4FM0 A; 2ZQB A; 5C10 A; 1MWM A; 4JD2 A; 3DLG A; 2IIR A; 1LWC A; 4ISE A; 4LF9 K; 3CQX A; 4F3O A; 1X1P A; 3H46 O; 3VMF B; 1ATS A; 5AQI A; 3NDK A; 3IFR A; 4J2B A; 5KGW A; 4QAG A; 1SAZ A; 3OW2 M; 1WAF A; 1NK8 A; 4IDK A; 4CIE A; 4G1Q A; 3ZEU A; 3CCE N; 4DQI A; 1ASU A; 4KKO A; 1IBM K; 4FK0 A; 5IT9 O; 5E84 A; 4YOR A; 3QDK A; 5CY4 A; 3M3Z A; 1SKR A; 1ESV A; 4B9V A; 4RG8 A; 3QER A; 1BWF O; 1FKP A; 1FJG K; 2KQ2 A; 3PIP L; 4DQP A; 3CQY A; 3M8R A; 3HSC A; 1S1T A; 4LF6 K; 1OVQ A; 1Z26 A; 1JXE A; 1N8R O; 5BN8 A; 4U7B A; 2A3Z A; 3KLH A; 4DKW A; 5KRT A; 3NH2 A; 4M3Z A; 4HTL A; 1OVY A; 4GNI A; 4BWM A; 3H1Q A; 1SS6 A; 4CJW A; 3LP0 A; 1LWF A; 4JI4 K; 1IG8 A; 1HMV A; 2HF4 A; 3KK3 A; 2P9I A; 4CI6 A; 1A5X A; 2WC9 A; 4RTF D; 1SL1 A; 3L2R A; 3C95 A; 1U2V A; 2RKI A; 2E2Q A; 5AZI B; 3BP8 A; 2YCH A; 2OYQ A; 3ZSQ A; 2FSJ A; 4K43 A; 3KK1 A; 2B4J A; 4B9S A; 3CFP A; 4N56 A; 5C15 A; 4CHN A; 3NH0 A; 4DTM A; 1VHX A; 2F9W A; 4HUE A; 2F8S A; 4FWL A; 3K9J A; 1HNZ K; 2HF3 A; 4WQ4 A; 4OVL A; 4DU3 A; 4CJU A; 4LY7 A; 2CGK A; 4YDU A; 2I7P A; 3LPU A; 4H4M A; 4CBX A; 1BU6 O; 1LW0 A; 3WXI A; 5GAE P; 2Y1I A; 3MN6 A; 4C1N I; 1WSE A; 4AHT A; 1TV6 A; 1NMN A; 4CHZ A; 4YOV A; 1EWR A; 4BR5 A; 1S3X A; 4IOX A; 5AQH A; 1R59 O; 2ZJR L; 1X9J A; 3MX2 A; 4ELT A; 2O4I A; 3QML A; 2UU9 K; 1JLG A; 1HKB A; 3VEV A; 3DLR A; 4CJ3 A; 4LFC K; 3TTF A; 4I9L A; 1K8A O; 3FZM A; 5J1E A; 5EU7 A; 2ZWH A; 3FZH A; 4E1J A; 2NNW A; 3RR8 A; 3SI6 A; 1J6Z A; 3NF7 A; 1NJI O; 1XNQ K; 1BIZ A; 1EWQ A; 4BR7 A; 4C8N A; 4DS4 A; 2P9K A; 3I0R A; 3S3N A; 1YJN N; 4DV2 K; 4GW6 A; 3H6E A; 4KI4 A; 3TSU A; 4KV8 A; 1ILY A; 4NCA A; 5AQM A; 3W3D A; 4K41 A; 5I3U A; 4IOC L; 4JI2 K; 3T19 A; 3LAM A; 3MX5 A; 4BRH A; 1BA0 A; 4DSE A; 3NMU A; 5CHI A; 1BOT O; 2V7Y A; 1DTT A; 2JLE A; 4YOT A; 3N4P A; 3CXC M; 2G8H A; 3HOT A; 3TAR A; 2E1Z A; 4GMJ B; 1X3N A; 4FCY A; 1V4T A; 3QFU A; 3DOK A; 3EZ5 A; 5AZJ A; 4MDA A; 2NRT A; 3CF5 L; 3OYF A; 4M42 A; 3OYC A; 4XH5 A; 4CJ7 A; 3GOI A; 3ZLJ A; 3AVJ A; 3NVM A; 4JYA K; 4IO9 L; 4BVO A; 4BWJ A; 4CJR A; 2V7Z A; 2D0C A; 1W97 L; 3VQB A; 1HKG A; 4NYF A; 2ZF5 O; 3LAN A; 4ZHR A; 1HKC A; 4AM6 A; 1RDA A; 2Q2R A; 2NUB A; 4NYN A; 2KFN A; 1RDD A; 5CE3 A; 1XI1 A; 1SKW A; 1RBV A; 5F2R A; 3CMA N; 2OAN A; 3CIP A; 4IG0 A; 4FLT A; 4BR4 A; 3RR7 A; 2D0P A; 2NRZ A; 1TK0 A; 4IFY A; 3CCM N; 1RDB A; 1S6Q A; 5FPE A; 4E19 A; 3GDQ A; 4CGJ A; 1BG3 A; 1S9G A; 1NGB A; 4CFA A; 3D2E B; 3OVN A; 4CGF A; 3G71 N; 5M1F A; 1IO2 A; 1BCM A; 1XQS C; 4B1V A; 4K25 A; 4O0I A; 3L8B A; 2P9P A; 3FFK B; 1J5O A; 2RE2 A; 3CJ9 A; 1YJW N; 4B9Q A; 4W5T A; 3WNE A; 4IXC A; 4U67 L; 4AHU A; 3TWH A; 1NK5 A; 3UKR B; 2Q36 A; 2WON A; 1NKE A; 2OTL N; 4L8R B; 4CER A; 3E01 A; 1VQ4 N; 4CJ5 A; 1KQS M; 2UXB K; 2WTU A; 3SYZ A; 3J80 O; 3ZT0 A; 3VEY A; 2CH6 A; 1NOY A; 1K8K B; 1KSP A; 4C23 A; 1E4F T; 3CFO A; 1GLE G; 2RF2 A; 4XIU A; 3P39 A; 5JIC A; 3SAF A; 4FWR A; 3OS1 A; 3BF3 A; 5AQJ A; 3OTO K; 3CM5 A; 3EZW A; 3OHR A; 1DKG D; 3VQ4 A; 3WXK A; 4FK2 A; 3WXL A; 3HK2 A; 3TPQ A; 1VSF A; 4M45 A; 4PUO A; 4Q0B A; 4Q5V A; 4KHY A; 3OYN A; 1D9D A; 5KGX A; 4H5T A; 5C2D A; 4JK7 A; 3QIN A; 1S9E A; 4CBU A; 3CPE A; 3J81 O; 1IKX A; 1KVC A; 2GEM A; 1Q86 O; 2WFB A; 4FWK A; 1JL1 A; 3TSQ A; 2I5J A; 1IKW A; 3SJJ A; 2R7Y A; 1NJY A; 1RTH A; 1RNH A; 3IKM A; 5TKY A; 3RMD A; 4E1M A; 5KPT A; 3NHG A; 2HHH K; 3VET A; 1QQO A; 3OYM A; 2O8E B; 5JMV A; 1K6Y A; 1KTQ A; 3F5T A; 4CJF A; 3ZX3 A; 4CEB A; 4CIG A; 2BDP A; 1ZBL A; 2X74 A; 3DXM B; 1RCH A; 2HST A; 1UA1 A; 3WQT A; 1CZA N; 4DU1 A; 3KWI A; 4M3T A; 4BRE A; 4ISG A; 2W6K A; 1Q9Y A; 3V1Q A; 3O1B A; 3SQ2 A; 5FDL A; 3K2P A; 3E9O A; 3BEX A; 5J2N A; 2A42 A; 1KCF A; 1TK8 A; 2YNH A; 1WLJ A; 3CQ8 A; 4FLX A; 3IAY A; 4FZX C; 4LF8 K; 4JAX A; 2Q1N A; 1D9F A; 2CGJ A; 2QTD A; 3LL3 A; 3OBY A; 4B3S K; 4NLB A; 3K0S A; 4B3T K; 3THY B; 4FJN A; 1VK0 A; 4CF1 A; 3AGR A; 1T05 A; 3AVA A; 4I2P A; 2UUC K; 3DRP A; 3SUN A; 4E7J A; 1Q81 O; 3L2W A; 2HW3 A; 3MDQ A; 4CGI A; 5GAD P; 4KHW A; 4WFA L; 3AAP A; 1GLC G; 3AA2 A; 3IMX A; 1HR0 K; 4CJE A; 2DPN A; 3G10 A; 3TI0 A; 3QEV A; 1C0M A; 5M1Q A; 5TKW A; 1JKH A; 1OH8 A; 4F2S A; 3M8S A; 3VES A; 1VQ5 N; 1HNI A; 3SV4 A; 3KLF A; 4OLA A; 3AV9 A; 1XMQ K; 4DV5 K; 3KKS A; 2E4L A; 5MLC Q; 4LC9 B; 3QEX A; 4X65 K; 4KB0 A; 2UUA K; 1YF5 L; 5LL6 Z; 3LPT A; 3D0P A; 3BDP A; 2OZM A; 1RT5 A; 5B8H A; 2IAJ A; 2GX9 A; 3J7Y P; 4CHQ A; 2FBV A; 4JNE A; 2UUB K; 2Q0R A; 1HQU A; 3OA9 A; 5EX5 A; 3VEX A; 3MMV A; 4KH5 A; 3V1O A; 3OS2 A; 1L5U A; 2FBX A; 3FZK A; 3VEZ A; 2G8F A; 2E8A A; 1XC3 A; 4BDZ A; 3QIP A; 2OPS A; 1IG9 A; 3AA4 A; 3SLC A; 4FLZ A; 3WNG A; 1TKD A; 4CJV A; 2V52 B; 3AVH A; 1NJW A; 1KAX A; 3O4N A; 3E9P A; 2Q31 A; 4LF7 K; 1NU0 A; 5ADX A; 1KVB A; 5BRD A; 2WUS A; 2PYL A; 4QS8 A; 1JCF A; 3TAN A; 4ELV A; 1GOB A; 3VTI A; 4CE9 A; 3V6D A; 2OPR A; 4FWN A; 2E2P A; 2Z1G A; 4B9U A; 4RW6 A; 1QVG M; 2A1S A; 3DLE A; 2O8F B; 3HVT A; 3O3F A; 3VQ8 A; 4I9Q A; 4NLC A; 1U48 A; 2YJE A; 3OJU A; 3HP6 A; 4OKE A; 1SQK A; 5DMR A; 4B3R K; 4BE2 A; 1JLE A; 5FRN A; 3FFI A; 4CEC A; 3UKR A; 4CF9 A; 5JVG L; 1BUP A; 3BF1 A; 5K14 A; 3AO1 A; 3VA0 A; 3THX A; 1LAV A; 1XHZ A; 1XWL A; 4DQR A; 2HVH A; 4JHD A; 4G9Z A; 3MED A; 3QBX A; 2Q3S A; 2NRH A; 3PX0 A; 1EP4 A; 1K8K A; 1C0U A; 1ZBF A; 4FO0 A; 3CJ7 A; 4BRN A; 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4IG3 A; 3J7Z O; 4H4O A; 1TL3 A; 1QE1 A; 3QO9 A; 1FK9 A; 4H0X B; 4X62 K; 3THY A; 3CJC A; 2ZGZ A; 4FLY A; 2PZS A; 4MO5 A; 3TU5 A; 4FWP A; 3T1A A; 1Y64 A; 1S22 A; 1YHQ N; 4DSJ A; 4BQZ A; 1J53 A; 4KI6 A; 3ULD A; 4IEE A; 4NB4 A; 3VQD A; 4CF2 A; 3OYD A; 3H3N O; 4CEQ A; 3FE1 A; 1VQP N; 3RMA A; 3T3F A; 1UOC A; 1RDC A; 1W7A A; 4F8R A; 5E26 A; 3R1X A; 3LAK A; 4FW2 A; 1ZBU A; 5J2M A; 2KW4 A; 5EVZ A; 2P5O A; 3MWP A; 4O0J A; 1HYV A; 3KD1 E; 5M1P A; 1RBR A; 4KTZ A; 2D5R A; 1WBD A; 3THW B; 4BC3 A; 3EY1 A; 5AQF A; 2HHX A; 1N34 K; 5BN9 A; 3K57 A; 1QSS A; 4YY3 K; 3KHY A; 2RHK A; 3VQA A; 3VQC A; 1NG9 A; 2GTD A; 4FJI A; 4O44 A; 4BRA A; 2XY5 A; 4FJ7 A; 3QEI A; 4EZ6 A; 5LY3 A; 3PSF A; 1MA9 B; 2A6A A; 3K58 A; 2IS3 A; 1U45 A; 4ILH A; 5DM6 L; 4JK8 A; 3T7Z A; 3DAW A; 2YHX A; 4B3M K; 3ZSO A; 1Z25 A; 1BDG A; 4IDH A; 3UB5 A; 2HBK A; 3QEW A; 4BRI A; 3ZSW A; 2PYJ A; 5M1O A; 3AAR A; 5JLF A; 4OPK A; 3GL1 A; 3BGR A; 3CD6 N; 3C6H A; 4N47 A; 3K5O A; 1KAZ A; 1WOQ A; 1YTU A; 3AO2 A; 1MWK A; 4W5O A; 4ILJ A; 2HB5 A; 3CHW A; 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