1VQLN

The structure of the transition state analogue "dcsn" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqlN00
1YHQN 3CCQN 1M1KO 1VQLN 1N8RO 4UY8O 3OW2M 1QVGM 1VQ9N 3CPWM 1Q86O 1M90O 1VQ6N 1VQPN 3G6EN 3CF5L 4IOAL 1VQ8N 3J7ZO 2OTLN 2QEXN 1Q82O 1K9MO 3DLLL 1K73O 3CMEN 4WF9L 5JVGL 2ZJQL 4WFBL 1Q81O 3CD6N 1S72N 1W2BM 1YIJN 3G71N 5GAGP 3CXCM 1YJ9N 1K8AO 2QA4N 3CCRN 3I56N 1ILYA 1VQON 5GADP 3CCMN 1NJIO 3CC7N 3PIPL 5GAEP 5GAHP 5HL7L 1VQ7N 5JVHL 3G4SN 4IO9L 1YJNN 2ZJRL 1YJWN 1Q7YO 1JJ2M 3CCSN 1VQNN 2OTJN 2ZJPL 1VQMN 1OVYA 4WFNL 3I55N 3CCUN 3CCLN 3PIOL 3CCEN 5MLCQ 4WCEL 3CC2N 5H1SQ 5DM6L 3CMAN 1KC8O 1YI2N 3CCJN 3CC4N 1VQ5N 1VQ4N 1KQSM 1QVFM 1KD1O 3CCVN 5DM7L 1VQKN 4U67L 4IOCL 4WFAL 1YITN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6CA 4C8MA 4CGFA 3MEEA 2VCPA 4LF5K 3SV4A 1VSHA 2B5JA 3CM5A 3QETA 1BIZA 4M3ZA 2D0CA 3AA3A 4E89A 1GLLO 3WQTA 1ZBSA 3DXMA 5BPLA 4QCLA 2B6AA 1VSJA 4H03B 4H0XB 4PKIA 4DTSA 5I9EB 3C7NA 3KHYA 4O8UA 2F4VK 2IS3A 1L3VA 4CHNA 3THYB 4R5PA 4OPJA 2FC0A 3AVFA 4DFJA 4A62A 4L3QA 1S72N 2D0BA 3G71N 1S1WA 4BVPA 2ZD1A 2GUIA 3L3UA 5T7BA 4KHPK 3HOSA 2HMIA 4ILGB 4FWQA 4IZ9A 2P9PB 3MWPA 1XC9A 4EHUA 4CF2A 1JCGA 3EE8A 5GAEP 3KKRA 3SQ2A 1MWMA 4Z4GA 4H4OA 4FWSA 3F2KA 1HQUA 3LAMA 4BC4A 3BZCA 3P1GA 4PHTX 2VWBA 2WFBA 5AQYA 1RDDA 3MX5A 1NGJA 2RHKA 4B3MK 4CHQA 1RGIA 2HHHK 1U2VA 4FLWA 4BG9A 1KTQA 3EY1A 4OLBA 1OH6A 1TYQA 4F4KA 3PX0A 4Z4CA 2E1YA 1ASWA 3ASMA 3CJAA 3AVBA 1QQNA 3UKUB 3F5TA 4BE0A 4HUEA 1X9SA 1X9MA 3J7YP 1Z6RA 1RNHA 3M3ZA 1T7PA 1RDCA 4M41A 5EOYA 5AZIB 2BE2A 4A59A 5HRSA 3KK7A 2Z1JA 1X9JA 2RKIA 1NGEA 3AO5A 2FF3B 3HVRA 2VWJA 1IBMK 3VEYA 4C8OA 1VQ9N 5HP1A 1NK4A 1L3UA 5HLFA 4M7XA 1VQPN 1SV5A 3TSUA 4K8XA 3DYAA 3E9OA 2NRVA 4CJVA 4GW6A 4IOXA 5M1KA 1K73O 3SV3A 2YHYA 4X64K 2Q1NA 1ASUA 1L5UA 3V1RA 3VERA 4PQUA 3HM9A 5KI6A 2PZSA 4FJHA 3VQ6A 1YTAA 4CZEA 1K8AO 4FK0A 1EX4A 4KTZA 2O4GA 3CM6A 4BREA 4K25A 3E01A 1U4BA 4LD0A 1JLFA 4JKFA 2FF6A 4DG1A 4IWVA 1T6DA 3AVIA 2OTJN 3VF2A 3DLRA 3ZCMA 3QB0A 3SMSA 1HR0K 1QQOA 2VG7A 3ZT1A 2PY5A 4B8CA 3ULEB 4FM1A 3G0ZA 3ZSVA 4YNQA 4BC2A 1O1WA 4DV7K 3SUPA 4JKEA 2CGKA 1ASVA 3KLGA 1WSJA 1RDUA 3NVMA 4DKWA 2PYLA 3MN5A 3J81O 5EVZA 3TANA 4DB3A 4J8FA 1JLQA 4B9SA 4B1XB 5DM7L 4JAXA 4YDUA 4CJ3A 1TKXA 5SZTA 3VGMA 3OY9A 1Y97A 1TK8A 2P9UB 2FLOA 1SQKA 3IUCA 1JLCA 1NWKA 4Y0WA 1NK7A 1SL1A 4DQIA 3DXKA 2ASMA 1L3SA 4A61A 3ZSXA 4YOXA 2AP1A 3CPWM 3I0SA 4BR7A 1VQ6N 1TK5A 3CF5L 4CW7B 4IOAL 3NBPA 1CZ9A 2PBDA 2QEXN 1N32K 1ZXOA 3GDQA 5AZJA 2E5LK 3U9ZA 4FSVA 4JHDB 4CJWA 4WF9L 1VSEA 4Y1CA 3NH2A 5JVGL 4FLXA 4EZ9A 1SUQA 1HJOA 1OH5A 4BDYA 3RMAA 3KVGA 2NRWA 3KWIA 1EQYA 3TAEA 4BR2A 3W0LA 3BY5A 5J2QA 3ZX0A 3CYMA 1T3VA 4PL7A 4B1YB 3JAMO 1QE1A 5DMRA 2O8BB 5KPZA 3C95A 4DTMA 3G10A 1Y64A 1WSGA 4DUYK 3H3NO 3L0QA 4XH1A 4IEEA 3K5MA 1Q7YO 1YJWN 3EZWA 4DUZK 4LFCK 1HYSA 1FW6A 3DLKA 3WXKA 3MK6A 1JKHA 4K43A 3I55N 3L2VA 1HNWK 4FZYA 4FLUA 2ASPA 4BRFA 2Y1JA 3J80O 4WCEL 3OYAA 1SZ2A 3CC2N 4BY9C 5C2FA 3NDKA 4FLTA 2KKZA 3VA0A 4ELVA 4CF9A 1JL1A 1NKCA 4CJTA 1YI2N 3HXMA 5CZ2A 1KQSM 4CEQA 4IDKA 2IOCA 2UU9K 2X6NA 2IC3A 1YTUA 1KD1O 1KAYA 4ID5A 2Q31A 1NJWA 3O9QA 1JLEA 3LL3A 5AQQA 3VQ7A 3U3GA 3ZT2A 3MEDA 3AVHA 5KPTA 5C10A 4B9QA 3D2FB 2G8IA 3C6UA 3O3GA 4H5WA 4B9MA 2ZF5O 4PKGA 4EZ6A 2P5OA 1EKEA 3CETA 3O1BA 1HYZA 2Z1IA 1GOBA 1NJYA 2XRIA 3TU5A 5JLHA 4ISFA 4JKHA 4CIGA 4BRPA 3HP9A 1RFQA 1J6ZA 1H1VA 1IJJA 2G8FA 1Q9XA 3ALYA 5J2NA 4MFBA 3TAQA 3IMXA 2GUPA 3A2FA 3VQ8A 4IEIA 2E4LA 4EIAA 4BGBA 2YHXA 5AQHA 3NGZA 3U8XA 3I8BA 4I9LA 3LDNA 1G99A 3K5LA 5AQTA 1JCFA 1BISA 1NGBA 1Q18A 4FVUA 3KIOA 4QOZB 4LF8K 4RW8A 2YCHA 5AQGA 2QA4N 1LWCA 1W0HA 4BR5A 2IVNA 1HLUA 2HNDA 3KD1E 5GAHP 3V6DA 5HL7L 2P9IA 4M3UA 2IVPA 5AQFA 4BQLA 4KB0A 4C8NA 1WBBA 1SAZA 5HRRA 1ZYQA 4RTFD 2UYTA 4CF8A 3E1YA 5E26A 5BRDA 2O8DB 4BDZA 4LY7A 2BTFA 2HNZA 3HOTA 1U47A 3A5LC 2G8HA 1DGKN 4DF8A 4YORA 4JI3K 5AQXA 2G8VA 3LP2A 4CJQA 5BN9A 4JKAA 4WQ4C 3CMAN 3AVMA 1TKTA 5HRNA 4CK3A 4CF1A 1KLMA 1YF5L 4IJAA 4JLHA 4CI6A 3K5NA 3AVJA 4E1MA 2RPIA 3RTVA 4K41A 3SBTA 4ZTFA 3AGRA 2VG6A 3Q7CA 5AJ3K 1S1VA 2ZGYA 3TSQA 2VQFK 1T03A 1X3MA 3CG7A 4ZHRA 1KLNA 1BA1A 3P31A 1C0TA 4Z4HA 3U9DA 4CEBA 4WQ5C 1WSEA 1LOTB 4FOIA 5HOOA 1RBUA 3LP1A 3K57A 2FBXA 5C2DA 3WXMB 2NLXA 3OYMA 3H1QA 4CZKA 2GEMA 5AQNA 1XHXA 1C6VA 1HYVA 3WXLA 2HHTA 4YOUA 4OGEA 4KH5A 2O4IA 2UUCK 3MCAB 2FXUA 3L4IA 1Q81O 4CZLA 3CD6N 3HO1A 4KHNA 1LV5A 2HVIA 4FOEA 1KVCA 3T19A 4FL9A 2HF3A 3CCRN 3CC7N 2ETJA 3DI6A 3VQQA 4EHTA 1N36K 3O4WA 1ATNA 3VMFB 2E6MA 4CHZA 3DLHA 4H0TB 2F9WA 4QS8A 1RT4A 1QQMA 5M1PA 4CEDA 4Q5VA 1XMQK 4F2SA 2KZZA 2P9LA 4BRNA 3KJVA 1HKCA 2FBVA 4CJ4A 5KRSA 3HPOA 3WXJA 1Q9YA 4E0DA 4B1UB 3SLCA 2QK9A 3L2QA 1WN7A 5JICA 2KLAA 4H5TA 2D0PA 5AQOA 4JI6K 1J9AA 4J2BA 4Z4IA 4QS9A 3ZX2A 4GNIA 2B4JA 3MWTA 4FWKA 1S5JA 1U48A 2HHSA 3RMDA 2OZSA 2XY5A 4FK4A 1NK8A 1NU0A 4JI1K 4O44A 4DR2K 3F73A 3M1FA 5AZJB 4N5SA 5FPEA 4GY2B 4BG8A 1HX1A 1HKGA 4HCCA 4NYFA 1X3NA 1HUXA 4O0IA 2HW3A 3SPYA 3BF3A 4LC9B 4O5FA 4E1NA 3EYZA 4B1WB 1WSIA 2IGIA 1NMDA 1JXEA 3K5OA 4CFDA 1YITN 4E7KA 1LAWA 2E2QA 1QQCA 2FSJA 4ISGA 2O8EA 2X6SA 4BRGA 4CECA 3RSEA 3ISNC 1BIUA 4AHUA 3SZ2A 2ITMA 4DTRA 3TARA 3WXIA 1K8KB 4NO7A 1JLAA 3N4PA 1M90O 2YJEA 3VEVA 4AH9A 4ILHA 5JMVA 4YOYA 5GIPA 5CR4A 1K9MO 4DTXA 4MO4A 3DLLL 2CH6A 3D2EB 3GG4A 3WNFA 4A5BA 1ATSA 2ZJQL 4DTJA 1UA1A 5FPDA 3GBTA 3QBWA 3CJBA 1XUPO 5GAGP 3OYDA 4DV3K 4ELUA 4H0VB 2P9KB 2GBZA 2ZGZA 4FWNA 3I56N 1ILYA 1NGCA 3VQPA 3PIPL 3O08A 4BRAA 4FPAA 4B08A 1RBTA 3MN9A 3CERA 4JD2A 4DLGA 3SQ4A 3UE5A 2Z1GA 4OLAA 2E20A 3UKRA 5JVHL 2YX6A 4BROA 2HOEA 4X65K 4HUFA 4FWRA 4G1QA 1JJ2M 5CYMA 2BH1A 2ATQA 1T44A 4XH4A 1J5EK 3TPQA 3EEQA 4KTQA 2W40A 4M63C 5KTQA 4FZZA 3FLCO 1KVBA 3KK2A 1KAXA 3HSTB 2YNHA 3AY9A 3TTCA 3F9KA 4BRQA 4QS7A 3HT3A 3RMBA 1GLJO 5E84A 3FFIA 3AO4A 1IBKK 2W6LA 3OYNA 1U04A 3WT0A 3THXB 1RDWX 1VAZA 3TAMA 4CFAA 4DR4K 2VYPA 3AVKA 4BE1A 1HNIA 5M1QA 4FJ7A 4B9NA 3D6RA 4O4GA 3AV9A 4IDHA 5C0YA 1IH7A 3Q7BA 4H0PA 4JI0K 1RDAA 2F9TA 2P9SB 3D0PA 2NNWA 2HF4A 1M1KO 2Q0RA 4JS5A 4BACA 5K14A 1C0FA 3ULDA 5KRTA 3HJFA 1IO2A 2OPSA 1R59O 1VSKA 2QW9A 4C23A 4H5RA 3V9XA 2P51A 2EWSA 4W5QA 1IG9A 1EXQA 1KFDA 4DV2K 4WQ4A 4LF7K 1Q8IA 3WEEA 3B6PA 2A42A 1OVQA 3QEPA 3CXCM 3LDLA 5CE3A 3VQAA 3C94A 1KAZA 1JLBA 4FJGA 4PKHA 1REVA 4CEEA 1VSDA 4M3YA 1NK5A 3KWGA 2XO7A 3L8BA 3NF7A 1NG9A 4DTOA 2O8FB 4DU3A 4PL8A 3VEOA 2BUPA 4NXMK 1S3XA 3VQDA 4CVNE 2FBYA 2P1JA 4QAGA 2CGJA 3PX4A 2GX9A 4IO9L 4WQ5A 3SAFA 4LH5A 5TKWA 3OYCA 2W42A 1SL2A 3CJ1A 1U49A 4CGJA 2QI2A 3HP6A 3NF8A 5LL6Z 3B8AX 3T3FA 3AARA 3MXJA 1WLJA 5C15A 4JI8K 1ITGA 4LSLA 4H0YB 3MXIA 3M8SA 1KRPA 1I94K 4KHWA 1WAJA 1J5OA 4KHQA 4E3SA 3QEWA 3KLHA 4KHUA 1J54A 4AHVA 2WOMA 4AM6A 2AJQA 1T05A 1VQ4N 4JKCA 1OH8A 1HMVA 3I8DA 4CEOA 4DHYA 1C0MA 4N41A 3AA2A 3LDSA 2F96A 2UXDK 1LAVA 1HQEA 2NZTA 1LWEA 4OKJA 1BQNA 3FZLA 4FM2A 4X62K 4O8KA 4AHSA 4CHPA 4OPKA 4CK2A 4CZIA 4YHHK 1F21A 2UUBK 3ENOA 5CZ1A 2P9LB 3GOIA 1BL3A 1TUYA 4DV6K 4CZJA 4HCBA 1UAXA 1NGIA 3C6HA 1GLEG 3SAHA 3AVAA 4F2RA 1XC3A 2P5GA 3U4LA 3CQ8A 4H0OA 2OPRA 3ZT0A 3O6WA 3HM8A 2HHXA 3C65A 5LJVA 3ZEUB 4M3XA 5AQZA 2WBNA 3QBXA 1CZBA 4N56A 1Z26A 2O8CA 3E66A 2ASOA 4XH5A 3ENBA 1XMOK 3ZETA 4FZXC 1SKWA 4BQZA 3AVNA 3P83D 3DLBA 4KH4A 3HTVA 4CZGA 4DV5K 1EWRA 4DTPA 2P9NB 3HPGA 2D5RA 1VQNN 2IDOA 3CJCA 1BWFO 4E7LA 2A41A 4B1ZA 1ESVA 1LW2A 4N76A 3OYJA 4AM7A 4BWMA 2WONA 1CXUA 3DOKA 4OPHA 3VQ5A 4DSFA 4CIFA 3D45A 1DTTA 3M6GA 3L2RA 1QHTA 2F7TA 2UXBK 2NRRA 3PSIA 4HWIA 2E2NA 3DOLA 4CEFA 4CHOA 4CIEA 3JSMA 3AAPA 3SPZA 1TUUA 3V9SA 2I7PA 5HROA 3DRSA 1RILA 3AO1A 1IKYA 4U67L 1HPMA 3NAEA 3V81A 1ZBFA 3OYHA 3DXMB 3FFKB 3EKSA 4BDPA 1HKBA 3HI0A 3S3MA 2OCEA 3OBWA 4FJMA 3NE6A 4JD2B 2IIRA 4FJ5A 3C7NB 1GLDG 4UY8O 3MCPA 3OW2M 4DSIA 3ATVA 1NKBA 2GELA 2V7YA 3UKRB 3C0BA 5ADXH 2OTLN 3FGUA 2QXLA 2VG5A 1TVRA 5BRFA 2XHBA 4BRMA 4GVMA 3SCXA 4JEPA 2YJFA 4W5OA 3P38A 1BU6O 4HVJA 1IKWA 4JS4A 2ITGA 4CJSA 4FJNA 1NGAA 2YNGA 1YXQA 3CI5A 3VEWA 4DTNA 4JK9A 2QWPA 3IAYA 2KFNA 3AO3A 3ID6A 3THYA 3L2UA 2F8TA 1KXPA 3H45C 4BC3A 1VQON 1LCUA 3DMJA 1N6QA 4AHRA 3OS0A 3I0RA 1U2VB 3OS2A 3PLAA 4GKKK 2HHUA 4HHTA 3C6AA 1Z05A 1OH7A 1LW0A 1TYQB 3THWA 4DFKA 4ICLA 4CF0A 1W9HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 1YHQ N;  3CCQ N;  1M1K O;  1VQL N;  1N8R O;  4UY8 O;  3OW2 M;  1QVG M;  1VQ9 N;  3CPW M;  1Q86 O;  1M90 O;  1VQ6 N;  1VQP N;  3G6E N;  3CF5 L;  4IOA L;  1VQ8 N;  3J7Z O;  2OTL N;  2QEX N;  1Q82 O;  1K9M O;  3DLL L;  1K73 O;  3CME N;  4WF9 L;  5JVG L;  2ZJQ L;  4WFB L;  1Q81 O;  3CD6 N;  1S72 N;  1W2B M;  1YIJ N;  3G71 N;  5GAG P;  3CXC M;  1YJ9 N;  1K8A O;  2QA4 N;  3CCR N;  3I56 N;  1ILY A;  1VQO N;  5GAD P;  3CCM N;  1NJI O;  3CC7 N;  3PIP L;  5GAE P;  5GAH P;  5HL7 L;  1VQ7 N;  5JVH L;  3G4S N;  4IO9 L;  1YJN N;  2ZJR L;  1YJW N;  1Q7Y O;  1JJ2 M;  3CCS N;  1VQN N;  2OTJ N;  2ZJP L;  1VQM N;  1OVY A;  4WFN L;  3I55 N;  3CCU N;  3CCL N;  3PIO L;  3CCE N;  5MLC Q;  4WCE L;  3CC2 N;  5H1S Q;  5DM6 L;  3CMA N;  1KC8 O;  1YI2 N;  3CCJ N;  3CC4 N;  1VQ5 N;  1VQ4 N;  1KQS M;  1QVF M;  1KD1 O;  3CCV N;  5DM7 L;  1VQK N;  4U67 L;  4IOC L;  4WFA L;  1YIT N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T6C A;  4C8M A;  4CGF A;  3MEE A;  2VCP A;  4LF5 K;  3SV4 A;  1VSH A;  2B5J A;  3CM5 A;  3QET A;  1BIZ A;  4M3Z A;  2D0C A;  3AA3 A;  4E89 A;  1GLL O;  3WQT A;  1ZBS A;  3DXM A;  5BPL A;  4QCL A;  2B6A A;  1VSJ A;  4H03 B;  4H0X B;  4PKI A;  4DTS A;  5I9E B;  3C7N A;  3KHY A;  4O8U A;  2F4V K;  2IS3 A;  1L3V A;  4CHN A;  3THY B;  4R5P A;  4OPJ A;  2FC0 A;  3AVF A;  4DFJ A;  4A62 A;  4L3Q A;  1S72 N;  2D0B A;  3G71 N;  1S1W A;  4BVP A;  2ZD1 A;  2GUI A;  3L3U A;  5T7B A;  4KHP K;  3HOS A;  2HMI A;  4ILG B;  4FWQ A;  4IZ9 A;  2P9P B;  3MWP A;  1XC9 A;  4EHU A;  4CF2 A;  1JCG A;  3EE8 A;  5GAE P;  3KKR A;  3SQ2 A;  1MWM A;  4Z4G A;  4H4O A;  4FWS A;  3F2K A;  1HQU A;  3LAM A;  4BC4 A;  3BZC A;  3P1G A;  4PHT X;  2VWB A;  2WFB A;  5AQY A;  1RDD A;  3MX5 A;  1NGJ A;  2RHK A;  4B3M K;  4CHQ A;  1RGI A;  2HHH K;  1U2V A;  4FLW A;  4BG9 A;  1KTQ A;  3EY1 A;  4OLB A;  1OH6 A;  1TYQ A;  4F4K A;  3PX0 A;  4Z4C A;  2E1Y A;  1ASW A;  3ASM A;  3CJA A;  3AVB A;  1QQN A;  3UKU B;  3F5T A;  4BE0 A;  4HUE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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