4PKGA

Complex of atp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 124
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkgA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkgA04
1WOQA 3QFPA 3O1BA 3C0BA 3U9DA 2D0OA 4BRGA 3J8AA 1H1VA 1S22A 5AQVA 3CJBA 1QHAA 1BG3A 1NLVA 2E1YA 4RCHA 4H5NA 4B1VA 1OKJA 1TYQA 3VEOA 2F9TA 4MLEA 4GY2B 1NGBA 2P9IA 4Z94A 2P9SB 3FGUA 2V7ZA 4H0XB 3S41A 2EWSA 2QXLA 3SK3A 4H0TB 1HX1A 4CI6A 3VERA 1C0GA 1GLDG 3IUCA 3RSEA 3ZETB 3L0QA 1QZ6A 3ENOA 4PKGA 4E1JA 3QFUA 2W41A 1RDWX 3A5NC 3DXKB 3FZFA 1C0FA 2FLOA 4BRAA 5ADXH 4K41A 2A3ZA 2WUSA 3QMLA 3LM2A 1KXPA 2P9LA 2YCHA 4WQ5C 2A40A 1DKGD 3D7EO 3EO3A 4A62A 2QWLA 4BR4A 2GWKA 4XH4A 1NM1A 2P9PB 3O08A 1SZ2A 3EKSA 3CQXA 3ENHA 3LDQA 2Q0RA 4BRLA 4O5FA 3WEEB 1SAZA 4BRCA 3EKUA 1HKGA 4XEIA 4CZGA 4DQ8A 3ZX0A 4B1XB 3ZEUB 2PBDA 4IJNA 3QICA 4HTLA 4BRMA 4FPBA 3CJ9A 4FSVA 4WQ4C 4BC4A 5AQNA 4JHDA 3H3OB 3AY9A 4BC2A 5BRDA 1T6CA 2A42A 4L3QA 4GNIA 5AZIA 3EL2A 3SMPA 3C7NB 2E20A 2ITMA 2HF4A 3KHYA 1XUPO 4WQ5A 1QQNA 3MCPA 3ZX2A 1U2VB 1DEJA 1QZ5A 1ATRA 3LDLA 4H5WA 4HWIA 2PAVA 1NGDA 5AQMA 1Z05A 3GL1A 4B1WB 3TU5A 1LOTB 1NBWA 5E84A 5BR9A 1NGGA 1GLAG 3AARA 3UKRA 3H3NO 4XH1A 1ATSA 1NGCA 3WXIA 2YJFA 4BR0A 4BRFA 4B1YB 5I9EB 1GLFO 5AQUA 5BPLA 2YHXA 1QQMA 3BUZB 2W40A 4FWNA 1DGKN 4O8KA 3VESA 2QWOA 2IVNA 2ZWHA 2CH5A 1BU6O 2E2QA 3QBXA 3A5MC 4JD2B 3VGLA 4WQ4A 3WQUA 3HM8A 2NZTA 4I6MA 2F9WA 2CGJA 4FO0A 5F2RA 3CHWA 1GLLO 1NGEA 4H03B 3EZWA 2BUPA 5F0XA 4J8FA 3VF6A 4H5TA 3HTVA 4BGBA 1CZAN 3JXUA 3QB0A 5AQFA 3WT0A 3LL3A 3LDOA 4EAHD 1HKCA 2GELA 3VGKA 2AP1A 4ISFA 4FWRA 5AFUH 3VEZA 4H0YB 3WUHA 4JNEA 1E4GT 2E1ZA 4PKIA 3ULEA 3UKUA 2GUPA 3KVGA 5BRFA 3VOVA 2GTDA 3ATVA 2QWPA 3SMSA 4CZJA 4CBWA 1Y64A 4FWQA 4FOEA 3A8YA 5AQOA 5EX5A 1G99A 2P9UB 2CH6A 4BGAA 3EN9A 4BQLA 1NGAA 3AAPA 3IMXA 4BG8A 5KPRA 4H5RA 5AZJA 4BRHA 3H46O 3FFKB 2IVPA 2CGKA 3LDNA 5AQHA 4H5VA 4BRQA 3L4IA 3GOIA 5AQQA 2YI1A 1NMDA 4H0VB 4BQZA 4A2AA 5LJWA 3IFRA 2IVOA 5TKYA 4BR2A 4MLHA 4PKHA 5JMVA 2CGLA 4QS7A 3WXKA 4YDUC 4CZLA 1LCUA 3CJ7A 2P9NB 2P9KB 2V51B 3O80A 4BRIA 3AAQA 2I7PA 2QWQA 3DWLA 5JLHA 3P4IA 1ZBSA 2I7NA 3GG4A 1ESVA 4DB3A 4CD1A 1S3XA 2A6AA 5ELZA 3H6EA 3CJ1A 1T6DA 4K25A 1Q18A 4M63C 3VPZA 1BA0A 3VEWA 2IIRA 5LJVA 5AQSA 1NGFA 4FWMA 3GBTA 2ASOA 5BPNA 3HSCA 2Q31A 2E2NA 5KQ8A 2Q0UA 4MO4A 2YHWA 1TYQB 1JCEA 3GDQA 1K8KA 5FPMA 2HOEA 3H1QA 2P9IB 1IJJA 3D2FA 4H0PA 4PL7A 3FZLA 3W0LA 3CERA 3TPQA 4CZMA 1ZC6A 5ADXA 3W3DA 4YDUA 3D2EA 5AQLA 4WYBA 4BRNA 1JCGA 5F1XA 1GLEG 5AQPA 1KAZA 4RTFD 3VGMA 3RSEB 2FF6A 4B1ZA 5FPEA 3QDKA 3HBTA 4H0OA 3VF2A 5AQZA 3DXMA 4FPAA 4QS9A 5AQRA 4FOIA 3FZHA 4LC9B 2P9LB 3M1FA 3O4WA 1KAYA 4ISGA 2Q97A 4IWVA 3HZ6A 4CBXA 2V52B 3BEXA 2D1KA 1ATNA 2E2OA 3VENA 4BR5A 4CZHA 2HMPA 2ZGZA 5EY4A 1YVNA 4Y0WA 1BWFO 3R9PA 4B9QA 1E4FT 3CETA 4BC5A 2Q36A 2P9SA 1HPMA 3CJCA 2FF3B 3M6GA 3M3ZA 1QQOA 4F9OA 5BN9A 4A61A 2QM1A 4JHDB 1HUXA 1WUAA 3ZETA 2ASPA 3FZMA 2AA4A 4QS8A 3DXKA 4IJAA 5AZIB 1HJOA 1X9JA 1XC3A 4K43A 3O8MA 2OANA 5BPMA 1KAXA 1V4SA 2UYTA 5EOYA 3DJCA 2FSJA 5CE3A 1RFQA 1D4XA 3A0IX 1J6ZA 3MN6A 4BR7A 2P9PA 2Q2RA 4A2BA 1GLCG 3MN9A 3UKRB 5JLFA 2E2PA 1T44A 2QWNA 1BUPA 1ZXOA 2HF3A 1BOTO 2GEMA 2QW9A 3WEEA 1MWKA 1NGIA 3CI5A 1YAGA 4BREA 4CZKA 3KZBA 3ZEUA 3U8XA 2YJEA 5LY3A 4BC3A 4C23A 1BO5O 3GE1A 4PL8A 4CZIA 1IG8A 4AM7A 1XQSC 4JAXA 5AQXA 4I6MB 3BP8A 1TUUA 4BG9A 3MMVA 3HI0A 2BTFA 4M7XA 5AQKA 4BR9A 2QWMA 5AFUA 3OHRA 4CZFA 1P8ZA 3WXJA 3C7NA 2A5XA 1JCFA 2YHYA 1U2VA 5FPDA 3B8AX 2NRHA 5FPNA 1GLBG 2VYPA 3O5BA 4B1UB 4BRPA 3O6WA 2FXUA 5AQJA 3A5LC 3QBWA 3CQYA 3ATUA 3F9MA 4IZ9A 1HKBA 5EVZA 2V7YA 3ULEB 4IXCA 3UKUB 3BF1A 4EHUA 5BRHA 3SJHA 5B8HA 3FZKA 5EXWA 1SQKA 2E88A 4FWKA 3UE5A 4CJ7A 4DCHA 3IDHA 1X3NA 4JD2A 5BN8A 1YUWA 1RGIA 2ASMA 4BROA 5JICA 3SLCA 3ID8A 3H45C 4BRKA 5AQGA 3VEVA 3L6QA 2VCPA 2ZF5O 2Q1NA 4NB4A 5AQIA 5AZJB 4EFHA 5AQWA 3VEXA 3O1WA 2NLXA 3G25A 4FWLA 3ZX3A 5KPZA 2D4WA 2D0PA 1MDUB 4FWSA 5E26A 3BF3A 4CBUA 3LDPA 4BVOA 2ZGYA 3H1VX 3MN7A 4CD3A 3CJAA 2A41A 3R8EA 1TUYA 3MDQA 3LM9A 4IO8A 4KBOA 1MA9B 3CIPA 3VEYA 3FLCO 3A5OC 4MO5A 3I8BA 5KPTA 1BDGA 1YXQA 2FSKA 5AQTA 4FWPA 3MN5A 1HLUA 2H3GX 3UB5A 1BA1A 3I33A 3WQTA 4CZEA 3MK6A 4NO7A 2P9UA 5BREA 4BVPA 4K42A 2FSNA 2DPNA 1MWMA 2J4RA 3JS6A 4ISEA 3WXLA 1EQYA 4FL9A 2KHOA 4DHYA 4JN4A 4M7YA 1K8KB 5AQYA 1Z6RA 1NGJA 4XH5A 4EHTA 3VF4A 3VETA 3D2FB 1R59O 5AR0A 4AM6A 2GWJA 4EIAA 4BRDA 1X3MA 3DAWA 3FR0A 2QWRA 1V4TA 1NGHA 3D2EB 1GLJO 3U4LA 5KQDA 4FWOA 4RWTA 3R6MA 3FE1A 2P9NA 2VWBA 1NWKA 2P9KA 3U9ZA 2E8AA 1U6ZA 3DXMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AJQA 1WOQA 3CM5A 2ZE2A 4M3TA 1XHZA 3L2WA 1VSJA 4KHWA 2RE2A 3LALA 1QSSA 2W42A 2E1YA 3EE9A 2IS3A 4H5NA 4JI7K 3T1AA 3SJJA 1BCOA 4J2BA 1TYQA 3E9PA 3TAMA 1N8RO 1NGBA 2P9IA 1EO1A 3SBTA 2W6KA 4JKCA 5LMUK 3K9JA 3QEPA 3HOTA 3SBGA 1EP4A 4I7FA 4DFPA 1QZ6A 4PKGA 4E1JA 1X9WA 4JLHA 4MFBA 5J2QA 5GIOA 3DXKB 3FZFA 1SL0A 1C0FA 3K57A 3RWUA 4GKKK 2HBKA 1NK4A 1KXPA 1VQ8N 1HNWK 3AV9A 1N36K 3P5JA 2QWLA 4AH9A 3WNGA 4WFAL 4RW8A 1VQLN 4JKHA 1KVCA 4CF2A 1G15A 3NVMA 4BRLA 1RDDA 4RW6A 3ZSYA 3EKUA 1HKGA 4XEIA 5K14A 4CZGA 4DQ8A 3K0SA 2B4JA 1HYSA 1RTIA 4KHYA 1ASUA 3SUQA 4JK7A 4EP5A 3OS0A 2PBDA 4YOVA 4MDAA 4HTLA 1KCFA 1VQPN 2HBLA 5HRNA 4BC4A 4CGGA 3QIOA 4JHDA 4B3TK 3CM6A 2C1GA 1EWRA 2B5JA 1T6CA 4DQIA 2A42A 5KI6A 4L3QA 3SMPA 2O8DA 4FXDA 2HBMA 2ITMA 3KHYA 1QQNA 3MCPA 3ZX2A 3THYA 1U2VB 1QZ5A 1DEJA 1ATRA 4H5WA 4CFDA 1CZBA 4KB1A 1BIUA 3DLHA 1NGDA 3AGKA 1T03A 1Q8IA 3SNNA 1Z05A 5JS2A 1VK0A 1GLAG 2OPQA 1XNQK 4E7LA 3NMUA 4F4KA 3WXIA 2HHUA 2YJFA 4BRFA 1U45A 2OZSA 1YF5L 2OPSA 4BACA 1WB9A 4FVUA 2W40A 5KGWA 4DKWA 3E9LA 2IVNA 1BL3A 3ZSZA 1KVBA 3WQUA 3HM8A 3PSFA 3NHGA 4I9QA 4H4MA 1HJRA 5F2RA 3CHWA 1KTQA 4H03B 4O8UA 4FJXA 1JLQA 4FJHA 3JXUA 3QB0A 5C24A 4C8OA 3QEIA 4M3YA 3VGKA 1RDBA 1E3MA 1VRUA 4M3UA 5CHIA 4H0YB 3QEWA 1SUQA 4PKIA 2NNWA 4N56A 3KK7A 3TSUA 4O55A 4DTJA 3KVGA 1ZBLA 3VOVA 3CCUN 4CK3A 4JKAA 3SMSA 3NF8A 4ELVA 2W00A 4FOEA 1G99A 2P9UB 3L2QA 4BQLA 1FW6A 2D0AA 3IMXA 4BG8A 3OYFA 2Z1GA 3H46O 1JL1A 4CEEA 4CJ5A 4DQQA 3L4IA 2YI1A 3NBPA 4YORA 5TKYA 4PKHA 2CGLA 4GV9A 1OH6A 2YX6A 4CZLA 2X6SA 3NH2A 2Y1JA 2PYJA 3RMCA 3S3NA 1HNXK 3ZSQA 3P4IA 3LZIA 3GG4A 2XY7A 3PO4A 1S3XA 1JLEA 3G6EN 3NGIA 4GV3A 1SKWA 1NGFA 1JLFA 4CEZA 3HSCA 4C1NK 3F2KA 1JCEA 5T7BA 3NCIA 3C65A 4JI0K 3FZLA 4CZMA 5ADXA 1RDAA 1ZC6A 4LF9K 4R79A 4BRNA 3L2RA 3LANA 2DFFA 5F1XA 3LWMA 1QHTA 4E1NA 4B3MK 1RDUA 4B1ZA 2XO7A 4XIUA 3CMAN 4BECA 3TSQA 4KTQA 1IG9A 4W5OA 1NMNA 4B9MA 4CJSA 2P9LB 1W2BM 5HRSA 4ISGA 2KFNA 1S1TA 1RBVA 4FZXC 1KD1O 2ZGZA 3NAEA 1BWFO 4JS4A 3S9HA 3TAFA 5GAHP 4FK4A 3CG7A 4I2QA 1HPMA 1VSHA 5FROA 3D0PA 1YTUA 1XC9A 4LF8K 3VTHA 1NK6A 4IKFA 4F9OA 4CVNE 2FC0A 5BN9A 4E7KA 2QM1A 2KKZA 4BE0A 4DLEA 4KHNA 2AA4A 2YHBA 4IOAL 3DXKA 4C8LA 5AZIB 3K2PA 1X9JA 2GX9A 1LW0A 3MXJA 4K43A 4DTXA 3BZKA 1RT7A 2ZQBA 1HNVA 3DJCA 5IWAK 3Q7CA 3V6DA 2A1SA 1I39A 1BQMA 1J6ZA 3MN6A 1YITN 3UKRB 4CGHA 4KH6A 4DR5K 1T44A 1B92A 4JKBA 1BGXT 3HT3A 2GEMA 2QW9A 4JKEA 1WNSA 3K5NA 4CF1A 3SCXA 2GBZA 4CZKA 3KZBA 3KLEA 4AHTA 4C23A 4CEAA 4HCBA 4JAXA 5AQXA 4DFJA 4B3RK 3HI0A 2BTFA 2QWMA 5HP1A 3WXJA 3T19A 4FJMA 2ETJA 2YHYA 1RBSA 1U2VA 1M90O 2HHWA 5CR4A 1CLQA 1WSHA 4A5BA 3CQYA 3CFPA 3K9KA 1X9SA 3MX2A 2XY8A 5HROA 1NKEA 3CYGA 1NJXA 5FDLA 3TSPA 1NG9A 2A1RA 1S9GA 1NKBA 1WSFA 4J2DA 4N47A 4OO1J 3CCSN 3FZKA 3LPTA 2VGMA 4CJ7A 1SL2A 3IDHA 3BDPA 2RPIA 3VQEA 2UUBK 1RGIA 2OZMA 3SLCA 3ID8A 1JXEA 5AQGA 3L6QA 2Q1NA 5AQIA 5AZJB 1ZBUA 3HYFA 3MAQA 4FWLA 3KK3A 4IOXA 2D4WA 2D0PA 1LWFA 2PYLA 3O9QA 4CHPA 3OYGA 3C6UA 2Z1HA 4BVOA 2ZGYA 3VQCA 3CCJN 3SYZA 4E7IA 2OA8A 1UOCA 2JWLA 2O8CB 3LDSA 1YJ9N 3CCEN 4JYAK 5KPTA 3KLGA 1KLMA 3AVGA 2H3GX 3KK2A 4GVMA 3THXB 3MK6A 4NO7A 2YHAA 5D3GA 2P9UA 4JK9A 1TKTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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