5GAEP

Rnc in complex with a translocating secyeg
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S rRNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
total genus 36
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gaeP00
1VQ6N 3G6EN 3G4SN 3CMAN 5H1SQ 1YI2N 5MLCQ 1NJIO 3CCUN 2ZJRL 3CCMN 3CD6N 3I56N 4IOAL 1JJ2M 1VQ5N 5GADP 3DLLL 2ZJQL 1VQ9N 1N8RO 1K9MO 3CCRN 1VQNN 5GAGP 5GAHP 4WFBL 3I55N 5JVGL 1VQ4N 3PIOL 3G71N 3CCVN 1VQON 1K8AO 1QVGM 4WF9L 3CCLN 1VQLN 1VQKN 4UY8O 5GAEP 4U67L 5DM6L 1KD1O 1YJ9N 1YITN 1M1KO 4WFNL 1QVFM 3CCEN 1Q7YO 1Q82O 3OW2M 2OTLN 3CC7N 2ZJPL 2QA4N 3CF5L 5JVHL 2QEXN 1Q81O 3CPWM 1K73O 2OTJN 1YHQN 1ILYA 1YJNN 1W2BM 5DM7L 1OVYA 1KC8O 1VQ8N 3PIPL 3CXCM 3CCJN 3J7ZO 1YIJN 4WFAL 1VQPN 1S72N 1VQMN 4IOCL 3CC4N 3CC2N 3CMEN 4WCEL 5HL7L 4IO9L 3CCQN 1M90O 1VQ7N 1KQSM 1Q86O 3CCSN 1YJWN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WC9A 3SQ0A 4YOYA 4JK7A 4JI1K 4ZTJA 3VESA 1L3VA 4M3XA 1BWFO 5H1SQ 4Y1DA 1NJIO 3CM6A 4IEIA 2ZJRL 4O8KA 3CJAA 3CCMN 1HNZK 5KRSA 2D1KA 4CEQA 3VERA 3L8BA 3QEXA 1JJ2M 3S3MA 2NRZA 4FM2A 2O8FA 2ASOA 2UXBK 4LFAK 1C0TA 5AR0A 1SL0A 1TGOA 2O8BB 2GUPA 1VQ9N 1S9EA 3L3UA 5FPNA 5HRRA 5EOYA 5AQFA 4FJ5A 3IKMA 4FJMA 4ISEA 5CYQA 5JVGL 4BGAA 2D0CA 3NCIA 1NK9A 3OY9A 3O9RA 2PFUA 3LZJA 1RT3A 4LF6K 3O08A 4DQ8A 1O13A 2ZWHA 3V9UA 3DRPA 4GMJB 2HB5A 3CYMA 4PKIA 4BR2A 1ZBUA 4M42A 3C0BA 4B9NA 1MWMA 5ADXA 4ZTFA 1ATNA 5CYMA 4R79A 2D0AA 4MQ3A 3ZETB 4CEZA 5DM6L 1YJ9N 1HYSA 2VCPA 1HNWK 4E1JA 1NGCA 1QVFM 1BISA 1S9GA 1XMQK 2G8UA 5C2FA 4JKFA 3P39A 4BR4A 4DU4A 4W5RA 2ZJPL 1EWQA 2EHGA 1B9FA 3MDQA 1S3XA 4CEAA 1EP4A 4CEEA 4NCGA 3DAWA 2OTJN 2PZSA 3MXIA 3QLHA 3CCJN 4GV9A 3TANA 1ESVA 2BUPA 5AQTA 3K59A 3MXJA 4YOTA 5CY4A 4YNQA 1HPMA 3CC2N 5LJWA 1GLCG 2ASPA 4DQPA 1NKCA 4YORA 4WYBA 4DF4A 1I94K 1M90O 4NLBA 3I0SA 2HNZA 2O8FB 1OH6A 1TKXA 3F9MA 3KZBA 4BWJA 4LD0A 4PY5A 4ELVA 4O0IA 1QHTA 4NXMK 3FGUA 4K8ZA 3ZYYX 4BR0A 5FPMA 4CCHA 1BIUA 1VSKA 1S1TA 1R0AA 3VQCA 2UXDK 4L3QA 4AH9A 4CEFA 3KWGA 3N4PA 1BL3A 2KTQA 1WOQA 4GVMA 1L3UA 2YHWA 4ILHA 5I42A 4AM6A 3LPTA 1QSLA 1GLJO 1A5WA 4DV6K 3CCLN 1JLCA 2BE2A 4OGEA 4F3OA 4DG1A 4CERA 3OYHA 5GAEP 4LF9K 1WLJA 1KD1O 5KQ8A 4Z4FA 4HCBA 2D0OA 1NM1A 3SAGA 4H0PA 3T69A 4Z94A 3D2FA 3TABA 3B6OA 5FPDA 3O4QA 4RW8A 4CESA 1C1CA 2E4LA 4DCHA 3CF5L 3IRXA 1JL1A 3TSUA 2QEXN 1Q81O 1SQKA 5FLXO 3ENBA 3CM5A 2GELA 5E41A 4WQ4C 3ASMA 1YJNN 5DM7L 2FSKA 1KVBA 4GKJK 4DR4K 3AA2A 5EXWA 4DR7K 3ZX2A 3NH1A 1C1AA 2YV0X 4IXCA 2NUBA 3ISNC 3MCAB 1QQMA 1VSEA 4BDPA 2AA4A 3ZEUA 2WTUA 1KVCA 4B8AB 3V1RA 3O6WA 3L4IA 3O9TA 1E4GT 3TAMA 1JXBA 3PUFA 2YI1A 3O1BA 2VWJA 3ALYA 1X9MA 1RBSA 3QO9A 4FW1A 4BGBA 2HHUA 1K6YA 3AVFA 2E1ZA 3NDKA 2E2PA 5KPTA 1SV5A 4AHTA 3V9ZA 3BEXA 1WN7A 1S1UA 4CJPA 2O4IA 3BUZB 4DU1A 4FSVA 4EZ6A 4FWOA 3GL1A 5AQKA 3PX6A 1Z6RA 5AQIA 1TK8A 4XIUA 4GV3A 1TVRA 3DI6A 1N36K 1D8YA 1K9MO 3RMCA 5AQVA 3B8AX 3MCPA 3CETA 3O9QA 3D2FB 4JK9A 5AQRA 3T1YK 1BO5O 4YOUA 3LAMA 3WNGA 4FJ7A 4IWVA 1JCGA 4CGHA 2WBNA 3CQXA 3K5MA 2P9PA 2F9WA 5AFUH 3TU5A 1GLLO 2JWLA 3AA4A 4QS8A 3HSCA 4CJQA 3MX2A 1YTAA 3WEEA 1T3VA 3DWLA 4LF7K 1KTQA 1RGIA 2FSNA 1MA9B 5ELZA 4JRQA 3NVMA 1GLEG 3NF6A 5KRTA 3ZEUB 1BU6O 4PQUA 3CHWA 1RTHA 5DMRA 4A59A 1C0GA 1NMDA 1WB9A 3CJ1A 4FOIA 2E5LK 3EKSA 1EQYA 3L6QA 3FFKB 3P4IA 2I7NA 5E26A 1S72N 3A5OC 4FK0A 3PX4A 1S6PA 1WNSA 1WSIA 1ZYQA 4BVPA 2Q0RA 2YHAA 5BR8K 4HUEA 1NU0A 2UUAK 1UWBA 3THXA 5HP1A 3GDQA 3NF8A 2NRRA 3G6EN 3HM8A 4CJ7A 3UKRA 4I7FA 3CERA 4YOVA 5IT9O 5IWAK 1KVAA 1G15A 1HJRA 1N33K 3J81O 1NWKA 3VTIA 3D6RA 1TKTA 2XY8A 1EX4A 5KI6A 1ZXOA 2QKBA 3SV3A 2P9PB 1GLDG 4B3TK 2A3ZA 2ZJQL 4KHSA 4HHTA 4CF8A 1N8RO 3WEEB 1U04A 3CFOA 4OX9K 4A5AA 4DR3K 4N5SA 4DTPA 2YX6A 3G71N 4O8UA 1X9JA 1YVNA 4DV1K 1VQON 4DLGA 1RILA 2ITMA 4K42A 2A1SA 3JS6A 4FL9A 1J54A 4IFVA 3OYKA 1S1VA 4I9QA 3AGKA 3SUQA 2F9TA 1DLOA 1ASUA 4C8KA 3PO4A 4HCCA 4DTXA 2J4RA 2DY4A 4EHUA 3CJCA 4M41A 3SLCA 1QSYA 1WSFA 3HRGA 3E66A 4BC2A 4DB3A 3E9LA 4HTUA 3KLEA 4ELTA 1X3MA 1HX1A 4IOXA 3A2FA 4FWPA 3WXJA 3TI0A 4JD2A 3A0IX 1SL1A 2ZE2A 4JHDA 1W2BM 5BREA 3WNHA 4LFBK 4PWDA 1Q18A 3THXB 4CHQA 2ZM6K 2VG6A 3TAQA 4B9TA 5CE3A 4A5BA 1IG8A 1NMNA 4J2AA 4E3SA 4C23A 3C94A 4DFPA 3UKRB 4DS4A 4JI8K 3KD5E 4H5RA 4MFBA 5FDLA 3VMFB 2QK9A 4BRKA 4JKCA 4FO0A 4DR5K 2HMPA 3KK3A 4BC4A 4N47A 2QWQA 4F4KA 3ZT3A 4LF4K 3KK2A 3S41A 4CI6A 1X3NA 1DGKN 1YJWN 2BTFA 2YKMA 2NZTA 3RMDA 3FZMA 1P8ZA 2G8IA 1HNIA 1KLNA 3KLFA 2XY6A 1ZBHA 4BRHA 3UE5A 3M5RA 3VN5A 2KZMA 2HNDA 3OYAA 1HRHA 4DTUA 3O1WA 1T6CA 1OVQA 2YNGA 4JV5K 3J7AP 3P5JA 3UIQA 4IO8A 4EZ9A 3NF9A 3QERA 2IGIA 1DKGD 4M7YA 3D0PA 4C1NI 4DTMA 3PIOL 2O8DA 1N5YA 2Y1JA 3AA3A 4OPJA 1D4XA 4CJUA 3VQ4A 4KRFA 4I6MA 1OH7A 1NBWA 3MN6A 1UAXA 4KHQA 4OJRA 3O9SA 4Z4GA 1BOTO 1HNVA 3I33A 4M3RA 3TAFA 4BC3A 4JD2B 5LMNK 5JS2A 4JHDB 4A2AA 4O5BA 4GKKK 1KAZA 3CFPA 4JN4A 3HL8A 1TKZA 4HVJA 4CBUA 4O5FA 4Z4EA 2WUSA 4NYNA 4FK4A 4FOEA 2RF2A 1QZ5A 3L2VA 1YHQN 2CH5A 1CZ9A 1OVYA 2H3GX 3CIPA 3TSQA 1VQ8N 4A2BA 2OPSA 4HUGA 1VQPN 1C1BA 3HP6A 3GE1A 2Z1HA 1IKXA 1HKBA 3FZLA 4OPAA 4WCEL 3W3DA 2UUBK 1QS4A 2HF4A 4NYFA 2QWLA 3R3LA 4H4MA 5AQOA 2HVIA 3OS0A 1VQ7N 3ZT2A 3LDQA 2IOCA 1RT5A 2RHKA 4AHVA 4CW7B 2OA8A 4JS4A 3DJCA 1TYQA 3CQ8A 2F96A 4BQLA 1YI2N 4XH1A 1D9FA 2O8DB 2RN2A 4WE1A 2Q97A 4KBOA 1UOCA 2W6LA 4MDAA 4I6MB 4FJXA 3HPOA 4KV8A 1BIZA 3ID6A 1KXPA 4CEOA 4I9LA 3LDNA 1QZ6A 3HM9A 3NE6A 1J53A 3KK7A 1KAXA 3RSEA 3F73A 1IBKK 4CHNA 2FBTA 4B08A 5BPNA 3C6TA 2V51B 3HT3A 4M3UA 2UYTA 2CGJA 5AZIA 4WQ4A 2GWJA 1SKWA 3TAGA 4NLCA 3OYFA 3AO4A 3JXUA 4BQZA 1LAVA 3SQ4A 3DRSA 3LDLA 4FK2A 3NF7A 3V1OA 4CBXA 3BY5A 2HHSA 5HBMA 5CHIA 4B8CA 1DEJA 3IG1A 1WSGA 5CZ2A 2E88A 3R1XA 1U6ZA 3TTFA 3K0SA 4FM1A 4CHZA 5C0YA 3MXMA 3V9XA 1IO2A 2DFEA 3DYAA 2ZGZA 1Q82O 2A40A 1Q9XA 4B1WB 2FSJA 5JVHL 1R59O 1EXQA 1X1PA 2QXFA 3KKSA 3AO5A 1OH5A 3I0RA 1JCFA 4W5NA 1RFQA 1A5XA 4IKFA 3G10A 4FWRA 3ATUA 4DR6K 3OYBA 3KIOA 5C24A 1RCHA 5TKYA 1TYQB 3IFRA 3VEWA 3ZSQA 4CJVA 4DFKA 3S3OA 2E2OA 5HROA 4V19S 1VSFA 3H3OB 3CMEN 4PA1A 5HL7L 5EX5A 2P9LA 3FZKA 5AZJA 4BRDA 4LH4A 3VQDA 4BC5A 4FLXA 1XUPO 4BG8A 3TR8A 4FVMA 2FF6A 4QS7A 3VGLA 5KQDA 2BGGA 4RCHA 5I3UA 1YVUA 3RSEB 3OTOK 1TKDA 3BP8A 1BI4A 4C1NK 4X65K 2VWKA 5AQQA 3A5MC 3MMVA 4BRIA 5AZIB 4YY3K 4BG9A 3HK2A 3EO3A 3AVMA 3OJUA 5AFUA 4JNEA 1RNHA 3SJJA 3SQ1A 2OPPA 4FLTA 1TV6A 1C0FA 4CZJA 5FROA 5KPZA 4WQ5C 3AVAA 1G99A 4FPAA 4JI0K 1NGEA 3KHYA 4CFDA 2VQFK 5K14A 3K9KA 3I55N 3TPQA 3BF1A 3OYLA 1XC9A 3L2QA 1RTJA 4PKHA 2F4VK 1D9DA 2OPQA 4LF8K 4CJWA 2KZZA 4Y1CA 1DTTA 1ZC6A 4B1YB 2G8VA 5J1EA 3WT0A 3SV4A 2PYLA 4PKGA 1NK5A 3MX5A 3AO3A 4E7LA 3A5LC 5FPEA 5HOOA 2YHBA 3EZWA 4U67L 4CGFA 4CFBA 4MDBA 4M3TA 2V52B 3THYA 3F2KA 1Z25A 1YITN 4XEIA 4CJTA 3QNOA 4DSLA 4R5PA 4E7JA 1N6QA 3K57A 1NJWA 3ZX3A 3CC7N 2Q31A 4E1NA 5T7BA 3P83D 2Q36A 1T05A 3QBXA 2O4GA 1NK6A 2IAJA 5AQWA 3CPWM 3LM9A 2P9LB 2O8EA 5AZJB 3V9WA 3ZSRA 2FC0A 3HVTA 3M6GA 4LF5K 1MWKA 1W9HA 3C95A 3S3NA 3RR8A 2JLEA 1YIJN 4K41A 4DR1K 4IDKA 1RTIA 1BI4B 2ASMA 3FE1A 4DV7K 4IBNA 4Q0BA 2ITGA 2RPIA 4H0YB 1Z05A 3OYGA 4I2QA 1KAYA 2F8TA 1HLUA 2NRWA 4YDUC 3KK1A 3LDSA 1CZAN 1WAFA 1YF5L 1TL1A 3OHRA 4B1XB 4M63C 3DLKA 4GV6A 3CG7A 2E20A 3H6EA 2FF3B 3THWA 1ITGA 1JL2A 2IIRA 1C6VA 1W97L 1Y64A 3PSFA 1IKWA 3MN9A 1NGDA 3I8DA 4Y0WA 3ZSVA 2P9SA 3DRRA 4ILJA 5M1QA 4F2RA 3THYB 4GY2B 4KAZA 3ZSYA 3OVNA 3ULEA 3N4QA 1VSDA 3RVCA 1XHZA 1I39A 4U7BA 4M3ZA 2IDOA 2HBLA 5JICA 1C0MA 3AVBA 2GTDA 3D2EA 3LANA 2O8EB 4CGIA 1YAGA 1RDAA 4IFEA 3LAKA 2HOEA 4WFNL 3VQQA 1NLVA 2HHWA 2YJEA 4KFBA 4BR9A 3SK3A 4FVUA 4FCYA 4J2BA 4JLHA 3VQBA 1BGXT 2A42A 4CFAA 3RTVA 1NOYA 1GOAA 4FLWA 4BDZA 4DQSA 2ZF5O 3KLIA 4CZMA 4FZYA 4CJEA 2FBXA 2HBMA 4LSNA 4QAGA 4AHUA 3U8XA 3SQ2A 2P9KA 2WFBA 3ZT0A 1RT7A 2PY5A 4OKKA 4K0KK 3SMSA 2E2QA 1J9AA 2NNWA 1WUAA 1IV0A 3U3YA 4BRMA 3U9DA 4OLBA 2E1YA 3THWB 4CZIA 3RRHA 3O4WA 3AVNA 4LSLA 1X9SA 2R7YA 3KJVA 1TAQA 3HSTB 1XWLA 4Z4HA 2RE2A 1NKBA 4XH4A 5EVZA 4IG0A 1XHXA 3T1HK 2P9SB 3K5LA 4E0DA 4O44A 4O4GA 4FJNA 3VEZA 3QEVA 1SZ2A 3OYEA 2OZSA 3NVKA 4FWMA 4DFJA 3SBTA 4NO7A 3ULEB 4F2SA 4H0XB 1S22A 2HHQA 2D5RA 3TARA 3V1QA 1BDGA 4MO5A 3VQ6A 3RWUA 3OBWA 1NGBA 4DR2K 3D2EB 3PX0A 1S6QA 2FBVA 3L3VA 4Z4IA 4ID5A 2HF3A 3PSIA 3EEQA 1RT1A 1VQ4N 2D0BA 1HQUA 2BH1A 3CCVN 4OO1J 4E19A 1YT3A 3NGIA 3MN5A 3MWPA 1O1WA 5LJVA 1NOZA 4BROA 2GEMA 3VGKA 4QOZB 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1SS6A 2CGLA 4KO0A 3K2PA 1TUUA 3H1QA 5AQZA 4FZZA 3A8YA 2E2NA 3E01A 4JK8A 3VF2A 1T6DA 4JAXA 1QTMA 3THVA 4N76A 1NJXA 4GW6A 4CJKA 1W7AA 2G8WA 3DOLA 2HNYA 3H3NO 4WQ5A 4A62A 4CGGA 1FKPA 4LH5A 2GX9A 5BRDA 3QEPA 4RWTA 4K8XA 3VENA 1HYZA 1JLQA 2VG5A 4OPHA 3EE9A 4JKHA 4KHPK 1VK0A 2X6NA 3ZSWA 1VSJA 3QIPA 5TKWA 4FJGA 3O5BA 3KLGA 3R9PA 4KTZA 4DFMA 1VSIA 4CK1A 4RTFD 2D4WA 1HJOA 4CZKA 3DLEA 4DSJA 2ATQA 5FRMA 1NJZA 1YTUA 2OPRA 3JAMO 4IDHA 1MU2A 2WOMA 4CZLA 4BE2A 2QWMA 3HP9A 3EYZA 4DV2K 3KWIA 4FW2A 3F9KA 3LP3A 1NGAA 5GAGP 4B3OA 2P51A 3AVKA 1RT4A 4Q5VA 2E6LA 3AVLA 3FFIA 5AQLA 4DF8A 3ENHA 4X62K 4N41A 4H0OA 3C7NA 4AHCA 3J80O 1A5VA 1QQNA 3AV9A 4DV0K 1VQKN 4CZEA 1RBTA 5SZTA 4C8OA 3HZ6A 4H8KA 4MLHA 3QIOA 3NGZA 2NLXA 5HRPA 2NRXA 3CCEN 5I9EB 3T7ZA 1ATSA 4CF1A 1Q7YO 3DM2A 3FLCO 2CGKA 4J2EA 4YDUA 1U47A 2UU9K 2WONA 4YHHK 1JLBA 2VGMA 3ENOA 2VQEK 1N34K 3M8QA 2YKNA 2LSNA 4RW4A 1KC8O 2VGNA 5JLFA 3ATVA 4H5VA 3U4LA 5JS1A 3MWTA 5BN8A 1RT2A 1NKEA 4X66K 4FJ8A 2O8CA 3BGRA 1V4TA 3M3ZA 3IAYA 1LAWA 1VQMN 2G8FA 4KTQA 1W0HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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