The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
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structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
hypothetical protein
|
| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
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| total genus |
18
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NU0 A; 3PSI A; 3BZK A; 1NMN A; 3BZC A; 1IV0 A; 3PSF A; 1VHX A; 1OVQ A; 2OCE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IBL K; 4K8X A; 4CJV A; 1KCF A; 3AAP A; 3PUF A; 3KK3 A; 1NKC A; 2YNH A; 3NMU A; 2ATQ A; 3AVN A; 3FFI A; 3EEQ A; 3SPZ A; 3U3Y A; 4IDK A; 1WSG A; 4JKA A; 2F8S A; 3VQA A; 1S1W A; 3BZK A; 4U7B A; 2D1K A; 2WOM A; 4C8L A; 3AVH A; 2BH1 A; 1Z26 A; 3GBT A; 3D0P A; 4CES A; 4CZL A; 1RT3 A; 1NGE A; 4M3U A; 1TK8 A; 1RCH A; 3CYM A; 4IJN A; 3UKR B; 4LSL A; 1U47 A; 1N33 K; 3CF5 L; 4H0T B; 4M3T A; 3CXC M; 5KGX A; 1IO2 A; 2HHH K; 1Z05 A; 3D2E B; 4GV3 A; 2FLO A; 4J2E A; 4FPA A; 4AHC A; 4WYB A; 1QTM A; 5LJV A; 5HL7 L; 3QLH A; 4CER A; 4BVP A; 4DKW A; 3BUZ B; 4BRA A; 1WBD A; 2HNZ A; 1BL3 A; 1NK9 A; 4KTQ A; 2D0A A; 1T03 A; 2AA4 A; 2D0C A; 1DEJ A; 4DHY A; 2WTU A; 4KHY A; 1SUQ A; 4KFB A; 3OYL A; 2XHB A; 4H0X B; 4KBO A; 1TKD A; 1WOQ A; 1BO5 O; 3ENH A; 3ZCM A; 4IBN A; 3VQ7 A; 4FXD A; 4CD1 A; 3OBW A; 3H08 A; 4X66 K; 3MXM A; 3LWM A; 1X3N A; 1W7A A; 4O8K A; 2QWO A; 2ASP A; 3UKR A; 2DFF A; 2HST A; 2DPN A; 1GLB G; 3C6T A; 1ATS A; 1C0U A; 1C6V A; 3DJC A; 5AQI A; 2YV0 X; 4Z4E A; 4FK2 A; 3E9O A; 4H0O A; 3KKS A; 4ID1 A; 2P5G A; 3V1Q A; 3C6U A; 5J2P A; 4CJE A; 4JI8 K; 2P9S A; 3L2Q A; 4I7F A; 3NFA A; 1TYQ A; 1OKJ A; 3RR7 A; 2E8A A; 2HHU A; 3OY9 A; 4YOU A; 1NJX A; 3SQ4 A; 2O8C A; 2GWK A; 4FLT A; 1HPZ A; 3WXK A; 5DM7 L; 5GAD P; 3L3U A; 3L8B A; 4X64 K; 1A5V A; 1OVQ A; 4CJK A; 1NM1 A; 1VSH A; 3WQU A; 4JLH A; 5SZT A; 4ILG B; 1B9D A; 3SCX A; 1Z25 A; 3LL3 A; 4BQZ A; 4WF9 L; 4CF9 A; 2Q31 A; 3CI5 A; 3MXI A; 1IG8 A; 1XWL A; 2QKB A; 1K73 O; 4H5R A; 3BY5 A; 3E01 A; 3DLB A; 5EU7 A; 4MO4 A; 2ASO A; 4CJP A; 3LZJ A; 2P9P B; 3QIN A; 4FPB A; 3O4W A; 4KI4 A; 1C0F A; 4CBW A; 3LAN A; 1H1V A; 3ZSW A; 3WUH A; 4LF5 K; 3O80 A; 3DRR A; 3DXM A; 2GUP A; 2F7T A; 4CF2 A; 4B9L A; 2HOE A; 2ZE2 A; 5LJW A; 1KAZ A; 1BU6 O; 1X9J A; 1RDA A; 2VG6 A; 4X65 K; 1VSM A; 1NKE A; 3C94 A; 4FJ5 A; 4CBU A; 4DTM A; 2KQ2 A; 1LOT B; 3AY9 A; 3AVI A; 3OYM A; 2YNF A; 5B8H A; 1ZBH A; 3I56 N; 3TTF A; 2OPR A; 2JWK A; 1HNX K; 4AHU A; 1BQM A; 3DOL A; 3H6E A; 1QVG M; 4DR3 K; 3T19 A; 1L3V A; 3W0L A; 1SQK A; 4E3S A; 4DQQ A; 4YDU C; 3M8Q A; 3ID8 A; 3OYB A; 4LH4 A; 4I6M B; 4DR2 K; 4UY8 O; 5BRH A; 5EY4 A; 4DU3 A; 4QS8 A; 1TKT A; 1KLM A; 2YHA A; 3AAR A; 4IFV A; 1XNR K; 5JVH L; 2NZT A; 3VQB A; 3SMP A; 3UB5 A; 4B3R K; 4OGE A; 5TKW A; 3B8A X; 4L8R B; 4DFJ A; 4CGF A; 5J2Q A; 1BDG A; 2HMI A; 4GVM A; 3HJF A; 3RMC A; 3AO4 A; 4I2Q A; 4DTP A; 1YVN A; 3R1X A; 3CJ7 A; 4FJ9 A; 5FPN A; 5GAE P; 5FPD A; 4KHU A; 1T05 A; 2RF2 A; 2CH6 A; 2BGG A; 4Z4H A; 4LH5 A; 3CCV N; 1B92 A; 3NGI A; 4IO9 L; 3EO3 A; 3S3O A; 1S9E A; 1I94 K; 1NOY A; 5KPR A; 1NOZ A; 3K9J A; 3TWH A; 3PSF A; 4E1M A; 1SZ2 A; 1GLJ O; 5SWM A; 3SI6 A; 1NJW A; 1RT1 A; 2OYQ A; 3TAN A; 4FVM A; 2ZF5 O; 4BRK A; 4E7H A; 1HUX A; 4EIA A; 3I0S A; 3VQD A; 5GIN A; 1S1X A; 3D2F A; 3T3F A; 1WAF A; 3B6P A; 4KB0 A; 1V4S A; 1CZA N; 5BRD A; 2OTL N; 1VSD A; 4DV2 K; 4YOY A; 5CYM A; 4PKG A; 5D3G A; 4CGH A; 2FBV A; 3O1B A; 3QEX A; 3VQE A; 1FXX A; 2A42 A; 2CGK A; 2D0B A; 4CEZ A; 3TPQ A; 4DB3 A; 4E19 A; 1S6Q A; 3ZSZ A; 3CCU N; 2ETJ A; 4N5S A; 1NGD A; 1ZBS A; 3OJU A; 4O5B A; 4AF1 A; 3SK3 A; 4K8Z A; 4QS7 A; 2O8F B; 1XMQ K; 5CZ2 A; 4W5R A; 3LDS A; 4IJA A; 1Q9X A; 4H5W A; 3VA0 A; 4J2D A; 5FRN A; 3SBT A; 4WCE L; 4JS4 A; 2E5L K; 4DR6 K; 5AQN A; 5BR9 A; 4FWR A; 1IG9 A; 3V4I A; 3QER A; 4F9O A; 3QBX A; 3NVM A; 2OA8 A; 4LF4 K; 1VQO N; 5K14 A; 3F9M A; 3K5L A; 3VGM A; 3DMJ A; 2JWL A; 4B9U A; 3U8X A; 1HYV A; 3CG7 A; 5HLF A; 4B9S A; 3PLA A; 5M1F A; 2IOC A; 2NRV A; 4DF4 A; 1KC8 O; 1OH8 A; 4LF6 K; 4V19 S; 1BOT O; 1VQ6 N; 2KFN A; 2D0O A; 4HCC A; 3MX5 A; 1BCO A; 2VWB A; 1VQK N; 1DKG D; 1BI4 B; 1IBM K; 3J81 O; 3BEX A; 1N6Q A; 3O3H A; 2W6L A; 1U2V B; 2F4V K; 1VRT A; 1RBR A; 3VPZ A; 4LF8 K; 1NBW A; 4C8N A; 4CK1 A; 1UWB A; 4Z4F A; 3K2P A; 3NAE A; 4IOX A; 1L3U A; 4DQR A; 4MFB A; 3KK1 A; 1KSP A; 3ZEU B; 3ZT1 A; 4JI4 K; 1JLC A; 3THX A; 1HYZ A; 3ZX2 A; 1R0A A; 4HUE A; 4E7I A; 1QE1 A; 2HND A; 4HUF A; 3KWG A; 4B8C A; 1IBK K; 1D5A A; 2P9U A; 2P9N B; 4KTW A; 1SV5 A; 3GOI A; 4RTF D; 4F3T A; 3RRG A; 4M3X A; 2E1Z A; 2QEX N; 4CEB A; 4KTZ A; 1YF5 L; 3OS2 A; 4RW6 A; 5AR0 A; 4R79 A; 5F0X A; 2D0P A; 4XEI A; 4ICL A; 1U2V A; 4A2A A; 4DFP A; 1HNW K; 3FGU A; 4UQG A; 3CD6 N; 3ZSQ A; 4IFE A; 5LY3 A; 1T7P A; 2KFZ A; 4B1U B; 4LSN A; 2XRI A; 3QDK A; 4DV6 K; 1K8A O; 4FWL A; 4CJ5 A; 1VHX A; 5AQX A; 4Z94 A; 3NBP A; 3TR8 A; 3KD1 E; 4JHD A; 1NJI O; 4KB1 A; 1ILY A; 5AQY A; 3AVA A; 5JLH A; 1KQS M; 5JIC A; 3CFR A; 3ZSV A; 3MEG A; 4PY5 A; 2FF3 B; 2GTD A; 2IC3 A; 3Q7B A; 2P9N A; 5AQH A; 3F2K A; 2NRZ A; 1ZBL A; 4JI0 K; 4A2B A; 4Q0B A; 3IFR A; 3IG1 A; 1WSJ A; 1YTA A; 4WQ5 C; 4OPJ A; 3AGR A; 1HKC A; 1MWK A; 5AQP A; 3VEW A; 4JI5 K; 1REV A; 3SBG A; 3P1G A; 5IWA K; 1TK5 A; 1C0G A; 3HST B; 5E41 A; 3LP1 A; 5KGW A; 1JCG A; 4DQP A; 1IJJ A; 4W5O A; 2UXD K; 1NGB A; 4CF0 A; 3I55 N; 2PYL A; 1QQO A; 2HBJ A; 3K59 A; 3HPH A; 4K0K K; 1VQ9 N; 4EZ6 A; 4CIF A; 1RT5 A; 3HI0 A; 1WSH A; 3KHY A; 2NRT A; 2YNG A; 2RN2 A; 4BR4 A; 3U3G A; 3HYF A; 4IG0 A; 2Q1N A; 3P4I A; 3LP2 A; 1NGH A; 3VQQ A; 1RDU A; 4PQU A; 3R8E A; 4YOV A; 4OKE A; 1EP4 A; 1Y97 A; 2E2O A; 2D4W A; 3ZT4 A; 4BRQ A; 1TUY A; 3A0I X; 3ULE B; 1HR0 K; 4JKF A; 1NJZ A; 4HTL A; 4WFB L; 1RTI A; 4C8K A; 4B3T K; 4KHS A; 5BPM A; 4DS4 A; 5M1N A; 3O6W A; 1VQ5 N; 3LAK A; 5AQS A; 4BRF A; 1C0M A; 5C2F A; 3C65 A; 1RNH A; 4F3O A; 2PY5 A; 5DMR A; 3LPT A; 1NK6 A; 4FWK A; 1EET A; 3VET A; 3L2W A; 4CZI A; 1X9M A; 1TKX A; 1DTT A; 3L4Q A; 4E7L A; 4Z4C A; 3SQ2 A; 1VAZ A; 3BP8 A; 3CHW A; 1HNI A; 3EZW A; 2JLE A; 2OTJ N; 2ZQB A; 4JKH A; 4E1J A; 3ZSR A; 4YOW A; 3DM2 A; 4FLY A; 4QOZ B; 2NNW A; 2O8E B; 1O1W A; 1BQN A; 3A5M C; 3J7Y P; 1B9F A; 4BRM A; 4DV5 K; 4XIU A; 5FRM A; 1CXQ A; 3JXU A; 3AAQ A; 2UXB K; 3V6D A; 4CF8 A; 1U6Z A; 4CZE A; 3SJJ A; 2XY7 A; 3THW A; 1XNQ K; 1LAW A; 4KO0 A; 4EFH A; 5I3U A; 3A5L C; 5BR8 K; 4M3Z A; 4CHZ A; 2IIR A; 1P8Z A; 4AM6 A; 4WQ5 A; 5AQU A; 4BE2 A; 4CIE A; 3RTV A; 4FLU A; 4XH1 A; 2VGN A; 4FM1 A; 1XHZ A; 2VQE K; 4JKG A; 3ATU A; 3RWU A; 3U6F A; 1UOC A; 4GW6 A; 2WBN A; 4KH6 A; 3C0B A; 2O8E A; 2KLA A; 4H4O A; 3CCL N; 1NK5 A; 4CHQ A; 3CC4 N; 4BQL A; 3AO3 A; 1VSJ A; 2IVN A; 4B1Z A; 4FM0 A; 4MDA A; 1Q9Y A; 5AZI B; 2F96 A; 5CR4 A; 2KKZ A; 4BRE A; 3LWL A; 3OYI A; 4C1N I; 4Y1D A; 4BG9 A; 4YFU A; 1KFD A; 3CER A; 4DFM A; 4J2B A; 3O3F A; 3VTI A; 4LFC K; 4M41 A; 4BRI A; 3KJV A; 4DLG A; 3QIC A; 4K25 A; 3CFO A; 1RDC A; 4FWP A; 3LZI A; 2DFE A; 5DM6 L; 3RRH A; 4RG8 A; 3HZ6 A; 4C1N K; 3E1Y A; 1YI2 N; 1Z6R A; 1RT6 A; 1G99 A; 1T8E A; 2QWR A; 1GOB A; 2QI2 A; 4CHY A; 2Z1I A; 4CJW A; 3K9K A; 5HRN A; 3VF2 A; 3VTH A; 3SLC A; 4N41 A; 4Z4I A; 3ATV A; 1BUP A; 3LDN A; 3N4P A; 1HNV A; 3IUC A; 5C25 A; 3D6R A; 4A5A A; 5AZI A; 3VEO A; 3K58 A; 3DXK A; 5CHI A; 2P9S B; 1WN7 A; 1T6C A; 3P38 A; 1VRU A; 4KKO A; 4O0I A; 1QS4 A; 3PSI A; 1OH6 A; 1NGF A; 2OPP A; 4PUO A; 1QQM A; 3AGK A; 3MN9 A; 1TYQ B; 2NRR A; 3MED A; 3OYG A; 4CJ7 A; 2O8C B; 3TAM A; 3TAF A; 4FWO A; 4F2R A; 5E26 A; 2KW4 A; 1VQ8 N; 1U45 A; 1NMN A; 3KIO A; 1KTQ A; 4DQ8 A; 1WBB A; 2VYP A; 3CCJ N; 2UUC K; 4PKI A; 2CGJ A; 4CJS A; 1EXQ A; 5KPT A; 1SKS A; 4CEF A; 3G71 N; 5AQZ A; 3MCP A; 4CIG A; 4EP4 A; 1NGG A; 3IS9 A; 3OYD A; 3VOV A; 3OYF A; 3PIP L; 3DYA A; 3OTO K; 3VQ6 A; 2CH5 A; 3K57 A; 2A41 A; 3TAG A; 1VSE A; 1NGI A; 4GVE A; 5GAG P; 2HBL A; 3UKU B; 3DXM B; 4KV8 A; 3HBT A; 4CFD A; 1QSS A; 4O55 A; 5EVZ A; 4BRH A; 3RVC A; 2PBD A; 1EKE A; 4IXC A; 2OPQ A; 3HM8 A; 1RFQ A; 3THY A; 5E84 A; 4B9T A; 3K0S A; 4LF7 K; 3HO1 A; 1JLG A; 1RDB A; 4GV9 A; 4Q5V A; 4C8M A; 3TAR A; 2IVO A; 2F8T A; 3M5R A; 4DUZ K; 1LCU A; 5HRR A; 4CZM A; 2WUS A; 2HF4 A; 3ALY A; 4CGJ A; 3EZ5 A; 3DLE A; 2IGI A; 3KK2 A; 1SS6 A; 2ZJQ L; 4Z0U A; 3L2V A; 1C1C A; 4YHH K; 4N76 A; 3WXM B; 2NRW A; 1TV6 A; 4FJK A; 4EHU A; 2UUB K; 3W3D A; 2QWP A; 4BRN A; 4XH5 A; 3ZYY X; 3UE5 A; 1RDW X; 1D9D A; 3UKU A; 4J2A A; 1ITG A; 4CGD A; 2Q0R A; 3V81 A; 4FJI A; 2GEL A; 3JAM O; 4JKD A; 4ELV A; 3C7N A; 5HRP A; 2XY5 A; 4NCA A; 3MWP A; 2B4J A; 1C1A A; 4GMJ B; 5I9E B; 3DLG A; 3Q7C A; 2HHV A; 3VQ4 A; 4B3M K; 2FBY A; 1YHQ N; 3VEX A; 2YJF A; 1UA1 A; 4M3Y A; 1LW2 A; 3PY8 A; 2BAN A; 1XI1 A; 2UYT A; 4CGG A; 1S6P A; 3D45 A; 4GKJ K; 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3QEV A; 2QM1 A; 1JKH A; 3SV3 A; 3O9R A; 1D8Y A; 3WNG A; 1MDU B; 4CCH A; 3AA5 X; 2A5X A; 3BF1 A; 2DTU A; 2ZD1 A; 1GLF O; 2I5J A; 1XHX A; 1T3V A; 1VK0 A; 1EWR A; 3R9P A; 4BR9 A; 3QIP A; 1Q8I A; 1U04 A; 3THX B; 5ADX A; 3AVL A; 4B08 A; 3ZT0 A; 4H5V A; 5KQD A; 3NF7 A; 2P9U B; 2V7Z A; 1ZC6 A; 2YNI A; 3OHR A; 4DSL A; 2NUB A; 3IMX A; 5FDL A; 3WEE A; 4CK3 A; 3T69 A; 4JEP A; 3K5O A; 2ITM A; 3EKS A; 3CJC A; 2OAN A; 3U9Z A; 4EHT A; 5LMN K; 1SKR A; 2G8U A; 2RKI A; 2PYJ A; 4DR1 K; 1GLC G; 5EX5 A; 4KH4 A; 4BE0 A; 4M3R A; 2HHX A; 4LFB K; 4HTU A; 5CYQ A; 5AQQ A; 3FFK B; 4JHD B; 2Q3S A; 1RT2 A; 1ASW A; 1TGO A; 3HTV A; 2EX3 A; 5C12 A; 3DRS A; 1VQL N; 3RSE B; 3SAH A; 2YHB A; 4OJR A; 4DCH A; 3O9U A; 4OLB A; 2AJQ A; 3QEW A; 1XMO K; 4DSJ A; 1U4B A; 4M42 A; 1J6Z A; 4LF9 K; 4Y0W A; 2W42 A; 1OH7 A; 3VA3 A; 4H03 B; 1CLQ A; 4IEE A; 2IDO A; 1NWK A; 3G6E N; 2FSK A; 2YI1 A; 3VQC A; 4E0D A; 2H3G X; 3QO9 A; 1SKW A; 3SQ1 A; 3TTC A; 2OPS A; 2A1S A; 1FJG K; 4FJL A; 3A8Y A; 2BDP A; 3CC2 N; 3R3L A; 4A61 A; 1YUW A; 2EWS A; 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