4AHVA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahvA00
4OPKA 3K59A 3DLKA 3O4NA 4ZTFA 2IOCA 4PQUA 4BACA 3KLEA 2Z1JA 4M45A 4CEQA 3NGIA 3VQQA 4LH4A 4DQQA 1HPZA 2RKIA 4I9LA 1NJZA 4C8OA 1U47A 1WSFA 4IG0A 4DTJA 4F2SA 4KHYA 1C1BA 1O1WA 1IKYA 3I0SA 3AVKA 5I42A 4RW7A 5J2MA 2FBTA 3NAEA 4M3TA 3OS1A 3D0PA 1VRUA 3HPHA 1VSFA 1XWLA 4KRFA 2OPPA 2GV9A 4M3XA 3ZSVA 4J2EA 2HB5A 5HLFA 4KKOA 1U4BA 4AHTA 2FBYA 3AV9A 3DM2A 3DRRA 3T1AA 3ZSQA 2HMIA 1RBUA 3SV4A 1RBVA 2XY8A 4HUEA 5KTQA 3TABA 4FVMA 2G8VA 3OY9A 3RWUA 4AHCA 1KFSA 2ATQA 1RTDA 1ASUA 1YTUA 1TKDA 2VWJA 3U3YA 1L3TA 1D9DA 5HRPA 3M8SA 1TAUA 4J2AA 2PYJA 4OLBA 1S9GA 1NJXA 1C6VA 3AVCA 2B6AA 3ZT2A 3LWMA 4AHSA 3A2FA 4B9TA 1CXQA 4DSEA 2HVHA 3CFPA 3JYTA 5E41A 3KTQA 2E4LA 1QS4A 2HHXA 1J9AA 4BE0A 4DF8A 3SPZA 3HXMA 5FRNA 3V9XA 1S1WA 4O5BA 3V1RA 4J2DA 4CGHA 3SJJA 2HHSA 3CQ8A 4CF1A 3S3MA 3OYBA 1C1CA 3CM6A 3E01A 5CY4A 3K5NA 4BDYA 4FM1A 2HHQA 3KKRA 3K57A 4M42A 5KI6A 3NFAA 3QEWA 1N5YA 3IRXA 3G0ZA 3AO1A 1JL2A 3ZT3A 4AHVA 1A5VA 1WLJA 4H8KA 3CYMA 1ZBLA 4FK0A 3QIPA 3PX0A 3OYEA 4NCAA 2IS3A 2KZZA 1LW0A 5J2NA 3OYLA 2HNZA 3AO4A 4EP5A 4DU1A 4RW9A 1ASWA 1X9SA 5HRRA 4Z4EA 1TAQA 1BCMA 4CHQA 1TGOA 2O4GA 3VQ5A 3VQ4A 4JS5A 3HSTB 1SKWA 2VG7A 3OVNA 1UA0A 4OVLA 4OKJA 4F2RA 1RILA 2KQ2A 4FJ9A 3AO5A 1EX4A 2FC0A 4B9MA 3LP3A 2EX3A 4OGEA 4CEOA 2B4JA 2ETJA 1VSHA 1UOCA 4OGCA 3WNEA 4M3UA 4LSLA 4W5QA 3AVJA 4FJXA 2WONA 1VK0A 2Z1HA 2KFNA 2Y1IA 2YV0X 2IC3A 2P51A 1CZ9A 4B8CA 2BANA 4DLEA 5HROA 3L2QA 1J53A 1KLMA 1BIUA 4FM2A 4DFJA 4B9VA 4DWIA 1QSYA 3L2UA 4CFAA 1SKSA 4I7FA 4CIEA 4W5OA 3NDKA 3T3FA 4E3SA 1NJWA 3OS0A 1S6QA 5D3GA 2OA8A 3OYFA 3RMBA 3OYNA 1R0AA 4KHUA 1LAWA 3V1QA 2AJQA 1Q9XA 4LD0A 3TAQA 4Z0UA 4FLXA 3V9ZA 3HVTA 3ZCMA 1A5XA 1EETA 4FZXC 4KHWA 3LPTA 3RTVA 4CJSA 3I8DA 2XHBA 4I9QA 4JRQA 3FFIA 1YVUA 4OPJA 3WNGA 4CJLA 4ELTA 1RDBA 2RPIA 3QERA 4BDZA 4EZ6A 4HHTA 3TAFA 1RBTA 3ISNC 3TR8A 3KLFA 2OYQA 5FDLA 2EHGA 2PY5A 4CK2A 1BGXT 3KJVA 4O0IA 4C8NA 4KI4A 4FZYA 1BI4B 3AA2A 3OYCA 3HPGA 1J54A 2IDOA 2RF2A 3AA4A 4CCHA 4CJ5A 2JGUA 1U04A 1JLBA 1WSJA 3VA3A 4MQ3A 3VQDA 2HNDA 1JLFA 2QXFA 4UQGA 1NK8A 3OYIA 3LZIA 4PUOA 1JLGA 4CFCA 4EZ9A 2X6NA 2HHTA 3L2WA 1DLOA 4H4OA 2P5GA 4OLAA 3KIOA 3NF9A 3NH0A 4DSLA 3DI6A 2NUBA 4PWDA 4FJ5A 3V9WA 4RG8A 3HO1A 1QQCA 4FW1A 4OKKA 4CJ3A 4DQPA 3ZSRA 2F8TA 1C0MA 5DK5A 4BWMA 2ZQBA 2VG6A 1X9WA 1A5WA 1HYVA 5SZTA 2QKBA 4FCYA 4KB0A 3VQEA 2G8KA 4L8RB 3M8PA 1G15A 3OJSA 2VWKA 1SV5A 1TK5A 3IAYA 1RT4A 4KTZA 4M3YA 3TAMA 5FRMA 4CHYA 1NK5A 1RNHA 2YHBA 4CHNA 1LWEA 3RR7A 4KTWA 4O44A 5C24A 4AILC 1TL1A 1RT5A 4DSJA 4CJVA 4O0JA 3SUQA 1RT6A 4CESA 3V1OA 1NKEA 4CJFA 4FJIA 4N41A 1NK7A 1UAXA 1ASVA 3M8QA 4AH9A 3HVRA 4DS4A 2OPRA 3AVGA 2ITGA 3LALA 4GW6A 1TK0A 3S9HA 3C6TA 3NH2A 4DTUA 5JS1A 2VG5A 3P83D 1W9HA 4W5TA 4B8AB 3OYAA 4DFPA 4CJQA 4CEBA 1HNIA 1WSIA 2X78A 2X74A 4HTUA 1KSPA 1HYZA 4Z4CA 4DQSA 2OZMA 4QAGA 3VQ7A 1SL0A 4E0DA 3U3GA 3OYJA 4XIUA 4FJ8A 1TKZA 3VA0A 4KREA 3L3UA 1NK0A 3THVA 2E6LA 3QEVA 3IG1A 1FKPA 1X9MA 4CIGA 2A1RA 4NCGA 4Q0BA 4KV8A 3OYDA 3PY8A 2X6SA 3AVFA 4OKEA 4DU3A 4DTXA 1L3SA 4N47A 4RW8A 3OJUA 1GOBA 3DOKA 1TVRA 4CJEA 5SWMA 3RRHA 3RR8A 4CECA 4DQIA 1Q9YA 1C0TA 1S1XA 4E19A 3JSMA 3KD5E 1HYSA 3QO9A 1T8EA 4GMJB 4DFMA 3V81A 1NK9A 4W5NA 1EP4A 1S9EA 3MEEA 3ULDA 4FLYA 3DLRA 1UWBA 3SPYA 4NYNA 3D45A 1DTTA 2D0CA 3O4QA 4E1NA 2JLEA 3OYMA 4F8RA 3L2VA 3UIQA 4J2BA 2BGGA 3RMDA 1IKWA 4CEAA 3SZ2A 2GBZA 3V9UA 2QKKA 4YFUA 3OS2A 1ZBIA 4BWJA 3KK2A 2KZMA 5J1EA 3DLBA 1BL3A 4CGGA 1U48A 1RBSA 2G8UA 3PX6A 4BE2A 2ZE2A 4IKFA 4K8XA 2BDPA 4B9NA 5HRSA 3C6UA 1YT3A 5HBMA 3SQ4A 3NF7A 4DS5A 4F4KA 1QSLA 1BIZA 1JXBA 3NHGA 5J2QA 3AVAA 4CFDA 3EY1A 1CXUA 4I2QA 4DSFA 3ZSYA 2R7YA 3AO3A 4LSNA 3SI6A 4FXDA 3P5JA 3CG7A 1IO2A 2FBXA 3AA5X 3L8BA 4FJ7A 1ZYQA 4CJKA 2Q3SA 4M3WA 1NOYA 3TAPA 4CJWA 1NOZA 4NYFA 1B92A 4IFYA 2D0AA 3DLEA 3NH1A 3DLHA 3IS9A 1RDDA 4Q5VA 3SV3A 1HMVA 1TV6A 4FJKA 3AVNA 4B9UA 4CF9A 2HW3A 3ZT4A 4E7KA 1Z25A 1QSSA 4FM0A 1QE1A 3S3NA 3ZSZA 1XHZA 1T03A 4FZZA 4FLTA 3QEIA 4DSKA 4C8MA 3AO2A 3TI0A 1RT3A 4NCBA 3ZSWA 5KRTA 3AA3A 3HM9A 1WSEA 3ALYA 1JLCA 1C0UA 5KRSA 1U49A 1RTIA 2YHAA 1MU2A 1B9DA 1S1TA 3MEDA 4MFBA 5CZ1A 1CZBA 1VSMA 3LZJA 4E7JA 3QNOA 3QESA 5J2PA 3V4IA 1SL1A 1T05A 1Z26A 4N76A 1J5OA 3LANA 3C95A 1K6YA 4CHZA 3B6PA 4DSIA 2HVIA 4E7HA 2PYLA 1NKBA 2D0BA 1VSEA 4N5SA 3TWHA 2YNIA 2G8FA 4FJHA 2HHVA 1S1UA 1REVA 3T19A 1FXXA 3HL8A 3KLGA 1TKXA 2A1SA 3AVMA 2HHWA 3NGYA 3SNNA 5T7BA 4DTNA 4LY7A 2XY7A 4RW6A 3SCXA 3QIOA 3SYZA 4CEFA 3M8RA 4M3ZA 3LAMA 1VSJA 1XI1A 2Z1IA 1KRPA 5DMRA 2PZSA 1SUQA 4CE9A 1LWFA 4DTSA 4CEZA 1LWCA 4E7IA 2ZD1A 1VRTA 3NF8A 1L3UA 4IG3A 4CHOA 2YNGA 4B3OA 3C94A 4FJLA 4KHSA 1U45A 2I5JA 3K5OA 4CGJA 1I39A 4FJMA 3VQPA 4FYDA 5I3UA 3CM5A 4KHNA 1ZBUA 4CFBA 1EXQA 3BGRA 4CERA 4K8ZA 3CFOA 1UA1A 1JXEA 2F8SA 5C42A 1D8YA 4CIFA 3F73A 3HP9A 3K5MA 1Q8IA 3MECA 1BI4A 1QTMA 4FJGA 1W0HA 4F3TA 1D9FA 4CGFA 3SQ1A 4KI6A 1JKHA 1WAFA 1NJYA 2GUIA 2XRIA 2LSNA 1RTHA 1BHLA 4OJRA 4CJUA 1EKEA 3DRPA 3NE6A 1XC9A 4JLHA 4HCBA 1RDAA 1WSGA 4ELVA 4KPYA 4IDKA 3RRGA 2HHUA 4CF2A 3RMAA 2KFZA 4FJJA 4TSXA 1NKCA 4CJPA 3KKSA 3VN5A 1NK4A 1RT2A 4DU4A 4JS4A 2XY6A 3EZ5A 4KB1A 3V6DA 1L5UA 1HQEA 4FLUA 3ZSOA 3NF6A 5KGWA 4H4MA 4HUFA 4LH5A 5EU7A 4FJNA 3K2PA 1S6PA 4RW4A 5C25A 5FROA 2Y1JA 3VQ6A 4E89A 2YNFA 1T7PA 3LP2A 1ZBFA 1ITGA 4M41A 5JS2A 3MXJA 3LP1A 1NK6A 3AVLA 4IFVA 3MXIA 1KVBA 4DMNA 3SQ0A 2E6MA 3ZT1A 4CJTA 1ZBHA 4KO0A 1BCOA 4C8LA 1TL3A 1SKRA 1IG9A 3QETA 1BQMA 3WNFA 4GVMA 2DFEA 3KD1E 4FLZA 4DTRA 5HP1A 2F96A 2XY5A 1RTJA 3AVIA 2DFHA 3TAEA 1HNVA 4I2PA 2OPSA 4ELUA 4E7LA 2YNHA 4AHRA 3HT3A 5CYMA 2HNYA 4CHPA 3NBPA 4HUGA 3PV8A 3VQBA 1WSHA 3L2RA 3VQCA 3DLGA 2KW4A 3O3HA 1JLEA 3MAQA 1JLAA 3LDSA 4ZTJA 2KTQA 3ITHA 4O55A 3ZT0A 4HCCA 2RN2A 3LWLA 3KK3A 2W42A 1YTAA 1JL1A 1B9FA 3I0RA 4CK1A 3PUFA 4CGIA 4FLWA 1CLQA 3SUOA 3OYGA 3QLHA 2YKMA 3VQ9A 3O3GA 4CJRA 2D5RA 1SL2A 1WNSA 4BDPA 3U6FA 4Y1DA 2G8WA 4KAZA 4R5PA 3H08A 1S1VA 1VSKA 1RCHA 4N56A 3DRSA 1IKXA 3AVBA 4DF4A 3MXMA 1KTQA 2DY4A 2P5OA 3DOLA 4JRPA 1RBRA 4CF0A 4QOZB 1KCFA 2WOMA 1BQNA 2G8IA 1TKTA 1WAJA 3ASMA 1JLQA 4DLGA 2O4IA 1BISA 2IAJA 2OPQA 1HRHA 4CJ4A 3QEXA 4B9SA 1LW2A 3PO5A 3EYZA 1Y97A 2DTUA 4HVJA 4FLVA 3LAKA 4CEDA 3V9SA 4G1QA 3DYAA 1X1PA 1DTQA 3NCIA 4DQRA 2YKNA 3HP6A 4KTQA 5HRNA 3KK1A 4Z4HA 1D5AA 1VSLA 4ZHRA 1FKOA 3KLIA 3QEPA 4CK3A 2OZSA 3OYKA 4DFKA 4Z4GA 3KLHA 3AVHA 1LAVA 3S3OA 4QCLA 2DFFA 3DMJA 1C1AA 3HPOA 3P1GA 5CZ2A 3K58A 2FBVA 2P1JA 3LPUA 1KLNA 4Z4FA 3HK2A 3TAGA 4ICLA 4Y1CA 3VQAA 4DTOA 4M3RA 1WN7A 4BE1A 1RDCA 3L3VA 4WE1A 1HQUA 3VQ8A 4DG1A 3CFRA 2BE2A 4AHUA 3SUPA 4KHQA 4PY5A 4PA1A 4FW2A 1GOAA 3QNNA 3HJFA 3SQ2A 1HJRA 4CEEA 3BDPA 5K14A 3B6OA 4IBNA 1VSIA 2B5JA 3PX4A 1TK8A 2G8HA 1QHTA 3PO4A 1VSDA 4EP4A 4DTMA 4F3OA 5CYQA 3K5LA 1N6QA 1FK9A 4ID5A 4KFBA 3SUNA 1GOCA 2Z1GA 3F9KA 3ZSXA 4B9LA 1I3AA 3WNHA 4B08A 4E1MA 5KGXA 3TARA 1S5JA 4O4GA 1F21A 3OYHA 2IGIA 1RT7A 3TANA 1L3VA 4FK4A 4DTPA 4FK2A 3NGZA 4Z4IA 1IH7A 1XHXA 4ID1A 3G10A 1RT1A 3HYFA 4W5RA 4C8KA 3MEGA 3O3FA 1LV5A 2QK9A 1KVCA 3LP0A 4CF8A 2XO7A 4YNQA 3RMCA 1IKVA 1KFDA 3QINA 1KVAA 4CGDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K59A 3O4NA 2IOCA 4PQUA 1OKJA 4DQQA 3NGIA 2UUCK 3FZKA 1WSFA 1C1BA 1IKYA 4GKJK 2QWLA 1BA0A 2RE2A 3NAEA 1KQSM 1XWLA 2OPPA 2O8DA 2HB5A 4CD1A 3AV9A 4LC9B 3T1AA 5AZIA 3ZSQA 1RBVA 2BUPA 3L0QA 3CMAN 1NWKA 4FVMA 2G8VA 3OY9A 3RWUA 5GAGP 1ASUA 4B9QA 3U3YA 2WFBA 3DXMB 4IZ9A 3J7AP 1S9GA 3AVCA 1HLUA 2B6AA 5IT9O 3EZWA 3MWTA 4AHSA 3A2FA 4DSEA 5EVZA 3J8AA 3CFPA 3N4PA 2HHXA 3SPZA 5FRNA 2NRTA 3HXMA 1YJ9N 1S1WA 3PSFA 4WFBL 2FF6A 3V1RA 2HHSA 1H1VA 3CCVN 3OYBA 3CM6A 4O8UA 3DXKB 3GG4A 2P9NB 3QEWA 5AQNA 3IRXA 1JL2A 5EXWA 3OHRA 1ZBLA 3QIPA 3PX0A 2E2PA 3OYLA 3AO4A 4EP5A 4Z4EA 4RW9A 5ELZA 1X9SA 4R79A 1TGOA 3VQ4A 2V7ZA 3HSTB 3OVNA 5CE3A 1UA0A 4FJ9A 3AAQA 1KC8O 4BQLA 1BUPA 1NM1A 4OGCA 3WNEA 3D2FA 4A57A 2WONA 4BR7A 4JKCA 4DLEA 3L2QA 3H1VX 4DWIA 3EN9A 3W0LA 4O8KA 1SKSA 3FR0A 3T3FA 2P9UA 1S6QA 4JI2K 5D3GA 4BRKA 1ESVA 3FZFA 3I8BA 1R0AA 3V1QA 4LD0A 5ADXH 2NRZA 3V9ZA 3HVTA 4FZXC 3LPTA 3WT0A 1CZAN 2XHBA 2ASMA 4I9QA 4JRQA 3FE1A 1YVUA 4IO9L 3SAFA 1RDBA 1YJWN 4BDZA 4H5NA 4WFNL 1C0FA 1ZXOA 4HHTA 1JJ2M 4EZ6A 5AQKA 5FDLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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