4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
2A42A 4BRHA 5BN8A 1ZC6A 2A3ZA 3AY9A 1MWMA 2CGJA 4FWNA 4IZ9A 3DJCA 3WT0A 2DPNA 4B1WB 1MDUB 4ISFA 1E4GT 3ULEA 4BR9A 3VGMA 1V4SA 2A6AA 4XEIA 1RGIA 4CBXA 3A5OC 4RWTA 5JICA 1NGIA 5AQSA 1SQKA 5AQQA 3VEWA 3HTVA 4H0PA 4PL8A 2I7PA 1YUWA 2P9SA 5AQZA 5AQJA 5KQ8A 3GL1A 2UYTA 3CJAA 3UKRB 1DKGD 3UKUB 2QWRA 1NLVA 2VWBA 2P9NA 5AZIA 3WXKA 2Q36A 2FXUA 3EKUA 1ZBSA 4CZEA 4I6MB 1ATSA 3C7NB 4BR4A 3LM9A 3F9MA 4WQ4A 1Y64A 4PKGA 5E26A 4FL9A 3O8MA 3WXJA 4CBWA 3FZFA 3O4WA 3VERA 2P9UB 2HF3A 4EHTA 3ZEUB 1ATNA 5AQIA 3MN6A 4NO7A 3MDQA 1NGAA 3EO3A 2A5XA 3VPZA 1K8KB 4IO8A 3D2EB 3EZWA 4M63C 5I9EB 3S41A 3VF4A 2QWLA 4H5VA 2E2QA 4BG8A 1QHAA 5AZJA 2GUPA 3DXKB 4IJAA 2VYPA 3FR0A 3IDHA 4LC9B 3H3OB 4H0TB 2D1KA 4H5TA 4BR7A 3HSCA 1BA0A 2GWKA 5AQOA 2D0OA 2YHWA 2OANA 4KBOA 5AQKA 3O1WA 3MMVA 2IVOA 4FWRA 1DGKN 3G25A 5F2RA 1HKGA 3O1BA 3WQTA 3O08A 4B9QA 5BPMA 2FSJA 1HLUA 2NZTA 4K42A 5AFUH 3CJCA 2D4WA 2E8AA 2GTDA 5EY4A 4EFHA 3H46O 4MLHA 4Z94A 1Z6RA 2Q1NA 2EWSA 2Q31A 4FWLA 2P9LB 2FSNA 3IMXA 4BROA 3RSEB 4CZJA 3A5NC 3I33A 1SAZA 3C0BA 3CIPA 3LDNA 3D2FB 4FSVA 4FPBA 4BR2A 5LY3A 3UKUA 4B1UB 2AA4A 5F1XA 4A62A 1GLAG 5AQTA 4BRIA 1R59O 4MLEA 2ASPA 2ZF5O 3ZETA 3DAWA 1X3MA 2E2PA 4I6MA 3C7NA 5AQFA 4CBUA 5ADXH 3QBXA 3WEEB 4MO4A 2P9UA 5AQPA 1BUPA 3H1QA 3GE1A 3ZEUA 2YCHA 3O80A 3WQUA 4BRKA 5AQMA 2PAVA 1K8KA 3BEXA 3D2EA 3LDOA 1YXQA 1BWFO 3KZBA 5KPZA 2QWQA 3M1FA 3W3DA 4BRMA 1C0GA 2GWJA 3FFKB 4BRQA 2CGKA 1GLFO 2WUSA 2E2NA 1QQMA 2F9TA 4WQ5C 2GELA 3B8AX 3VESA 3CQXA 2ZGYA 3JXUA 3A5MC 2IVNA 3UE5A 4FWPA 1ZXOA 1QQOA 1YVNA 4NB4A 3HI0A 5BPNA 2W41A 2BTFA 1KAXA 3BUZB 3LDQA 3SK3A 1NGCA 1JCFA 2P9IB 3CETA 4BRNA 1U2VA 1Z05A 2ZGZA 5AFUA 4PKHA 5BR9A 3QB0A 4HWIA 4CZKA 4H03B 5AQVA 4B1ZA 2A41A 4C23A 4DB3A 3QICA 4BRLA 5JLHA 2P9KA 3OHRA 2Q97A 3FGUA 5BRDA 1MA9B 2E88A 4JAXA 3VETA 4CZLA 1HX1A 1SZ2A 3RSEA 3UB5A 3M3ZA 2IVPA 3ENHA 2PBDA 1GLEG 5KQDA 2V7ZA 3P4IA 3U9DA 3D2FA 3DXMB 3R8EA 4BR0A 1X3NA 1QQNA 2CH6A 3TU5A 4L3QA 3CQYA 4XH1A 4H5RA 4CD3A 2V51B 2Q0UA 4BR5A 1NGEA 3MN5A 5AQRA 5ADXA 1P8ZA 2HMPA 1BO5O 5AQGA 3WEEA 1NWKA 3VEZA 2YHYA 1S22A 2ZWHA 1XUPO 3M6GA 4E1JA 1NGJA 4CZIA 5LJVA 5EX5A 5ELZA 2E1ZA 5AQHA 4A2AA 3J8AA 2HOEA 4JHDB 3A5LC 4CZFA 3D7EO 4AM6A 3LM2A 1T6DA 3A0IX 5EXWA 3DWLA 5JLFA 1NGGA 1QZ6A 1KAZA 2GEMA 5AR0A 3IUCA 1G99A 4BC4A 1WUAA 1NM1A 4WYBA 3FLCO 3ZX2A 1BA1A 4GY2B 2VCPA 3H1VX 2ASOA 3ID8A 2QW9A 2F9WA 3CJ1A 4CI6A 2QM1A 3FZHA 1NMDA 2P9NB 4FWOA 4WQ5A 3CJ9A 1HUXA 3CJBA 4F9OA 3UKRA 2W40A 4FO0A 4CZMA 2A40A 3QMLA 2P9IA 4EIAA 4YDUC 4B1XB 3HBTA 3QFPA 1RDWX 4FPAA 2QWOA 4PKIA 3FZLA 4AM7A 5BRFA 2AP1A 4K43A 4O5FA 1GLDG 4K25A 3MK6A 3CI5A 2FF3B 1WOQA 3VEVA 5FPEA 1HPMA 3MN7A 3WXIA 3W0LA 2E1YA 3VF2A 4XH5A 2I7NA 3JS6A 3DXMA 2Q2RA 3L6QA 1BDGA 1NGBA 4GNIA 4BRCA 1GLLO 1HKCA 3MN9A 1D4XA 4FOEA 3U4LA 3VF6A 5AQYA 1TYQB 3DXKA 5BPLA 4FWQA 4BRFA 3CHWA 3LDPA 4EAHD 3FE1A 2NLXA 2E20A 3WXLA 1IG8A 5LJWA 4BRAA 2YJFA 1S3XA 3GBTA 5AQNA 3KHYA 4FWKA 4JD2B 3BP8A 5BREA 4CZHA 1YAGA 4K41A 3ATUA 2P9PB 3QFUA 4JHDA 3EKSA 3R9PA 1GLJO 1GLCG 3VGKA 4EHUA 2E2OA 1RFQA 3VEXA 4DQ8A 2ITMA 2FLOA 1JCEA 4H0OA 1BG3A 3BF3A 4XH4A 5AQWA 5FPMA 3U8XA 3ENOA 2P9LA 4M7YA 5FPDA 5AQXA 1BOTO 3SMSA 1HJOA 2J4RA 3VEOA 4BGBA 4DHYA 4B1YB 3QDKA 3L0QA 2YHXA 2CGLA 3ZETB 3MCPA 4Y0WA 3ZX3A 4BRDA 1MWKA 1TUUA 1Q18A 3HZ6A 3FZMA 5AQLA 1T44A 3GOIA 4DCHA 4J8FA 1ATRA 3AAQA 4QS8A 1NGDA 3A8YA 3BF1A 4ISGA 3HM8A 3H45C 2Q0RA 3IFRA 4JN4A 3VGLA 4QS7A 2FF6A 1T6CA 2YI1A 2FSKA 4HTLA 1KXPA 4A2BA 4YDUA 2V52B 4BC3A 4BVPA 4BREA 3SLCA 1XQSC 4H0XB 2NRHA 2H3GX 3R6MA 2QXLA 3O6WA 2IIRA 1BU6O 3ULEB 3AARA 1HKBA 5EVZA 4B1VA 5BN9A 4O8KA 4QS9A 5TKYA 1XC3A 1E4FT 3O5BA 4PL7A 4RTFD 3CERA 1U6ZA 4H5WA 4BVOA 2KHOA 4ISEA 1CZAN 3EL2A 5E84A 4M7XA 5KPRA 3SMPA 1TYQA 1OKJA 1LCUA 4FWSA 4BC2A 1X9JA 2P9SB 2D0PA 4IWVA 4BC5A 4BG9A 1TUYA 5JMVA 4CJ7A 4BRGA 3SJHA 4IJNA 4WQ4C 3VENA 4CZGA 2CH5A 3VEYA 4MO5A 5AZIB 1EQYA 4JD2A 1U2VB 4RCHA 2P9PA 4H5NA 5AQUA 5KPTA 1JCGA 3VOVA 5FPNA 4BRPA 4IXCA 1QZ5A 1NBWA 1DEJA 3ATVA 2P9KB 4FOIA 4JNEA 4BQLA 1LOTB 1J6ZA 1ESVA 1C0FA 3KVGA 4BQZA 3LDLA 3TPQA 1KAYA 3H6EA 3H3NO 2HF4A 4BGAA 5BRHA 1V4TA 4H0VB 3I8BA 3CJ7A 4CD1A 1NGHA 1NGFA 1GLBG 3LL3A 4H0YB 3QBWA 5AZJB 3U9ZA 3ZX0A 2ASMA 2BUPA 3GDQA 5F0XA 2QWPA 1H1VA 5EOYA 2YJEA 2QWNA 5CE3A 3GG4A 3FZKA 4FWMA 4A61A 1IJJA 3EN9A 5B8HA 3L4IA 2V7YA 2QWMA 3WUHA 3AAPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E9OA 2P5OA 2Z1GA 4AHUA 4Y1CA 1RDAA 2A3ZA 3AY9A 4CJ4A 1JXBA 3QEIA 3DJCA 2FBVA 1RTHA 3B6OA 3SV3A 4NCAA 4BR9A 3VGMA 2WFBA 1V4SA 1WBDA 2QEXN 5DM6L 4RWTA 1RBVA 3TABA 5AQSA 4GV3A 3VEWA 1J54A 4J2AA 3K5OA 4PL8A 5KQ8A 3SAHA 3CJAA 2QWRA 1W2BM 4CEBA 4BACA 4LF9K 2A1RA 4LFAK 2Q36A 2FXUA 3O9SA 3EKUA 3N4QA 3VQ4A 4I6MB 2ZJRL 3BDPA 4CE9A 1NG9A 5D3GA 4DU1A 1Y64A 1B9DA 4A5AA 1JJ2M 2E4LA 2P9UB 3TAEA 3D0PA 4IFYA 1WNSA 3RMBA 5J1EA 4JI4K 4NCBA 3OW2M 4NO7A 4OVLA 5BR8K 4YOVA 2O8DA 2D0BA 4DUZK 1I39A 3D2EB 4DF8A 3VF4A 1FJGK 3AVBA 3TTFA 3ITHA 2VYPA 2WOMA 3C6UA 1N5YA 3I0RA 1DTTA 2D1KA 4H5TA 1EKEA 3MECA 5CR4A 3DOLA 4GW6A 4IKFA 3CM6A 3NBPA 2YHWA 4FZYA 3TSPA 3ZT2A 1TAUA 4O8UA 3F9KA 1HKGA 5LMUK 4DSEA 1DT9A 4B9UA 1TKTA 3CJCA 3KK7A 4PWDA 3CXCM 4KO0A 4HCBA 2Q31A 4FWLA 3OBYA 2P9LB 3LZJA 3A5NC 4FJXA 3VQ6A 3C0BA 4B9NA 3K57A 3DI6A 4CIGA 3AGRA 5LY3A 3UKUA 2BDPA 5HOOA 4OKJA 3T1YK 2AA4A 3JAMO 5F1XA 5CZ1A 3WNEA 4Z4FA 3ZETA 3L3UA 1D9DA 1KRPA 2O8FA 1YT3A 1IV0A 3THVA 4F3OA 4J2DA 3MX5A 4E0DA 4R5PA 1UA1A 4FJ5A 4DQQA 3ZEUA 4X65K 2KZMA 4M3UA 2YCHA 2UXDK 3LZIA 4F8RA 3ZSZA 1VK0A 2GV9A 1J5EK 4JKGB 2BE2A 3RMDA 3KZBA 5C10A 3D45A 3W3DA 3AA2A 3FFKB 2WUSA 3K5NA 2E2NA 3E66A 1BIZA 2KTQA 1JLBA 5HLFA 2P5GA 2JWLA 3EY1A 3UE5A 1YVNA 5GAHP 1U47A 4B3RK 1D8YA 1O13A 2ZE2A 2XY6A 1TKZA 4DFKA 1VSEA 3BUZB 1BQNA 1K6YA 4GVMA 1JCFA 1KTQA 4HUFA 1IKWA 1U2VA 1WSGA 2ZGZA 3TWHA 3MXMA 4HWIA 4ILGB 1NK0A 3I8DA 3DLBA 4YY3K 4KH6A 3CMEN 4C23A 4DB3A 3CM5A 3QICA 4CGFA 2P9KA 1N34K 1Q82O 4NCGA 1HX1A 3UB5A 1QSYA 3DRSA 3P4IA 1LWFA 2VQEK 3R8EA 4BR0A 1X3NA 3NHGA 4GV6A 3TU5A 4CD3A 3CPWM 5FROA 5AQRA 3K5MA 4HUEA 1BHLA 4CJWA 1RT6A 4NLCA 2YHYA 1SS6A 3L2WA 3L2UA 1S6PA 4Q0BA 3SAFA 4DTNA 3DLLL 3HJFA 4YFUA 3A5LC 4WF9L 2UXBK 3BY5A 3VQBA 3LM2A 4PY5A 4ID1A 1T6DA 4BWMA 3A0IX 5JLFA 1Z25A 1NGGA 5DMRA 4N56A 5AR0A 4FCYA 1G99A 5HP1A 3ZX2A 4CJ3A 2W6LA 3MEEA 4GY2B 4JKFA 1ITGA 4QOZB 4OGEA 1NU0A 4FM2A 1VQNN 2RPIA 3LALA 4CFAA 5FDLA 2F9WA 4JLHA 4B9VA 4E1MA 3SUQA 3TTDA 1IKYA 1NMDA 2NRRA 1A5XA 1S1WA 4FW2A 1NKEA 4HCCA 4I9LA 3AO1A 4YDUC 4B1XB 3QFPA 4BY9C 4I9QA 3HRGA 3EE9A 4JV5K 3ASMA 3KWGA 5MLCQ 2O8DB 3LANA 4K25A 5GIOA 1WOQA 4AHTA 5FPEA 3MN7A 3SQ0A 3OJUA 3SCXA 3VF2A 4E7KA 3DXMA 2Q2RA 4FK2A 4CEZA 3CCSN 3DM2A 1EWRA 1HKCA 3CCUN 2HBLA 1D4XA 3PLAA 3U4LA 4DS4A 2G8HA 1VQKN 5AQYA 2NNWA 3LP3A 4QCLA 1JLEA 4BRFA 3CHWA 4BDZA 5HRNA 3SAGA 1QSLA 2NLXA 1N6QA 1B9FA 3O9TA 1C0UA 3MEDA 1IG8A 4B9MA 2YJFA 3GBTA 1IBMK 3KHYA 1BI4B 4CZHA 4JI7K 3OYMA 3QFUA 2O8CA 4DFPA 3R9PA 3J7AP 1S1UA 1GLJO 1GLCG 5M1PA 2YNHA 3MXJA 2ITMA 4U67L 4OPJA 2FLOA 4H0OA 3BF3A 3U8XA 3CCRN 3TTCA 2ZJPL 1X9MA 1XMOK 2OZSA 3NVKA 1KFSA 2HNYA 1VSIA 4G1QA 4LD0A 1YVUA 3VEOA 4BGBA 3OTOK 3AVAA 2BH1A 3L0QA 1J9AA 3AGKA 3ZETB 5M1FA 4Y0WA 3HO1A 4BRDA 4W5RA 4AHVA 1WSIA 4DCHA 4CK3A 1ATRA 4QS8A 3A8YA 4ISGA 3HM8A 3IFRA 1HNZK 1S1XA 3O9QA 1NOYA 4LF5K 1WLJA 2YI1A 2FSKA 4EP5A 1WSHA 1KXPA 4BVPA 4BREA 4EZ9A 4O0JA 3T1HK 4H0XB 1EX4A 2NRHA 2H3GX 4X64K 4FLZA 2QK9A 1BU6O 4Q5VA 1Y97A 3NMUA 1NJXA 4B1VA 3HP9A 5TKYA 1TGOA 2YHBA 4BVOA 5E84A 5KPRA 3DLRA 3NDKA 1IG9A 1YJ9N 1ZBLA 4KREA 4FWSA 4BC2A 4FVUA 5KRTA 4CIFA 3S3OA 4N5SA 3QIOA 4IJNA 3K9JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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