5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
3CQ8A 4FXDA 1JLBA 3AV9A 1HJRA 3AVFA 4BDZA 3AA5X 4ID1A 4CFAA 3TAFA 1S1UA 1TK0A 3HJFA 4E89A 3CM5A 3ISNC 3RMAA 4FJLA 4FJ5A 2RPIA 1D9DA 4DQRA 3AA2A 1Q8IA 1ASWA 2B5JA 1VSMA 3KKRA 3G10A 4RG8A 3MECA 5DK5A 4CK1A 4HCCA 3DOKA 5CYMA 3KLGA 4Z4IA 1EKEA 3SZ2A 1CXQA 1KFDA 3B6OA 4IFYA 4ICLA 1S5JA 4QAGA 4CJEA 1NK4A 1LWFA 1JLGA 4FLXA 4KHSA 1W9HA 2D0BA 3SYZA 2WONA 3I0RA 4CF1A 4K8ZA 1A5VA 1C1BA 3KK2A 3NH2A 3AVGA 2O4GA 3VQPA 1S9EA 5HRPA 1NKBA 3VA0A 2BDPA 1QHTA 1WSHA 3DLHA 3RWUA 4FJKA 4N76A 4M3ZA 2DY4A 3NF8A 3AVMA 4BDYA 4FLUA 2ATQA 4DSEA 1T03A 5HRRA 2XRIA 3K5MA 4E1NA 4XIUA 2D5RA 1C1AA 4EP5A 4E7KA 5I42A 3HVTA 2KFZA 3C94A 3HPOA 4FYDA 1U48A 3PO5A 1ASUA 3KLEA 3V4IA 3HL8A 1RDCA 1QS4A 4LSLA 1YT3A 3U6FA 4RW9A 1RT4A 1VSHA 2Z1IA 3OS1A 2B6AA 4HHTA 2ETJA 1VSFA 4DLEA 2JLEA 3NH0A 4KTWA 3TARA 1KSPA 3QEVA 4B9NA 1LW0A 4CGJA 1Q9YA 1EXQA 3DMJA 4CJKA 3RRHA 1SL0A 4DU3A 1NOZA 4EZ9A 1TL1A 2VG5A 4Z4EA 2B4JA 1L3UA 5J2MA 5KGXA 3K5LA 1KLNA 2DFFA 4Y1CA 3DLBA 3NH1A 4FZZA 2AJQA 1VRUA 4CHYA 3DRSA 3SJJA 4F8RA 3EZ5A 3RMCA 4FK2A 3OYDA 3PX4A 2A1SA 4KAZA 1IKXA 1RTJA 4F3TA 4JRQA 3SI6A 2G8FA 1NK7A 4W5RA 4E19A 1O1WA 4B8CA 3C95A 1HYZA 1REVA 1F21A 1WSIA 3AO5A 4B8AB 3NE6A 4WE1A 1X1PA 1QSLA 3AVHA 2RKIA 2HB5A 3OYMA 3S9HA 5CY4A 4CEBA 2HNYA 3V1RA 2HNZA 4KHYA 1RBUA 1B9FA 1WSEA 3QINA 1QE1A 3LZJA 4AHRA 4M3WA 3I8DA 1RT6A 1VSLA 4O0JA 4OKEA 4E7HA 3MXIA 3S3MA 1IG9A 4CEOA 1WSJA 3PY8A 2D0AA 3ZT2A 1KVCA 3ZSOA 1ZBIA 3SNNA 4ZTFA 3AVCA 4CJ4A 1B9DA 3HT3A 3F73A 1UA1A 1T8EA 4ELUA 3KK3A 3QERA 1CZBA 1VSIA 4CJLA 2OYQA 4CHNA 4FK4A 3SV3A 5K14A 1U45A 3CYMA 2D0CA 4CF0A 4PQUA 4KTZA 3WNFA 5SZTA 4CF2A 4FJ9A 1JLFA 3DLEA 4DFKA 3RTVA 1NKCA 3CFPA 3AO1A 4M42A 3L8BA 2P5OA 1TV6A 1LWEA 2Q3SA 3NF7A 3WNGA 4HUGA 4DTXA 2R7YA 1HRHA 1HPZA 4CGHA 1BI4A 2DFEA 3OYCA 4OGCA 2HHQA 2HVIA 3O4QA 4KHUA 3PO4A 1HNIA 1S6PA 2GUIA 4B9TA 1JLQA 2W42A 2X6SA 4Y1DA 4BACA 3I0SA 4FJMA 3SUNA 4KHNA 4M3YA 1TGOA 3VA3A 5C42A 3AO4A 4JS5A 4CJ3A 1ZYQA 4L8RB 4CK3A 4HCBA 4K8XA 1B92A 1BGXT 1WSFA 3V9SA 1WAFA 2VWKA 1J53A 3V1QA 1S1XA 4CHZA 4CIFA 2XY7A 1XHZA 1NK6A 2OZSA 3WNEA 4O0IA 4CJ5A 3EY1A 4IKFA 2FC0A 4FW2A 4AHSA 1SKRA 1RT1A 2X74A 1W0HA 3D0PA 2RF2A 4M45A 4W5QA 4DTRA 2KZZA 4LY7A 4CJUA 3BDPA 4AH9A 1RDDA 4BE1A 3ZSQA 4DSIA 4J2DA 4CEZA 1EX4A 1N5YA 4YNQA 4Z4CA 4BDPA 3H08A 1SL2A 4DMNA 4NCBA 2Y1JA 4QCLA 3HVRA 1VSKA 4W5NA 2G8KA 5D3GA 4CJVA 4DTSA 1TAQA 4HUFA 3L2VA 3HPGA 3L2QA 2ITGA 3O4NA 4OKKA 3SCXA 3TAGA 3NGYA 2P5GA 1VK0A 3OYHA 3OYEA 2P51A 4OPJA 1TKDA 4FJ7A 4CFDA 1TK8A 4DTUA 4M41A 3NHGA 3LANA 3UIQA 2IOCA 4Z0UA 3VQCA 1C0MA 4LH4A 5KGWA 4RW6A 3OYLA 4Q0BA 3SPZA 4OKJA 3PX0A 1RT2A 4KHWA 3IAYA 1TKZA 1Z26A 3LPTA 5EU7A 1KFSA 3L2WA 4CEDA 2OZMA 1TVRA 2FBXA 2OA8A 3ZCMA 3SQ0A 3K5NA 1JKHA 4F3OA 4KPYA 3V1OA 3HYFA 1UA0A 4DU1A 1C0TA 1HQEA 4CHOA 1BHLA 4H8KA 5E41A 4JRPA 3FFIA 4DSKA 4CEQA 1Z25A 4Q5VA 1ZBHA 2I5JA 3DOLA 4Z4HA 2Y1IA 1TKXA 1JLEA 4GMJB 4PA1A 2G8WA 3T3FA 3LP2A 4GW6A 1NJWA 4ELTA 2YKNA 3M8SA 2VG6A 3LAKA 1HYVA 1WSGA 4NCGA 3M8PA 3D45A 1D5AA 3L3VA 3KK1A 1BISA 3QEXA 4IG3A 1U4BA 1QSSA 1BL3A 5FROA 1XWLA 4CIEA 2G8IA 1C1CA 1GOAA 2FBTA 1RDBA 4UQGA 3OJSA 2P1JA 3P5JA 3V81A 5HROA 2Z1GA 3AVIA 1EP4A 4H4OA 3KJVA 1J5OA 3S3NA 1TL3A 3V9XA 3DLGA 1SKSA 4CGIA 4QOZB 3AVLA 4I7FA 3V9WA 1DLOA 4AHTA 4LH5A 4CJTA 1VRTA 1X9WA 1D9FA 4CECA 1CXUA 3NAEA 2HHWA 1EETA 3E01A 5CYQA 4DTMA 2XY6A 1C6VA 2YKMA 1XC9A 2Z1JA 4IDKA 3KLHA 1NKEA 3V9ZA 3TABA 1SL1A 2WOMA 1WNSA 4FM0A 1YVUA 4G1QA 3L2RA 5SWMA 4NYNA 2XHBA 3CM6A 4HTUA 3LP0A 1X9SA 3AVAA 3AO3A 3ULDA 5J2NA 3NGZA 4CJPA 4CIGA 1IH7A 1NK9A 4OLBA 2F8TA 4RW7A 3DYAA 4C8KA 4DS5A 4O5BA 3HXMA 2DTUA 2IDOA 1HNVA 4OLAA 1A5XA 1A5WA 1KVBA 5T7BA 3TI0A 4AHVA 2PZSA 1ASVA 4OPKA 2HNDA 3MEEA 4FK0A 3AA3A 3OYJA 1BIUA 4PWDA 3DRRA 4CEFA 3LWMA 3MEGA 2G8VA 3VQDA 3ZSVA 1IKVA 2YNFA 4DF8A 4FLTA 3OVNA 4MQ3A 1N6QA 2A1RA 4ZTJA 4B9SA 3ASMA 3L2UA 3OYFA 4B9LA 3QIPA 4FZYA 4FJ8A 4KREA 4C8NA 3OYAA 3DRPA 4H4MA 2OPRA 4CHQA 3CG7A 4R5PA 3B6PA 3NDKA 2YNGA 1KTQA 4KB0A 2FBVA 3DM2A 4KB1A 4AILC 1RBSA 4BE0A 5C25A 3JYTA 3AO2A 5HBMA 1RTIA 3AVKA 3LPUA 3QNNA 3QIOA 4FLWA 1WN7A 4B9MA 1FXXA 1NOYA 2LSNA 4E3SA 2HHXA 1TK5A 4FW1A 2EHGA 1S1VA 4E1MA 1JL2A 2IGIA 3KD5E 1HMVA 3TAEA 1BIZA 4MFBA 4E7IA 4M3TA 1MU2A 1UOCA 2KQ2A 1RT3A 1SUQA 5C24A 3VQ5A 1KLMA 1KVAA 2ZD1A 3F9KA 3OYKA 1CLQA 4FM1A 5JS2A 4BWJA 4CGDA 3JSMA 3SUOA 1L5UA 4C8OA 3V6DA 4F2SA 1GOBA 1J54A 1RBVA 3LALA 1BCOA 1IKWA 3QLHA 4KKOA 1ZBUA 5KRTA 3VQ8A 3DI6A 3VN5A 4KO0A 4B08A 1JLAA 3V9UA 2PYLA 1DTTA 3VQQA 3S3OA 4CJQA 3SV4A 4DQIA 3OYIA 4I2PA 3ZT0A 2YHAA 1S9GA 4CFBA 3TAPA 4J2EA 4O55A 2HHUA 3ITHA 1S1TA 3O3FA 4FJHA 3EYZA 3QEIA 2Z1HA 4ELVA 4DFPA 4W5TA 4PUOA 1VSDA 4CFCA 4FLVA 1BQNA 1RT5A 3P1GA 4ID5A 2YV0X 4C8MA 3RR7A 2RN2A 2G8UA 1TAUA 3SPYA 4N41A 5HP1A 1HQUA 3ZSZA 3LDSA 1KCFA 4DTJA 1Q9XA 4FJNA 3OYBA 1J9AA 2OPPA 5HRNA 3ZT4A 3AA4A 4DFJA 1T05A 4KRFA 4BE2A 2HVHA 4CE9A 3VQBA 2E4LA 1JL1A 1JXBA 3MXJA 1RCHA 4OVLA 3RRGA 4KTQA 4KI6A 4DSLA 1T7PA 1R0AA 4CHPA 4EP4A 3L3UA 1KRPA 1G15A 3U3YA 4RW4A 2IAJA 1HYSA 2KZMA 1QQCA 3LAMA 4E7JA 2GBZA 3HP9A 3VQ7A 3IS9A 2KW4A 1NK5A 2HHSA 4KFBA 1L3VA 4BWMA 1LAVA 3T1AA 4DWIA 4B9UA 2QKBA 2HHVA 2X6NA 1S6QA 4AHUA 3O3HA 1IKYA 3K5OA 3ZSXA 3ZSYA 3SQ4A 3SUQA 1NJXA 4B9VA 4M3UA 4Z4FA 5J2PA 1I39A 4DFMA 4CJFA 1VSJA 3PX6A 2E6MA 3ZSWA 3OS0A 3AVJA 4CF9A 1IO2A 3LP3A 3KD1E 3K57A 4I2QA 3PUFA 5FDLA 2HHTA 1DTQA 3VQEA 2O4IA 3LWLA 2PYJA 3CFOA 1LV5A 1U47A 4FJGA 3ZT1A 2IC3A 4B3OA 4NCAA 1FKOA 3HPHA 1FK9A 4DS4A 3QEWA 4NYFA 4W5OA 1FKPA 3OYGA 3DLKA 3ZSRA 5J1EA 2JGUA 2YHBA 1XI1A 2OPSA 4JS4A 4OJRA 4M3RA 3T19A 4DF4A 3KIOA 3IRXA 4I9QA 2BANA 4KV8A 4DTPA 4HUEA 1U49A 3HM9A 3ALYA 4DQQA 4CJRA 3TWHA 1D8YA 4E0DA 4DQSA 4CGGA 5HRSA 3O3GA 4CEEA 1C0UA 3NGIA 1XHXA 2GV9A 4FCYA 1GOCA 4O44A 3U3GA 4FM2A 2VG7A 3NCIA 3TANA 3THVA 1L3TA 4Z4GA 3HK2A 2OPQA 4KHQA 4CJSA 2QXFA 5J2QA 3QO9A 3NBPA 3TR8A 5I3UA 3VQ6A 1UAXA 2F96A 3HSTB 3ZT3A 4DSJA 3LP1A 1Y97A 4KI4A 5FRNA 4E7LA 1CZ9A 4FJIA 2F8SA 4DSFA 1YTAA 2QKKA 2BGGA 3G0ZA 4IG0A 1WLJA 1NJYA 3KLIA 3OS2A 2ZQBA 1QTMA 2QK9A 3RMDA 3NF9A 3QESA 2ZE2A 3MEDA 4JLHA 4N56A 2XO7A 2XY5A 1BI4B 3OY9A 3QETA 4LSNA 4CERA 4RW8A 4N5SA 5FRMA 2FBYA 1LW2A 3P83D 1NJZA 1TKTA 2YNHA 1WAJA 4N47A 1ZBLA 3C6UA 4CF8A 4CJWA 3VQ4A 1BQMA 2X78A 1RTHA 3QEPA 4EZ6A 4CCHA 1S1WA 2BE2A 4J2AA 3HP6A 5HLFA 2KFNA 3TAMA 4C8LA 5JS1A 3OJUA 4I9LA 3CFRA 1X9MA 2EX3A 4FVMA 1RBRA 1K6YA 3WNHA 3NF6A 1U04A 3QNOA 1LWCA 4IBNA 3MXMA 4F2RA 4DG1A 3PV8A 4HVJA 5DMRA 2VWJA 3SQ2A 2G8HA 2HMIA 4M3XA 3KKSA 3C6TA 4DTOA 1RDAA 2KTQA 3TAQA 1JXEA 4GVMA 1NK8A 4FJJA 4CGFA 1I3AA 4CESA 3KTQA 2DFHA 3K58A 1QSYA 3VQAA 3MAQA 1SKWA 3AVBA 3BGRA 4OGEA 3K2PA 2PY5A 2E6LA 4IFVA 4CK2A 1NK0A 3A2FA 1RTDA 4ZHRA 1UWBA 4FZXC 4FLYA 3IG1A 1RBTA 3HO1A 1RNHA 1VSEA 3M8QA 2IS3A 3LZIA 4PY5A 1LAWA 3SQ1A 4F4KA 2HW3A 4CEAA 4FJXA 4J2BA 1ITGA 1SV5A 4TSXA 3M8RA 1RILA 5CZ2A 4LD0A 1JLCA 4O4GA 4AHCA 2NUBA 1RT7A 5CZ1A 4DQPA 3RR8A 4DLGA 4DU4A 3SUPA 5KI6A 1ZBFA 2XY8A 4FLZA 3DLRA 1YTUA 2YNIA 4YFUA 1L3SA 4DTNA 5KTQA 1BCMA 3OYNA 5KRSA 3KLFA 3AVNA 3NFAA 3RMBA 3VQ9A 3K59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HBMA 3M6GA 3AA5X 4ID1A 1IBKK 2BUPA 3U4LA 4FJLA 1D9DA 3KKRA 1VSMA 4CK1A 1E4GT 3WUHA 5AQQA 4H0OA 1OH5A 1N34K 4CZHA 4BRHA 4BR7A 2P9IB 4IFYA 4B1YB 1J5EK 4H5WA 1LWFA 1JLGA 2D0BA 4NXMK 3T7ZA 1A5VA 1C1BA 1XNQK 3VQPA 2O4GA 1NKBA 1S9EA 1QHTA 3NF8A 3AVMA 4BDYA 1T03A 2FF3B 2VQEK 2P9LB 2GELA 2NLXA 2XRIA 3K5MA 4IJNA 3PO5A 1ASUA 3KLEA 1VQMN 4LSLA 4RW9A 3THWB 1VSHA 4BR5A 3WT0A 4HHTA 3O9TA 4NXNK 3RRHA 4IOAL 1SL0A 2P9SB 4Z4EA 2VG5A 3OA9A 4YOXA 3VF4A 4FZZA 2AJQA 4F8RA 3DRSA 2HF3A 3VEYA 4KAZA 1IKXA 4BRCA 1GLEG 2G8FA 2GEMA 3IDHA 1O1WA 4E19A 1REVA 1F21A 3CJ9A 4LC9B 3VERA 4WE1A 4BQZA 1QSLA 3MCAB 1Q82O 3SAHA 1TUYA 1WSEA 3QINA 3WQTA 3LZJA 4O0JA 4E7HA 3S3MA 3MXIA 1IG9A 1IJJA 3ZSOA 3SNNA 4ZTFA 2Q1NA 5CHIA 3HT3A 1T8EA 2GWJA 5AQLA 5MLCQ 4ELUA 3QERA 1VSIA 4CJLA 3CMEN 3CIPA 3NVMA 3K9JA 2D0CA 4KTZA 3WNFA 4B1UB 4CZMA 4GV3A 1JLFA 4FWOA 2P5OA 2E2NA 1HPZA 4CGHA 2E1YA 1BI4A 3VEZA 4OGCA 2HVIA 3ATUA 4KHUA 2HHHK 4Y1DA 1N36K 4FJMA 4FWSA 1NMDA 4KHNA 4M3YA 3O4WA 2IVNA 3AO4A 2HBLA 1ZYQA 4CZFA 1I94K 1WAFA 3CMAN 1NK6A 3Q7BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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