4FZYA

Exonuclease x in complex with 12bp blunt-ended dsdna
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*G)-3')
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzyA00
5HLFA 3OVNA 1MU2A 1FK9A 3AVJA 3M8QA 4KTWA 4CF2A 4DQQA 2PYJA 3K5MA 4DQIA 3O3FA 3SQ1A 4DMNA 4J2DA 2HVHA 1QTMA 1REVA 3F73A 3AA5X 4AHVA 2HB5A 4XIUA 3AVBA 3VQ8A 4DQSA 4ZTFA 4M3WA 1QHTA 3AA4A 1QS4A 1RT2A 4IG0A 4AHRA 3NE6A 3SQ4A 4KPYA 1NJZA 2XY5A 3TAPA 3AA3A 3F9KA 2E4LA 3KLEA 4B9SA 4ELUA 3SZ2A 1SV5A 5HP1A 1X9SA 5KGXA 3OY9A 1S9GA 4QAGA 2HVIA 1TAUA 1VSLA 5I3UA 4E7JA 3L3UA 4I9QA 1TKTA 2WOMA 3OS0A 1RT3A 1SKSA 1N6QA 3DOLA 1SL1A 2IOCA 2QKKA 4ELTA 1L5UA 4KB0A 1ZYQA 3KLFA 4N47A 5C25A 2BE2A 1YTAA 1JLCA 5CY4A 1RBVA 1ASUA 3DI6A 5J1EA 4DTOA 5DMRA 4W5NA 1FKOA 3OYCA 1A5WA 3ZT2A 4CK1A 4DS4A 1N5YA 4CJ5A 4FVMA 1RILA 2XY8A 3TR8A 2ETJA 4OKKA 4OGCA 4FJHA 3OYGA 2A1SA 1JLEA 1QE1A 3LZJA 4E0DA 2OPSA 4B8CA 4Z4GA 1RTJA 3AVLA 4KTZA 1C6VA 1RDBA 3C95A 4KO0A 3OYIA 4DLEA 4DSLA 4R5PA 4DSJA 1U47A 4J2EA 4FXDA 3PO5A 4FJJA 4CIGA 4BE2A 4IKFA 3TARA 3OS2A 4OLBA 2X74A 1VSHA 3MAQA 1NK6A 2G8VA 4FW2A 4KKOA 4KHSA 2A1RA 3QETA 5HROA 1T03A 3NF9A 4J2AA 3DYAA 4HUGA 2E6LA 2WONA 4IDKA 4E1NA 3DLRA 1ASWA 2IAJA 3K5OA 3O4NA 4EP4A 2RF2A 3QEPA 1D9FA 2X78A 4TSXA 2P5GA 2QKBA 2OPRA 1KLMA 4M42A 4F3OA 3T3FA 1JXEA 3E01A 1DTTA 4FK0A 1BHLA 3LAKA 3VN5A 4E7KA 3KTQA 4I7FA 5CZ2A 2IDOA 4DTRA 4DTNA 3AVHA 1IO2A 3ITHA 5C24A 3KLHA 3CG7A 1EP4A 4PQUA 1KFDA 4B9UA 2G8FA 2KZZA 3HP9A 4BDZA 3LWLA 1WNSA 2KFNA 1S1TA 1W9HA 2Q3SA 4FLYA 3OYBA 3ZSZA 4ZTJA 4FK4A 4CJ4A 1A5XA 4OPKA 3OYMA 3K2PA 1HYVA 3V9UA 4AHUA 3QEXA 4CE9A 3LPTA 1EKEA 4Z4CA 3P1GA 3V1RA 2KFZA 2IGIA 3MECA 1HPZA 5FRNA 3HSTB 3LP1A 1RBSA 4LY7A 3AO1A 4CECA 3K5NA 1Y97A 5KRTA 5J2PA 5HRSA 1CZBA 4Q5VA 4DFMA 3RMCA 1NK5A 4RG8A 1NJYA 3I0RA 2PYLA 2YNGA 1VSKA 4PY5A 4M3UA 1RTIA 3SYZA 4O0IA 3PY8A 1RDAA 4DLGA 5DK5A 4B9MA 3AVAA 3P83D 2YNFA 2KTQA 4FLTA 4KHWA 3LP0A 3ZSRA 4CHQA 4DSIA 1QSLA 4CHZA 5JS1A 4IFVA 5CYMA 3AVFA 4IG3A 4DU3A 3OYEA 4M3ZA 3NH2A 3S3OA 4C8KA 4FJ7A 4KAZA 4B3OA 3OYLA 3RR7A 3JSMA 4CJKA 3VQDA 4CJQA 4ZHRA 3WNFA 4JRPA 2Y1IA 1QSSA 4OPJA 1NK0A 2X6SA 3V1QA 3HM9A 4CJEA 5KTQA 1TL3A 1XC9A 1HJRA 1VSFA 3CQ8A 1G15A 3NBPA 3G10A 4FJ8A 4DF8A 2HNYA 3C6UA 3LAMA 4DSEA 3TAQA 4FJMA 4FJXA 4KI4A 2ITGA 1GOBA 3DRPA 2F8TA 3O3GA 4KHNA 1RT6A 1WSJA 5T7BA 3U6FA 3CFPA 2PY5A 2BANA 5HBMA 1NJXA 4CJPA 4OVLA 1JLQA 1WSGA 2VG7A 2G8UA 3V9SA 4PWDA 3BGRA 5K14A 1TAQA 1ZBFA 3KK2A 4KHQA 1WLJA 2FBTA 3ZSWA 1ZBHA 3IRXA 4OGEA 1RBUA 3QIOA 1D5AA 3LP2A 2XO7A 4EP5A 4DFKA 3DLKA 1RBRA 2KZMA 4CIEA 1RDCA 2B5JA 3MEDA 1T7PA 3CM5A 3AVGA 4CFCA 1IH7A 1A5VA 3C94A 3TI0A 1JL1A 4BACA 4HCCA 2X6NA 1RNHA 4KHUA 1CZ9A 1S1WA 4DFJA 1W0HA 3QERA 1VSDA 4RW8A 3PO4A 4QOZB 1BIZA 4HVJA 3AA2A 4CF0A 4CGGA 3S3NA 2PZSA 4CGHA 2HHQA 3ZSOA 1K6YA 1JL2A 3TAMA 1C1AA 1BI4A 4NYFA 3KD5E 3EY1A 1BQMA 1FKPA 3DM2A 2IS3A 3AVKA 2YKNA 4CEEA 1X9WA 4L8RB 1GOCA 3OYAA 1RTHA 3IG1A 1RBTA 2YV0X 4H4OA 3MEEA 1ASVA 4ICLA 4CF8A 1YT3A 1QQCA 2XY7A 3QINA 4HHTA 1L3SA 1RT1A 3EYZA 4ID5A 1S6QA 1B9DA 3DRRA 3HYFA 4RW6A 4CEQA 3ZT0A 2OZSA 3P5JA 3S9HA 1X9MA 3JYTA 1I39A 3AO3A 4DQRA 4FJKA 3OYDA 1IG9A 1WAFA 4M3TA 1TKXA 3A2FA 3THVA 2YHAA 3HK2A 3S3MA 4BDPA 4KB1A 4MQ3A 4CJUA 4CJRA 2BGGA 1RT7A 3NHGA 3CM6A 2I5JA 3ZSQA 4CJLA 3KLGA 3TANA 2E6MA 4CJTA 3LDSA 1F21A 3SI6A 2D0CA 1Z25A 2ZE2A 4B8AB 1JKHA 1BIUA 4NCGA 4K8ZA 4AHCA 1D9DA 5J2MA 4F2SA 4KREA 3DLEA 2OYQA 3SJJA 1GOAA 4HCBA 1LWFA 4LD0A 2JLEA 3ZSVA 3L2QA 4E3SA 2HMIA 4Z4IA 1KFSA 2KQ2A 1JXBA 2HHXA 2D0BA 3AO2A 3QNNA 2QK9A 4BDYA 1VSJA 3AO5A 2W42A 2HHVA 5FDLA 5SWMA 3MEGA 1HQEA 4CEAA 3ZT1A 1I3AA 3VQ4A 4K8XA 4C8OA 1NOZA 3KJVA 4LSLA 1B9FA 4PUOA 2FBXA 4M3YA 3B6OA 4OKJA 5FROA 4C8LA 3QEWA 1YVUA 5KI6A 3KKSA 2YNIA 1BQNA 4EZ9A 3RMBA 1KTQA 4CJSA 3KIOA 2HNDA 4CHPA 4CGDA 1IKYA 3DLGA 4CGFA 1EETA 1KCFA 1LWCA 4DWIA 3NGYA 1BISA 2NUBA 3LZIA 4GMJB 1LW2A 1IKWA 1YTUA 2VG6A 3T19A 3OYKA 1UAXA 4CK2A 1TK0A 2G8KA 4CERA 4F3TA 2HHUA 1LAVA 2DFFA 3ZSYA 4AHSA 1LAWA 2B6AA 2DFEA 1L3UA 1RTDA 3DMJA 4E7LA 4LH5A 4CHNA 3K57A 2R7YA 4FZZA 1LW0A 1WAJA 2FBYA 1J5OA 1WSEA 1NOYA 1S1VA 3HL8A 3MXJA 3V81A 2DY4A 3WNHA 5KRSA 1TKDA 1TKZA 3NF6A 4KI6A 1BL3A 3KKRA 3HPOA 4CHYA 4B9LA 2Z1HA 1J53A 3VQ9A 3ZT3A 1U4BA 1UA0A 2F8SA 4CCHA 3WNGA 3QESA 1UOCA 3IS9A 3LP3A 4O44A 4NYNA 1NKBA 4FLUA 1TL1A 1S6PA 4AHTA 4CK3A 5C42A 4DU4A 5HRPA 4BWJA 4W5TA 4YFUA 5FRMA 3B6PA 3QLHA 3V9ZA 3AO4A 4ID1A 3DLBA 4YNQA 1ZBIA 3OS1A 1U49A 4DS5A 1BGXT 3HJFA 4M45A 3HO1A 3HP6A 1XI1A 1BCMA 1T8EA 3PX4A 3NF7A 2ATQA 1TGOA 3PUFA 1KLNA 4C8MA 1U04A 3L2RA 4DTJA 1WSHA 3CYMA 3TAEA 4E19A 3SUOA 4B08A 4KHYA 4BE0A 4FCYA 1X1PA 3EZ5A 3QO9A 3WNEA 1LV5A 4CEFA 4N41A 2GUIA 2F96A 2O4GA 3SV3A 1VSMA 1UWBA 4I2QA 1IKXA 4FJLA 1NK7A 4NCBA 4M3XA 3NGIA 4KTQA 2YNHA 4MFBA 3OYFA 4E7IA 5J2QA 3PX6A 2D0AA 1VRTA 3SNNA 1J54A 1XHZA 2ZQBA 4BE1A 1TK5A 3NF8A 1SKRA 4G1QA 4CFAA 3KK1A 1NK9A 2G8HA 1LWEA 4QCLA 5CZ1A 1CXUA 1SKWA 2YHBA 3NCIA 4JRQA 3ISNC 4DSKA 4DTXA 4FJ9A 3IAYA 3RTVA 1FXXA 2AJQA 3FFIA 4H4MA 3AVCA 1SL0A 3OJSA 3AV9A 4HUFA 1D8YA 1JLAA 1RT5A 3L8BA 1HNIA 4O5BA 3CFOA 3RMDA 3QIPA 3SPYA 5D3GA 4J2BA 1C1BA 1J9AA 4GVMA 4HUEA 4W5QA 3VA0A 3RRGA 2FBVA 4DTSA 4F8RA 4FLVA 4FJNA 1Q9XA 2HW3A 4Z0UA 3VQ7A 1HRHA 3AVMA 4DFPA 4F2RA 1O1WA 4CF1A 1JLBA 3VQ6A 3SUQA 4W5OA 4HTUA 4CFDA 3OJUA 3LWMA 3VA3A 4KFBA 1C0UA 3ASMA 3OYHA 2FC0A 4CJVA 4UQGA 4FM0A 3SPZA 4FJIA 4FM2A 2O4IA 3V6DA 3LANA 3RR8A 1TVRA 1VSIA 2VWKA 1S1XA 1IKVA 4CESA 4DTMA 4FYDA 3KLIA 4B9TA 1WN7A 3DLHA 1C0MA 1EX4A 3NH0A 3MXMA 4DQPA 2HHSA 2QXFA 4FK2A 2EX3A 4CFBA 3RMAA 3D45A 3CFRA 3TWHA 3SV4A 3OYNA 2GBZA 1ZBLA 4CHOA 4M41A 5E41A 4FM1A 3PX0A 4CGJA 2RPIA 3AVIA 5SZTA 1KVAA 4EZ6A 1JLFA 3ZCMA 1NKCA 1ZBUA 2Z1JA 4FZYA 3T1AA 4W5RA 3VQPA 2G8WA 2G8IA 3V4IA 4DTPA 4CJWA 1VSEA 3NH1A 3D0PA 4FLZA 3SQ0A 3SQ2A 3DRSA 4O0JA 1HNVA 1RT4A 1L3TA 2LSNA 3VQEA 1VK0A 2RKIA 4JLHA 5I42A 4FZXC 3C6TA 3RWUA 3HVTA 3TAFA 4Z4FA 4Z4EA 4I2PA 1XWLA 1HYSA 1SUQA 2ZD1A 4DU1A 3SCXA 2P51A 3ULDA 3VQQA 4CJ3A 1CLQA 5KGWA 5EU7A 4RW9A 1B92A 2XY6A 1S1UA 4JS5A 2Y1JA 4DTUA 4OLAA 2VWJA 3NAEA 4LH4A 3V9XA 2OPPA 4CIFA 3VQBA 3HXMA 3NDKA 4OJRA 2B4JA 3G0ZA 1SL2A 3VQCA 4RW7A 3HT3A 1WSFA 1HYZA 3U3GA 1Q9YA 1S9EA 2P1JA 4ELVA 1S5JA 1KRPA 4O55A 4E1MA 3U3YA 2Z1IA 3RRHA 2YKMA 1NK4A 1C1CA 3ZT4A 4LSNA 3K5LA 2P5OA 3V1OA 1TV6A 4RW4A 1BI4B 2HNZA 1NKEA 4KRFA 1U48A 2HHTA 4CEOA 5J2NA 3LPUA 3HPGA 4E89A 3K59A 1EXQA 1R0AA 2Z1GA 1KVBA 1Q8IA 5JS2A 2D5RA 4CF9A 4AILC 4GW6A 3M8SA 3BDPA 1RCHA 3HPHA 1WSIA 1U45A 4N5SA 4FJ5A 4KV8A 3V9WA 1HQUA 2IC3A 4F4KA 1NK8A 4CJFA 4C8NA 3PV8A 4Y1DA 4Y1CA 4JS4A 3L3VA 4N56A 3O3HA 4Q0BA 4PA1A 2EHGA 1L3VA 2HHWA 3I8DA 4DSFA 1DTQA 1UA1A 3L2UA 1NJWA 1RDDA 2VG5A 4CEBA 1TK8A 2KW4A 4IFYA 2GV9A 3SUPA 5HRRA 1QSYA 1DLOA 3NGZA 1C0TA 2DTUA 4H8KA 4B9VA 4O4GA 3NFAA 2DFHA 2OPQA 3DOKA 2XHBA 3MXIA 3UIQA 4FLWA 3M8RA 3H08A 4OKEA 3KK3A 3TAGA 1ITGA 3KD1E 3I0SA 3ZSXA 4AH9A 1XHXA 1JLGA 3OYJA 2RN2A 4CGIA 4DF4A 4WE1A 4DG1A 3K58A 3QEVA 1KSPA 4FW1A 4I9LA 4E7HA 4BWMA 3AVNA 3L2VA 2OZMA 2OA8A 4FJGA 1HMVA 1KVCA 3QNOA 5CYQA 1VRUA 3M8PA 4CEDA 3TABA 3SUNA 4NCAA 3VQAA 3L2WA 1T05A 4IBNA 2BDPA 4N76A 2JGUA 4CEZA 4M3RA 1Z26A 3LALA 3HVRA 3ALYA 1BCOA 3QEIA 4B9NA 3VQ5A 5HRNA 3O4QA 2XRIA 4FLXA 1CXQA 4Z4HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HLFA 4CZMA 1N36K 3OVNA 3AVJA 4KTWA 2PYJA 3K5MA 4RTFD 2CH5A 3VESA 3DLBA 4AHVA 4XIUA 3O9RA 4ZTFA 3J7ZO 1P90A 2A3ZA 3NE6A 1NJIO 3TAPA 2KKZA 3AA3A 3F9KA 3U9DA 3DXMB 3SZ2A 4ELUA 4JI3K 1EWQA 5HP1A 1X9SA 3OBYA 3OY9A 2NRWA 1TAUA 1VSLA 2HHHK 4E7JA 3L3UA 4I9QA 1N6QA 1NGHA 3DOLA 2NRZA 2PFUA 1SL1A 2QKKA 1L5UA 1ZYQA 2E1ZA 4N47A 2P9NA 3MN7A 3THYA 3N4QA 1NM1A 2O8CB 4DS4A 4FVMA 3TSQA 3TR8A 3DWLA 1E3MA 4H5TA 2V7ZA 4OKKA 1BDGA 2YHXA 2E2OA 2A1SA 3E66A 3MX5A 3AVLA 4BG8A 4M7XA 2E2PA 3R9PA 4FXDA 1U6ZA 4OX9K 3TARA 3VPZA 3CERA 1T03A 4IDKA 5AQWA 2IAJA 3CQYA 4EP4A 2ASPA 1VQ9N 2X78A 2QKBA 4DUYK 3WXIA 1JXEA 3MK6A 3BP8A 1DTTA 2YHYA 4NXNK 5C24A 3CG7A 4L3QA 1EP4A 1XMQK 3C0BA 3HP9A 3LWLA 1WNSA 2KFNA 4BRKA 2Q3SA 4WFNL 4FLYA 4JI2K 3OYMA 1YAGA 3K2PA 3LPTA 3ATUA 5BN9A 4GNIA 3CHWA 2IGIA 3MECA 3LP1A 1RBSA 4LY7A 3AO1A 3K5NA 4K42A 5J2PA 3RMCA 4Q5VA 1NK5A 4RG8A 4BC4A 1NJYA 3R1XA 2ZJPL 4PY5A 1E4FT 4O0IA 3EEQA 4DLGA 2A6AA 3VF4A 5AQHA 3CMAN 4JKFA 3E9PA 3CPWM 2YNFA 2HBLA 1Q7YO 3ZSRA 4DSIA 1QSLA 3VTHA 5JS1A 4JHDB 4JAXA 4M3ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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