1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
4YFUA 4J2AA 3VA3A 3CQ8A 1ZBHA 4B3OA 1VK0A 3L2RA 3VQ7A 4I9QA 3HP9A 1RTJA 4FZZA 3DLGA 1KVCA 3L3VA 1RBSA 2XHBA 1Q9YA 1HYZA 4DQSA 1U4BA 3QEWA 2B6AA 3AO2A 4JS4A 5FRNA 1F21A 1QE1A 3AVFA 4QAGA 4I9LA 1CLQA 4FJNA 1XHZA 2YNHA 2GBZA 2PZSA 1YTUA 3RMCA 3HPOA 3S9HA 3M8PA 1FKOA 5J2NA 3KKRA 4B9VA 4I7FA 1NKCA 2VG5A 3TAPA 1RT6A 1RILA 1A5WA 2HHXA 1GOCA 1NOYA 3SI6A 3M8QA 1ASVA 5KTQA 4LH4A 1TK0A 4RW8A 3DOKA 1VSHA 2ZQBA 4FLUA 1C1BA 4BDYA 1NK7A 4C8LA 4ELVA 4J2BA 4KI6A 2KFNA 3HK2A 1LW2A 2E6LA 2RN2A 4FK2A 4JLHA 2F96A 3VQ9A 3DI6A 1B9FA 3PUFA 4FLTA 4DU4A 1CZ9A 2I5JA 3NE6A 4DLEA 4HCCA 4KPYA 4CJLA 1HNVA 3O3GA 1CXUA 4HHTA 1JLFA 3V1RA 3HSTB 3KLHA 4PUOA 1CZBA 4FK4A 3AO1A 3RRHA 1RDDA 3TAMA 1JLCA 5KGWA 2VG6A 3ZT4A 3F9KA 4CGJA 1I3AA 3HVRA 1NK6A 3PV8A 2P5OA 4AHUA 1S5JA 4N5SA 2GV9A 4DTUA 3KD5E 3PX0A 4F8RA 4ID1A 3KK1A 4HUGA 3SQ1A 1FXXA 3SUPA 3THVA 2A1RA 3PO5A 1WNSA 1ASWA 4CHOA 4CHNA 1RT5A 3OYGA 1ITGA 4FLYA 3V9SA 4KHNA 3LPTA 4Z4CA 4PWDA 4JS5A 1BL3A 3C6TA 2LSNA 3QNOA 3AVHA 1ASUA 4OGCA 4CIEA 3D45A 1R0AA 1T8EA 4FJMA 3WNFA 1KFDA 3NBPA 4M45A 3DRSA 3AVGA 4B08A 1NK9A 3U3YA 1IH7A 1KTQA 3OYIA 4FJGA 1SV5A 4JRQA 1TVRA 1U48A 5I42A 4CECA 1RT2A 4RW9A 3TR8A 1NOZA 3DLBA 4FJ7A 1QHTA 2Q3SA 3VQ5A 3NH2A 1X1PA 4M3TA 3AA3A 3VQBA 1J53A 1HYSA 3MXJA 4CEDA 2HHQA 4DSFA 1TAUA 4ZTFA 4KTWA 1WAJA 2KZZA 4CF1A 4CEOA 1SL0A 3T1AA 2XO7A 3TWHA 1S1VA 4BWJA 3VQEA 3AVIA 4UQGA 2Z1JA 2QKBA 3NGIA 1VRTA 4C8NA 3DLRA 3NGZA 1X9SA 1RTHA 3TANA 4DQRA 3WNGA 2HNZA 2Y1IA 3HPHA 4IDKA 1G15A 1LWEA 3VQQA 4CHYA 2EX3A 3C94A 3EYZA 4F2RA 3L2WA 4E7KA 1RT1A 5HROA 4B8AB 3PX4A 2B4JA 3OJUA 4DSIA 1MU2A 4M41A 4FJ8A 1ZBIA 1WSFA 2FBYA 2YNGA 3PO4A 1C1CA 3SQ2A 3CFPA 1U45A 4MQ3A 4GW6A 2G8WA 3HYFA 1JLAA 3U6FA 1B9DA 3QEPA 4Q0BA 1RT3A 2RKIA 3C6UA 5E41A 2P1JA 4CJFA 1WSJA 3OYCA 5C42A 4CEBA 3LZIA 1DTTA 1GOAA 1JLBA 3C95A 4GVMA 4CK3A 3L2QA 1HQEA 1BQMA 1C1AA 1NK8A 1SL2A 2XY8A 3PY8A 4KHYA 2BE2A 4W5RA 3KK3A 3QNNA 1T03A 3QEXA 2YHAA 4E7JA 4OKEA 4R5PA 4IG3A 4DF8A 2X78A 4DSJA 1Q9XA 4E3SA 4M3ZA 3ZSXA 3EY1A 3BDPA 1LW0A 4CEQA 4N47A 3P83D 3IS9A 4W5OA 4F4KA 1TGOA 4KI4A 3HPGA 4Z4HA 4JRPA 1BQNA 1RCHA 4B9UA 1VSEA 1D9DA 1IKVA 1LWFA 4HUEA 2PYLA 2HHTA 4CGGA 3OYEA 5CYMA 3LP2A 2A1SA 3V81A 4F3TA 1RBUA 3OYHA 3ZSQA 4HTUA 4W5NA 1S1XA 5J1EA 3RTVA 3S3OA 4B9SA 3BGRA 3AVAA 2KFZA 3TAGA 4AHVA 4E7LA 4CIFA 3K57A 4LH5A 4HCBA 1XHXA 3OYLA 2OPSA 3V9ZA 3O3HA 4I2QA 4FJ5A 1JL2A 2FBXA 3QEVA 3D0PA 1TKTA 3NAEA 1T7PA 1U47A 1FK9A 1RDCA 4CJ5A 4KTQA 3I8DA 4B9NA 1L3UA 3K5NA 4KRFA 1NKBA 2IAJA 4E7HA 4CFCA 3DLKA 4IFVA 3NF7A 1HQUA 4RW6A 3QIOA 1JLQA 1NK5A 2JGUA 3MEEA 5CZ1A 4FM1A 5T7BA 2O4GA 4OVLA 4FLZA 1SL1A 2OPPA 3LAMA 4BWMA 4CEEA 4CF9A 5J2PA 1Q8IA 2VG7A 4C8MA 1HRHA 4CK2A 1TK5A 4CF8A 1KCFA 3L2UA 3LZJA 4DF4A 2F8TA 4FYDA 3OYNA 1IG9A 2BANA 1RTIA 4NCGA 4ICLA 3U3GA 4FJLA 1RDBA 1VSLA 2R7YA 4RW7A 5SWMA 2G8KA 1BCMA 4H8KA 4B9TA 4E19A 3SYZA 5DMRA 3HXMA 3NCIA 4FM0A 5JS1A 4ZHRA 1I39A 4HVJA 4HUFA 4CEFA 1W0HA 4BE2A 3VA0A 4M3UA 3OYBA 1VSIA 3ZSVA 1TK8A 2XY7A 5FRMA 2HNYA 3V9UA 1NJYA 3FFIA 3MAQA 3QINA 4J2EA 1C0UA 5I3UA 4YNQA 2WOMA 5FROA 3SV4A 2DFHA 2OZSA 1NK4A 4E89A 4KB0A 2D0BA 2KW4A 1RNHA 3O4QA 4KTZA 3ASMA 1NJWA 2PYJA 4FJKA 2DFFA 1EKEA 1UOCA 1Z25A 4EP5A 4M3YA 1J9AA 1UWBA 2E6MA 2FBVA 2E4LA 3TAFA 4CEZA 2ITGA 4FLWA 4DG1A 4M42A 1RBVA 1A5XA 1K6YA 1L3VA 1LWCA 4E7IA 1BISA 4FZYA 2DTUA 4OPJA 1TKZA 3VN5A 4CERA 3SQ0A 1S9EA 2IC3A 3KD1E 4IFYA 1EETA 3ZCMA 3AO4A 3AVKA 4AH9A 2F8SA 2YNIA 3HL8A 4CF2A 4KFBA 4CF0A 3T19A 4OKKA 3VQ6A 4FK0A 3OYJA 4BDZA 3TAQA 1O1WA 4H4OA 3ALYA 1QSLA 1DLOA 2P5GA 4M3WA 4N56A 4LSNA 2HNDA 1TKDA 4B9LA 1KVBA 4DTNA 3IG1A 2G8HA 4FW1A 3ZSZA 5D3GA 3HO1A 4O44A 4KV8A 3L3UA 4DTPA 1L3TA 4BDPA 4OJRA 1UA0A 4EZ6A 4KAZA 3DLHA 4FJXA 3VQAA 3KLIA 3RWUA 4FLXA 4KREA 2HVHA 2QK9A 4W5QA 5HRNA 4FJ9A 3KJVA 4CHQA 3LP0A 4AHTA 2DY4A 4W5TA 2HVIA 4PY5A 3M8SA 4DLGA 2Z1IA 3NFAA 1RTDA 1JLGA 5K14A 2W42A 1D8YA 3RR8A 4N76A 3OYAA 2Z1HA 3AVCA 2GUIA 1U49A 3AVJA 3QIPA 4DTOA 3OYDA 4O0IA 2BGGA 2QKKA 4CFAA 4DQQA 4K8XA 4C8OA 4E1MA 4CJSA 2Y1JA 1EX4A 3OYMA 4FM2A 3S3NA 2X6SA 3OS0A 2G8IA 2IOCA 3EZ5A 4CJEA 1U04A 3CFOA 2X74A 3CM5A 1XWLA 1HNIA 2YHBA 1IKWA 3LAKA 1QSYA 3RRGA 1VSJA 3OS1A 3S3MA 3ZT2A 3ISNC 3WNHA 4Z4FA 3SPZA 1SKSA 4Y1CA 3LP1A 2OPRA 2WONA 1SKWA 2OYQA 3HJFA 3ZT3A 1BIZA 2YKMA 4F3OA 3HP6A 3V1QA 4DTMA 4GMJB 3TARA 1QSSA 3VQPA 4IG0A 4CHPA 4Q5VA 1TL1A 3E01A 4O0JA 1A5VA 1XI1A 1BHLA 3P1GA 4OKJA 1ZBFA 4KHUA 3ZSYA 4TSXA 1S1UA 5FDLA 2ZD1A 2HB5A 1KVAA 1VSFA 2X6NA 3HT3A 3ZSRA 1YT3A 4FCYA 3O3FA 1UA1A 2RF2A 1WSIA 4E0DA 1WLJA 3OYFA 4G1QA 4CJUA 3NGYA 4OGEA 3KTQA 4Z4EA 1BI4B 5HLFA 1LAWA 4CE9A 1IO2A 1HPZA 4CJRA 3G10A 3DMJA 1KLNA 2IS3A 1REVA 3VQ4A 3NH1A 4NYFA 3OY9A 1D9FA 3KKSA 3L8BA 1CXQA 4CJWA 4F2SA 3A2FA 3OS2A 3T3FA 3L2VA 3AO5A 2HHSA 3LWLA 1KFSA 4CGHA 3AVNA 1EXQA 4B9MA 1D5AA 1GOBA 2IDOA 3V9WA 3I0RA 3HVTA 4CJ4A 3CYMA 1JXBA 1S6PA 3QLHA 4FJIA 3NDKA 3DLEA 3KIOA 4FJHA 4CGFA 3JYTA 3AVBA 4RG8A 3LPUA 4O5BA 4J2DA 3TAEA 5CZ2A 4DSEA 4K8ZA 1T05A 3MEGA 4FW2A 2D5RA 5CYQA 1S6QA 4OLAA 2B5JA 4FVMA 4DFJA 2HMIA 1VSMA 1LAVA 3K58A 1UAXA 3DM2A 1HMVA 4KO0A 4CFBA 3HM9A 1NK0A 1N6QA 4CCHA 2RPIA 4CGIA 4ELUA 3AVMA 4Z0UA 3ZT1A 4B8CA 3ITHA 5C24A 3MEDA 4OPKA 4M3RA 4DFPA 5HBMA 3LDSA 5KGXA 5DK5A 4E1NA 3V6DA 1JXEA 1WSHA 1X9MA 3IAYA 2HHWA 1IKXA 3DOLA 2ETJA 1VSKA 1VRUA 4DTJA 2KQ2A 1N5YA 3CG7A 3RMBA 2KTQA 1HYVA 4AHRA 1X9WA 5KRSA 4LY7A 4ZTJA 3AA2A 1C0MA 4RW4A 2XY6A 1ZYQA 5KI6A 1WSGA 3SZ2A 1L3SA 3AA4A 1Y97A 2O4IA 1JL1A 3SCXA 2ATQA 2NUBA 4QCLA 1FKPA 4KKOA 1YVUA 1WN7A 1BCOA 3SV3A 3I0SA 4DTSA 1XC9A 2YNFA 2VWKA 4M3XA 2YKNA 3AO3A 3MXMA 1NKEA 4KHWA 3AV9A 1S1WA 1BI4A 3NF6A 4CEAA 4IBNA 1TL3A 1KLMA 3SPYA 2OZMA 3DRPA 1IKYA 4H4MA 3LALA 5J2QA 2PY5A 4OLBA 4LD0A 2KZMA 3SNNA 2IGIA 3VQDA 2D0AA 4DTXA 4AHSA 3IRXA 3LWMA 1TAQA 3B6PA 3K5OA 1RT7A 4CJ3A 3QEIA 1C6VA 4FZXC 1BGXT 3G0ZA 1KRPA 5J2MA 4DFMA 5CY4A 3M8RA 1B92A 4DMNA 4O55A 2Z1GA 3V1OA 4DQPA 1C0TA 3OVNA 4NCBA 3NF8A 1EP4A 1L5UA 3MECA 3QETA 1TKXA 4CFDA 3F73A 3V4IA 4DSKA 4KHSA 4DSLA 3OJSA 2HHVA 3AA5X 4CGDA 2YV0X 4CJKA 3QO9A 3CFRA 1J5OA 1LV5A 4CIGA 1ZBLA 4DU3A 3VQ8A 4EZ9A 3RR7A 4CK1A 3P5JA 5HRSA 1J54A 2QXFA 3KLEA 1S1TA 2ZE2A 2OA8A 3SUQA 3OYKA 1Z26A 1ZBUA 4N41A 3SUOA 5EU7A 2VWJA 5C25A 2JLEA 3NF9A 3MXIA 4DWIA 4BACA 3ZSWA 3WNEA 1VSDA 3ULDA 3K5LA 3K5MA 2G8UA 3DYAA 3K2PA 1RT4A 2EHGA 4CJTA 2HW3A 3TI0A 4O4GA 4ELTA 2P51A 2G8FA 3H08A 3SUNA 2DFEA 1TV6A 2BDPA 1S9GA 5HRPA 5JS2A 3ZSOA 3KLGA 1RDAA 4EP4A 3JSMA 1W9HA 2OPQA 3RMAA 1QQCA 1BIUA 3LANA 3SJJA 1NJZA 4ID5A 4BE1A 4CJQA 4L8RB 3LP3A 3ZT0A 4AILC 4NCAA 2HHUA 4WE1A 4FXDA 2FBTA 4FJJA 3TABA 1DTQA 4XIUA 4FLVA 4KB1A 2AJQA 4BE0A 1JLEA 1YTAA 3VQCA 3NHGA 2FC0A 3CM6A 1NJXA 4DS4A 4PA1A 1WAFA 4CJPA 1QS4A 3QESA 4CJVA 4CESA 3SQ4A 5SZTA 1SKRA 3V9XA 1JKHA 4DU1A 4KHQA 4C8KA 3K59A 1QTMA 3KK2A 3QERA 4QOZB 2G8VA 4MFBA 3AVLA 3UIQA 4Z4IA 1SUQA 1WSEA 4I2PA 1RBTA 4Y1DA 5KRTA 4IKFA 4AHCA 4DFKA 2XY5A 1RBRA 2XRIA 4LSLA 4NYNA 1HJRA 4CHZA 3KLFA 5HRRA 4DQIA 2D0CA 3B6OA 3DRRA 3NH0A 1KSPA 5HP1A 4Z4GA 4DS5A 4PQUA 3PX6A 3O4NA 4DTRA 3RMDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YFUA 4B3OA 1RTJA 4FZZA 4KBOA 2I7PA 1U4BA 3QEWA 4B1XB 3AO2A 1F21A 3AVFA 4JKHA 1CLQA 4I9LA 3THYA 1XHZA 4K0KK 2PZSA 1YTUA 2GTDA 2PFUA 3M8PA 5J2NA 4B9VA 2E8AA 2VG5A 4YOWA 1RILA 5GAHP 1A5WA 2HF4A 1GOCA 3RSEA 5H1SQ 3M8QA 3SI6A 1YJNN 3ULEA 1KQSM 2ZQBA 1C1BA 3EE8A 4BDYA 3HK2A 2VGNA 4FK2A 4JLHA 3AARA 2F96A 2Q0RA 3VQ9A 5KPZA 1CZ9A 4DLEA 2QXLA 3CPEA 1CXUA 4HHTA 1JLFA 2WUSA 4C1NK 3RRHA 2QTDA 1JLCA 2VG6A 5BN9A 4CW7B 1I3AA 2UXBK 4AHUA 1QZ6A 4F8RA 3PX0A 4HUGA 2AJQA 3SQ1A 4CHNA 3T7ZA 1ITGA 2CH5A 4O5FA 4IEEA 2ZGZA 4Z4CA 4JS5A 3NMUA 4A2AA 4BRCA 1KD1O 3L4IA 3D45A 1R0AA 3I33A 4B3SK 4DR1K 4XH1A 2HMPA 2AP1A 3NBPA 4B08A 1IH7A 4JRQA 1TVRA 1NM1A 1RT2A 4RW9A 3TR8A 1NOZA 3A0IX 3CF5L 4OX9K 4FWSA 2P9LA 3AGKA 1TAUA 4ZTFA 1KAXA 3ZLJA 3DJCA 1T3VA 3O1BA 1NWKA 3VQEA 3AVIA 1SQKA 3SAFA 4UQGA 3NGIA 1OH5A 3NGZA 1HX1A 2E1YA 5M1KA 3CPWM 2HNZA 3PIPL 1XNQK 1MA9B 3PSFA 2EX3A 4CHYA 1Y64A 3L2WA 3OJUA 1MU2A 2YNGA 3SQ2A 4GW6A 3VEWA 1JLAA 1RT3A 4B1WB 5E41A 4CJFA 4CEBA 1YJWN 1GOAA 4XH5A 5A2QO 4CK3A 3L2QA 1BQMA 1C1AA 1NK8A 1SL2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YFU A;  4B3O A;  1RTJ A;  4FZZ A;  4KBO A;  2I7P A;  1U4B A;  3QEW A;  4B1X B;  3AO2 A;  1F21 A;  3AVF A;  4JKH A;  1CLQ A;  4I9L A;  3THY A;  1XHZ A;  4K0K K;  2PZS A;  1YTU A;  2GTD A;  2PFU A;  3M8P A;  5J2N A;  4B9V A;  2E8A A;  2VG5 A;  4YOW A;  1RIL A;  5GAH P;  1A5W A;  2HF4 A;  1GOC A;  3RSE A;  5H1S Q;  3M8Q A;  3SI6 A;  1YJN N;  3ULE A;  1KQS M;  2ZQB A;  1C1B A;  3EE8 A;  4BDY A;  3HK2 A;  2VGN A;  4FK2 A;  4JLH A;  3AAR A;  2F96 A;  2Q0R A;  3VQ9 A;  5KPZ A;  1CZ9 A;  4DLE A;  2QXL A;  3CPE A;  1CXU A;  4HHT A;  1JLF A;  2WUS A;  4C1N K;  3RRH A;  2QTD A;  1JLC A;  2VG6 A;  5BN9 A;  4CW7 B;  1I3A A;  2UXB K;  4AHU A;  1QZ6 A;  4F8R A;  3PX0 A;  4HUG A;  2AJQ A;  3SQ1 A;  4CHN A;  3T7Z A;  1ITG A;  2CH5 A;  4O5F A;  4IEE A;  2ZGZ A;  4Z4C A;  4JS5 A;  3NMU A;  4A2A A;  4BRC A;  1KD1 O;  3L4I A;  3D45 A;  1R0A A;  3I33 A;  4B3S K;  4DR1 K;  4XH1 A;  2HMP A;  2AP1 A;  3NBP A;  4B08 A;  1IH7 A;  4JRQ A;  1TVR A;  1NM1 A;  1RT2 A;  4RW9 A;  3TR8 A;  1NOZ A;  3A0I X;  3CF5 L;  4OX9 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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