4CGFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgfA00
4Z4FA 4GVMA 3CG7A 4CGDA 1RT4A 3OYDA 2XY7A 3I0SA 2G8KA 2A1SA 1U45A 4KTWA 3SQ0A 4CF2A 1RBVA 5FRNA 3MAQA 1VSIA 4DFMA 1QSSA 3I0RA 2RN2A 3DM2A 1CZBA 4KHSA 3O4QA 3ZSOA 3V4IA 4ZTFA 2O4GA 3NGIA 3SQ2A 3V1QA 3AVCA 4FJXA 1WN7A 1EKEA 3F9KA 3K5LA 2XY5A 4NCBA 1BQNA 1RILA 3QNNA 1WSGA 1HYZA 2QK9A 4B9TA 4Z4HA 2O4IA 3C94A 4RG8A 4AH9A 2Z1IA 4OKEA 4HHTA 4CK1A 3QEVA 1Z25A 2VG7A 4FJ8A 2Q3SA 4HTUA 3TARA 2VG5A 5HRNA 1Q9XA 4F8RA 2OPRA 1WLJA 1KVCA 2HHXA 3RRGA 1J54A 1KFSA 4O0JA 4DTPA 4Y1CA 3P1GA 3D0PA 1VSEA 1NK8A 3AA2A 1L3SA 4KI4A 4FLWA 4B8CA 4CFCA 5T7BA 4CFDA 4HVJA 3CFPA 3RR8A 4PWDA 1RBRA 4I9QA 1RTDA 3KLGA 4O5BA 2VWJA 5KRTA 1SKSA 4BE0A 3RMCA 3V9XA 2OYQA 2ZD1A 1TGOA 4DTSA 1MU2A 2KFNA 4LY7A 4CFBA 1J9AA 1VSLA 4CJQA 2P51A 3OYMA 1YVUA 4DLEA 4JS5A 3U6FA 1HRHA 3HL8A 3ZSYA 5I42A 4F2SA 3AO4A 2DFEA 2VWKA 3ZSVA 2I5JA 5HRRA 3AVBA 4CJ3A 3L2UA 4CEQA 3G10A 4KHNA 4HCCA 3ZSWA 3QETA 3K5OA 1L3TA 5JS2A 5HRSA 3HPHA 4HUGA 3ULDA 2ZE2A 1WSEA 3AVIA 3AVFA 3DOKA 4DSEA 4CGGA 4FYDA 3DLKA 3B6OA 3HSTB 2OZMA 3AVLA 3VQEA 2KFZA 3LP1A 3TAMA 3VQPA 3AVMA 2XHBA 1CLQA 3DYAA 5KTQA 4KAZA 1QTMA 1RBSA 1S9GA 3LP3A 3IG1A 4CCHA 4NCAA 1S5JA 4ZTJA 3IAYA 3LANA 4DSIA 1B9DA 1EX4A 3NCIA 3RR7A 2EX3A 3CM6A 4CJKA 2DFHA 1O1WA 1NJWA 2RKIA 5KI6A 1NOZA 4RW8A 1RDBA 3O3HA 3OJSA 1KCFA 1LW2A 4OPKA 3KLEA 1EETA 4Z4CA 4C8LA 3WNGA 3OVNA 3DLGA 4FW2A 3QEPA 2X6SA 2KW4A 3H08A 1KSPA 1TAQA 1QS4A 4E1NA 1VSDA 3AO3A 4LSLA 1U04A 4IFYA 3EYZA 1A5VA 2B4JA 4DU4A 1FKOA 3KK1A 4DTNA 4IBNA 2OA8A 1BL3A 3ZSQA 3HVTA 5CYQA 3OYEA 1YT3A 2XRIA 1C0TA 4CIEA 1NJXA 3JYTA 3RMAA 3TANA 1U47A 1FXXA 3RTVA 4CJUA 1G15A 1HYVA 4E89A 1QHTA 4I7FA 1RBUA 4R5PA 4DQRA 3F73A 3SUPA 3KK3A 4B9SA 1S1XA 4EZ9A 4FK4A 2DTUA 3DMJA 3NH0A 4E3SA 4KB1A 2KZZA 3AA3A 1YTAA 2P1JA 1KVBA 4PUOA 3SUOA 4FJJA 4M3WA 3OYHA 3K59A 5J2PA 4I9LA 4W5TA 4OLBA 3QINA 3HO1A 3L8BA 4QOZB 2X78A 3MEGA 1KFDA 4MQ3A 1VSMA 5HROA 4GMJB 1BGXT 1XWLA 3IS9A 4H4MA 4FK2A 4CEOA 3AVJA 1REVA 1JXBA 4FJLA 4KTQA 3PX0A 4AHSA 3C6UA 4PA1A 4Y1DA 4DMNA 3KLHA 3WNHA 2G8UA 4KV8A 1LW0A 1U48A 1IKYA 1LWCA 3TABA 4FLUA 3LP2A 3OYCA 4DG1A 4KRFA 1NK0A 3OYGA 1UOCA 3S9HA 3SQ4A 3AVGA 3RWUA 4OLAA 1GOBA 3V6DA 3OS1A 2G8FA 4J2AA 2HVIA 1X9SA 4FJMA 1NK9A 2FBXA 1IKXA 1WSJA 2YNIA 2F96A 1WAJA 3VQQA 1S6QA 3OYJA 2XY8A 1TK8A 1SL2A 3HM9A 1YTUA 3NF8A 4DQIA 1JLAA 5K14A 1ZYQA 3AO2A 3NH2A 1C1BA 1K6YA 4W5OA 3QNOA 1HQEA 1KVAA 1Q8IA 1JLFA 1HPZA 1RT3A 3KLFA 2YNHA 4E7LA 4DTOA 1C6VA 4WE1A 1A5WA 3KLIA 1L3VA 3V9SA 1VRTA 3AVHA 3VA3A 5J2QA 3AVNA 3K58A 4Z4EA 3M8PA 1NKBA 1QSYA 3OS2A 4OPJA 2B6AA 3NHGA 3D45A 4LH5A 3LWMA 4FJ5A 4CEBA 3SJJA 5C25A 3C95A 3WNFA 3LWLA 2G8IA 3NGYA 1BHLA 4E19A 3K2PA 2QKKA 3DLRA 4TSXA 3OS0A 1T05A 1JLBA 1Q9YA 1XHZA 3M8RA 3ITHA 2YNGA 3OYBA 4FLTA 4DF4A 4DTXA 3SPZA 1BIZA 3SNNA 4FM1A 1R0AA 4CEFA 1S9EA 2BANA 2QXFA 1SKWA 4DSJA 4KI6A 3NE6A 3NDKA 4FJ9A 4O44A 2Y1IA 1LAVA 4F3OA 2OZSA 4KB0A 1JXEA 4FJGA 3HYFA 2ETJA 3VQ9A 3RRHA 1BIUA 2W42A 2HB5A 4FLXA 1TKZA 2FBVA 4N47A 3ZT3A 4CFAA 4E7IA 3KD5E 1NKCA 4FZXC 2AJQA 5HLFA 3AO1A 4DSKA 3DRPA 3PX4A 3DI6A 1X1PA 3HPGA 2R7YA 4JLHA 1B92A 4CECA 4DQQA 4B9NA 2PYJA 1J53A 3MEEA 3SZ2A 4DTUA 1TK0A 3KIOA 4CE9A 1JLGA 1SUQA 1RTHA 3TR8A 1VSFA 5HRPA 4FJKA 3LP0A 3ZSRA 2IS3A 1KLMA 4OKJA 4CJRA 1S1UA 3VA0A 4CGJA 3VQ7A 4AILC 1XHXA 2BE2A 3V9ZA 5I3UA 2F8SA 4CIGA 4N56A 2X6NA 3VQAA 2IGIA 1RCHA 1TKTA 3L2QA 4M3TA 1KTQA 4B9LA 3VQDA 4NYFA 4CESA 3AA5X 3ISNC 3LPTA 3KK2A 3T1AA 3BGRA 4DU3A 4G1QA 4I2PA 4DS5A 3LALA 4AHVA 4CJTA 1WNSA 3K5MA 4M3XA 3DLEA 3V1RA 3VN5A 3VQ4A 3LPUA 4CJ5A 1HMVA 1JL2A 1DLOA 4FM0A 5HP1A 4IKFA 4OKKA 1GOAA 1XC9A 1JL1A 1TL3A 4M3YA 3PX6A 3CFRA 2DFFA 3SYZA 2HHSA 4UQGA 3CQ8A 3VQCA 3S3MA 4IFVA 1L3UA 4C8KA 1HJRA 3VQ5A 1NK4A 4CK3A 4KREA 3KD1E 3M8SA 3NFAA 4CHOA 2P5GA 4M42A 2HHQA 1TAUA 1RTIA 4JRPA 4M41A 4AHTA 3PO4A 4FJ7A 3OYKA 1WSHA 2ATQA 4DF8A 4OJRA 4DSFA 1EXQA 2EHGA 2D0CA 2IC3A 4B9VA 1C0MA 3OYAA 5FDLA 1DTTA 4DQSA 4ID1A 2G8VA 1FKPA 3BDPA 4FK0A 4CHZA 2YKNA 1TV6A 1IKVA 3HP9A 4ELUA 3HVRA 4F4KA 4PY5A 1FK9A 1ZBUA 1D9FA 3NBPA 1NJYA 2D0AA 3B6PA 3U3YA 3THVA 1GOCA 2HNDA 1RT2A 3TWHA 1I3AA 1HNVA 2HHVA 3TAGA 1JLQA 4I2QA 2OPPA 3SV4A 4CHYA 3SPYA 2LSNA 3KKSA 3LAKA 4BE2A 5C42A 3RMBA 1BI4B 4BDYA 1J5OA 4FLVA 2YV0X 4CEZA 3QERA 4F3TA 4M3ZA 3SUNA 4DSLA 1C0UA 4CK2A 1Y97A 3ZSXA 1VSHA 2VG6A 1RDDA 4FVMA 4NCGA 4DFJA 3TAQA 4CEDA 4KHWA 1XI1A 3MXJA 3NF7A 2A1RA 3MEDA 1RDAA 4RW4A 3S3NA 4AHUA 4AHCA 3JSMA 4K8XA 4ICLA 4FZZA 1T8EA 3RMDA 1SKRA 1JLCA 1C1AA 3I8DA 4XIUA 2YNFA 1ZBLA 3G0ZA 4O55A 1X9MA 2F8TA 3SUQA 3MECA 1HNIA 4Q5VA 3L2VA 4DS4A 1NK5A 1I39A 4H8KA 2HMIA 4FJNA 4E7HA 5DK5A 1TL1A 1BISA 4CGIA 4EP5A 4C8OA 2GV9A 1U4BA 1NKEA 5FROA 5E41A 1QE1A 4KTZA 3HJFA 4DFPA 2NUBA 3T19A 4L8RB 3E01A 1RBTA 1A5XA 4DFKA 1LAWA 1QSLA 4J2EA 2PY5A 1RDCA 4DWIA 4CIFA 3LZJA 3DRSA 3NH1A 1IG9A 4FLYA 3ALYA 1UWBA 1D9DA 4CF0A 2PZSA 5SWMA 4ID5A 1X9WA 1W9HA 2QKBA 1RT7A 2ITGA 2HW3A 4M3UA 4B3OA 3DLHA 3S3OA 4B8AB 4W5QA 4FM2A 2Z1GA 1D5AA 4EP4A 3A2FA 4YNQA 4E7KA 4N76A 3P5JA 4BWJA 2WONA 1D8YA 4KKOA 2IDOA 4CF8A 3SQ1A 3OYLA 1HQUA 3AVAA 4HUEA 4W5RA 3NGZA 3VQBA 4M3RA 4CF1A 4FXDA 4N41A 1TKXA 1NJZA 1BI4A 4CJPA 1WSIA 2D5RA 1S1WA 5J1EA 4CJWA 4KO0A 3PO5A 2KZMA 3DLBA 3HP6A 4LSNA 1ASWA 4CJFA 2X74A 1RTJA 3KTQA 3SI6A 1RT1A 4B9UA 2XO7A 3C6TA 1LWFA 1TKDA 1NK6A 4PQUA 5EU7A 5D3GA 4GW6A 1EP4A 4B08A 4BDZA 2PYLA 4FCYA 4KHYA 4IG3A 2RPIA 1WAFA 3K5NA 1T03A 4JS4A 1ASUA 3T3FA 4AHRA 4EZ6A 4CJLA 4DTJA 1IO2A 4RW7A 4BACA 4CF9A 2D0BA 2E4LA 4CJVA 1UA1A 2G8HA 1HYSA 1F21A 2HNYA 3ASMA 1BCMA 2GUIA 3QEWA 3O3FA 3U3GA 2WOMA 3TAEA 2G8WA 3NF9A 3QLHA 4CEAA 1CXUA 3V1OA 4RW9A 4M45A 2HHTA 3V9UA 4O4GA 4JRQA 2E6MA 1BQMA 5CZ2A 4DQPA 1U49A 1CZ9A 1NK7A 3L3VA 3OYFA 3SV3A 2E6LA 2Z1HA 4FLZA 4NYNA 4LD0A 3NAEA 2P5OA 2ZQBA 2HNZA 4CHNA 1IH7A 2YHBA 1JLEA 1RT6A 3MXIA 1N5YA 4CGFA 1NOYA 1IKWA 4FZYA 3QEIA 4CERA 3NF6A 4KFBA 3VQ6A 4YFUA 3DOLA 1ZBHA 4QCLA 1CXQA 3ZT2A 1SL0A 3CM5A 1TVRA 2HVHA 1VK0A 4W5NA 3QIOA 3TI0A 4FJHA 4CJ4A 3V9WA 1C1CA 1S1VA 4ZHRA 3FFIA 4Z4IA 4C8NA 2KTQA 3AV9A 3ZT0A 2HHWA 4OVLA 5KGXA 4CJEA 2XY6A 4HUFA 1KRPA 2Y1JA 1LWEA 3QO9A 4HCBA 2YHAA 1S6PA 1QQCA 3HT3A 3VQ8A 4CHQA 1DTQA 4DU1A 3AA4A 1WSFA 4H4OA 3TAPA 4B9MA 1KLNA 4RW6A 2BGGA 1W0HA 4LH4A 1VRUA 5FRMA 3OY9A 5CY4A 3L2RA 2FBYA 3V81A 4BWMA 4K8ZA 2FBTA 3HPOA 3O4NA 3AO5A 4DLGA 3DRRA 2JLEA 3LAMA 4IDKA 5DMRA 4O0IA 1N6QA 1ZBFA 2B5JA 3SCXA 3L2WA 4E7JA 4E1MA 4CJSA 5C24A 4E0DA 4OGEA 5HBMA 3PV8A 1T7PA 3OJUA 2RF2A 2IOCA 4C8MA 4FW1A 3K57A 4DTRA 5J2MA 4MFBA 2HHUA 3ZCMA 4Q0BA 1BCOA 1UAXA 3ZT1A 3OYNA 1UA0A 4CEEA 4J2BA 4KPYA 2YKMA 3O3GA 3CYMA 5CZ1A 3HK2A 3L3UA 1SL1A 3QESA 3EY1A 3LDSA 3QEXA 5CYMA 1L5UA 3PY8A 4FJIA 4IG0A 1LV5A 1Z26A 3P83D 1RNHA 4Z0UA 3ZSZA 4KHQA 4CGHA 1RT5A 3KKRA 1VSJA 3QIPA 1ZBIA 3OYIA 3M8QA 3CFOA 4BDPA 2KQ2A 2IAJA 3EZ5A 5KRSA 4BE1A 1ASVA 2BDPA 1TK5A 4J2DA 3HXMA 1ITGA 3KJVA 2DY4A 4ELVA 3TAFA 4F2RA 3AVKA 1S1TA 2JGUA 2Z1JA 4ELTA 2OPQA 3IRXA 5J2NA 3PUFA 5SZTA 4CHPA 1B9FA 4OGCA 2FC0A 3LZIA 3WNEA 5KGWA 2OPSA 4KHUA 4Z4GA 3MXMA 1SV5A 4QAGA 2GBZA 3ZT4A 5JS1A 1JKHA 1VSKA 4N5SA 4DTMA 3UIQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CG7A 3ZETB 4DV0K 3I0SA 2V7ZA 4U7BA 4FL9A 3SQ0A 1YJWN 4DQ8A 4CF2A 3HRGA 1QSSA 1VSIA 2Q0RA 4IOXA 3NGIA 1EKEA 3ZX3A 1BQNA 1RILA 4BR0A 3KHYA 3CETA 4GY2B 4RG8A 4QS9A 3QBWA 3QEVA 4I6MB 3ENBA 5AFUA 3ULEA 1U6ZA 3CMAN 4FO0A 3CPEA 4F8RA 4A61A 3R1XA 3UB5A 1KFSA 1T3VA 4Y1CA 3HTVA 3AA2A 5AZIA 3WQTA 2P9LB 3MWTA 4YDUC 3G6EN 3RR8A 4JI5K 3RMCA 3V9XA 5CE3A 3VGMA 1MU2A 4CJ7A 4LY7A 5AQTA 1VSLA 5AQKA 3OYMA 4XEIA 3U6FA 4M7XA 3O4WA 4F2SA 3AO4A 3VEVA 3AVBA 3VF2A 5JLFA 4DV4K 1RGIA 3G10A 4KHNA 2P9UB 2NRXA 3ZSWA 1IBMK 3HPHA 4HUGA 2QWQA 1K8KB 3ULDA 2ZE2A 3AVFA 4DSEA 2KFZA 3TAMA 3UE5A 3VQPA 1GLJO 3ZEUB 3OTOK 3DYAA 2XHBA 1QTMA 3IG1A 1E3MA 3EKSA 2E88A 2EX3A 3L4QA 2ZF5O 2RKIA 5KI6A 1NOZA 3O3HA 4YORA 4CZHA 3QEPA 2X6SA 2NRRA 2P9IB 1QS4A 1VSDA 3TTFA 1U04A 2B4JA 5F0XA 1FKOA 3KK1A 4JN4A 3ZSQA 3HVTA 3OYEA 1YT3A 4CIEA 1C0TA 4BRQA 1NJXA 3JYTA 2ZGYA 3TANA 1U47A 3O6WA 3O9RA 1G15A 2JWKA 1K73O 4DQRA 3VESA 3KK3A 1S1XA 2GWKA 5HOOA 3NH0A 3KVGA 3SUOA 4FJJA 4M3WA 1GLBG 2VCPA 3HO1A 4QOZB 2X78A 3MEGA 1KFDA 4MQ3A 1BGXT 3IS9A 1U2VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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