The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XMO K; 2F4V K; 4DV0 K; 1N33 K; 2UXB K; 4JV5 K; 4KHP K; 4JI1 K; 4DV4 K; 1N36 K; 2UU9 K; 4DR4 K; 2UXD K; 2VQF K; 1HNW K; 5LMU K; 4B3R K; 4JI0 K; 4LFC K; 4V19 S; 4GKK K; 1HR0 K; 4LF6 K; 5LL6 Z; 4JI3 K; 1N32 K; 4YHH K; 4K0K K; 5BR8 K; 4X64 K; 4DV5 K; 5IWA K; 2UUA K; 4X62 K; 4JI6 K; 3T1H K; 4JI2 K; 4B3M K; 4JYA K; 1HNZ K; 4CVN E; 5FLX O; 4CW7 B; 5A2Q O; 4JI5 K; 4B3S K; 2UXC K; 2UUB K; 1XNR K; 1FJG K; 4OX9 K; 4DUY K; 3OTO K; 5LMN K; 1IBK K; 2UUC K; 2HHH K; 4X66 K; 1I94 K; 4DR5 K; 4GKJ K; 1HNX K; 3J81 O; 4LF5 K; 4DUZ K; 3J7A P; 4X65 K; 4DR3 K; 2VQE K; 4DV2 K; 4JI7 K; 4B3T K; 1IBL K; 4LF9 K; 3J7Y P; 4LF4 K; 3JAM O; 1J5E K; 4LFA K; 1IBM K; 2E5L K; 4JI8 K; 5AJ3 K; 1XMQ K; 4NXN K; 4DV7 K; 1XNQ K; 1N34 K; 4DV6 K; 4DR6 K; 4DV3 K; 3T1Y K; 4LF7 K; 4AQY K; 4JI4 K; 4DV1 K; 4DR1 K; 4NXM K; 4DR2 K; 4LF8 K; 4LFB K; 4DR7 K; 4YY3 K; 3J80 O; 5IT9 O; 2ZM6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OYC A; 1MU2 A; 3THY B; 2J4R A; 1D8Y A; 3A5N C; 2UXB K; 1CXQ A; 3K9K A; 3ZT2 A; 3UE5 A; 3L6Q A; 4OPJ A; 4CFA A; 3HP9 A; 2D1K A; 4JD2 B; 1M1K O; 1OVY A; 5EVZ A; 1NU0 A; 1RDD A; 1T44 A; 3SCX A; 3CCU N; 4WYB A; 3O4W A; 3EL2 A; 3U9Z A; 4H5V A; 3L0Q A; 1D4X A; 2OAN A; 3ID8 A; 1YTA A; 3O3G A; 4DFP A; 1C0G A; 4A2A A; 3CJ1 A; 4CER A; 4KHW A; 1TYQ B; 4E89 A; 4E1M A; 5GAE P; 3OBY A; 3DRR A; 3HOT A; 4CEA A; 4DS5 A; 4CF9 A; 2QEX N; 1GLL O; 4A57 A; 2W42 A; 3VQ6 A; 3VTI A; 3D0P A; 3LDS A; 5TKY A; 3O9R A; 1I94 K; 2CGL A; 4M3X A; 4CZI A; 4N47 A; 1TKD A; 4CD3 A; 5KGX A; 3NH2 A; 1UOC A; 4IG3 A; 3WNF A; 1XUP O; 2QWM A; 4DFM A; 4LH4 A; 2RHK A; 1N5Y A; 4BE2 A; 4W5N A; 3W3D A; 3OYK A; 4PQU A; 4DV2 K; 4FVU A; 2Q36 A; 1HPZ A; 3NVK A; 1NK4 A; 4E0D A; 4FJ7 A; 4OPH A; 4FJ9 A; 3SUO A; 3QB0 A; 4XH4 A; 4NCG A; 2OPP A; 3A0I X; 3DXM A; 3GL1 A; 1C0F A; 2ZWH A; 3HT3 A; 2DTU A; 2QWQ A; 2YNG A; 3CCE N; 3VQB A; 4EIA A; 2ASO A; 2G8I A; 1WBB A; 1LOT B; 2JLE A; 1UA1 A; 2P1J A; 4DR6 K; 4EP5 A; 5AQI A; 1X3M A; 4DF4 A; 4LY7 A; 2RKI A; 3ULE B; 4DLE A; 2QA4 N; 1QQC A; 2ZJP L; 3QER A; 1NKB A; 5BRH A; 3J80 O; 2VG5 A; 1NGE A; 4DSJ A; 3E9O A; 4DTJ A; 1K8K A; 1HQE A; 3WXK A; 4OPK A; 3SI6 A; 3N4P A; 2O8C B; 2HNY A; 4C1N I; 2PZS A; 4BC5 A; 5HP1 A; 4K43 A; 4HUF A; 1N6Q A; 2O8E A; 5FPM A; 4KTZ A; 3IMX A; 4CK1 A; 1S1V A; 3LM9 A; 4Z4E A; 4DTO A; 4CGG A; 2Y1I A; 4F2R A; 3CET A; 3QIC A; 5IWA K; 1XC9 A; 5J2Q A; 1HKG A; 3H46 O; 4BDY A; 5C0Y A; 3CER A; 3D2E B; 1GOA A; 3CC2 N; 2HHT A; 3WXL A; 3RR7 A; 1LW0 A; 1R59 O; 3AVI A; 1HNI A; 1TAQ A; 4MDA A; 3F73 A; 1ZXO A; 3L8B A; 2YJE A; 2JWL A; 1J6Z A; 1SKS A; 4OX9 K; 3OTO K; 1RT2 A; 2HHX A; 2O8F A; 5AQY A; 2HOE A; 3D7E O; 3MK6 A; 4B8C A; 3V81 A; 4YDU C; 2FF3 B; 2GTD A; 1KSP A; 5C12 A; 1KCF A; 1HNX K; 4GMJ B; 3MMV A; 3V1Q A; 3AV9 A; 1VRT A; 3C7N B; 4E1N A; 3OYG A; 4FJI A; 3WQT A; 1JCF A; 2QWP A; 4WFA L; 3H08 A; 4BR5 A; 2A1S A; 4BRQ A; 2ZGZ A; 3U3G A; 1TKZ A; 1BA1 A; 4AF1 A; 2O4G A; 2FBY A; 1NJX A; 3H45 C; 3UB5 A; 3PSF A; 4PWD A; 3AO5 A; 1SKW A; 1XMQ K; 4JNE A; 1X1P A; 1XNQ K; 2YCH A; 1TVR A; 2ZD1 A; 3VEY A; 4CHY A; 4YOY A; 5KRS A; 2CGJ A; 1QSY A; 1KLM A; 1HNV A; 3KVG A; 4AHC A; 4M3Z A; 1VRU A; 2E2O A; 3P5J A; 5CYQ A; 3OYD A; 4B9N A; 4CFC A; 1NKC A; 1NGI A; 1VSJ A; 3W0L A; 4DTM A; 1CZB A; 3FZK A; 1W0H A; 3LDN A; 3O6W A; 3EZ5 A; 5IT9 O; 1KVC A; 5KI6 A; 2Q3S A; 1NKE A; 1WSH A; 2F4V K; 3JSM A; 1N33 K; 2D0A A; 5M1K A; 5HL7 L; 3P31 A; 1TKX A; 3M5R A; 2D0C A; 3DAW A; 4QS9 A; 3VQQ A; 3TTF A; 5C24 A; 3TAM A; 1T6D A; 4E1J A; 4FLV A; 4BRH A; 2YKM A; 1VSD A; 4IG0 A; 1N32 K; 3HBT A; 3IDH A; 1NK9 A; 1BWF O; 3CCL N; 4FPA A; 3LP3 A; 4WE1 A; 3ULD A; 3L2Q A; 3T19 A; 4J2E A; 1S22 A; 3SMP A; 3SBG A; 1W97 L; 3PO4 A; 4JKA A; 4KPY A; 3MX2 A; 2BAN A; 3DYA A; 4CJS A; 3RMD A; 3B8A X; 4LC9 B; 5M1Q A; 3LP0 A; 4CJV A; 1JLQ A; 5LMN K; 2V52 B; 3HM9 A; 4I9Q A; 3LP2 A; 3VQ8 A; 4G9Z A; 4FM1 A; 3UKU B; 3K57 A; 1NJI O; 1XWL A; 3DRS A; 1T7P A; 2XY6 A; 4RG8 A; 5BRD A; 2WC9 A; 4FWN A; 3G4S N; 4B1W B; 4ILJ A; 5LJW A; 3DM2 A; 4IO8 A; 3OYI A; 3VQP A; 1VQO N; 4LD0 A; 1GOC A; 3DMJ A; 5C2F A; 2F9T A; 2E5L K; 2HHV A; 3RRH A; 3SUN A; 1H1V A; 4B9Q A; 1WN7 A; 1JJ2 M; 3OYH A; 3THX B; 4FZZ A; 4IJN A; 2BH1 A; 2E20 A; 5I9E B; 3AVB A; 4CIG A; 4RW8 A; 4CZG A; 1A5W A; 2D5R A; 4EP4 A; 5JVG L; 1QQN A; 4DV1 K; 5CE3 A; 4WQ4 C; 2P9L B; 4BR7 A; 3RRG A; 4HUE A; 4PA1 A; 2GUP A; 3FE1 A; 5AQV A; 2P9K B; 1KXP A; 5K14 A; 4BRD A; 3ZYY X; 4BRA A; 4CGJ A; 1WSI A; 2HB5 A; 4HCC A; 4EHT A; 2B6A A; 2D0B A; 1K73 O; 3QML A; 4H03 B; 1YVN A; 1KFD A; 2F9W A; 3I56 N; 1WB9 A; 1QVF M; 3MEE A; 3S9H A; 4JI2 K; 3CQ8 A; 2QWN A; 4HUG A; 4JYA K; 4CVN E; 1B9D A; 3NCI A; 4B1X B; 1XNR K; 4FJL A; 1V4T A; 3TSP A; 1HLU A; 1SV5 A; 3K5N A; 3M8P A; 3AA2 A; 2HBJ A; 3M8S A; 4IOA L; 2P9N B; 4X66 K; 3SQ2 A; 5FPD A; 4DQQ A; 4DSF A; 1S5J A; 3ENH A; 4CHP A; 1RGI A; 2KLA A; 4DTP A; 2VCP A; 1D9F A; 3CQY A; 4BQL A; 3J7Z O; 2E6M A; 4RW9 A; 1BI4 A; 3SPY A; 1JLC A; 1ZBF A; 4RW6 A; 1O1W A; 4OLA A; 3OYE A; 3KJV A; 5BPL A; 1IBM K; 1VQ8 N; 2NRW A; 1OH7 A; 4KI4 A; 3RSE A; 4ELT A; 1S6Q A; 5EX5 A; 2VGN A; 3BEX A; 2FLO A; 4CJQ A; 4FW1 A; 4JHD B; 4CJ5 A; 4BR2 A; 1QVG M; 2O8B B; 3AVJ A; 3MCA B; 1SL1 A; 1Q82 O; 4E19 A; 3SV3 A; 4IXC A; 4CJF A; 5AZJ B; 4M42 A; 4IJA A; 3KLE A; 4W5Q A; 3DWL A; 3KLH A; 2KHO A; 1YJW N; 4AHT A; 4CZM A; 2ZJQ L; 4CJ4 A; 5J2P A; 3SAF A; 1NMN A; 1NK5 A; 1NOY A; 4B9S A; 3HOS A; 5FPE A; 3VQ5 A; 3CC4 N; 3C0B A; 2YHX A; 5CY4 A; 4CJR A; 4KB0 A; 1GLJ O; 4ID1 A; 4DV0 K; 3QNN A; 4B08 A; 3CHW A; 1VQN N; 1EP4 A; 1HNW K; 2XY8 A; 5J2M A; 2P51 A; 3C6T A; 5I42 A; 3TAB A; 4WCE L; 3MED A; 1HR0 K; 3H3N O; 1U49 A; 5KPR A; 5AQN A; 3SAG A; 4CZE A; 1NGF A; 2UUA K; 2HHU A; 5CZ1 A; 4CJP A; 5DM6 L; 1HYV A; 3T69 A; 1VSH A; 3ITH A; 3OY9 A; 1IH7 A; 1U2V A; 2B5J A; 2GV9 A; 1CZ9 A; 1BCM A; 3ZT1 A; 3OYM A; 5A2Q O; 3CM6 A; 2VWK A; 2F8S A; 2JGU A; 5AR0 A; 4FWQ A; 1VSM A; 3KLI A; 4GY2 B; 1NK0 A; 4QAG A; 3ZT3 A; 1JKH A; 4CEQ A; 3JXU A; 3TAP A; 2D0P A; 2PBD A; 3P38 A; 2GWK A; 4R5P A; 3L2R A; 3UIQ A; 2Z1H A; 4K8Z A; 4DUZ K; 4IBN A; 4UY8 O; 1SL2 A; 1ZBH A; 4BC3 A; 1XI1 A; 3MN7 A; 3EE8 A; 1VQ5 N; 2UYT A; 1EQY A; 1L3U A; 3PY8 A; 1YJ9 N; 4BR4 A; 4FWO A; 5ADX H; 1EWR A; 3L4I A; 1VSE A; 3SPZ A; 2P9U A; 2NRT A; 3THW A; 4EFH A; 3AA5 X; 3E9P A; 4ID5 A; 4ELU A; 4RWT A; 3KD1 E; 3HST B; 4FWL A; 1HJR A; 4KHN A; 4KHU A; 3BZC A; 1WLJ A; 3I0R A; 4I6M B; 2FSK A; 1VQP N; 2HHW A; 1YT3 A; 5HBM A; 4CK2 A; 3K58 A; 1Q81 O; 4IZ9 A; 4CHZ A; 4UQG A; 1KTQ A; 2AA4 A; 4XEI A; 4FLY A; 4FOE A; 3OJU A; 2QK9 A; 1LAV A; 5D3G A; 5E41 A; 3D45 A; 4CEF A; 4CJE A; 4M63 C; 2IAJ A; 3DLG A; 3D2F B; 2ASM A; 1NOZ A; 4JK8 A; 1YVU A; 3QBX A; 5FDL A; 4KHP K; 2O8D A; 4QOZ B; 3R3L A; 4CF0 A; 1S3X A; 4B3R K; 2Q2R A; 3T7Z A; 4H5N A; 4JKE A; 4DB3 A; 2BE2 A; 4BG9 A; 3AO1 A; 2G8F A; 2ITG A; 4B9M A; 4JKG A; 2HNZ A; 4IFE A; 3DXK B; 3FZL A; 3RMA A; 3RWU A; 2OA8 A; 5FRM A; 1ZBI A; 4YOV A; 1B92 A; 3CPE A; 4MFB A; 1HMV A; 4FYD A; 3ZLJ A; 1EO1 A; 1YJN N; 3LP1 A; 3TPQ A; 3OA9 A; 2BTF A; 1JXB A; 2DPN A; 3AVM A; 4N5S A; 2QI2 A; 2XHB A; 3THY A; 1IBK K; 4IFV A; 3J8A A; 4DU3 A; 1YAG A; 3C6A A; 1KVA A; 2VYP A; 3CCV N; 3M8Q A; 4CJK A; 3TSU A; 4AIL C; 4B1Z A; 4X65 K; 4JD2 A; 3FR0 A; 5DM7 L; 1L5U A; 4H8K A; 3UKR A; 4DTS A; 4M3R A; 3C65 A; 3J7Y P; 4LF4 K; 1ATS A; 1VQM N; 2FC0 A; 4AHS A; 4CEO A; 1S72 N; 2NLX A; 5BRF A; 2Q1N A; 4FXD A; 3KIO A; 3IRX A; 4KHY A; 3OW2 M; 4LSN A; 3L4Q A; 3QIO A; 4O0J A; 2NNW A; 1N34 K; 3F5T A; 3OYB A; 4PKH A; 4KHQ A; 4WQ5 C; 4DV3 K; 5BR9 A; 4AQY K; 4N76 A; 2AJQ A; 4FWK A; 1A5X A; 3I8B A; 4FLX A; 3I33 A; 4KV8 A; 1BOT O; 4Z0U A; 1BDG A; 1YIJ N; 3G25 A; 4BRE A; 1Q9Y A; 3BUZ B; 3F9M A; 1D5A A; 3AVF A; 3DXM B; 3CME N; 4CZL A; 1YTU A; 4DV4 K; 2HVH A; 2IIR A; 4LH5 A; 4C1N K; 4GNI A; 3DLL L; 4QS8 A; 2OZM A; 3QFP A; 1MWM A; 4I2Q A; 1TK8 A; 2ZF5 O; 3QIN A; 4BRK A; 1IKW A; 3P83 D; 4K0K K; 1S9G A; 1DLO A; 4AM6 A; 3ZEU B; 4X62 K; 1Q18 A; 3T1H K; 3P39 A; 4JK9 A; 1T3V A; 3ULE A; 4LSL A; 4WF9 L; 4MQ3 A; 2NRX A; 1TL1 A; 2GWJ A; 5FLX O; 4B1U B; 3NVM A; 2A6A A; 1BCO A; 4FK0 A; 1ZBU A; 2W41 A; 4C8L A; 3HO1 A; 4DQS A; 4FJM A; 4BC2 A; 3C95 A; 4KI6 A; 1VQ7 N; 1HX1 A; 4YFU A; 2UUC K; 4GW6 A; 1U6Z A; 4DR5 K; 5HRO A; 1TUY A; 3QBW A; 4KTW A; 2HMI A; 4KRF A; 3K2P A; 2IVO A; 3HXM A; 1D9D A; 3HJF A; 3P1G A; 1K6Y A; 3J7A P; 2VG6 A; 4DR3 K; 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4CEB A; 3VGK A; 1Z26 A; 4CZF A; 3O1B A; 3CPW M; 2G8U A; 2HHH K; 2X6S A; 4F2S A; 2NZT A; 1BG3 A; 4YOR A; 5GIO A; 1BHL A; 4ILH A; 3QEP A; 4I9L A; 4H0P A; 2G8K A; 3HPH A; 1T6C A; 5AQF A; 1ASV A; 2X6N A; 4FJG A; 1WSE A; 3HVT A; 4Z4I A; 3O4Q A; 1IBL K; 3LAN A; 3O5B A; 1J5E K; 4RW7 A; 2Z1J A; 3THV A; 1L3V A; 1SS6 A; 5KRT A; 3KLG A; 1VSK A; 3VA0 A; 4H0X B; 3WEE A; 3DLB A; 2FBT A; 1VQ4 N; 2E88 A; 1J5O A; 1XHZ A; 4WFN L; 4Z4G A; 4K25 A; 5KGW A; 3T3F A; 1LWC A; 3R6M A; 1EXQ A; 3QEI A; 4MLE A; 5AQQ A; 3UKU A; 2Z1I A; 2ETJ A; 1CXU A; 4DU4 A; 4CBW A; 4NO7 A; 1RDA A; 2ZQB A; 3WNG A; 2IS3 A; 3SLC A; 1WUA A; 1GLF O; 3Q7C A; 3HVR A; 1NGH A; 2WUS A; 3ZSZ A; 4BGA A; 3TAQ A; 1C6V A; 4CK3 A; 3VQ9 A; 1NJW A; 2NUB A; 4B9L A; 4DG1 A; 2UXD K; 4H0O A; 2HF4 A; 1LCU A; 4LFC K; 1IJJ A; 1QZ5 A; 3M8R A; 3THX A; 4GKK K; 3PX4 A; 4AM7 A; 3HRG A; 1YI2 N; 1U04 A; 4YHH K; 1DGK N; 1RDC A; 2JWK A; 3WUH A; 3LWM A; 1NBW A; 1KAX A; 1WSG A; 4B8A B; 4PL7 A; 2W6L A; 2A41 A; 3AA3 A; 4DQ8 A; 1C1B A; 2QKB A; 4BG8 A; 1KC8 O; 1JLA A; 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