2P9UA

Crystal structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with amp-pnp and calcium
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-like protein 3
publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
total genus 129
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2p9uA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9uA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9uA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9uA04
5AZIB 2GWJA 3P4IA 3HM8A 1ATRA 3IDHA 1NGIA 3CERA 3O4WA 4XH1A 1LOTB 5JLHA 3BUZB 3GL1A 3W3DA 4BVPA 3CQYA 3VEVA 4IXCA 3EN9A 3L0QA 4FSVA 3IMXA 2P9UB 5ADXA 3FZKA 3QDKA 3QFPA 4QS9A 3MN7A 4A61A 1U6ZA 4CBWA 3LDPA 4FWPA 5AQKA 3VF4A 2ITMA 4O8KA 2E2QA 2WUSA 4QS7A 3A8YA 4H0VB 3W0LA 3CJBA 2IVOA 4M7YA 3A5LC 4WQ5A 4BRCA 4BR4A 3SK3A 4I6MB 1MA9B 4B1XB 3QBWA 4M7XA 1ATSA 3I33A 2QWRA 1NBWA 4WQ4C 2FF6A 2AP1A 3H1QA 1NGGA 1Q18A 3MN5A 4H5WA 4K43A 3ATUA 3UE5A 3CJAA 4EAHD 3HI0A 3KZBA 1TYQA 3IFRA 5BREA 2V7ZA 2Q97A 2DPNA 4H5TA 4M63C 3VETA 4MO5A 2HF3A 2P9IA 4BRKA 1QZ6A 1BO5O 2QW9A 2UYTA 4DHYA 3TPQA 4CZJA 4A62A 2Q36A 5AFUA 2GEMA 3ID8A 3O08A 3VPZA 4BGBA 3LM9A 1X3NA 2HF4A 4JHDA 3G25A 1X3MA 2YI1A 1NM1A 3CJ1A 3GG4A 4H0XB 3ZX0A 2QWOA 2P9KA 2P9SB 3DXMB 2A3ZA 3EO3A 3DXKB 4BR2A 3H1VX 2P9LB 5BRDA 1HKCA 2D0PA 3VF2A 4BC2A 3D2EA 3H6EA 1SQKA 2Q31A 4DB3A 3ZETA 3LDQA 5AQPA 4CBUA 4FWLA 4BQZA 5KQ8A 5AQZA 1NGDA 1BWFO 3MDQA 2ZGZA 2QM1A 5AQOA 4JD2B 4B1VA 1KAYA 2V51B 1K8KA 3M3ZA 4IJAA 3WXKA 5AQQA 5KPTA 3UB5A 4FO0A 1HKGA 5AFUH 2E1YA 3O80A 5B8HA 1R59O 3MN6A 4YDUC 3WXJA 2HOEA 5E84A 1JCEA 3VGLA 2CH5A 3ZEUB 4BC4A 4BG9A 5AQSA 3VEXA 3LDOA 2P9PB 2EWSA 1C0FA 3SMPA 4FWSA 4K25A 4MLHA 5BPMA 5AQVA 1WOQA 3B8AX 3DJCA 4BRQA 1GLCG 3D2FB 1QZ5A 4IWVA 1GLJO 5KQDA 3MMVA 3ATVA 1BA1A 1DGKN 3AAPA 3FFKB 1KXPA 2F9WA 5LY3A 5EVZA 3WQUA 3WXIA 4BRIA 1ESVA 4BRHA 1NGFA 4WYBA 2ASOA 3UKUA 1BA0A 4BRDA 3QICA 4IO8A 2H3GX 4EHUA 4A2BA 3FLCO 3R9PA 2QWMA 2IIRA 3BF3A 3GDQA 4FWQA 4KBOA 3O1BA 1RDWX 4PL8A 4PKGA 1WUAA 2NLXA 5EXWA 1NLVA 4DQ8A 3FE1A 2J4RA 1NGCA 4BC3A 2NZTA 3M1FA 4CI6A 4B1UB 2VYPA 2YHWA 3OHRA 2YHXA 2FXUA 5EOYA 3C7NA 2V7YA 3C0BA 4BRLA 1KAZA 3ENHA 3JS6A 1QQMA 1U2VA 3FZHA 2D0OA 4BGAA 5BRFA 5LJVA 3IUCA 2QWLA 2YHYA 3H45C 4RWTA 4H5RA 2E2PA 3WEEA 4BQLA 3KVGA 3ULEA 5E26A 4A2AA 4CZEA 1GLDG 3QFUA 5BPLA 5TKYA 3AARA 4ISEA 3VEOA 5AQYA 4FWMA 4FPAA 3SLCA 5AZIA 4K42A 4MO4A 3LM2A 1YUWA 4WQ5C 4GNIA 1G99A 2AA4A 3BF1A 4RTFD 4E1JA 4EFHA 4MLEA 1KAXA 3R8EA 3O1WA 4EHTA 2A5XA 5JICA 4ISGA 4FWNA 5ADXH 2P9UA 3WQTA 2E1ZA 1GLEG 1QQNA 3S41A 2PAVA 2E2OA 4K41A 4B9QA 5F1XA 3RSEB 1LCUA 3HBTA 2VCPA 3VERA 1ZBSA 4FWRA 1J6ZA 2CGJA 5BR9A 3KHYA 3QMLA 3UKRB 4I6MA 1BU6O 4H5VA 4RCHA 2KHOA 2BTFA 2CGLA 4C23A 5AQRA 1S22A 4JAXA 5FPDA 1Z6RA 1MWMA 2P9NB 3D7EO 3EKUA 5AQGA 1NGAA 1XUPO 2NRHA 2I7PA 2YJFA 3F9MA 2GWKA 3WT0A 3A5NC 5KPZA 3VEYA 5AZJB 2D4WA 2IVNA 3VF6A 3EL2A 1YAGA 2W40A 1NWKA 4HTLA 2FSNA 2I7NA 4J8FA 1IJJA 1C0GA 3TU5A 3WXLA 4O5FA 4PKIA 2E20A 3A0IX 2Q0RA 4L3QA 3AY9A 5AR0A 5JLFA 3DXMA 2P9SA 3FGUA 1DKGD 3CJ9A 3H46O 5AQTA 5FPMA 3U8XA 1ATNA 3DXKA 3AAQA 2P9LA 2F9TA 4Y0WA 1T6CA 1GLLO 2HMPA 1NGHA 2YCHA 2FSJA 2ZWHA 1NGJA 1ZXOA 4CZMA 4CZHA 4B1WB 1V4SA 1NGBA 3J8AA 3A5OC 4B1YB 2FSKA 3DAWA 3FR0A 1YVNA 3VGMA 1SAZA 5AQUA 4IJNA 4JD2A 2IVPA 1D4XA 2A6AA 3ZX3A 4BR9A 3GOIA 4CZGA 2E8AA 2GTDA 2ZGYA 5AQMA 1YXQA 1E4FT 1HLUA 4FOIA 3R6MA 1JCGA 1BOTO 1TUYA 5F2RA 3ZEUA 4JN4A 4CD3A 3MCPA 1QQOA 3QB0A 1NGEA 2P9PA 4PKHA 3VGKA 3CI5A 3VESA 4CJ7A 1P8ZA 1TYQB 5JMVA 3MN9A 4Z94A 4CZIA 3D2FA 3JXUA 2A40A 4BRNA 5LJWA 2P9IB 2BUPA 4NO7A 5FPNA 1NMDA 2A41A 2CGKA 2QWPA 4JNEA 4H0PA 1Z05A 3SJHA 3SMSA 3ZX2A 4HWIA 3O5BA 1T6DA 1E4GT 1GLBG 1HUXA 3BP8A 4DCHA 2VWBA 4FOEA 4H0YB 5BN8A 4BRFA 2GUPA 5EY4A 4JHDB 5BN9A 1SZ2A 3U4LA 4BRGA 2YJEA 5ELZA 5CE3A 3L6QA 1Y64A 3CHWA 2P9KB 4WQ4A 2W41A 3FZLA 3U9ZA 1QHAA 4BR0A 3O6WA 4CZKA 3D2EB 2A42A 1HPMA 3MK6A 1BUPA 3ZETB 5FPEA 2OANA 2QWQA 2QWNA 1CZAN 3CETA 4FWOA 2Q0UA 1MWKA 1IG8A 3LDNA 4B1ZA 2ZF5O 5AQIA 1RGIA 4FPBA 5I9EB 4XH5A 1K8KB 5AQLA 4XH4A 4NB4A 4CZFA 1XQSC 1X9JA 2E2NA 4QS8A 4LC9B 2ASMA 3GBTA 3VEZA 4BG8A 1V4TA 4H5NA 1S3XA 2Q1NA 2CH6A 1OKJA 3U9DA 1HJOA 3QBXA 4BROA 4FL9A 1JCFA 2ASPA 4GY2B 4CD1A 4CZLA 1ZC6A 2Q2RA 4ISFA 5KPRA 3O8MA 3CJCA 5F0XA 5BRHA 3BEXA 5BPNA 4AM6A 5AQHA 3L4IA 2V52B 5AQNA 2QXLA 3RSEA 1EQYA 3FZMA 3CIPA 3ENOA 3WUHA 1XC3A 4BVOA 3CQXA 3M6GA 3I8BA 4H03B 3UKUB 3FZFA 5EX5A 4YDUA 4BC5A 3UKRA 3DWLA 3H3OB 3HTVA 4BRAA 4BRMA 1RFQA 4PL7A 1BDGA 4H0OA 1GLFO 3EZWA 1BG3A 3HSCA 4H0TB 3HZ6A 1TUUA 4EIAA 5AQWA 3LL3A 2P9NA 1HX1A 2FF3B 1GLAG 2PBDA 4BREA 3VENA 3C7NB 3VEWA 3A5MC 3CJ7A 1H1VA 1T44A 2FLOA 3VOVA 4CBXA 4XEIA 5AZJA 1U2VB 2GELA 3LDLA 4F9OA 3H3NO 1DEJA 3WEEB 3GE1A 5AQJA 5AQXA 1HKBA 4IZ9A 4BR7A 1MDUB 3ULEB 3EKSA 4BRPA 4FWKA 4AM7A 4BR5A 2E88A 2D1KA 5AQFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHNA 3DLEA 5H1SQ 4FK4A 1JLCA 1LOTB 3F2KA 1U49A 4W5OA 4F2SA 3EN9A 3QEWA 1Y97A 3NBPA 1NMNA 2UUBK 3U3YA 3QDKA 3SQ1A 1DLOA 3MN7A 2FC0A 4A61A 4RW8A 3OY9A 3LDPA 2ZD1A 5AQKA 3VF4A 5T7BA 2ITMA 4O8KA 2E2QA 3AVAA 2IVOA 4M7YA 3CQ8A 4WQ5A 3SK3A 1BIZA 1MA9B 1HRHA 4DUYK 4CFDA 3J7AP 5M1QA 3KK2A 2QWRA 4CF8A 3K5NA 1EWQA 3KK1A 2AP1A 3WXMB 4FJNA 5GADP 1JXEA 4JKFA 4EAHD 3HI0A 5I3UA 2DPNA 4M63C 1VQKN 3EE9A 1WSJA 2P9IA 3KJVA 1JLEA 2ITGA 3ENBA 4CZJA 1HMVA 2WONA 4BACA 4FJ9A 4NYFA 3LANA 4BGBA 4FJXA 3I0SA 4WF9L 2GX9A 3KK3A 1WBBA 1X3NA 1T03A 4AHRA 4CEQA 3CFOA 1VSIA 1VSMA 2QWOA 3NVMA 4ILJA 4JRQA 3DXKB 4FCYA 2P9LB 4IG3A 1KSPA 3RWUA 4BC2A 5J2PA 5J2NA 3V9SA 4IFEA 3ZETA 3PLAA 4CBUA 5AQZA 1NGDA 1BWFO 3AO4A 4JS5A 4DFKA 2DTUA 4KKOA 1L3TA 4NLCA 1SS6A 4FLVA 2V51B 3DLBA 4Y1DA 3T1AA 5JS2A 4IJAA 4U7BA 1K9MO 1Q9XA 1KLNA 4LF9K 2E1YA 1VQ8N 1R59O 4YDUC 3WXJA 4I9QA 3MXJA 1JCEA 4FJHA 1BIUA 5AQSA 3LDOA 2KTQA 1L3SA 2EWSA 3QIOA 5AQVA 2UUCK 3B8AX 4DQSA 1L3UA 3KKRA 1CZ9A 4IWVA 3LAKA 4HTUA 3CFRA 1RTDA 3ASMA 5HBMA 3N4QA 2D0AA 3FFKB 1KXPA 1K8AO 1BGXT 4NXMK 1OH8A 3WXIA 1ESVA 4NLBA 4BRDA 4B3TK 2H3GX 1VQLN 4A2BA 1T05A 4FXDA 4N5SA 5FRNA 2Z1GA 4FWQA 2DFFA 4KBOA 3CMAN 3NVKA 4PKGA 1WUAA 4CW7B 3OS2A 2NLXA 4JK8A 2NZTA 4DQQA 4B1UB 1SKWA 3QO9A 4HUFA 3O4QA 1VQ4N 2V7YA 3C0BA 4B9UA 2KFNA 3HP6A 3S5TA 3C94A 1QQMA 3KTQA 3TARA 2D0OA 4IOCL 4CEDA 4CEFA 3CF5L 2ZQBA 3ZSRA 3HPGA 2G8HA 5TKYA 4W5NA 4IDKA 3AARA 4FPAA 3CM6A 4K42A 4GNIA 2IDOA 3BF1A 1W97L 2OCEA 2HBKA 2HNDA 4OPHA 4E1JA 5IWAK 1JLQA 4MLEA 3QETA 1KAXA 2A5XA 4FWNA 5ADXH 3IRXA 2E1ZA 1RT7A 3S41A 2PAVA 3LWLA 1RBUA 4MDAA 5F1XA 1KQSM 4RG8A 3KWGA 3SJJA 3OYNA 2VG6A 5HRNA 4AQYK 1C6VA 1QSLA 1UWBA 2F8TA 4JI6K 4KO0A 4RW7A 4RCHA 2BTFA 1A5XA 3MECA 2CGLA 4DTRA 4BY9C 3PO4A 5C24A 1UAXA 4E89A 1Z6RA 2I5JA 3PO5A 2P9NB 3VA3A 1NGAA 1SKRA 4FK0A 3F9MA 2W42A 2XY8A 2F4VK 3VEYA 2BDPA 4J2BA 5KI6A 4YORA 4HHTA 4LH4A 4KHQA 2WC9A 3VF6A 4HUEA 1YAGA 3O4NA 2WOMA 1U04A 4QOZB 3SCXA 4DSIA 2E20A 4K8ZA 5JLFA 3EY1A 3SUQA 3U8XA 3I55N 1NK7A 1ATNA 3DXKA 4OKEA 4KHSA 1IO2A 2P9LA 5M1OA 1XMQK 1L3VA 1UA1A 1WN7A 2XY7A 4EZ6A 4LSNA 4KFBA 1ZXOA 3QESA 3BGRA 3HK2A 1QE1A 3O9QA 1IBLK 3HRGA 4DR3K 4B9MA 3CCMN 3PSFA 1IBMK 4CZGA 4FOIA 3R6MA 1XHXA 1J9AA 4QCLA 3K57A 3QEVA 3OYJA 3NFAA 4OX9K 4CCHA 4WFAL 1CZBA 4FJLA 3DRSA 1NGEA 2GUIA 1K73O 3VGKA 3K58A 4DU3A 2HMIA 4YOUA 3MWTA 4CJ7A 1TYQB 3V9WA 3DMJA 3S3MA 5LJWA 1RTIA 5FPNA 2A41A 4IFVA 3ZT1A 2CGKA 4NXNK 1FW6A 4DFMA 3ZX2A 4DSLA 3LPTA 4CGGA 3O5BA 1GLBG 2VWBA 3THXB 4BRFA 1NK8A 5BN9A 2YJEA 3SAGA 1VQMN 3DYAA 1QSYA 3L2WA 4F8RA 4WQ4A 4DLEA 1BQNA 3P31A 2HHSA 3U9ZA 2JGUA 4BR0A 2YNIA 3P83D 4B9NA 3D2EB 1WSFA 2QA4N 3P38A 2C1GA 1JLFA 5D3GA 1SUQA 3CETA 3LDSA 2JWKA 3DOKA 2Q0UA 4NYNA 3P39A 4X62K 4XH5A 4CK2A 1K8KB 3RRHA 4LF5K 1KVCA 2C1IA 1JLBA 2PYJA 3K5LA 3U6FA 2ZM6K 4BG8A 3UIQA 2A1RA 4H5NA 1S3XA 4FW2A 1LWEA 4X64K 3TSUA 4JYAK 1KLMA 3CC4N 1SL2A 1XNQK 3CXCM 3OYMA 2PFUA 2ASPA 3OJUA 1M90O 3D0PA 4CZLA 1ZC6A 2Q2RA 3LP0A 1ASWA 4KRFA 3CJCA 5F0XA 2O8CB 5BRHA 5DMRA 1S1UA 3NF9A 3L4IA 3J80O 2QXLA 1A5WA 3VN5A 3VQQA 3CIPA 1XC3A 1U45A 3THWB 4DU1A 3G10A 2WFBA 2XRIA 3FZFA 1L5UA 3ZSWA 3I8DA 3HTVA 2E5LK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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