3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
1BU6O 3GOIA 1NGHA 3D2FA 3M1FA 4EHTA 2W40A 1GLCG 3CIPA 3R9PA 3DJCA 1BUPA 4K25A 2GUPA 4WQ4C 1QZ6A 4ISEA 5FPDA 4BRQA 4JD2B 2QWOA 2GELA 4H5TA 4BC2A 1X9JA 3H46O 1GLJO 1YVNA 3R8EA 3H3NO 4FL9A 1U2VB 2V52B 2NZTA 3A8YA 2W41A 4CZKA 4FOEA 4BRNA 1ATSA 5BN9A 1NWKA 3KHYA 3LDQA 4BR4A 4BRCA 5LJWA 5AQXA 2QWPA 1MWKA 2YHXA 1HLUA 3LDPA 4I6MA 3VEVA 2CGKA 3I8BA 3D2FB 4K42A 4JN4A 3O5BA 1H1VA 2ASMA 4WQ4A 5F0XA 3ZX3A 4B1ZA 3U4LA 2CH6A 5BREA 5AQPA 1GLLO 2D0PA 4DB3A 3MN7A 1NLVA 2A41A 1S22A 3VENA 5TKYA 1QQMA 5AQKA 3BP8A 3CQYA 4I6MB 3H6EA 2A3ZA 3DXMA 5AQHA 4CBUA 3FZMA 4FWLA 3LDNA 3S41A 3CHWA 1GLEG 4E1JA 4CZFA 4FWMA 3SMPA 1KAZA 1LOTB 3IUCA 3CJCA 5AFUA 3BEXA 4O8KA 3JS6A 4RCHA 1MWMA 5AR0A 5AQNA 4O5FA 3VF2A 2F9WA 5E84A 2J4RA 3LL3A 1JCFA 3BF1A 2ZF5O 3FZLA 3DXMB 1X3MA 4BRMA 3EZWA 1XQSC 4H5VA 2FF6A 2IVNA 5AQJA 3SMSA 2V51B 3CERA 4FSVA 4FWRA 2CGLA 4H0XB 3F9MA 4FWPA 4M63C 3CETA 2D4WA 2Q31A 3LM9A 4DQ8A 4H5RA 2AA4A 1E4FT 4WQ5A 2A5XA 3EKUA 3IFRA 5AQVA 4BGBA 2YI1A 2QWNA 2IVPA 3EKSA 2ASOA 3DAWA 1IG8A 1BA0A 1MDUB 2Q0UA 3CI5A 4B9QA 5KPZA 3GDQA 5AQQA 3DWLA 3H1QA 2V7ZA 3A0IX 1IJJA 4H5NA 5BRDA 3O1WA 2WUSA 4CD3A 2H3GX 2NLXA 2P9SA 3B8AX 1HJOA 1KXPA 4EFHA 3HM8A 3HSCA 4NB4A 1TUYA 3CQXA 4XEIA 2QXLA 3L6QA 3AAQA 4CZEA 3MN6A 2ITMA 1Z05A 3ZX2A 1QQNA 2FF3B 4MLEA 4H0PA 2F9TA 4BRIA 5F1XA 4JNEA 5AFUH 3DXKA 4BR2A 3KZBA 5AQMA 2VYPA 4BRPA 5JMVA 2PAVA 4CJ7A 1SQKA 2GWJA 5FPNA 4BRLA 4H0VB 1BG3A 1Q18A 2Q0RA 2P9SB 3SLCA 3WQTA 3O4WA 4A62A 2UYTA 1QQOA 1NGFA 1GLAG 1G99A 1Y64A 3M6GA 5AQFA 3O1BA 3MN9A 4BRDA 3BF3A 2A40A 4GNIA 5AQTA 2CGJA 5BPMA 2D0OA 2AP1A 3VEOA 3DXKB 1R59O 3VF6A 2FLOA 4Z94A 3VETA 3QFPA 2QWMA 3FE1A 1LCUA 3C0BA 3QMLA 4NO7A 1QZ5A 5AQLA 4XH1A 3UKUA 4H5WA 4JHDA 4RTFD 4BR5A 4BRGA 1YAGA 2D1KA 3W3DA 4CZMA 4H0OA 2HOEA 1QHAA 2ZWHA 5KQ8A 4BRFA 5EOYA 1KAXA 3O80A 3IMXA 3QBXA 4FOIA 3QFUA 1NMDA 5BRHA 3CJ1A 3MMVA 3A5MC 3GBTA 3HBTA 4XH4A 4CD1A 3QBWA 3VEZA 3ENOA 4BRKA 3VERA 4QS7A 4AM7A 3GE1A 3QDKA 2VCPA 4M7XA 4MO5A 3WEEA 3ULEA 3MCPA 2DPNA 1RFQA 5I9EB 2I7PA 4BC3A 3UKUB 2Q2RA 3M3ZA 3A5LC 4JHDB 3VESA 3I33A 2E1YA 2YHWA 2HMPA 4CBWA 2CH5A 2FSKA 3TPQA 3O08A 1ZXOA 2GTDA 3BUZB 3U9DA 4BVOA 2HF3A 3MN5A 3A5OC 3ATUA 4WQ5C 4IXCA 2E2QA 4BREA 3VGKA 4HWIA 1KAYA 2QWLA 2BTFA 4CZIA 3EL2A 3CJ9A 5AQZA 4L3QA 5BPNA 2QWRA 5EXWA 3MK6A 1DGKN 4JAXA 3UKRA 3WEEB 3P4IA 3ULEB 2OANA 3O8MA 1TYQA 2P9NA 3ID8A 5LJVA 3ENHA 1T44A 4A2BA 4PL8A 4CI6A 4FWSA 4DHYA 3GL1A 5EY4A 2QWQA 3LDLA 1V4TA 3L4IA 2GWKA 4FWOA 2FSNA 1XC3A 5AQGA 4LC9B 3VEYA 3UE5A 4IJNA 4HTLA 3W0LA 3EN9A 3H3OB 4B1XB 3L0QA 3J8AA 4EHUA 4H03B 3UKRB 3AAPA 3ZEUA 4ISFA 1NGAA 1YUWA 3WXJA 1TYQB 1P8ZA 5ADXA 3HZ6A 2P9NB 1BWFO 5F2RA 4FWQA 3U8XA 2Q1NA 3WQUA 1CZAN 1T6CA 5ELZA 2VWBA 4B1YB 5JLFA 3FLCO 3QB0A 5AQYA 3FZKA 1RDWX 3OHRA 5KPRA 4BQLA 1T6DA 2E2PA 4PKGA 2P9IA 4J8FA 1DKGD 1NGDA 1NBWA 3MDQA 1D4XA 2YJFA 3D7EO 3U9ZA 1E4GT 4A2AA 2IVOA 2P9LA 3ZEUB 1HKGA 5KQDA 4CZJA 4K41A 2I7NA 4Y0WA 1XUPO 4MO4A 4F9OA 4B1WB 1HUXA 4WYBA 4CBXA 1EQYA 4KBOA 3H45C 4FWKA 2QM1A 4AM6A 1BO5O 4BC4A 4BR0A 2EWSA 2E1ZA 4MLHA 1Z6RA 5B8HA 3H1VX 4GY2B 4BVPA 1K8KA 3VGLA 2E20A 1JCEA 3AARA 4QS8A 2P9IB 3A5NC 4IO8A 4BG8A 1ATNA 3TU5A 4CZHA 2P9UA 1WUAA 4BC5A 2IIRA 1HX1A 3D2EA 5EX5A 2P9LB 1TUUA 3AY9A 3R6MA 3FGUA 4K43A 3KVGA 1BOTO 3FZFA 2ASPA 3CJAA 3EO3A 5AZIA 3LM2A 3FR0A 4CZLA 1HPMA 3RSEA 2KHOA 2E88A 5ADXH 5AQIA 1K8KB 2PBDA 1JCGA 5AQRA 4C23A 2ZGYA 2P9UB 2HF4A 1NGIA 2P9PA 1NGJA 5AZJA 3D2EB 5BN8A 2ZGZA 1HKBA 1YXQA 4QS9A 4A61A 4RWTA 2FXUA 1S3XA 3ZETA 5JICA 4YDUC 3VPZA 3C7NA 4M7YA 5AZIB 1WOQA 4IWVA 1ESVA 1NGBA 1SZ2A 2P9KA 3IDHA 3SJHA 3WT0A 3HTVA 1U6ZA 4ISGA 3RSEB 1NGEA 2BUPA 5FPEA 1BDGA 2A6AA 4FPBA 5FPMA 5KPTA 5AQOA 1RGIA 3VGMA 3FFKB 4IJAA 2E2OA 4BGAA 2P9PB 5BRFA 5AZJB 2V7YA 3VEXA 4DCHA 5BPLA 4YDUA 5CE3A 3ZETB 3CJ7A 2E2NA 1OKJA 3C7NB 4H0YB 2YCHA 1GLFO 2P9KB 1J6ZA 1C0GA 4BRHA 4PL7A 2QW9A 4PKIA 3WUHA 1C0FA 2FSJA 4IZ9A 3QICA 3HI0A 2YJEA 5EVZA 1BA1A 1NGGA 1DEJA 1GLBG 4BQZA 1MA9B 3LDOA 3CJBA 3G25A 4B1VA 5AQWA 1ZBSA 3FZHA 2A42A 4BG9A 3JXUA 4BR9A 4PKHA 5AQUA 1X3NA 3ZX0A 1ZC6A 4B1UB 4FWNA 3WXLA 3GG4A 3ATVA 1V4SA 3VF4A 3VOVA 2NRHA 2YHYA 1HKCA 1NGCA 4FPAA 2Q97A 3WXKA 3SK3A 1ATRA 3WXIA 4BRAA 5JLHA 1NM1A 4XH5A 4BR7A 2GEMA 5BR9A 1GLDG 5LY3A 4JD2A 4FO0A 4EAHD 4CZGA 4BROA 1SAZA 3O6WA 5AQSA 4EIAA 5E26A 3UB5A 4H0TB 1U2VA 2Q36A 2E8AA 3VEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GOIA 2IC3A 1BMRA 1GLCG 1Z25A 4GV6A 1I94K 4WE1A 2LI7A 1IBLK 4ZHRA 1P0AA 3THYB 3V9SA 3SAGA 4JKDA 2QWOA 1IKXA 3K5OA 4KYPA 4O8UA 5KRTA 3H3NO 1VNAA 1Q9YA 2YHAA 3CCVN 4ICLA 4LH4A 4ZTJA 1ATSA 5BN9A 1NWKA 4BRCA 3AVLA 2QWPA 2LJ7A 1MWKA 3P39A 3DRPA 3PV8A 2KQ2A 3D2FB 4CJ5A 1LQIA 1XRSB 2YNHA 1A5XA 4M3TA 1NKCA 4B1ZA 4DQIA 5JVGL 4ILGB 3L8BA 3PLAA 4AHVA 4CK2A 5AQPA 2WC9A 4JK9A 2OYQA 4M3ZA 1M1KO 1NLVA 3AO1A 5JS1A 5TKYA 2GV9A 3BP8A 2P5OA 3LPTA 4WFAL 3CQYA 4GMJB 4JS5A 2HVHA 4EZ6A 4KHQA 1ASVA 4DF8A 3LDNA 3CHWA 3ZSWA 3AA4A 4ELVA 2SN3A 2HBMA 1X9MA 1JLGA 1C0UA 3AO4A 5AR0A 5AQNA 4FJXA 3O4NA 1BI4B 3QERA 4B9LA 3SAFA 2F9WA 2HSTA 2VWKA 3PX4A 3BF1A 3LAKA 1YITN 4FJ9A 1Y97A 1I2UA 2ZF5O 3DXMB 4BRMA 1RT6A 3KC6A 3OS2A 3SMSA 2V51B 3CERA 4EZ9A 2CGLA 1OH8A 1LAVA 4C8MA 2UXDK 2KSKA 1JKZA 1D9DA 5IWAK 2D0BA 4FK0A 5C2DA 4W5TA 2R7YA 3EKUA 5AQVA 4BGBA 2YI1A 3V1RA 2X78A 2NRTA 4KTZA 3GDQA 2ZD1A 2X74A 2IS3A 4CD3A 1KD1O 1HJOA 2E6MA 1RDDA 3AVFA 4CZEA 3TAQA 3MN6A 1P90A 2FF3B 5KGXA 2F9TA 4BRIA 1B7DA 4JNEA 5JVHL 2LSNA 3DXKA 4IFVA 1B9DA 3NH1A 4KB0A 2VYPA 3L56A 2HHSA 4CJ7A 5CY4A 4JKCA 2GWJA 4BRLA 1Q18A 4ILHA 3QESA 1OMYA 2P9SB 1AHOA 4E72A 2NRZA 3O4WA 1WSGA 1DQ7A 1G99A 1S1WA 1JZAA 3MN9A 4KHPK 3WNEA 1IV0A 3HL8A 4WFBL 4HTUA 4DUYK 3AGKA 2D0OA 3C94A 2UUCK 5I3UA 3C6AA 3J80O 3O3FA 1T05A 4IO9L 3MWTA 4CEEA 5AQLA 4CCHA 4H5WA 2OTLN 1SV5A 5M1QA 4BRGA 4CZMA 1YT3A 1ZBFA 4H0OA 2HOEA 3TSPA 4JRPA 2ZWHA 4JI6K 5KQ8A 5C0YA 3TTCA 3QFUA 1J5OA 4DR5K 3L2QA 4UQGA 3HBTA 2G8VA 1L3UA 1C1BA 3QBWA 1WBDA 4CFAA 4QS7A 1JLQA 3GE1A 3QDKA 4M7XA 2ASCA 2LY6A 1ZU3A 3WEEA 2DPNA 4O4GA 4ID1A 5I9EB 4OKKA 1NK9A 2RE2A 2BANA 4JHDB 4YOTA 4FM0A 2UUBK 1SKRA 3P31A 4NXNK 4DSJA 4DV7K 2CH5A 3QEIA 3PY8A 5C42A 4BVOA 2G8HA 4MFBA 2HF3A 3VQ4A 3ATUA 4QOZB 5J2QA 3CFPA 1BRZA 3VGKA 1KAYA 3RWUA 5GAGP 3EL2A 4C8LA 3HP9A 2G8UA 3P4IA 2BE2A 3ENHA 3KHWA 3IS9A 3GKUA 5MLCQ 4PL8A 4CI6A 1IKVA 1RDAA 5J2NA 4FJHA 4HHTA 1VSLA 1RILA 4UJ0A 5AQGA 2HNYA 3SQ2A 4LC9B 4BECA 4IDKA 1HJRA 4FJJA 1KCFA 3CQ8A 3F73A 3W0LA 3RTVA 3EN9A 4B1XB 1CXQA 1I2VA 3D45A 3J8AA 4EHUA 4H03B 4W5QA 3L2WA 4Z4IA 4WFNL 5KI6A 3BZCA 2VG5A 3VQEA 1NGAA 5ADXA 1D5AA 1KFSA 3OYIA 4M41A 4OKEA 3WQUA 4CHPA 3AVMA 3SPZA 1BIZA 4B1YB 3FLCO 1LW2A 3F9KA 5KPRA 4BQLA 1JZBA 1NRBA 5DMRA 4J8FA 3OYFA 1NGDA 3MDQA 1NMNA 1RBSA 1D4XA 3U9ZA 4ZTFA 4Z4CA 2OA8A 3CG7A 3OVNA 3OYJA 1HNZK 3T1HK 3CM5A 5FRMA 5KQDA 4CZJA 3V9UA 5M1PA 1L3TA 1C0TA 4NCGA 3O9QA 4IDHA 3TAGA 2HHQA 4WYBA 4CBXA 4KBOA 4FM2A 4BR0A 2EWSA 4FZZA 4DFPA 1Z6RA 2WOMA 1VQPN 4GY2B 3K58A 1K8KA 4CK3A 3ID6A 1BK8A 1N4NA 3NF8A 3RRHA 2P9IB 3KP0A 2IAJA 3LP3A 2A1RA 3DI6A 1WUAA 4BC5A 4CK1A 2IIRA 1IH7A 4IOXA 1VK0A 3N4PA 3KOXA 1QE1A 2VGMA 2P9LB 1TUUA 1EP4A 2VG6A 4ELUA 4K43A 3KVGA 2O8FB 2ASPA 3CJAA 3TTDA 2WONA 2YX6A 2FBXA 4DTMA 3FR0A 4B9MA 2KGQA 3Q7BA 5ADXH 3RMBA 3HM9A 3O9TA 1EO1A 4R79A 4JK7A 5DM6L 4E89A 4FK4A 2ZGYA 2KZMA 1W7AA 4DTUA 2HF4A 2E3GA 2OZMA 3P83D 1NGJA 4LSLA 5AZJA 5BN8A 1YXQA 3N4QA 1NJXA 4RWTA 4CHZA 2FXUA 2N2RA 3ZETA 4E0DA 4KHYA 3C7NA 1AYJA 4IWVA 5CY0A 3CD6N 4ISGA 3RSEB 5CR4A 5FPEA 2A6AA 1O13A 4E3SA 4CECA 3OYAA 1BCGA 1NG9A 3TAFA 3M8RA 1U4BA 4BGAA 2P9PB 1BGXT 1WSIA 4GW6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GOI A;  2IC3 A;  1BMR A;  1GLC G;  1Z25 A;  4GV6 A;  1I94 K;  4WE1 A;  2LI7 A;  1IBL K;  4ZHR A;  1P0A A;  3THY B;  3V9S A;  3SAG A;  4JKD A;  2QWO A;  1IKX A;  3K5O A;  4KYP A;  4O8U A;  5KRT A;  3H3N O;  1VNA A;  1Q9Y A;  2YHA A;  3CCV N;  4ICL A;  4LH4 A;  4ZTJ A;  1ATS A;  5BN9 A;  1NWK A;  4BRC A;  3AVL A;  2QWP A;  2LJ7 A;  1MWK A;  3P39 A;  3DRP A;  3PV8 A;  2KQ2 A;  3D2F B;  4CJ5 A;  1LQI A;  1XRS B;  2YNH A;  1A5X A;  4M3T A;  1NKC A;  4B1Z A;  4DQI A;  5JVG L;  4ILG B;  3L8B A;  3PLA A;  4AHV A;  4CK2 A;  5AQP A;  2WC9 A;  4JK9 A;  2OYQ A;  4M3Z A;  1M1K O;  1NLV A;  3AO1 A;  5JS1 A;  5TKY A;  2GV9 A;  3BP8 A;  2P5O A;  3LPT A;  4WFA L;  3CQY A;  4GMJ B;  4JS5 A;  2HVH A;  4EZ6 A;  4KHQ A;  1ASV A;  4DF8 A;  3LDN A;  3CHW A;  3ZSW A;  3AA4 A;  4ELV A;  2SN3 A;  2HBM A;  1X9M A;  1JLG A;  1C0U A;  3AO4 A;  5AR0 A;  5AQN A;  4FJX A;  3O4N A;  1BI4 B;  3QER A;  4B9L A;  3SAF A;  2F9W A;  2HST A;  2VWK A;  3PX4 A;  3BF1 A;  3LAK A;  1YIT N;  4FJ9 A;  1Y97 A;  1I2U A;  2ZF5 O;  3DXM B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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